Entry: PS50526

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RDRP_SSRNA_NEG_NONSEG
Accession [info] PS50526
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50507
Associated ProRule [info] PRU00539

Name and characterization of the entry

Description [info] RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=185;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=180;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2551589; R2=0.0181613; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=12321.94392; R2=44.18726; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=344; N_SCORE=8.75; H_SCORE=25092; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=234; N_SCORE=6.5; H_SCORE=22662; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M=  0,-22,-18,-26,-20, -6,-25,-22, 18,-13,  5,  8,-18,-22,-16,-11, -8, -2, 23,-25, -8,-20;
/M: SY='S'; M=  4, -4, -6, -7, -7,-19, -7, -7,-20, -8,-20,-14,  0,-13, -7, -6, 12, 10,-10,-31,-15, -8;
/M: SY='V'; M=  0,-20,  3,-26,-21,  0,-24,-19,  6,-20, -1,  0,-16,-23,-18,-21, -5, -1,  9,-21,  0,-21;
/M: SY='F'; M=  5,-12, -7,-19,-15, 10,-14,-16, -7,-17,-10, -9, -4,-20,-17,-16,  7,  3, -1,-22, -5,-15;
/M: SY='I'; M=-11,-15,-24,-23,-17,  7,-27,-15, 15,-17, 12, 11, -7,-22,-15,-15,-16, -8,  5,-19,  0,-17;
/M: SY='T'; M= -5,  3,-17, -4, -8,-14,-15,  8, -9,-10,-15, -8, 11,-17, -6, -8, 10, 13, -6,-33, -8, -8;
/M: SY='L'; M= -5,-16,-18,-23,-18, -2,-27,-22, 13,-20, 16,  8,-14,-19,-15,-17, -5, 16, 10,-24, -5,-17;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='F'; M=-14,-28,-23,-31,-23, 28,-31,-11, 14,-25, 27, 11,-25,-29,-22,-19,-25,-10,  5, -2, 25,-23;
/M: SY='E'; M= -4,  5,-22,  6, 19,-25,-14, -5,-21,  8,-23,-14,  7, -9, 12,  1,  9,  0,-18,-31,-16, 15;
/M: SY='K'; M= -9,  0,-29,  0, 10,-30,-19,-10,-30, 47,-30,-10,  0,-10, 10, 28, -8, -9,-20,-21,-10, 10;
/M: SY='W'; M=-20,-32,-36,-35,-27, 35,-26,-14, -9,-20, -6, -9,-29,-30,-23,-17,-29,-19,-16, 78, 44,-23;
/M: SY='C'; M=-10, 15, 39, -1,-13,-20,-13, -7,-24,-13,-26,-20, 26,-28,-13,-13,  2, -4,-22,-44,-24,-13;
/M: SY='L'; M= -7, -3,-21, -9, -6,-12,-14, -7, -5,-12,  5,  0,  3,-19,  1, -9, -7, -1,-11,-26,-10, -3;
/M: SY='H'; M=  1,  9,-21,  1, -1,-21, -5, 21,-21, -5,-22,-11, 19,-16,  7, -5,  6, -5,-22,-28, -7,  2;
/M: SY='W'; M=-15,-22,-31,-26,-13,  9,-22,-10, -7,-11, -5,  7,-20,-22,  3, -9,-20,-16,-15, 34, 12, -2;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Y'; M=-14,-12,-30,-12, -3,  2,-25,  6,-10,  3, -8, -4,-12,-16,  3,  0,-14,-10,-15,  3, 32, -3;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-28,  6, 34,-17,-18, -3,-23,  3,-15,-14, -2, -7, 13,  0, -2, -8,-23,-24,-13, 24;
/M: SY='T'; M=  0, -5,-14,-10, -9, -6,-14,-14, -7,-13,-12, -8,  2,-12, -9,-12, 16, 19, -3,-30,-11, -9;
/M: SY='T'; M= -3,  0, -8, -9,-10,-14,-17,-13, -4,-12,-13, -7,  7,-16, -6,-12, 11, 16, -3,-33,-13, -9;
/M: SY='A'; M=  7, -7, -9,-11, -4,-18, -5,-15,-15, -7,-13,-10, -4,-16, -6,-10,  3, -4,-10,-26,-17, -5;
/M: SY='P'; M= -4,-15,-29,-13,-10,-17,-14, -9, -5,-16, -8, -5,-14, 15,-12,-19,-10,-10, -9,-25,-13,-14;
/M: SY='F'; M=-10,-28, -3,-34,-29, 28,-30,-25, 12,-25,  9,  4,-23,-30,-32,-21,-15, -4, 20,-15,  5,-29;
/M: SY='F'; M=  4,-21,-11,-30,-22, 29,-16,-21, -3,-23,  1, -4,-15,-23,-26,-21, -7, -6,  0, -8,  5,-22;
/M: SY='Q'; M=-12,  7,-27, 11, 14,-29,-17,  1,-27, 13,-23,-13,  4, -9, 17, 15,  1, -3,-23,-27,-13, 15;
/M: SY='R'; M= -4,-11,-16,-13, -8,-12,-20,-10, -5, -4,-10, -5, -7,-17, -3,  2, -1,  0,  2,-24, -7, -7;
/M: SY='L'; M= -8,-26, -5,-31,-22,  2,-27,-18, 14,-25, 28, 21,-26,-28,-17,-20,-23,-10,  8,-19, -4,-20;
/M: SY='D'; M=-11, 29,-27, 32,  3,-31, 15, -3,-34, -6,-30,-24, 26,-16, -6,-10,  4, -9,-29,-34,-23, -1;
/M: SY='E'; M= -8,  4,-28,  8, 28,-32,-15,  2,-27, 11,-21,-12,  1, -8, 26, 10,  0, -9,-26,-25,-15, 26;
/M: SY='L'; M=-11,-27, -8,-33,-25, 12,-31,-21, 19,-27, 24, 17,-23,-27,-21,-22,-21, -8, 12,-20,  0,-24;
/M: SY='F'; M=-17,-24,-24,-28,-21, 36,-28,  4,  3,-21, 14,  8,-19,-28,-20,-15,-21,-11, -3,  2, 33,-21;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-30, -9,-19,-30, 67,-19,-39,-19,-30,-20,  3,-20,-19,-19,  0,-19,-30,-21,-30,-19;
/M: SY='L'; M= -9,-23,-13,-27,-22, 13,-25,-15,  9,-21, 16, 10,-21,-26,-20,-17,-15,  0,  9,-14,  9,-21;
/M: SY='P'; M=-10, -7,-33, -3,  4,-26,-13,-12,-24,  3,-25,-15, -7, 30,  2, -2, -6, -7,-25,-26,-20,  1;
/M: SY='N'; M= -5,  7,-22,  2,  0,-20, -2, 11,-23, -3,-25,-14, 17,-12,  2,  0,  9, -1,-22,-29,-10,  0;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-19,-32,-23, 23,-28,-21, 16,-29, 35, 14,-27,-30,-25,-20,-25, -9, 11,-15,  5,-23;
/M: SY='F'; M=-18,-29,-23,-38,-29, 61,-32,-18,  9,-28, 12,  4,-20,-28,-34,-21,-20,-10,  4,  6, 28,-29;
/M: SY='E'; M= -4,  9,-14,  8, 12,-23,-11, -4,-23, -1,-22,-17, 12,-12,  6, -1, 11,  3,-19,-33,-17,  9;
/M: SY='W'; M=-18,-24,-38,-24,-14, -5,-21,-16,-21,  2,-18,-14,-19,-24, -6, 19,-22,-16,-21, 56,  8,-10;
/M: SY='T'; M= -4,-16,-17,-22,-18, -4,-20,-19,  9,-18, 10,  9,-14,-19,-14,-16, -3, 13, 10,-26, -7,-16;
/M: SY='H'; M=-20, -2,-23, -2, -2,-17,-21, 90,-28,-11,-19, -1,  7,-21,  7, -2,-11,-19,-28,-28, 21, -2;
/M: SY='E'; M=-11, -3,-26,  2, 17,-15,-22, -7,-15,  0, -5, -8, -7, -8,  5, -2, -7, -6,-16,-23, -9, 10;
/M: SY='F'; M=-13,-22,-24,-28,-19, 13,-29,-18,  8,-13,  8,  5,-14,-22,-16,  0,-14, -3,  6,-15,  3,-19;
/M: SY='F'; M=-14,-30,-21,-35,-26, 41,-31,-22, 12,-28, 20,  7,-23,-23,-30,-21,-22, -9,  8, -6, 13,-26;
/M: SY='E'; M=-10, -2,-22,  1, 21,-26,-19, -5,-21,  5,-18, -8, -4,  6, 12,  1, -3, -8,-22,-28,-17, 16;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-26,  0,  5,-18,-15, -6,-21, 13,-16, -8,  0,-14,  5, 10, -6, -8,-17,-22,-10,  4;
/M: SY='S'; M=  6, -4, 12, -9, -8,-17,-10,-16,-18,-14,-22,-17,  1,-15, -8,-14, 25, 21, -6,-38,-19, -8;
/M: SY='Y'; M= -9,-18,-22,-22,-19,  5,-25,-15,  2,-17,  5, -1,-18,-23,-15,-15,-10,  8,  1,  7, 14,-18;
/M: SY='I'; M=-10,-28,-23,-34,-26,  9,-32,-20, 31,-25, 24, 24,-23,-24,-18,-22,-21, -9, 21,-17,  3,-24;
/M: SY='Y'; M=-17,-21,-27,-23,-21, 21,-30, 12,  8,-14,  3,  5,-19,-28,-13,-13,-18,-10,  1, 11, 52,-21;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V'; M= -2,-24, -3,-27,-24,  4,-27,-18, 12,-20,  8,  4,-23,-28,-21,-20,-12, -4, 18,-18,  5,-24;
/M: SY='S'; M=  8, -1,  0, -8, -9,-21,  4,-13,-20,-12,-22,-16,  6,-17, -7,-14, 13,  4,-13,-32,-21, -8;
/M: SY='D'; M=-14, 29,-27, 41, 10,-29, -4,  0,-32, -3,-26,-23, 13,-13,  0,-10,  3, -7,-25,-30,-10,  4;
/M: SY='P'; M=-12,-15,-34,-11, -6,-21, -2,-11,-26,  1,-24,-15, -9, 21, -6, 12, -9,-12,-25,-21,-16,-10;
/M: SY='H'; M=-12,-10,-28, -9, -2, -3,-20, 10,-17, -9,-17,-10, -6,  9, -6,-10, -6, -6,-20,-17,  6, -6;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='B'; M= -7, 15,  1, 13, -4,-17,-11, -2,-22, -8,-21,-18, 13,-20, -8,-12,  0, -5,-19,-28, -7, -7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='P'; M= -8,-23,-27,-18,-10,-11,-23,-20,  0,-17,  3, -2,-23, 30,-15,-19,-15, -7, -5,-25,-16,-15; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='P'; M= -8,-20,-32,-16, -7,-21,-19,-17, -8, -9,-16, -2,-19, 47, -9,-15,-11, -9,-14,-27,-21,-11;
/M: SY='D'; M= -8,  5,-24,  8,  4,-18,-14,  6,-19, -1,-18,-11,  2,-13,  0, -4,  0, -2,-15,-24, -2,  0;
/M: SY='I'; M= -7,-11,-17,-15,-16,  3,-23,-18,  7,-19,  4,  1, -8,-19,-18,-18, -8, -2,  6,-24, -5,-17;
/M: SY='R'; M= -9,  1,-25,  3,  2,-22,-12, -6,-21,  5,-18,-12, -1,-11,  0,  7, -2, -3,-15,-24,-13,  0;
/M: SY='N'; M= -4,  7,-22,  5,  2,-23, -1, -6,-24,  0,-22,-15, 10, -9, -2,  0,  4,  1,-20,-29,-18, -1;
/M: SY='H'; M=-11,  7,-27,  8,  1,-24, -4, 11,-22, -4,-18,-11,  7,-17,  0, -1, -4,-10,-19,-29,-10, -1;
/M: SY='Y'; M=-10,-10,-22,-11, -4, -7,-21, -6, -6, -8, -6, -3,-10,-13, -3, -6, -7, -4, -7,-17,  4, -6;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='D'; M= -6, 13, -4, 15,  2,-18, -9, -5,-17, -5,-14,-13,  8, -9, -4, -8,  0, -4,-13,-25,-13, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='L'; M= -8,-19,-17,-20,-12,  3,-23,-14,  9,-14, 23,  9,-17,-20,-12, -6,-17, -5,  6,-16, -2,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='D'; M= -6, 17,-18, 20,  9,-23, -5, -3,-20, -4,-18,-15, 11,-11,  0, -8,  2, -5,-17,-28,-15,  4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='N'; M=-10,  0,-23, -2, -5,-10,-18, -7, -7, -6, -6, -6,  1,-11, -6, -6, -6, -4, -9,-24, -7, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-22;
/M: SY='V'; M= -2,-13,-20,-16,-14,-11,-13,-13,  1,-14, -3,  1,-10,-12,-13,-14, -4,  0,  4,-26,-11,-14;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P'; M= -4,-10,-27, -6,  0,-19,-16,-17, -9,-11,-11,-10,-11, 19, -8,-16, -4, -4,-10,-27,-18, -6; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M=-12, 29,-27, 34, 25,-31, -9,  3,-30,  4,-27,-22, 21,-10,  9, -3,  4, -7,-29,-35,-19, 16;
/M: SY='G'; M= -3,  1,-22,  3,  2,-28,  4, -7,-25, -5,-23,-14,  1, -3,  4, -9,  3, -6,-22,-28,-20,  2;
/M: SY='P'; M= -7, -6,-28, -1, -3,-24,-10,-10,-17, -7,-19,-13, -6, 17, -5, -9, -2, -6,-16,-29,-19, -6;
/M: SY='I'; M= -8,-20,-24,-24,-22, -2,-17,-11,  8,-20, -2,  3,-13,-22,-17,-18,-10, -5,  7, -7,  1,-20;
/M: SY='C'; M= -5,-20, 25,-26,-22, 10,-23,-20, -8,-24, -3, -7,-16,-28,-24,-21, -5, -3, -1,-24, -4,-22;
/M: SY='W'; M=-14,-30,-36,-34,-26, 13,-27,-18,  4,-19, -3, -3,-27,-26,-18,-18,-26,-17, -5, 57, 28,-22;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='R'; M= -8, -2,-22, -6, -1,-18,-18,  3,-12,  3,-16, -7,  4,-16,  2,  9,  1,  0, -9,-28, -9, -2;
/M: SY='G'; M= -5, -3,-26, -5,-14,-14, 29, -6,-27,-14,-24,-16,  6,-20,-13,-14,  2,-10,-23,-17, -7,-14;
/M: SY='H'; M=-12, -2,-30,  2,  3,-25,-19, 19,-21, -6,-16, -8, -3, 11,  8, -7, -7,-10,-24,-28, -8,  3;
/M: SY='M'; M= -7, -9,-25,-11, -1,-16,-15, -7, -9,  7, -3, 11, -9,-16,  3,  7,-12,-10, -9,-22, -9,  0;
/M: SY='G'; M=  2, -8,-27, -9,-15,-28, 55,-19,-36,-18,-28,-19,  1,-18,-16,-18,  5,-12,-26,-23,-28,-16;
/M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-19,-29, 64,-19,-37,-19,-28,-17,  0,-20,-19,-19, -1,-19,-28,-21,-28,-19;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-27,-30,-21, -2,-28,-23, 25,-18, 15, 14,-18,-20,-14,-18,-18,-10, 14,-19, -2,-20; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M=-10,  9,-30, 19, 58,-30,-18, -1,-30,  9,-20,-20,  0, -1, 19, -1,  0,-10,-30,-30,-20, 38;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-30,-10,-19,-30, 68,-19,-40,-19,-30,-20,  0,-20,-19,-18,  0,-20,-30,-20,-29,-19;
/M: SY='L'; M=-13,-29,-25,-30,-22, 14,-29,-15, 13,-25, 32, 15,-28,-29,-18,-18,-28,-12,  3,  5, 15,-20;
/M: SY='C'; M=-13,-12, 33,-16,-11,-21,-22,-12,-28,  1,-21,-14, -7,-27, -4, 18, -6, -8,-16,-34,-19, -9;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='K'; M=-11, -2,-30, -2,  7,-24,-21, -7,-27, 44,-27, -9, -2,-12,  8, 26,-11,-10,-19,-15, -1,  7;
/M: SY='L'; M= -3,-20,-22,-22,-21, -7,  9,-19, -3,-22, 10,  5,-16,-24,-19,-19,-13,-11, -2,-21,-13,-20;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='T'; M=  2,  0,-10, -8, -8,-12,-16,-18,-12,-10,-14,-12,  2,-10, -8,-10, 24, 44, -2,-32,-12, -8;
/M: SY='I'; M= -8,-26,-21,-34,-26, -1,-33,-23, 35,-25, 18, 22,-20,-21,-17,-24,-16, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='I'; M= -3,-21, -7,-25,-15, -2,-27,-21, 12,-21, 11,  7,-18,-22,-16,-20,-12, -5, 10,-24, -7,-16;
/M: SY='T'; M=  5,  2,-13, -5, -7,-13,-10,-12,-11,-10,-13,-11,  8,-14, -7,-10, 18, 22, -7,-32,-14, -7;
/M: SY='I'; M= -7,-28, -9,-32,-26,  0,-32,-26, 27,-27, 19, 12,-23,-26,-22,-24,-17, -7, 23,-25, -4,-26;
/M: SY='C'; M=  4,-18,  8,-21,-15,-11,-18,-21, -5,-20,  1, -5,-16,-12,-16,-20, -3, -2, -1,-31,-16,-16;
/M: SY='M'; M= -4,-16,-18,-18,-14, -4,-21,-13,  0,-11,  4,  6,-16,-22, -8, -6,-12, -5,  3,-12, -1,-11;
/M: SY='I'; M= -9,-28,-25,-33,-23,  2,-35,-26, 35,-27, 26, 17,-23,-23,-19,-25,-21, -9, 23,-21, -2,-24;
/M: SY='E'; M= -9,  2,-26,  5,  9,-15,-19,  3,-13, -5,-10, -5, -2,-14,  4, -7, -4, -7,-14,-23, -3,  5;
/M: SY='L'; M=-10,-22,-22,-22,-15, -1,-25,-13,  2, -8, 15,  5,-18,-25,-11,  8,-17, -7,  3,-15,  0,-14;
/M: SY='V'; M=  8,-15,-16,-16, -6,-11,-19,-20,  6,-13, -1, -2,-15,-17,-12,-16,  0, -1, 14,-28,-13, -9;
/M: SY='A'; M= 20, -9,-11,-14, -5,-16, -6,-15, -9,-12, -7, -6, -7,-14, -7,-15,  9,  2, -4,-27,-16, -6;
/M: SY='R'; M= -4,-12,-22,-14, -6,-11,-21, -8, -7,  4, -9, -3, -9,-18, -1,  6, -5, -3, -3,-19, -2, -5;
/M: SY='K'; M= -9, -5,-28, -4, 13,-23,-23, -6,-14, 15,-15, -6, -5,-12, 10, 11, -7, -8,-13,-23,-10, 10;
/M: SY='T'; M= -6, -5,-18, -9, -8,-13,-13,  2,-15, -4,-15, -9,  2,-18, -5,  5,  5,  9, -8,-26, -5, -8;
/M: SY='N'; M= -6, 11,-26,  5, -3,-25, 10,  1,-27,  3,-28,-16, 21,-14, -1,  2,  2, -8,-26,-29,-18, -2;
/M: SY='V'; M= -2,-18,  1,-24,-21,  2,-23,-22,  3,-20,  4,  0,-17,-24,-22,-18, -4,  9, 11,-26, -7,-21;
/M: SY='R'; M= -8, -4,-23, -6,  1,-21,-19, -7,-20, 13,-16, -8, -1,-15,  8, 26,  0,  4,-13,-24,-11,  2;
/M: SY='V'; M= -8,-24,-20,-28,-23,  6,-29,-10, 20,-21, 12, 12,-20,-25,-19,-18,-14, -5, 21,-20,  4,-23;
/M: SY='K'; M= -1, -4,-21, -9, -3,-13,-14, -5,-17,  8,-16, -5, -1,-14,  2,  6,  1,  2,-12,-21, -6, -1;
/M: SY='V'; M=  5,-16,-13,-20,-16, -8,-19,-20,  9,-19,  2,  0,-12,-19,-14,-19,  3,  3, 11,-29,-11,-16;
/M: SY='L'; M= -7,-26,-16,-30,-22,  4,-26,-15, 20,-22, 29, 29,-25,-25,-14,-18,-22, -9, 14,-21, -2,-18;
/M: SY='A'; M= 14,-19,-17,-23,-21,-13,  3,-24,  2,-18, -3, -2,-16,-21,-20,-21, -3, -6, 12,-23,-17,-21;
/M: SY='Q'; M= -9,  0,-28, -3,  8,-32, -7,  5,-17,  3,-17,  3,  4,-13, 37,  3, -1,-10,-25,-22,-12, 22;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D'; M=-20, 49,-30, 69, 21,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 11;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='Q'; M= -9, -2,-28, -2, 17,-35,-21,  5,-16,  7,-17,  0, -3,-11, 49,  6, -1, -9,-22,-22,-11, 33;
/M: SY='V'; M=  7,-18, -3,-23,-20, -9,-21,-24, 10,-18, -2, -1,-15,-21,-19,-19,  3,  7, 21,-30,-13,-20;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-27,-37,-27,  2,-36,-27, 41,-29, 25, 21,-22,-22,-19,-27,-22,-10, 25,-20, -1,-27;
/M: SY='A'; M=  9,  1, -1, -5, -8,-20,-10,-15,-15,-10,-15,-12,  1,-16, -7,-12,  6,  6, -8,-30,-18, -8;
/M: SY='V'; M= -5,-24,-19,-29,-24, -2,-30,-26, 26,-22, 13, 11,-21,-19,-21,-21,-10,  3, 27,-26, -6,-24;
/M: SY='T'; M= -4, -6,-11,-13, -9,-13,-21, -7, -7,-11, -7, -5, -3,-15, -4, -9,  8, 21, -3,-29, -8, -7;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='Y'; M= -7, -5,-17, -7, -4, -5,-15, -1,-11,  7,-11, -4, -4,-12,  1,  6, -1,  3, -9, -8, 11, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='R'; M=-10,-11,-24,-11, -1,-13,-20, -6, -8,  5, -6,  2, -9, -5,  0,  9,-10, -7, -8,-21, -7, -3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='V'; M= -5,-23,-18,-25,-21,  3,-26,-22, 15,-18,  6,  5,-21,-18,-21,-18, -9,  1, 21,-22, -2,-22;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='P'; M= -7, -9,-27, -7,  0,-22,-14,-10,-19,  1,-22,-13, -7, 25, -3, -1, -1,  0,-18,-26,-17, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M:         M= -4,-11,-21,-11, -4,-12,-16,-12, -4, -8, -5, -3, -7, -7, -6, -6, -2, -3, -3,-26,-11, -6; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='S'; M= -4,  3,-21,  2,  4,-17, -6, -2,-20, -2,-19,-13,  5,-13,  1, -3,  8,  4,-16,-24, -7,  2; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='L'; M= -9,-16,-24,-17, -9, -4,-21,-11, -1,-10,  4,  2,-15,-20, -6, -5,-14, -7, -2, -4,  0, -8; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='D'; M= -7, 14,-24, 17,  5,-27, -5, -2,-25, -4,-26,-19, 12,  4,  0, -7,  6, -2,-24,-32,-19,  2; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='Y'; M= -7, -2,-23, -2, -1,-12,-17,  2,-13, -3,-12, -8, -1,-11,  2, -1, -1, -2,-13,-18,  3, -2; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='D'; M= -9,  9,-23, 13,  8,-20,-15, -5,-18,  0,-16,-12,  4,-13,  2, -4,  1, -1,-13,-26,-12,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='E'; M= -6, -5,-26, -2,  9,-21,  8, -5,-21, -6,-14,-10, -4,-13,  1, -7, -4,-12,-18,-22,-15,  4; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='K'; M= -6, -6,-21, -6,  2,-15,-14, -9,-11,  7, -6, -3, -5,-13,  3,  4, -6, -4, -9,-20, -9,  2; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='K'; M= -5,-11,-21,-11, -2,-15,-21, -9, -8,  5, -5, -2, -8,-16, -2,  2, -7, -6, -6,-25, -8, -3;
/M: SY='Q'; M= -6,  3,-24,  0, 10,-23,-16, -2,-20,  9,-19,-11,  6,-12, 12, 11,  3,  1,-18,-26,-12, 10;
/M: SY='E'; M= -3,  0,-22, -2, 10,-21,-17, -4,-15,  4,-13, -8,  2,-13,  7,  4, -1, -6,-15,-27,-13,  7;
/M: SY='V'; M=  6,-11,-12,-16,-15,-11,-19,-17,  7,-16,  3,  6,-11,-19,-13,-19, -7, -5,  8,-26,-11,-15;
/M: SY='Y'; M= -7,-10,-25,-11, -2, -9,-21,  0,-10,  4,-10, -4, -9,-18,  2,  5, -6, -6, -8,-13,  9, -2;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-22,  2, 11,-23,-15, -4,-21,  6,-17,-11,  2,-13,  9,  9,  1, -4,-18,-28,-14,  9;
/M: SY='N'; M= -3,  0,-20, -8, -8,-11,-16, -9, -2, -9,  0, -2,  6,-20, -7, -6, -4, -1, -5,-28,-11, -8;
/M: SY='A'; M= 16, -3,-11,-11,-10,-15, -8,-12, -6,-11,-12, -5,  3,-15, -7,-14, 11,  6, -2,-29,-16, -9;
/M: SY='K'; M= -6,  0,-24, -2,  4,-16,-19, -9,-13,  5,-11, -7,  0,-15,  3,  4, -4, -3,-11,-24,-10,  3;
/M: SY='R'; M= -8,  1,-25, -1,  4,-21,-14, -5,-22, 14,-18,-11,  4,-15,  5, 19, -1, -4,-17,-25,-11,  3;
/M: SY='F'; M= -9,-26,-22,-32,-25, 24,-29,-17, 18,-23, 10,  9,-19,-25,-23,-21,-14, -7, 14, -8, 15,-25;
/M: SY='F'; M=-10,-17,-21,-21,-18, 22,-24,-14,  4,-19, 12, 10,-16,-23,-19,-15,-15, -7,  2,-11,  8,-18;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-24,  6,  8,-24,-11, -2,-22,  7,-19,-12,  4,-13,  4,  5, -1, -5,-17,-28,-14,  6;
/M: SY='A'; M= 13, -2,-19, -3,  5,-21, -9,-11,-16, -3,-12,-11, -4,-12,  0, -4,  5, -2, -9,-26,-17,  2;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-23,  8,-32,-22, 26,-29, 40, 20,-27,-28,-20,-22,-26, -9, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='R'; M= -6, -5,-26, -4,  5,-16,-20, -6,-14,  7,-11, -8, -5,-15,  1, 14, -6, -8,-11,-20, -6,  1;
/M: SY='K'; M= -7,  3,-23,  2,  5,-21,-17,  2,-17,  6,-18, -7,  4,-13,  4,  4,  0, -3,-15,-26,-10,  4;
/M: SY='N'; M= -3, -4,-22, -8, -4,-15, -3, -6,-13, -8,-14, -9,  1,-17, -8, -8, -1, -4, -8,-23,-12, -7;
/M: SY='F'; M= -6,-12,-18,-20,-17, 15,-21,-11,  0,-16,  6,  4, -7,-22,-16,-13, -7,  6, -2,-13,  8,-16;
/M: SY='S'; M= -3, -4,-22, -5,  1,-14, -7, -1,-19, -4,-15,-10,  0,-15, -2,  0,  3, -1,-14,-24, -8, -1;
/M: SY='K'; M= -3,  3,-25,  4, -1,-23,  1, -9,-24,  7,-19,-12,  2,-15, -3,  3, -2, -8,-18,-24,-14, -3;
/M: SY='L'; M= -2,-23,-13,-26,-19, -3,-25,-21, 15,-21, 17,  9,-19,-24,-16,-16,-12, -4, 13,-25, -7,-19;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='H'; M=-14,-18,-25,-18,-12, -3,-27, 29,  1,-22, 19, 12,-13,-25, -8,-12,-21,-14, -5,-24,  8,-12;
/M: SY='P'; M=-11, -4,-27, -8, -3,-12,-20, -2,-11, -4,-13, -8,  2,  4, -5, -6, -6, -3,-15,-26, -9, -6;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='K'; M=-10,  6,-28,  3,  8,-28,-17, -7,-28, 42,-30,-12, 10,-12,  8, 25, -7, -8,-22,-23,-12,  8;
/M: SY='A'; M=  1, -9,-24, -9, -3,-17,-17,-16, -3, -9, -5, -4,-10, -2, -8,-14, -6, -6, -3,-26,-15, -7;
/M: SY='D'; M=-10, 16,-25, 19, 17,-27, -7, -2,-26,  1,-21,-17, 12,-11,  7, -1,  4, -3,-24,-32,-18, 12;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='T'; M=  0, -1, -4,-11,-11,-10,-20,-20,-11,-11,-10,-10, -1,-11,-11,-11, 19, 47,  0,-31,-11,-11;
/M: SY='W'; M=-14,-30,-31,-35,-26, 13,-29,-18, 15,-22, 11, 13,-26,-25,-17,-20,-26,-15,  3, 30, 18,-22;
/M: SY='V'; M= -6,-20,-12,-25,-18, -9,-29,-19, 16,-15,  4,  8,-16,-22,-10,-14, -9, -1, 17,-26, -8,-16;
/M: SY='S'; M=  8,  0,-11,  0,  0,-20, -1, -2,-21,-10,-29,-19, 10,-11,  1, -9, 36, 17,-11,-39,-17,  0;
/M: SY='S'; M=  4,  4,-19,  6,  9,-21,-10, -4,-22, -1,-21,-16,  4,-10,  2, -1, 13,  5,-15,-29,-13,  5;
/M: SY='D'; M=-13, 21,-20, 26,  8,-29, -6, 10,-32, -2,-26,-19, 15,-14,  1, -4,  3, -6,-26,-35,-14,  4;
/M: SY='F'; M=-15,-28,-22,-33,-24, 36,-30,-14, 12,-26, 25, 14,-24,-28,-24,-18,-24,-10,  5, -3, 20,-23;
/M: SY='F'; M=-13,-23,-22,-28,-19, 31,-27,-14,  5,-22, 11,  5,-17,-25,-17,-16,-14, -7,  0, -6, 15,-17;
/M: SY='I'; M=-10,-17,-22,-24,-20,  6,-27,-14, 19,-18,  7, 13,-11,-23,-16,-17,-13, -6, 14,-18,  3,-19;
/M: SY='Y'; M=-19,-21,-28,-23,-21, 31,-29, 14,  3,-12,  3,  5,-20,-29,-12,-11,-20,-10, -7, 23, 68,-20;
/M: SY='G'; M=  3,  0,-21, -3,-10,-25, 35,-13,-30,-14,-30,-20, 11,-16,-10,-14, 16, -2,-22,-30,-25,-10;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='R'; M=-10, -8,-24, -8, -9,-13,-20,-10, -7,  3,-10, -4, -7,-19, -7,  7, -7, -2,  0,-23, -6, -9;
/M: SY='I'; M=-10,-24,-29,-26,-16, -9,-29,-19, 18,-19,  9, 14,-20,  6, -9,-20,-17,-10,  6,-23, -9,-15;
/M: SY='Y'; M=-15,-20,-23,-24,-17, 16,-29,  7,  5,-18,  5,  5,-16,-25,-10,-14,-17,-11, -2, -3, 28,-15;
/M: SY='Y'; M=-16,-22,-11,-26,-21, 27,-28, -1, -3,-19,  3, -1,-18,-29,-19,-15,-17,-10, -6,  5, 33,-21;
/M: SY='R'; M=-14, 12,-29, 17, 13,-28,-15, -2,-29, 14,-26,-18, 10, -3,  7, 18, -3, -8,-26,-30,-17,  8;
/M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-16,-31, 61,-15,-38,-17,-29,-18,  0,-19,-13,-17,  0,-19,-30,-20,-27,-15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 78 in 78 different sequences
Number of true positive hits 78 in 78 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] S_Spirin, N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RdRp catalytic
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
78 sequences

L_ABLVB     (Q9QSP0), L_ABLVH     (Q8JTG9), L_AMPV1     (Q2Y2L8), 
L_BDV       (Q8JMN0), L_BDVV      (P52639), L_BEFVB     (Q9E784), 
L_BRSVA     (O91940), L_CDVO      (P24658), L_CHAV      (P13179), 
L_CPSVP     (Q6DN67), L_EBLV1     (A4UHQ2), L_EBLV2     (A4UHQ7), 
L_EBORE     (Q91DD4), L_EBORR     (Q8JPX5), L_EBOSM     (Q66802), 
L_EBOSU     (Q5XX01), L_EBOZ5     (Q6V1Q2), L_EBOZM     (Q05318), 
L_HENDH     (O89344), L_HIRRV     (Q77SJ8), L_HMPVC     (Q6WB93), 
L_HRSVA     (P28887), L_HRSVB     (O36635), L_HRSVL     (Q9IWW8), 
L_IHNVO     (Q82707), L_IHNVW     (Q82685), L_ISFV      (Q5K2K3), 
L_LBVAV     (Q8B0U2), L_LNYV3     (Q4W382), L_MABVA     (Q1PD54), 
L_MABVM     (P31352), L_MABVO     (Q6UY63), L_MABVP     (P35262), 
L_MABVR     (Q1PDC4), L_MEASA     (P35975), L_MEASC     (Q9WMB3), 
L_MEASE     (P12576), L_MILVL     (Q8BCV9), L_MMVR      (Q6E0W6), 
L_MOKV      (P0C568), L_MPV15     (Q50EW2), L_MUMPM     (P30929), 
L_NDVB      (P11205), L_NDVB1     (Q9DLD3), L_NIPAV     (Q997F0), 
L_PI2HT     (P26676), L_PI3H4     (P12577), L_RABVA     (Q4F8Z9), 
L_RABVB     (Q66T60), L_RABVD     (Q0GBX5), L_RABVE     (A3F5L9), 
L_RABVH     (Q8B6J5), L_RABVI     (A3RM23), L_RABVN     (Q9IPJ5), 
L_RABVP     (P11213), L_RABVR     (Q0GBY0), L_RABVS     (P16289), 
L_RINDR     (P41357), L_RYSV      (O10378), L_SENDA     (Q9DUD8), 
L_SENDE     (P06829), L_SENDF     (Q06996), L_SENDO     (O55528), 
L_SENDZ     (P06447), L_SHRV      (Q9QJT4), L_SV41      (P35341), 
L_SV5       (Q88434), L_SV5WR     (Q03396), L_SVCV      (Q91DR9), 
L_SYNV      (P31332), L_TAVCV     (Q5GA85), L_VSIVA     (P03523), 
L_VSIVC     (Q8B0H0), L_VSIVM     (Q98776), L_VSIVN     (Q8B0I0), 
L_VSIVS     (Q8B0H5), L_VSNJH     (P13615), L_VSNJO     (P16379)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission