Entry: PS50166

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] IMPORTIN_B_NT
Accession [info] PS50166
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50166
Associated ProRule [info] PRU00115

Name and characterization of the entry

Description [info] Importin-beta N-terminal domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=75;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=70;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.7352; R2=.02261320; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3116.49231; R2=16.85275; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=343; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8155; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=254; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7414; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-80; MD=-80; IM=-80; DM=-80;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A'; M= 43, -8,-10,-17, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-13,-12, -7,-10, -8,-18, 15,  3, -2,-23,-20, -8;
/M: SY='E'; M= -9,  7,-28, 12, 44,-31,-20,  1,-26,  8,-19,-14,  0, -3, 28,  2,  2, -5,-28,-27,-17, 36;
/M: SY='K'; M= -8, -3,-24, -5,  7,-23,-21, -7,-18, 15,-14, -6, -3,-12, 14, 12, -1,  5,-15,-23,-10, 10;
/M: SY='Q'; M=-10, -8,-24,-13, -7, -3,-15,  0, -9,-10,-10, -2, -2,-19,  5, -7, -5, -5,-11,-18, -1,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-12, -5,-26, -5, 10,-14,-22, -7,-20, 13,-12, -8, -4,-13,  7, 19, -5, -1,-16,-21, -8,  8;
/M: SY='Q'; M=-10,  7,-26,  7, 13,-30,-16,  0,-24, 14,-23,-11,  7,-11, 22, 14,  3, -2,-23,-26,-13, 17;
/M: SY='F'; M= -1,-25,-23,-29,-19, 14,-21,-20,  1,-20,  9,  1,-23,-24,-17,-18,-17,-10,  0, 13,  6,-16;
/I:         I=-8; MI=-5; MD=-15; IM=-5; DM=-15;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-27, 14, 32,-27,-17,  2,-25,  4,-21,-15,  2, -7, 21, -1,  5, -5,-25,-26,-10, 26;
/M: SY='B'; M= -4, 15,-22, 10,  1,-24, -5, -8,-24,  7,-24,-16, 15,-13, -2,  0,  5,  6,-18,-30,-16, -1;
/M: SY='Q'; M= -7, -5,-23,-10, -4, -8,-19,  5, -7, -7, -5, -1, -1,-20,  9, -5, -6, -8,-12,-18,  2,  2;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-31, -3,  1,-26,-17, -5,-18, -9,-20,-13,-10, 37, -2,-14, -4, -8,-22,-29,-19, -3;
/M: SY='D'; M= -7, 12,-25, 13,  0,-29, 12, -8,-29, -6,-24,-17, 10,-14,  2, -9,  5,  0,-24,-28,-19,  1;
/M: SY='F'; M= -7,-24,-18,-32,-25, 47,-25,-18,  0,-23,  5, -1,-18,-25,-30,-18,-12, -3,  3,  1, 20,-25;
/M: SY='W'; M= -1,-21,-25,-24,-17,  0,-13,-12, -7,-20,  3, -3,-19,-14,-16,-18,-14, -9, -9,  5, -1,-16;
/M:         M=  0,-14,-22,-14,-11,-14, -4,-14, -9,-10, -7, -5,-11,-11, -8,-11, -3, -5, -6,-21, -9,-10;
/M: SY='A'; M=  5,-11,-20,-13,  0, -9,-18,-14, -8, -3,  1, -2,-11,-15, -2, -7, -6, -3, -7,-20, -8, -1;
/M: SY='L'; M=  1,-24, -6,-26,-18,  1,-23,-20,  8,-25, 28,  9,-23,-26,-18,-20,-16, -6,  5,-24, -7,-18;
/M: SY='L'; M= -1,-11,-19,-12, -9, -7,-19,-12,  0,-16,  6,  0,-10,-19, -6,-14, -1,  2, -2,-23, -3, -8;
/M: SY='H'; M=-11, 13,-24, 13,  6,-26,-12, 16,-25,  1,-24,-13, 16,-14, 12,  6,  6, -1,-23,-32,-10,  7;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-22,-35,-29,  1,-35,-29, 40,-26, 19, 16,-25,-25,-24,-25,-17, -6, 36,-24, -4,-29;
/M: SY='L'; M=  0,-26,-20,-29,-21,  4,-27,-19, 19,-24, 28, 13,-24,-25,-18,-21,-19, -8, 13,-17,  2,-21;
/M: SY='A'; M= 10, -9,-20,-11,  4,-18,-15,-12, -6, -9, -4, -4, -8,-13,  4,-12,  3, -2, -7,-25,-14,  4;
/M: SY='N'; M= -4, 16,-21, 12,  3,-19, -9, -3,-23,  4,-25,-16, 19,-14,  3, -1,  7, -1,-20,-30,-14,  4;
/M: SY='D'; M= -5,  2,-24,  6,  3,-24,  0, -3,-24,-10,-21,-16,  1, -1, -4,-12,  6, -1,-20,-31,-17, -2;
/M: SY='N'; M=  0, 10,-21,  6, 12,-25,  1, -4,-23, -2,-24,-17, 15,-11,  6, -6, 11,  1,-22,-31,-20,  9;
/M: SY='N'; M= -5, 10,-19,  5, -6, -8,-13, -6,-11,-10,-12,-11, 12,-19, -9,-10,  3,  2,-10,-26, -6, -8;
/M: SY='P'; M=  0, -2,-23,  0, -1,-24,-11,-13,-17, -4,-25,-17,  0, 18, -5,-10,  8,  1,-14,-33,-21, -5;
/M: SY='L'; M= -8,-15,-24,-14,  0,-13,-23,-10, -1,-12,  9,  4,-15,-10,  6, -9,-11, -7, -6,-24, -9,  3;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='E'; M= -3,  4,-13,  3,  8,-13, -9, -2, -8, -1,-11, -7,  6, -8,  4, -3,  4, -1, -7,-20,-10,  6; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I'; M=  4,-16,-18,-22,-17, -8,-13,-22,  8,-20,  4,  1,-12,-18,-15,-19,  0,  5,  8,-25,-11,-17;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 38,-24,-10,  0,-16, 10, 54,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='L'; M=-10,-22,-24,-24,-14,  1,-28,-13,  9,-16, 10,  7,-21,-24, -3,-13,-17, -9,  5, -3,  6, -9;
/M: SY='A'; M=  5,-19, -7,-24,-18, -2,-12,-21,  1,-22,  5, -1,-14,-21,-17,-21, -5, -4,  2,-23,-10,-18;
/M: SY='A'; M= 40, -8,-12,-16, -9,-21,  6,-18,-14,-11,-15,-12, -6,-11, -9,-18, 14,  1, -4,-23,-21, -9;
/M: SY='A'; M= 11,-16,-17,-19,-15,-11,  3,-19, -5,-19,  3, -3,-13,-20,-15,-18, -1, -4, -1,-24,-15,-15;
/M: SY='L'; M= -5,-26,-19,-28,-21,  2,-28,-22, 23,-25, 25, 13,-22,-25,-19,-21,-14, -4, 18,-25, -5,-21;
/M: SY='Y'; M= -9,-11,-23,-13, -5,  0,-24, -4, -4, -8, -7, -3, -9,-18,  3, -8, -2,  4, -6,-11, 14, -2;
/M: SY='F'; M= -8,-28,-20,-34,-24, 29,-29,-21, 15,-28, 29, 11,-24,-27,-26,-21,-22, -9,  8,-10,  8,-24;
/M: SY='K'; M=-14,  5,-30,  8, 10,-30,-19, -5,-31, 35,-27,-12,  3,-12, 13, 31, -8,-10,-22,-23,-11, 10;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='N'; M=-10, 21,-23, 10,  3,-22, -8,  2,-23, 18,-28,-15, 33,-16,  4, 15,  2, -4,-24,-30,-15,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-10,-17,-24,-17, -8,  4,-18, -9, -4, -9,  8,  1,-15,-22,-10, -8,-15, -9, -7,-11,  9,-10;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-36,-28,  2,-36,-28, 40,-28, 25, 18,-24,-24,-22,-26,-21, -8, 29,-22, -2,-28;
/M: SY='T'; M= -4, -2,-16, -4, -6,-15,-19, -9,-11, -1,-14, -8, -2,-14, -7, -4,  8, 20,  0,-30, -9, -7;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-23, -8, -2,-15,-17,  5,-20, 12,-18, -5,  0,-16,  4, 21,  1,  0,-14,-22, -1, -2;
/M: SY='H'; M=-12, -1,-28, -3, -1,-17,-11, 15,-25, 15,-23, -9,  4,-17,  3, 12, -6,-10,-21,-17,  6, -1;
/M: SY='W'; M=-20,-21,-46,-17,-19, -1,-18,-24,-24,-16,-22,-22,-27,-26,-16,-18,-31,-26,-30,109, 19,-14;
/M: SY='S'; M= -5,  0,-22,  1,  0,-22,-12, -9,-20,  6,-25,-15,  5, -2, -1,  7,  9,  2,-14,-32,-17, -2;
/M: SY='P'; M=  1, -3,-22, -2, -6,-18,-16,-15, -6,-12, -8, -5, -8,  2,-10,-17, -2, -1, -4,-29,-16, -9;
/I:         MD=-15;
/M:         M= -5,-10,-19,-11, -5,-12, -5,-14, -4, -3, -5, -2, -8,-13, -7, -6, -6, -4, -2,-18,-10, -7; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='R'; M= -5, -3,-17, -7, -1,  0,-14, -7,-14,  5,-11, -8,  1,-13, -4,  8, -3, -1,-10,-14, -3, -2; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E'; M= -1,  1,-21,  3, 13,-21, -6, -5,-15,  1,-13, -9, -1, -8,  7, -1, -1, -7,-14,-20,-13,  9; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='Q'; M= -7, 11,-20, 10, 14,-25,-10,  5,-18,  4,-19, -9, 12, -9, 25,  2,  5, -4,-22,-23,-12, 19; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='Y'; M= -6,-13,-21,-15,-13, 10, -4,  3,-11,-13, -8, -5, -9,-10,-13,-12, -9, -9,-12, -1, 15,-14; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='Q'; M=  0, -1,-14, -3,  2,-14, -8, -1, -9,  0, -8, -3,  2,-10, 11,  4,  2, -2,-10,-16, -8,  6; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='Q'; M= -5,  8,-14,  8,  7,-18, -7,  1,-13,  5,-14, -7,  7, -6, 14,  3,  3, -2,-14,-16, -8, 10; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; IM=0; DM=-15;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-23,-33,-25,  0,-33,-27, 32,-26, 20, 14,-25,-15,-22,-24,-19, -7, 25,-23, -5,-26;
/M: SY='D'; M=-12, 12,-19, 22, 11,-32,-15,-10,-30, -2,-28,-23,  1, 19, -3,-11, -1, -7,-26,-36,-23,  2;
/M: SY='E'; M=  7, -3,-25, -4, 11,-24,-15,-12,-15,  3,-18,-12, -4,  8,  0, -7, -1, -7,-15,-26,-19,  4;
/M: SY='D'; M= -7, 32,-24, 34, 17,-29, -7,  0,-28,  0,-27,-23, 25,-11,  2, -6,  7, -4,-26,-37,-20, 10;
/M: SY='E'; M=  4,  2,-20,  2,  9,-21,-15, -2,-13, -4,-14,-10,  0,-13,  2, -9,  2, -1, -8,-29,-14,  5;
/M: SY='R'; M=-13, -7,-28, -7,  2,-23,-21, -7,-25, 36,-22, -8, -2,-16,  7, 43,-10, -9,-14,-21,-10,  2;
/M:         M= -2, -5,-24, -5, -2,-17,-18,-12, -8, -2, -6, -6, -4, -8, -5, -1, -7, -7, -7,-26,-14, -5;
/M: SY='S'; M=  0, -8,-21, -9, -1,-12, -3, -3,-15,-11,-12, -8, -4,-16, -2,-11,  4, -4,-11,-25,-10, -2;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-37,-30,  0,-37,-30, 44,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 36,-23, -3,-30;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 46,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='N'; M= -3, 16,-22, 12, 13,-24, -5, -5,-24,  3,-23,-17, 17,-11,  2, -3,  6,  3,-22,-31,-18,  7;
/M: SY='Y'; M=-11, -4,-22, -9, -6,  0,-19, -1, -9, -3,-10, -3,  2,-20, -5,  3, -3,  0, -8,-16,  8, -7;
/M: SY='L'; M= -3,-28,-20,-31,-23,  3,-30,-24, 26,-26, 30, 15,-26,-26,-21,-22,-20, -7, 22,-22, -4,-23;
/M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-32,-25, 11,-32,-25, 26,-27, 30, 15,-28,-28,-25,-22,-22, -7, 25,-21, -1,-25;
/M: SY='H'; M= -6, -2,-28, -1, 11,-27,-12, 14,-25,  5,-22, -9,  0, -3, 13,  1, -2, -7,-23,-25, -9, 10;
/M: SY='L'; M=  0,-16,-15,-22,-16, -2,-22,-18,  7,-17, 16, 12,-16,-20,-13,-15, -6, 13,  9,-24, -6,-15;
/M: SY='M'; M= -5,-24, -9,-31,-22,  0,-26,-16, 18,-22, 25, 27,-23,-25,-14,-19,-20, -9, 10,-23, -4,-18;
/M: SY='V'; M= -7,-21,-21,-23,-23,  1,-18,-24, 17,-23, 11,  6,-19,-25,-23,-22,-14, -8, 19,-22, -6,-24;
/M: SY='S'; M=  3,  4,-15,  2,  5,-21, -7, -9,-21,  1,-27,-17, 11,-10,  2, -3, 25, 15,-13,-35,-17,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 75 in 75 different sequences
Number of true positive hits 73 in 73 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 2 in 2 different sequences
Number of false negative sequences 8
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 97.33 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 90.12 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Importin N-terminal
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
73 sequences

CSE1_SCHPO  (O13671), CSE1_YEAST  (P33307), IMA3_SCHPO  (O59809), 
IMB1_HUMAN  (Q14974), IMB1_MOUSE  (P70168), IMB1_RAT    (P52296), 
IMB1_SCHPO  (O13864), IMB1_YEAST  (Q06142), IMB4_SCHPO  (O60100), 
IMB4_YEAST  (P40069), IMB5_SCHPO  (Q10297), IMB5_YEAST  (P53067), 
IMB_DROME   (O18388), IMPO_ENCCU  (Q8SR54), IPO11_HUMAN (Q9UI26), 
IPO11_MOUSE (Q8K2V6), IPO13_BOVIN (A7YWD2), IPO13_HUMAN (O94829), 
IPO13_MOUSE (Q8K0C1), IPO13_RAT   (Q9JM04), IPO4_HUMAN  (Q8TEX9), 
IPO4_MOUSE  (Q8VI75), IPO5_HUMAN  (O00410), IPO5_MOUSE  (Q8BKC5), 
IPO7_DICDI  (Q55CX9), IPO7_HUMAN  (O95373), IPO7_MOUSE  (Q9EPL8), 
IPO8_HUMAN  (O15397), IPO8_MOUSE  (Q7TMY7), IPO9_HUMAN  (Q96P70), 
IPO9_MOUSE  (Q91YE6), KA113_SCHPO (O94545), KA120_YEAST (Q02932), 
NMD5_YEAST  (P46970), SXM1_YEAST  (Q04175), TNPO1_ARATH (Q8H0U4), 
TNPO1_BOVIN (Q3SYU7), TNPO1_HUMAN (Q92973), TNPO1_MOUSE (Q8BFY9), 
TNPO1_ORYSI (B8ARW2), TNPO1_ORYSJ (B9FDR3), TNPO_DICDI  (Q55CQ7), 
XPO1_DICDI  (Q54EV7), XPO1_DROME  (Q9TVM2), XPO1_HUMAN  (O14980), 
XPO1_MOUSE  (Q6P5F9), XPO1_RAT    (Q80U96), XPO1_SCHPO  (P14068), 
XPO1_YEAST  (P30822), XPO2_ARATH  (Q9ZPY7), XPO2_BOVIN  (A5D785), 
XPO2_DANRE  (Q7SZC2), XPO2_DICDI  (Q54E36), XPO2_DROME  (Q9XZU1), 
XPO2_HUMAN  (P55060), XPO2_MOUSE  (Q9ERK4), XPO2_ORENI  (Q8AY73), 
XPO2_PAGMA  (Q9PTU3), XPO2_PONAB  (Q5R9J2), XPO2_XENLA  (Q6GMY9), 
XPO5_DICDI  (Q54PQ8), XPO6A_XENLA (Q53I77), XPO6B_XENLA (Q6NTZ5), 
XPO6_DANRE  (Q8QHJ8), XPO6_HUMAN  (Q96QU8), XPO6_MOUSE  (Q924Z6), 
XPO7A_XENLA (Q704U0), XPO7B_XENLA (Q569Z2), XPO7_CHICK  (Q5ZLT0), 
XPO7_HUMAN  (Q9UIA9), XPO7_MOUSE  (Q9EPK7), XPO7_PONAB  (Q5R9G4), 
YNR7_SCHPO  (Q9USZ2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
8 sequences

IMB2_SCHPO  (O14089), IP13A_DICDI (Q54C85), IP13B_DICDI (Q54WT9), 
IPO13_CHICK (Q5ZIC8), IPO13_PONAB (Q5R974), TNPO2_HUMAN (O14787), 
TNPO2_MOUSE (Q99LG2), XPO6_DICDI  (Q54CB2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
2 sequences

ATM_CRYNB   (P0CP61), ATM_CRYNJ   (P0CP60)

		
PDB
[Detailed view]
56 PDB

1F59; 1GCJ; 1IBR; 1M5N; 1O6O; 1O6P; 1QBK; 1QGK; 1QGR; 1UKL; 1WA5; 1Z3H; 2BKU; 2BPT; 2P8Q; 2Q5D; 2QMR; 2X19; 2XWU; 2Z5J; 2Z5K; 2Z5M; 2Z5N; 2Z5O; 3EA5; 3GB8; 3GJX; 3LWW; 3M1I; 3NBY; 3NBZ; 3NC0; 3NC1; 3ND2; 3VYC; 3W5K; 3ZJY; 4BSM; 4BSN; 4FDD; 4FQ3; 4GMX; 4GPT; 4HAT; 4HAU; 4HAV; 4HAW; 4HAX; 4HAY; 4HAZ; 4HB0; 4HB2; 4HB3; 4HB4; 4JLQ; 4OO6
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission