Entry: PS50058

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] G_PROTEIN_GAMMA
Accession [info] PS50058
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-1997 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC01002
Associated ProRule [info] PRU00592

Name and characterization of the entry

Description [info] G-protein gamma subunit domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-.1439; R2=.01493742; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1406.91262; R2=25.22816; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=578; N_SCORE=8.5; H_SCORE=11510; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=444; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9820; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M=  0,  6,-19,  0, -6,-19,  7,  5,-19, -9,-23, -9, 18,-16, -3, -8, 13,  0,-18,-33,-16, -5;
/M: SY='T'; M=  5, -9,-16,-16,-13,-12,-10,-18, -1,-15, -8, -2, -4,-14,-10,-16, 11, 16,  2,-28,-12,-13;
/M: SY='S'; M=  8,  4,-18,  0, 10,-22, -9, -6,-17, -3,-18,-10,  7,-10,  7, -7, 13,  5,-15,-30,-17,  8;
/M: SY='S'; M= -2, 16,-19, 18, 11,-26, -6, -4,-26,  0,-29,-21, 17,-10,  3, -4, 20,  6,-19,-37,-19,  7;
/M: SY='I'; M= -3,-28,-21,-33,-24,  2,-31,-25, 30,-27, 28, 16,-25,-25,-21,-24,-20, -8, 22,-21, -3,-24;
/M: SY='A'; M= 19, -6,-16,-10, -4,-23, -2,-14,-16, -8,-19,-13, -3, -2,  0,-13, 16,  8,-10,-27,-19, -2;
/M: SY='Q'; M=  1,  2,-26,  4, 29,-32,-16,  1,-22,  6,-18, -9, -2, -6, 32,  1,  2, -8,-24,-24,-16, 31;
/I:         I=-5; MI=-5; IM=-5; B1=0;
/M: SY='L'; M= 11,-19,-19,-24,-13, -8,-19,-16,  9,-17, 15, 11,-18,-19, -6,-17,-11, -6,  5,-20, -8,-10;
/M: SY='R'; M=-15, -5,-30, -5,  6,-26,-20, -4,-29, 38,-25, -9,  0,-15, 14, 47, -9,-10,-21,-20,-10,  8;
/M: SY='K'; M= -4,-11,-23,-15, -6,-17,-19, -9, -8, 18, -9, 10, -9,-16,  1, 14,-10, -8, -3,-21, -9, -3;
/M: SY='T'; M=  0,-10,-18,-10,  3,-11,-20,-15, -2,-10,  1, -1,-12,-15, -6,-12, -1,  4,  3,-28,-12, -2;
/M: SY='V'; M=  0,-27,-10,-28,-28, -1,-29,-29, 26,-19,  8,  8,-27,-28,-28,-19, -7,  6, 44,-30,-10,-28;
/M: SY='E'; M=-11, 12,-30, 22, 50,-32,-19,  1,-30,  9,-21,-18,  2, -2, 24,  0,  0,-10,-30,-30,-19, 37;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-14, -6,-13, -7,  2,-25,-21, -8,-30, 33,-25,-11, -2,-17,  6, 39,-10,-10,-19,-23,-12,  2;
/M: SY='M'; M= -4,-16,-24,-20,-10,-10,-22,-13,  2,  3,  7, 12,-14,-19, -5,  3,-15, -9,  0,-20, -6, -8;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='A'; M= 33,-17,-10,-23,-17,-13,-10,-23,  3,-13, -3, -3,-17,-17,-17,-20,  3,  0, 17,-23,-17,-17;
/M: SY='N'; M=  2,  4,-11, -3, -7,-23,  9,-11,-25, -2,-25,-16, 12,-17, -7, -6,  7,  0,-19,-30,-20, -7;
/M: SY='I'; M= -9,-23,-24,-30,-23,  1,-31,-21, 31,-25, 24, 18,-17,-24,-18,-22,-20, -8, 18,-23, -3,-23;
/M: SY='E'; M=-13, 18,-22, 25, 26,-33,-16, -1,-29,  2,-25,-19,  8,  0, 15, -4,  0, -9,-29,-33,-20, 20;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='M'; M= -3,-18,-23,-23,-13,-12,-26,-15, 15, -7,  3, 16,-15,-18,  0,-10,-11, -8, 11,-22, -6, -8;
/M: SY='K'; M= -9, -6,-26, -7,  3,-21,-22,-11,-18, 26,-12, -4, -6,-14,  6, 15,-10, -4,-13,-21, -8,  4;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-30,  0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='K'; M=-10,  2,-30,  4, 24,-33,-20, -2,-27, 29,-25, -9,  0, -8, 28, 17, -5,-10,-25,-22,-12, 26;
/M: SY='A'; M= 25,-12, 12,-20,-15,-17,-10,-22,-10,-15,-12,-11,-11,-17,-15,-20,  8,  5,  3,-29,-20,-15;
/M: SY='A'; M= 21, -9, 15,-15,-12,-21,  0,-19,-20,-15,-20,-16, -5,-17,-12,-19, 14,  2, -8,-32,-23,-12;
/M: SY='A'; M= 23, -4,-17, -7,  7,-24, -7,-14,-19,  6,-18,-13, -4, -8,  0, -5,  7, -2,-10,-24,-18,  4;
/M: SY='E'; M=-13, 21,-30, 33, 43,-33,-17, -1,-33, 11,-24,-22,  6, -4, 13,  0, -1,-10,-29,-32,-19, 28;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-32,-23, 10,-31,-20, 24,-27, 38, 23,-27,-27,-19,-21,-26,-10, 15,-19,  1,-22;
/M: SY='M'; M=-11,-15,-24,-18, -7,-10,-23, -7, -1,  6,  8, 21,-14,-19,  3,  7,-17,-10, -4,-20, -4, -3;
/M: SY='D'; M=  1, 16,-22, 18,  8,-30, -9, -4,-25,  3,-24,-16, 10,-11,  9, -4,  7, -1,-20,-30,-17,  8;
/M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-26,-23, 44,-30,  9,  0,-16,  3,  0,-20,-30,-18,-13,-20,-10, -7, 24, 66,-23;
/M: SY='C'; M= -8,-24, 69,-32,-30,-13,-32,-30, -5,-28, -7, -7,-22,-35,-28,-28,-12, -8,  8,-41,-21,-30;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-26, 11, 37,-22,-20, -4,-20,  2,-10,-10, -3, -6, 11, -4, -2, -4,-20,-29,-16, 24;
/M: SY='E'; M=  6,  1,-24,  1, 23,-28,-15, -5,-21,  8,-18,-11, -2, -7, 19,  0,  3, -3,-19,-24,-16, 21;
/M: SY='H'; M=-16, 10,-27,  6,  5,-21,-14, 49,-27,  1,-23, -9, 21,-18,  8, 12, -3,-12,-28,-31,  0,  4;
/M: SY='A'; M= 27, -6,-14,-11,  0,-21, -6,-16,-13, -2,-15,-11, -6,-10, -4,-11, 10,  1, -4,-25,-18, -2;
/M: SY='R'; M= -8, -7, -9, -9, -5,-27,  2,-10,-28,  3,-23,-12, -3,-18,  5,  9, -2, -6,-21,-25,-18, -1;
/M: SY='E'; M=-12, 21,-27, 20, 28,-27,-13, 12,-27,  7,-25,-18, 22,-10, 10,  2,  2, -8,-29,-33,-16, 19;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='P'; M= -6,-19,-34,-14, -5,-20,-20,-14,-13,-10,-20, -8,-19, 57, -9,-18,-11, -9,-21,-22,-14,-11;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='L'; M= -6,-30,-18,-31,-25,  5,-31,-25, 27,-26, 32, 16,-29,-29,-24,-21,-22, -6, 27,-24, -4,-25;
/M: SY='T'; M= -3, -7,-17,-12, -8,-14,-21,-17, -5,  3,-11, -2, -6,-14, -7, -2,  5, 16,  3,-27,-10, -8;
/M: SY='G'; M= -2,-12,-32,-10,-15,-30, 49,-20,-35,-18,-30,-20, -5,  5,-18,-20, -2,-18,-30,-22,-30,-18;
/M: SY='V'; M= -6,-29,-21,-32,-27,  5,-32,-28, 28,-23,  9,  9,-25,-13,-26,-23,-14, -5, 29,-23, -5,-28;
/M: SY='P'; M= -6,-14,-31, -9, -2,-25,-18,-19,-18,-10,-26,-18,-13, 59, -9,-17,  1,  6,-22,-31,-25, -9;
/M: SY='E'; M= 13,  5,-17,  6, 14,-24, -9,-11,-21, -4,-19,-17,  1, -7,  1,-11, 13,  6,-13,-30,-19,  7;
/M: SY='D'; M=  0, 12,-21, 16,  7,-30, -2, -5,-26, -4,-26,-18,  8,-11, 11, -7, 16,  1,-20,-33,-19,  9;
/I:         I=-6; MI=-5; IM=-5; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='E'; M= -8,  0,-25,  3, 20,-23,-20,  3,-21, 12,-19,-11, -1,-10,  7,  4,  0, -2,-15,-28,-11, 13;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='R'; M=-15, -5,-30, -5,  6,-26,-20, -3,-29, 35,-24, -9,  0,-15, 16, 48, -9,-10,-21,-20,-10,  8;
/M: SY='E'; M=-12, 15,-31, 27, 47,-32,-18, -2,-31,  6,-23,-22,  2,  6, 13, -4, -1,-10,-30,-32,-21, 30;
/M: SY='K'; M=-10, -5,-30, -4,  7,-27,-21,-10,-23, 34,-21, -7, -5, -4, 10, 19,-11,-10,-19,-21,-11,  8;
/M: SY='K'; M= -8, -3,-28, -3,  3,-27, -3,-10,-31, 29,-28,-13,  1,-13,  4, 24, -3, -8,-21,-22,-14,  3;
/I:         I=-6; MI=-5; IM=-5;  DM=-15; MD=-15; E1=0;
/M: SY='S'; M= -2,-13,-18,-15,-14,  3,  1,-17,-14,-17,-16,-12, -5,-12,-17,-16, 10,  3, -7,-23,-10,-15;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M=  9,-11,-13,-18,-15,-10,-17,-21,  4,-15, -6, -4, -8,-15,-13,-16, 11, 18, 11,-29,-12,-15;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-36,-28,  9,-35,-27, 35,-28, 23, 16,-24,-25,-24,-25,-20, -8, 28,-19,  1,-28;
/M: SY='L'; M= -5,-22,-17,-22,-15,  2,-22,-17, 10,-25, 29, 10,-20,-25,-15,-17,-12, -2,  5,-25, -5,-15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 49 in 49 different sequences
Number of true positive hits 49 in 49 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 18
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 73.13 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
49 sequences

EGL10_CAEEL (P49809), GBG10_HUMAN (P50151), GBG10_MOUSE (Q9CXP8), 
GBG11_BOVIN (Q5E9F0), GBG11_HUMAN (P61952), GBG11_MOUSE (P61953), 
GBG11_RAT   (P61954), GBG12_BOVIN (Q28024), GBG12_HUMAN (Q9UBI6), 
GBG12_MOUSE (Q9DAS9), GBG12_PONAB (Q5RBQ0), GBG13_HUMAN (Q9P2W3), 
GBG13_MOUSE (Q9JMF3), GBG1_BOVIN  (P02698), GBG1_CANFA  (P63210), 
GBG1_DROME  (P38040), GBG1_HUMAN  (P63211), GBG1_MOUSE  (Q61012), 
GBG2_BOVIN  (P63212), GBG2_HUMAN  (P59768), GBG2_MOUSE  (P63213), 
GBG2_PONAB  (Q5R7U4), GBG3_BOVIN  (P63214), GBG3_HUMAN  (P63215), 
GBG3_MOUSE  (P63216), GBG4_HUMAN  (P50150), GBG4_MOUSE  (P50153), 
GBG4_PONAB  (Q5R639), GBG5_BOVIN  (P63217), GBG5_HUMAN  (P63218), 
GBG5_MOUSE  (Q80SZ7), GBG5_PONAB  (Q5REH7), GBG5_RAT    (P63219), 
GBG7_BOVIN  (P30671), GBG7_HUMAN  (O60262), GBG7_MOUSE  (Q61016), 
GBG7_RAT    (P43425), GBG8_HUMAN  (Q9UK08), GBG8_MOUSE  (P63078), 
GBG8_RAT    (P63077), GBGE_CALVI  (Q9NFZ2), GBGE_DROME  (Q9NFZ3), 
GBGT2_BOVIN (P50154), GBGT2_CANFA (O97564), GBGT2_HUMAN (O14610), 
GBGT2_MOUSE (Q61017), GBG_CAEBR   (Q4VT26), GBG_CAEEL   (P54406), 
GBG_NEUCR   (Q7RWT0)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
18 sequences

GBG_LOLFO   (Q01821), GBG_YEAST   (P18852), GG1_ARATH   (Q9FDX9), 
GG2_ARATH   (Q93V47), GG3_ARATH   (Q6AWT8), RGS11_HUMAN (O94810), 
RGS11_MOUSE (Q9Z2H1), RGS6_HUMAN  (P49758), RGS6_MOUSE  (Q9Z2H2), 
RGS7_BOVIN  (O46470), RGS7_HUMAN  (P49802), RGS7_MOUSE  (O54829), 
RGS7_RAT    (P49803), RGS9_BOVIN  (O46469), RGS9_HUMAN  (O75916), 
RGS9_MOUSE  (O54828), RGS9_RAT    (P49805), RGS9_TAMST  (Q80ZD1)
» More

PDB
[Detailed view]
23 PDB

1A0R; 1B9X; 1B9Y; 1GG2; 1GOT; 1GP2; 1OMW; 1TBG; 1XHM; 2BCJ; 2TRC; 3AH8; 3CIK; 3KRW; 3KRX; 3PSC; 3PVU; 3PVW; 3SN6; 3UZS; 3V5W; 4KFM; 4MK0
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission