Entry: PS50015

General information about the entry
Entry name SAP_B
Accession number PS50015
Entry type MATRIX
Date APR-2005 (CREATED); APR-2005 (DATA UPDATE); MAR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation PDOC50015
Associated ProRule PRU00415
Name and characterization of the entry
DescriptionSaposin B type domain profile.
Matrix / Profile 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=83;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2652; R2=0.0156; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=509; N_SCORE=9.2; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=431; N_SCORE=8.0; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M=  0,  0,-24, -4, -3,-20,  1, -3,-20, -7,-20,-12,  6, -6, -1, -9,  3, -6,-19,-26,-15, -3;
/M: SY='D'; M= -6, 10,-25, 14,  4,-26,  5, -8,-24, -8,-20,-17,  8,-10, -3,-11,  2, -7,-21,-31,-20,  0;
/M: SY='x'; M= -7, -9,-25, -7, -9,-11,-18,-13, -2,-15, -3, -2,-11, -1,-13,-17, -9, -6, -2,-26,-11,-12;
/M: SY='L'; M= -9,-22,-20,-25,-17, 12,-27,-16,  8,-18, 15,  9,-20,-19,-18,-15,-15, -2,  7,-15,  6,-17;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-28,  5,  9,-25,-16, -2,-19, -2,-21,-12,  2, -5, 12, -5, -1, -6,-21,-14,-11, 10;
/M: SY='V'; M=  0,-15,-19,-16,-11, -6,-19,-19,  7,-17,  7,  2,-15,-20,-14,-17, -7, -2, 10,-25, -9,-13;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M=-10, -3,-26, -3, 14,-22,-22, -7,-16, 14,-13, -4, -4,-11, 11, 12, -5, -3,-14,-24,-11, 12;
/M: SY='x'; M= -5, -3,-22, -4, -7,-11, -8,-11,-13, -4, -9, -1, -5,-16, -6, -7, -2,  0, -9,-22, -8, -6;
/M: SY='L'; M=  1,-26,-18,-30,-23,  1,-27,-24, 23,-24, 24, 14,-24,-25,-20,-21,-16, -5, 22,-23, -5,-22;
/M: SY='V'; M= -4,-29,-16,-32,-29,  4,-32,-28, 32,-23, 13, 13,-26,-26,-26,-22,-13, -2, 39,-25, -5,-29;
/M: SY='T'; M= -3, -1,-21, -5, -2,-21, -9, -6,-17,  4,-19, -9,  4,-15,  1,  2,  4,  5,-11,-27,-13, -1;
/M: SY='K'; M= -7,-11,-27,-11, -5,-13,-19,-12,-10,  2,-10, -6,-11,-18, -3,  0,-10, -8, -7, -3,  0, -4;
/M: SY='L'; M=  1,-26,-20,-30,-22,  0,-24,-22, 21,-24, 25, 15,-23,-24,-18,-22,-18, -8, 16,-21, -5,-21;
/M: SY='Q'; M= -6,  3,-25,  2, 13,-25,-10, -5,-21,  3,-20,-11,  3,-11, 14, -1,  3, -1,-21,-21,-14, 14;
/M: SY='N'; M= -5, 11,-22,  6,  3,-19,-13, -1,-21,  8,-20,-13, 14,-14,  2,  3,  2,  2,-18,-28,-11,  2;
/M: SY='M'; M= -6,-16,-21,-22,-14,  0,-17, -7,  4,-14, 11, 17,-14,-22, -6, -9,-14, -7,  1,-20, -3,-10;
/M: SY='L'; M= -1,-23,-18,-26,-20, -1,-23,-23, 17,-23, 18,  9,-20,-23,-18,-20,-10, -1, 16,-25, -7,-20;
/M: SY='K'; M=-10,  2,-28,  6,  9,-25,-16, -9,-23, 13,-18,-12, -2, -3,  4, 10, -6, -6,-19,-26,-14,  5;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-22,  5, 10,-23,-16, -7,-21,  9,-21,-12,  3, -9,  8,  3, -1, -2,-18,-27,-13,  9;
/M: SY='N'; M= -2, 16,-24, 11,  4,-25,  0,  0,-22, -2,-24,-17, 20, -9,  0, -7,  3, -7,-23,-31,-19,  1;
/M: SY='A'; M=  3,-11,-21,-14, -7,-16,-12,-16, -4, -7, -9, -3, -7, -7, -8, -9,  0,  0, -1,-26,-15, -9;
/M: SY='T'; M=  1, -3,-17, -9, -7, -8,-16,-13,-10,-11, -9, -8, -1, -8, -6,-11,  7, 14, -7,-26,-10, -6;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-21; IM=0;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-17,  1, 14,-16,-14, -3,-11,  8,-10, -5, -3, -7, 11,  5, -3, -5, -8,-16, -9, 12; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='E'; M= -3,  9,-21, 15, 16,-25,-12, -4,-20,  3,-17,-13,  1, -3,  9, -1,  0, -6,-17,-23,-14, 12; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='E'; M= -3, -6,-19, -7,  3,-13,-14,-11,-10,  0, -8, -6, -5,-12, -2,  0, -2,  1, -7,-16, -9,  0; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='I'; M= -3,-24,-17,-28,-23,  0,-27,-23, 29,-21, 16, 13,-21,-21,-19,-20,-14, -5, 28,-20, -4,-23; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='L'; M= -5,-10,-21,-11, -9,-11,-16, -9, -3, -8,  3,  0, -9,-19, -7, -3, -8, -4, -2,-23, -8, -9; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='Q'; M= -5,  9,-24,  9,  8,-27,-15,  2,-19,  7,-20,-10,  7,-13, 10,  1,  0, -6,-16,-29,-13,  9;
/M: SY='Y'; M=  9,-14,-19,-20,-16, 10,-13, -2, -7,-14, -6, -5,-10,-20,-14,-15, -3, -4, -4, -6, 15,-16;
/M: SY='I'; M=  4,-25,-17,-30,-22,  1,-25,-23, 21,-22, 21, 14,-24,-24,-20,-21,-15, -6, 21,-22, -6,-22;
/M: SY='E'; M= -5, 11,-24, 13, 14,-25,-10, -4,-23,  1,-21,-16,  8,-10,  2, -3,  6,  1,-18,-31,-16,  7;
/M: SY='K'; M=-10, -1,-27, -1, 11,-28,-19,  1,-22, 20,-22, -8,  2,-11, 20, 18, -1, -4,-20,-24,-10, 15;
/M: SY='L'; M= -1,-19,-19,-19,-11, -5,-21,-20, 10,-18, 15,  6,-20,-22,-15,-17,-12, -4, 12,-25, -9,-13;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M= -5,  9,-23, 10,  3,-22, -9,  0,-23, -1,-20,-15,  9,-15, -1,  0,  4, -2,-19,-25,-12,  1;
/M: SY='R'; M= -9,-16,-22,-18,-11, -5,-23,-14, -5,  2, -2,  0,-13,-21, -8,  7, -9, -2,  1,-14, -2,-11;
/M: SY='L'; M= -2,-24,-18,-27,-20,  7,-20,-20, 12,-24, 25, 13,-22,-25,-19,-19,-17, -5,  9,-20, -3,-19;
/M: SY='P'; M= -6,-13,-32, -9, -4,-23, -8,-14,-22, -6,-24,-17,-10, 32, -8,-10, -6, -8,-24,-16,-19, -9;
/M: SY='x'; M= -3, -9,-22, -8, -5,-14,-10,-15, -7,-11, -2, -5, -8,-11, -8,-12, -2, -3, -7,-27,-13, -7;
/I:         MD=-22;
/M: SY='P'; M= -4, -4,-19, -3,  1,-17, -5, -7,-15,  4,-18,-10, -1, 15,  1,  1,  0, -4,-15,-17,-13, -1; D=-4;
/I:         I=-5; B1=0; E1=0; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='V'; M= -1,-11, -8,-14,-11,  7,-13,-11,  6,-11,  7,  2, -9,-13,-12,-10, -5,  0,  8,-10, -1,-11; D=-4;
/I:         DM=-22;
/M: SY='L'; M= -6,-22,-22,-22,-18,  1,-25,-18, 11,-20, 13,  8,-23,-15,-18,-19,-17, -8,  9,-12, -1,-19;
/M: SY='S'; M=  0, -8,-23, -8, -2,-20,  0, -8,-21, -2,-19,-11, -3,-13, -1,  2,  5, -3,-14,-20,-14, -2;
/M: SY='D'; M= -1,  2,-23,  3,  3,-26, -6, -7,-21, -3,-19,-13, -1, -3,  3, -8,  3,  3,-16,-27,-16,  2;
/M: SY='M'; M= -7,-13,-23,-14, -1,-15,-25,-12,  4, -4, -1,  5,-12,-17,  5, -5, -7, -5,  3,-24, -9,  1;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q'; M=-10,  4,-27,  6, 14,-27,-19,  2,-23, 15,-21,-10,  2,-12, 18, 11, -1, -4,-20,-24, -8, 15;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-12, -1, 10,-20,-14, -1,-21,  2,-18, -9,  3,-14,  8, -1,  0, -4,-20,-28,-13,  9;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-19,-31,-24, 18,-31,-21, 21,-23, 16, 10,-24,-26,-24,-20,-17, -7, 21,-14,  7,-24;
/M: SY='V'; M=  0,-24,-16,-27,-22, -2,-21,-22, 17,-18, 13, 12,-22,-25,-20,-18,-12, -4, 23,-25, -8,-22;
/M: SY='D'; M= -7, 14,-25, 22, 13,-29, -4, -1,-30,  0,-25,-20,  7,-11,  1, -2,  6, -5,-22,-32,-17,  6;
/M: SY='Q'; M=-10, -4,-23, -6,  3,-14,-20, -4,-14,  4,-11, -3, -2,-15, 11,  8, -2,  1,-13,-21, -5,  7;
/M: SY='Y'; M=-17,-21,-27,-23,-22, 30,-20,  9, -3,-17, -1, -1,-16,-28,-18,-14,-17,-11, -7, 12, 47,-22;
/M: SY='M'; M= -6,-13,-24,-16, -9, -9, -3,-14, -6,-11, -4,  2, -9,-18, -7,-10, -6, -6, -6,-21,-10, -8;
/M: SY='D'; M=-10,  7,-29, 16, 10,-29,-16, -9,-23,  0,-25,-18, -1, 16,  0, -5,  0, -6,-20,-32,-20,  3;
/M: SY='R'; M= -8, -6,-23, -5,  1,-17,-21,-11, -7,  0, -6, -3, -6,-16,  0,  2, -3, -2, -4,-27,-11, -1;
/M: SY='I'; M= -6,-27,-18,-32,-24,  6,-30,-22, 25,-25, 24, 16,-24,-25,-20,-22,-19, -7, 19,-19,  1,-24;
/M: SY='I'; M= -8,-26,-22,-30,-22,  6,-31,-23, 24,-23, 22, 13,-22,-24,-18,-20,-18, -6, 18,-20, -1,-21;
/M: SY='D'; M= -8, 16,-27, 21, 18,-29,-15, -2,-27, 10,-23,-16,  7,-10, 13,  1,  1, -4,-23,-27,-12, 15;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-22,-19,-18, -2,-18,-15,  9,-17, 13, 11,-18,-23,-15,-16,-15, -6,  8,-19,  0,-17;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-23,-34,-25, 17,-30,-22, 21,-27, 27, 16,-25,-26,-22,-22,-24,-10, 12, -7,  6,-24;
/M: SY='L'; M= -8,-12,-22,-11, -2,-11,-22,-11, -1, -8,  5,  5,-12,-15, -1, -5, -8, -4, -2,-26, -9, -2;
/M: SY='N'; M=  0,  4,-23,  2,  2,-24,  5,  1,-27, -3,-22,-15,  7,-14, -1,  0,  5, -4,-21,-28,-16, -1;
/M: SY='E'; M= -8, -4,-26, -2,  8,-22, -6, -2,-18,  1,-13, -3, -4,-14,  7,  1, -3, -9,-16,-25,-13,  7;
/I:         MD=-25;
/M: SY='M'; M= -3,-10,-18,-13, -7,-11,-17,-13,  3, -4, -2,  8,-11,-15, -5, -6, -5,  0,  7,-23, -9, -7; D=-5;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D'; M= -8, 16,-22, 19,  9,-26,-11, -3,-22,  0,-21,-15, 13,-13,  7, -3,  8,  1,-19,-33,-16,  8;
/M: SY='P'; M=  5,-17,-32,-12, -2,-27,-15,-20,-18,-10,-25,-18,-17, 63,-10,-20, -4, -7,-22,-28,-27,-10;
/M: SY='Q'; M= -8,  8,-25,  9, 10,-28,-11,  4,-23,  8,-24,-12,  8,-13, 13,  3,  4, -5,-20,-29,-13, 11;
/M: SY='E'; M= -1,-10,-21,-11,  2,-10,-17,-13, -8, -3, -3, -4, -9,-15, -1, -6, -3, -2, -6,-22, -9,  1;
/M: SY='I'; M=  1,-25,-19,-32,-25,  0,-29,-27, 29,-23, 11, 10,-20,-22,-22,-24,-10, -2, 28,-23, -6,-25;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  2, -6,-22, -7, -1,-22,  5, -7,-19, -4,-19, -8, -2,-14,  1, -6,  6, -4,-13,-26,-16,  0;
/M: SY='H'; M= -5, -4,-23, -5, -3,-16,-20,  3, -8, -5, -1,  2, -7,-17,  1, -6, -8, -5, -8,-25, -6, -2;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-20,-33,-26,  4,-32,-24, 31,-26, 28, 20,-27,-27,-22,-22,-21, -7, 27,-23, -3,-25;
/M: SY='G'; M= -8, -5,-28, -5, -7,-21, 14,  7,-26, -9,-16,-10,  0,-15, -7, -6, -6,-14,-23,-25,-13, -8;
/M: SY='L'; M= -1,-23,-20,-27,-19,  9,-19,-18,  6,-19, 19,  9,-20,-25,-18,-12,-17, -8,  5,-16, -2,-18;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-30;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M= -5, -1,-24,  0,  4,-24,-10,-10,-19,  4,-22,-10,  0, -4,  3,  0,  7,  1,-15,-29,-16,  2;
/M: SY='S'; M= -1, -8,-21, -8,  1, -9,-12, -2,-17,-10,-16,-10, -4, -1, -3,-11,  6,  1,-15,-25, -9, -1;
/M: SY='D'; M= -3,  5,-22,  6, -3,-22, -2,-12,-18, -6,-17,-14,  4,-10, -8, -8,  2, -2,-12,-30,-18, -6;
/M: SY='T'; M= -5, -1,-24, -2, -3,-18, -4, -8,-21, -4,-17,-11, -2,-10,  0, -6,  1,  2,-17,-22,-10, -2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
  • UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052.
  • Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 94 hits in 51 different sequences
  • Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 94 hits in 51 different sequences
  • Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  • Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences
  • Number of known missed hits: 13
  • Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 4
  • Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 %
  • Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 87.85 %
Comments
  • MATRIX_TYPE: protein_domain
  • Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed
  • Matrix author: K_Hofmann, PS_Langendijk_Genevaux
  • Taxonomic range: Eukaryotes
  • Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 4
  • FT_KEY: DOMAIN
  • FT_DESC: Saposin B-type
  • VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot True positive hits:
AOAH_HUMAN  (P28039), AOAH_MOUSE  (O35298), AOAH_RABIT  (O18823), 
APA1_ARATH  (O65390), APA2_ARATH  (Q8VYL3), APA3_ARATH  (Q9XEC4), 
ASM1_CAEEL  (Q10916), ASM2_CAEEL  (Q23498), ASM3_CAEEL  (Q9UAY4), 
ASM_BOVIN   (Q0VD19), ASM_HUMAN   (P17405), ASM_MOUSE   (Q04519), 
ASPR1_ORYSJ (Q42456), ASPRX_ORYSJ (P42211), ASPR_CUCPE  (O04057), 
ASPR_HORVU  (P42210), CARDA_CYNCA (Q9XFX3), CARDB_CYNCA (Q9XFX4), 
CNPY2_HUMAN (Q9Y2B0), CNPY2_MOUSE (Q9QXT0), CTNA_DICDI  (Q86IV5), 
CTNB_DICDI  (Q8WSR7), CTNC_DICDI  (Q86HV8), CTNL_DICDI  (Q554K2), 
CYPR1_CYNCA (P40782), GNLY_HUMAN  (P22749), NKL_HORSE   (Q8HZQ3), 
NKL_PIG     (Q29075), PFPA_ENTHI  (P34095), PFPB_ENTHI  (Q24824), 
PFPC_ENTHI  (Q24825), PFPN_ENTHI  (Q07831), PSPB_BOVIN  (P15781), 
PSPB_CANFA  (P17129), PSPB_HUMAN  (P07988), PSPB_MOUSE  (P50405), 
PSPB_PIG    (P15782), PSPB_RABIT  (P15285), PSPB_RAT    (P22355), 
SAPL1_HUMAN (Q6NUJ1), SAPL1_MOUSE (Q8C1C1), SAP_BOVIN   (P26779), 
SAP_CAVPO   (P20097), SAP_CHICK   (O13035), SAP_HUMAN   (P07602), 
SAP_MOUSE   (Q61207), SAP_PIG     (P81405), SAP_RAT     (P10960), 
SGMA_DICDI  (Q55C09), SGMB_DICDI  (Q54C16), SPP11_CAEEL (Q10018)
False negative hits (sequences which belong to the set under consideration, but which have not been picked up by the pattern or profile):
CNPY1_DANRE (Q2L6L1), CNPY1_XENLA (Q5M7D4), CNPY3_BOVIN (Q0P5N1), 
CNPY3_DANRE (A3KNS2), CNPY3_HUMAN (Q9BT09), CNPY3_MOUSE (Q9DAU1), 
CNPY3_PIG   (A5GFQ5), CNPY3_XENLA (Q6GN40), CNPY3_XENTR (Q5HZV5), 
CNPY4_BOVIN (Q3SWX1), CNPY4_DANRE (Q2L6K8), CNPY4_HUMAN (Q8N129), 
CNPY4_MOUSE (Q8BQ47)
`Potential' hits (partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences):
CARDE_CYNCA (P85136), CARDF_CYNCA (P85137), CARDG_CYNCA (P85138), 
CARDH_CYNCA (P85139)
Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]		 1L9L; 1M12; 1N69; 1NKL; 1OF9; 1QDM; 1SN6; 2DOB; 2GTG; 2IL7; 2IP3; 2QYP; 2R0R; 2R1Q; 2RB3; 2Z9A; 3BQP; 3BQQ; 4DDJ;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

File name:

Format: Swiss-Prot Fasta

or