PROSITE entry PS50202

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	MSP
Accession [info]	PS50202
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-OCT-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50202
Associated ProRule [info]	PRU00132

Name and characterization of the entry

Description [info]

Major sperm protein (MSP) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=120;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=115;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9481000; R2=0.0218566; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5708.1264648; R2=3.5768194; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=300; H_SCORE=6781; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=209; H_SCORE=6456; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M= -8,  1,-23,  2, -2,-12,-13, -7,-12, -8, -6, -6, -1,-15, -7, -8, -5, -6,-10,-26,-10, -5;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-21,-31,-23,  5,-29,-22, 25,-24, 28, 19,-25,-25,-19,-20,-21, -8, 19,-21, -2,-22;
/M: SY='T';  M= -1, -5,-20, -8, -5,-15,-16, -6, -8, -6,-10, -6, -1,-12, -4, -5,  2,  3, -5,-28,-11, -6;
/M: SY='I';  M= -4,-19,-18,-25,-20,  1,-25,-22, 15,-20, 10,  7,-16,-18,-18,-19, -9,  3, 14,-23, -5,-20;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-25,  9, 14,-21,-17, -1,-20,  3,-18,-11,  2,-11,  9, -1,  1, -2,-17,-25, -7, 10;
/M: SY='P';  M= -8,-18,-34,-10,  0,-28,-20,-19,-19,-10,-27,-19,-18, 76,-10,-19, -9, -9,-27,-30,-28, -9;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='S';  M=  1, -2,-11, -4, -2,-13, -3, -8,-11, -5,-12, -7,  0, -5, -3, -7,  4, -1, -8,-21,-12, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='D';  M= -7,  5,-24,  8,  6,-24,-10, -5,-21,  0,-20,-14,  2, -4,  0, -3,  3, -1,-16,-31,-16,  2;
/M: SY='E';  M= -9,  3,-24,  4, 11,-17,-18, -7,-20, 11,-19,-12,  0,-12,  2,  4, -1, -2,-15,-21, -7,  6;
/M: SY='L';  M= -6,-27,-17,-31,-23,  4,-29,-22, 23,-26, 26, 14,-24,-26,-21,-22,-20, -8, 18,-22, -3,-23;
/M: SY='V';  M= -6,-13,-20,-16,-10, -6,-22,-14,  0, -6, -6, -1,-11,-16, -7, -5, -4,  3,  6,-22, -4,-10;
/M: SY='F';  M=-18,-28,-20,-37,-28, 65,-29,-19,  3,-28, 11,  1,-20,-28,-35,-20,-18, -8,  2,  5, 26,-28;
/M: SY='N';  M= -7,  3,-26,  2,  1,-19,-13, -7,-16, -1,-17,-12,  6,  4, -3, -5, -2, -4,-18,-27,-13, -2;
/M: SY='A';  M=  6,-10,-16,-15,-12, -7, -3,-15,-14,-11,-14,-11, -5, -8,-14,-13,  1, -2, -9,-20,-10,-14;
/M: SY='P';  M= -5, -6,-29, -2,  8,-23,-16,-14,-18, -3,-20,-15, -8, 26, -2,-10, -1, -2,-19,-28,-20,  1;
/M: SY='F';  M= -9,-15,-25,-16,-10,  4,-13,-12, -7,-13, -1, -2,-12,-12,-11,-11,-10, -7, -9,-15,  1,-11;
/M: SY='D';  M= -7, 10,-19, 11,  1,-25,  4,-10,-26, -4,-21,-17,  8,-15, -5, -5,  2, -3,-20,-30,-19, -3;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='D';  M= -7,  8,-20, 11,  9,-19, -8, -4,-20,  8,-18,-12,  5, -6,  2,  3, -1, -5,-16,-21,-11,  5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='K';  M= -7, -5,-22, -4,  2,-18,-13, -8,-11,  4,-12, -4, -5,  1,  4,  1, -5, -6,-10,-19,-10,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M:         M= -3, -8,-12,-10, -8,-14, -9, -4, -5,-11, -7, -3, -5,-16, -5,-11, -1, -2, -2,-24, -9, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-17, -8, -2,-13,-18,-10,-10, -2,-12, -6, -4,-15,  0, -2,  5,  9, -5,-24, -5, -2;
/M: SY='S';  M= -1, -7, -3, -9, -7,-12,-17, -9,-13, -7,-14, -9, -6,-18, -6, -9,  3,  2, -6,-24, -4, -7;
/M: SY='H';  M= -8, -2,-23, -5, -3,-12,-18,  6,-13, -2,-14, -7,  1,-14,  0, -2,  0,  0,-12,-21,  0, -3;
/M: SY='L';  M=-10,-25,-22,-29,-22,  8,-30, -7, 19,-24, 23, 18,-21,-26,-17,-19,-21,-10, 13,-20,  4,-21;
/M: SY='K';  M= -7, -2,-23, -5,  4,-17,-19, -8,-16, 14,-16, -7, -1,-13,  3, 10, -1,  2,-11,-23, -8,  3;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-21,-33,-25,  4,-32,-23, 30,-27, 31, 19,-26,-27,-21,-22,-22, -8, 24,-22, -2,-25;
/M: SY='T';  M= -2, -9,-20,-14, -9,-14,-20,-11, -4,  0, -9, -2, -6,-15, -5, -2,  0,  8,  1,-24, -7, -8;
/M: SY='N';  M= -9, 37,-19, 18,  0,-20, -1, 10,-20, -1,-30,-20, 56,-19,  0, -1, 11,  1,-29,-40,-19,  0;
/M: SY='P';  M= -5, -4,-24, -7, -4,-17,-16, -6,-12, -5,-15, -9,  0,  4, -5, -6,  0,  3,-12,-28,-13, -6;
/M: SY='S';  M=  3, -1,-13, -4, -5,-16, -1, -9,-19,-11,-21,-15,  4,-13, -6,-11, 21, 18,-11,-32,-14, -5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M= -3,  8,-22, 10,  8,-25, -8, -8,-24,  2,-22,-16,  3, -5,  2, -4,  3, -1,-19,-29,-17,  4;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-21, -1,  1,-17,-16,  6,-19,  5,-16, -7,  5,-17,  3,  9, -1, -4,-16,-27, -8,  1;
/M: SY='R';  M=-13, -5,-27, -6, -1,-20,-19,  4,-23, 11,-20,-10, -1, -1,  3, 23, -6, -5,-19,-23, -7, -2;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-19,-31,-25,  1,-32,-23, 28,-20, 13, 15,-22,-24,-18,-20,-15, -6, 26,-21, -1,-24;
/M: SY='A';  M= 22,-14, -4,-21,-15,-15, -3,-19, -8,-14, -7, -2,-12,-17,-13,-19,  1, -3, -1,-21,-16,-14;
/M: SY='F';  M=-19,-28,-23,-35,-28, 58,-30,-12,  3,-25,  8,  1,-21,-30,-31,-18,-20,-10,  0, 16, 38,-27;
/M: SY='K';  M= -3,  1,-27, -2,  6,-28,-12,-10,-27, 34,-26,-10,  2,-11,  6, 19, -6, -9,-19,-21,-13,  6;
/M: SY='V';  M= -5,-29,-19,-34,-29,  9,-32,-27, 30,-24, 13, 12,-24,-26,-26,-23,-15, -5, 32,-19, -1,-28;
/M: SY='K';  M=-11,  0,-29,  0,  9,-28,-19, -5,-28, 38,-26, -9,  1,-12, 13, 29, -7, -8,-20,-21,-10, 10;
/M: SY='T';  M= -1, -6, 14,-14,-14,-13,-17,-20,-13,-15,-12,-12, -4,-18,-14,-15, 12, 27, -3,-34,-14,-14;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-13, -6, -7,-13,-12,-14,-13, -8,-15,-12,  4,-10, -6, -8, 19, 30, -6,-31,-12, -7;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='N';  M=  2, 15,-18,  9, -1,-20, -3, -5,-19, -3,-22,-15, 19,-12, -2, -5, 11,  2,-16,-32,-17, -2; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='P';  M= -7,  3,-27,  0, -2,-21,-11, -5,-15, -5,-21,-10,  9, 18, -5, -8, -1, -5,-20,-31,-19, -6;
/M: SY='K';  M= -7,  4,-26,  5,  9,-24,-15, -7,-22, 13,-20,-12,  4, -8,  5,  9, -2, -4,-18,-26,-13,  6;
/M: SY='R';  M=-11, -9,-22,-11, -6,-12,-21, -5, -8,  2, -4,  0, -5,-20, -2, 10, -9, -7, -7,-22, -6, -5;
/M: SY='Y';  M=-17,-25,-20,-29,-24, 39,-30, -3,  4,-21, 10,  3,-21,-30,-22,-16,-20, -9, -1, 10, 43,-24;
/M: SY='R';  M=-12,-11, -3,-15,-12, -7,-15,-12,-18,  0,-13, -8, -5,-23, -9,  9, -8, -7,-12,-22, -7,-11;
/M: SY='V';  M= -1,-26,-12,-30,-26, -2,-28,-26, 26,-20, 11, 13,-24,-26,-23,-20,-10, -1, 35,-27, -8,-25;
/M: SY='R';  M=-12,  7,-24,  6,  4,-22,-15,  0,-25, 13,-21,-13,  9,-16,  6, 23, -2, -4,-20,-26,-11,  3;
/M: SY='P';  M= -8,-17,-36, -9,  0,-27,-19,-19,-18,-10,-26,-18,-18, 74,-10,-19, -8, -7,-26,-30,-27, -9;
/M: SY='P';  M= -4, -5,-21, -8, -8,-18,-14,-12, -8,-10,-18,-12,  2, 13,-11,-12,  2,  1, -8,-32,-19,-11;
/M: SY='C';  M= -8,-12,  3,-17,-16,  1,-18, -9, -9,-15, -9, -7, -7,-23,-15,-13, -4, -2, -5,-21,  1,-16;
/M: SY='G';  M=  4, -7,-27, -7,-15,-28, 53,-18,-35,-16,-27,-18,  0,-18,-16,-18,  1,-16,-25,-21,-27,-16;
/M: SY='I';  M= -7,-25,-20,-31,-24, 14,-30,-23, 21,-19, 11,  9,-20,-24,-23,-18,-14, -5, 21,-16,  3,-24;
/M: SY='I';  M= -7,-30,-20,-33,-26,  3,-33,-26, 31,-27, 27, 17,-26,-25,-22,-23,-21, -8, 25,-21, -3,-25;
/M: SY='D';  M=-10, 13,-27, 19, 17,-27,-13, -5,-24,  5,-16,-13,  3,-10,  6, -3, -4, -9,-21,-29,-15, 11;
/M: SY='P';  M= -2,-16,-33,-11, -2,-25,-17,-18,-16, -9,-24,-16,-15, 58, -9,-18, -5, -6,-21,-28,-24, -9;
/M: SY='G';  M= -6, -1,-25, -3, -5,-24, 19,-11,-30,  1,-25,-15,  5,-17, -6,  0, -1,-11,-24,-21,-19, -6;
/M: SY='E';  M= -3,  6,-22,  9, 20,-26, -8, -5,-26,  3,-22,-16,  4, -9, 10, -1,  6, -4,-22,-28,-17, 15;
/M: SY='S';  M=  2,  1,-13, -2,  0,-19,-11,-12,-18,  0,-20,-14,  4,-12, -3, -4, 16, 16, -9,-32,-15, -2;
/M: SY='V';  M=  0,-19, -6,-23,-16, -8,-24,-20,  6,-11,  2,  4,-17,-22,-14,-11, -8, -4, 12,-26,-10,-16;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-20,  0,  3,-17,-16, -8,-12, -2,-12, -9,  2,-13,  1, -5,  2,  2,-10,-28,-12,  2;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-21,-34,-27,  9,-33,-25, 30,-26, 24, 16,-25,-26,-23,-23,-20, -7, 26,-19,  1,-26;
/M: SY='S';  M=  0, -3,-18, -4,  0,-18,-16, -9,-13, -2,-12, -9, -2,-12, -1, -3,  1,  0, -8,-27,-13, -1;
/M: SY='V';  M= -5,-28,-17,-32,-28,  1,-32,-28, 31,-23, 15, 13,-25,-26,-24,-21,-15, -4, 34,-25, -6,-28;
/M: SY='T';  M= -4,-12,-16,-17,-14, -3,-17,-15, -2,-13, -5, -3, -7,-19,-11,-12,  1,  8,  0,-15, -2,-13;
/M: SY='R';  M=-14,-18, -4,-21,-14,  0,-24, -4,-11, -8, -1,  1,-13,-23,-11,  4,-14, -9, -7,-21, -2,-13;
/M: SY='Q';  M=-10,  2,-25,  2,  4,-22,-15,  1,-18,  2,-14, -6,  1,-14, 11,  4, -5, -8,-18,-23, -8,  7;
/M: SY='P';  M=  6, -7,-25, -7, -4,-23, -4,-15,-19, -6,-22,-16, -5, 21, -8,-13,  2, -3,-18,-26,-20, -8;
/M: SY='G';  M= -4,-12,-21,-15,-12,  1,  3,-14,-15,-16,-10, -8, -6,-17,-11,-14, -3, -7,-13,-17, -7,-11;
/M: SY='D';  M= -4,  9,-24, 11,  6,-24,-14, -2,-22,  1,-20,-14,  4, -3, -1, -5, -1, -4,-17,-29,-14,  1;
/M:         M= -5, -8,-24, -8,  0, -9,-17, -8,-13, -1,-11, -7, -8, -7, -5, -4, -7, -7,-11,-17, -4, -3;
/M:         M= -3, -6,-24, -6,  0,-18,-11,-11,-13,  0,-13, -7, -6,-10, -1, -5, -4, -5,-10,-20, -9, -1;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='P';  M= -7, -1,-24,  3,  8,-24,-14, -8,-19,  2,-21,-13, -3, 21,  5, -3,  1, -1,-20,-24,-17,  5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='E';  M=  1,  0,-12,  0,  6,-15,-11, -8,-12, -3,-11, -9, -1, -7,  0, -5,  2,  0, -9,-22,-12,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D';  M= -6, 12,-20, 16,  8,-21, -9, -2,-19,  2,-18,-14,  7,  0,  1, -2,  0, -5,-17,-23,-12,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-14, -6, -5, -5,-10, -7, -6, -3, -4, -1, -3,-10, -5, -4, -1,  3, -4,-14, -3, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='N';  M= -4,  2, -9, -1,  0,-11, -8, -4, -9,  1,-11, -6,  5, -7,  2, -1,  1,  0, -8,-17, -9,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='K';  M= -9,  6,-26,  2,  4,-23, -9, -4,-23, 14,-23,-12, 11,-15,  3, 14, -1, -5,-19,-27,-14,  2;
/M: SY='D';  M=-16, 28,-29, 40, 13,-31,-14, 15,-31, -2,-24,-19, 12,-11,  2, -7, -2,-10,-25,-34, -9,  7;
/M: SY='K';  M=-13, -5,-29, -5,  3,-19,-20,  1,-25, 29,-22, -8, -2,-14,  7, 29, -9,-10,-19,-17, -1,  3;
/M: SY='F';  M=-13,-27,-21,-33,-25, 34,-30,-18, 14,-26, 20, 11,-21,-27,-26,-19,-21, -9,  9, -9, 11,-24;
/M: SY='V';  M=  4,-16,-13,-21,-16, -7,-20,-19,  5,-13,  5,  5,-14,-19,-13,-13, -3,  6,  9,-25, -8,-15;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-19,-34,-29,  8,-33,-28, 33,-25, 16, 13,-25,-26,-26,-24,-16, -5, 35,-22, -2,-29;
/M: SY='Q';  M=-12, -2,-26, -1,  9,-18,-22,  3,-11,  0, -8,  0, -5,-14, 16, -3, -8,-10,-16,-19, -1, 11;
/M: SY='Y';  M= -7,-15,-20,-17,-13,  1,-18, -1,-12,-12,-11, -8,-12,-22, -8,-10, -4, -3,-12, 12, 16,-11;
/M: SY='T';  M=  1,-16,-10,-22,-16, -7,-20,-20,  3,-13,  2,  4,-14,-19,-13,-14, -4,  6,  6,-21, -8,-15;
/M: SY='N';  M= -4,  0,-22, -5,  0,-14,-15, -9,-10, -2,-10, -7,  4,-11, -4, -4, -2, -2,-10,-27,-13, -2;
/M: SY='A';  M= 10,-12,-11,-18,-15,-10,-17,-19,  2,-13, -4, -3,-10,-16,-13,-15,  3,  9, 10,-27,-12,-15;
/M: SY='P';  M= -3, -5,-28,  0,  4,-27, -9,-12,-23, -4,-26,-18, -6, 29, -4,-11,  1, -5,-22,-30,-22, -2;
/M: SY='D';  M= -3,  6,-25,  9,  6,-27, -5, -8,-25, -2,-24,-17,  3,  5, -1, -9,  2, -6,-22,-29,-19,  2;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-26, 10,  8,-27,  3, -6,-26, -4,-22,-17,  5, -7,  0, -7,  2, -7,-22,-29,-19,  3;
/M: SY='A';  M=  5, -5,-14, -9, -6,-13,-15,-16, -6, -9, -8, -6, -5,-16, -9,-12,  2,  4,  0,-24,-12, -8;
/I:         I=-3; MD=-16;
/M: SY='T';  M=  3,  1,-17, -2, -1,-18,-12, -9,-13, -4,-12, -9,  0,-13, -1, -6,  4,  5, -8,-26,-12, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-16;
/M: SY='D';  M= -4,  7,-17, 11,  5,-21, -8, -7,-21,  3,-18,-13,  2, -6, -1, -4,  1, -4,-16,-24,-12,  2; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-16;
/M: SY='K';  M=  1,  0,-15,  0,  4,-16, -5, -6,-13,  5,-13, -6, -1,  0,  2,  0,  0, -3,-11,-15,-10,  2; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='D';  M= -5,  6,-18,  8,  5,-19,-12, -5,-10, -1,-13, -8,  3, -6,  4, -5,  0, -4, -9,-23,-11,  4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='F';  M= -1,-16,-14,-21,-16,  6,-19,-13,  5,-16,  5,  3,-13,-17,-14,-15, -7, -1,  6,-13,  1,-15; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-23, -9,  0,-15,-17, -9,-18,  7,-16, -9, -6, -8,  1, 12, -6, -5,-14,-15, -9, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-25,  0,  9,-20,-11, -7,-22,  5,-18,-13, -1, -7,  3,  7,  0, -6,-17,-23,-14,  5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='L';  M= -1,-14,-17,-17, -6, -2,-21,-14,  3,-14,  9,  6,-14,-18,-10,-13, -9, -4,  2,-21, -6, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='W';  M=-15,-31,-35,-33,-24, 22,-22,-22,-10,-20, -8,-11,-28,-25,-21,-18,-26,-17,-15, 75, 23,-20; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='K';  M= -3,  0,-19, -1,  4,-16,-13, -8,-17, 10,-17, -8,  1,-11,  2,  5, -1, -3,-13,-21,-10,  3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-22, -2,  7,-12,-16, -6,-19,  4,-16, -9,  2,-13,  5,  3, -2, -5,-18,-23, -9,  6;
/M: SY='Q';  M= -1, -1,-22, -3,  5,-21,-13,  1,-14, -3,-14, -6,  0,-12,  7, -5, -1, -6,-13,-26,-11,  5;
/M: SY='K';  M= -3, -1,-25, -2,  0,-20, -3, -3,-22,  2,-19,-12,  2,-11, -1, -1,  0, -6,-18,-24,-11, -1;
/M: SY='D';  M= -8,  6,-27,  8,  3,-25, -3, -9,-26,  3,-25,-17,  5,  0, -3,  0,  1, -6,-21,-29,-19, -1;
/M: SY='D';  M= -6,  4,-26,  5,  5,-25, -2,  0,-24, -1,-19,-12,  4, -9,  3, -2, -1, -6,-21,-27,-15,  3;
/M:         M= -5, -6,-21, -8, -2,-17, -4, -8,-14, -7,-12, -3, -4,-13, -2, -8, -2, -6,-11,-23,-14, -3;
/M: SY='V';  M= -1,-19,-19,-22,-16, -8,-19,-20, 10,-14,  3,  5,-16,-19,-15,-14, -7, -1, 14,-25, -9,-16;
/M: SY='R';  M=-10, -2,-22, -3,  1,-15,-14, -6,-16,  2,-12, -5, -1,-14, -2,  7, -4, -2,-12,-26,-11, -1;
/M: SY='R';  M=-11, -1,-24,  2, 12,-20,-20, -4,-19,  9,-16,-11, -1,-14,  6, 14, -4, -6,-15,-25,-11,  7;
/M: SY='Q';  M= -9, -6,-22, -9, -2,-16,-21,  2,-12,  1,-13, -4, -1,-12,  4,  3, -3, -2,-12,-25, -6,  0;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-23, -4, -2,-18,-19,  1,-16, 11,-16, -7,  4,-13,  0, 10, -6, -6,-14,-25, -7, -2;
/M: SY='L';  M= -6,-24,-23,-28,-19,  3,-28,-15, 18,-22, 23, 12,-20,-23,-15,-17,-18, -8, 10,-19,  1,-19;
/M: SY='R';  M= -8,-11,-27,-10, -3,-18,-17, -8,-18, 12,-16, -7, -7, -3,  2, 19, -6, -6,-14,-21, -9, -3;
/M: SY='V';  M= -5,-23, -4,-28,-24, -1,-30,-23, 18,-20,  8,  8,-21,-26,-22,-20,-12, -4, 23,-26, -7,-24;
/M: SY='V';  M= -7,-13,-21,-14, -4, -5,-24,-15,  2, -9,  0,  0,-11,-16, -9,-10, -5,  0,  4,-24, -7, -7;
/M: SY='Y';  M=-12,-19,-19,-22,-17, 22,-24, -5, -1,-16,  4,  0,-16,-24,-17,-13,-13, -4, -4, -1, 27,-18;
/M: SY='V';  M= -5, -7,-20,-11, -6,-10,-16,-13,  0, -8, -5, -2, -3,-18, -7, -8, -2,  0,  2,-27,-11, -7;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	72 in 71 different sequences
Number of true positive hits	72 in 71 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	3
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	96.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	2
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	MSP
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

71 sequences

CFA65_HUMAN (Q6ZU64), MS152_CAEEL (Q23519), MSP10_CAEEL (P05634),

MSP19_CAEEL (P53017), MSP1_ASCSU  (P27439), MSP1_GLORO  (P53021), 
MSP1_ONCVO  (P13262), MSP2_ASCSU  (P27440), MSP2_GLORO  (P53022), 
MSP2_ONCVO  (P13263), MSP32_CAEEL (P53018), MSP33_CAEEL (P53019), 
MSP38_CAEEL (P53020), MSP3_CAEEL  (Q19832), MSP3_GLORO  (P53023), 
MSP49_CAEEL (Q18461), MSP55_CAEEL (Q17856), MSP63_CAEEL (Q21244), 
MSP77_CAEEL (Q9TVW5), MSP78_CAEEL (Q94053), MSPD1_BOVIN (Q2T9W7), 
MSPD1_HUMAN (Q9UJG1), MSPD1_MOUSE (Q8VEL0), MSPD1_PONAB (Q5RCC7), 
MSPD1_RAT   (Q5RJS6), MSPD2_HUMAN (Q8NHP6), MSPD2_MOUSE (Q9CWP6), 
MSPD3_BOVIN (Q3T033), MSPD3_HUMAN (O75425), MSPD3_MOUSE (Q8BGG6), 
SCS22_SCHPO (Q10484), SCS22_YEAST (Q6Q595), SCS2_SCHPO  (O60119), 
SCS2_YEAST  (P40075), SSP10_CAEEL (Q21289), SSP16_CAEEL (P91499), 
SSP19_CAEEL (O01829), SSP31_CAEEL (Q9XXL3), SSP32_CAEEL (O45433), 
SSP34_CAEEL (Q23246), SSP9_CAEEL  (Q23058), VAP11_ARATH (Q8VZ95), 
VAP12_ARATH (Q9SHC8), VAP13_ARATH (Q84WW5), VAP14_ARATH (Q9SYC9), 
VAP21_ARATH (Q9LVU1), VAP22_ARATH (B9DHD7), VAP31_ARATH (O82213), 
VAP41_ARATH (Q1ECE0), VAP42_ARATH (Q8VYN2), VAP43_ARATH (Q8LPQ7), 
VAPA_BOVIN  (Q0VCY1), VAPA_HUMAN  (Q9P0L0), VAPA_MOUSE  (Q9WV55), 
VAPA_PONAB  (Q5R601), VAPA_RAT(Q9Z270), VAPB_BOVIN  (A2VDZ9), 
VAPB_HUMAN  (O95292), VAPB_MOUSE  (Q9QY76), VAPB_PIG(A5GFS8), 
VAPB_RAT(Q9Z269), VP33_APLCA  (Q16943), VPYL_MEDTR  (D3J163), 
VPY_MEDTR   (D3J162), VPY_PETHY   (C7B178), YLM2_CAEEL  (P34376), 
YNC5_CAEEL  (P34538), YO2C_CAEEL  (Q27GV2), YOD1_CAEEL  (P34593), 
YS13_CAEEL  (Q09361), YS14_CAEEL  (Q09362)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

3 sequences

CFA65_CHICK (F1P4W9), CFA65_CHLRE (A8JFU2), CFA65_MOUSE (Q3V0B4)

PDB
[Detailed view]

22 PDB

1GRW; 1M1S; 1MSP; 1ROW; 1WIC; 1Z9L; 1Z9O; 2BVU; 2CRI; 2MDK; 2MSP; 2RR3; 3IKK; 3MSP; 6LP4; 6TQR; 6TQS; 6TQT; 6TQU; 7X14; 8HQU; 8HS7
» more