To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50532

General information about the entry

Entry name [info] HTH_IS408
Accession [info] PS50532
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2006 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50531
Associated ProRule [info] PRU00616

Name and characterization of the entry

Description [info] IS408 transposase-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8162000; R2=0.0134811; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6911.0000000; R2=0.0000000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1127; H_SCORE=6911; N_SCORE=17.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=756; H_SCORE=6911; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-23,-36,-28,  2,-36,-28, 40,-27, 22, 17,-24,-24,-23,-26,-19, -7, 32,-23, -3,-28;
/M: SY='R'; M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 40,-25,-10,  0,-15, 10, 50,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-27, 16, 51,-27,-20, -3,-27,  7,-19,-19,  0, -1, 16, -1,  3, -2,-26,-30,-19, 33;
/M: SY='V'; M= -6,-28, 11,-34,-30, -4,-34,-30, 24,-26,  7,  7,-24,-28,-26,-26,-14, -6, 29,-31,-11,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 33,-21,-10,  0,-19, 10, 65,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-29,-20, 13,-30,-15, 17,-27, 43, 17,-29,-30,-19,-19,-29,-10,  7,-13, 11,-20;
/M: SY='K'; M=-11, -3,-27, -4,  5,-25,-20, -9,-27, 37,-25,-10,  0,-13,  7, 35, -6, -2,-17,-21,-10,  5;
/M: SY='F'; M=-19,-24,-27,-29,-21, 35,-26,  9, -8,-23,  3,  0,-17,-27,-22,-15,-22,-16,-11, 17, 24,-20;
/M: SY='E'; M= -5, 12,-26, 19, 29,-18,-16, -5,-26,  0,-17,-19,  1, -8,  3, -8, -1, -8,-22,-26,-14, 17;
/M: SY='C'; M= -1,-10, 15,-12, -2,-25,-11,-14,-19,-10,-16,-10,-10,-20,  3,-12, -3, -9,-11,-31,-20,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='S'; M=  5, -4,-16, -4, -4,-21,  4,-14,-21,-11,-27,-18,  4,  1, -5,-13, 26, 16,-14,-35,-21, -5;
/M: SY='H'; M=-13, -1,-24, -2,  0,-16,-20, 44,-14, -9,-14, -2,  5,-20,  0, -5, -6,-11,-10,-31,  3, -3;
/M: SY='R'; M=-16, -4,-30, -2, 15,-24,-20, -1,-30, 28,-21,-12,  0,-14, 12, 49, -8,-10,-22,-22,-12, 10;
/M: SY='K'; M=  0, -4,-25, -5,  9,-25,-17, -9,-15, 13,-18, -7, -2,-10, 11,  4,  1, -5,-13,-24,-13, 10;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='A'; M= 44, -8,-10,-17, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-13,-12, -7,-10, -8,-18, 15,  3, -2,-23,-20, -8;
/M: SY='R'; M=-15, -9,-27, -7,  5,-20,-21, -5,-22, 23,-17, -9, -4,-17,  6, 44, -9, -9,-12,-23,-11,  3;
/M: SY='A'; M= 14, -6,-18,-10, -1,-23, -8, -9,-19,  3,-19,-11, -1,-13,  7, 10, 11,  1,-11,-25,-16,  1;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-19,-32,-24,  6,-32,-24, 27,-27, 35, 17,-28,-28,-23,-22,-23, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-30, -6, -7,-32, 38,-12,-34, -4,-28,-14,  0,-16,  2, -7, -1,-16,-29,-20,-23, -3;
/M: SY='I'; M=  0,-27,-20,-33,-25,  0,-30,-26, 30,-25, 20, 14,-23,-23,-21,-24,-16, -6, 27,-22, -5,-25;
/M: SY='G'; M= 12, -5,-17, -6, -9,-24, 26,-15,-26,-14,-27,-19,  4,-14, -9,-15, 21,  2,-16,-30,-24, -9;
/M: SY='K'; M=-10, -1,-27, -1,  7,-23,-19,  2,-18, 13,-22,-10,  1, -1,  1,  5, -6, -8,-14,-28,-12,  3;
/M: SY='G'; M=  4, -5,-20, -6,-11,-24, 32,-16,-29,-15,-27,-19,  4,-15,-11,-15, 18,  4,-19,-29,-24,-11;
/M: SY='S'; M= 11,-12,-10,-15,-13,-12,-13,-20,  0,-13,-11, -7, -8,-17,-13,-15, 16, 14, 13,-32,-15,-13;
/M: SY='V'; M=  6,-28,-10,-29,-28, -2,-27,-29, 25,-19,  8,  8,-28,-28,-28,-20, -8,  0, 44,-29,-11,-28;
/M: SY='S'; M= -3, -4,-20, -4, -2,-21,  1,  5,-26, -1,-26,-15,  6,-15,  1, 11, 16,  3,-17,-31,-14, -2;
/M: SY='D'; M= -9, 13,-25, 18, 15,-29,-15, -8,-29, 17,-26,-17,  6, -9,  5,  6,  4,  1,-20,-30,-15, 10;
/M: SY='Y'; M=-15,-16,-23,-20,-19, 27,-27,  4, -3,-13, -1, -3,-15,-25,-15,-12,-10,  6, -6, 11, 49,-19;
/M: SY='L'; M=  0,-27,-18,-30,-21,  3,-27,-22, 20,-26, 33, 14,-26,-26,-20,-21,-21, -7, 15,-21, -4,-21;
/M: SY='A'; M=  8,-10, -1,-15, -9,-16,-15,-16,-15, -2,-10, -8, -8,-17, -7,  0,  2,  3, -6,-27,-15, -9;
/M: SY='R'; M= -3, -8,-26,-11,  1,-23,-16, -3,-24, 18,-18, -8, -2,-16, 13, 41, -4, -8,-17,-20,-12,  4;
/M: SY='A'; M= 29,-14,-12,-21,-12, -5, -7,-19, -6,-15, -3, -6,-11,-15,-13,-19,  5,  0,  0,-19,-12,-12;
/M: SY='R'; M= 10, -7,-20,-11, -4,-20,-10,  4,-21,  4,-18,-10, -1,-15,  1, 16,  5, -3,-12,-24,-11, -4;
/M: SY='E'; M= -1, -7,-23, -7, 10,-21,-19, -9, -8, -1,-12, -6, -6,-12,  8,  1,  1, -4, -7,-26,-14,  8;
/M: SY='A'; M= 32, -5,-13,-11,  0,-20, -5,-16,-14, -7,-14,-12, -5, -9, -5,-15, 13,  7, -5,-25,-19, -2;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -6, -9,-30, 58,-17,-39,-16,-29,-20,  0,-17,-15,-17,  0,-19,-30,-21,-29,-12;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-18, 20,-28, 46, 25,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='S'; M= -2, 14,-17, 18, 10,-24,-10, -9,-24, -5,-24,-20,  9, -9,  0, -9, 20, 16,-15,-36,-18,  5;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='P'; M= -1,-18,-35,-12, -2,-28,-17,-20,-18,-10,-27,-18,-18, 75,-10,-20, -7, -8,-25,-28,-28,-10;
/M: SY='L'; M= 12,-21,  0,-26,-17, -5,-19,-21,  3,-23, 20,  4,-21,-24,-17,-21,-13, -6,  4,-23,-11,-17;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='P'; M=  2,-17,-25,-15, -9,-16, -5,-18,-10,-15, -6, -7,-16, 23,-12,-18, -9, -9,-13,-21,-18,-12; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='D'; M= -3,  7,-22, 13, 13,-21,-16, -9,-10, -4,-11,-11, -2,-10, -2,-11, -2, -7, -7,-27,-14,  5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 11, -2,-18, -3,-10,-22, 10,-17,-18,-12,-18,-14, -2,-15,-12,-16,  9,  2, -7,-27,-20,-11;
/M: SY='M'; M= -1,-24,-19,-30,-21,  0,-24,-15, 21,-19, 22, 30,-22,-22,-13,-18,-17, -7, 17,-21, -4,-18;
/M: SY='D'; M= -2, 18,-17, 24,  6,-26, -6, -8,-26, -6,-28,-22, 12,-10, -1,-10, 23, 13,-16,-39,-19,  2;
/M: SY='D'; M=-16, 36,-30, 52, 34,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 13, -6,  7, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 21;
/M: SY='D'; M=  8,  7,-21, 10,  6,-24,-11,-11,-19, -1,-16,-14, -1,-12, -3, -3,  1, -5, -9,-28,-18,  1;
/M: SY='E'; M= 11,  2,-20,  5, 19,-24,-13,-11,-16, -2,-14,-14, -5, -9,  0,-11,  2, -5, -9,-28,-19,  9;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-21,-26,-16,  5,-29,-19, 13,-20, 40, 16,-26,-27,-16,-13,-27,-10,  6,-20, -1,-16;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M= 12,  3,-23,  5, 34,-26,-13, -7,-23,  3,-16,-16, -4, -4,  9, -7,  4, -6,-19,-26,-20, 21;
/M: SY='R'; M=  8,-10,-22,-14, -1,-21,-14, -7,-14,  4, -8, -4, -7,-15, 11, 13, -3, -6,-12,-20,-12,  4;
/M: SY='A'; M=  9,-14,-20,-18, -7,-14,-16,-11, -8, -3,  2, -1,-12,-18,  1,  7, -7, -6, -6,-20,-11, -4;
/M: SY='L'; M=-12,-27,-22,-27,-17,  5,-28,-17, 12,-21, 39, 15,-25,-28,-15, -6,-27,-10,  5,-20, -2,-17;
/M: SY='F'; M=-17,-26,-26,-29,-22, 42,-28,-10, -1,-22,  6, -1,-21,-12,-25,-17,-20,-10, -6,  6, 30,-23;
/M: SY='P'; M=  8,-12,-28,-11, -6,-27,  8,-19,-24, -5,-25,-16,-10, 23,-10,-13, -2,-10,-21,-24,-25,-10;
/M: SY='A'; M= 15,-10,-19,-14, -6,-20,-12,-17,-15, -5,-16,-12, -8, 11, -7, -6,  5,  9, -9,-25,-18, -9;
/M: SY='A'; M= 22,-10,-17,-15, -8,-20,-10,-20,-12,-10,-15,-12,-10, 15,-10,-17,  8, 10, -7,-25,-20,-10;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='G'; M= -5,  0,-23, -3, -8,-22, 23, -7,-28, -2,-24,-15, 10,-17, -5,  8,  3, -8,-22,-23,-19, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P'; M=  1,-11,-22,-13, -6,-19,-18,-17,-13,  2,-16,-10,-10, 10, -7,  1,  0,  7, -6,-26,-16, -9;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='A'; M= 13, -1,-17, -7, -1,-20, -8, -9,-17, 13,-17,-10,  2,-11,  0,  8,  1, -4,-11,-19,-14, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 13, -6,-13,-10, -4,-17,-11,-13, -9, -1,-12, -6, -5,-11,  1, -6,  8,  7, -1,-22,-13, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='P'; M=  2, -8,-25,-10, -7,-25,  6,-16,-21,-10,-21,-14, -6, 11, -4,-14,  4,  5,-18,-25,-21, -7;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-24, -6, -2,-20,-15,  5,-23,  4,-22,-12,  1, -2,  2, 18,  6,  5,-17,-29,-11, -3;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-28, -7,  1,-23,  0,-10,-28,  6,-22,-15, -2, -3, -1, 19, -2, -3,-22,-24,-18, -3;
/M: SY='R'; M=-14,  6,-30, 11, 21,-30,-19, -1,-30, 24,-24,-14,  3,-11, 17, 27, -5,-10,-25,-25,-14, 17;
/M: SY='R'; M=-13,-10,-26,-10,  0,-19,-19, -3,-21, 14,-12, -6, -3,-19, 11, 40, -5, -6,-16,-23,-10,  2;
/M: SY='P'; M= -3,-19,-24,-16,-11,-16,-20,-21,  2,-15,-14, -7,-14, 21,-13,-19,  1,  0,  2,-31,-18,-15;
/M: SY='E'; M= -9, -8,-24, -3, 22,-13,-25,-10, -6, -7,  7, -3,-14,-14,  0, -9,-11, -9, -7,-27,-12, 11;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='W'; M=-17,-35,-39,-35,-27, 12,-24,-21, -7,-20, -6, -9,-35,-30,-20,-18,-33,-22,-14, 93, 30,-21;
/M: SY='A'; M= 19,-10,-13,-17,-11,-13,-11,-19, -2,-14, -5, -6, -7,-13,-10,-17, 11, 10,  2,-26,-14,-11;
/M: SY='A'; M=  8,-14,-21,-18,-10, -8,-15,-11, -8,-11, -5, -6,-13,-17, -2,-13, -2,  1, -8,  2,  3, -6;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-18,-33,-28,  2,-33,-28, 35,-25, 19, 15,-27,-27,-25,-23,-16, -5, 37,-25, -5,-28;
/M: SY='H'; M= -8,  1,-25,  2, -3,-20,-18, 56,-21,-10,-16, -4,  3,-19,  1, -6, -6,-14,-16,-30,  6, -4;
/M: SY='R'; M=-11, -9,-28,-10,  0,-21,-18, -4,-28, 28,-20,-10, -1,-18,  8, 55, -8, -9,-18,-20,-11,  0;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 4 in 4 different sequences
Number of true positive hits 4 in 4 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] S_Spirin
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH IS408-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
4 sequences

T408_BURM1  (Q51649    ), TRA2_PSEFL  (Q51761    ), Y4BL_SINFN  (P55379    ), 
Y4UI_SINFN  (Q53201    )
» more


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission