Entry: PS50221

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] GPS
Accession [info] PS50221
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50221
Associated ProRule [info] PRU00098

Name and characterization of the entry

Description [info] GPS domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0330; R2=0.01242519; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1967.34975; R2=16.20197; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=600; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10392; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=439; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9096; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M=-11, 13,-24,  8,  7,-18,-14,  5,-22, 10,-22,-14, 18,-15,  3,  7,  1,  1,-22,-26, -5,  4;
/M: SY='P'; M= -4,-18,-32,-12, -3,-24,-19,-18,-13,-11,-18,-13,-17, 53, -7,-18, -7, -7,-19,-29,-24, -8;
/M: SY='I'; M= -9,-12,-24,-16, -5,-11,-27, -7,  6,-11,  2,  4, -9,-17,  2, -9, -8, -2,  1,-22, -3, -3;
/M: SY='C'; M= -5,-19,110,-29,-28,-20,-28,-29,-28,-28,-19,-19,-19,-38,-28,-29, -8, -9, -9,-48,-29,-28;
/M: SY='V'; M=  9,-18,-13,-22,-19, -9,-21,-22, 14,-15,  0,  3,-16,-22,-15,-17, -3, -1, 25,-27,-13,-18;
/M: SY='F'; M=-15,-22,-26,-25,-17, 25,-23,-10, -9,-12, -2, -4,-16,-25,-14, -2,-14, -9,-10, 13, 19,-14;
/M: SY='W'; M=-20,-38,-45,-40,-30, 22,-22,-28,-17,-22,-15,-17,-37,-30,-23,-20,-37,-27,-25,127, 30,-22;
/M: SY='D'; M=-10, 33,-23, 34, 10,-28, -5,  1,-28,  1,-30,-23, 30,-13,  1, -4, 11, -1,-26,-39,-20,  6;
/M: SY='E'; M= -9, -3,-26, -1, 13,-12,-20,  8,-17, -5,-11, -9, -5, -7,  5, -7, -3, -5,-18,-20,  1,  8;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-24,  6,  8,-17,-12,  0,-21, -2,-20,-12,  4, -6,  0, -6,  5, -1,-18,-29,-11,  3;
/M: SY='D'; M= -8,  4,-25,  7,  4,-24, -5, -9,-20,  1,-18,-12,  3,-14,  2, -2,  1, -4,-15,-28,-16,  2;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='P'; M=  1, -3,-14, -4, -1,-12, -5, -8, -8, -4, -9, -7, -2,  5, -5, -6, -1, -2, -7,-17,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='T'; M= -1, -1, -5, -3, -5, -4,-10, -2, -7, -8, -3, -5,  0,-11, -6, -8,  1,  3, -5,-17, -4, -6; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='G'; M= -3, -7,-27, -9,-15,-25, 44,-10,-30,-16,-22,-11,  2,-19,-10,-15, -1,-15,-25,-22,-23,-13;
/M:         M= -6, -6,-25, -6, -4,-18, -1, -6,-18, -3,-16, -7, -5,-10, -3, -3, -3, -4,-14,-21, -8, -5;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='T'; M= -2, 11,-17, 10,  0,-21,-11,-10,-21, -2,-21,-17,  9,-11, -3, -2, 17, 20,-12,-33,-15, -2;
/M: SY='T'; M= 10, -7,-17,-12, -8,-16,-12,-17,-15, -8,-17,-13, -5, -2, -7, -9, 13, 19, -8,-19,-14, -8;
/M: SY='R'; M= -8,  0,-23,  1, 11,-20,-16, -5,-20,  4,-14,-11,  2,-13,  8, 13,  5,  2,-16,-28,-14,  8;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-30, -4,-17,-30, 62,-17,-39,-18,-30,-21,  4,-19,-18,-18,  0,-18,-30,-22,-29,-17;
/M: SY='C'; M= -5,-20, 97,-29,-27,-18,-27,-28,-24,-28,-14,-16,-20,-36,-27,-28,-10, -9, -8,-45,-27,-27;
/M: SY='Q'; M= -2, -4,-22, -4, 10,-23,-17, -7,-17,  7,-14, -8, -3,-12, 12,  6,  2,  0,-13,-25,-13, 11;
/M: SY='L'; M= -3,-20,-18,-24,-18, -2,-26,-21, 12,-20, 17,  8,-20,-14,-17,-18,-10,  7, 11,-25, -7,-18;
/M: SY='V'; M= -7,-16,-22,-17, -8, -9,-20,-12,  7,-13,  4,  2,-12,-21,-11, -9,-10, -7,  9,-26, -9,-11;
/M: SY='E'; M= -6, -6,-27, -3,  3,-17, -3, -5,-19, -9,-17,-12, -4, -2, -5, -9, -1, -7,-18,-24,-12, -2;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-20, -4, -1,-14,-18, -9,-12, -8, -4, -7, -5, -8, -5, -4,  1,  9, -9,-28,-11, -4;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='N'; M= -6, 19,-20, 16,  4,-25, -3,  0,-23, -1,-26,-17, 23,-13,  6, -2, 12,  4,-22,-33,-17,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='E'; M=  0, -4,-23, -3,  3,-15, -9,-11,-19,  1,-14,-11, -4, -5, -4, -1, -1, -5,-14,-23,-13, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='T'; M=  1,  5,-18,  3, -3,-18,-12,-12,-15, -8,-16,-14,  5,  2, -6,-11, 10, 14,-12,-31,-16, -5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='H'; M=-10, -3,-23, -4, -4,-17, -9, 35,-20, -5,-18, -4,  6,-18,  2,  4,  1, -7,-16,-29, -1, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='T'; M= 13, -7,-11,-14,-12,-13,-10,-20, -7,-12,-11, -9, -5,-14,-12,-14, 15, 23,  5,-29,-15,-12;
/M: SY='A'; M=  2,-10,-18,-14,-10,-11,-16, -7, -6, -4,-11, -5, -4,-19, -6,  2,  1, -1,  2,-25, -9, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-21,109,-30,-29,-18,-30,-29,-26,-30,-15,-17,-21,-39,-29,-29,-12,-10, -8,-48,-28,-29;
/M: SY='H'; M= -8, -7,-22, -5,  3,-15,-18,  5,-13, -5, -4, -4, -4,-17,  4,  1, -2, -4,-13,-28, -7,  2;
/M: SY='C'; M=-10,-18, 96,-28,-28,-15,-29,-25,-26,-27,-17,-17,-18,-37,-27,-27, -9, -5, -9,-41,-18,-28;
/M: SY='N'; M= -9, 23,-21, 13,  3,-23, -9,  2,-21,  1,-24,-16, 30,-15,  6,  3, 10,  7,-23,-34,-16,  4;
/M: SY='H'; M=-20, -3,-30, -3,  0,-20,-20, 69,-30,  2,-20, -3,  7,-20, 10, 22,-10,-17,-27,-27, 11,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-21,-31,-21,  9,-30,-20, 22,-27, 37, 21,-25,-26,-18,-20,-24, -6, 12,-19,  1,-20;
/M: SY='T'; M=  6, -3,-15, -8,-10,-18,  7,-18,-19,-12,-20,-15,  2,-12,-10,-13, 20, 23, -9,-30,-18,-10;
/M: SY='S'; M=  3,  4,-15, -3, -7,-17, -4, -2,-15, -9,-20,-13, 13,-15, -6, -9, 16, 13, -9,-33,-14, -7;
/M: SY='F'; M=-18,-29,-20,-37,-29, 66,-30,-18,  4,-28, 12,  2,-21,-30,-36,-19,-20, -9,  4,  6, 28,-29;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 36, -8,-12,-16,-10,-20,  6,-19,-14,-11,-14,-12, -6,-11,-10,-18, 13,  5, -4,-23,-20,-10;
/M: SY='V'; M= -3,-25,-17,-29,-25, -3,-28,-25, 29,-21,  9, 14,-20,-23,-20,-21, -7, -1, 32,-27, -7,-24;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-23, 14,-32,-22, 24,-30, 41, 18,-27,-28,-22,-22,-27,-10, 13,-17,  3,-23;
/M: SY='M'; M= -1,-22,-17,-29,-21,  4,-20,-10, 16,-14, 15, 35,-21,-22,-10,-14,-15, -7, 14,-19, -2,-15;
/M: SY='D'; M=  0, 15,-22, 18,  8,-27,-12, -6,-19, -3,-19,-14,  6,-13,  4, -9,  3, -4,-13,-31,-17,  6;
/M: SY='P'; M= -5,-12,-25, -9, -7,-16,-21, -7, -4,-13, -3, -1,-13,  6, -6,-15, -8, -7, -5,-28,-12, -8;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-26, -6, -4,-19,-11,-11,-13, -9,-20,-12, -7, 12, -2,-11,  4, -2,-13,-26,-12, -5;
/M: SY='S'; M=  0,  6,-23,  7,  6,-26, -3, -3,-26,  1,-25,-17,  6, -6,  1,  1,  8, -3,-20,-30,-18,  2;
/M: SY='H'; M=-11, -5,-25, -2,  0,-13,-19,  8,-16, -7,-13, -8, -4, -6, -3, -3, -3, -6,-12,-27, -6, -3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 105 in 105 different sequences
Number of true positive hits 105 in 105 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.22 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann, CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] GPS
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
105 sequences

BAI1_HUMAN  (O14514), BAI1_MOUSE  (Q3UHD1), BAI2_HUMAN  (O60241), 
BAI2_MOUSE  (Q8CGM1), BAI2_PONAB  (Q5R7Y0), BAI3_HUMAN  (O60242), 
BAI3_MOUSE  (Q80ZF8), CD97_BOVIN  (Q8SQA4), CD97_HUMAN  (P48960), 
CD97_MOUSE  (Q9Z0M6), CELR1_HUMAN (Q9NYQ6), CELR1_MOUSE (O35161), 
CELR2_HUMAN (Q9HCU4), CELR2_MOUSE (Q9R0M0), CELR2_RAT   (Q9QYP2), 
CELR3_HUMAN (Q9NYQ7), CELR3_MOUSE (Q91ZI0), CELR3_RAT   (O88278), 
ELTD1_HUMAN (Q9HBW9), ELTD1_MOUSE (Q923X1), ELTD1_RAT   (Q9ESC1), 
EMR1_HUMAN  (Q14246), EMR1_MOUSE  (Q61549), EMR1_RAT    (Q5Y4N8), 
EMR2_CANFA  (Q2Q421), EMR2_HUMAN  (Q9UHX3), EMR2_MACMU  (Q2Q426), 
EMR3_HUMAN  (Q9BY15), EMR4_HUMAN  (Q86SQ3), EMR4_MOUSE  (Q91ZE5), 
GP110_HUMAN (Q5T601), GP110_MOUSE (Q8VEC3), GP111_HUMAN (Q8IZF7), 
GP112_HUMAN (Q8IZF6), GP112_MOUSE (B7ZCC9), GP113_HUMAN (Q8IZF5), 
GP113_MOUSE (Q58Y75), GP114_HUMAN (Q8IZF4), GP114_MOUSE (Q3V3Z3), 
GP115_HUMAN (Q8IZF3), GP115_MOUSE (Q9D2L6), GP116_HUMAN (Q8IZF2), 
GP116_RAT   (Q9WVT0), GP124_HUMAN (Q96PE1), GP124_MOUSE (Q91ZV8), 
GP125_HUMAN (Q8IWK6), GP125_MOUSE (Q7TT36), GP126_DANRE (C6KFA3), 
GP126_HUMAN (Q86SQ4), GP126_MOUSE (Q6F3F9), GP128_HUMAN (Q96K78), 
GP128_MOUSE (Q8BM96), GP133_BOVIN (A6QLU6), GP133_HUMAN (Q6QNK2), 
GP133_MOUSE (Q80T32), GP144_HUMAN (Q7Z7M1), GPR56_GORGO (Q50DM6), 
GPR56_HUMAN (Q9Y653), GPR56_MACMU (Q50DM8), GPR56_MOUSE (Q8K209), 
GPR56_PANTR (Q50DM7), GPR56_PONPY (Q50DM5), GPR56_RAT   (Q8K3V3), 
GPR64_HUMAN (Q8IZP9), GPR64_MOUSE (Q8CJ12), GPR64_RAT   (Q8CJ11), 
GPR97_HUMAN (Q86Y34), GPR97_MOUSE (Q8R0T6), GPR98_DANRE (Q6JAN0), 
GPR98_HUMAN (Q8WXG9), GPR98_MOUSE (Q8VHN7), LPHN1_BOVIN (O97831), 
LPHN1_HUMAN (O94910), LPHN1_MOUSE (Q80TR1), LPHN1_RAT   (O88917), 
LPHN2_BOVIN (O97817), LPHN2_HUMAN (O95490), LPHN2_MOUSE (Q8JZZ7), 
LPHN2_RAT   (O88923), LPHN3_BOVIN (O97827), LPHN3_HUMAN (Q9HAR2), 
LPHN3_MOUSE (Q80TS3), LPHN3_RAT   (Q9Z173), LPHN_DROAN  (B3MFV7), 
LPHN_DROER  (B3N8M1), LPHN_DROGR  (B4J780), LPHN_DROME  (A1Z7G7), 
LPHN_DROMO  (B4KMZ1), LPHN_DROPE  (B4GD14), LPHN_DROPS  (Q292N4), 
LPHN_DROSE  (B4HS00), LPHN_DROVI  (B4LNA8), LPHN_DROYA  (B4P3A0), 
LPLT1_CAEEL (G5EDW2), LPLT2_CAEEL (G5ECX0), PK1L1_ORYLA (E7FKV8), 
PK1L2_HUMAN (Q7Z442), PK1L2_MOUSE (Q7TN88), PK1L3_HUMAN (Q7Z443), 
PK1L3_MOUSE (Q2EG98), PK1L_ACRMI  (B8UU59), PKD1_HUMAN  (P98161), 
PKD1_MOUSE  (O08852), STAN_DROME  (Q9V5N8), SUREJ_STRPU (Q26627)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

PK1L1_HUMAN (Q8TDX9), PK1L1_MOUSE (Q8R526), PKD1_CAEEL  (Q09624)

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

4DLO; 4DLQ

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission