ID   DM_2; MATRIX.
AC   PS50809;
DT   01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   DM DNA-binding domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1236999; R2=0.0066818; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2648.6804199; R2=4.3341494; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=955; H_SCORE=6788; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=655; H_SCORE=5488; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='Q'; M=14,-7,-21,-11,2,-27,-11,-5,-18,6,-16,-7,-4,-12,18,10,2,-6,-15,-20,-14,9;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-7,-30,-7,3,-23,-20,-3,-30,36,-23,-10,0,-17,10,57,-10,-10,-20,-20,-10,3;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-9,-25,-7,7,-17,-11,-8,-19,4,-8,-8,-5,-16,2,17,-5,-8,-15,-24,-14,3;
MA   /M: SY='N'; M=-3,18,-23,7,-2,-25,12,1,-24,-4,-27,-16,31,-18,4,-5,6,-6,-27,-31,-21,1;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-3,-29,-1,-15,-30,57,-17,-39,-17,-30,-21,3,-18,-17,-18,2,-17,-29,-23,-28,-16;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-16,-21,-15,-2,-10,-26,-14,5,-7,2,2,-16,-20,-4,-5,-9,-5,10,-24,-7,-4;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-16,-25,-16,-7,-15,-25,-17,1,2,-2,2,-15,-7,-3,-4,-12,-6,1,-23,-10,-6;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-10,-16,-12,-11,-13,-16,-15,-1,-5,-13,-6,-3,-19,-9,-2,9,5,8,-32,-14,-11;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-18,-16,-17,-8,-17,-23,-19,-8,-8,-14,-9,-15,14,-10,-6,-8,-5,-8,-22,-16,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-26,-21,-26,-17,4,-28,-17,11,-18,35,14,-24,-28,-15,-3,-25,-9,6,-21,-2,-17;
MA   /M: SY='K'; M=-12,-2,-30,-2,8,-28,-20,-8,-30,47,-28,-10,0,-12,10,36,-10,-10,-20,-20,-10,8;
MA   /M: SY='G'; M=-2,1,-28,-3,-15,-28,54,-13,-35,-15,-30,-20,14,-20,-15,-15,2,-15,-30,-25,-28,-15;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='K'; M=-2,-1,-26,-2,7,-28,-16,-11,-27,37,-28,-11,0,-10,7,20,-2,-5,-17,-22,-12,7;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-11,-14,-10,-3,-23,-19,-9,-27,13,-24,-14,-5,2,1,30,-5,-7,-20,-27,-17,-5;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-6,-24,-6,1,-7,-19,2,-11,-4,-5,0,-7,-17,4,-1,-6,-7,-13,-17,4,2;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='P'; M=-11,-12,-33,-8,2,-27,-20,-11,-21,7,-24,-11,-10,36,5,7,-7,-6,-24,-25,-19,0;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-28,-29,-32,-26,47,-28,-5,-3,-20,1,-3,-23,-30,-24,-16,-23,-13,-9,43,51,-24;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-10,-24,-14,-8,-15,-20,-10,-8,9,-8,-3,-3,-19,-3,21,-9,-7,-4,-23,-10,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-13,17,-25,20,13,-19,-16,-3,-21,0,-14,-15,10,-14,0,-5,-3,-3,-20,-29,-10,6;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-2,-15,-6,1,-16,-16,-11,-16,-4,-19,-11,1,4,-2,-8,4,6,-15,-29,-15,-1;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='K'; M=8,-3,-23,-4,12,-24,-14,-11,-22,13,-19,-13,-4,-3,3,6,1,-2,-15,-24,-16,7;
MA   /M: SY='K'; M=-7,2,-24,0,7,-22,-17,-9,-22,22,-20,-10,4,-12,4,12,0,0,-16,-26,-12,6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-3,-19,-7,-1,-17,-11,-12,-12,-5,-11,-8,-1,-15,-1,-3,4,11,-6,-27,-14,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-19,-21,-22,-16,7,-25,-15,9,-15,24,13,-16,-26,-15,-11,-21,-8,4,-20,-1,-15;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-25,-15,-28,-25,-1,-28,-26,25,-21,12,9,-22,-25,-23,-20,-7,2,32,-28,-8,-25;
MA   /M: SY='E'; M=3,1,-19,-4,6,-11,-14,-8,-8,-5,-10,-4,3,-15,-3,-9,-1,-4,-6,-27,-13,2;
MA   /M: SY='E'; M=-11,7,-28,12,21,-23,-18,9,-26,11,-22,-13,2,-10,12,3,-1,-8,-24,-22,-2,16;
MA   /I: I=-4; MD=-22;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-8,-23,-8,0,-16,-16,0,-23,23,-16,-8,0,-16,8,55,-8,-8,-16,-16,-8,0; D=-4;
MA   /I: I=-4; MD=-22;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-3,-22,-3,8,-24,-14,3,-18,12,-17,-5,1,-11,27,23,1,-5,-19,-17,-9,16; D=-4;
MA   /I: I=-4; MD=-22;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-3,-21,-6,-1,-16,-14,-3,-12,10,-14,-6,4,-13,7,23,-2,-4,-11,-19,-9,1; D=-4;
MA   /I: I=-4; MD=-22;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-22,-14,-22,-17,2,-23,-17,16,-15,19,10,-20,-22,-16,-8,-15,-5,18,-18,-4,-17; D=-4;
MA   /I: I=-4; MD=-22;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-12,-16,-18,-11,-4,-14,-1,8,0,8,35,-12,-13,1,-2,-13,-7,4,-14,-1,-5; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
MA   /M: SY='A'; M=19,0,-16,-8,-5,-20,-4,-9,-17,1,-18,-13,7,-14,-3,5,8,0,-11,-26,-18,-5;
MA   /M: SY='A'; M=12,-9,-19,-14,-10,-12,-15,-15,1,-15,7,1,-8,-18,-6,-16,-6,-5,-1,-23,-11,-9;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,-1,-28,-3,11,-26,-21,0,-14,9,-13,-3,2,-14,25,11,-6,-9,-19,-23,-10,17;
MA   /M: SY='V'; M=3,-18,-15,-21,-16,-6,-22,-21,9,-13,6,3,-16,-21,-16,-14,-4,3,16,-27,-10,-16;
MA   /M: SY='A'; M=14,-14,-18,-20,-10,-5,-15,-16,-3,-10,-3,-2,-11,-16,-6,-13,-1,-3,-1,-18,-7,-8;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-8,-23,-14,-11,-5,-22,-11,4,-9,13,4,-1,-24,-9,-3,-15,-8,-3,-25,-7,-11;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-8,-30,-8,1,-18,-21,-1,-26,32,-21,-9,-2,-18,8,47,-11,-10,-19,-14,1,1;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-2,-27,-5,1,-21,-16,-1,-28,24,-23,-12,8,-18,8,50,-3,-6,-20,-24,-12,1;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /AUTHOR=N_Hulo;
CC   /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=DM;
CC   /VERSION=6;
PR   PRU00070;
DO   PDOC50809;
//