ID   COPPER_FIST_2; MATRIX.
AC   PS50073;
DT   01-NOV-1997 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   Copper-fist DNA-binding domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2387000; R2=0.0126923; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3371.3508301; R2=0.4912281; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=651; H_SCORE=3691; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=494; H_SCORE=3614; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20,0,-20,0,20,-10,20,60,-20,-20,0,-10,-20,-10,10,-20,0,-10;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-28,-19,-28,-25,-5,-30,-28,24,-20,4,6,-27,-7,-25,-22,-12,-3,32,-28,-12,-26;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-30,-18,-33,-29,1,-33,-29,36,-24,18,14,-27,-27,-26,-23,-15,-4,39,-26,-6,-29;
MA   /M: SY='I'; M=-12,-30,-28,-40,-30,13,-38,-28,42,-30,18,17,-20,-22,-23,-28,-20,-10,25,-15,5,-30;
MA   /M: SY='N'; M=-10,36,-21,20,8,-21,-3,9,-21,1,-29,-20,52,-17,3,0,9,-1,-30,-39,-20,5;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-3,-29,-6,-17,-29,61,-16,-37,-17,-30,-20,8,-20,-17,-17,1,-17,-30,-23,-29,-17;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-13,-20,-19,-16,-10,-26,-16,18,-14,1,6,-8,-22,-7,-14,-7,-4,18,-27,-9,-13;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-20,-27,-23,-20,21,-27,14,6,-10,6,19,-20,-27,-7,-10,-20,-10,-4,14,55,-17;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='E'; M=-1,7,-26,11,17,-26,1,-7,-24,-3,-17,-10,-1,-10,2,-10,-1,-10,-20,-27,-19,9;
MA   /M: SY='R'; M=-4,-6,-23,-5,0,-22,-13,-10,-23,7,-25,-15,0,6,1,13,10,7,-16,-30,-17,-2;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,0,-40,-30,50,-30,20,20,-20,-20,-20,-30,-20,-10,30,-20,0,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-18,-8,-30,-8,2,-22,-20,-2,-30,34,-22,-10,0,-18,10,63,-10,-10,-20,-20,-10,2;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-26,-8,-16,-28,57,-18,-36,-18,-30,-20,2,-18,-16,-18,7,-13,-26,-24,-28,-16;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='R'; M=-18,-8,-30,-8,2,-22,-20,-2,-30,34,-22,-10,0,-18,10,63,-10,-10,-20,-20,-10,2;
MA   /M: SY='A'; M=19,-10,-10,-13,-10,-15,-7,-18,-5,-12,-15,-10,-5,-15,-10,-15,19,9,7,-32,-18,-10;
MA   /M: SY='S'; M=19,-3,-10,-9,-6,-17,-6,-16,-14,-10,-18,-14,1,-10,-6,-13,26,23,-4,-31,-17,-6;
MA   /M: SY='T'; M=-3,0,-19,-4,4,-24,-17,-8,-18,7,-19,-8,1,-10,15,3,11,18,-14,-27,-11,9;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='N'; M=-9,12,-22,5,10,-21,-14,-3,-22,11,-22,-15,17,-13,4,13,5,7,-20,-30,-15,6;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='T'; M=-5,9,-17,-1,-7,-8,-12,-2,-13,-7,-18,-13,17,-17,-5,-7,13,19,-13,-24,1,-7;
MA   /I: I=-6; MI=-6; IM=-6; DM=-15; MD=-15;
MA   /M: SY='D'; M=-17,28,-30,40,24,-35,-15,17,-34,2,-25,-19,12,-10,13,-4,-2,-12,-30,-34,-12,18;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-8,-30,-8,3,-26,-10,0,-29,20,-21,-9,0,-18,19,46,-7,-11,-23,-20,-12,7;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-18,-30,-13,-1,-20,-22,-16,-6,-9,-14,-2,-19,39,-8,-16,-10,-8,-9,-28,-20,-7;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20,8,-28,-16,20,-26,45,27,-28,-28,-16,-18,-28,-10,10,-20,0,-18;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-20,-24,-26,-16,1,-29,-18,15,-7,3,12,-16,-20,-8,-9,-14,-8,12,-18,-1,-13;
MA   /M: SY='P'; M=-11,-17,-31,-18,-8,-17,-24,-13,-2,1,-9,7,-14,16,-4,0,-14,-10,-8,-23,-12,-9;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-30,-21,-35,-28,2,-35,-28,38,-27,22,17,-25,-25,-23,-25,-18,-7,33,-23,-3,-28;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-6,-30,-6,4,-24,-20,-4,-30,38,-24,-10,0,-16,10,53,-10,-10,-20,-20,-10,4;
MA   /M: SY='P'; M=-9,-12,-32,-8,0,-26,-20,-16,-21,5,-26,-16,-11,44,-4,0,-5,0,-22,-27,-21,-5;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-7,-32,-5,5,-27,-20,-8,-28,32,-27,-12,-4,5,6,35,-10,-10,-22,-22,-14,3;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,0,-20,-20,0,-30,30,-20,-10,0,-20,10,70,-10,-10,-20,-20,-10,0;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='S'; M=5,-14,-20,-15,-9,-14,-14,-18,-2,-16,-6,-6,-9,4,-9,-18,6,2,-3,-29,-16,-11;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=10(10); /POSITIVE=10(10); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=Copper-fist;
CC   /VERSION=6;
DR   P41772    , AMT1_CANGA , T; P45815    , CRF1_YARLI , T;
DR   J9VT33    , CUF1_CRYNH , T; Q09728    , CUF1_SCHPO , T;
DR   O94588    , CUF2_SCHPO , T; P15315    , CUP2_YEAST , T;
DR   Q92258    , GRISA_PODAS, T; Q12753    , HAA1_YEAST , T;
DR   Q5AFK0    , MAC1_CANAL , T; P35192    , MAC1_YEAST , T;
3D   1CO4;
PR   PRU00055;
DO   PDOC00863;
//