PROSITE

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5830; R2=0.0138; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=501; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=356; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K'; M= -7,  4,-27,  6,  6,-25,-11, -6,-25, 11,-24,-12,  2,-13,  8,  9,  0, -6,-20,-16,-12,  7;
/M: SY='G'; M= -5, -2,-27, -2, -2,-23, 11,  4,-28, -1,-24,-13,  3,-16,  0, -2,  0,-10,-23,-21, -9, -2;
/M: SY='H'; M= -6, -8,-22,-11, -8,-13,-19,  4, -7, -2, -4,  1, -5,-19, -4,  4, -7, -6, -4,-25, -5, -8;
/M: SY='P'; M= -5, -4,-30,  1,  7,-25,-10, -9,-24,  0,-24,-16, -5, 20,  1, -7, -2, -7,-24,-26,-19,  3;
/M: SY='L'; M=-12, -6,-25, -6, -6,  2,-24, -6, -3,-14,  6, -1, -9,-21,-11,-11,-13, -7, -6,-17,  5, -9;
/M: SY='S'; M= 12, -3,-13, -7, -7,-14, -5,-15,-12,-12,-17,-13,  2,-13, -8,-14, 19, 13, -4,-30,-16, -8;
/M: SY='W'; M=-11, -3,-30,  0,  0,-12,-17,-10,-20, -5,-16,-15, -7,-13, -5, -8, -9, -8,-20, 14,  2, -2;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-35,-16, -9,-20,-25,-22,  0,-16,-12, -7,-19, 47,-13,-22,-13,-10,-10,-28,-20,-15;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='L'; M=-12,-14,-25,-16, -4, -5,-25,  0,  3,-12, 11,  8,-11,-21, -4, -5,-15, -9, -4,-20,  2, -6;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-26,  2, 15,-22,-19,  1,-21, 12,-20, -9,  2,-12, 15,  9, -2, -6,-19,-24,-10, 15;
/M: SY='P'; M=-10,-22,-31,-17, -7,-15,-24,-19, -6,-12,  0, -4,-22, 35,-12,-15,-18,-10,-14,-25,-17,-12;
/M: SY='V'; M= -4,-26,-21,-22,-19,-11,-26,-26, 11,-16, -5, -1,-26, 15,-22,-20,-10, -4, 20,-30,-18,-22;
/M: SY='D'; M= -6, 24,-21, 28,  7,-28, -5, -4,-27, -5,-30,-24, 20, -4, -1, -9, 16,  3,-22,-39,-21,  3;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-30; MD=-30;
/M: SY='K'; M= -3, -7,-26, -8,  1,-22,-18,-11,-20, 25,-16, -6, -5,-11,  3, 22, -7, -7,-14,-21,-11,  1;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-26, -7,  1,-18,-20, -3,-16, 14, -7, -1, -6,-17,  3, 16,-11, -9,-12,-22, -7,  1;
/M: SY='E'; M=-12,  3,-26,  5,  9,-12,-10, -5,-19, -1,-12,-11,  2,-16, -1,  0, -6, -9,-18,-23, -8,  4;
/M: SY='L'; M= -7,-21,-20,-22,-20,  6,-28,-11, 15,-21, 16,  8,-21,-26,-19,-18,-17, -7, 14,-15, 10,-21;
/M: SY='P'; M= -7,-17,-37, -9,  0,-29,-19,-13,-21, -6,-28,-18,-17, 72, -8,-16, -9,-10,-28,-29,-25, -8;
/M: SY='D'; M=-16, 33,-27, 43, 15,-29,-10, -1,-30, -1,-24,-19, 16,-12,  2, -8,  0, -7,-25,-35,-17,  9;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='Y'; M=-19,-17,-28,-19,-16, 23,-27, 25, -8,-10, -2,  0,-13,-27,-10, -4,-18,-12,-12, 10, 50,-16;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-28, 11, 13,-24,-18, -3,-21, 11,-18, -9,  2,-12,  9,  8, -5, -7,-18,-25, -9, 10;
/M: SY='I'; M= -9,-26,-24,-32,-25,  4,-33,-18, 30,-21, 16, 16,-21,-24,-18,-21,-18, -8, 23,-18,  5,-24;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-38,-30,  0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-26, -3,  8,-27,-19,  2,-23, 24,-23, -7,  0,-12, 14, 16, -4, -5,-17,-23, -8, 10;
/M: SY='K'; M= -9,  5,-26,  2,  9,-25,-14,  3,-24, 18,-25,-11, 10,-13, 15, 18,  2, -4,-22,-25,-10, 11;
/M: SY='P'; M= -6,-19,-37,-10, -1,-29,-18,-20,-19,-10,-29,-19,-18, 80,-10,-20, -7, -8,-27,-30,-29,-10;
/M: SY='M'; M= -8,-23,-19,-31,-23,  1,-24, -9, 24,-15, 21, 45,-23,-23, -9,-14,-19, -8, 19,-22, -2,-16;
/M: SY='D'; M= -9, 35,-20, 48, 12,-34, -9, -5,-34, -3,-27,-26, 14,-11, -2,-12,  6, -4,-23,-38,-20,  5;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-32,-23, 18,-31,-20, 21,-28, 36, 18,-27,-28,-22,-20,-26, -9, 13,-15,  6,-23;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-26, 12, 13,-27, -5, -4,-27,  5,-26,-17,  9, -6,  8, -1,  4, -5,-25,-29,-17, 10;
/M: SY='T'; M= -4, -2,-18, -9, -8,-13,-14,-17, -7, -8, -9, -4, -1,-13, -8,-10,  7, 23, -3,-27,-11, -9;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-22,-35,-28,  1,-34,-25, 38,-25, 20, 22,-24,-24,-20,-24,-18, -7, 31,-23, -3,-27;
/M: SY='K'; M= -9, -1,-27, -2, 10,-23,-16, -4,-23, 21,-17, -9,  1,-14,  8, 20, -8, -9,-19,-23,-11,  8;
/M: SY='K'; M=-11,  1,-28,  2, 18,-28,-19, -4,-26, 26,-23,-11,  2,-10, 16, 23, -4, -7,-21,-24,-13, 16;
/M: SY='R'; M=-14,  4,-28,  0,  3,-22,-17,  2,-27, 30,-25,-11, 11,-16,  7, 34, -7, -8,-22,-22, -7,  3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-15,-30,-23,  4,-28,-20, 23,-24, 25, 19,-22,-25,-18,-20,-20, -8, 17,-21, -3,-21; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E'; M=-11, 10,-28, 13, 18,-24,-15, -3,-27, 12,-24,-17,  7, -7,  6,  7, -3, -8,-24,-17,-12, 11; D=-2;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N'; M= -3, 10,-18,  6,  2,-22,-11, -6,-16,  0,-19,-12, 12,-13,  3, -4,  6,  4,-14,-30,-15,  2; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G'; M=-10, -8,-24,-11,-13,-13, 17,  0,-27, -9,-19,-12,  0,-21,-10, -1, -6,-13,-22,-12, -6,-13; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='Q'; M= -8, -2,-27, -2,  8,-21,-19,  3,-21, 14,-18, -8,  0,-14, 15, 15, -4, -6,-20,-18, -2, 10;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='Q'; M= -7, -3,-25, -3,  5,-21,-18, -5,-18,  4,-16, -9, -2, -9,  8,  5,  0,  1,-16,-19,-10,  6;
/M: SY='S'; M=  1,  8,-16,  9,  6,-22, -9, -9,-21, -3,-24,-18,  9,-10,  0, -7, 22, 15,-13,-36,-17,  3;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-30; MD=-30;
/M: SY='M'; M= -3,-20,-24,-21,-13, -3,-21,-14, -1, -8,  1,  3,-17, -2,-11, -5,-13, -8, -2,-18, -4,-14;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-28,  4, 20,-24,-12, -4,-22,  4,-17,-12, -1, -9, 12, -1, -2, -9,-23,-19,-12, 16;
/M: SY='E'; M=-11, 17,-28, 25, 34,-32,-14,  1,-28,  5,-23,-17,  8, -6, 19, -2,  3, -8,-28,-31,-18, 27;
/M: SY='F'; M=-17,-28,-16,-36,-28, 60,-30,-18,  2,-27, 10,  1,-20,-29,-34,-19,-18, -7,  2,  3, 25,-28;
/M: SY='L'; M= -4,-15,-18,-16, -4, -9,-22,-13,  1, -8,  5,  4,-14,-19, -5, -6, -8, -4,  1,-23, -7, -5;
/M: SY='D'; M= -5, 13,-26, 16, 14,-27,-15, -3,-23,  8,-19,-14,  6,-11,  9,  1, -2, -8,-20,-27,-13, 11;
/M: SY='D'; M=-17, 45,-29, 64, 19,-38,-10,  2,-38,  0,-29,-28, 18,-10,  0,-10,  0,-10,-29,-39,-19, 10;
/M: SY='I'; M= -5,-28,-20,-34,-27, 16,-30,-25, 25,-25, 17, 12,-23,-25,-25,-23,-17, -7, 23,-16,  2,-26;
/M: SY='R'; M=-11,  1,-25, -3,  5,-17,-17,  0,-13,  4,-13, -2,  5,-17,  6,  8, -6, -8,-14,-20,-10,  5;
/M: SY='L'; M= -9,-21,-21,-22,-12, -1,-27,-15,  8,-17, 30, 13,-21,-24, -6,-11,-20, -5,  2,-21, -3, -9;
/M: SY='I'; M= -9,-27,-23,-34,-25,  2,-31,-19, 34,-23, 24, 32,-22,-22,-14,-21,-21, -9, 22,-21, -1,-22;
/M: SY='F'; M=-11,-27,-12,-32,-26, 28,-29,-21,  8,-25, 11,  3,-23,-25,-28,-20,-18, -7,  8, -4, 11,-25;
/M: SY='Q'; M= -5,  4,-24,  2,  4,-23,-14,  2,-21,  6,-21,-11,  7,-13, 10,  4,  4,  1,-18,-22,-10,  6;
/M: SY='N'; M= -6, 37,-20, 20,  0,-21, -1,  7,-20, -1,-28,-20, 52,-19, -1, -2,  9, -1,-28,-38,-20,  0;
/M: SY='C'; M= 20,-12, 31,-21,-16,-15,-12,-22,-17,-17,-15,-14,-10,-20,-16,-21,  7,  2, -4,-31,-20,-16;
/M: SY='Y'; M=-11,-13,-27,-16, -8, -8,-24, -3, -4, -2, -4,  0, -9,-21,  1,  4,-13,-10, -6, -6,  6, -5;
/M: SY='T'; M= -5, -9,-21,-17,-12, -8,-24,-17,  5, -7, -2,  2, -4,-16, -7, -9, -2,  9,  3,-24, -6,-11;
/M: SY='Y'; M=-16,-20,-25,-23,-20, 33,-27,  5,  0,-15,  0, -1,-16,-27,-16,-13,-13, -6, -6, 14, 52,-20;
/M: SY='N'; M=-11, 33,-22, 19, -1,-20,  1, 12,-22, -2,-28,-19, 47,-20, -1, -2,  6, -3,-29,-35,-13, -1;
/M: SY='G'; M= -4, -2,-27,  0, -1,-25,  9,-13,-25, -4,-20,-13, -2, -6, -6, -4, -1, -7,-20,-25,-20, -4;
/M: SY='P'; M= -7, -2,-31,  4,  9,-27, -6,-10,-27,  2,-25,-18, -4, 18, -1, -2, -3, -9,-25,-26,-19,  1;
/M: SY='D'; M= -8, 15,-27, 19,  9,-31,  6, -3,-31, -3,-26,-19, 10,-10,  4, -7,  3, -7,-26,-30,-19,  6;
/M: SY='S'; M=  3, -2,-18, -2,  0,-21, -9, -3,-20, -7,-25,-16,  3,  2, -1, -6, 20, 12,-14,-34,-16, -2;
/M: SY='E'; M= -7, -7,-25, -5,  5,-14,-16,-10,-10, -7, -5, -6, -9,-16, -3, -6, -7, -9, -8,-19,-10,  1;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-22,-32,-27,  7,-33,-22, 30,-23, 12, 11,-22,-25,-22,-22,-14, -5, 27,-16,  7,-27;
/M: SY='Y'; M=-10,-13,-23,-16,-15,  4,-23, -3, -1, -4, -5, -2,-11,-23,-10, -6, -9,  0, -1, -4, 26,-15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

• UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052.
  
• Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 203 hits in 152 different sequences
  
• Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 203 hits in 152 different sequences
  
• Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  
• Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences
  
• Number of known missed hits: 6
  
• Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0
  
• Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 %
  
• Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 97.13 %
  

• MATRIX_TYPE: protein_domain
  
• Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed
  
• Matrix author: K_Hofmann
  
• Taxonomic range: Eukaryotes
  
• Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 6
  
• FT_KEY: DOMAIN
  
• FT_DESC: Bromodomain
  
• VERSION: 1
  

ASH1L_HUMAN (Q9NR48), ASH1L_MOUSE (Q99MY8), ATAD2_HUMAN (Q6PL18), 
ATAD2_MOUSE (Q8CDM1), ATAD2_PONAB (Q5RDX4), ATD2B_HUMAN (Q9ULI0), 
BAZ1A_HUMAN (Q9NRL2), BAZ1A_MOUSE (O88379), BAZ1A_XENLA (Q8UVR5), 
BAZ1B_DANRE (A2BIL7), BAZ1B_HUMAN (Q9UIG0), BAZ1B_MOUSE (Q9Z277), 
BAZ1B_XENLA (A8DZJ1), BAZ2A_HUMAN (Q9UIF9), BAZ2A_MOUSE (Q91YE5), 
BAZ2A_XENLA (B7ZS37), BAZ2B_CHICK (Q9DE13), BAZ2B_HUMAN (Q9UIF8), 
BDC1_SCHPO  (O74350), BDF1_SCHPO  (Q9Y7N0), BDF1_YEAST  (P35817), 
BDF2_YEAST  (Q07442), BPTF_HUMAN  (Q12830), BRD1_HUMAN  (O95696), 
BRD2_BOVIN  (Q32S26), BRD2_CANFA  (Q5TJG6), BRD2_HUMAN  (P25440), 
BRD2_MOUSE  (Q7JJ13), BRD2_RAT    (Q6MGA9), BRD3_HUMAN  (Q15059), 
BRD3_MOUSE  (Q8K2F0), BRD4_HUMAN  (O60885), BRD4_MOUSE  (Q9ESU6), 
BRD7_CHICK  (Q5ZKG2), BRD7_HUMAN  (Q9NPI1), BRD7_MOUSE  (O88665), 
BRD7_PONAB  (Q5R8B0), BRD8_HUMAN  (Q9H0E9), BRD8_MOUSE  (Q8R3B7), 
BRD9_DANRE  (Q7ZUF2), BRD9_HUMAN  (Q9H8M2), BRD9_MOUSE  (Q3UQU0), 
BRD9_XENLA  (Q6GLP7), BRD9_XENTR  (Q6NVM8), BRDT_DANRE  (F1QW93), 
BRDT_HUMAN  (Q58F21), BRDT_MACFA  (Q4R8Y1), BRDT_MOUSE  (Q91Y44), 
BRDT_RAT    (D4A7T3), BRDT_XENTR  (F7DRV9), BRM_DROME   (P25439), 
BRPF1_HUMAN (P55201), BRPF3_HUMAN (Q9ULD4), BRWD1_HUMAN (Q9NSI6), 
BRWD1_MOUSE (Q921C3), BRWD3_HUMAN (Q6RI45), BRWD3_MOUSE (A2AHJ4), 
CBP1_CAEEL  (P34545), CBP_HUMAN   (Q92793), CBP_MOUSE   (P45481), 
CBP_RAT     (Q6JHU9), CECR2_HUMAN (Q9BXF3), EP300_HUMAN (Q09472), 
EP300_MOUSE (B2RWS6), FSH_DROME   (P13709), GCN5_ARATH  (Q9AR19), 
GCN5_ASHGO  (Q756G9), GCN5_CANGA  (Q6FTW5), GCN5_DEBHA  (Q6BGW1), 
GCN5_KLULA  (Q6CXW4), GCN5_ORYSJ  (Q338B9), GCN5_SCHPO  (Q9UUK2), 
GCN5_YARLI  (Q8WZM0), GCN5_YEAST  (Q03330), GTE10_ARATH (Q9FGW9), 
GTE11_ARATH (Q93ZB7), GTE12_ARATH (Q9LS28), GTE1_ARATH  (Q84XV2), 
GTE2_ARATH  (Q9LXA7), GTE3_ARATH  (Q9S7T1), GTE4_ARATH  (Q9LNC4), 
GTE5_ARATH  (Q8H1D7), GTE6_ARATH  (Q9FT54), GTE7_ARATH  (Q7Y214), 
GTE8_ARATH  (Q9LK27), GTE9_ARATH  (Q93YS6), HKNMT_PLAF7 (C6KTD2), 
KAT2A_HUMAN (Q92830), KAT2A_MOUSE (Q9JHD2), KAT2B_HUMAN (Q92831), 
KAT2B_MOUSE (Q9JHD1), LIN49_CAEEL (Q20318), LY10L_HUMAN (Q9H930), 
LY10_HUMAN  (Q13342), MLL1_HUMAN  (Q03164), MLL1_MOUSE  (P55200), 
NU301_CAEEL (Q6BER5), NU301_DROME (Q9W0T1), PB1_CHICK   (Q90941), 
PB1_HUMAN   (Q86U86), PB1_MOUSE   (Q8BSQ9), PHIP_HUMAN  (Q8WWQ0), 
PHIP_MOUSE  (Q8VDD9), PKCB1_HUMAN (Q9ULU4), RSC1_SCHPO  (O74964), 
RSC1_YEAST  (P53236), RSC2_YEAST  (Q06488), RSC4_SCHPO  (Q09948), 
RSC4_YEAST  (Q02206), SMCA2_HUMAN (P51531), SMCA2_MOUSE (Q6DIC0), 
SMCA4_BOVIN (A7Z019), SMCA4_HUMAN (P51532), SMCA4_MOUSE (Q3TKT4), 
SMCA4_RAT   (Q8K1P7), SNF21_SCHPO (Q9UTN6), SNF22_SCHPO (O94421), 
SNF2_YEAST  (P22082), SPT7_SCHPO  (P87152), SPT7_YEAST  (P35177), 
STH1_YEAST  (P32597), TAF1A_ARATH (Q8LRK9), TAF1B_ARATH (Q6PUA2), 
TAF1L_HUMAN (Q8IZX4), TAF1_DICDI  (Q54DH8), TAF1_DROME  (P51123), 
TAF1_HUMAN  (P21675), TAF1_MESAU  (Q60544), TAF1_MOUSE  (Q80UV9), 
TAF1_ORYSJ  (Q67W65), TBP7_CAEBR  (A8X0L9), TBP7_CAEEL  (P54816), 
TBP7_YEAST  (P40340), TIF1A_HUMAN (O15164), TIF1A_MOUSE (Q64127), 
TRI33_DANRE (Q6E2N3), TRI33_HUMAN (Q9UPN9), TRI33_MOUSE (Q99PP7), 
TRI33_XENLA (Q56R14), TRI66_HUMAN (O15016), TRI66_MOUSE (Q924W6), 
Y0170_DICDI (Q55C84), Y0777_DICDI (Q54UW4), Y1118_DICDI (Q55BK3), 
Y1591_ARATH (F4IAE9), Y3800_DICDI (Q54BA2), Y5837_DICDI (Q54MP8), 
Y7958_DICDI (Q55FT8), Y8469_DICDI (Q54Y18), YK82_SCHPO  (Q9HGP4), 
ZMY11_HUMAN (Q15326), ZMY11_MOUSE (Q8R5C8)

BRM_ARATH   (Q6EVK6), MBD9_ARATH  (Q9SGH2), SP110_HUMAN (Q9HB58), 
TIF1B_HUMAN (Q13263), TIF1B_MOUSE (Q62318), TIF1B_RAT   (O08629)

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment