PROSITE entry PS50825

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HYR
Accession [info]	PS50825
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-SEP-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50825
Associated ProRule [info]	PRU00113

Name and characterization of the entry

Description [info]

HYR domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=84;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0909307; R2=0.0159950; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5017.2500000; R2=4.7500000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=464; H_SCORE=7221; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=276; H_SCORE=6328; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V';  M= -2,-19,-14,-21,-19, -8,-26,-24, 11, -5, -1,  3,-19,-23,-19, -8, -5,  7, 28,-28,-10,-19;
/M: SY='D';  M=-14, 35,-27, 48, 19,-35,-12, -1,-34,  0,-27,-24, 14, -9,  6, -8,  5, -3,-26,-37,-18, 13;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='M';  M= -5, -6,-15,-10, -6, -9,-15, -8,  0, -4, -2,  3, -3,-13, -1, -2, -1,  3,  0,-20, -7, -4; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='E';  M= -5,  0,-19,  2,  9,-15, -7, -7, -9, -6, -7, -5, -2, -9,  0, -8, -1, -4,-10,-21,-11,  4; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='P';  M= -5, -9,-32, -3,  2,-28,-16,-14,-19, -8,-25,-14,-11, 51, -2,-15, -3, -7,-24,-30,-24, -3;
/M: SY='P';  M=-11,-14,-38, -5,  0,-29,-21,-19,-17,-11,-26,-18,-16, 72,-10,-20,-10,-10,-25,-30,-27,-10;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='V';  M= -3,-13,-10,-15,-13, -3,-17,-14, 10, -8,  5,  7,-12,-14,-11, -8, -5,  5, 14,-17, -5,-12; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V';  M= -6,-22,-19,-25,-19,  8,-26,-20, 12,-15,  4,  4,-17,-23,-17,-14, -7, -3, 15,-20, -1,-18;
/M: SY='E';  M= -9, -1,-23, -3,  3,-14,-22,-10, -1, -9, -1,  1, -3,-15,  0,-10, -5,  1, -5,-28,-10,  1;
/M: SY='N';  M=-11,  1,-26, -1, -3,-15,-15,  3,-18,  3,-20,-11,  6,-19,  2,  6, -2, -6,-16,-10,  0, -2;
/M: SY='C';  M= -8,-18,108,-27,-27,-20,-27,-28,-29,-28,-21,-20,-17,-37,-27,-28, -5, -7,-10,-49,-29,-27;
/M: SY='P';  M= -9,-17,-36, -9,  0,-28,-18,-17,-21, -7,-29,-19,-16, 71, -7,-12, -5, -7,-27,-30,-27, -8;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='N';  M= -9,  8,-24,  8,  6,-25,  1,  6,-24,  0,-22,-13, 11, -2,  7, -3, -1, -9,-25,-24,-14,  6; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='N';  M= -4,  9,-17,  9,  4,-11, -7, -5,-18, -6,-21,-16, 12, -5, -3, -8, 12,  3,-16,-28,-13,  0; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='I';  M= -9,-22,-25,-27,-21,  1,-29,-16, 22,-18,  7,  8,-15,-21,-13,-15,-10, -5, 13,-16,  8,-21;
/M: SY='E';  M= -9, -8,-23, -6,  3, -6,-22,-15,-10, -7,-10,-10,-11, -7, -9, -8, -4,  1, -5,-15, -8, -3;
/M: SY='M';  M=  0,-16,-23,-19, -9,-17,-23,-15,  5, -3, -5,  6,-14, -8,  1, -8, -8, -7,  5,-23,-11, -5;
/M: SY='Q';  M= -9, -7,-28, -7,  2,-18,-15, -6,-12,  2,-16, -5, -4,  0,  3, -1, -5, -7,-14,-22, -7,  0;
/M: SY='V';  M=  2,-23,-16,-27,-22, -3,-26,-24, 18,-18, 11,  7,-21,-23,-20,-15, -9,  2, 25,-25, -8,-22;
/M: SY='E';  M= -7,  6,-26, 11, 20,-28, -6, -7,-26,  6,-22,-16,  1, -9,  7, -2,  2, -5,-20,-28,-18, 14;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-26,  1, 11,-18,-20,-10, -5, -8, -8, -8,  0, -6, -2,-11, -4, -6, -9,-30,-15,  3;
/M: SY='G';  M= -6,  4,-24,  1, -3,-23, 14, -7,-22, -6,-21,-11, 10,-17, -3, -4,  2, -8,-19,-28,-20, -4;
/M: SY='Q';  M= -6, -3,-23, -3,  2,-18, -9,-10,-16, -4,-12, -8, -3,-14,  5, -5,  1,  3,-13,-24,-11,  4;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='D';  M= -8,  3,-23,  5,  0,-21,  0, -7,-20,  0,-17,-12,  3,  0, -1, -1, -2, -8,-19,-23,-16, -1; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='S';  M=  0, -6,-15, -5,  1,-13, -1,-12,-11,-10, -7, -8, -4,-12, -5,-10,  6,  3, -7,-24,-13, -2; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='T';  M=  5, -9,-18,-14, -9,-12,-18, -6,-10,  0, -8, -5, -7,-16, -6, -1,  0,  8, -3,-21, -3, -9;
/M: SY='N';  M= -4,  0,-22, -4, -5,-19,-14, -3,-14, -3,-20,-12,  7,  2, -5, -3,  4,  5,-12,-31,-15, -7;
/M: SY='V';  M=  3,-28,-11,-30,-28, -2,-28,-29, 28,-20,  9,  9,-28,-28,-28,-21, -9, -1, 45,-29,-10,-28;
/M: SY='T';  M= -5, -4,-18, -9, -6,  1,-18,-11, -5,-11,-10, -8,  2,-17,-10,-11,  6, 10, -3,-23, -2, -8;
/M: SY='W';  M=-20,-35,-39,-38,-29, 33,-24,-23,-12,-22, -9,-12,-32,-30,-25,-19,-32,-22,-19, 96, 34,-23;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-11, 23,-24, 28, 10,-28,-14, -7,-26, -3,-22,-20, 11, -3,  1, -8,  6, 10,-20,-34,-17,  5;
/M: SY='E';  M= -9,  2,-26,  9, 31,-23,-21, -7,-17,  1,-14,-10, -6,  0,  6, -6, -2, -5,-15,-30,-17, 18;
/M: SY='P';  M= -9,-13,-35, -6,  0,-28,-19,-19,-20, -9,-27,-19,-15, 70, -9,-18, -5, -1,-26,-31,-27, -9;
/M: SY='T';  M= -3, -6,-17,-12, -7,-13,-20, -9,-11, -4, -7, -5, -4,-15, -2,  3,  6, 22, -4,-26, -8, -6;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F';  M= 15,-19,-13,-28,-20, 18,-16,-22, -1,-18,  0, -4,-16,-20,-23,-19, -3,  0,  8,-12, -1,-20;
/M: SY='S';  M= -5, -2,-20, -3, -1, -9,-17,-12,-10, -4,-12, -9,  0,-15, -6, -7,  5,  4, -6,-27,-10, -4;
/M: SY='D';  M=-15, 36,-28, 50, 12,-35, -3, -2,-34, -3,-26,-22, 15,-12, -2,-11,  1, -9,-26,-37,-19,  5;
/M: SY='N';  M=  1, 17,-18,  7, -3,-20, -6, -4,-14, -1,-22,-15, 25,-16, -4, -5,  9,  1,-14,-34,-18, -3;
/M: SY='S';  M=  8, -7,-14,-11, -8,-12,-11,-14, -4,-15, -8, -7,  1,-15, -7,-14, 15, 10, -2,-31,-14, -8;
/M: SY='G';  M=  1, -6,-26, -5,-13,-25, 38, -9,-30,-17,-21,-15,  0,-19,-14,-17,  0,-14,-23,-24,-21,-14;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='D';  M= -1, -1,-19,  1, -2,-19,-10,-13,-10, -2,-13, -8, -4,-13, -5, -7,  1,  0, -2,-26,-13, -4; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='T';  M=  7, -9,-17,-13, -5,-14,-17,-18, -4, -4, -8, -5, -7,-13, -7, -9,  5,  9,  1,-26,-12, -6;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-23,-10, -2,-14,-22,-10, -2, -3, -6, -3, -2,-18, -1,  4, -4, -1, -2,-27,-11, -3;
/M: SY='I';  M= -9,-25,-22,-27,-22,  3,-31,-12, 21,-17, 14, 11,-22,-26,-18,-16,-18, -8, 19,-17,  9,-22;
/M: SY='T';  M= -6,-10,-22,-11,  0, -9,-22,-15, -3, -3, -9, -4, -8,-15, -3, -6,  0,  1,  1,-24, -8, -1;
/M: SY='S';  M= -5, -4,-20, -3, -1,-12,-15, -7,-15, -9,-15,-12, -2, -2, -6, -8,  8,  6,-11,-30,-12, -4;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-16, -6, -2,-12,-12, -5,-10,  6, -9, -5, -1, -6,  2, 12, -2, -3, -7,-17, -8, -1; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='N';  M=  2,  7,-14,  1, -6,-16, 11, -7,-17, -7,-19,-14, 15,-12, -6, -8, 12,  5,-14,-25,-16, -6; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='H';  M= -6,-15,-23,-18,-12,  6,-20, 19, -9,-16, -2,  2, -9,-14,-10,-12, -9,-10,-10,-17, 10,-12;
/M: SY='R';  M= -9, -2,-24, -6,  3,-14,-19, -2,-19,  5,-17, -9,  2, -7,  6, 10,  0,  3,-17,-23, -8,  4;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-32, -4,  6,-28,-18,-12,-20, -5,-25,-16, -7, 46,  4,-11,  0, -1,-25,-30,-23,  2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-28, -9,-15,-29, 49,-19,-35,-17,-30,-20, -1, -6,-16,-19,  5,-13,-27,-24,-29,-16;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='D';  M= -2,  9,-20, 13, 10,-23,-10, -2,-20, -1,-19,-13,  4, -9, 12, -5,  9,  2,-17,-24, -9, 11; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='M';  M= -7,-10,-18,-16,-12,  4,-18, -3, -3,-15,  3,  7, -5,-20, -7,-11, -2,  3, -4,-23, -1, -9;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-21,-37,-27, 57,-30,-17,  7,-28, 16,  8,-21,-29,-32,-20,-21,-10,  3,  3, 25,-27;
/M: SY='P';  M= -8,-15,-30,-15, -7,-19,-20,-20, -6, -1,-13, -6,-12, 20, -8, -9, -9, -3,-10,-25,-15,-10;
/M: SY='V';  M= -8,-22,-23,-25,-18,  1,-28,-16, 12,-18,  1,  2,-19,-22,-18,-18,-12, -2, 14, -3,  1,-19;
/M: SY='G';  M= -1, -8,-30, -8,-13,-30, 59,-18,-39,-14,-29,-19,  0,-18,-16,-16, -1,-19,-29,-21,-28,-15;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-11,  9,-24, 13, 13,-12,-19, -8,-19, -5,-15,-14,  2,-11,  1, -9,  2,  2,-16,-26, -9,  7;
/M: SY='T';  M= -5, -5,-19, -8, -1, -9,-21,  8,-11, -8, -9, -3, -4,-14, -3, -8,  3, 13, -7,-21,  5, -3;
/M: SY='T';  M=  2,  2,-16,  2, -4,-17,-16,-15, -6, -9,-11,-10, -2,-16,-11,-13,  5,  7,  4,-32,-15, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-15,-33,-30,  0,-33,-30, 35,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 45,-27, -7,-30;
/M: SY='T';  M= -6, -9,-19,-13, -9,-11,-21,-17,-11,  1,-10, -8, -7,-16, -7,  4,  2, 18, -4,-13, -7, -8;
/M: SY='Y';  M=-13,-20,-27,-21,-20, 24,-28, 13,  1,-11,  0,  0,-20,-28,-11,-11,-17, -9, -5, 22, 66,-20;
/M: SY='T';  M= -3,-10,-17,-15, -9,-11,-25,-19,  5,-12, -3, -1, -9,-14, -7,-13,  4, 21,  9,-27, -9, -9;
/M: SY='A';  M= 38,-13,-12,-22,-13, -8,  0,-20,-10,-13, -8, -9,-11,-13,-14,-20,  6, -2, -2,-16,-14,-13;
/M: SY='T';  M= -6, -6,-16,-12, -5,  3,-21,-12,-11,-10, -9, -8, -4,-14, -6, -9,  9, 23, -7,-19,  2, -5;
/M: SY='D';  M=-18, 46,-28, 63, 17,-37,-11, -2,-37, -1,-28,-28, 18,-10, -1,-10,  2, -5,-27,-39,-19,  8;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-24,  0,  7,-20,-13, -6,-20,  2,-22,-15,  6,  4,  0, -1,  5,  1,-19,-27,-13,  2;
/M: SY='S';  M= 12,  4,-16,  1, -4,-12, -6, -9,-17, -9,-19,-15,  5,-14, -7,-13, 14,  3,-11,-25, -9, -5;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-28, -9,-18,-23, 51,-15,-33,-17,-26,-18,  3,-20,-17,-17,  1,-13,-26,-18,-20,-18;
/M: SY='N';  M=-10, 33,-21, 15,  0,-19, -3,  7,-19,  3,-26,-17, 50,-20,  0,  1,  6, -1,-27,-37,-18,  0;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-21,-11, -4, -9,-20, -9,-10, -1,-11, -6,  0,-16,  1,  9,  2,  8, -7,-24, -7, -2;
/M: SY='A';  M= 23, -5,-18,-10, -9,-20,  7,-15,-16, -9,-11,-11, -2,-15,-10,-11,  3, -5,-10,-23,-19,-10;
/M: SY='S';  M=  4, -1,-17, -4,  3,-20,-12,-10,-11, -6,-17,-11,  3,-11,  5, -8, 17, 12, -8,-31,-15,  4;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='C';  M= -9,-19,107,-28,-29,-21,-21,-29,-31,-29,-21,-20,-18,-38,-29,-29, -9,-11,-12,-47,-30,-29;
/M: SY='T';  M= -1,  5,-18,  1,  1,-19,-15, -5,-17,  1,-18,-12,  5,-12, -2, -3, 10, 14, -9,-30,-12, -1;
/M: SY='F';  M=-18,-30,-21,-39,-29, 65,-31,-21,  8,-30, 14,  4,-21,-29,-36,-21,-21,-10,  5,  4, 24,-29;
/M: SY='T';  M=-10, -1,-23, -5, -3,-10,-21,  0,-13,  2,-14, -6,  1,-15,  3, -1, -1,  5,-12,-20,  1,  0;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='T';  M= -1, -3,-18, -8, -6,-13,-16,-10,-13,  3,-16,-10,  2,-15, -4,  5,  7, 13, -6,-24, -5, -6;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-17,-32,-29,  3,-32,-26, 32,-22, 14, 12,-27,-28,-26,-22,-14, -4, 39,-23,  0,-29;
/M:         M= -4,-13,-24,-15, -8,-11,-15,-14,-10, -1,-11, -5,-10, -5, -5, -1, -5, -3, -7,-19, -7, -8;
/M: SY='A';  M=  7,  3,-22,  5,  4,-26, -5,-12,-20, -3,-20,-15, -2, -4, -2,-10,  5, -2,-13,-28,-19,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	38 in 14 different sequences
Number of true positive hits	38 in 14 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	15
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	HYR
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

14 sequences

HYAL_LYTVA  (O96530), HYAL_STRPU  (O76536), SRPX2_BOVIN (Q5EA25),

SRPX2_HUMAN (O60687), SRPX2_MOUSE (Q8R054), SRPX2_RAT   (B5DF94), 
SRPX2_XENLA (Q6GP28), SRPX_HUMAN  (P78539), SRPX_MOUSE  (Q9R0M3), 
SRPX_RAT(Q63769), SVEP1_DANRE (A0A1D5NSM8), SVEP1_HUMAN (Q4LDE5), 
SVEP1_MOUSE (A2AVA0), SVEP1_RAT   (P0C6B8)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment