PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS50024

General information about the entry
Entry name	SEA
Accession number	PS50024
Entry type	MATRIX
Date	DEC-2001 (CREATED); DEC-2001 (DATA UPDATE); MAR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation	PDOC50024
Associated ProRule	PRU00188
Name and characterization of the entry
Description	SEA domain profile.
Matrix / Profile	/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=122; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=117; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7572; R2=0.0243; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=236; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=154; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='P'; M= 4,-15,-11,-14, -3,-21,-19,-17, -9,-10,-12, -8,-16, 11, -4,-15, -5, -6, -7,-28,-20, -5; /M: SY='V'; M= 1,-14,-16,-18,-12,-13,-18,-14, 4,-10, -2, 8,-14,-19, -1,-11, -2, 5, 11,-25,-11, -7; /M: SY='K'; M= -9, -8,-26, -6, 9,-21,-23, -9,-11, 12, -6, -1, -9,-15, 11, 6,-10, -9, -9,-23,-10, 10; /M: SY='S'; M= 3, -6,-18, -6, -1,-15, -4, -7,-15, -9,-17,-12, -1,-14, 0,-10, 15, 4,-10,-25, -7, -1; /M: SY='F'; M=-13,-19,-23,-26,-21, 25,-25, -7, -7,-20, -4, -5,-14,-23,-21,-15,-10, 3, -5, 12, 15,-19; /M: SY='N'; M= -4, 2,-26, -1, 5,-26, 2, -6,-25, 0,-23,-14, 7, -5, 7, 2, 2, -5,-24,-26,-19, 5; /M: SY='A'; M= 8,-20,-17,-24,-22, 2, 2,-23, -3,-20, -2, -3,-16,-23,-24,-20, -6, -7, 7,-18,-10,-22; /M: SY='P'; M= -4,-14,-22,-10, -2,-16,-17,-15, -9, -7,-12, -9,-10, 7, -7, -4, 2, 0, -5,-30,-17, -6; /M: SY='F'; M= -7,-26,-20,-29,-23, 20,-12,-21, 4,-26, 18, 5,-21,-27,-26,-20,-18,-10, 5,-13, 1,-23; /M: SY='F'; M=-12, -5,-24, -9, -9, 7,-20,-10, -9,-10,-10, -9, -1,-19,-12, -6, -5, 0,-10, -5, 5,-10; /M: SY='F'; M=-10,-30,-17,-34,-28, 30,-30,-24, 19,-25, 17, 11,-25,-29,-30,-20,-18, -6, 23,-13, 7,-28; /M: SY='T'; M= -5,-12,-19,-14, -3,-10,-23,-16, 2, -6, 3, 3,-12,-16, -7, -8, -4, 5, 4,-26, -9, -5; /M: SY='R'; M= -8, -7,-24, -8, 4,-17,-15, -7,-13, 2,-13, -4, -3,-14, 5, 10, 1, -1,-11,-25,-11, 3; /I: MD=-25; /M: SY='F'; M=-10, -9,-16, -9,-13, 9,-20,-12, 0,-10, -2, -3,-10,-19,-15, -7, -7, -1, 6,-13, 5,-14; D=-5; /I: MD=-25; DM=-25; /M: SY='D'; M= -8, 7,-22, 11, 9,-21, 0, 9,-25, -1,-20,-13, 5,-10, 2, -4, 2, -7,-20,-22, -7, 4; D=-5; /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='G'; M= -5, -8,-21, -9, -6,-16, 9, -4, -9,-11,-10, -4, -3,-12, -3,-11, -4,-11,-10,-15,-10, -6; D=-5; /I: MD=-25; DM=-25; /M: SY='Q'; M= -4, 1,-17, 2, 13,-20,-10, -1,-17, 7,-17, -8, 2, -6, 16, 7, 7, -1,-15,-19,-10, 14; D=-5; /I: DM=-25; /M: SY='N'; M= -5, 6,-26, 5, 7,-26, -1, -7,-25, -1,-28,-19, 13, 10, -1, -7, 7, -3,-26,-33,-23, 2; /M: SY='I'; M= -6,-28,-21,-31,-24, 2,-32,-20, 29,-26, 25, 16,-24,-26,-21,-22,-20, -8, 23,-23, -2,-24; /M: SY='T'; M= -7,-10,-21,-13, -1, -4,-21,-10, -7, -9, -5, 0, -9,-11, 3, -8, -1, 4, -7,-21, -5, 1; /M: SY='Y'; M=-19,-20,-27,-22,-17, 39,-29, 8, -2,-14, 1, -2,-18,-28,-16,-12,-18,-10, -9, 20, 59,-18; /M: SY='N'; M= -1, 12,-15, 3, -2,-18, -6, -5,-19, -4,-25,-17, 23,-14, -1, -1, 22, 18,-15,-36,-17, -2; /M: SY='P'; M= 4, -9,-24, -7, 1,-24,-13,-17,-18, -9,-23,-17, -8, 34, -6,-15, 8, 6,-17,-31,-23, -5; /M: SY='D'; M= -5, 16,-22, 18, 18,-27, -9, 3,-25, 0,-26,-19, 16,-10, 11, -4, 15, 1,-23,-35,-18, 15; /M: SY='L'; M=-12,-28,-21,-31,-21, 20,-29,-14, 16,-26, 36, 22,-26,-29,-19,-18,-26,-10, 7,-12, 10,-20; /M: SY='E'; M= 3, 7,-24, 12, 24,-29, -6, -5,-26, 0,-22,-17, 2, -7, 11, -6, 7, -5,-22,-29,-20, 18; /M: SY='D'; M=-15, 39,-26, 48, 13,-33, -9, -1,-32, 2,-29,-25, 24,-13, 0, -6, 3, -6,-25,-38,-19, 6; /M: SY='P'; M= -4,-13,-33, -7, 5,-28,-18,-16,-20, -1,-26,-16,-13, 52, -2,-11, -5, -5,-24,-27,-24, -2; /M: SY='S'; M= -4, 4,-21, 5, 2,-22, -9, -8,-19, 2,-17,-11, 5,-14, 3, -2, 7, 0,-15,-30,-14, 3; /M: SY='S'; M= 8, 2,-11, -3, -4,-17, -6,-13,-16, -9,-23,-16, 9,-11, -4,-10, 30, 28, -7,-36,-17, -4; /M: SY='D'; M= -7, 5,-25, 8, 8,-25,-16, -8,-17, 3,-20,-13, 1, -1, 1, 0, -2, -6,-13,-30,-17, 3; /M: SY='Y'; M= -5, -5,-24, -2, -4, -4,-14, -3,-10,-10, -5, -7, -9,-20, -8,-13, -7, -7, -9,-10, 14, -8; /M: SY='Y'; M=-20,-21,-26,-25,-21, 43,-29, 15, -4,-18, 1, 0,-16,-29,-19,-13,-19,-11, -9, 15, 54,-21; /M: SY='Q'; M= -5, -7,-27, -8, 3,-28, -9, -6,-17, 11,-18, -4, -4,-14, 19, 10, -4,-10,-16,-21,-13, 10; /M: SY='E'; M= -9, 10,-27, 20, 43,-28,-19, -4,-25, 5,-19,-18, 0, -5, 11, -4, 1, -7,-21,-32,-19, 27; /M: SY='L'; M= -8,-26,-20,-28,-21, 6,-30,-20, 20,-25, 32, 14,-24,-26,-19,-19,-20, -1, 14,-19, 3,-21; /M: SY='A'; M= 11, -9,-18,-12, -3,-18,-14,-10, -8, -3,-13, -6, -8,-15, 4, -7, 5, -1, -1,-22, -9, 0; /M: SY='R'; M=-11, -1,-26, -1, 8,-14,-17, -4,-25, 14,-19,-13, 3,-15, 4, 28, -3, -7,-19,-22,-10, 4; /M: SY='D'; M= 0, 16,-20, 17, 3,-24, -7, -5,-23, -2,-21,-18, 13,-14, -2, -1, 9, 0,-17,-33,-18, 0; /M: SY='I'; M= -8,-30,-21,-36,-29, 11,-34,-28, 34,-26, 18, 14,-24,-26,-26,-24,-17, -6, 31,-20, 0,-29; /M: SY='E'; M= -4, 0,-22, 2, 20,-23,-16, -8,-19, 2,-19,-14, -2, -9, 10, -3, 9, 4,-14,-25,-15, 15; /M: SY='E'; M= -6, 10,-26, 14, 16,-30, -4, -5,-29, 9,-26,-17, 7,-10, 9, 3, 4, -6,-24,-29,-18, 12; /M: SY='M'; M= 1,-12,-19,-19,-14, -4, -7,-13, -3,-13, 4, 9, -8,-19,-11,-13, -6, -2, -3,-21, -8,-12; /M: SY='I'; M=-10,-29,-21,-35,-27, 20,-32,-23, 25,-27, 24, 16,-25,-27,-25,-22,-21, -8, 20,-15, 5,-26; /M: SY='D'; M= -3, 6,-24, 11, 11,-21, -6, -9,-19, -8, -7,-12, 0,-14, -3,-12, -3, -8,-16,-29,-17, 4; /M: SY='Q'; M= -9, 3,-27, 6, 16,-30,-13, -3,-24, 7,-22,-12, 1, -5, 21, 5, 3, -1,-24,-26,-15, 18; /M: SY='I'; M= -6,-19,-13,-24,-15, -5,-30,-23, 18,-21, 9, 6,-16,-20,-15,-21, -8, 1, 14,-27, -8,-17; /M: SY='Y'; M=-19,-25,-25,-31,-25, 51,-31, -2, 3,-21, 6, 1,-20,-29,-24,-16,-20,-10, -3, 17, 52,-25; /M: SY='R'; M= -9, 0,-28, 0, 0,-26, 2, -6,-25, 3,-20,-11, 5,-10, 6, 7, -3,-10,-23,-25,-17, 2; /M: SY='K'; M= -4, 3,-25, 0, 4,-28, -4, 2,-26, 13,-26,-11, 9,-13, 12, 9, 2, -7,-23,-25,-13, 7; /I: MD=-22; /M: SY='T'; M= 1, -4,-14, -8, -7,-13, -7,-14,-10, -8,-15,-10, 1,-11, -6, -7, 16, 20, -4,-27,-12, -7; D=-4; /I: MD=-22; /M: SY='D'; M= -8, 15,-20, 18, 8,-21, -8, -4,-19, -2,-20,-16, 11, 8, -1, -7, 4, 0,-19,-27,-16, 3; D=-4; /I: MD=-22; /M: SY='L'; M= -5,-19,-14,-19,-17, 2,-12,-13, 10,-16, 15, 10,-18,-20,-15,-13,-14, -6, 10,-13, 1,-16; D=-4; /I: MD=-22; /M: SY='K'; M= 5, 2,-18, 2, 2,-21, -3, -9,-20, 15,-18,-10, 0, -8, 0, 5, -2, -6,-12,-17,-12, 1; D=-4; /I: MD=-22; /M: SY='N'; M= -6, 9,-18, 7, 2,-18, -2, -2,-16, 3,-18,-11, 12, 5, 2, -1, 0, -5,-18,-20,-13, 2; D=-4; /I: I=-7; MI=0; IM=0; DM=-22; /M: SY='D'; M= -3, 9,-25, 13, 7,-26,-11, -7,-19, 0,-17,-13, 3,-13, 3, 0, -1, -8,-14,-28,-16, 4; /M: SY='F'; M=-18,-28,-23,-35,-28, 55,-31,-12, 7,-25, 9, 3,-20,-29,-30,-19,-20,-10, 4, 9, 37,-28; /M: SY='V'; M= -7,-25,-20,-25,-19, -2,-28,-23, 14,-10, 15, 9,-24,-25,-18,-11,-19, -7, 18,-16, -4,-18; /M: SY='G'; M= 0, 4,-20, -2, -8,-22, 18,-12,-25, -7,-26,-17, 13,-15, -8, -9, 14, 7,-19,-30,-21, -8; /M: SY='V'; M= 5,-18,-14,-22,-18, -6,-21,-22, 12,-18, 5, 2,-15,-20,-17,-18, 1, 7, 18,-28,-10,-18; /M: SY='R'; M= -6, -1,-22, 2, 10,-21,-15, -7,-20, 7,-19,-13, 0,-13, 3, 13, 6, 0,-12,-30,-15, 5; /M: SY='V'; M= -3,-16,-14,-20,-19, 2,-20,-21, 10,-17, 1, 1,-12,-25,-22,-16, -4, 4, 21,-27, -8,-20; /M: SY='I'; M= -9, -7,-27,-14,-14, -9,-22,-10, 7,-14, 0, 0, 0,-20,-10,-10,-12, -9, -1,-14, -5,-14; /M: SY='K'; M=-12, 1,-31, 6, 11,-24,-10, -3,-26, 14,-23,-13, -2, -6, 8, 6, -7,-11,-24,-17, -4, 8; /M: SY='F'; M=-12,-24,-22,-29,-18, 26,-30,-21, 13,-24, 12, 5,-18,-23,-23,-20,-15, -7, 9,-12, 7,-20; /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; /M: SY='R'; M= -9, -8,-23, -8, 2,-16, -8, -9,-18, 3,-10, -8, -5,-16, -1, 16, -4, -2,-12,-22,-13, -1; D=-6; /I: DM=-32; /M: SY='P'; M= -9, 10,-27, 9, 3,-26,-10, 2,-23, -5,-29,-19, 15, 20, 0, -9, 5, -3,-27,-35,-20, -1; /M: SY='G'; M= 1,-10,-29, -8, -7,-28, 29,-18,-30,-14,-28,-19, -5, 12,-12,-18, 2,-12,-26,-25,-28,-11; /M: SY='S'; M= -4, -6,-24, -5, 0,-17,-12,-13,-21, 3,-25,-16, -3,-15, -1, 1, 7, 0,-14, -2, -9, 0; /M: SY='V'; M= 1,-23,-14,-24,-21, -4,-24,-24, 16,-20, 8, 5,-21,-19,-20,-19, -5, 3, 24,-28,-10,-21; /M: SY='V'; M= -3,-20,-20,-23,-15, 0,-25,-16, 9, -9, 1, 6,-17,-22,-11, -8,-10, -6, 13,-17, 0,-14; /I: MD=-27; /M: SY='R'; M= -7, 5,-13, 0, -1,-10, -7, 1,-11, 8,-11, -2, 11,-10, 3, 15, -2, -3,-11,-15, -7, 0; D=-5; /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-27; /M: SY='V'; M= 0,-28,-21,-29,-26, 0,-18,-25, 10,-19, -1, 0,-27,-27,-23,-20,-14, -8, 18, 12, 2,-24; /M: SY='D'; M=-13, 11,-28, 17, 13,-25,-21, -8,-13, -3,-13,-11, 2,-11, 3, -6, -4, -5,-12,-30,-13, 7; /M: SY='L'; M= -6,-16,-18,-18,-11, 0,-22,-16, 0,-10, 5, 1,-13,-20,-10, -8, -5, 3, 3,-22, -4,-10; /M: SY='D'; M= -9, 13,-26, 18, 3,-27, 6, -4,-28, -8,-22,-18, 6,-13, -6,-12, 3, 0,-21,-30,-17, -2; /M: SY='V'; M= -5,-29,-16,-29,-24, 4,-29,-25, 24,-25, 27, 14,-28,-28,-24,-20,-17, -4, 28,-25, -5,-24; /M: SY='L'; M= 0,-19,-21,-22,-16, -3,-13, -4, 2,-22, 13, 5,-15,-23,-14,-17,-12, -8, 1,-22, -4,-16; /M: SY='F'; M=-14,-25,-20,-32,-26, 54,-20,-17, -3,-25, 3, -3,-16,-27,-32,-18,-12, -7, 0, 2, 21,-26; /M: SY='N'; M= -4, 13,-24, 13, 9,-26,-10, -2,-26, 9,-24,-17, 14,-13, 6, 13, 3, -5,-21,-30,-17, 6; /M: SY='E'; M= -8, -9,-25, -7, 5,-13,-14,-11,-14, -5,-14, -9, -9, -1, -1, -8, -3, -2,-12,-21, -8, 2; /M: SY='G'; M= -3, -3,-24, -6, -4,-17, 4,-13,-21, -8,-20,-15, 2,-16, -8, -8, 3, 1,-16,-10,-14, -5; /M: SY='T'; M= 8, -5,-12,-10,-12,-12,-16,-19, -1,-12, -9, -7, -4,-17,-14,-14, 9, 16, 10,-31,-14,-13; /I: I=-6; MI=0; MD=-21; IM=0; /M: SY='F'; M= -9,-16,-15,-21,-17, 17,-22, -6, 7,-16, 3, 2,-12,-18,-17,-13, -8, 1, 8, -8, 12,-17; D=-4; /I: DM=-21; /M: SY='N'; M= -8, 10,-20, 5, -2,-13,-12, -5,-15, -2,-17,-12, 16,-18, -3, 0, 5, 3,-14,-30,-12, -3; /M: SY='A'; M= 11, 0,-20, 0, 0,-24, 4,-14,-21, -2,-21,-15, -1,-12, -5, -9, 8, -3,-11,-27,-20, -3; /M: SY='S'; M= 5, -4,-21, -5, 2,-24, 4, 1,-22, -6,-21,-12, 0,-13, 3, -8, 8, -2,-16,-27,-15, 2; /M: SY='D'; M=-12, 20,-25, 25, 9,-24,-12, -3,-25, 1,-23,-15, 12,-13, 5, -5, 3, -3,-22,-26,-13, 7; /M: SY='V'; M= 1,-22,-15,-24,-18, -7,-27,-24, 20,-16, 5, 6,-21,-23,-16,-17, -7, 1, 30,-27,-10,-18; /M: SY='K'; M= -6, -1,-28, -1, 13,-29,-15, 0,-25, 17,-23,-10, -1, -3, 15, 10, -3, -7,-22,-23,-12, 13; /M: SY='E'; M= 1, -3,-21, -2, 18,-20,-17,-10,-12, -2,-13,-10, -5,-10, 4, -5, 5, 0, -7,-29,-16, 10; /M: SY='Q'; M= 2, 1,-24, 3, 9,-28,-15, -7,-17, -2,-16, -8, -4, 2, 12, -7, 1, -3,-16,-26,-16, 10; /M: SY='L'; M= -6,-18,-20,-19, -6, 9,-23,-15, 0,-16, 16, 3,-16,-21,-13,-13,-13, -6, -2,-18, -2, -9; /M: SY='L'; M= -8, -9, -3,-13,-13,-11,-23,-12, -1,-15, 1, -2, -6,-22,-12,-15, -6, -1, -1,-30, -9,-14; /M: SY='Q'; M= -5, -3,-24, -5, 9,-27,-18, -3,-18, 8,-17, -6, -2,-12, 24, 12, 3, 0,-16,-24,-12, 16; /M: SY='Y'; M= -7,-15,-23,-17,-13, 1,-13, 1, -6,-13, -2, 0,-10,-23, -7, -8,-10, -9, -4,-14, 6,-10; /M: SY='I'; M= -9,-18,-26,-20,-12, -3,-27,-15, 7, -8, 1, 2,-16,-20,-10,-11,-12, -5, 4, -5, 7,-13; /M: SY='E'; M= -1, 3,-24, 5, 17,-28,-14, -6,-24, 9,-23,-14, 1, -4, 13, 4, 7, 0,-20,-28,-16, 14; /M: SY='Q'; M= 9, -5,-20, -5, 7,-22,-14, -5,-12, -5, -8, -6, -6,-12, 10, -8, 2, -4,-11,-25,-13, 8; /M: SY='A'; M= 9, -8,-20,-15,-10,-10, -6,-15, -2,-14, -8, -3, -2,-15,-10,-16, 2, -3, -3,-23,-12,-11; /M: SY='K'; M= 7, 3,-22, 3, 9,-26,-11, -9,-23, 11,-21,-13, 0,-10, 6, 5, 4, -2,-15,-26,-16, 7; /I: MD=-29; /M: SY='S'; M= 1, -4,-14, -4, -1,-13, -9, -8, -9, 0,-13, -8, -1, -4, -1, 3, 6, 1, -5,-20,-11, -2; D=-6; /I: I=-7; MI=0; IM=0; DM=-29; /M: SY='Y'; M= -5,-13,-24,-14, -9, 2,-15, -1,-10, -7, -8, -7,-12,-20, -7, -7, -6, -3,-11, 4, 23,-10; /M: SY='N'; M= 2, 2,-20, -6, -7,-19, -7, -9, -7, -9,-17, -9, 11,-11, -2,-11, 7, 1, -9,-30,-16, -5; /M: SY='L'; M=-10,-25,-23,-28,-20, 5,-31,-17, 21,-24, 28, 14,-23,-25,-14,-19,-20, -6, 12,-16, 6,-19; /M: SY='T'; M= -1, -6,-17, -9, -9,-14,-20,-17, -5, 2, -8, -5, -7,-18,-10, -1, -1, 7, 6,-27,-11,-10; /M: SY='I'; M= -5,-14,-22,-19, -9,-10,-27,-19, 10,-10, 0, 1,-11,-16, -9, -6, -4, 6, 10,-25, -8,-11; /M: SY='S'; M= -3, 3,-17, 0, -3,-10, -9, -7,-17, -3,-21,-11, 10,-15, -4, -2, 15, 8,-12,-30,-11, -3; /M: SY='D'; M=-12, 12,-30, 15, 7,-29, 0, 5,-31, 4,-27,-18, 11, -4, 0, 2, -3,-11,-28,-30,-16, 2; /M: M= -6,-14,-25,-17,-16, -9, -9,-18, 0,-16,-10, -5, -7, -7,-14,-17, -6, -7, 0,-17,-12,-16; /M: SY='E'; M= -2, 3,-21, 4, 7,-22, -6,-10,-20, -2,-17,-13, 2,-13, 1, -3, 6, 1,-13,-29,-17, 3; /M: SY='V'; M= -4,-23,-18,-26,-19, 0,-28,-21, 16,-14, 7, 8,-21,-24,-13,-14,-12, -5, 22,-22, -4,-16; /M: SY='D'; M= -9, 12,-26, 13, 5,-26, 7, -5,-29, 0,-25,-18, 13,-14, 0, -1, 4, -5,-25,-28,-17, 2; /M: SY='D'; M=-11, 4,-24, 7, 4,-11,-11, 4,-22, -2,-19,-13, 3,-16, -3, -2, 0, -6,-16,-23, -3, -1; /M: SY='V'; M= -1,-19,-17,-22,-19, -9,-16,-20, 10,-13, -2, 5,-15,-22,-15,-10, -1, -1, 19,-28,-11,-18; /M: SY='K'; M=-10, 5,-28, 10, 11,-29,-16, -5,-26, 14,-24,-14, 2, -1, 10, 12, 0, -6,-22,-28,-15, 9; /M: SY='F'; M=-12,-29,-21,-34,-25, 30,-31,-22, 19,-29, 25, 11,-23,-27,-26,-22,-21, -8, 12,-11, 9,-25; /M: SY='P'; M= -9, -8,-25, -8, -9,-10,-10,-12,-13,-10,-12, -8, -6, 4,-11, -9, -4, -1,-13,-23, -9,-11; /M: SY='D'; M= -7, 2,-21, 6, 1,-12,-18,-13,-10,-12, -7,-10, -4,-11, -9,-14, 0, 1, -6,-29,-11, -4; /M: SY='S'; M= 1, -4, 3, -8,-10, -6,-13,-15,-15,-13,-18,-14, 0,-19,-13,-14, 12, 4, -5,-31,-13,-11; /M: SY='A'; M= 11, -1,-22, 1, -2,-23,-11,-15,-16,-10,-14,-14, -6, 10, -8,-17, 2, -2,-12,-28,-20, -6; /M: SY='Q'; M= -7, 9,-25, 12, 18,-31,-16, 8,-24, 2,-21,-11, 4, -9, 24, -1, 5, -1,-24,-28,-12, 21; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052. Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 56 hits in 43 different sequences Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 55 hits in 42 different sequences Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences Number of false hits (on unrelated proteins): 1 hits in 1 different sequences Number of known missed hits: 17 Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0 Precision (true hits / (true hits + false positives)): 98.21 % Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 76.39 %
Comments
MATRIX_TYPE: protein_domain Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed Matrix author: K_Hofmann Taxonomic range: Eukaryotes Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 11 FT_KEY: DOMAIN FT_DESC: SEA VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot	True positive hits: AGRIN_CHICK (P31696), AGRIN_DIPOM (Q90404), AGRIN_HUMAN (O00468), AGRIN_MOUSE (A2ASQ1), AGRIN_RAT (P25304), ENTK_BOVIN (P98072), ENTK_HUMAN (P98073), ENTK_MOUSE (P97435), ENTK_PIG (P98074), GP116_RAT (Q9WVT0), IMPG1_BOVIN (Q9GMS5), IMPG1_CHICK (Q8JIR8), IMPG1_HUMAN (Q17R60), IMPG1_RAT (Q9ET62), IMPG2_CHICK (Q1XI86), IMPG2_HUMAN (Q9BZV3), IMPG2_MOUSE (Q80XH2), IMPG2_RAT (P70628), MUA3_CAEEL (P34576), MUC13_MOUSE (P19467), MUC13_RAT (P97881), MUC16_HUMAN (Q8WXI7), MUC17_HUMAN (Q685J3), MUC1_BOVIN (Q8WML4), MUC1_HUMAN (P15941), MUC1_HYLLA (Q29435), MUC1_MESAU (Q60528), MUC1_MOUSE (Q02496), MUC3A_HUMAN (Q02505), MUC3B_HUMAN (Q9H195), PGBM_HUMAN (P98160), PGBM_MOUSE (Q05793), SP63_STRPU (Q07929), TM11B_HUMAN (Q86T26), TM11D_HUMAN (O60235), TM11D_MOUSE (Q8VHK8), TM11D_RAT (Q8VHJ4), TM11E_HUMAN (Q9UL52), TM11F_HUMAN (Q6ZWK6), TM11F_MOUSE (Q8BHM9), TM11G_MOUSE (Q8BZ10), TM11G_RAT (Q5QSK2) False negative hits (sequences which belong to the set under consideration, but which have not been picked up by the pattern or profile): GP110_HUMAN (Q5T601), GP110_MOUSE (Q8VEC3), GP116_HUMAN (Q8IZF2), IMPG1_MOUSE (Q8R1W8), MUC12_HUMAN (Q9UKN1), MUC13_HUMAN (Q9H3R2), TM11A_HUMAN (Q6ZMR5), TM11A_MOUSE (Q3UQ41), TM11E_MOUSE (Q5S248), TM11L_MOUSE (Q14C59), TM11L_RAT (Q6IE14), TMPS6_MOUSE (Q9DBI0), TMPS7_HUMAN (Q7RTY8), TMPS7_MOUSE (Q8BIK6), TMPS7_RAT (P86091), UROL1_HUMAN (Q5DID0), UROL1_MOUSE (Q5DID3) False positive hits (sequences which do not belong to the set under consideration): PSMD3_DICDI (Q1ZXD3) Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
PDB [Detailed view]	2ACM; 2E7V;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Disclaimer

Back to the Top