PROSITE entry PS50151
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General information about the entry
Entry name [info] | UVR |
Accession [info] | PS50151 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-APR-2002 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50151 |
Associated ProRule [info] | PRU00217 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | UVR domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=36; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=33; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4512000; R2=0.0155257; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1579.0720215; R2=1.5585586; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=442; H_SCORE=2268; N_SCORE=8.3; MODE=1; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=326; H_SCORE=2087; N_SCORE=6.5; MODE=1; /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -6, 13,-27, 18, 23,-29,-14, -4,-26, 9,-21,-16, 6, -8, 10, 2, -1, -8,-23,-29,-17, 16; /M: SY='E'; M= -1, 2,-25, 3, 17,-27,-15, -6,-24, 16,-21,-12, 1, -9, 13, 10, 1, -4,-19,-25,-15, 15; /M: SY='L'; M= -8,-14,-22,-14, -2, -6,-25,-11, 1, -7, 4, 2,-14,-19, -5, -5, -9, -4, 2,-21, -2, -4; /M: SY='I'; M= -8,-28,-24,-34,-25, 2,-34,-23, 33,-26, 25, 18,-23,-24,-19,-23,-20, -8, 23,-21, -1,-24; /M: SY='K'; M= -4, 6,-26, 6, 10,-26,-15, -5,-24, 15,-21,-13, 5, -9, 6, 12, -2, -6,-19,-26,-15, 7; /M: SY='E'; M= -8, 6,-26, 8, 16,-26,-17, 6,-23, 10,-20,-10, 4,-11, 14, 5, -2, -7,-21,-26,-10, 14; /M: SY='L'; M= -6,-26,-20,-29,-20, 7,-28,-18, 18,-25, 35, 17,-25,-27,-18,-19,-22, -6, 11,-18, 3,-20; /M: SY='E'; M= -9, 1,-26, 4, 24,-22,-21, -5,-19, 8,-15,-11, -2, -9, 10, 4, -1, -2,-17,-26,-12, 17; /M: SY='K'; M= -5, -1,-26, -1, 13,-24,-16, -4,-23, 18,-19, -9, 0,-11, 12, 12, -4, -8,-19,-23,-12, 13; /M: SY='E'; M= -2, -2,-26, -1, 15,-26,-18, -5,-19, 12,-15, -8, -4,-10, 15, 6, -3, -7,-17,-23,-13, 14; /M: SY='M'; M=-10,-15,-24,-22,-11, -8,-22, -6, 9, 2, 8, 35,-14,-17, 0, -3,-17,-10, 3,-21, -3, -6; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='E'; M=-11, 1,-27, 2, 14,-18,-19, 3,-17, 5,-13, -7, 0,-13, 10, 1, -6, -8,-19,-18, -3, 11; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='E'; M= -7, 1,-27, 4, 24,-28,-19, -3,-24, 16,-21,-11, -1, -8, 20, 12, 0, -5,-21,-25,-14, 22; /M: SY='A'; M= 34,-13,-10,-21,-12,-11, -7,-16, -7,-13, -3, -6,-13,-15,-12,-19, 3, -2, 0,-19,-12,-12; /M: SY='A'; M= 22,-12,-13,-18,-13,-14,-10,-20, 1,-14, -9, -6, -8,-14,-11,-18, 12, 7, 8,-27,-15,-13; /M: SY='R'; M= -7, 3,-26, 4, 13,-28,-12, 0,-26, 14,-23,-12, 4,-12, 15, 17, 0, -7,-22,-26,-14, 13; /M: SY='N'; M= 0, 14,-22, 12, 12,-26, -8, -3,-22, 1,-22,-15, 15,-11, 7, -4, 7, -1,-20,-31,-18, 10; /M: SY='L'; M=-11,-15,-24,-16, -2, -6,-22, -5, 0,-12, 14, 11,-14,-20, 7, -8,-16,-10, -8,-18, -3, 3; /M: SY='D'; M=-12, 18,-28, 24, 23,-30,-15, 1,-29, 12,-24,-16, 11,-10, 13, 9, -1, -9,-26,-30,-16, 18; /M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-37,-28, 72,-30,-14, 0,-27, 8, 0,-20,-30,-35,-18,-20,-10, -2, 13, 38,-28; /M: SY='E'; M=-10, 12,-30, 22, 57,-30,-19, 0,-30, 9,-21,-20, 2, -1, 19, 0, 0,-10,-30,-31,-20, 38; /M: SY='E'; M= -8, 1,-26, 3, 15,-24,-18, -2,-22, 14,-15,-10, 0,-12, 10, 12, -5, -7,-19,-25,-12, 11; /M: SY='A'; M= 48,-10, -7,-20,-11,-20, -1,-20,-11,-11,-10,-10,-10,-11,-11,-20, 9, 0, 0,-21,-20,-11; /M: SY='A'; M= 32,-12,-15,-19, -9,-18, -4,-19, -7, -9, -7, -6,-10,-12, -9,-15, 4, -3, -1,-21,-17,-10; /M: SY='Q'; M= -6, -4,-26, -4, 8,-20,-17, 8,-19, 7,-16, -7, -1,-14, 10, 10, -3, -7,-17,-23, -6, 7; /M: SY='L'; M=-13,-28,-24,-31,-24, 20,-32,-15, 21,-26, 26, 13,-24,-28,-21,-20,-24,-10, 11, -7, 20,-24; /M: SY='R'; M=-20,-11,-30,-11, -2,-16,-21, 1,-26, 25,-16, -8, -2,-21, 8, 61,-11,-10,-18,-17, -4, -2; /M: SY='D'; M=-17, 43,-29, 60, 18,-38,-10, -1,-38, 2,-28,-28, 18,-11, 1, -5, 0,-10,-28,-38,-19, 9; /M: SY='Q'; M= -9, -5,-25, -3, 9,-20,-18, -5,-16, 4, -8, -4, -5,-15, 12, 10, -5, -4,-15,-23, -9, 9; /M: SY='I'; M=-10,-21,-27,-24, -9, -5,-32,-19, 23,-20, 18, 15,-18,-19, -8,-19,-18,-10, 11,-22, -4,-11; /M: SY='Q'; M= -4, -7,-23,-13, -5,-13,-17, -7, -7, 1, -8, 1, -3,-16, 3, -1, -4, -2, -8,-22, -7, -2; /M: SY='E'; M= 5, -1,-22, -1, 12,-22,-14, -4,-18, 3,-12,-10, -3,-11, 6, -2, 0, -5,-15,-24,-12, 8; /M: SY='L'; M= -7,-29,-18,-32,-23, 5,-31,-23, 26,-28, 33, 16,-26,-27,-21,-22,-23, -8, 18,-21, -1,-23; /M: SY='R'; M=-11, -4,-28, -3, 8,-25,-13, -6,-26, 25,-21,-10, -1,-14, 10, 29, -6, -9,-19,-22,-13, 8; /M: SY='E'; M= 0, 2,-22, 1, 16,-24,-15, -6,-21, 10,-19,-12, 1,-10, 9, 6, 1, -4,-17,-26,-14, 12; /M: SY='Q'; M= -5, -9,-23,-10, 4,-17,-21, -8, -5, -3, 0, 2, -9,-16, 9, -2, -7, -5, -6,-24, -9, 6; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 993 in 993 different sequences |
Number of true positive hits | 992 in 992 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 1 |
Number of false negative sequences | 40 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 99.90 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 96.12 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | window20_shuffled |
Author [info] | N_Hulo |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | UVR |
Version [info] | 6 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
992 sequences
CLPAA_SOLLC (P31541), CLPAB_SOLLC (P31542), CLPA_BRANA (P46523), CLPB_AQUAE (O67588), CLPB_OCEIH (Q8EU05), CLPC1_ARATH (Q9FI56), CLPC1_MYCS2 (A0R574), CLPC1_MYCTO (P9WPC8), CLPC1_MYCTU (P9WPC9), CLPC1_ORYSJ (Q7F9I1), CLPC2_ARATH (Q9SXJ7), CLPC2_ORYSJ (Q2QVG9), CLPC3_ORYSJ (Q53LY0), CLPC_BACSU (P37571), CLPC_CHLMU (Q9PKA8), CLPC_CHLPN (Q9Z8A6), CLPC_CHLTR (O84288), CLPC_CYACA (Q9TM05), CLPC_GUITH (O78410), CLPC_MYCBO (P0A523), CLPC_MYCLE (P24428), CLPC_NEOYE (Q1XDF4), CLPC_PEA(P35100), CLPC_PORPU (P51332), CLPC_STAA3 (Q2FJB5), CLPC_STAA8 (Q2G0P5), CLPC_STAAB (Q2YSD6), CLPC_STAAC (P0C281), CLPC_STAAM (Q99W78), CLPC_STAAN (Q7A797), CLPC_STAAR (Q6GJE4), CLPC_STAAS (Q6GBW3), CLPC_STAAW (Q8NXY8), CLPC_STAEQ (Q5HRM8), CLPC_STAES (Q8CQ88), CLPC_STAHJ (Q4L3I4), CLPC_STAS1 (Q49V34), CLPE_BACSU (O31673), CLPE_LACLA (Q9CI09), CLPE_LACLM (Q9S5Z2), CLPE_STRPN (P35594), HLYB_BRAHO (Q54316), MCSA_BACSU (P37569), MCSA_STAA8 (Q2G0P7), SLK_CAVPO (O55092), SLK_HUMAN (Q9H2G2), SLK_MOUSE (O54988), SLK_RAT 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UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
1 sequence
SYC_STRR6 (Q8DQS8) |
PDB [Detailed view] |
26 PDB
1C4O; 1D2M; 1D9X; 1D9Z; 1E52; 1QOJ; 1T5L; 2D7D; 2FDC; 2NMV; 3J3R; 3J3S; 3J3T; 3J3U; 3PXG; 3PXI; 3V4R; 6EM8; 6EM9; 6EMW; 7ABR; 8A8U; 8A8V; 8A8W; 8WTB; 8WTC » more |