ID LDLRA_2; MATRIX. AC PS50068; DT 01-NOV-1997 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=37; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.4750000; R2=0.0125000; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1183.4930420; R2=3.1229405; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=798; H_SCORE=3676; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=638; H_SCORE=3176; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='T'; M=-4,-2,-21,-4,1,-17,-13,-9,-15,-2,-14,-9,-1,-9,0,-2,3,5,-11,-27,-13,0; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; MA /M: SY='S'; M=-4,-1,-25,0,2,-22,-8,-6,-20,-2,-20,-13,0,1,1,-4,3,-2,-17,-28,-16,0; MA /I: II=-7; MI=-7; IM=-7; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; MA /M: SY='P'; M=-1,-5,-21,-3,3,-22,-10,-12,-18,-4,-19,-13,-5,11,-2,-8,1,-3,-16,-27,-18,-1; D=-3; MA /I: DM=-17; MA /M: SY='N'; M=-7,8,-23,8,1,-21,0,-3,-24,-5,-20,-15,9,-14,-3,-5,4,-1,-19,-28,-13,-2; MA /I: DM=-17; MA /M: SY='E'; M=-9,0,-27,3,19,-22,-15,3,-22,4,-17,-9,-1,-10,16,2,-2,-8,-22,-21,-9,17; MA /M: SY='F'; M=-17,-27,-22,-34,-26,58,-29,-12,0,-24,7,1,-18,-28,-31,-16,-18,-10,0,7,27,-26; MA /M: SY='Q'; M=-6,-3,-25,-4,6,-24,-17,0,-19,9,-17,-6,-2,-10,15,13,-1,-3,-17,-24,-10,9; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30; MA /M: SY='S'; M=-2,-1,-24,-1,0,-22,-3,-7,-22,0,-20,-13,0,-6,-2,-1,2,-4,-17,-26,-15,-2; MA /M: SY='N'; M=-5,18,-20,14,1,-22,-2,-1,-22,-4,-24,-17,22,-15,-2,-6,10,1,-20,-33,-17,-1; MA /I: II=-4; MI=-5; IM=-5; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; MA /M: SY='G'; M=-5,-4,-26,-5,-8,-23,25,-8,-28,-8,-22,-14,2,-16,-8,-7,0,-11,-23,-23,-18,-9; D=-2; MA /I: DM=-15; MA /M: SY='R'; M=-8,-5,-24,-6,4,-19,-18,-2,-16,8,-14,-6,-2,-14,8,13,-1,-2,-13,-24,-8,5; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-30; MA /M: SY='I'; M=-8,-29,-25,-36,-28,2,-36,-27,40,-27,20,17,-22,-23,-21,-26,-19,-8,29,-20,0,-28; MA /M: SY='P'; M=-3,-4,-28,-1,2,-24,-13,-9,-19,-5,-23,-15,-4,27,-3,-10,2,-3,-21,-29,-19,-3; D=-4; MA /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; MA /M: SY='R'; M=-5,-8,-24,-10,-2,-15,-14,-9,-11,-1,-9,-3,-5,-11,-1,1,-5,-6,-10,-21,-10,-3; MA /M: SY='S'; M=-3,0,-21,0,2,-17,-9,-3,-18,-3,-16,-11,2,-14,0,-2,6,0,-14,-25,-10,1; MA /M: SY='W'; M=-11,-17,-30,-19,-10,0,-20,-12,-13,-3,-8,-7,-15,-22,-5,-2,-17,-13,-15,25,8,-7; MA /M: SY='V'; M=-8,-19,-22,-21,-14,-6,-24,-14,2,-4,2,3,-16,-22,-9,3,-13,-6,7,-16,-5,-12; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-29,-29,-20,-19,-20,-39,-28,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29; MA /M: SY='D'; M=-17,46,-27,56,14,-34,-8,2,-34,0,-29,-27,29,-13,0,-8,2,-7,-29,-40,-20,7; MA /M: SY='G'; M=-3,-5,-28,-6,-13,-25,42,-11,-33,-13,-25,-16,3,-19,-12,-11,-1,-15,-26,-22,-22,-13; MA /M: SY='D'; M=-8,1,-24,3,2,-15,-18,-3,-12,-2,-12,-8,-2,-16,-1,-4,-4,-5,-8,-25,-6,0; MA /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; MA /M: SY='B'; M=-7,8,-23,7,1,-18,-14,-6,-17,-3,-18,-13,8,-5,-3,-5,-1,-4,-15,-27,-13,-2; MA /M: SY='D'; M=-18,44,-29,59,18,-37,-9,2,-37,0,-28,-27,21,-11,1,-8,0,-9,-29,-39,-19,10; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30; MA /M: SY='G'; M=-3,-6,-26,-4,-1,-22,3,-9,-21,-5,-18,-12,-4,-2,-4,-6,0,-7,-18,-25,-16,-4; MA /M: SY='D'; M=-16,39,-28,52,13,-33,-6,0,-35,-2,-28,-26,20,-11,-1,-9,1,-8,-28,-36,-17,6; MA /M: SY='G'; M=-3,-4,-26,-6,-11,-24,33,-10,-30,-11,-24,-15,4,-18,-10,-11,0,-13,-25,-19,-19,-11; MA /M: SY='S'; M=5,2,-15,2,5,-20,-4,-8,-20,-7,-24,-16,7,-11,1,-9,25,11,-13,-35,-17,3; MA /M: SY='D'; M=-18,42,-29,60,18,-36,-10,0,-37,-1,-27,-27,16,-11,-1,-10,-1,-9,-27,-36,-18,8; MA /M: SY='E'; M=-10,11,-29,20,53,-29,-18,-1,-29,8,-20,-20,1,-2,17,-1,1,-9,-28,-30,-19,35; MA /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0; MA /M: SY='E'; M=-1,-3,-22,-3,6,-19,-16,-6,-14,2,-11,-7,-3,-11,3,0,-2,-4,-12,-25,-11,4; D=-3; MA /I: DM=-13; MA /M: SY='N'; M=-8,8,-23,6,-1,-20,-2,-2,-19,-5,-17,-12,10,-15,-2,-5,0,-6,-18,-28,-12,-3; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; MA /M: SY='S'; M=-1,-3,-22,-3,0,-21,-4,-9,-19,-5,-19,-13,-1,-2,-4,-6,4,-1,-14,-28,-18,-3; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=962(170); /POSITIVE=962(170); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=11; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=K_Hofmann; CC /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=36; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=LDL-receptor class A; CC /VERSION=7; DR Q6UXC1 , AEGP_HUMAN , T; A2AJA7 , AEGP_MOUSE , T; DR Q63191 , AEGP_RAT , T; A6QNY1 , CD320_BOVIN, T; DR Q9NPF0 , CD320_HUMAN, T; Q9Z1P5 , CD320_MOUSE, T; DR Q5HZW5 , CD320_RAT , T; H9J9M0 , CDA1_BOMMO , T; DR P05156 , CFAI_HUMAN , T; Q61129 , CFAI_MOUSE , T; DR Q5R5A4 , CFAI_PONAB , T; Q9WUW3 , CFAI_RAT , T; DR Q29RU4 , CO6_BOVIN , T; P13671 , CO6_HUMAN , T; DR P61134 , CO6_PANTR , T; P61135 , CO6_PONPY , T; DR Q811M5 , CO6_RAT , T; Q29RQ1 , CO7_BOVIN , T; DR P10643 , CO7_HUMAN , T; Q9TUQ3 , CO7_PIG , T; DR Q5RAD0 , CO7_PONAB , T; P07357 , CO8A_HUMAN , T; DR Q8K182 , CO8A_MOUSE , T; P98136 , CO8A_RABIT , T; DR P07358 , CO8B_HUMAN , T; Q8BH35 , CO8B_MOUSE , T; DR Q90X85 , CO8B_ONCMY , T; Q9PVW7 , CO8B_PAROL , T; DR P98137 , CO8B_RABIT , T; P55314 , CO8B_RAT , T; DR Q3MHN2 , CO9_BOVIN , T; P48770 , CO9_HORSE , T; DR P02748 , CO9_HUMAN , T; P06683 , CO9_MOUSE , T; DR P06682 , CO9_ONCMY , T; P48747 , CO9_RABIT , T; DR Q62930 , CO9_RAT , T; P79755 , CO9_TAKRU , T; DR Q9Y5Q5 , CORIN_HUMAN, T; Q9Z319 , CORIN_MOUSE, T; DR Q80YN4 , CORIN_RAT , T; A0A0F7YYX3, CPROH_CONVC, T; DR B2DCR8 , CTX_SEPES , T; A8X765 , EGG1_CAEBR , T; DR Q09967 , EGG1_CAEEL , T; E3LYX0 , EGG1_CAERE , T; DR Q21629 , EGG2_CAEEL , T; P98072 , ENTK_BOVIN , T; DR P98073 , ENTK_HUMAN , T; P97435 , ENTK_MOUSE , T; DR P98074 , ENTK_PIG , T; P16222 , GLBL_LAMSP , T; DR P18207 , GLBL_TYLHE , T; P18208 , GLBM_TYLHE , T; DR P46023 , GR101_LYMST, T; P98153 , IDD_HUMAN , T; DR P98154 , IDD_MOUSE , T; Q99087 , LDLR1_XENLA, T; DR Q99088 , LDLR2_XENLA, T; P01131 , LDLR_BOVIN , T; DR P35950 , LDLR_CRIGR , T; P01130 , LDLR_HUMAN , T; DR P35951 , LDLR_MOUSE , T; Q28832 , LDLR_PIG , T; DR P20063 , LDLR_RABIT , T; P35952 , LDLR_RAT , T; DR Q5T700 , LRAD1_HUMAN, T; Q5SZI1 , LRAD2_HUMAN, T; DR Q86YD5 , LRAD3_HUMAN, T; A2AR95 , LRAD3_MOUSE, T; DR A4IHY6 , LRAD3_XENTR, T; O15165 , LRAD4_HUMAN, T; DR Q8BWJ4 , LRAD4_MOUSE, T; Q7Z4F1 , LRP10_HUMAN, T; DR Q7TQH7 , LRP10_MOUSE, T; Q86VZ4 , LRP11_HUMAN, T; DR Q8CB67 , LRP11_MOUSE, T; Q9Y561 , LRP12_HUMAN, T; DR Q9BE74 , LRP12_MACFA, T; Q8BUJ9 , LRP12_MOUSE, T; DR Q5R662 , LRP12_PONAB, T; Q9NZR2 , LRP1B_HUMAN, T; DR Q9JI18 , LRP1B_MOUSE, T; P98157 , LRP1_CHICK , T; DR Q07954 , LRP1_HUMAN , T; Q91ZX7 , LRP1_MOUSE , T; DR G3V928 , LRP1_RAT , T; P98164 , LRP2_HUMAN , T; DR A2ARV4 , LRP2_MOUSE , T; C0HL13 , LRP2_PIG , T; DR P98158 , LRP2_RAT , T; O75074 , LRP3_HUMAN , T; DR O88204 , LRP3_RAT , T; O75096 , LRP4_HUMAN , T; DR Q8VI56 , LRP4_MOUSE , T; Q9QYP1 , LRP4_RAT , T; DR O75197 , LRP5_HUMAN , T; Q91VN0 , LRP5_MOUSE , T; DR O75581 , LRP6_HUMAN , T; O88572 , LRP6_MOUSE , T; DR Q98931 , LRP8_CHICK , T; Q14114 , LRP8_HUMAN , T; DR Q924X6 , LRP8_MOUSE , T; Q04833 , LRP_CAEEL , T; DR F1QVU0 , LTK_DANRE , T; Q5VYJ5 , MALR1_HUMAN, T; DR A2AJX4 , MALR1_MOUSE, T; Q9BY79 , MFRP_HUMAN , T; DR Q8K480 , MFRP_MOUSE , T; G5EF33 , MIG13_CAEEL, T; DR B3EWZ5 , MLRP1_ACRMI, T; B3EWZ6 , MLRP2_ACRMI, T; DR Q9VER6 , MODSP_DROME, T; P34576 , MUA3_CAEEL , T; DR Q8TDF5 , NETO1_HUMAN, T; Q8R4I7 , NETO1_MOUSE, T; DR Q8NC67 , NETO2_HUMAN, T; Q8BNJ6 , NETO2_MOUSE, T; DR C6K2K4 , NETO2_RAT , T; P98159 , NUDEL_DROME, T; DR P98160 , PGBM_HUMAN , T; Q05793 , PGBM_MOUSE , T; DR P85831 , PROH4_APIME, T; E2AX35 , PROH4_CAMFO, T; DR P98162 , RSVR_COTJA , T; Q9HBX9 , RXFP1_HUMAN, T; DR Q6R6I7 , RXFP1_MOUSE, T; Q5R5V8 , RXFP1_PONAB, T; DR Q6R6I6 , RXFP1_RAT , T; Q5XM32 , RXFP2_CANLF, T; DR Q8WXD0 , RXFP2_HUMAN, T; Q91ZZ5 , RXFP2_MOUSE, T; DR O76411 , SCD2_CAEEL , T; Q98930 , SORL_CHICK , T; DR Q92673 , SORL_HUMAN , T; O88307 , SORL_MOUSE , T; DR Q95209 , SORL_RABIT , T; P0DSP1 , SORL_RAT , T; DR O43278 , SPIT1_HUMAN, T; Q9R097 , SPIT1_MOUSE, T; DR P98167 , SSPO_BOVIN , T; Q2PC93 , SSPO_CHICK , T; DR A2VEC9 , SSPO_HUMAN , T; Q8CG65 , SSPO_MOUSE , T; DR Q700K0 , SSPO_RAT , T; Q0IIH7 , ST14_BOVIN , T; DR Q9Y5Y6 , ST14_HUMAN , T; P56677 , ST14_MOUSE , T; DR Q17800 , SVH1_CAEEL , T; O15393 , TMPS2_HUMAN, T; DR Q9JIQ8 , TMPS2_MOUSE, T; P57727 , TMPS3_HUMAN, T; DR Q8K1T0 , TMPS3_MOUSE, T; Q8IU80 , TMPS6_HUMAN, T; DR Q9DBI0 , TMPS6_MOUSE, T; Q7RTY8 , TMPS7_HUMAN, T; DR Q8BIK6 , TMPS7_MOUSE, T; P86091 , TMPS7_RAT , T; DR Q7Z410 , TMPS9_HUMAN, T; P69525 , TMPS9_MOUSE, T; DR P69526 , TMPS9_RAT , T; Q06561 , UNC52_CAEEL, T; DR Q6X0I2 , VGR_SOLIN , T; P98165 , VLDLR_CHICK, T; DR P98155 , VLDLR_HUMAN, T; P98156 , VLDLR_MOUSE, T; DR P35953 , VLDLR_RABIT, T; P98166 , VLDLR_RAT , T; DR P34434 , YL54_CAEEL , T; P98163 , YL_DROME , T; DR Q9UM73 , ALK_HUMAN , N; P97793 , ALK_MOUSE , N; DR Q28034 , GLU2B_BOVIN, N; P14314 , GLU2B_HUMAN, N; DR O08795 , GLU2B_MOUSE, N; P98161 , PKD1_HUMAN , N; DR O08852 , PKD1_MOUSE , N; Q9NRS4 , TMPS4_HUMAN, N; DR Q8VCA5 , TMPS4_MOUSE, N; Q9BYE2 , TMPSD_HUMAN, N; DR Q5U405 , TMPSD_MOUSE, N; 3D 1AJJ; 1CR8; 1D2J; 1D2L; 1F5Y; 1F8Z; 1J8E; 1JRF; 1K7B; 1LDL; 1LDR; 1N7D; 3D 1V9U; 1XFE; 2FCW; 2FYJ; 2FYL; 2I1P; 2JM4; 2KNX; 2KNY; 2KRI; 2LGP; 2M0P; 3D 2M7P; 2M96; 2XRC; 3A7Q; 3DPR; 3M0C; 3OJY; 3P5C; 3T5O; 4A5W; 4E0S; 4ZRP; 3D 4ZRQ; 5B4X; 5B4Y; 5F0E; 5FMW; 5H7V; 5H9O; 5HJO; 5HJR; 5IED; 5IEE; 5IEF; 3D 5IEG; 5O32; 5OY9; 5OYL; 6BYV; 6CXO; 6DLW; 6H03; 6H04; 7F56; 7F57; 7F59; 3D 7F5A; 7F5B; 7FFF; 7FFL; 7FFN; 7JTY; 7K9N; 7K9O; 7K9Q; 7K9T; 7KAD; 7KB6; 3D 7KB8; 7KBJ; 7KBR; 7KRY; 7L9E; 7MEQ; 7N1H; 7NYC; 7NYD; 7QBD; 7QBE; 7QBF; 3D 7QBG; 7TMW; 7WQX; 8B0F; 8B0G; 8B0H; 8D43; 8DE6; 8EM4; 8EM7; 8EMR; 8IHP; 3D 8S9P; PR PRU00124; DO PDOC00929; //