Entry: PS50031

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] EH
Accession [info] PS50031
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50031
Associated ProRule [info] PRU00077

Name and characterization of the entry

Description [info] EH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=91;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=86;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.1558; R2=.02262896; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4627.62406015038; R2=25.8890977443609; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=368; N_SCORE=8.5; H_SCORE=14181; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=280; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11877; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D'; M=-14, 28,-29, 40, 26,-34, -5, -2,-35,  4,-27,-24, 13, -9,  5, -5,  0,-10,-29,-34,-20, 15;
/M: SY='K'; M= -9, -2,-26, -5,  5,-22,-21, -8,-11, 14,-13, -4,  0,-14,  9,  6, -6, -5,-11,-24,-10,  6;
/M: SY='A'; M= 19, -4,-19, -9, -2,-23, -2,-12,-16, -5,-18,-10, -1, -1, -2,-12,  8, -2,-12,-25,-20, -3;
/M: SY='K'; M=-12, -5,-27, -5,  2,-17,-22, -8,-19, 21,-14, -5, -5,-16,  8, 21,-11, -9,-14,-20, -7,  5;
/M: SY='Y'; M=-19,-24,-26,-27,-24, 42,-30,  5,  2,-17,  4,  1,-21,-30,-20,-14,-19, -9, -3, 20, 59,-24;
/M: SY='E'; M= -9, 13,-30, 20, 21,-24,-14, -4,-27, -1,-23,-21,  3, -3,  3, -8, -2, -9,-26,-14,-11, 12;
/M: SY='E'; M= -2,  4,-25,  6, 20,-30,-13, -5,-25, 14,-23,-13,  1, -8, 16,  5,  3, -4,-21,-26,-15, 18;
/M: SY='I'; M=-12,-25,-28,-32,-22,  6,-35,-19, 28,-20, 15, 13,-19,-22,-14,-20,-19,-10, 14,-13,  9,-21;
/M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-33,-27, 63,-30, -6,  0,-23,  7,  0,-20,-30,-30,-17,-20,-10, -3, 17, 47,-27;
/M: SY='D'; M= -6,  5,-23,  6,  5,-20,-14,  1,-18, -2,-11,-10,  4,-15,  2,  1,  1, -4,-16,-30,-12,  3;
/M: SY='S'; M=  2,  2,-20,  2,  5,-27, -6, -6,-23,  4,-24,-13,  4,-11, 13,  2, 14,  4,-17,-29,-16,  9;
/I:         MD=-32;
/M: SY='V'; M=  0,-12,  1,-16,-13,  0,-16,-15,  3,-14,  5,  1,-11,-15,-13,-13, -4,  5,  7,-17, -5,-13; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M: SY='R'; M= -1, -5,-20, -6,  2,-18,-14, -8,-16, 11,-14, -8, -1,-14,  1, 17, -1, -4, -8,-23,-12,  0; D=-3;
/M: SY='P'; M= -1, -5,-25, -2,  7,-22,-15,-14,-17, -4,-18,-14, -8, 26, -4,-11,  0,  2,-17,-27,-19,  0; D=-3;
/M: SY='I'; M= -8,-23,-22,-27,-20,  7,-22,-22, 14,-18,  9,  6,-18,-16,-20,-17,-15, -7, 11,-16, -2,-21; D=-3;
/M: SY='F'; M=-13,-26,-19,-30,-22, 32,-27,-14, 11,-25, 28, 13,-23,-27,-23,-17,-23, -9,  4, -5, 16,-21; D=-3;
/M: SY='M'; M= -5,-14,-20,-16, -6, -7,-19, -8,  0, -3,  6, 12,-13,-18, -4, -1,-10, -6,  0,-19, -3, -5; D=-3;
/M: SY='N'; M= -5,  4,-19,  0,  0,-16,-11,  0,-19,  9,-22,-12, 10,-13,  1,  6,  9,  7,-15,-25, -6,  0; D=-3;
/M: SY='S'; M=  6, -5,-11, -8, -6, -8, -7,-12,-12,-12,-15,-12,  2,-12, -6,-11, 23, 16, -5,-29,-12, -6; D=-3;
/M: SY='G'; M= -6,  1,-27,  1, -7,-26, 29,-11,-33,  0,-26,-17,  6,-17, -8,  3, -2,-14,-25,-22,-21, -8; D=-3;
/M: SY='L'; M= -8,-28,-18,-28,-20,  8,-28,-20, 21,-27, 41, 18,-27,-27,-19,-19,-25, -8, 14,-19, -1,-20; D=-3;
/M: SY='P'; M= -7, -2,-27,  2,  1,-25,-12,-11,-20, -6,-26,-18, -1, 39, -5,-10,  3, -1,-23,-31,-23, -5; D=-3;
/M: SY='D'; M= -4,  7,-24,  9,  2,-26, -8, -7,-21,  3,-19, -9,  3, -9,  3, -1,  0, -6,-16,-28,-16,  2;
/M: SY='Q'; M= -4,  5,-23,  6,  6,-24,-16, -4,-16, -5,-16,-11,  2, -4,  7, -8,  5,  5,-16,-30,-14,  6;
/M: SY='V'; M= -7, -7,-21, -7,-11,-12,-25,-17,  8,-15,  5,  2,-12,-20,-10,-16, -8, -1, 10,-27, -9,-11;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='G'; M= 12, -1,-20, -5, -4,-24, 17,-12,-25, -7,-23,-16,  5,-14, -6, -7,  8, -5,-18,-26,-22, -5;
/M: SY='H'; M=-12, -1,-27, -1,  9,-26,-18, 19,-26, 16,-23, -7,  3,-13, 18, 19, -2, -7,-23,-25, -5, 12;
/M: SY='I'; M= -2,-28,-22,-35,-28, -2,-34,-29, 39,-25, 14, 14,-22,-22,-22,-26,-14, -6, 33,-23, -5,-28;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='B'; M=  5, 14,-19, 14,  9,-21, -7, -7,-22, -4,-21,-19, 11,-11, -1,-10, 11,  2,-17,-32,-17,  4;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-19,-28,-19,  7,-27,-20, 16,-27, 42, 16,-27,-27,-19,-19,-24, -5,  9,-21, -2,-19;
/M: SY='A'; M= 16,-16, 15,-22,-18,-14,-15,-23, -3,-18, -9, -7,-13,-21,-17,-21,  5,  1,  9,-32,-18,-18;
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M:
/M: SY='F'; M= 11,-19,-10,-26,-19, 14,-17,-19, -1,-19,  1, -3,-15,-21,-20,-20, -3, -3,  3,-13,  1,-19;
/M: SY='V'; M= -2,-25,-19,-26,-20, -1,-26,-19, 17,-20, 13, 10,-23,-16,-19,-19,-12, -4, 18,-22, -2,-21;
/M: SY='A'; M= 27,-14, -7,-23,-15, -2, -6,-20, -9,-16, -4, -7,-12,-16,-17,-20,  2, -1, -1,-17,-11,-15;
/M: SY='M'; M=-10,-23,-20,-30,-20, 12,-24,-11, 16,-19, 22, 32,-20,-23,-12,-15,-18, -7,  8,-18,  2,-16;
/M: SY='H'; M=-14,-10,-28,-13, -7, -5,-22, 29,-16,  1,-12, -2, -3,-20,  0, 13,-11,-13,-15,-16, 13, -7;
/M: SY='L'; M= -9,-26, -9,-28,-19,  8,-27,-19, 12,-27, 35, 15,-25,-28,-19,-19,-22, -7,  6,-23, -3,-19;
/M: SY='I'; M= -5,-27,-20,-32,-26,  0,-32,-27, 33,-25, 16, 13,-22,-24,-22,-23,-13, -4, 31,-25, -5,-26;
/M: SY='A'; M=  5,  0,-21, -6, -4, -8,-12, -2,-14, -4,-14, -9,  3,-17,  2, -3,  0, -5,-14,-15,  1, -2;
/M: SY='Q'; M= -8, -4, -7, -4, -3,-19,-17, -5,-17, -4, -9, -4, -7,-20,  6, -3, -8,-10,-15,-22, -6,  1;
/M: SY='A'; M= 11,-12,-11,-16, -8,-17,-14,-15,-12,  4, -8, -4,-10,-17, -5,  4, -4, -5, -4,-23,-14, -7;
/M: SY='Q'; M=-10, -7,-23,-10, -3,-16,-21,  3, -3, -6,  2,  6, -4,-20, 11, -3,-10, -8, -7,-25, -6,  3;
/M: SY='N'; M= -5, 12,-24,  9, 12,-26,-12, -1,-20,  4,-23,-14, 16,-12, 12,  3,  6, -3,-21,-31,-16, 12;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-27, -9,-11,-26, 32,-11,-30, -5,-22,-13, -2,-18,-11, -8, -3,-14,-22,-21,-20,-11;
/I:         MD=-17;
/M: SY='G'; M= -4,  0,-16,  1,  4,-15,  6,  0,-16,  0,-14, -9,  2,  0, -1, -2, -2, -7,-15,-14,-10,  1; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-17;
/M: SY='E'; M= -6, -5,-26, -3,  4,-14,-20, -5, -8, -7, -7, -7, -6, -3, -4,-11, -7, -7,-10,-23, -6, -2;
/M: SY='E'; M= -7,  0,-25,  5, 13,-25,-17,-10,-20, -1,-21,-16, -3, 11,  2, -3,  5,  2,-17,-31,-19,  6;
/M: SY='I'; M= -2,-25,-22,-29,-22, -6,-29,-27, 24,-21,  7,  7,-21, -5,-20,-23,-11, -3, 21,-25,-10,-24;
/M: SY='P'; M= -9,-13,-36, -7,  0,-28,-17,-17,-20, -9,-29,-20,-11, 72, -9,-17, -5, -5,-28,-31,-28, -9;
/M: SY='S'; M=  0, -2,-20, -3, -4,-13,-14,  0,-14, -4,-11, -6, -1,-16, -1, -2,  2,  0,-11,-21, -1, -4;
/M: SY='S'; M=  0, -8,-16, -8,  1,-16,-16,-13, -5, -9,-10, -7, -6,-15,  0,-10, 11,  8,  2,-32,-14,  0;
/M: SY='L'; M= -8,-22,-20,-25,-18,  4,-26,-18, 17,-26, 33, 13,-19,-26,-17,-19,-19, -6,  8,-23, -3,-18;
/M: SY='P'; M= -6,-15,-32, -9, -4,-20,-19,-16,-14,-11,-18,-14,-16, 48,-10,-18, -7, -5,-20,-25,-16,-10;
/M: SY='S'; M= -1,  6,-21,  7, -1,-22,-10,-11,-16, -9,-20,-16,  6,  6, -6,-13,  8,  3,-14,-34,-20, -5;
/M: SY='Q'; M= -5, -5,-24, -4,  3,-13,-14, -3,-17, -6,-15,-11, -2,-12,  4, -7,  3, -3,-17,-12, -7,  4;
/M: SY='L'; M=  1,-20,-16,-23,-15, -1,-20,-17,  8,-21, 23, 12,-18,-22,-13,-17,-10,  1,  5,-24, -6,-14;
/M: SY='I'; M= -6,-26,-24,-31,-22,  3,-29,-23, 19,-17, 11, 10,-21,-23,-18,-13,-17, -9, 16,-10, -1,-21;
/M: SY='P'; M= -6, -3,-32,  1,  7,-30,-16, -6,-21, -4,-26,-16, -3, 41,  4,-11, -4, -8,-27,-30,-22,  3;
/M: SY='P'; M= -3,-10,-27, -6,  3,-25,-12,-15,-17, -8,-24,-16, -8, 32, -2,-13,  6,  1,-17,-31,-23, -2;
/M: SY='S'; M=  1,-10,-10,-11, -8,-12,-13,-16,-12,-14,-20,-14, -3,  7,-11,-16, 10,  3, -9,-31,-17,-11;
/M: SY='K'; M= -7,  2,-25,  2,  8,-20,-15, -7,-25, 14,-23,-14,  4, -6,  3, 14,  1, -3,-19,-26,-13,  5;
/M: SY='R'; M= -4, -7,-21,-13, -9,  0,-16,-10,-12,  1, -8, -6,  0,-20, -8,  9, -6, -5, -8,-19, -5, -9;
/M: SY='H'; M= -4, -3,-27, -5, -1,-18, -7,  4,-20, -2,-19, -9,  2,  3, -4, -6, -4, -9,-20,-26,-12, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 197 in 113 different sequences
Number of true positive hits 196 in 112 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 7
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.49 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 96.55 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] EH
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
112 sequences

EDE1_YEAST  (P34216), EHD1_BOVIN  (Q5E9R3), EHD1_HUMAN  (Q9H4M9), 
EHD1_MOUSE  (Q9WVK4), EHD1_PONAB  (Q5RBP4), EHD1_RAT    (Q641Z6), 
EHD2_HUMAN  (Q9NZN4), EHD2_MOUSE  (Q8BH64), EHD2_RAT    (Q4V8H8), 
EHD3_HUMAN  (Q9NZN3), EHD3_MOUSE  (Q9QXY6), EHD3_RAT    (Q8R491), 
EHD4_HUMAN  (Q9H223), EHD4_MOUSE  (Q9EQP2), END3_AJECN  (A6RFP4), 
END3_ASHGO  (Q755V2), END3_ASPCL  (A1CPG1), END3_ASPFC  (B0XR88), 
END3_ASPFU  (Q4WSE8), END3_ASPNC  (A2QRG2), END3_ASPOR  (Q2UCH0), 
END3_ASPTN  (Q0D0N9), END3_BOTFB  (A6SIJ6), END3_CANAL  (Q5AJ82), 
END3_CANGA  (Q6FP98), END3_CHAGB  (Q2H2V8), END3_COCIM  (Q1DUU2), 
END3_DEBHA  (Q6BY77), END3_EMENI  (Q5BEK7), END3_KLULA  (Q6CTM9), 
END3_LODEL  (A5DXI9), END3_MAGO7  (P0CT09), END3_MAGOY  (L7IIY8), 
END3_NEOFI  (A1D2B8), END3_NEUCR  (Q7S9V9), END3_PICGU  (A5DF78), 
END3_PICST  (A3M008), END3_PODAN  (B2AS96), END3_SCHPO  (Q9USZ7), 
END3_SCLS1  (A7E7N7), END3_VANPO  (A7TEE6), END3_YARLI  (Q6C370), 
END3_YEAS7  (A6ZRZ6), END3_YEAST  (P39013), EP15R_HUMAN (Q9UBC2), 
EP15R_MOUSE (Q60902), EPS15_DICDI (Q54KI4), EPS15_HUMAN (P42566), 
EPS15_MOUSE (P42567), IRS4_ASHGO  (Q754G7), IRS4_ASPCL  (A1CBF3), 
IRS4_ASPFU  (Q4WVH0), IRS4_ASPNC  (A2RA84), IRS4_CANAL  (Q59SR6), 
IRS4_CANGA  (Q6FJW0), IRS4_CHAGB  (Q2H9M1), IRS4_COCIM  (Q1DKE6), 
IRS4_DEBHA  (Q6BRH9), IRS4_EMENI  (Q5BH85), IRS4_LODEL  (A5DZL0), 
IRS4_MAGO7  (A4QST9), IRS4_NEOFI  (A1DDY6), IRS4_NEUCR  (Q7SB65), 
IRS4_PICGU  (A5DBE7), IRS4_PICST  (A3LPY4), IRS4_SCHPO  (O14066), 
IRS4_YARLI  (Q6C449), ITSN1_HUMAN (Q15811), ITSN1_MOUSE (Q9Z0R4), 
ITSN1_RAT   (Q9WVE9), ITSN1_XENLA (O42287), ITSN2_HUMAN (Q9NZM3), 
ITSN2_MOUSE (Q9Z0R6), PAN1_AJECN  (A6R7X5), PAN1_ASHGO  (Q75AA0), 
PAN1_ASPCL  (A1CD74), PAN1_ASPFC  (B0YC95), PAN1_ASPFU  (Q4WG58), 
PAN1_ASPNC  (A2R180), PAN1_ASPOR  (Q2UDY8), PAN1_ASPTN  (Q0CPW4), 
PAN1_BOTFB  (A6S9N4), PAN1_CANAL  (Q5AHB1), PAN1_CANGA  (Q6FPQ7), 
PAN1_CHAGB  (Q2H922), PAN1_COCIM  (Q1DQC1), PAN1_DEBHA  (Q6BNL1), 
PAN1_EMENI  (Q5B5B0), PAN1_KLULA  (Q6CQX9), PAN1_LODEL  (A5DVD6), 
PAN1_MAGO7  (A4R8N4), PAN1_NEOFI  (A1DC51), PAN1_NEUCR  (Q7SAT8), 
PAN1_PICGU  (A5DP36), PAN1_PICST  (A3LN86), PAN1_PODAN  (B2AWS3), 
PAN1_SCHPO  (Q10172), PAN1_SCLS1  (A7EKZ0), PAN1_VANPO  (A7TSV7), 
PAN1_YARLI  (Q6C908), PAN1_YEAS7  (A6ZVS5), PAN1_YEAST  (P32521), 
REPS1_HUMAN (Q96D71), REPS1_MOUSE (O54916), REPS2_HUMAN (Q8NFH8), 
REPS2_MOUSE (Q80XA6), SYNRG_HUMAN (Q9UMZ2), SYNRG_MOUSE (Q5SV85), 
SYNRG_RAT   (Q9JKC9), UCP8_SCHPO  (O94685), YHLA_SCHPO  (Q9HGL2), 
YNJ6_CAEEL  (P34550)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
7 sequences

IRS4_BOTFB  (A6S9V4), IRS4_KLULA  (Q6CSC2), IRS4_SCLS1  (A7EDF3), 
IRS4_YEAS7  (A6ZZY3), IRS4_YEAST  (P36115), TAX4_YEAS7  (A6ZPP1), 
TAX4_YEAST  (P47030)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

SNTAN_BOVIN (Q0P561)

		
PDB
[Detailed view]
18 PDB

1C07; 1EH2; 1F8H; 1FF1; 1FI6; 1IQ3; 1QJT; 2JQ6; 2JXC; 2KFF; 2KFG; 2KFH; 2KGR; 2KHN; 2KSP; 2QPT; 3FIA; 4CID
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission