Entry: PS50078

General information about the entry

Entry name [info] POLO_BOX
Accession [info] PS50078
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50078
Associated ProRule [info] PRU00154

Name and characterization of the entry

Description [info] POLO box domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.0098; R2=.02093264; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=867.88991; R2=26.01835; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=405; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8934; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=310; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8934; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-16,-24,-23,-27,-23, 36,-29, -3,  5,-19, 11,  3,-21,-29,-21,-15,-18, -5,  1,  8, 41,-23;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-20, -6, -1,-20,-12, -8,-21, 12,-23,-13,  2,-15,  3, 22, 12,  4,-10,-29,-14, -1;
/M: SY='B'; M= -7, 18,-19, 12, -1,-17,-12, -5,-19, -1,-21,-16, 18,-14, -3, -4, 11, 16,-16,-30, -9, -2;
/M: SY='K'; M=-12,  9,-28, 10,  8,-28,-17, -6,-30, 32,-27,-14,  8,-12,  7, 25, -5, -6,-21,-25,-12,  6;
/M: SY='Y'; M=-11,-13,-17,-13, -8, -2,-22,  6,-11, -5,-13, -5,-10,-14,  0, -6, -5, -6,-11,-10, 17, -6;
/M: SY='G'; M= 20,-11,-21,-16,-16,-18, 34,-20,-25,-16,-19,-14, -6,-16,-17,-20,  3,-11,-15,-18,-22,-16;
/M: SY='F'; M=-12,-31,-24,-36,-27, 24,-32,-25, 21,-28, 21, 10,-25,-27,-26,-23,-23,-10, 15,  0,  9,-27;
/M: SY='G'; M=  1,-17,-22,-21,-20,-13, 11,-17, -3,-18, -3,  8,-12,-20,-14,-18, -5, -9,  0,-23,-15,-17;
/M: SY='Y'; M=-15,-21,-24,-26,-21, 25,-27,  1,  6,-16, 12, 15,-20,-26,-14,-13,-18, -5, -1,  5, 38,-19;
/M: SY='Q'; M=-13, -5,-28, -4, 11,-26,-22, 22,-17,  2, -9,  1, -3,-15, 32,  7, -7,-12,-23,-23, -3, 20;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-32,-22, 21,-30,-20, 17,-30, 44, 17,-28,-30,-23,-20,-28,-10,  8,-15,  5,-22;
/M: SY='S'; M=  4,  0, 11, -5, -6,-19, -8,-13,-20,-13,-26,-19,  8,-16, -6,-13, 26, 17,-10,-40,-20, -6;
/M: SY='D'; M=-12, 36,-23, 40,  9,-29, -7,  0,-29, -2,-28,-24, 28,-13, -1, -7, 10,  2,-25,-39,-19,  4;
/M: SY='G'; M= -6,  0,-29,  0,  0,-28, 33, -4,-35, -8,-27,-18,  7,-16, -6, -7,  0,-15,-29,-25,-23, -4;
/M: SY='T'; M=  3,  0,-15, -4, -7,-17, -9,-15,-13, -9,-16,-12,  2,-12, -7, -8, 17, 22, -6,-31,-14, -7;
/M: SY='V'; M= -6,-30,-15,-34,-30, 18,-31,-28, 26,-24, 11,  9,-26,-29,-31,-21,-14, -4, 36,-20,  0,-30;
/M: SY='Q'; M= -3, -7,-30, -8, -1,-31, 15, -6,-27, -5,-23,-10, -4,-15, 20, -5, -3,-15,-28, -7,-15, 10;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-15,-33,-29, 12,-31,-28, 28,-23, 14, 11,-27,-29,-29,-21,-14, -3, 38,-22, -2,-29;
/M: SY='N'; M=-11,  9,-21, -1, -6,-11,-13,  5, -6,-10, -1,  0, 19,-22, -1, -6, -6, -6,-15,-30, -9, -4;
/I:         I=-8; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-37,-28, 72,-30,-14,  0,-27,  8,  0,-20,-30,-35,-18,-20,-10, -2, 13, 38,-28;
/M: SY='N'; M= -9, 20,-22,  8, -1,-21, -2, 10,-20, -1,-22,-13, 33,-19,  3, -1,  4, -4,-25,-33,-15,  1;
/M: SY='D'; M=-19, 49,-29, 63, 17,-37, -9,  1,-37,  0,-30,-29, 26,-11,  0, -9,  1, -9,-30,-40,-20,  9;
/M: SY='H'; M=-11,  2,-27,  2, -5,-23,  8, 42,-31,-12,-24,-10, 10,-18, -1, -7, -1,-12,-27,-29, -3, -6;
/M: SY='T'; M=  1, -4,-13,-11, -9,-12,-17, -8,-10, -8,-11, -5, -2,-13, -6, -4, 14, 27, -1,-29, -9, -8;
/M: SY='K'; M=-10, -1,-27, -2,  6,-26,-19,  6,-27, 29,-25, -9,  2,-12, 12, 24, -4, -5,-20,-23, -7,  8;
/M: SY='L'; M= -8,-27,-20,-31,-23,  5,-29,-18, 26,-23, 32, 28,-26,-26,-17,-19,-23, -8, 19,-22, -2,-20;
/M: SY='I'; M=  1,-24,-21,-31,-23, -2,-27,-23, 27,-22, 15, 17,-20,-21,-17,-22,-12, -5, 22,-23, -5,-22;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-23,-31,-21,  7,-31,-20, 21,-22, 29, 17,-23,-26,-18,-12,-23, -9, 14,-19,  0,-21;
/M: SY='C'; M= -4,-10, 16,-11,-10,-14,-15,-13,-15,-17, -9,-10, -8,-23, -8,-16,  4,  0, -9,-32,-12, -9;
/M: SY='P'; M=  8, -1,-25, -2, -2,-26, -3,-12,-20, -8,-24,-17,  1, 20, -4,-14,  4, -4,-20,-29,-23, -4;
/I:         I=-8; MI=-10; IM=-10; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='D'; M= -8, 12,-25, 14,  4,-24, -2, -6,-23, -5,-14,-14,  8,-15,  0, -5, -1, -5,-20,-29,-17,  2;
/M: SY='A'; M=  3,-11,-22,-13, -6,-19,  0,-11,-12, -4,-12,  2, -8, -8, -2, -6, -2, -7, -8,-24,-16, -5;
/M: SY='E'; M= -4,  2,-24,  3, 13,-23,-16, -7,-18,  9,-16,-11,  2,-11,  7,  5,  1, -5,-16,-27,-14, 10;
/M: SY='A'; M=  6, -3,-18, -6,  6,-16,-14,-12,-11, -4, -8, -9, -3,-12, -3, -8,  5,  5, -7,-28,-15,  2;
/I:         I=-6; MI=-10; IM=-10; DM=-15; DM=-15;
/M: SY='V'; M= -6,-30,-17,-33,-28,  8,-32,-27, 30,-25, 20, 13,-27,-28,-27,-22,-17, -5, 34,-23, -3,-28;
/M: SY='T'; M= -6, -5,-21,-10, -5,-13,-20,  4,-12,-10,-13, -7, -2,-14, -1, -9,  6, 17,-10,-15, -2, -4;
/M: SY='Y'; M=-18,-23,-27,-24,-23, 37,-30,  9,  2,-14,  3,  1,-21,-30,-17,-13,-19, -9, -4, 22, 64,-23;
/M: SY='I'; M= -6,-21,-24,-30,-23,  0,-30,-20, 29,-22, 13, 14,-14,-21,-16,-22,-13, -3, 18,-19,  1,-23;
/M: SY='D'; M=  0, 16,-22, 19, 10,-26, -8, -6,-23, -5,-22,-19, 12, -5, -1,-10,  9, -1,-19,-34,-19,  4;
/M: SY='E'; M=-12, -3,-30,  0, 15,-23,-21,  2,-24, 13,-21,-11, -4,  3, 12, 11, -6, -7,-23,-21, -6, 12;
/M: SY='D'; M=-10, 21,-25, 27, 15,-28,-11, -4,-27,  1,-23,-20, 13, -5,  2, -5,  5, -3,-23,-35,-19,  8;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-20; IM=-32;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-19, -4,  0,-15, -6,  3,-20, 16,-15, -6,  1,-11,  4, 25, -5, -8,-14,-13, -6,  0; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-20;
/M: SY='D'; M= -9, 12,-26, 14,  8,-27,  0, -6,-24, -3,-22,-16, 10,-13,  2, -5,  3, -5,-21,-30,-18,  4;
/M: SY='R'; M= -4, -8,-20,-12, -5, -6,-17,-11,-16,  5,-14, -5, -3,-15, -1,  9,  3,  7, -9,-21, -6, -3;
/M: SY='E'; M= -9, -5, -3, -5,  9,-18,-23, -6,-18, -3,-11,-10, -6,-15,  0, -1, -1,  4,-11,-31,-13,  3;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-18, -9, -5,-10,-12, -9,-14, -8,-13,-10, -1,-13, -7, -5, 11, 21, -7,-27, -9, -7;
/M: SY='Y'; M=-16,-21,-27,-22,-19, 23,-27,  3, -1,-11,  0, -1,-20,-28,-13,-11,-17, -9, -6, 23, 49,-19;
/M: SY='R'; M=-12,-20,-27,-20,-12,  1,-17,-15, -9, -5, -4, -2,-15, -1,-13,  3,-14,-10, -8,-17, -6,-14;
/M: SY='L'; M=  1,-16,-19,-18, -8, -1,-19,-15, -1,-17,  9, -1,-15,-12,-12,-16, -5,  2, -2,-20, -4,-10;
/M: SY='S'; M=  2, -3,-15, -9, -8,-14,-13,-10, -3, -9,-12, -1,  3,-16, -2,-10, 12, 10,  0,-31,-13, -6;
/M: SY='H'; M= -8,  0,-22, -1,  7,-15,-14, 14,-19, -7,-12, -9,  3,-14,  1, -7,  3,  5,-17,-26, -2,  2;
/M: SY='L'; M= -3,-10,-21, -8, -9, -9,-19,-13, -2,-12,  3, -2,-11,-13,-10,-13, -6, -3, -1,-23, -4,-10;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0;
/M: SY='E'; M= -3, -6,-14, -6,  4, -9,-12, -4, -1, -2,  1,  4, -6, -8,  4, -1, -5, -5, -4,-12, -5,  3; D=-4;
/I:         DM=-19;
/M: SY='S'; M= -1, -1,-13, -3, -4, -9, -2, -4,-10, -8,-13, -9,  5, -5, -4, -8,  9,  3,-10,-19, -6, -5; D=-4;
/I:         DM=-19;
/M: SY='G'; M=  2, -4,-19, -3,  0,-20, 25,-10,-23, -5,-18,-12, -1,-10, -6, -8,  0,-10,-18,-15,-17, -3; D=-4;
/I:         DM=-19;
/M: SY='C'; M= -7,-20, 20,-25,-21,  0,-26,-11, -5,-16, -2,  0,-19,-29,-19,-16,-13, -8,  3,-22,  1,-21;
/M: SY='P'; M= -4,-14,-10,-10, -4,-26,-16,-18,-21,-13,-29,-20,-11, 44,-10,-18,  4, -1,-22,-36,-27,-10;
/M: SY='E'; M=-11,  0,-29,  4, 23,-25,-15, -6,-25, 14,-18,-13,  0, -3,  8, 11, -6,-10,-23,-26,-16, 15;
/M: SY='E'; M= -4,  9,-23, 15, 17,-23,-13, -3,-23,  0,-19,-16,  3,-10,  7, -5,  6, -2,-19,-27,-10, 11;
/I:         I=-10; MI=-10; IM=-10;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-33,-23, 22,-31,-21, 20,-30, 38, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10, 11,-14,  6,-23;
/M: SY='R'; M= -8, -4,-25, -6, -2,-17,-18, -5,-14, 10,-13, -4, -1,-17,  4, 17, -5, -6,-12,-21, -5, -1;
/M: SY='Q'; M= -6,  2,-24,  2, 10,-27,-13,  3,-24, 10,-26,-12,  7, -5, 16,  9,  8, -1,-22,-29,-14, 12;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  7,-27,-20,  5,-29, 33,-24, -8,  1,-14, 16, 40, -9,-11,-22,-21, -8,  9;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-20,-31,-22,  6,-30,-20, 25,-26, 38, 24,-27,-27,-18,-20,-25, -9, 17,-21, -1,-21;
/M: SY='R'; M= -9, -1,-25, -2, 10,-24,-15, -7,-24, 15,-20,-11,  0,-11, 12, 18,  1,  4,-19,-24,-13, 10;
/M: SY='Y'; M=-13,-25,-12,-26,-23, 14,-31, -6, 11,-20, 16,  7,-24,-30,-18,-17,-21, -9,  7, -3, 30,-23;
/M: SY='L'; M= 12,-23,-17,-28,-19, -3,-21,-22, 15,-22, 22,  9,-22,-22,-17,-21,-13, -6, 13,-21, -8,-19;
/M: SY='R'; M=-10, -2,-25, -1,  3,-22,-17, -7,-21, 18,-15, -8,  0,-15,  6, 20, -4, -6,-16,-25,-11,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 66 in 45 different sequences
Number of true positive hits 66 in 45 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.06 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] POLO box
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
45 sequences

CCR1_MAIZE  (P0C8M8), CDC5_ENCCU  (Q8SWM6), CDC5_YEAST  (P32562), 
PLK1_BOVIN  (Q2TA25), PLK1_CAEEL  (P34331), PLK1_HUMAN  (P53350), 
PLK1_MOUSE  (Q07832), PLK1_RAT    (Q62673), PLK1_XENLA  (P70032), 
PLK1_XENTR  (P62205), PLK2_CAEEL  (Q9N2L7), PLK2_HUMAN  (Q9NYY3), 
PLK2_MOUSE  (P53351), PLK2_PONAB  (Q5R4L1), PLK2_RAT    (Q9R012), 
PLK3_CAEEL  (Q20845), PLK3_HUMAN  (Q9H4B4), PLK3_MOUSE  (Q60806), 
PLK3_RAT    (Q9R011), PLK4_AEDAE  (Q16W24), PLK4_BOVIN  (A2VDZ4), 
PLK4_DANRE  (Q7ZVS3), PLK4_DROAN  (B3M6I4), PLK4_DROER  (B3NE99), 
PLK4_DROGR  (B4J3F1), PLK4_DROME  (O97143), PLK4_DROMO  (B4KYX8), 
PLK4_DROPE  (B4HBU3), PLK4_DROPS  (Q2LYK3), PLK4_DROSE  (B4IAQ8), 
PLK4_DROSI  (B4QK53), PLK4_DROVI  (B4LDJ6), PLK4_DROWI  (B4MXR8), 
PLK4_DROYA  (B4PDM5), PLK4_HUMAN  (O00444), PLK4_MOUSE  (Q64702), 
PLK4_NEMVE  (A7SNN5), PLK4_PONAB  (Q5R9Z7), PLK4_RAT    (B2GUY1), 
PLK4_XENLA  (Q6PAD2), PLK4_XENTR  (B3DL84), PLK5_MOUSE  (Q4FZD7), 
PLK_DICDI   (Q86HN7), PLO1_SCHPO  (P50528), POLO_DROME  (P52304)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

PLK4_CULQU  (B0WAU8), PLK5_HUMAN  (Q496M5)

		
PDB
[Detailed view]
39 PDB

1MBY; 1Q4K; 1Q4O; 1UMW; 2OGQ; 2OJX; 3BZI; 3C5L; 3FVH; 3HIH; 3HIK; 3P2W; 3P2Z; 3P34; 3P35; 3P36; 3P37; 3Q1I; 3RQ7; 4DFW; 4E67; 4E9C; 4E9D; 4H5X; 4H71; 4HAB; 4HCO; 4HY2; 4LKL; 4LKM; 4O56; 4O6W; 4O9W; 4RCP; 4RS6; 4WHH; 4WHK; 4WHL; 4XB0
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission