Entry: PS00091

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General information about the entry

Entry name [info] THYMIDYLATE_SYNTHASE
Accession [info] PS00091
Entry type [info] PATTERN
Date [info] APR-1990 (CREATED); DEC-2004 (DATA UPDATE); FEB-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00086
Associated ProRule [info] PRU10016

Name and characterization of the entry

Description [info] Thymidylate synthase active site.
Pattern [info]
R-x(2)-[LIVMT]-x(2,3)-[FWY]-[QNYDI]-x(8,13)-[LVESI]-x-P-C-[HAVMLC]-x(3)-
[QMTLHD]-[FYWL]-x(0,1)-[LV].

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_03 which contains 542'782 sequence entries.


Total number of hits 403 in 403 different sequences
Number of true positive hits 402 in 402 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 48
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.75 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 89.33 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Site [info] active_site at position 11
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
402 sequences

DRTS1_ARATH (Q05762), DRTS2_ARATH (Q05763), DRTS_CRIFA  (Q23695), 
DRTS_DAUCA  (P45350), DRTS_LEIAM  (P16126), DRTS_LEIMA  (P07382), 
DRTS_MAIZE  (O81395), DRTS_MIMIV  (Q5UQG3), DRTS_ORYSJ  (Q2QRX6), 
DRTS_PARTE  (Q27828), DRTS_PLABA  (Q27713), DRTS_PLACH  (P20712), 
DRTS_PLAFK  (P13922), DRTS_PLAVI  (O02604), DRTS_SOYBN  (P51820), 
DRTS_TOXGO  (Q07422), DRTS_TRYBB  (Q27783), DRTS_TRYCR  (Q27793), 
TYS1_ENCCU  (O62584), TYS3_ENCCU  (Q8SRG2), TYSY1_BACAM (O30397), 
TYSY1_BACPZ (E0TVT6), TYSY1_BACSU (P0CI79), TYSY2_BACAM (P54081), 
TYSY2_BACPZ (E0U0H8), TYSY2_BACSU (P11044), TYSY_ACHLI  (A9NG27), 
TYSY_ACIAC  (A1TM53), TYSY_ACIAD  (Q6FER7), TYSY_ACIB3  (B7H0P4), 
TYSY_ACIB5  (B7I4U0), TYSY_ACISJ  (A1W5A4), TYSY_AERHH  (A0KG32), 
TYSY_AERS4  (A4SIW7), TYSY_AGABI  (Q9P4T7), TYSY_AGRRK  (B9JH03), 
TYSY_AGRT5  (Q8UDS3), TYSY_AGRVS  (B9JXQ5), TYSY_ALKEH  (Q0ABR1), 
TYSY_ANOFW  (B7GI39), TYSY_AROAE  (Q5P233), TYSY_ARTAT  (A1R8Y7), 
TYSY_ARTS2  (A0JZC7), TYSY_ASCSU  (O96650), TYSY_AYWBP  (Q2NJ46), 
TYSY_AZOSB  (A1KAF7), TYSY_AZOVD  (C1DK16), TYSY_BACA2  (A7Z5T3), 
TYSY_BACAH  (A0RDL9), TYSY_BACAN  (Q81R23), TYSY_BACAT  (O30394), 
TYSY_BACC1  (Q738X7), TYSY_BACCN  (A7GP90), TYSY_BACCR  (Q81E05), 
TYSY_BACCZ  (Q63BV5), TYSY_BACFN  (Q5L9L6), TYSY_BACFR  (Q64PV5), 
TYSY_BACHD  (Q9K7B5), TYSY_BACHK  (Q6HJC7), TYSY_BACLD  (Q65J44), 
TYSY_BACLI  (Q59212), TYSY_BACMO  (Q9ANR7), TYSY_BACNA  (Q5D189), 
TYSY_BACP2  (A8FEB9), TYSY_BACSK  (Q5WDS1), TYSY_BACTN  (Q8A639), 
TYSY_BACV8  (A6L1Q8), TYSY_BARBK  (A1UTA5), TYSY_BARHE  (Q6G2S8), 
TYSY_BARQU  (Q6FZ91), TYSY_BAUCH  (Q1LSU0), TYSY_BDEBA  (Q6MID2), 
TYSY_BIFLO  (Q8G3T9), TYSY_BORBR  (Q7WP13), TYSY_BORPA  (Q7W1A9), 
TYSY_BORPE  (Q7VUE3), TYSY_BOVIN  (Q2TA32), TYSY_BPPHT  (P07606), 
TYSY_BPT4   (P00471), TYSY_BRADU  (Q89G35), TYSY_BRAHW  (C0QWM9), 
TYSY_BRASB  (A5EPD3), TYSY_BRASO  (A4YZC4), TYSY_BREBN  (C0ZI91), 
TYSY_BRUA2  (Q2YS22), TYSY_BRUAB  (Q57CA9), TYSY_BRUC2  (A9M657), 
TYSY_BRUMB  (C0RE38), TYSY_BRUME  (P67042), TYSY_BRUO2  (A5VRE7), 
TYSY_BRUSI  (B0CHI7), TYSY_BRUSU  (P67043), TYSY_BUCA5  (B8D9L8), 
TYSY_BUCAI  (P57515), TYSY_BUCAP  (Q8K9C3), TYSY_BUCAT  (B8D7X0), 
TYSY_BUCBP  (P59427), TYSY_CANAL  (P12461), TYSY_CAUCR  (Q9A6H0), 
TYSY_CHRSD  (Q1QUD9), TYSY_CHRVO  (Q7NZ95), TYSY_CITK8  (A8AP42), 
TYSY_CLOAB  (Q97EV3), TYSY_CLOB8  (A6M378), TYSY_CLOCE  (B8I0T8), 
TYSY_CORA7  (C3PEY5), TYSY_CORDI  (Q6NIF2), TYSY_COREF  (Q8FR47), 
TYSY_CORGB  (A4QCI7), TYSY_CORGL  (Q8NS38), TYSY_CORJK  (Q4JX59), 
TYSY_COXBN  (A9KF61), TYSY_COXBR  (A9N980), TYSY_COXBU  (Q83BG2), 
TYSY_CROS8  (A7MR31), TYSY_CRYNB  (P0CS13), TYSY_CRYNJ  (P0CS12), 
TYSY_CUPNH  (Q0K889), TYSY_CYTH3  (Q11VK5), TYSY_DECAR  (Q47II1), 
TYSY_DEIDV  (C1D070), TYSY_DICNV  (A5EVG5), TYSY_DROME  (O76511), 
TYSY_ECO24  (A7ZQT3), TYSY_ECO27  (B7UHP4), TYSY_ECO45  (B7MLH3), 
TYSY_ECO55  (B7LF04), TYSY_ECO57  (P0A886), TYSY_ECO7I  (B7NVX2), 
TYSY_ECO81  (B7MZC6), TYSY_ECO8A  (B7LY83), TYSY_ECOBW  (C4ZZX9), 
TYSY_ECOHS  (A8A3W0), TYSY_ECOK1  (A1AF39), TYSY_ECOL5  (Q0TE05), 
TYSY_ECOL6  (P0A885), TYSY_ECOLC  (B1IU17), TYSY_ECOLI  (P0A884), 
TYSY_ECOLU  (B7N759), TYSY_ECOUT  (Q1R7I6), TYSY_EDWI9  (C5BH86), 
TYSY_EHV2   (Q89940), TYSY_ENT38  (A4WE03), TYSY_ENTFA  (Q834R3), 
TYSY_ERWCT  (Q6D8I6), TYSY_ESCF3  (B7LNI2), TYSY_EXISA  (C4L1C9), 
TYSY_FUSNN  (Q8RGP6), TYSY_GEOKA  (Q5KZ25), TYSY_GEOSW  (C5DAR2), 
TYSY_GEOTN  (A4INY1), TYSY_HAEDU  (Q7VMH2), TYSY_HAEI8  (Q4QM04), 
TYSY_HAEIE  (A5UDH0), TYSY_HAEIG  (A5UI47), TYSY_HAEIN  (P44420), 
TYSY_HAEPS  (B8F6S2), TYSY_HAHCH  (Q2SA17), TYSY_HALHL  (A1WYP9), 
TYSY_HAMD5  (C4K7G3), TYSY_HHV8P  (P90463), TYSY_HISS1  (Q0I563), 
TYSY_HISS2  (B0UWT7), TYSY_HSVAT  (P12462), TYSY_HUMAN  (P04818), 
TYSY_HYPNA  (Q0C504), TYSY_IIV6   (Q9WBI3), TYSY_KINRD  (A6WGF9), 
TYSY_KLEP7  (A6TDG3), TYSY_LACAC  (Q5FKL6), TYSY_LACBA  (Q03S95), 
TYSY_LACC3  (Q039F7), TYSY_LACCA  (P00469), TYSY_LACDA  (Q1GAP2), 
TYSY_LACDB  (Q04B29), TYSY_LACGA  (Q044A1), TYSY_LACH4  (A8YUW0), 
TYSY_LACJO  (Q74IU3), TYSY_LACLA  (P19368), TYSY_LACLS  (Q02Y43), 
TYSY_LACPL  (Q88W05), TYSY_LACRD  (A5VJK9), TYSY_LACS1  (Q1WU17), 
TYSY_LACSS  (Q38WX8), TYSY_LARHH  (C1D4I5), TYSY_LEGPA  (Q5X119), 
TYSY_LEGPC  (A5II41), TYSY_LEGPH  (Q5ZRL3), TYSY_LEGPL  (Q5WSU5), 
TYSY_LEIXX  (Q6AFI0), TYSY_LISIN  (Q92AD4), TYSY_LISMC  (C1KWH4), 
TYSY_LISMF  (Q71YE1), TYSY_LISMH  (B8DDM8), TYSY_LISMO  (Q8Y626), 
TYSY_LISW6  (A0AJY0), TYSY_MAGSA  (Q2W7P4), TYSY_MARMS  (A6W1R4), 
TYSY_MESSB  (Q11HI0), TYSY_METC4  (B7KQG2), TYSY_METFK  (Q9RAM7), 
TYSY_METJA  (Q57931), TYSY_METPP  (A2SHH0), TYSY_METSB  (B8ELI3), 
TYSY_METTM  (P80305), TYSY_MOUSE  (P07607), TYSY_MYCA1  (A0QIU1), 
TYSY_MYCBO  (P67045), TYSY_MYCBP  (A1KMA6), TYSY_MYCBT  (C1AFM7), 
TYSY_MYCGA  (Q9XC19), TYSY_MYCGE  (P47469), TYSY_MYCGI  (A4TCI9), 
TYSY_MYCLE  (Q9CBW0), TYSY_MYCPA  (Q73VZ2), TYSY_MYCPE  (Q8EV81), 
TYSY_MYCPN  (P78029), TYSY_MYCPU  (Q98Q31), TYSY_MYCS2  (A0QVR9), 
TYSY_MYCS5  (Q4A611), TYSY_MYCSJ  (A3PYA8), TYSY_MYCSK  (A1UEU8), 
TYSY_MYCSS  (Q1BA64), TYSY_MYCTA  (A5U6B7), TYSY_MYCTU  (P67044), 
TYSY_MYCUA  (A0PQG7), TYSY_MYCVP  (A1T7P4), TYSY_NEIG1  (Q5F732), 
TYSY_NEIGO  (O33380), TYSY_NEIMA  (Q9JT57), TYSY_NEIMB  (Q9JY72), 
TYSY_NEIMF  (A1KVB3), TYSY_NITEC  (Q0AHA4), TYSY_NITEU  (Q82WU3), 
TYSY_NITHX  (Q1QJT8), TYSY_NITOC  (Q3JEI2), TYSY_NITWN  (Q3SQ36), 
TYSY_NOCFA  (Q5YPL7), TYSY_NOCSJ  (A1SJ31), TYSY_NOVAD  (Q2G6V6), 
TYSY_OCEIH  (Q8EQG0), TYSY_OCHA4  (A6WZV4), TYSY_OLICO  (B6JB67), 
TYSY_ONYPE  (Q6YQT0), TYSY_PARD8  (A6LIC2), TYSY_PARL1  (A7HVX4), 
TYSY_PASMU  (P57808), TYSY_PECCP  (C6DAE9), TYSY_PEDPA  (Q03F96), 
TYSY_PHOLL  (Q7N8U4), TYSY_PHOPR  (Q6LUM1), TYSY_PNECA  (P13100), 
TYSY_POLNA  (A1VQZ6), TYSY_POLSJ  (Q12CI6), TYSY_POLSQ  (A4SVT7), 
TYSY_PORGI  (Q7MTB5), TYSY_PROAC  (Q6A761), TYSY_PSEA6  (Q15P51), 
TYSY_PSEA7  (A6UYE6), TYSY_PSEA8  (B7V2Q5), TYSY_PSEAB  (Q02U73), 
TYSY_PSEAE  (Q9I6F1), TYSY_PSEHT  (Q3IDN1), TYSY_PSEMY  (A4Y044), 
TYSY_PSEU5  (A4VGL9), TYSY_PSYCK  (Q1Q8B2), TYSY_PSYIN  (A1SS96), 
TYSY_PSYWF  (A5WHY0), TYSY_RALME  (Q1LK81), TYSY_RALSO  (Q8Y0U6), 
TYSY_RAT    (P45352), TYSY_RHIEC  (Q2K6G8), TYSY_RHIL3  (Q1ME82), 
TYSY_RHILO  (Q98KH9), TYSY_RHIME  (Q92NQ5), TYSY_RHISN  (C3MEE8), 
TYSY_RHOBA  (Q7UID0), TYSY_RHOFD  (Q21U56), TYSY_RHOP2  (Q2IYG7), 
TYSY_RHOP5  (Q07PP0), TYSY_RHOPA  (Q6N447), TYSY_RHOPB  (Q211X8), 
TYSY_RHOPS  (Q134B1), TYSY_RHOS1  (A3PLD1), TYSY_RHOS4  (Q3J0W9), 
TYSY_RHOS5  (A4WQT6), TYSY_RHOSR  (Q0SEI1), TYSY_RUTMC  (A1AWQ8), 
TYSY_SALAR  (A9MS82), TYSY_SALCH  (Q57KB6), TYSY_SALPA  (Q5PEN6), 
TYSY_SALPB  (A9N2L7), TYSY_SALPC  (C0PXI9), TYSY_SALTI  (Q8Z412), 
TYSY_SALTY  (Q8ZMA9), TYSY_SCHPO  (Q9UTI7), TYSY_SERP5  (A8GIH7), 
TYSY_SHEAM  (A1S3W8), TYSY_SHEB2  (B8EBR5), TYSY_SHEB5  (A3D1U3), 
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TYSY_SHEFN  (Q07YY3), TYSY_SHEON  (Q8EH94), TYSY_SHEPC  (A4Y4J1), 
TYSY_SHESA  (A0KZP5), TYSY_SHESM  (Q0HG85), TYSY_SHESR  (Q0HSH8), 
TYSY_SHESW  (A1RME0), TYSY_SHIBS  (Q31XG0), TYSY_SHIDS  (Q32C94), 
TYSY_SHIF8  (Q0T137), TYSY_SHIFL  (P48464), TYSY_SHISS  (Q3YY33), 
TYSY_SHV21  (P06854), TYSY_SINMW  (A6UB24), TYSY_SODGM  (Q2NRH3), 
TYSY_SPHAL  (Q1GTH6), TYSY_SPHWW  (A5VCW6), TYSY_STAA1  (A7X2B3), 
TYSY_STAA2  (A6U1P7), TYSY_STAA3  (Q2FH11), TYSY_STAA8  (Q2FYK5), 
TYSY_STAA9  (A5ISV8), TYSY_STAAB  (Q2YY40), TYSY_STAAC  (Q5HFZ6), 
TYSY_STAAE  (A6QGX8), TYSY_STAAM  (P67046), TYSY_STAAN  (P67047), 
TYSY_STAAR  (Q6GGY0), TYSY_STAAS  (Q6G9D4), TYSY_STAAT  (A8Z406), 
TYSY_STAAU  (P0A0M5), TYSY_STAAW  (P67048), TYSY_STAEQ  (Q5HMP6), 
TYSY_STAES  (P0C0M5), TYSY_STAHJ  (Q4L6D7), TYSY_STAS1  (Q49XN8), 
TYSY_STRA1  (Q3K0J7), TYSY_STRA3  (Q8E4L6), TYSY_STRA5  (Q8DZ07), 
TYSY_STRGC  (A8AXC2), TYSY_STRMU  (Q8DUI4), TYSY_STRP1  (P67051), 
TYSY_STRP2  (Q04LL8), TYSY_STRP3  (P0DG66), TYSY_STRP6  (Q5XCM3), 
TYSY_STRP7  (C1C631), TYSY_STRP8  (Q8P1D1), TYSY_STRPB  (Q1JC96), 
TYSY_STRPC  (Q1JM80), TYSY_STRPD  (Q1JHC5), TYSY_STRPF  (Q1J744), 
TYSY_STRPG  (A2RF20), TYSY_STRPJ  (B8ZMQ1), TYSY_STRPM  (Q48U25), 
TYSY_STRPN  (P67049), TYSY_STRPQ  (P0DG67), TYSY_STRR6  (P67050), 
TYSY_STRS2  (A4W0V3), TYSY_STRSV  (A3CMU9), TYSY_STRSY  (A4VUL1), 
TYSY_STRT1  (Q5M0S7), TYSY_STRT2  (Q5M5B3), TYSY_STRTD  (Q03LN3), 
TYSY_STRZJ  (C1CD36), TYSY_STRZP  (C1CJD5), TYSY_STRZT  (C1CQE7), 
TYSY_SYMTH  (Q67JQ1), TYSY_THIDA  (Q3SH96), TYSY_VESOH  (A5CWK3), 
TYSY_VIBC3  (A5F8Y6), TYSY_VIBCB  (A7MXJ9), TYSY_VIBCH  (O66108), 
TYSY_VIBCM  (C3LST0), TYSY_VIBF1  (Q5E7P1), TYSY_VIBPA  (Q87SA0), 
TYSY_VIBSL  (B7VJ78), TYSY_VIBVU  (Q8DER9), TYSY_VIBVY  (Q7MNN6), 
TYSY_VZVD   (P09249), TYSY_VZVO   (Q4JQW2), TYSY_WIGBR  (Q8D2N4), 
TYSY_XANAC  (Q8PP46), TYSY_XANC5  (Q3BX87), TYSY_XANC8  (Q4UR35), 
TYSY_XANCP  (Q8PCE7), TYSY_XANOM  (Q2NZH9), TYSY_XANOR  (Q5GWB5), 
TYSY_XENNA  (Q6REU8), TYSY_XYLFA  (Q9PB13), TYSY_XYLFT  (Q87BT4), 
TYSY_YEAST  (P06785), TYSY_YERE8  (A1JPC9), TYSY_YERP3  (A7FFE0), 
TYSY_YERPA  (Q1CAR9), TYSY_YERPE  (Q8ZHV1), TYSY_YERPN  (Q1CFB5), 
TYSY_YERPP  (A4TLC5), TYSY_YERPS  (Q667F9), TYSY_ZYMMO  (Q9Z671)
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UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
48 sequences

DRTS_PLAVN  (P46103), TYSY_ACTSZ  (A6VMA0), TYSY_ALCBS  (Q0VM06), 
TYSY_BART1  (A9IW82), TYSY_COLP3  (Q47Y31), TYSY_FLAJ1  (A5FJV8), 
TYSY_FLAPJ  (A6GWH3), TYSY_FRAP2  (B0TYI1), TYSY_FRAT1  (Q14H07), 
TYSY_FRATF  (A7NB78), TYSY_FRATH  (Q2A486), TYSY_FRATN  (A0Q7B4), 
TYSY_FRATO  (Q0BMM0), TYSY_FRATT  (Q5NFK5), TYSY_FRATW  (A4IXE8), 
TYSY_GRAFK  (A0LY29), TYSY_IDILO  (Q5R064), TYSY_LEUMM  (Q03YZ8), 
TYSY_MANSM  (Q65VJ8), TYSY_MARAV  (A1U3D8), TYSY_MESFL  (Q6F145), 
TYSY_METAC  (Q8THH4), TYSY_METBF  (Q46E28), TYSY_METBU  (Q12X17), 
TYSY_METCA  (Q603S2), TYSY_METKA  (Q8TVL9), TYSY_METMA  (Q8PXI1), 
TYSY_METNO  (B8IF20), TYSY_METTH  (O26868), TYSY_MYCMO  (Q6KIQ6), 
TYSY_OENOB  (Q04FR4), TYSY_PHYMT  (B3QZX0), TYSY_PSEFS  (C3K3Q8), 
TYSY_PSEP1  (A5WAK1), TYSY_PSEPK  (Q88CN9), TYSY_PSESM  (Q87UL4), 
TYSY_ROSDO  (Q168V8), TYSY_RUEST  (Q1GFV4), TYSY_SACD2  (Q21NW5), 
TYSY_SHEHH  (B0TIU4), TYSY_SHELP  (A3QBR4), TYSY_SHEPA  (A8H1B4), 
TYSY_SHEPW  (B8CQK7), TYSY_SHESH  (A8FSC3), TYSY_TERTT  (C5BMA3), 
TYSY_THICR  (Q31I55), TYSY_THISH  (B8GN06), TYSY_TOLAT  (C4LD19)
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UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

TYSY_STAEP  (P0C0M4)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

DCLK_CAEEL  (Q95QC4)

		
PDB
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172 PDB

1AIQ; 1AJM; 1AN5; 1AOB; 1AXW; 1B02; 1BDU; 1BID; 1BJG; 1BKO; 1BKP; 1BO7; 1BO8; 1BP0; 1BP6; 1BQ1; 1BQ2; 1BSF; 1BSP; 1CI7; 1DDU; 1DNA; 1EV5; 1EVG; 1F28; 1F4B; 1F4C; 1F4E; 1F4F; 1F4G; 1FFL; 1FWM; 1HVY; 1HW4; 1HZW; 1I00; 1J3I; 1J3J; 1J3K; 1JG0; 1JMF; 1JMG; 1JMH; 1JMI; 1JTQ; 1JTU; 1JU6; 1JUJ; 1JUT; 1KCE; 1KZI; 1KZJ; 1LCA; 1LCB; 1LCE; 1NCE; 1NJA; 1NJB; 1NJC; 1NJD; 1NJE; 1RTS; 1SYN; 1TDA; 1TDB; 1TDC; 1TDU; 1THY; 1TIS; 1TJS; 1TLC; 1TLS; 1TRG; 1TSD; 1TSL; 1TSM; 1TSN; 1TSV; 1TSW; 1TSX; 1TSY; 1TSZ; 1TVU; 1TVV; 1TVW; 1VZA; 1VZB; 1VZC; 1VZD; 1VZE; 1ZPR; 2A9W; 2AAZ; 2BBQ; 2FTN; 2FTO; 2FTQ; 2G86; 2G89; 2G8A; 2G8D; 2G8X; 2H2Q; 2KCE; 2RD8; 2RDA; 2TDD; 2TDM; 2TSC; 2TSR; 2VET; 2VF0; 3B5B; 3B9H; 3BFI; 3BHL; 3BHR; 3BNZ; 3BYX; 3BZ0; 3C06; 3C0A; 3CL9; 3CLB; 3DG8; 3DGA; 3EAW; 3ED7; 3EDW; 3EF9; 3EHI; 3EJL; 3GG5; 3GH0; 3GH2; 3H9K; 3HB8; 3HBB; 3IHI; 3IJZ; 3IK0; 3IK1; 3INV; 3IRM; 3IRN; 3IRO; 3IX6; 3KGB; 3OB7; 3QJ7; 3TMS; 3UWL; 4DQ1; 4E5O; 4EB4; 4ECK; 4EIL; 4EIN; 4EZ8; 4FOA; 4FOG; 4FOX; 4FQS; 4GEV; 4GYH; 4H0R; 4H0U; 4H1I; 4ISK; 4KNZ; 4LRR; 4TMS
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