Entry: PS50196

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RANBD1
Accession [info] PS50196
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50196
Associated ProRule [info] PRU00164

Name and characterization of the entry

Description [info] Ran binding domain type 1 profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=137;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=132;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-.1286; R2=.01165928; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-5620.80226; R2=43.66384; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=783; N_SCORE=9.0; H_SCORE=24813; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=568; N_SCORE=6.5; H_SCORE=19224; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MM=1; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-1;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='H'; M=-17,  7,-30, 12, 13,-20,-20, 48,-27, -3,-19, -8,  5,-15, 12, -2, -7,-14,-27,-23, 11, 10;
/M: SY='F'; M= -9,-27,-18,-37,-27, 64,-25,-20, -2,-27,  7, -2,-18,-27,-35,-20,-15, -8,  0,  5, 22,-27;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-27, 12, 40,-27,-20, -5,-27, 14,-20,-17,  0, -3, 13,  4,  1, -1,-23,-28,-17, 27;
/M: SY='P'; M=-10,-17,-38, -8,  2,-30,-20,-18,-22, -1,-30,-18,-17, 74, -7,-12,-10,-10,-28,-28,-27, -7;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-15,-32,-30,  0,-32,-30, 35,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 45,-28, -8,-30;
/M: SY='V'; M= -5,-17,-17,-16,-22, -6,-29,-25, 23,-19,  6,  6,-20,-25,-23,-20,-10, -3, 34,-30,-10,-24;
/M: SY='P'; M=  1,-11,-29, -8,  1,-27,-14, -8,-20, -4,-26,-15, -9, 40, -1,-11,  1, -5,-22,-29,-21, -3;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-18,-28,-19,  7,-28,-19, 17,-26, 39, 19,-26,-27,-18,-18,-23, -2, 10,-22, -2,-18;
/M: SY='P'; M= -7,-13,-33, -5,  5,-28,-17,-16,-22, -2,-29,-19,-12, 57, -4,-12, -1, -5,-26,-31,-26, -3;
/M: SY='D'; M=-11, 22,-28, 33, 26,-30,-15, -4,-28,  2,-17,-19,  5, -9,  4, -6, -3, -9,-23,-32,-17, 15;
/M: SY='Q'; M= -6,-12,-22,-11,  1,-14,-22,-12, -3, -3,  2,  1,-13,-18,  4, -4, -7, -5, -1,-25,-10,  2;
/I:         I=-5; MI=-10; MD=-21; IM=-10; DM=-21;
/M: SY='V'; M= -3,-18,-12,-19,-16, -4,-21,-17, 19,-13,  6,  8,-16,-17,-10,-13, -8, -3, 23,-18, -5,-14; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='E'; M=-11, 17,-29, 24, 50,-30,-17,  1,-30,  8,-22,-21,  8, -3, 16, -1,  1, -9,-30,-32,-20, 33;
/M: SY='V'; M= -4,-28,-17,-32,-27,  1,-32,-28, 31,-24, 18, 13,-26,-26,-24,-22,-14, -2, 35,-26, -6,-27;
/M: SY='K'; M= -6, -4,-24, -7,  2,-23,-20,-12,-15, 20,-20, -6, -2,-12,  7, 10, -1,  1, -9,-24,-10,  4;
/M: SY='T'; M=  2,  4,-11, -4, -6,-14,-13,-14,-14, -9,-17,-14,  9,-11, -6, -9, 24, 37, -6,-34,-14, -6;
/M: SY='G'; M= -2, -9,-28,-11,-19,-25, 55,-17,-32,-19,-22,-13,  0,-21,-18,-18, -2,-18,-25,-21,-26,-18;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='D'; M=-12, 33,-26, 39, 17,-31, -3,  0,-32, -1,-29,-25, 24,-11,  2, -7,  6, -5,-28,-37,-21,  9;
/M: SY='E'; M=-11, 15,-30, 26, 55,-31,-19,  0,-31,  9,-21,-21,  2, -1, 18, -1,  0,-10,-30,-31,-20, 36;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-24,  5, 28,-25,-21, -6,-18,  6,-16,-11, -3, -7, 16,  0,  2,  2,-15,-28,-15, 22;
/M: SY='V'; M=  2, -9, -2,-13, -9,-13,-19,-18,  1,-13, -8, -6, -6,-20,-13,-15,  2,  2, 10,-32,-16,-11;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-22,-31,-20,  7,-31,-20, 26,-24, 26, 20,-23,-24,-18,-21,-21, -9, 18,-20,  0,-20;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-36,-28, 70,-30,-12,  0,-26,  8,  0,-20,-30,-34,-18,-20,-10, -2, 14, 40,-28;
/M: SY='S'; M= -1, -3, -2, -4,  3,-26,-13, -8,-24,  5,-27,-14,  2,-14, 11,  1, 14,  3,-16,-33,-17,  7;
/M: SY='M'; M=  2, -6,-19,-11, -5,-17,-16,  3, -3, -7, -8,  4, -3,-18,  3, -8, -3, -6, -1,-27, -9, -1;
/M: SY='R'; M=-17, -5,-30, -6,  1,-22,-18, -2,-28, 25,-23,-12,  3, -6,  7, 48, -8, -9,-22,-23,-13,  0;
/M: SY='A'; M= 34,-12, 14,-21,-14,-19, -7,-22,-12,-14,-12,-11,-12,-17,-14,-21,  7, -1,  0,-27,-21,-14;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='Y'; M=-19,-25,-28,-29,-24, 39,-28,  0,  0,-17,  3,  4,-22,-29,-19,-14,-22,-12, -7, 33, 51,-22;
/M: SY='R'; M= -6,-10,-24,-13, -4,-18,-20, -9,-14, 12,-13, -5, -5,-17,  5, 28, -4, -1, -7,-22,-11, -2;
/M: SY='F'; M=-17,-28,-23,-33,-27, 50,-29,-12,  4,-24, 10,  2,-23,-30,-29,-18,-21,-10,  2, 16, 36,-26;
/M: SY='D'; M= -1, 27,-23, 33,  7,-27, -7, -3,-27, -4,-24,-22, 14,-12, -3,-11,  6, -4,-20,-31,-13,  2;
/M: SY='K'; M=  5,  7,-21,  3,  1,-24, -7, -9,-22, 11,-24,-14,  9,-13,  0,  4,  5, -2,-15,-28,-17,  0;
/M: SY='E'; M= -9, 11,-28, 19, 28,-24,-19, -6,-18, -2,-10,-14, -1, -9,  5, -9, -5, -9,-18,-30,-16, 16;
/M: SY='T'; M=  4, -6,-18,-11, -7,-16,-17,-16, -8,  5,-11, -6, -4,-15, -6, -2,  1,  6,  0,-26,-12, -7;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='K'; M= -6,  3,-26,  2,  8,-27, -4, -8,-28, 19,-29,-16,  7, -5,  3,  8,  3, -5,-22,-27,-17,  5;
/M: SY='E'; M=  1,  2,-24,  3, 22,-28, -7, -5,-23,  1,-20,-13,  0, -7, 17, -4,  7, -1,-22,-27,-18, 20;
/M: SY='W'; M=-19,-30,-44,-32,-26, 13,-21,-16,-15,-16,-16,-15,-29,-29,-16,-16,-32,-24,-25,110, 38,-19;
/M: SY='K'; M= -9,  5,-28,  8, 10,-30,-17, -9,-30, 37,-30,-13,  3,-10,  8, 21, -3, -6,-20,-25,-12,  9;
/M: SY='E'; M= -8, 10,-28, 19, 52,-29,-18, -1,-29,  8,-21,-20,  2, -1, 17, -1,  4, -7,-28,-31,-20, 35;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10,  0,-19, 10, 65,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V'; M= -4,-20,-17,-24,-20, -5,-29,-23, 18,-18,  9,  7,-18,-22,-14,-17, -6,  8, 22,-26, -7,-18;
/M: SY='G'; M= -1,-11,-12,-12,-21,-29, 58,-21,-39,-21,-29,-20, -2,-22,-21,-21, -1,-19,-28,-24,-30,-21;
/M: SY='D'; M=-14, 26,-28, 29, 13,-26,-15, -3,-17, -4,-19,-17, 19,-13,  0,-10, -1, -8,-19,-35,-16,  5;
/M: SY='I'; M= -5,-27,-14,-33,-24,  1,-30,-23, 27,-25, 25, 19,-24,-25,-19,-23,-20, -8, 20,-23, -4,-23;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10,  0,-12, 10, 37,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-23,-36,-27,  7,-35,-27, 35,-28, 27, 17,-24,-25,-23,-25,-21, -8, 26,-20,  0,-27;
/M: SY='L'; M=-10, -9,-20,-15,-14,  1,-21,-11,  8,-21, 26,  8, -3,-27,-14,-14,-18, -7, -2,-26, -6,-14;
/M: SY='K'; M=-11, -7,-29, -7,  3,-22,-22, -8,-21, 30,-22, -7, -6,-15,  9, 21,-11,-10,-15, -9, -2,  6;
/M: SY='H'; M=-10,  8,-25,  4,  1,-22,-11, 22,-25,  4,-26,-13, 19, -7,  4,  8,  4, -5,-25,-32, -9,  0;
/M: SY='K'; M= -9, -3,-26, -4,  3,-18,-21, -8,-18, 26,-20, -8, -2,-15,  2, 14, -8, -5,-11,-18, -1,  2;
/M: SY='D'; M=-13, 21,-27, 31, 23,-31,-17, -3,-26,  4,-21,-17,  5, -9,  8, -4, -1, -5,-20,-32,-17, 15;
/I:         MD=-20;
/M: SY='N'; M=-10, 21,-22, 18,  5,-23,-10, -2,-24, 10,-25,-17, 22,-13,  2,  8,  5,  2,-21,-31,-15,  3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-20;
/M: SY='G'; M= -3,  4,-24,  1,  0,-25, 16,-10,-28,  1,-27,-17, 11,-14, -4, -4,  7, -1,-23,-28,-20, -2;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-26, -2,  6,-24,-17,  6,-25, 22,-25, -9,  1,-12, 12, 13,  0, -4,-19,-22, -3,  8;
/M: SY='V'; M= -8,-20,-22,-23,-21, -1,-19, -7,  6,-19,  1,  2,-16,-24,-17,-16,-10, -2,  9, -9,  5,-20;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-24,-35,-26,  4,-34,-24, 35,-28, 31, 22,-24,-24,-19,-24,-23, -9, 22,-21, -1,-25;
/M: SY='L'; M= -5,-30,-15,-30,-25,  5,-30,-25, 25,-25, 30, 15,-30,-30,-25,-20,-20, -5, 30,-25, -5,-25;
/M: SY='M'; M= -4,-19, -5,-29,-20, -4,-19, -5, 12,-12, 13, 45,-19,-21, -4,-13,-16, -9,  7,-23, -5,-12;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/I:         I=-8; MI=-10; MD=-15; IM=-10; DM=-15;
/M: SY='R'; M=-11, -3,-23, -5,  0,-20,-13, -2,-26, 16,-24,-14,  8,-17,  6, 41,  6, -1,-18,-27,-14,  0;
/M: SY='D'; M=-15, 33,-28, 47, 23,-35,-11, -1,-35,  3,-27,-26, 14, -9,  4, -2,  3, -7,-27,-37,-19, 13;
/M: SY='Q'; M= -2, -4,-28, -5,  4,-34,  8, -4,-26,  6,-24, -8, -1,-13, 24,  2, -1,-12,-26,-20,-17, 14;
/M: SY='V'; M= -2,-21,-13,-26,-24, -3,-27,-24, 20,-17,  7, 11,-20,-23,-21,-17, -4, 11, 31,-28, -8,-23;
/M: SY='L'; M=-12,-24,-22,-25,-19, 12,-19, -3,  4,-26, 26, 10,-20,-28,-19,-17,-23,-12, -1,-17,  4,-19;
/M: SY='K'; M=-12,  2,-29,  0,  7,-27,-18, -6,-29, 41,-28,-11,  6,-13,  9, 35, -8, -9,-21,-22,-11,  7;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-32,-28,  2,-32,-28, 32,-23, 18, 13,-28,-28,-27,-22,-15, -3, 40,-27, -7,-28;
/M: SY='C'; M=-10,-24, 66,-33,-29,-12,-33,-29, -3,-30, -2, -5,-21,-34,-26,-29,-15,-10,  3,-39,-19,-29;
/M: SY='A'; M= 28,-17,-15,-25,-15,-11,-11,-19,  4,-16,  7,  4,-16,-16,-12,-20, -3, -4,  6,-20,-13,-14;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H'; M= -7, -9,-23,-12, -9, -5,-20, 41,-12,-15,-11, -1, -1,-20, -5, -9, -5,-10,-10,-25,  9, -9;
/M: SY='R'; M=-11,-16,-27,-16, -9,-10,-24,-11, -6,  0, -9, -4,-14, -6, -3,  4,-10, -4, -5, -9,  0, -8;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-28,  2,-37,-28, 42,-29, 26, 19,-23,-23,-21,-27,-21, -9, 28,-21, -1,-28;
/M: SY='T'; M= -2,-14,-14,-20,-14,  8,-22,-19,  1,-16,  1,  0,-12,-18,-17,-14,  2, 16,  8,-22, -3,-14;
/M: SY='P'; M= -8, -2,-30,  3,  5,-30,-12,-12,-25, 10,-28,-16, -3, 21,  3,  0, -1, -4,-23,-28,-19,  2;
/M: SY='D'; M= -5, 11,-21, 15,  5,-25,  2,-10,-25, -7,-22,-16,  6,-11, -3,-11, 11,  7,-17,-33,-19,  1;
/M: SY='M'; M=-12,-22,-20,-31,-22, 16,-22, -3, 15,-14, 17, 46,-20,-22, -8,-12,-20,-10,  7,-12,  9,-14;
/M: SY='E'; M= -5,  1,-21, -1, 10,-19,-18,-11,-18,  8,-14,-10,  1,-11,  2,  2,  4, 10,-13,-28,-12,  6;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-22,-27,-19,  7,-30,-17, 16,-21, 33, 15,-26,-28,-17,-15,-25, -9, 10,-16,  6,-19;
/M: SY='K'; M= -8,  2,-27,  3, 20,-30,-19, -4,-25, 22,-23,-10,  1, -8, 21, 12,  1, -2,-22,-24,-13, 21;
/M: SY='P'; M= -8,-10,-33, -6,  2,-28,-17,-14,-20, -2,-28,-17, -8, 53, -2,-11, -2, -3,-26,-30,-24, -3;
/M: SY='L'; M= -9, -8,-22,-14,-13, -5,-11, -9,  2,-13, 13, 12, -2,-24,-10,-10,-15, -9, -5,-25, -8,-12;
/M: SY='A'; M=  5, -3,-20, -9, -5,-13,-13,-11,-12,  1,-16, -9,  2, -9, -3, -5,  1, -3, -8,-23,-12, -4;
/M: SY='G'; M= -2,-11,-24,-14,-17,-19, 16,-20,-12,-17,-17,-10, -5, -8,-17,-18,  0, -4, -7,-26,-21,-18;
/M: SY='S'; M=  8, -2,-15, -6, -7,-19, 10,-13,-19,-13,-21,-15,  6,-14, -7,-13, 20, 10,-12,-32,-20, -7;
/M: SY='D'; M= -9, 26,-24, 29, 16,-28, -8,  0,-28, -1,-28,-23, 23, -5,  3, -6, 10, -2,-26,-38,-21,  9;
/M: SY='R'; M=-10,  7,-25,  4,  0,-20,-13, -2,-22, 12,-17,-12, 12,-18,  2, 26, -4, -7,-19,-27,-13, -1;
/M: SY='A'; M= 18, -4,-13,-10, -7,-18, -7,-13, -8, -9,-15, -9,  0,-15, -3,-12, 13,  4,  0,-29,-17, -5;
/M: SY='W'; M=-11,-27,-29,-28,-20, 10,-21,-19, -4,-22,  5, -4,-25,-26,-17,-18,-19,-11, -9, 40, 14,-17;
/M: SY='V'; M= -3,-20,-17,-22,-17, -6,-19,-23, 14,-17,  4,  6,-19,-22,-19,-17, -7,  2, 23,-27,-11,-18;
/M: SY='W'; M=-16,-27,-41,-28,-20,  4,-13,-22,-22, -6,-20,-16,-26,-25,-15, -9,-28,-23,-25, 84, 19,-15;
/I:         MD=-23;
/M: SY='T'; M= -3, -6,-14,-13,-11,  4,-16, -6, -6,-13, -4, -2, -1,-15,-11,-10,  5, 15, -3,-20, -2,-10; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='A'; M= 15,-11, 10,-17, -7,-15,-14,-19, -7,-13, -8, -8,-11,-15,-11,-18,  1, -1,  0,-26,-17,-10; D=-4;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-23;
/M: SY='A'; M= 11, -9, -1,-12, -3,-18,-13,-15,-14, -7, -9, -9, -7,-16, -3,-11,  5,  1, -7,-29,-16, -3;
/M: SY='D'; M=-17, 27,-30, 42,  9,-31,-16, -7,-24, -7,-18,-20,  7, -2, -5,-14, -6,-10,-21,-35,-17,  1;
/M: SY='F'; M=-10,-22,-20,-30,-24, 40,-27,-12,  2,-21,  4,  0,-17,-25,-25,-17,-12, -2,  2,  4, 29,-24;
/M: SY='A'; M= 25,-13,-10,-18,-13,-14, -9,-21, -1,-13, -9, -7,-11,-16,-13,-18, 11,  5, 12,-28,-17,-13;
/M: SY='D'; M= -9, 27,-28, 38, 22,-32,-14, -5,-26, -1,-21,-21,  8, -9,  2,-11, -1, -9,-21,-34,-18, 11;
/M: SY='G'; M= -1,  8,-28, 13,  7,-31, 25,-11,-35, -8,-26,-21,  3,-12, -6,-13,  1,-13,-27,-27,-25,  1;
/I:         I=-6; MI=-10; MD=-15; IM=-10; DM=-15;
/M: SY='E'; M=-12, 20,-17, 21, 23,-24,-14,  0,-26,  0,-21,-18, 16,-12,  7, -4,  0, -7,-26,-33,-18, 15;
/M: SY='G'; M= 14,-13,-25,-14,-10,-26, 15,-19,-23,-11,-22,-16, -9, 12,-12,-14,  0, -9,-18,-23,-25,-12;
/M: SY='K'; M= -7,  8,-27, 11, 12,-30,-17, -9,-29, 32,-27,-14,  3, -9,  6, 16, -5, -6,-20,-25,-13,  9;
/M: SY='P'; M=  0,-20,-23,-18,-12,-13,-20,-14,  0,-16, -3, -3,-18, 11,-14,-18, -7, -4,  1,-28,-14,-15;
/M: SY='E'; M=  3, -7,-20, -5, 16,-14,-17,-13, -9, -5, -9, -9,-11,-12, -4,-11, -2, -6, -1,-26,-15,  6;
/M: SY='Q'; M= -8, -7,-24,-10,  1,-20,-23,  0, -8, -3, -4,  2, -6,-15, 19, -2, -3,  3,-12,-23, -6,  9;
/M: SY='Y'; M=-15,-27,-23,-29,-22, 29,-30, -8, 10,-24, 27, 10,-25,-30,-21,-17,-25,-10,  2,  1, 31,-22;
/M: SY='A'; M= 36,-11,-12,-20,-11,-17, -6,-20, -4,-12, -8, -8, -9,-11,-10,-19, 10,  4,  2,-23,-17,-11;
/M: SY='V'; M=  6,-26,-17,-32,-26, -4,-28,-28, 29,-22, 10, 10,-23,-23,-23,-23,-10, -3, 33,-25, -8,-26;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 37,-23,-10,  0,-17, 10, 56,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='F'; M=-16,-27,-18,-36,-28, 63,-29,-21,  2,-27,  8,  0,-19,-28,-36,-19,-15, -3,  5,  2, 22,-28;
/M: SY='K'; M= -1, -5,-27, -6,  1,-26, -4,-13,-25, 24,-22, -9, -4,-11,  2, 11, -7,-10,-18,-20,-14,  1;
/M: SY='B'; M= -7, 14,-20, 10,  2,-22,-14, -6,-19,  1,-18,-13, 13,-13,  4, -2,  7, 12,-16,-31,-13,  3;
/M: SY='K'; M= -4, -1,-26, -1,  7,-26,-16, -9,-21, 20,-25,-12,  1,  1,  6,  8, -2, -6,-17,-26,-15,  6;
/M: SY='E'; M= -5, 13,-27, 22, 44,-30,-15, -2,-29,  5,-22,-21,  3, -3, 13, -4,  5, -6,-26,-32,-20, 29;
/M: SY='M'; M= -7, -3,-20, -9, -2, -9,-20, -9,  1,-10,  2,  5, -1,-17, -5,-10, -5,  3, -1,-28,-10, -4;
/M: SY='A'; M= 39, -9,-12,-18,-11,-20,  6,-20,-13,-11,-12,-11, -8,-11,-11,-19, 10,  3, -3,-21,-20,-11;
/M: SY='D'; M=-10, 21,-28, 28, 15,-32, -1, -3,-33,  2,-25,-21, 11,-12,  5,  1,  0,-10,-27,-31,-20, 10;
/M: SY='E'; M= -2, -6,  3, -6,  8,-22,-18,-11,-19, -2,-13,-11, -6,-16,  3, -6,  1, -4,-14,-31,-17,  6;
/M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28, 66,-30,-20,  4,-30, 18,  4,-22,-30,-36,-20,-22,-10,  2,  4, 24,-28;
/M: SY='K'; M=-11, -3,-28, -4,  4,-21,-21, -7,-25, 35,-24, -9, -2,-13,  6, 25, -8, -3,-17,-16, -1,  4;
/M: SY='K'; M= -8,  8,-14,  2,  8,-24,-17, -7,-23, 16,-24,-13, 10,-13,  6,  7,  2,  4,-19,-29,-14,  7;
/M: SY='K'; M=  0, -6,-24,-10, -2,-18,-19, -4, -9,  8,-11, -3, -3,-14, -1,  0, -7, -7, -8,-23, -8, -3;
/M: SY='F'; M=-14,-30,-17,-38,-30, 47,-32,-24, 15,-28, 12,  6,-22,-28,-34,-22,-18, -8, 15, -4, 16,-30;
/M: SY='E'; M= -9,  3,-27, 11, 35,-24,-18, -5,-19,  2,-11,-12, -5, -8, 11, -5, -4, -9,-18,-29,-17, 23;
/M: SY='E'; M=-12, 15,-30, 24, 39,-32,-18, -3,-32, 19,-25,-19,  4, -5, 13,  7, -3,-10,-27,-29,-17, 26;
/M: SY='C'; M= 23,-13, 29,-21,-16,-17,-11,-20,-17,-16,-14,-13,-12,-20,-15,-21,  5, -2, -5,-28,-17,-16;
/M: SY='Q'; M= -9, -9,-27, -9,  4,-26,-24, -5, -7, 10,-13,  1, -7,-15, 25,  9, -6, -8, -8,-22, -9, 14;
/M: SY='Q'; M= -4, -3,-27,  0, 11,-28,-17, -8,-22,  9,-23,-13, -4, 10, 12,  4,  1, -4,-20,-26,-17, 10;
/M: SY='E'; M= -6,  4,-26,  2, 16,-21,-18, -7,-14, 10,-15, -9,  6,-11,  4,  2, -5, -8,-16,-27,-14,  9;
/M: SY='M'; M= -5,-13,-22,-19,-15, -7,-11,-11,  6,-17, 13, 15, -9,-22, -7,-14,-14, -9, -2,-23, -8,-11;
/M: SY='K'; M= -5, -9,-26, -8,  4,-18,-11,-13,-15,  9, -5, -3, -9,-15, -1,  2,-11,-10,-13,-22,-12,  1;
/M: SY='K'; M= -5,  3,-26,  5, 11,-28,-15, -8,-28, 28,-26,-14,  2,-10,  7, 21, -2, -6,-19,-24,-14,  9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 49 in 33 different sequences
Number of true positive hits 49 in 33 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 96.08 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RanBD1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
33 sequences

HBA1_SCHPO  (Q09146), NUP2_YEAST  (P32499), NUP50_HUMAN (Q9UKX7), 
NUP50_MOUSE (Q9JIH2), NUP50_RAT   (O08587), NUP61_SCHPO (Q9USL4), 
RANB3_HUMAN (Q9H6Z4), RANB3_MACFA (Q4R4T9), RANB3_MOUSE (Q9CT10), 
RANB3_PONAB (Q5R4Y2), RANG_BOVIN  (Q3T0M7), RANG_DICDI  (Q54KD9), 
RANG_HUMAN  (P43487), RANG_MOUSE  (P34022), RANG_SCHPO  (Q09717), 
RBP1A_ARATH (Q9LMK7), RBP1B_ARATH (Q8RWG8), RBP1C_ARATH (P92985), 
RBP2_BOVIN  (P48820), RBP2_HUMAN  (P49792), RBP2_MOUSE  (Q9ERU9), 
RBP2_PANTR  (H2QII6), RGPD1_HUMAN (P0DJD0), RGPD2_HUMAN (P0DJD1), 
RGPD3_HUMAN (A6NKT7), RGPD4_HUMAN (Q7Z3J3), RGPD5_HUMAN (Q99666), 
RGPD8_HUMAN (O14715), RNB3L_HUMAN (Q86VV4), RNB3L_MOUSE (Q6PDH4), 
YRB1_ENCCU  (Q8SSI6), YRB1_YEAST  (P41920), YRB2_YEAST  (P40517)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

YC93_SCHPO  (O94589), YRB30_YEAST (P53107)

		
PDB
[Detailed view]
23 PDB

1K5D; 1K5G; 1RRP; 1XKE; 2CRF; 2EC1; 2Y8F; 2Y8G; 3M1I; 4GMX; 4GPT; 4HAT; 4HAU; 4HAV; 4HAW; 4HAX; 4HAY; 4HAZ; 4HB0; 4HB2; 4HB3; 4HB4; 4L6E
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission