ID   PIR_REPEAT_2; MATRIX.
AC   PS50256;
DT   01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   Yeast PIR proteins repeats profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=19;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=2; N2=18;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2710000; R2=0.0188288; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=633.1967163; R2=0.6803279; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=438; H_SCORE=931; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=331; H_SCORE=858; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='A'; M=15,-5,-16,-10,-6,-19,-11,-16,-15,-1,-15,-11,-4,-6,-6,-3,9,11,-6,-26,-16,-6;
MA   /M: SY='A'; M=14,1,-16,-5,-3,-21,-8,2,-17,-6,-18,-11,4,-12,0,-8,13,7,-11,-28,-13,-2;
MA   /M: SY='A'; M=30,-15,-15,-22,-14,-17,-5,-22,-2,-14,-8,-6,-14,-6,-15,-21,2,-3,6,-22,-18,-15;
MA   /M: SY='V'; M=14,-23,-16,-30,-23,-7,-23,-27,22,-20,6,6,-20,-20,-20,-23,-6,-3,27,-24,-10,-23;
MA   /M: SY='S'; M=12,-3,-11,-4,-3,-14,-2,-12,-18,-11,-26,-18,6,-11,-3,-12,33,16,-8,-35,-17,-3;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-3,-28,-3,15,-36,-21,6,-15,7,-17,1,-3,-12,51,7,-1,-9,-22,-21,-10,33;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-27,-26,-35,-27,-2,-35,-28,41,-27,14,15,-18,-20,-19,-27,-13,-6,28,-23,-3,-27;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-2,-20,-5,-9,-21,15,-7,-26,-9,-24,-16,7,-15,-7,-4,13,7,-18,-29,-18,-9;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-19,-34,-29,1,-34,-29,38,-25,17,15,-26,-26,-25,-24,-16,-5,39,-25,-5,-29;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,-2,-29,-2,18,-37,-21,8,-18,8,-16,1,-2,-11,55,8,-2,-10,-28,-20,-9,36;
MA   /M: SY='A'; M=38,-15,-11,-23,-15,-15,-8,-22,1,-13,-5,-5,-14,-14,-14,-21,5,-1,10,-22,-17,-15;
MA   /M: SY='T'; M=4,-2,-12,-10,-9,-12,-17,-20,-11,-10,-12,-11,-2,-4,-10,-11,18,41,-2,-30,-12,-10;
MA   /M: SY='T'; M=3,0,-14,-9,-7,-14,-16,-17,-11,-3,-14,-10,2,-11,-7,-6,14,29,-3,-28,-12,-7;
MA   /M: SY='S'; M=8,-2,-18,-6,3,-22,-13,-11,-17,6,-18,-10,-1,-10,5,-1,10,9,-11,-26,-14,4;
MA   /M: SY='T'; M=1,-8,-16,-13,-10,-13,-16,-20,-9,-2,-12,-8,-7,-15,-10,-6,7,20,2,-21,-11,-10;
MA   /M: SY='T'; M=4,-6,-16,-11,-8,-11,-15,-14,-8,-7,-8,-7,-3,-11,-8,-9,7,14,-3,-25,-8,-9;
MA   /I: E1=0;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=116(23); /POSITIVE=116(23); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20_shuffled;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=13;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=PIR1/2/3 repeat;
CC   /VERSION=5;
DR   P38832    , ANS1_YEAST , T; B5VL27    , CIS3_YEAS6 , T;
DR   A6ZQH4    , CIS3_YEAS7 , T; P47001    , CIS3_YEAST , T;
DR   P28319    , CWP1_YEAST , T; P43497    , CWP2_YEAST , T;
DR   B3LPW4    , HS150_YEAS1, T; B5VL26    , HS150_YEAS6, T;
DR   A6ZQH3    , HS150_YEAS7, T; P32478    , HS150_YEAST, T;
DR   Q59SF7    , PIR1_CANAL , T; B3LQU0    , PIR1_YEAS1 , T;
DR   A6ZZG0    , PIR1_YEAS7 , T; Q03178    , PIR1_YEAST , T;
DR   B3LQU1    , PIR3_YEAS1 , T; A6ZZG1    , PIR3_YEAS7 , T;
DR   Q03180    , PIR3_YEAST , T; B3LPW3    , PIR5_YEAS1 , T;
DR   B5VL25    , PIR5_YEAS6 , T; A6ZQH2    , PIR5_YEAS7 , T;
DR   P46999    , PIR5_YEAST , T; P10863    , TIR1_YEAST , T;
DR   P33890    , TIR2_YEAST , T;
PR   PRU00149;
DO   PDOC00718;
//