Entry: PS50221

General information about the entry

Entry name [info] GPS
Accession [info] PS50221
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50221
Associated ProRule [info] PRU00098

Name and characterization of the entry

Description [info] GPS domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0330; R2=0.01242519; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1967.34975; R2=16.20197; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=600; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10392; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=439; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9096; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M=-11, 13,-24,  8,  7,-18,-14,  5,-22, 10,-22,-14, 18,-15,  3,  7,  1,  1,-22,-26, -5,  4;
/M: SY='P'; M= -4,-18,-32,-12, -3,-24,-19,-18,-13,-11,-18,-13,-17, 53, -7,-18, -7, -7,-19,-29,-24, -8;
/M: SY='I'; M= -9,-12,-24,-16, -5,-11,-27, -7,  6,-11,  2,  4, -9,-17,  2, -9, -8, -2,  1,-22, -3, -3;
/M: SY='C'; M= -5,-19,110,-29,-28,-20,-28,-29,-28,-28,-19,-19,-19,-38,-28,-29, -8, -9, -9,-48,-29,-28;
/M: SY='V'; M=  9,-18,-13,-22,-19, -9,-21,-22, 14,-15,  0,  3,-16,-22,-15,-17, -3, -1, 25,-27,-13,-18;
/M: SY='F'; M=-15,-22,-26,-25,-17, 25,-23,-10, -9,-12, -2, -4,-16,-25,-14, -2,-14, -9,-10, 13, 19,-14;
/M: SY='W'; M=-20,-38,-45,-40,-30, 22,-22,-28,-17,-22,-15,-17,-37,-30,-23,-20,-37,-27,-25,127, 30,-22;
/M: SY='D'; M=-10, 33,-23, 34, 10,-28, -5,  1,-28,  1,-30,-23, 30,-13,  1, -4, 11, -1,-26,-39,-20,  6;
/M: SY='E'; M= -9, -3,-26, -1, 13,-12,-20,  8,-17, -5,-11, -9, -5, -7,  5, -7, -3, -5,-18,-20,  1,  8;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-24,  6,  8,-17,-12,  0,-21, -2,-20,-12,  4, -6,  0, -6,  5, -1,-18,-29,-11,  3;
/M: SY='D'; M= -8,  4,-25,  7,  4,-24, -5, -9,-20,  1,-18,-12,  3,-14,  2, -2,  1, -4,-15,-28,-16,  2;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P'; M=  1, -3,-14, -4, -1,-12, -5, -8, -8, -4, -9, -7, -2,  5, -5, -6, -1, -2, -7,-17,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='T'; M= -1, -1, -5, -3, -5, -4,-10, -2, -7, -8, -3, -5,  0,-11, -6, -8,  1,  3, -5,-17, -4, -6; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='G'; M= -3, -7,-27, -9,-15,-25, 44,-10,-30,-16,-22,-11,  2,-19,-10,-15, -1,-15,-25,-22,-23,-13;
/M:         M= -6, -6,-25, -6, -4,-18, -1, -6,-18, -3,-16, -7, -5,-10, -3, -3, -3, -4,-14,-21, -8, -5;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='T'; M= -2, 11,-17, 10,  0,-21,-11,-10,-21, -2,-21,-17,  9,-11, -3, -2, 17, 20,-12,-33,-15, -2;
/M: SY='T'; M= 10, -7,-17,-12, -8,-16,-12,-17,-15, -8,-17,-13, -5, -2, -7, -9, 13, 19, -8,-19,-14, -8;
/M: SY='R'; M= -8,  0,-23,  1, 11,-20,-16, -5,-20,  4,-14,-11,  2,-13,  8, 13,  5,  2,-16,-28,-14,  8;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-30, -4,-17,-30, 62,-17,-39,-18,-30,-21,  4,-19,-18,-18,  0,-18,-30,-22,-29,-17;
/M: SY='C'; M= -5,-20, 97,-29,-27,-18,-27,-28,-24,-28,-14,-16,-20,-36,-27,-28,-10, -9, -8,-45,-27,-27;
/M: SY='Q'; M= -2, -4,-22, -4, 10,-23,-17, -7,-17,  7,-14, -8, -3,-12, 12,  6,  2,  0,-13,-25,-13, 11;
/M: SY='L'; M= -3,-20,-18,-24,-18, -2,-26,-21, 12,-20, 17,  8,-20,-14,-17,-18,-10,  7, 11,-25, -7,-18;
/M: SY='V'; M= -7,-16,-22,-17, -8, -9,-20,-12,  7,-13,  4,  2,-12,-21,-11, -9,-10, -7,  9,-26, -9,-11;
/M: SY='E'; M= -6, -6,-27, -3,  3,-17, -3, -5,-19, -9,-17,-12, -4, -2, -5, -9, -1, -7,-18,-24,-12, -2;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-20, -4, -1,-14,-18, -9,-12, -8, -4, -7, -5, -8, -5, -4,  1,  9, -9,-28,-11, -4;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='N'; M= -6, 19,-20, 16,  4,-25, -3,  0,-23, -1,-26,-17, 23,-13,  6, -2, 12,  4,-22,-33,-17,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='E'; M=  0, -4,-23, -3,  3,-15, -9,-11,-19,  1,-14,-11, -4, -5, -4, -1, -1, -5,-14,-23,-13, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='T'; M=  1,  5,-18,  3, -3,-18,-12,-12,-15, -8,-16,-14,  5,  2, -6,-11, 10, 14,-12,-31,-16, -5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='H'; M=-10, -3,-23, -4, -4,-17, -9, 35,-20, -5,-18, -4,  6,-18,  2,  4,  1, -7,-16,-29, -1, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='T'; M= 13, -7,-11,-14,-12,-13,-10,-20, -7,-12,-11, -9, -5,-14,-12,-14, 15, 23,  5,-29,-15,-12;
/M: SY='A'; M=  2,-10,-18,-14,-10,-11,-16, -7, -6, -4,-11, -5, -4,-19, -6,  2,  1, -1,  2,-25, -9, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-21,109,-30,-29,-18,-30,-29,-26,-30,-15,-17,-21,-39,-29,-29,-12,-10, -8,-48,-28,-29;
/M: SY='H'; M= -8, -7,-22, -5,  3,-15,-18,  5,-13, -5, -4, -4, -4,-17,  4,  1, -2, -4,-13,-28, -7,  2;
/M: SY='C'; M=-10,-18, 96,-28,-28,-15,-29,-25,-26,-27,-17,-17,-18,-37,-27,-27, -9, -5, -9,-41,-18,-28;
/M: SY='N'; M= -9, 23,-21, 13,  3,-23, -9,  2,-21,  1,-24,-16, 30,-15,  6,  3, 10,  7,-23,-34,-16,  4;
/M: SY='H'; M=-20, -3,-30, -3,  0,-20,-20, 69,-30,  2,-20, -3,  7,-20, 10, 22,-10,-17,-27,-27, 11,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-21,-31,-21,  9,-30,-20, 22,-27, 37, 21,-25,-26,-18,-20,-24, -6, 12,-19,  1,-20;
/M: SY='T'; M=  6, -3,-15, -8,-10,-18,  7,-18,-19,-12,-20,-15,  2,-12,-10,-13, 20, 23, -9,-30,-18,-10;
/M: SY='S'; M=  3,  4,-15, -3, -7,-17, -4, -2,-15, -9,-20,-13, 13,-15, -6, -9, 16, 13, -9,-33,-14, -7;
/M: SY='F'; M=-18,-29,-20,-37,-29, 66,-30,-18,  4,-28, 12,  2,-21,-30,-36,-19,-20, -9,  4,  6, 28,-29;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 36, -8,-12,-16,-10,-20,  6,-19,-14,-11,-14,-12, -6,-11,-10,-18, 13,  5, -4,-23,-20,-10;
/M: SY='V'; M= -3,-25,-17,-29,-25, -3,-28,-25, 29,-21,  9, 14,-20,-23,-20,-21, -7, -1, 32,-27, -7,-24;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-23, 14,-32,-22, 24,-30, 41, 18,-27,-28,-22,-22,-27,-10, 13,-17,  3,-23;
/M: SY='M'; M= -1,-22,-17,-29,-21,  4,-20,-10, 16,-14, 15, 35,-21,-22,-10,-14,-15, -7, 14,-19, -2,-15;
/M: SY='D'; M=  0, 15,-22, 18,  8,-27,-12, -6,-19, -3,-19,-14,  6,-13,  4, -9,  3, -4,-13,-31,-17,  6;
/M: SY='P'; M= -5,-12,-25, -9, -7,-16,-21, -7, -4,-13, -3, -1,-13,  6, -6,-15, -8, -7, -5,-28,-12, -8;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-26, -6, -4,-19,-11,-11,-13, -9,-20,-12, -7, 12, -2,-11,  4, -2,-13,-26,-12, -5;
/M: SY='S'; M=  0,  6,-23,  7,  6,-26, -3, -3,-26,  1,-25,-17,  6, -6,  1,  1,  8, -3,-20,-30,-18,  2;
/M: SY='H'; M=-11, -5,-25, -2,  0,-13,-19,  8,-16, -7,-13, -8, -4, -6, -3, -3, -3, -6,-12,-27, -6, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 107 in 107 different sequences
Number of true positive hits 107 in 107 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.27 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann, CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GPS
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
107 sequences

AGRA3_HUMAN (Q8IWK6), AGRA3_MOUSE (Q7TT36), AGRB2_HUMAN (O60241), 
AGRB2_MOUSE (Q8CGM1), AGRB2_PONAB (Q5R7Y0), AGRD1_BOVIN (A6QLU6), 
AGRD1_HUMAN (Q6QNK2), AGRD1_MOUSE (Q80T32), AGRD2_HUMAN (Q7Z7M1), 
AGRE1_HUMAN (Q14246), AGRE1_MOUSE (Q61549), AGRE1_RAT   (Q5Y4N8), 
AGRE2_CANFA (Q2Q421), AGRE2_HUMAN (Q9UHX3), AGRE2_MACMU (Q2Q426), 
AGRE3_HUMAN (Q9BY15), AGRE4_HUMAN (Q86SQ3), AGRE4_MOUSE (Q91ZE5), 
AGRF1_HUMAN (Q5T601), AGRF1_MOUSE (Q8VEC3), AGRF2_HUMAN (Q8IZF7), 
AGRF2_MOUSE (E9Q4J9), AGRF2_RAT   (D4A3T6), AGRF3_HUMAN (Q8IZF5), 
AGRF3_MOUSE (Q58Y75), AGRF4_HUMAN (Q8IZF3), AGRF4_MOUSE (Q9D2L6), 
AGRG4_HUMAN (Q8IZF6), AGRG4_MOUSE (B7ZCC9), AGRG5_HUMAN (Q8IZF4), 
AGRG5_MOUSE (Q3V3Z3), AGRG7_HUMAN (Q96K78), AGRG7_MOUSE (Q8BM96), 
AGRL2_BOVIN (O97817), AGRL2_HUMAN (O95490), AGRL2_MOUSE (Q8JZZ7), 
AGRL2_RAT   (O88923), BAI1_HUMAN  (O14514), BAI1_MOUSE  (Q3UHD1), 
BAI3_HUMAN  (O60242), BAI3_MOUSE  (Q80ZF8), CD97_BOVIN  (Q8SQA4), 
CD97_HUMAN  (P48960), CD97_MOUSE  (Q9Z0M6), CELR1_HUMAN (Q9NYQ6), 
CELR1_MOUSE (O35161), CELR2_HUMAN (Q9HCU4), CELR2_MOUSE (Q9R0M0), 
CELR2_RAT   (Q9QYP2), CELR3_HUMAN (Q9NYQ7), CELR3_MOUSE (Q91ZI0), 
CELR3_RAT   (O88278), ELTD1_HUMAN (Q9HBW9), ELTD1_MOUSE (Q923X1), 
ELTD1_RAT   (Q9ESC1), GP116_HUMAN (Q8IZF2), GP116_RAT   (Q9WVT0), 
GP124_HUMAN (Q96PE1), GP124_MOUSE (Q91ZV8), GP126_DANRE (C6KFA3), 
GP126_HUMAN (Q86SQ4), GP126_MOUSE (Q6F3F9), GPR56_GORGO (Q50DM6), 
GPR56_HUMAN (Q9Y653), GPR56_MACMU (Q50DM8), GPR56_MOUSE (Q8K209), 
GPR56_PANTR (Q50DM7), GPR56_PONPY (Q50DM5), GPR56_RAT   (Q8K3V3), 
GPR64_HUMAN (Q8IZP9), GPR64_MOUSE (Q8CJ12), GPR64_RAT   (Q8CJ11), 
GPR97_HUMAN (Q86Y34), GPR97_MOUSE (Q8R0T6), GPR98_DANRE (Q6JAN0), 
GPR98_HUMAN (Q8WXG9), GPR98_MOUSE (Q8VHN7), LPHN1_BOVIN (O97831), 
LPHN1_HUMAN (O94910), LPHN1_MOUSE (Q80TR1), LPHN1_RAT   (O88917), 
LPHN3_BOVIN (O97827), LPHN3_HUMAN (Q9HAR2), LPHN3_MOUSE (Q80TS3), 
LPHN3_RAT   (Q9Z173), LPHN_DROAN  (B3MFV7), LPHN_DROER  (B3N8M1), 
LPHN_DROGR  (B4J780), LPHN_DROME  (A1Z7G7), LPHN_DROMO  (B4KMZ1), 
LPHN_DROPE  (B4GD14), LPHN_DROPS  (Q292N4), LPHN_DROSE  (B4HS00), 
LPHN_DROVI  (B4LNA8), LPHN_DROYA  (B4P3A0), LPLT1_CAEEL (G5EDW2), 
LPLT2_CAEEL (G5ECX0), PK1L1_ORYLA (E7FKV8), PK1L2_HUMAN (Q7Z442), 
PK1L2_MOUSE (Q7TN88), PK1L3_HUMAN (Q7Z443), PK1L3_MOUSE (Q2EG98), 
PK1L_ACRMI  (B8UU59), PKD1_HUMAN  (P98161), PKD1_MOUSE  (O08852), 
STAN_DROME  (Q9V5N8), SUREJ_STRPU (Q26627)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

PK1L1_HUMAN (Q8TDX9), PK1L1_MOUSE (Q8R526), PKD1_CAEEL  (Q09624)

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

4DLO; 4DLQ

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission