Entry: PS50045

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SIGMA54_INTERACT_4
Accession [info] PS50045
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-1997 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00579
Associated ProRule [info] PRU00193

Name and characterization of the entry

Description [info] Sigma-54 interaction domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=230;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=225;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.4518; R2=.01292911; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-19097.56410; R2=61.23379; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=622; N_SCORE=8.5; H_SCORE=35584; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=467; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9560; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I'; M= -8,-25,-23,-31,-22,  4,-27,-19, 24,-23, 23, 24,-22,-21,-16,-20,-19, -8, 15,-20, -2,-20;
/M: SY='I'; M= -5,-24,-22,-28,-22, -3,-28,-20, 22,-17,  8, 10,-19,-20,-17,-13,-12, -5, 21,-23, -5,-22;
/M: SY='G'; M=  1,-10,-25,-12,-17,-24, 41,-19,-29,-16,-24,-16, -3,-19,-15,-16,  2, -9,-20,-18,-23,-16;
/M: SY='R'; M= -8,  0,-26,  1,  9,-23,-17, -2,-20,  7,-15,-10,  0, -9,  8, 11, -3, -5,-18,-26,-13,  7;
/M: SY='S'; M=  4,  6,-14,  5,  1,-22, -2, -7,-21, -6,-26,-18, 11,-12, -2, -8, 23, 11,-13,-36,-18, -1;
/M: SY='P'; M= -3, -9,-29, -5,  6,-27,-13,-11,-21, -2,-24,-14, -7, 29,  3, -5,  0, -4,-22,-28,-22,  3;
/M: SY='A'; M= 17,-12,-19,-16, -8,-17, -7,-13,-10, -9,-12, -8,-10, -8, -6,-13,  2, -2, -6,-14,-11, -8;
/M: SY='M'; M= -8,-21,-18,-29,-21,  7,-23, -9, 16,-16, 17, 34,-19,-22,-10,-14,-16, -5, 10,-17,  3,-15;
/M: SY='Q'; M= -7, -1,-25, -3,  7,-23,-17, -1,-17,  7,-12, -4,  1,-14, 18, 10, -3, -4,-18,-24,-10, 12;
/M: SY='Q'; M= -1,  1,-24,  1, 11,-26,-13,  0,-23, 10,-20,-11,  2,-12, 14, 11,  1, -5,-19,-25,-13, 11;
/M: SY='L'; M=  0,-25,-17,-28,-22,  2,-24,-22, 17,-21, 19, 11,-23,-25,-20,-17,-15, -5, 19,-22, -6,-21;
/M: SY='Y'; M=-11,-21,-19,-24,-17,  0,-28,-10,  6, -7,  4,  5,-16,-24,-11,  0,-16, -9,  5,-13,  7,-17;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-26,  6, 20,-28,-16,  7,-26, 10,-21,-12,  4,-10, 18, 12,  1, -7,-24,-27,-13, 18;
/M: SY='Q'; M= -9,-11,-24,-13,  0,-10,-24,-10, -2, -7,  3,  3,-10,-17,  5, -3, -9, -3, -6,-20, -6,  2;
/M: SY='I'; M= 12,-21,-19,-28,-21, -8,-16,-24, 15,-20,  7,  6,-17,-18,-17,-22, -8, -5, 15,-22,-11,-20;
/M: SY='K'; M= -2, -1,-23,  0,  8,-25,-12, -6,-23, 12,-19,-10, -1,-13,  7, 12, -2, -7,-16,-25,-14,  6;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-25,-11, -1,-20,-20, -2,-13, 10,-12, -2, -4,-17, 11, 20, -5, -7,-11,-22, -9,  3;
/M: SY='V'; M=  4,-25,-14,-29,-24,  3,-24,-24, 19,-21, 12,  8,-24,-25,-23,-20,-10, -3, 27,-23, -6,-24;
/M: SY='A'; M= 32,-11,-12,-19,-11,-17, -3,-18, -6,-11, -9, -4, -9,-13, -9,-18, 10,  2,  2,-24,-17,-11;
/M: SY='R'; M= -7, -2,-25, -3,  1,-18,-13, -7,-18,  2,-16, -9,  1, -4,  2,  7, -2, -5,-17,-25,-13,  0;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='T'; M=  0, -3,-14, -7, -6, -8, -9,-13,-13,-12,-12,-12,  0,-15, -9,-12, 13, 15, -8,-25, -9, -7;
/M: SY='D'; M=-13, 22,-28, 31, 14,-32, -7,  1,-32,  3,-27,-21, 13, -7,  6,  0,  3, -7,-27,-33,-18,  9;
/M: SY='V'; M=  7,-17,-16,-22,-15, -5,-19,-19,  7,-15,  6,  4,-14,-19,-11,-16, -4, -1,  8,-23, -8,-14;
/M: SY='P'; M= -1,  0,-22, -1, -2,-22,-13,-10,-18, -8,-23,-16,  1, 18, -6,-12,  9, 11,-16,-32,-19, -6;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-32,-28,  1,-31,-28, 32,-22, 16, 15,-28,-28,-26,-21,-14, -3, 41,-27, -7,-28;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-30,-21, 12,-29,-18, 17,-27, 42, 20,-29,-29,-19,-19,-29,-10,  8,-12,  3,-20;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-24,-35,-26, 10,-35,-26, 33,-29, 29, 17,-25,-25,-23,-25,-23, -9, 22,-18,  2,-26;
/I:         I=-10; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='T'; M= -6, -6, -9,-12, -8, -7,-19, -8, -9, -9, -5, -5, -2,-20, -6, -3, -1,  4, -7,-25, -6, -7; D=-6;
/I:         DM=-32;
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='L'; M= -8,-22,-16,-24,-18,  5,-27,-14, 12,-22, 24, 12,-20,-26,-17,-17,-17, -2, 10,-23, -2,-18;
/M: SY='L'; M= -8,-27,-18,-31,-25, 16,-27,-24, 18,-26, 20, 10,-23,-26,-25,-21,-17, -4, 17,-17,  1,-25;
/M: SY='A'; M= 46, -9,-11,-18, -7,-20, -1,-19,-11, -9,-11,-11, -9,-10, -8,-19, 11,  1, -2,-21,-20, -8;
/M: SY='R'; M=-12, -3,-27, -5,  3,-22,-17,  6,-23, 17,-20, -8,  5,-16, 13, 33, -4, -8,-20,-23, -8,  5;
/M: SY='A'; M= 21,-11,-17,-17,-10,-13, -5,-14,-11, -6, -7, -6, -8,-16, -8, -6,  2, -3, -5,-19,-10,-10;
/M: SY='I'; M= -9,-28,-20,-35,-26,  0,-36,-26, 36,-27, 22, 18,-22,-23,-18,-25,-20, -9, 23,-22, -2,-25;
/M: SY='H'; M=-20, -2,-30, -2, -1,-17,-21, 94,-28,-11,-17,  1,  8,-21,  8, -1,-11,-19,-28,-27, 22, -1;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-25,  3,  6,-12,-16,  1,-16, -1,-12, -9,  5,-16,  6,  0, -3, -4,-18,-19,  1,  5;
/M:         M= -1,-11,-22,-13, -4, -6,-10, -7,-11,-11, -4, -4, -8,-18, -6, -9, -6, -7,-10,-15, -5, -5;
/M: SY='S'; M=  9, -3,-13, -3, -3,-19,  4,-11,-20,-10,-26,-18,  6,-12, -3,-11, 30, 13,-11,-35,-19, -3;
/I:         MD=-12;
/M: SY='P'; M= -4, -5,-26, -4,  1,-17,-15,-11,-15, -1,-16,-11, -5,  8, -3, -3, -4, -6,-15,-23,-14, -3; D=-2;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-12;
/M: SY='R'; M=-14, -6,-28, -8,  0,-21,-15,  2,-28, 23,-21,-10,  3,-19,  9, 51, -7, -9,-20,-21,-10,  0;
/M: SY='A'; M= 14, -9,-18,-14, -6,-18, -9,-12,-16,  2,-15, -9, -4,-14, -1,  6,  3, -4, -9,-20,-14, -5;
/M: SY='N'; M= -3,  8,-23,  7,  5,-24, -4, -7,-23,  4,-23,-15,  9,-13,  2,  0,  6,  0,-18,-29,-16,  3;
/M: SY='G'; M=  1, -5,-25, -7, -5,-24, 16,-12,-27,  2,-22,-13,  1,-15, -5,  0,  0, -8,-20,-23,-19, -6;
/M: SY='P'; M= -5,-17,-35,-11, -2,-27,-18,-18,-18, -6,-26,-17,-16, 64, -9,-13, -7, -8,-23,-29,-26, -9;
/M: SY='F'; M=-18,-27,-21,-35,-24, 61,-29,-16,  2,-26, 13,  4,-20,-28,-31,-18,-20,-10,  0,  5, 26,-24;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-18,-33,-29,  1,-33,-28, 35,-24, 16, 14,-26,-26,-25,-23,-15, -4, 39,-25, -4,-29;
/M: SY='A'; M= 14, -8,-18,-12, -4,-18,-11,-14,-14,  2,-15,-10, -7, -8, -5, -2,  4,  3, -5,-22,-13, -5;
/M: SY='V'; M= -3,-25,-18,-29,-22,  6,-28,-21, 21,-21, 15, 12,-23,-25,-20,-20,-14, -6, 23,-20, -1,-22;
/M: SY='N'; M=-11, 35,-21, 19,  4,-22, -3,  9,-21,  2,-29,-19, 52,-19,  4,  3,  8, -1,-30,-38,-19,  4;
/M: SY='C'; M= -6,-20, 90,-30,-27,-16,-28,-27,-20,-28,-12,-11,-20,-36,-26,-28,-11, -9, -6,-44,-25,-27;
/M: SY='A'; M= 33, -9,-15,-16, -8,-22,  8,-18,-17, -9,-15,-12, -7,-10, -8,-15,  8, -2, -8,-21,-21, -9;
/M: SY='A'; M= 28, -6,-14,-11, -8,-20, -2,-18,-13,-12,-10,-11, -8, -8,-10,-18,  6,  1, -5,-24,-19, -9;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-24,-30,-20,  5,-33,-16, 25,-25, 29, 16,-23,-25,-17,-21,-23,-10, 14,-17,  6,-21;
/M: SY='P'; M= -6,-11,-31, -7, -2,-24,-14,-14,-18, -8,-25,-17, -8, 47, -6,-13, -1, -3,-24,-28,-21, -7;
/M: SY='E'; M= -3,  8,-27, 12, 25,-28, -8, -5,-26,  5,-21,-16,  3, -2,  6, -2,  0, -8,-23,-28,-20, 15;
/I:         MD=-15;
/M: SY='B'; M= -2, 14,-18, 14, 10,-23, -6, -4,-21, -3,-22,-17, 13,-10,  2, -7, 12,  5,-17,-32,-17,  6; D=-2;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='L'; M= -6,-20,-17,-20,-15,  1,-24,-17, 12,-21, 27, 11,-21,-23,-15,-15,-16, -3, 10,-22, -4,-15; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='L'; M=  7,-22,-19,-26,-19, -4,-14,-21, 11,-22, 17,  9,-19,-22,-17,-21,-12, -7,  9,-21, -9,-19;
/M: SY='E'; M=-10,  3,-30, 10, 39,-27,-15, -4,-24,  5,-16,-13, -3,  1, 13, -3, -3,-11,-25,-28,-18, 26;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-14, -3, -1,-19, -5, -7,-16,-10,-20,-14,  4,-12,  1,-10, 25, 11,-10,-34,-15,  0;
/M: SY='E'; M= -5,  6,-27, 12, 41,-26,-16, -3,-25,  4,-18,-16, -1, -4, 15, -3,  2, -6,-24,-28,-18, 28;
/M: SY='L'; M= -6,-27,-19,-29,-20, 12,-28,-20, 16,-28, 40, 16,-26,-27,-20,-20,-24, -7,  9,-18,  0,-20;
/M: SY='F'; M=-18,-29,-20,-37,-28, 66,-27,-20,  1,-29, 11,  2,-20,-27,-36,-20,-19, -9,  0,  5, 24,-28;
/M: SY='G'; M=  1,-10,-29,-11,-19,-28, 62,-20,-35,-20,-28,-18, -1,-19,-19,-20,  1,-18,-26,-21,-28,-19;
/M: SY='H'; M=-11, -4,-23, -4, -5,-15,-18, 41,-19, -8,-15, -4,  0,-18,  1, -2, -6, -9,-15,-24, 10, -5;
/M: SY='E'; M= -4, -2,-23,  0, 17,-19,-18, -9,-14,  5,-13,-10, -4,-12,  3,  1, -3, -6, -9,-27,-15, 10;
/I:         MD=-15;
/M: SY='K'; M= -9, -1,-27, -2,  6,-26,-16, -8,-25, 27,-25,-11,  1, -4,  8, 21, -5, -5,-19,-23,-13,  6; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-28, -7,-16,-28, 57,-17,-36,-17,-28,-19,  3,-18,-17,-18,  1,-16,-28,-21,-28,-17; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='A'; M= 31, -4,-11,-10, -7,-19,  2,-15,-12, -9,-13,-11, -2,-10, -8,-15, 10,  2, -4,-22,-18, -7; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='F'; M=-16,-22,-19,-28,-21, 53,-22,-14, -2,-22,  7, -1,-15,-24,-28,-15,-16, -9, -3,  5, 22,-22; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-11, -7, -5,-11,-16,-15,-10, -6,-11, -9,  0, -5, -7, -7, 14, 32, -3,-25,-10, -6; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G'; M= -1, -6,-25, -7,-15,-25, 52,-12,-32,-15,-25,-16,  2,-16,-15,-15,  0,-16,-25,-18,-23,-15; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='A'; M= 33, -8,-10,-14, -7,-17,  3,-16,-10, -8,-10, -9, -7, -9, -8,-14,  7, -1, -2,-17,-17, -7; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='V'; M= -2, -8,-13,-10, -9, -9,-16,-11,  2, -8, -3, -1, -6,-15, -5, -7, -2,  1,  5,-20, -6, -8; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R'; M=  0,  0,-17, -1,  7,-18, -9, -5,-17,  7,-16,-10,  2, -7,  5,  8,  4,  1,-13,-20,-12,  5; D=-2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='D'; M= -2,  7,-17,  8,  4,-18, -5, -4,-16,  0,-15,-11,  6, -8,  2,  1,  4, -2,-13,-22,-12,  2; D=-2;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='R'; M=-13, -5,-23, -5,  2,-21,-17,  2,-25, 23,-20, -9,  1,-11,  8, 36, -6, -7,-18,-20, -8,  3; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='P'; M=  0,-10,-22,-11, -1,-16,-16,-11, -7,  0, -9, -3, -9,  3,  0, -4, -4, -4, -8,-21,-11, -2; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='G'; M=  1, -8,-26, -8,-17,-27, 59,-18,-35,-18,-27,-18,  1,-18,-17,-18,  3,-15,-26,-20,-27,-17; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R'; M= -8,-15,-22,-16, -8, -6,-21, -8, -6,  4,  2,  1,-11,-19, -5, 14,-14, -8, -5,-15, -1, -8; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='F'; M=-12,-27,-19,-34,-26, 45,-28,-20, 11,-27, 16,  6,-20,-26,-30,-20,-19, -8,  8, -3, 15,-26; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='E'; M= -9,  6,-26, 12, 39,-27,-18,  1,-24,  9,-18,-14,  0, -5, 20,  5, -1, -9,-23,-26,-16, 29; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='Q'; M= -1,-10,-21,-11,  0,-14,-18, -2, -7, -3,  0,  1, -9,-15,  4,  0, -8, -7, -8,-20, -7,  1; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='x';
/I:         DM=-25;
/M: SY='x';
/I:         DM=-35;
/M: SY='x';
/I:         DM=-45;
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='x';
/M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-36,-29,  0,-36,-29, 41,-27, 17, 16,-23,-19,-22,-27,-18, -8, 32,-23, -3,-29;
/M: SY='G'; M=  3, -5,-26, -5, -6,-27, 34,-12,-31,-13,-24,-17, -1,-16,-10,-16,  1,-14,-24,-20,-23, -8;
/M: SY='E'; M=-11, 16,-27, 26, 32,-26,-16,  0,-29,  4,-22,-20,  5, -7,  9, -1,  2, -6,-25,-28,-12, 20;
/M: SY='M'; M= -8,-24,-21,-30,-20,  5,-26,-12, 20,-20, 29, 33,-23,-24,-11,-16,-22, -8, 10,-18,  2,-16;
/M: SY='P'; M= -1, -7,-27, -3,  0,-26,-11,-15,-21, -7,-27,-19, -6, 37, -6,-13,  7,  2,-21,-32,-24, -6;
/M: SY='P'; M= -5,-20,-26,-18, -9, -9,-22,-14, -1,-15,  8,  3,-20,  9,-10,-13,-16, -9, -6,-23,-11,-11;
/M: SY='E'; M=  3,  5,-22,  7, 14,-25, -9, -7,-21, -1,-19,-14,  2, -6,  5, -4,  7, -2,-17,-29,-18,  9;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='L'; M= -5,-22,-18,-26,-18,  8,-22,-17, 10,-21, 24, 15,-21,-23,-16,-17,-16, -3,  8,-19, -2,-17; D=-6;
/I:         DM=-32;
/M: SY='Q'; M=-10, -1,-30, -1, 19,-38,-20,  9,-19,  9,-18,  1, -1,-11, 58,  9, -1,-10,-29,-20,-10, 38;
/M: SY='A'; M= 19,-12,-15,-16, -9,-17,-10,-19, -4,-11, -9, -7,-11, -7,-10,-16,  5,  3,  4,-26,-17,-10;
/M: SY='K'; M= -6, -4,-26, -6,  4,-24,-18, -5,-23, 30,-21, -5, -2,-13,  8, 25, -7, -7,-16,-21, -9,  5;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-30,-20,  9,-30,-16, 20,-29, 44, 20,-28,-29,-19,-20,-28,-10, 10,-20,  1,-20;
/M: SY='L'; M= -8,-29,-19,-30,-20, 11,-29,-20, 19,-29, 45, 18,-29,-29,-21,-20,-28, -9, 11,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-16, -8,-29, -9,  1,-20,-19,  1,-27, 26,-20, -9,  1,-19, 12, 56, -8, -9,-20,-19, -8,  2;
/M: SY='V'; M=  5,-25,-13,-29,-25,  4,-24,-24, 17,-17,  8,  9,-24,-25,-24,-17, -9, -2, 30,-23, -7,-24;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-23,  7,-32,-23, 27,-30, 42, 20,-28,-28,-20,-22,-27,-10, 15,-20,  0,-23;
/M: SY='Q'; M= -8,  6,-24,  8, 22,-35,-18,  3,-23,  8,-21, -8,  2,-10, 36,  4,  0, -8,-26,-25,-14, 29;
/M: SY='E'; M= -7, 11,-26, 17, 32,-26,-16, -1,-25,  4,-20,-16,  4, -7, 13, -2,  4, -4,-24,-29,-14, 22;
/M: SY='R'; M= -9, -8,-29, -7, -6,-25, 15, -9,-30,  7,-21,-11, -1,-18, -2, 16, -6,-14,-22,-21,-17, -6;
/M: SY='E'; M= -1, -1,-20,  1, 17,-23,-14,-10,-18,  1,-16,-13, -3, -8,  4, -4,  3,  0,-13,-28,-17, 10;
/I:         MD=-16;
/M: SY='F'; M=-11,-26,-20,-31,-25, 24,-30,-18, 20,-23, 14,  9,-21,-25,-24,-19,-17, -7, 17, -7, 15,-25; D=-3;
/I:         MD=-16;
/M: SY='E'; M= -8,  0,-22,  0, 13,-16,-18, -4,-17,  5,-14, -9,  0,-11,  9,  8,  1,  4,-15,-21, -7, 10; D=-3;
/I:         MD=-16;
/M: SY='R'; M=-14,-11,-29, -9,  0,-20,-18, -6,-24, 17,-20,-11, -4,  7,  4, 39, -8, -7,-19,-21,-14, -2; D=-3;
/I:         MD=-16;
/M: SY='V'; M= -4,-27,-14,-29,-25,  4,-28,-25, 26,-22, 20, 12,-26,-26,-24,-19,-15, -4, 33,-23, -5,-25; D=-3;
/I:         MD=-16;
/M: SY='G'; M=  1, -6,-27, -6,-16,-27, 58,-17,-35,-17,-27,-18,  1,-17,-17,-18,  0,-17,-26,-19,-27,-17; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='G'; M=  6,  2,-19,  3, -2,-24, 20,-12,-26,-10,-23,-18,  3,-12, -7,-13, 11, -2,-18,-26,-21, -5; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='N'; M= -1,  8,-18,  4,  2,-19,-10, -3,-18,  0,-18,-13, 10, -9,  1,  0,  8,  6,-14,-27,-13,  1; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='R'; M= -8, -1,-24, -1,  7,-22,-14,  0,-23, 15,-18, -9,  0,-12,  9, 20, -2, -4,-17,-21,-10,  6; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='T'; M= -5, -6,-14, -7,  0,-14,-15,-14,-13, -6,-12,-10, -7,  1, -6,-10,  0,  6,-10,-23,-12, -4; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='I'; M= -6,-20,-21,-23,-16, -6,-26,-15, 15,-11,  7,  7,-15,-20, -9, -4,-12, -6, 14,-20, -5,-15; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='P'; M= -9, -4,-29, -1,  5,-24,-17, -2,-23,  9,-24,-13, -2, 16,  4,  6, -3, -5,-22,-25,-13,  2; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='V'; M=  0,-21,-15,-22,-20, -3,-25,-23, 15,-17,  5,  4,-19,-21,-21,-16, -6,  1, 25,-28,-10,-21;
/M: SY='D'; M=-15, 38,-27, 46, 12,-33, -9,  0,-32,  1,-28,-25, 24, -7,  1, -5,  2, -6,-28,-37,-19,  6;
/M: SY='V'; M= -3,-28,-14,-30,-26,  7,-29,-26, 22,-21, 10,  9,-26,-21,-27,-20,-12, -3, 32,-24, -6,-27;
/M: SY='R'; M=-19,-10,-27,-10,  0,-20,-20, -1,-28, 27,-18, -9, -1,-20, 10, 62,-10,-10,-19,-21,-10,  1;
/M: SY='V'; M= -6,-29,-18,-32,-27,  6,-32,-23, 28,-24, 18, 14,-25,-27,-24,-22,-17, -6, 30,-21, -2,-27;
/M: SY='I'; M= -6,-28,-23,-34,-28, -1,-34,-27, 38,-25, 16, 17,-22,-22,-21,-25,-15, -5, 31,-24, -4,-27;
/M: SY='A'; M= 27,-11, 11,-19,-13,-20, -2,-20,-16,-14,-15,-13, -9,-17,-12,-20,  8,  0, -5,-27,-21,-12;
/M: SY='A'; M= 36, -9,-11,-17,-11,-19,  1,-20,-11,-11,-12,-10, -8,-11,-11,-18, 12,  7, -1,-23,-19,-11;
/M: SY='T'; M=  3,  0,-12, -8, -8,-14,-14,-18,-13, -8,-13,-11,  0,-11, -8, -9, 18, 37, -3,-30,-12, -8;
/M: SY='N'; M= -8, 13,-19,  4, -1,-21,-10, 23,-19, -3,-22,-10, 24,-18,  6, -2,  4, -2,-21,-33, -8,  1;
/M: SY='R'; M= -6, -9,-19,-10,  0,-19,-20, -8,-16, 13,-14, -7, -6,-18,  1, 22, -7, -7, -7,-24,-12, -2;
/M: SY='D'; M=-12, 34,-26, 39, 10,-31, -8,  2,-30, -1,-28,-24, 24, -8, -1, -5,  4, -5,-26,-37,-19,  4;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-29,-19,  7,-29,-20, 19,-28, 42, 17,-28,-22,-19,-20,-27, -9,  8,-21, -2,-19;
/M: SY='E'; M=  0, -2,-24,  1, 16,-22,-13, -8,-18,  1,-16,-12, -5, -8,  3, -1, -1, -7,-14,-24,-15,  8;
/I:         MD=-21;
/M: SY='E'; M=  3,  4,-21,  4, 14,-24,-13, -6,-19,  6,-16,-10,  0, -9,  8,  0,  2, -4,-15,-25,-15, 11; D=-4;
/I:         MD=-21;
/M: SY='E'; M=  3, -9,-20, -9,  6,-13,-17, -7, -7, -6,  3,  2,-11,-12,  0, -7, -7, -7, -7,-22,-10,  3; D=-4;
/I:         MD=-21;
/M: SY='V'; M=  1,-25,-11,-28,-25, -2,-25,-24, 25,-18, 10, 13,-24,-24,-22,-19,-10, -2, 34,-25, -8,-24; D=-4;
/I:         MD=-21;
/M: SY='E'; M=  7, -1,-21, -2, 14,-22,-10, -5,-18,  5,-14,-10, -1, -9,  7,  2,  1, -6,-15,-22,-15, 10; D=-4;
/I:         MD=-21;
/M: SY='E'; M=  4,  4,-21,  4, 11,-25, -9, -4,-19,  3,-17,-11,  2,-10, 11,  0,  4, -3,-16,-24,-15, 11; D=-4;
/I:         MD=-21;
/M: SY='G'; M= -1, -4,-26, -6,-14,-26, 52,-15,-34,-14,-27,-18,  5,-18,-15,-14,  1,-15,-26,-21,-26,-15; D=-4;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-21;
/M: SY='R'; M= -8, -2,-25, -3,  7,-21,-17, -5,-23, 14,-17,-10,  1,-14,  8, 25, -1,  0,-17,-24,-12,  5;
/M: SY='F'; M=-17,-27,-20,-37,-28, 67,-28,-19,  2,-28,  9,  1,-17,-28,-36,-20,-18, -9,  1,  5, 24,-28;
/M: SY='R'; M=-16,-11,-28,-11, -2,-19,-19, -3,-25, 23,-17, -9, -1,-20,  7, 58, -8, -8,-16,-21,-10, -2;
/M: SY='E'; M=  1,  0,-25,  1, 24,-26,-15, -5,-21,  6,-16,-12, -2, -8, 14,  4,  0, -7,-19,-25,-16, 19;
/M: SY='D'; M=-19, 42,-30, 60, 20,-39,-11, -1,-38,  2,-29,-27, 16, -5,  3, -8, -1,-10,-30,-38,-20, 11;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-29,-19,  8,-29,-20, 18,-27, 45, 18,-28,-29,-19,-18,-28, -8,  9,-20, -1,-19;
/M: SY='Y'; M=-19,-24,-27,-26,-22, 40,-30,  6,  2,-17,  8,  3,-21,-30,-18,-14,-21,-10, -6, 20, 57,-22;
/M: SY='Y'; M=-17,-17,-28,-18,-17, 24,-28, 21, -4,-12, -1, -1,-16,-25,-10,-10,-17, -9,-11, 15, 58,-17;
/M: SY='R'; M=-15,-10,-24,-11, -2,-20,-19, -3,-28, 24,-20,-11, -1,-18,  7, 58, -7, -9,-18,-22,-12, -2;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-22,-31,-21, 10,-31,-20, 21,-27, 42, 18,-27,-28,-19,-17,-28,-10, 11,-19,  1,-21;
/M: SY='N'; M= -4, 18,-18,  5, -4,-16, -3,  8,-18, -5,-24,-15, 32,-18, -2, -4,  8, -1,-21,-33,-13, -3;
/M: SY='V'; M=  0,-24,-15,-25,-24, -5,-19,-25, 17,-18,  4,  6,-22,-22,-24,-18, -8, -1, 30,-27,-11,-24;
/M: SY='V'; M= -7,-24,-19,-29,-25, 16,-26,-21, 16,-22, 12,  8,-21,-25,-24,-19,-15, -5, 18,-13,  4,-24;
/M: SY='P'; M= -4, -7,-24, -7,  1,-22,-15,-14,-17, -6,-20,-14, -6, 22, -3, -8,  6, 11,-15,-30,-19, -3;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-23,-34,-25,  6,-34,-25, 33,-29, 30, 18,-25,-25,-21,-24,-22, -9, 22,-20,  0,-25;
/M: SY='H'; M= -4, -2,-22, -6,  1,-18,-17,  5,-15,  2,-16, -7,  2,-14,  5,  5,  2,  3,-11,-26, -7,  1;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-16,-32,-24,  3,-31,-23, 26,-26, 28, 18,-26,-25,-20,-22,-21, -7, 21,-22, -3,-23;
/M: SY='P'; M= -9,-19,-39,-10,  0,-30,-19,-19,-20, -9,-29,-19,-19, 81, -7,-18, -9,-10,-29,-29,-29, -8;
/M: SY='P'; M=  2,-14,-30, -9, -1,-27,-12,-18,-19,-10,-27,-18,-13, 54, -8,-18,  2, -3,-22,-30,-26, -8;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 49, 20,-30,-30,-20,-20,-29,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -9,-26, -9,  1,-20,-18, -2,-28, 24,-20,-11,  0,-18,  8, 57, -5, -7,-19,-22,-12,  1;
/M: SY='E'; M= -7,  8,-27, 15, 39,-30,-18, -1,-25,  7,-19,-15,  0, -5, 18, -1,  0, -8,-24,-29,-18, 29;
/M: SY='R'; M=-19,-11,-25,-11, -1,-20,-20, -1,-28, 25,-18, -8, -2,-19,  9, 60,-10,-10,-19,-21,-11, -1;
/M: SY='R'; M= -9, -8,-26, -8, -2,-21,-14,-10,-19,  7,-18, -9, -5, -1,  1, 16, -4, -4,-14,-25,-15, -3;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='E'; M= -4, 10,-26, 16, 29,-28, -4, -5,-28,  1,-20,-18,  3, -7,  7, -6,  3, -8,-24,-29,-20, 18; D=-6;
/I:         DM=-32;
/M: SY='D'; M=-18, 43,-29, 59, 17,-37, -9,  1,-36,  0,-29,-27, 20,-11,  1, -8,  2, -8,-28,-39,-19,  9;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-27,-36,-26,  0,-37,-28, 41,-27, 20, 17,-22,-20,-20,-27,-19, -9, 27,-22, -2,-27;
/M: SY='P'; M= -6,-15,-31,-10,  2,-21,-20,-16,-10, -7,-13, -8,-15, 31, -6,-12, -9, -8,-15,-27,-19, -5;
/M: SY='L'; M= -7,-15,-26,-11, -7,-11,-21,-17, -3,-16,  6, -2,-17,  6,-12,-15,-13, -8, -7,-24,-12,-11;
/M: SY='L'; M=-10,-25,-18,-25,-18,  6,-28,-18, 15,-27, 39, 15,-25,-25,-18,-19,-26,-10,  6,-20,  0,-19;
/M: SY='A'; M= 17,-18,-13,-25,-18,  0,-14,-22,  3,-18,  2, -1,-15,-18,-18,-20, -1,  1,  9,-19, -9,-18;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-27, 11, 14,-25,-12,  1,-25,  7,-21,-14,  7,-10,  8,  8, -1, -6,-22,-27,-13, 10;
/M: SY='H'; M=-11, -8,-25,-10, -6, -3,-19, 28,-17, -5,-11, -4, -2,-20,  0,  2, -7, -7,-16,-14, 16, -6;
/M: SY='F'; M=-15,-27,-21,-33,-23, 47,-28,-15,  4,-24, 16,  6,-21,-28,-28,-16,-21,-10,  1,  0, 22,-23;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-16,-29,-21,  5,-29,-22, 19,-25, 35, 16,-26,-28,-20,-18,-23, -6, 15,-22, -3,-21;
/M: SY='Q'; M= -1, -1,-24, -1,  7,-22, -8, -4,-22,  4,-18,-11,  0,-13, 10,  6,  1, -6,-19,-23,-12,  7;
/I:         MD=-25;
/M: SY='R'; M=-10, -4,-27, -4,  7,-22,-15, -5,-22, 18,-18, -8, -1,-14, 10, 23, -5, -8,-18,-22,-11,  7; D=-5;
/I:         MD=-25;
/M: SY='F'; M=  0,-17,-17,-23,-17,  4,-18, -8,  2,-17,  2,  3,-12,-19,-14,-16, -8, -7,  1,-17,  1,-16; D=-5;
/I:         MD=-25;
/M: SY='A'; M= 11,  0, -5, -5,  1,-21, -3, -8,-20, -6,-19,-15,  4,-14, -4, -9,  9, -1,-14,-30,-19, -2; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='R'; M= -4, -3,-23, -3,  7,-19,-15,  1,-19,  9,-14, -8, -2,-13,  6, 15, -4, -7,-14,-22,-10,  5; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-27,  5, 19,-25,-17, -2,-25, 12,-18,-12,  1,-10, 13, 18, -3, -7,-21,-26,-14, 14;
/I:         DM=-25;
/M: SY='Y'; M=-11, -6,-22,-10, -7, -3,-18,  1, -7, -9,  0,  1, -3,-20, -2, -6,-10, -6,-10,-17,  3, -5; D=-3;
/M: SY='G'; M= -3, -3,-26, -5, -7,-26, 27,-10,-29, -6,-24,-15,  4,-16, -6, -5,  1,-12,-23,-24,-21, -7; D=-3;
/M: SY='R'; M= -9,-13,-20,-13, -7,-14,-21, -8,-10,  3, -6, -2, -9,-14, -4, 13, -9, -6, -7,-24, -9, -7; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='P'; M= -2, -2,-24, -2,  4,-20, -8, -9,-20, -2,-21,-14,  0,  9, -1, -4,  3, -1,-18,-26,-17,  0; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='V'; M= -1,-13,-14,-15,-12, -6,-13,-14,  3, -7, -2,  1,-10, -9,-11, -6, -5, -2,  8,-18, -8,-12; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-17;
/M:         M= -7,-15,-25,-13, -6,-13,-21,-14, -7, -2, -2, -3,-14,  0, -7, -1,-11, -6, -7,-23,-10, -8;
/M: SY='R'; M= -2, -4,-21, -6, -2,-19, -5, -9,-20,  1,-16,-11, -1,-14, -3,  5,  2,  1,-13,-25,-14, -3;
/M: SY='F'; M=-12,-29,-21,-34,-26, 25,-31,-23, 21,-27, 24, 12,-24,-27,-26,-20,-22, -9, 16,-13,  7,-26;
/M: SY='S'; M=  7,  4,-15,  4,  0,-22, -5, -7,-21, -9,-22,-17,  4, -8, -4,-11, 17,  9,-13,-33,-17, -3;
/M: SY='P'; M=  1,  0,-26,  2,  3,-26, -9,-12,-21, -5,-22,-16, -2, 13, -2,-11,  1, -3,-19,-25,-19, -1;
/M: SY='E'; M= -2,  9,-25, 15, 18,-28, -7, -6,-26,  0,-20,-17,  2, -5,  6, -6,  4, -6,-22,-29,-19, 12;
/M: SY='A'; M= 28,-14,-11,-21,-13,-12, -9,-20, -3,-12, -2, -4,-13,-15,-13,-17,  3,  3,  6,-22,-14,-13;
/M: SY='L'; M=-10,-20,-21,-23,-13,  0,-26,-12,  8,-12, 16, 14,-17,-23, -7, -4,-17, -8,  4,-19, -1,-11;
/M: SY='E'; M= -2,  4,-25,  3, 11,-26,-11, -4,-23,  9,-20,-12,  4,-10,  9, 10, -1, -7,-20,-26,-16,  9;
/M: SY='L'; M= -1,-17,-18,-20,-13, -4,-19,-13, -1,-10,  5,  4,-14,-21, -9, -2, -9, -3,  2,-20, -5,-12;
/M: SY='L'; M= -9,-28,-17,-30,-20, 11,-29,-19, 17,-27, 38, 18,-27,-28,-20,-20,-25, -9, 10,-19,  0,-20;
/M: SY='M'; M= -5,-12,-20,-15, -5,-12,-19, -9, -1, -7,  2,  9,-10,-15,  0, -5, -7, -3, -2,-24, -9, -3;
/M: SY='S'; M=  4,  1,-20, -3,  2,-22, -9,  4,-22,  4,-21,-12,  6,-13,  5,  6,  8,  0,-16,-28,-12,  2;
/M: SY='Y'; M=-14,-14,-19,-16,-14,  7,-24, 29,-11,-11, -8, -2,-11,-24, -6, -8,-14,-11,-15,  4, 41,-14;
/M: SY='D'; M=  2,  5,-22,  8,  5,-25, -8, -1,-24, -2,-22,-16,  3, -5,  0, -2,  7, -1,-18,-30,-15,  1;
/M: SY='W'; M=-20,-36,-44,-38,-28, 21,-22,-26,-16,-19,-15,-16,-35,-29,-22,-18,-35,-25,-24,117, 30,-21;
/M: SY='P'; M=-10,-19,-38,-10,  1,-26,-20,-19,-20, -8,-28,-19,-18, 77, -9,-16,-10,-10,-28,-28,-27, -9;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-29, -9,-19,-29, 65,-19,-39,-19,-30,-20,  2,-20,-19,-19,  2,-18,-29,-21,-29,-19;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='V'; M= -4,-26,-16,-28,-27,  3,-31,-27, 28,-22, 12, 10,-25,-27,-26,-21,-13, -3, 37,-26, -6,-27;
/M: SY='R'; M=-19,-11,-30,-11, -2,-16,-17, -2,-29, 25,-19,-10, -1,-20,  6, 62,-10,-10,-20,-19, -9, -2;
/M: SY='E'; M=-10,  8,-30, 16, 52,-32,-20,  2,-28, 10,-20,-16,  0, -2, 28,  2,  0,-10,-30,-28,-18, 40;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-27,  7, 27,-25,-17,  0,-24, 12,-20,-14,  2, -9, 13,  9,  0, -7,-22,-26,-12, 19;
/M: SY='N'; M= -6, 30,-19, 14,  0,-20, -2, 12,-20, -2,-28,-18, 47,-18,  1, -2, 12,  1,-26,-38,-17,  0;
/M: SY='V'; M=  5,-15,  0,-21,-15, -9,-20,-19,  3,-16,  1,  2,-14,-21,-15,-17, -4,  0,  9,-28,-12,-16;
/M: SY='I'; M=  1,-26,-15,-31,-25, -1,-28,-25, 26,-23, 17, 13,-23,-24,-21,-23,-14, -5, 26,-24, -7,-24;
/M: SY='E'; M=-12,  4,-29,  9, 33,-24,-19,  4,-26, 10,-19,-13,  1, -8, 17,  9, -2, -8,-25,-24,-10, 24;
/M: SY='R'; M=-17, -9,-29,-10, -3,-16,-17, -1,-24, 18,-15, -8,  0,-21,  7, 47,-10,-10,-19,-15, -6, -2;
/M: SY='A'; M= 14,-17,-11,-24,-16, -4,-14,-17,  2,-18,  6,  5,-15,-19,-14,-19, -4, -2,  5,-22, -9,-15;
/M: SY='V'; M= 13,-20, -4,-25,-21, -7,-19,-22,  9,-16,  3,  4,-20,-22,-19,-18, -4,  0, 20,-26,-11,-20;
/M: SY='V'; M=  5,-19,-16,-24,-19, -4,-23,-22, 15,-19,  9,  5,-16,-19,-18,-19, -6,  4, 17,-24, -7,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 155 in 155 different sequences
Number of true positive hits 147 in 147 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 8 in 8 different sequences
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 2
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 94.84 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Sigma-54 factor interaction
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
147 sequences

ACOR_BACSU  (O31551), ACOR_CUPNH  (P28614), ALGB_PSEAE  (P23747), 
ALGB_PSEPK  (Q88RJ6), ALGB_PSESM  (Q88AQ2), ANFA_AZOVI  (P12626), 
ATOC_ECOLI  (Q06065), DCTD_RHILE  (P10046), DCTD_RHIME  (P13632), 
DHAR_CITFR  (P45512), DHAR_ECOLI  (P76016), FHLA_ECOLI  (P19323), 
FHLA_SALTS  (E1WAA4), FHLA_SALTY  (P0CL46), FLBD_CAUCR  (P17899), 
GLRR_ECOLI  (P0AFU4), HOXA_BRADU  (P31908), HOXA_CUPNH  (P29267), 
HRPR_PSESY  (P37930), HRPS_PSESH  (P26316), HRPS_PSESY  (P37931), 
HUPR_RHOCA  (P26408), HYFR_ECOLI  (P71229), LEVR_BACSU  (P23914), 
LIHY_GEOSE  (O85057), LUXO_VIBC3  (O87455), LUXO_VIBCB  (A7MVC2), 
LUXO_VIBCH  (Q9KT84), LUXO_VIBHA  (P0C5S5), LUXO_VIBPA  (Q87MX7), 
LUXO_VIBVU  (Q8CWJ5), LUXO_VIBVY  (Q7MM78), NIFA_AZOBR  (P30667), 
NIFA_AZOC5  (P09133), NIFA_AZOCH  (P56269), NIFA_AZOLI  (P54929), 
NIFA_AZOVI  (P09570), NIFA_BRADU  (P05407), NIFA_ENTAG  (P54930), 
NIFA_HERSE  (P27713), NIFA_KLEOX  (P56266), NIFA_KLEPN  (P03027), 
NIFA_RHIEC  (P54931), NIFA_RHILE  (P09828), NIFA_RHILT  (P24426), 
NIFA_RHIME  (P03028), NIFA_RHISN  (Q53206), NIFA_RHOCA  (P0CY94), 
NIFA_RHOCB  (D5ARW9), NORR1_CUPNH (Q9K4V0), NORR2_CUPNH (Q9K4U8), 
NORR_AERHH  (A0KEJ0), NORR_AERS4  (A4STH5), NORR_CITK8  (A8ANR6), 
NORR_ECO24  (A7ZQD8), NORR_ECO27  (B7UHC1), NORR_ECO45  (B7MKH8), 
NORR_ECO55  (B7LEC0), NORR_ECO57  (Q8X854), NORR_ECO5E  (B5Z370), 
NORR_ECO7I  (B7NSI9), NORR_ECO81  (B7MZ04), NORR_ECO8A  (B7M9E6), 
NORR_ECOBW  (C4ZYV4), NORR_ECODH  (B1XCN6), NORR_ECOHS  (A8A3I6), 
NORR_ECOK1  (A1AEP9), NORR_ECOL5  (Q0TEH1), NORR_ECOL6  (Q8FEN6), 
NORR_ECOLC  (B1IUX0), NORR_ECOLI  (P37013), NORR_ECOLU  (B7N6T9), 
NORR_ECOSE  (B6I695), NORR_ECOSM  (B1LQ27), NORR_ECOUT  (Q1R7Z1), 
NORR_ENT38  (A4WDR5), NORR_ESCF3  (B7LW25), NORR_KLEP3  (B5XVA2), 
NORR_KLEP7  (A6TCX4), NORR_PECAS  (Q6D8R9), NORR_SALA4  (B5F363), 
NORR_SALAR  (A9MFX7), NORR_SALCH  (Q57KT4), NORR_SALDC  (B5FSZ0), 
NORR_SALEP  (B5QV88), NORR_SALG2  (B5RDG4), NORR_SALHS  (B4TF23), 
NORR_SALNS  (B4T3B0), NORR_SALPA  (Q5PF20), NORR_SALPB  (A9N0D7), 
NORR_SALPC  (C0PWN2), NORR_SALSV  (B4TT16), NORR_SALTI  (Q8Z4C6), 
NORR_SALTY  (Q8ZMJ8), NORR_SERP5  (A8GG93), NORR_SHIBS  (Q31X73), 
NORR_SHIDS  (Q32CL9), NORR_SHIF8  (Q0T1D4), NORR_SHIFL  (P59402), 
NORR_SHISS  (Q3YYF5), NORR_VIBF1  (Q5E3W8), NORR_VIBVU  (Q8D4F9), 
NORR_VIBVY  (Q7MFY9), NTRC_AZOBR  (P45671), NTRC_AZOC5  (Q04848), 
NTRC_BRASR  (P10576), NTRC_ECO57  (P0AFB9), NTRC_ECOLI  (P0AFB8), 
NTRC_KLEPN  (P03029), NTRC_PROHU  (P28787), NTRC_RHIME  (P10577), 
NTRC_RHOCB  (P09432), NTRC_SALTY  (P41789), NTRXL_RICBR (Q1RJS1), 
NTRXL_RICCN (Q92HC2), NTRXL_RICFE (Q4UL27), NTRXL_RICPR (Q9ZCY9), 
NTRXL_RICTY (Q68WH4), NTRX_AZOC5  (Q04849), PGTA_SALTY  (P06184), 
PILR_PSEAE  (Q00934), PRPR_ECOLI  (P77743), PRPR_SALTY  (P74839), 
PSPF_ECOLI  (P37344), QSEF_ECO57  (P0AFU5), ROCR_BACSU  (P38022), 
RTCR_ECOLI  (P38035), STC_CLOBE   (P26047), TYRR_CITBR  (O54426), 
TYRR_ECOLI  (P07604), TYRR_ENTAG  (Q9ZIB7), TYRR_HAEIN  (P44694), 
TYRR_SALTI  (P0A2D8), TYRR_SALTY  (P0A2D7), VNFA_AZOVI  (P12627), 
WTSA_PANSE  (P36219), XYLR_PSEPU  (P06519), Y4PA_RHISN  (P55610), 
YGEV_ECOLI  (Q46802), YHYA_PSESN  (Q01265), YPLP_BACSU  (P54156), 
YQIR_BACSU  (P54529), ZRAR_ECO57  (Q8X613), ZRAR_ECOLI  (P14375), 
ZRAR_KLEOX  (Q9APD9), ZRAR_SALTI  (Q8Z333), ZRAR_SALTY  (P25852)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
2 sequences

NTRC_VIBAL  (P19905), YFHA_KLEOX  (P21710)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
8 sequences

CLPB_PSEPK  (Q88Q71), DNLJ_BACA2  (A7Z261), LONB_ARCFU  (O29883), 
LONB_HALSA  (Q9HSC3), LONB_PYRAB  (Q9UYC6), LONB_PYRHO  (O58221), 
LONB_THEKO  (Q8NKS6), LONB_THEVO  (P58274)
» More

PDB
[Detailed view]
8 PDB

1OJL; 2BJV; 2BJW; 2C96; 2C98; 2C99; 2C9C; 2VII

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission