Entry: PS50078

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] POLO_BOX
Accession [info] PS50078
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50078
Associated ProRule [info] PRU00154

Name and characterization of the entry

Description [info] POLO box domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.0098; R2=.02093264; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=867.88991; R2=26.01835; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=405; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8934; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=310; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8934; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-16,-24,-23,-27,-23, 36,-29, -3,  5,-19, 11,  3,-21,-29,-21,-15,-18, -5,  1,  8, 41,-23;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-20, -6, -1,-20,-12, -8,-21, 12,-23,-13,  2,-15,  3, 22, 12,  4,-10,-29,-14, -1;
/M: SY='B'; M= -7, 18,-19, 12, -1,-17,-12, -5,-19, -1,-21,-16, 18,-14, -3, -4, 11, 16,-16,-30, -9, -2;
/M: SY='K'; M=-12,  9,-28, 10,  8,-28,-17, -6,-30, 32,-27,-14,  8,-12,  7, 25, -5, -6,-21,-25,-12,  6;
/M: SY='Y'; M=-11,-13,-17,-13, -8, -2,-22,  6,-11, -5,-13, -5,-10,-14,  0, -6, -5, -6,-11,-10, 17, -6;
/M: SY='G'; M= 20,-11,-21,-16,-16,-18, 34,-20,-25,-16,-19,-14, -6,-16,-17,-20,  3,-11,-15,-18,-22,-16;
/M: SY='F'; M=-12,-31,-24,-36,-27, 24,-32,-25, 21,-28, 21, 10,-25,-27,-26,-23,-23,-10, 15,  0,  9,-27;
/M: SY='G'; M=  1,-17,-22,-21,-20,-13, 11,-17, -3,-18, -3,  8,-12,-20,-14,-18, -5, -9,  0,-23,-15,-17;
/M: SY='Y'; M=-15,-21,-24,-26,-21, 25,-27,  1,  6,-16, 12, 15,-20,-26,-14,-13,-18, -5, -1,  5, 38,-19;
/M: SY='Q'; M=-13, -5,-28, -4, 11,-26,-22, 22,-17,  2, -9,  1, -3,-15, 32,  7, -7,-12,-23,-23, -3, 20;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-32,-22, 21,-30,-20, 17,-30, 44, 17,-28,-30,-23,-20,-28,-10,  8,-15,  5,-22;
/M: SY='S'; M=  4,  0, 11, -5, -6,-19, -8,-13,-20,-13,-26,-19,  8,-16, -6,-13, 26, 17,-10,-40,-20, -6;
/M: SY='D'; M=-12, 36,-23, 40,  9,-29, -7,  0,-29, -2,-28,-24, 28,-13, -1, -7, 10,  2,-25,-39,-19,  4;
/M: SY='G'; M= -6,  0,-29,  0,  0,-28, 33, -4,-35, -8,-27,-18,  7,-16, -6, -7,  0,-15,-29,-25,-23, -4;
/M: SY='T'; M=  3,  0,-15, -4, -7,-17, -9,-15,-13, -9,-16,-12,  2,-12, -7, -8, 17, 22, -6,-31,-14, -7;
/M: SY='V'; M= -6,-30,-15,-34,-30, 18,-31,-28, 26,-24, 11,  9,-26,-29,-31,-21,-14, -4, 36,-20,  0,-30;
/M: SY='Q'; M= -3, -7,-30, -8, -1,-31, 15, -6,-27, -5,-23,-10, -4,-15, 20, -5, -3,-15,-28, -7,-15, 10;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-15,-33,-29, 12,-31,-28, 28,-23, 14, 11,-27,-29,-29,-21,-14, -3, 38,-22, -2,-29;
/M: SY='N'; M=-11,  9,-21, -1, -6,-11,-13,  5, -6,-10, -1,  0, 19,-22, -1, -6, -6, -6,-15,-30, -9, -4;
/I:         I=-8; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-37,-28, 72,-30,-14,  0,-27,  8,  0,-20,-30,-35,-18,-20,-10, -2, 13, 38,-28;
/M: SY='N'; M= -9, 20,-22,  8, -1,-21, -2, 10,-20, -1,-22,-13, 33,-19,  3, -1,  4, -4,-25,-33,-15,  1;
/M: SY='D'; M=-19, 49,-29, 63, 17,-37, -9,  1,-37,  0,-30,-29, 26,-11,  0, -9,  1, -9,-30,-40,-20,  9;
/M: SY='H'; M=-11,  2,-27,  2, -5,-23,  8, 42,-31,-12,-24,-10, 10,-18, -1, -7, -1,-12,-27,-29, -3, -6;
/M: SY='T'; M=  1, -4,-13,-11, -9,-12,-17, -8,-10, -8,-11, -5, -2,-13, -6, -4, 14, 27, -1,-29, -9, -8;
/M: SY='K'; M=-10, -1,-27, -2,  6,-26,-19,  6,-27, 29,-25, -9,  2,-12, 12, 24, -4, -5,-20,-23, -7,  8;
/M: SY='L'; M= -8,-27,-20,-31,-23,  5,-29,-18, 26,-23, 32, 28,-26,-26,-17,-19,-23, -8, 19,-22, -2,-20;
/M: SY='I'; M=  1,-24,-21,-31,-23, -2,-27,-23, 27,-22, 15, 17,-20,-21,-17,-22,-12, -5, 22,-23, -5,-22;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-23,-31,-21,  7,-31,-20, 21,-22, 29, 17,-23,-26,-18,-12,-23, -9, 14,-19,  0,-21;
/M: SY='C'; M= -4,-10, 16,-11,-10,-14,-15,-13,-15,-17, -9,-10, -8,-23, -8,-16,  4,  0, -9,-32,-12, -9;
/M: SY='P'; M=  8, -1,-25, -2, -2,-26, -3,-12,-20, -8,-24,-17,  1, 20, -4,-14,  4, -4,-20,-29,-23, -4;
/I:         I=-8; MI=-10; IM=-10; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 14,  4,-24, -2, -6,-23, -5,-14,-14,  8,-15,  0, -5, -1, -5,-20,-29,-17,  2;
/M: SY='A'; M=  3,-11,-22,-13, -6,-19,  0,-11,-12, -4,-12,  2, -8, -8, -2, -6, -2, -7, -8,-24,-16, -5;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-24,  3, 13,-23,-16, -7,-18,  9,-16,-11,  2,-11,  7,  5,  1, -5,-16,-27,-14, 10;
/M: SY='A'; M=  6, -3,-18, -6,  6,-16,-14,-12,-11, -4, -8, -9, -3,-12, -3, -8,  5,  5, -7,-28,-15,  2;
/I:         I=-6; MI=-10; IM=-10; DM=-15; DM=-15;
/M: SY='V'; M= -6,-30,-17,-33,-28,  8,-32,-27, 30,-25, 20, 13,-27,-28,-27,-22,-17, -5, 34,-23, -3,-28;
/M: SY='T'; M= -6, -5,-21,-10, -5,-13,-20,  4,-12,-10,-13, -7, -2,-14, -1, -9,  6, 17,-10,-15, -2, -4;
/M: SY='Y'; M=-18,-23,-27,-24,-23, 37,-30,  9,  2,-14,  3,  1,-21,-30,-17,-13,-19, -9, -4, 22, 64,-23;
/M: SY='I'; M= -6,-21,-24,-30,-23,  0,-30,-20, 29,-22, 13, 14,-14,-21,-16,-22,-13, -3, 18,-19,  1,-23;
/M: SY='D'; M=  0, 16,-22, 19, 10,-26, -8, -6,-23, -5,-22,-19, 12, -5, -1,-10,  9, -1,-19,-34,-19,  4;
/M: SY='E'; M=-12, -3,-30,  0, 15,-23,-21,  2,-24, 13,-21,-11, -4,  3, 12, 11, -6, -7,-23,-21, -6, 12;
/M: SY='D'; M=-10, 21,-25, 27, 15,-28,-11, -4,-27,  1,-23,-20, 13, -5,  2, -5,  5, -3,-23,-35,-19,  8;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-20; IM=-32;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-19, -4,  0,-15, -6,  3,-20, 16,-15, -6,  1,-11,  4, 25, -5, -8,-14,-13, -6,  0; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-20;
/M: SY='D'; M= -9, 12,-26, 14,  8,-27,  0, -6,-24, -3,-22,-16, 10,-13,  2, -5,  3, -5,-21,-30,-18,  4;
/M: SY='R'; M= -4, -8,-20,-12, -5, -6,-17,-11,-16,  5,-14, -5, -3,-15, -1,  9,  3,  7, -9,-21, -6, -3;
/M: SY='E'; M= -9, -5, -3, -5,  9,-18,-23, -6,-18, -3,-11,-10, -6,-15,  0, -1, -1,  4,-11,-31,-13,  3;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-18, -9, -5,-10,-12, -9,-14, -8,-13,-10, -1,-13, -7, -5, 11, 21, -7,-27, -9, -7;
/M: SY='Y'; M=-16,-21,-27,-22,-19, 23,-27,  3, -1,-11,  0, -1,-20,-28,-13,-11,-17, -9, -6, 23, 49,-19;
/M: SY='R'; M=-12,-20,-27,-20,-12,  1,-17,-15, -9, -5, -4, -2,-15, -1,-13,  3,-14,-10, -8,-17, -6,-14;
/M: SY='L'; M=  1,-16,-19,-18, -8, -1,-19,-15, -1,-17,  9, -1,-15,-12,-12,-16, -5,  2, -2,-20, -4,-10;
/M: SY='S'; M=  2, -3,-15, -9, -8,-14,-13,-10, -3, -9,-12, -1,  3,-16, -2,-10, 12, 10,  0,-31,-13, -6;
/M: SY='H'; M= -8,  0,-22, -1,  7,-15,-14, 14,-19, -7,-12, -9,  3,-14,  1, -7,  3,  5,-17,-26, -2,  2;
/M: SY='L'; M= -3,-10,-21, -8, -9, -9,-19,-13, -2,-12,  3, -2,-11,-13,-10,-13, -6, -3, -1,-23, -4,-10;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0;
/M: SY='E'; M= -3, -6,-14, -6,  4, -9,-12, -4, -1, -2,  1,  4, -6, -8,  4, -1, -5, -5, -4,-12, -5,  3; D=-4;
/I:         DM=-19;
/M: SY='S'; M= -1, -1,-13, -3, -4, -9, -2, -4,-10, -8,-13, -9,  5, -5, -4, -8,  9,  3,-10,-19, -6, -5; D=-4;
/I:         DM=-19;
/M: SY='G'; M=  2, -4,-19, -3,  0,-20, 25,-10,-23, -5,-18,-12, -1,-10, -6, -8,  0,-10,-18,-15,-17, -3; D=-4;
/I:         DM=-19;
/M: SY='C'; M= -7,-20, 20,-25,-21,  0,-26,-11, -5,-16, -2,  0,-19,-29,-19,-16,-13, -8,  3,-22,  1,-21;
/M: SY='P'; M= -4,-14,-10,-10, -4,-26,-16,-18,-21,-13,-29,-20,-11, 44,-10,-18,  4, -1,-22,-36,-27,-10;
/M: SY='E'; M=-11,  0,-29,  4, 23,-25,-15, -6,-25, 14,-18,-13,  0, -3,  8, 11, -6,-10,-23,-26,-16, 15;
/M: SY='E'; M= -4,  9,-23, 15, 17,-23,-13, -3,-23,  0,-19,-16,  3,-10,  7, -5,  6, -2,-19,-27,-10, 11;
/I:         I=-10; MI=-10; IM=-10;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-33,-23, 22,-31,-21, 20,-30, 38, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10, 11,-14,  6,-23;
/M: SY='R'; M= -8, -4,-25, -6, -2,-17,-18, -5,-14, 10,-13, -4, -1,-17,  4, 17, -5, -6,-12,-21, -5, -1;
/M: SY='Q'; M= -6,  2,-24,  2, 10,-27,-13,  3,-24, 10,-26,-12,  7, -5, 16,  9,  8, -1,-22,-29,-14, 12;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  7,-27,-20,  5,-29, 33,-24, -8,  1,-14, 16, 40, -9,-11,-22,-21, -8,  9;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-20,-31,-22,  6,-30,-20, 25,-26, 38, 24,-27,-27,-18,-20,-25, -9, 17,-21, -1,-21;
/M: SY='R'; M= -9, -1,-25, -2, 10,-24,-15, -7,-24, 15,-20,-11,  0,-11, 12, 18,  1,  4,-19,-24,-13, 10;
/M: SY='Y'; M=-13,-25,-12,-26,-23, 14,-31, -6, 11,-20, 16,  7,-24,-30,-18,-17,-21, -9,  7, -3, 30,-23;
/M: SY='L'; M= 12,-23,-17,-28,-19, -3,-21,-22, 15,-22, 22,  9,-22,-22,-17,-21,-13, -6, 13,-21, -8,-19;
/M: SY='R'; M=-10, -2,-25, -1,  3,-22,-17, -7,-21, 18,-15, -8,  0,-15,  6, 20, -4, -6,-16,-25,-11,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 66 in 45 different sequences
Number of true positive hits 66 in 45 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.06 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] POLO box
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
45 sequences

CCR1_MAIZE  (P0C8M8), CDC5_ENCCU  (Q8SWM6), CDC5_YEAST  (P32562), 
PLK1_BOVIN  (Q2TA25), PLK1_CAEEL  (P34331), PLK1_HUMAN  (P53350), 
PLK1_MOUSE  (Q07832), PLK1_RAT    (Q62673), PLK1_XENLA  (P70032), 
PLK1_XENTR  (P62205), PLK2_CAEEL  (Q9N2L7), PLK2_HUMAN  (Q9NYY3), 
PLK2_MOUSE  (P53351), PLK2_PONAB  (Q5R4L1), PLK2_RAT    (Q9R012), 
PLK3_CAEEL  (Q20845), PLK3_HUMAN  (Q9H4B4), PLK3_MOUSE  (Q60806), 
PLK3_RAT    (Q9R011), PLK4_AEDAE  (Q16W24), PLK4_BOVIN  (A2VDZ4), 
PLK4_DANRE  (Q7ZVS3), PLK4_DROAN  (B3M6I4), PLK4_DROER  (B3NE99), 
PLK4_DROGR  (B4J3F1), PLK4_DROME  (O97143), PLK4_DROMO  (B4KYX8), 
PLK4_DROPE  (B4HBU3), PLK4_DROPS  (Q2LYK3), PLK4_DROSE  (B4IAQ8), 
PLK4_DROSI  (B4QK53), PLK4_DROVI  (B4LDJ6), PLK4_DROWI  (B4MXR8), 
PLK4_DROYA  (B4PDM5), PLK4_HUMAN  (O00444), PLK4_MOUSE  (Q64702), 
PLK4_NEMVE  (A7SNN5), PLK4_PONAB  (Q5R9Z7), PLK4_RAT    (B2GUY1), 
PLK4_XENLA  (Q6PAD2), PLK4_XENTR  (B3DL84), PLK5_MOUSE  (Q4FZD7), 
PLK_DICDI   (Q86HN7), PLO1_SCHPO  (P50528), POLO_DROME  (P52304)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

PLK4_CULQU  (B0WAU8), PLK5_HUMAN  (Q496M5)

		
PDB
[Detailed view]
32 PDB

1MBY; 1Q4K; 1Q4O; 1UMW; 2OGQ; 2OJX; 3BZI; 3C5L; 3FVH; 3HIH; 3HIK; 3P2W; 3P2Z; 3P34; 3P35; 3P36; 3P37; 3Q1I; 3RQ7; 4DFW; 4E67; 4E9C; 4E9D; 4H5X; 4H71; 4HAB; 4HCO; 4HY2; 4LKL; 4LKM; 4MLU; 4O9W
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission