Entry: PS50532

General information about the entry
Entry name HTH_IS408
Accession number PS50532
Entry type MATRIX
Date DEC-2006 (CREATED); DEC-2006 (DATA UPDATE); MAR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation PDOC50531
Associated ProRule PRU00616
Name and characterization of the entry
DescriptionIS408 transposase-type HTH domain profile.
Matrix / Profile 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8162; R2=0.01348113; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1126; N_SCORE=17.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=755; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-23,-36,-28,  2,-36,-28, 40,-27, 22, 17,-24,-24,-23,-26,-19, -7, 32,-23, -3,-28;
/M: SY='R'; M=-15, -5,-30, -5,  5,-25,-20, -5,-30, 40,-25,-10,  0,-15, 10, 50,-10,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-27, 16, 51,-27,-20, -3,-27,  7,-19,-19,  0, -1, 16, -1,  3, -2,-26,-30,-19, 33;
/M: SY='V'; M= -6,-28, 11,-34,-30, -4,-34,-30, 24,-26,  7,  7,-24,-28,-26,-26,-14, -6, 29,-31,-11,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 33,-21,-10,  0,-19, 10, 65,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-29,-20, 13,-30,-15, 17,-27, 43, 17,-29,-30,-19,-19,-29,-10,  7,-13, 11,-20;
/M: SY='K'; M=-11, -3,-27, -4,  5,-25,-20, -9,-27, 37,-25,-10,  0,-13,  7, 35, -6, -2,-17,-21,-10,  5;
/M: SY='F'; M=-19,-24,-27,-29,-21, 35,-26,  9, -8,-23,  3,  0,-17,-27,-22,-15,-22,-16,-11, 17, 24,-20;
/M: SY='E'; M= -5, 12,-26, 19, 29,-18,-16, -5,-26,  0,-17,-19,  1, -8,  3, -8, -1, -8,-22,-26,-14, 17;
/M: SY='C'; M= -1,-10, 15,-12, -2,-25,-11,-14,-19,-10,-16,-10,-10,-20,  3,-12, -3, -9,-11,-31,-20,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='S'; M=  5, -4,-16, -4, -4,-21,  4,-14,-21,-11,-27,-18,  4,  1, -5,-13, 26, 16,-14,-35,-21, -5;
/M: SY='H'; M=-13, -1,-24, -2,  0,-16,-20, 44,-14, -9,-14, -2,  5,-20,  0, -5, -6,-11,-10,-31,  3, -3;
/M: SY='R'; M=-16, -4,-30, -2, 15,-24,-20, -1,-30, 28,-21,-12,  0,-14, 12, 49, -8,-10,-22,-22,-12, 10;
/M: SY='K'; M=  0, -4,-25, -5,  9,-25,-17, -9,-15, 13,-18, -7, -2,-10, 11,  4,  1, -5,-13,-24,-13, 10;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='A'; M= 44, -8,-10,-17, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-13,-12, -7,-10, -8,-18, 15,  3, -2,-23,-20, -8;
/M: SY='R'; M=-15, -9,-27, -7,  5,-20,-21, -5,-22, 23,-17, -9, -4,-17,  6, 44, -9, -9,-12,-23,-11,  3;
/M: SY='A'; M= 14, -6,-18,-10, -1,-23, -8, -9,-19,  3,-19,-11, -1,-13,  7, 10, 11,  1,-11,-25,-16,  1;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-19,-32,-24,  6,-32,-24, 27,-27, 35, 17,-28,-28,-23,-22,-23, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='G'; M= -4, -6,-30, -6, -7,-32, 38,-12,-34, -4,-28,-14,  0,-16,  2, -7, -1,-16,-29,-20,-23, -3;
/M: SY='I'; M=  0,-27,-20,-33,-25,  0,-30,-26, 30,-25, 20, 14,-23,-23,-21,-24,-16, -6, 27,-22, -5,-25;
/M: SY='G'; M= 12, -5,-17, -6, -9,-24, 26,-15,-26,-14,-27,-19,  4,-14, -9,-15, 21,  2,-16,-30,-24, -9;
/M: SY='K'; M=-10, -1,-27, -1,  7,-23,-19,  2,-18, 13,-22,-10,  1, -1,  1,  5, -6, -8,-14,-28,-12,  3;
/M: SY='G'; M=  4, -5,-20, -6,-11,-24, 32,-16,-29,-15,-27,-19,  4,-15,-11,-15, 18,  4,-19,-29,-24,-11;
/M: SY='S'; M= 11,-12,-10,-15,-13,-12,-13,-20,  0,-13,-11, -7, -8,-17,-13,-15, 16, 14, 13,-32,-15,-13;
/M: SY='V'; M=  6,-28,-10,-29,-28, -2,-27,-29, 25,-19,  8,  8,-28,-28,-28,-20, -8,  0, 44,-29,-11,-28;
/M: SY='S'; M= -3, -4,-20, -4, -2,-21,  1,  5,-26, -1,-26,-15,  6,-15,  1, 11, 16,  3,-17,-31,-14, -2;
/M: SY='D'; M= -9, 13,-25, 18, 15,-29,-15, -8,-29, 17,-26,-17,  6, -9,  5,  6,  4,  1,-20,-30,-15, 10;
/M: SY='Y'; M=-15,-16,-23,-20,-19, 27,-27,  4, -3,-13, -1, -3,-15,-25,-15,-12,-10,  6, -6, 11, 49,-19;
/M: SY='L'; M=  0,-27,-18,-30,-21,  3,-27,-22, 20,-26, 33, 14,-26,-26,-20,-21,-21, -7, 15,-21, -4,-21;
/M: SY='A'; M=  8,-10, -1,-15, -9,-16,-15,-16,-15, -2,-10, -8, -8,-17, -7,  0,  2,  3, -6,-27,-15, -9;
/M: SY='R'; M= -3, -8,-26,-11,  1,-23,-16, -3,-24, 18,-18, -8, -2,-16, 13, 41, -4, -8,-17,-20,-12,  4;
/M: SY='A'; M= 29,-14,-12,-21,-12, -5, -7,-19, -6,-15, -3, -6,-11,-15,-13,-19,  5,  0,  0,-19,-12,-12;
/M: SY='R'; M= 10, -7,-20,-11, -4,-20,-10,  4,-21,  4,-18,-10, -1,-15,  1, 16,  5, -3,-12,-24,-11, -4;
/M: SY='E'; M= -1, -7,-23, -7, 10,-21,-19, -9, -8, -1,-12, -6, -6,-12,  8,  1,  1, -4, -7,-26,-14,  8;
/M: SY='A'; M= 32, -5,-13,-11,  0,-20, -5,-16,-14, -7,-14,-12, -5, -9, -5,-15, 13,  7, -5,-25,-19, -2;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -6, -9,-30, 58,-17,-39,-16,-29,-20,  0,-17,-15,-17,  0,-19,-30,-21,-29,-12;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-18, 20,-28, 46, 25,-29,-29,-18,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='S'; M= -2, 14,-17, 18, 10,-24,-10, -9,-24, -5,-24,-20,  9, -9,  0, -9, 20, 16,-15,-36,-18,  5;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='P'; M= -1,-18,-35,-12, -2,-28,-17,-20,-18,-10,-27,-18,-18, 75,-10,-20, -7, -8,-25,-28,-28,-10;
/M: SY='L'; M= 12,-21,  0,-26,-17, -5,-19,-21,  3,-23, 20,  4,-21,-24,-17,-21,-13, -6,  4,-23,-11,-17;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='P'; M=  2,-17,-25,-15, -9,-16, -5,-18,-10,-15, -6, -7,-16, 23,-12,-18, -9, -9,-13,-21,-18,-12; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='D'; M= -3,  7,-22, 13, 13,-21,-16, -9,-10, -4,-11,-11, -2,-10, -2,-11, -2, -7, -7,-27,-14,  5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 11, -2,-18, -3,-10,-22, 10,-17,-18,-12,-18,-14, -2,-15,-12,-16,  9,  2, -7,-27,-20,-11;
/M: SY='M'; M= -1,-24,-19,-30,-21,  0,-24,-15, 21,-19, 22, 30,-22,-22,-13,-18,-17, -7, 17,-21, -4,-18;
/M: SY='D'; M= -2, 18,-17, 24,  6,-26, -6, -8,-26, -6,-28,-22, 12,-10, -1,-10, 23, 13,-16,-39,-19,  2;
/M: SY='D'; M=-16, 36,-30, 52, 34,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 13, -6,  7, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 21;
/M: SY='D'; M=  8,  7,-21, 10,  6,-24,-11,-11,-19, -1,-16,-14, -1,-12, -3, -3,  1, -5, -9,-28,-18,  1;
/M: SY='E'; M= 11,  2,-20,  5, 19,-24,-13,-11,-16, -2,-14,-14, -5, -9,  0,-11,  2, -5, -9,-28,-19,  9;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-21,-26,-16,  5,-29,-19, 13,-20, 40, 16,-26,-27,-16,-13,-27,-10,  6,-20, -1,-16;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M= 12,  3,-23,  5, 34,-26,-13, -7,-23,  3,-16,-16, -4, -4,  9, -7,  4, -6,-19,-26,-20, 21;
/M: SY='R'; M=  8,-10,-22,-14, -1,-21,-14, -7,-14,  4, -8, -4, -7,-15, 11, 13, -3, -6,-12,-20,-12,  4;
/M: SY='A'; M=  9,-14,-20,-18, -7,-14,-16,-11, -8, -3,  2, -1,-12,-18,  1,  7, -7, -6, -6,-20,-11, -4;
/M: SY='L'; M=-12,-27,-22,-27,-17,  5,-28,-17, 12,-21, 39, 15,-25,-28,-15, -6,-27,-10,  5,-20, -2,-17;
/M: SY='F'; M=-17,-26,-26,-29,-22, 42,-28,-10, -1,-22,  6, -1,-21,-12,-25,-17,-20,-10, -6,  6, 30,-23;
/M: SY='P'; M=  8,-12,-28,-11, -6,-27,  8,-19,-24, -5,-25,-16,-10, 23,-10,-13, -2,-10,-21,-24,-25,-10;
/M: SY='A'; M= 15,-10,-19,-14, -6,-20,-12,-17,-15, -5,-16,-12, -8, 11, -7, -6,  5,  9, -9,-25,-18, -9;
/M: SY='A'; M= 22,-10,-17,-15, -8,-20,-10,-20,-12,-10,-15,-12,-10, 15,-10,-17,  8, 10, -7,-25,-20,-10;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='G'; M= -5,  0,-23, -3, -8,-22, 23, -7,-28, -2,-24,-15, 10,-17, -5,  8,  3, -8,-22,-23,-19, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P'; M=  1,-11,-22,-13, -6,-19,-18,-17,-13,  2,-16,-10,-10, 10, -7,  1,  0,  7, -6,-26,-16, -9;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='A'; M= 13, -1,-17, -7, -1,-20, -8, -9,-17, 13,-17,-10,  2,-11,  0,  8,  1, -4,-11,-19,-14, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 13, -6,-13,-10, -4,-17,-11,-13, -9, -1,-12, -6, -5,-11,  1, -6,  8,  7, -1,-22,-13, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='P'; M=  2, -8,-25,-10, -7,-25,  6,-16,-21,-10,-21,-14, -6, 11, -4,-14,  4,  5,-18,-25,-21, -7;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-24, -6, -2,-20,-15,  5,-23,  4,-22,-12,  1, -2,  2, 18,  6,  5,-17,-29,-11, -3;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-28, -7,  1,-23,  0,-10,-28,  6,-22,-15, -2, -3, -1, 19, -2, -3,-22,-24,-18, -3;
/M: SY='R'; M=-14,  6,-30, 11, 21,-30,-19, -1,-30, 24,-24,-14,  3,-11, 17, 27, -5,-10,-25,-25,-14, 17;
/M: SY='R'; M=-13,-10,-26,-10,  0,-19,-19, -3,-21, 14,-12, -6, -3,-19, 11, 40, -5, -6,-16,-23,-10,  2;
/M: SY='P'; M= -3,-19,-24,-16,-11,-16,-20,-21,  2,-15,-14, -7,-14, 21,-13,-19,  1,  0,  2,-31,-18,-15;
/M: SY='E'; M= -9, -8,-24, -3, 22,-13,-25,-10, -6, -7,  7, -3,-14,-14,  0, -9,-11, -9, -7,-27,-12, 11;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='W'; M=-17,-35,-39,-35,-27, 12,-24,-21, -7,-20, -6, -9,-35,-30,-20,-18,-33,-22,-14, 93, 30,-21;
/M: SY='A'; M= 19,-10,-13,-17,-11,-13,-11,-19, -2,-14, -5, -6, -7,-13,-10,-17, 11, 10,  2,-26,-14,-11;
/M: SY='A'; M=  8,-14,-21,-18,-10, -8,-15,-11, -8,-11, -5, -6,-13,-17, -2,-13, -2,  1, -8,  2,  3, -6;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-18,-33,-28,  2,-33,-28, 35,-25, 19, 15,-27,-27,-25,-23,-16, -5, 37,-25, -5,-28;
/M: SY='H'; M= -8,  1,-25,  2, -3,-20,-18, 56,-21,-10,-16, -4,  3,-19,  1, -6, -6,-14,-16,-30,  6, -4;
/M: SY='R'; M=-11, -9,-28,-10,  0,-21,-18, -4,-28, 28,-20,-10, -1,-18,  8, 55, -8, -9,-18,-20,-11,  0;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
  • UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052.
  • Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 4 hits in 4 different sequences
  • Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 4 hits in 4 different sequences
  • Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  • Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences
  • Number of known missed hits: 0
  • Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0
  • Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 %
  • Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 100.00 %
Comments
  • MATRIX_TYPE: protein_domain
  • Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: window20
  • Matrix author: S_Spirin
  • Taxonomic range: Prokaryotes (Bacteria)
  • Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 1
  • FT_KEY: DOMAIN
  • FT_DESC: HTH IS408-type
  • VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot True positive hits:
T408_BURM1  (Q51649), TRA2_PSEFL  (Q51761), Y4BL_RHISN  (P55379), 
Y4UI_RHISN  (Q53201)
Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

File name:

Format: Swiss-Prot Fasta

or