Entry: PS50827

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] DDT
Accession [info] PS50827
Entry type [info] MATRIX
Date [info] SEP-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50827
Associated ProRule [info] PRU00063

Name and characterization of the entry

Description [info] DDT domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4578342; R2=0.0175576; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2268.04192; R2=28.14371; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=345; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8741; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=231; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8741; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M= -7,  2,-16,  0,  1,-17, -5, -8,-21, -8,-21,-13,  6, -2, -3,-10,  3, -2,-21,-29,-17, -1;
/M: SY='E'; M=  3,  3,-24,  5, 15,-20,-11, -1,-21, -4,-13,-12, -2,-11,  6, -9, -1, -9,-18,-24,-13, 10;
/M: SY='A'; M=  2, -4,-14, -5, -4,-18,-11, -9,-13,-13,-10,-10, -3, -4, -8,-15,  1, -2,-11,-30,-16, -7;
/M: SY='F'; M= -6,-21,-18,-27,-23, 24,-26,-21, 11,-22,  9,  6,-18,-24,-25,-19,-13, -4, 13,-13,  5,-23;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-25,-11, -7,-22, 24,-15,-22,-13,-15, -7, -6,-10,-10,-16, -1,-11,-17,-23,-22, -9;
/M: SY='D'; M=-18, 39,-28, 48, 14,-34,-10,  6,-35,  5,-29,-24, 24,-13,  2,  0,  0, -9,-29,-37,-17,  7;
/M: SY='L'; M=  6,-24, -9,-28,-21,  4,-23,-21, 11,-22, 17,  6,-24,-26,-21,-20,-13, -5, 16,-20, -3,-21;
/M: SY='L'; M= -3,-27,-19,-31,-22, 20,-27,-21, 14,-27, 30, 11,-25,-27,-24,-21,-21, -8, 10,-14,  3,-22;
/M: SY='M'; M= -4,-13,-19,-19, -8, -7,-20, -7,  4, -8,  2, 21,-13,-17,  3, -9, -6,  0,  3,-22, -5, -2;
/M: SY='V'; M=  1,-27,-17,-32,-27,  4,-28,-26, 27,-22, 11, 13,-23,-24,-23,-22,-12, -4, 31,-22, -5,-26;
/M: SY='Y'; M=-16,-24,-20,-26,-22, 18,-29, -1,  1,-16,  4,  1,-21,-29,-16,-11,-21,-12, -4, 15, 33,-21;
/M: SY='E'; M= -6,  7,-28, 13, 36,-31,-13, -1,-27,  6,-21,-16,  1, -5, 21,  2,  3, -8,-27,-28,-18, 28;
/M: SY='F'; M=-18,-29,-12,-39,-30, 65,-31,-22,  3,-29,  9,  1,-21,-30,-38,-21,-19, -9,  4,  2, 22,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-28,  0,-31,-22,  8,-29,-21, 13,-28, 34, 16,-27,-31,-22,-21,-25, -9,  9,-23, -3,-22;
/M: SY='H'; M= -9,  4,-23, -1,  0,-21,-13, 15,-20,  2,-22,-10, 14,-16,  9, 13,  7,  0,-19,-30, -8,  2;
/M: SY='S'; M=  7,  2,-15, -4, -5,-14, -1,-11,-18, -7,-22,-15, 11,-13, -6, -9, 19, 12,-12,-30,-16, -5;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-36,-28, 70,-30,-12,  0,-26,  8,  0,-20,-30,-34,-18,-20,-10, -2, 14, 40,-28;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-24, -7,-12,-26, 37, -9,-32,-13,-28,-17,  3,-16,-11,-13,  9, -6,-23,-26,-22,-12;
/M: SY='R'; M=-11,  3,-26,  5,  8,-21,-12, -2,-27, 11,-22,-13,  3,-13,  5, 13,  0, -2,-20,-25,-11,  6;
/M: SY='L'; M= -3,-15,-18,-16,-12, -4,-23,-17,  3,-12, 10,  4,-16,-21, -9,-12,-10,  0,  7,-23, -6,-10;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-32,-22, 13,-31,-21, 23,-30, 44, 19,-28,-29,-21,-21,-28,-10, 12,-18,  2,-22;
/M: SY='G'; M=-11, -2,-17,  1, -8,-16,  5, -6,-26,-10,-18,-14, -2,-15,-11, -6, -5,-11,-20,-24,-11,-11;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-23,-28,-17,  5,-30,-17, 19,-24, 32, 19,-23,-25,-10,-17,-23,-10,  8,-19,  0,-14;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-18,  3,  6,-17,-14, -7,-24,  0,-22,-18,  2,-15,  0, -1,  4,  0,-19,-11, -6,  3;
/M: SY='P'; M=-10,-13,-31, -8,  3,-22,-21, -1,-14, -4,-17,-10,-11, 26, -3, -6, -8, -9,-17,-28,-14, -3;
/M: SY='F'; M= -8,-26,-21,-32,-25, 40,-19,-21,  1,-25,  5, -1,-19,-20,-31,-21,-15, -9,  2, -4, 10,-25;
/M: SY='R'; M= -7,  1,-24, -1,  7,-23,-15, -7,-21,  5,-23,-14,  5,  4,  6,  8,  6,  6,-20,-29,-17,  5;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='F'; M= -9,-29,-20,-34,-24, 32,-29,-21, 13,-29, 29, 11,-24,-28,-26,-21,-23, -9,  7, -9,  9,-24;
/M: SY='E'; M=-11,  9,-27, 14, 18,-24,-13, -3,-24,  8,-21,-15,  4,-12,  7,  4, -1, -8,-20,-26,-11, 12;
/M: SY='D'; M=-10, 18,-25, 25, 18,-29,-14,  3,-24, -1,-22,-16,  9,-11,  9, -5,  4, -5,-19,-34,-15, 13;
/M: SY='F'; M=-15,-29,-21,-35,-25, 40,-29,-18, 13,-27, 26, 17,-23,-28,-26,-19,-23,-10,  7, -6, 14,-24;
/M: SY='M'; M= -9,-16,  1,-20,-10,-11,-28,-11,  3,-16,  4,  6,-15,-22, -6,-15,-11, -5,  3,-28, -9, -9;
/M: SY='E'; M=  2,  3,-22,  3, 14,-23,-10, -8,-19, -1,-17,-14,  2, -9,  4, -3,  6,  2,-16,-28,-17,  9;
/M: SY='A'; M= 31,-10,-16,-17,-12,-19, 10,-20,-17,-12,-16,-13, -8,-13,-12,-19,  8, -1, -8,-12,-18,-12;
/M: SY='L'; M=-11,-28,-21,-30,-20,  9,-30,-20, 19,-24, 37, 16,-26,-28,-19,-14,-26, -9, 12,-19,  0,-20;
/M: SY='T'; M= -4, -9,-13,-11, -9,-13,-20, -9, -8,  0, -9, -2, -8,-18, -7, -2, -3,  1, -1,-25, -6, -9;
/M: SY='C'; M=  1, -5, 21,-10,-12,-18, -6,-11,-25,-12,-22,-16, -2,-22,-13,-14,  3, -5,-14,-33,-18,-12;
/M: SY='N'; M=-11,  9,-24,  7,  6,-21,-15,  6,-21,  5,-19, -9, 11,-15,  8,  9,  1,  0,-20,-27, -7,  6;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -6, 17,-24, 20, 11,-29,  1, -3,-28, -3,-28,-21, 16, -6,  4, -7, 10, -3,-25,-34,-21,  7;
/M: SY='P'; M= -7,  2,-28,  2,  1,-27, -8, -1,-18, -6,-24,-13,  7, 10,  7, -8,  3, -5,-23,-31,-18,  2;
/M: SY='Y'; M=  1, -8,-13,-12, -6, -2,-16, -7, -9,-10, -6, -7, -5,-20, -9, -9, -1, -3, -7,-18,  2, -8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='S'; M=  0, -6,-11, -5, -2,-19,  0,-13,-16,-11,-14, -9, -5, -9, -7,-14,  4, -2,-11,-29,-18, -5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M= -6,-17,-23,-17, -5, -6,-24,-13,  2,-16, 11,  2,-17, -7, -7,-15,-11, -3, -4,-21, -3, -7;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-20,-26,-16,  9,-28,-18, 13,-18, 24, 15,-22,-24,-16,-14,-19, -6,  9,-19,  0,-16;
/M: SY='B'; M=  1,  5,-14,  4, -1,-23, -3, -9,-21, -6,-16,-11,  3,-15, -3, -7,  3, -2,-15,-29,-18, -2;
/M: SY='E'; M= -9, 15,-28, 23, 34,-32,-16,  0,-29,  7,-22,-18,  5, -6, 17,  3,  2, -8,-27,-30,-18, 25;
/M: SY='I'; M= -7,-28,-19,-31,-25,  5,-30,-20, 27,-23, 25, 21,-26,-27,-20,-20,-20, -7, 25,-20,  2,-24;
/M: SY='H'; M=-12,-17,-23,-18,-14, -5,-26, 24,  3,-20, 12,  9,-12,-24, -9,-13,-16,-10,  1,-26,  6,-14;
/M: SY='V'; M= -4,-23,-19,-26,-20,  0,-26,-20, 14,-12,  9,  9,-19,-24,-17, -8,-12, -5, 19,-23, -5,-19;
/M: SY='V'; M=  2,-16,-17,-19,-13, -9,-21,-18,  4, -8, -5,  0,-13,-20, -7, -8,  0,  1, 13,-25,-10,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-20,-19,-24,-19,  9,-26,-16, 14,-24, 33, 15,-17,-28,-18,-17,-23, -8,  7,-22, -2,-18;
/M: SY='L'; M=-11,-28,-20,-31,-21, 16,-30,-21, 18,-29, 40, 16,-27,-28,-22,-20,-25, -7, 10,-17,  3,-21;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-26, -8,  0,-21,-13,  0,-23, 13,-17, -8, -1,-16, 10, 28, -2, -1,-17,-23,-10,  2;
/M: SY='T'; M=  6,-10,-17,-17,-13, -7,-18,-18,  0, -9, -2, -2, -7,-17,-12,-11,  0,  8,  4,-24, -9,-13;
/M: SY='L'; M= -2,-21,-11,-25,-18, -5,-26,-20, 11,-18, 13,  7,-18,-22,-12,-14,-11, -1, 10,-24, -8,-16;
/M: SY='L'; M=-11,-22,-22,-25,-18, 10,-28,-16,  8,-15, 17,  7,-18,-24,-16, -6,-16, -2,  5,-15,  5,-18;
/M: SY='E'; M=-11,  9,-19, 10, 12,-29,-11,  2,-29, 11,-25,-15,  9,-13, 11,  9,  0, -8,-25,-30,-15, 11;
/M: SY='D'; M= -5,  7,-23, 11,  6,-18,-15,  2,-19, -5,-14,-12,  2,-13, -2, -8,  1, -3,-14,-29, -9,  1;
/M: SY='E'; M= -8, -8,-27, -6,  6,-19,-23,-12, -7, -1, -6, -5,-10, -5,  1,  1, -9, -8, -7,-25,-13,  2;
/M: SY='D'; M= -6,  4,-29,  8,  6,-29,  8, -4,-27, -1,-22,-14,  2,-13,  1, -6, -3,-13,-23,-25,-17,  3;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-25, 14, 28,-22,-16, -3,-24,  3,-17,-14,  1, -7, 10, -2,  2, -4,-21,-28,-15, 19;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 17 in 17 different sequences
Number of true positive hits 17 in 17 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 94.44 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] DDT
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
17 sequences

BAZ1A_HUMAN (Q9NRL2), BAZ1A_MOUSE (O88379), BAZ1B_DANRE (A2BIL7), 
BAZ1B_HUMAN (Q9UIG0), BAZ1B_MOUSE (Q9Z277), BAZ1B_XENLA (A8DZJ1), 
BAZ2A_HUMAN (Q9UIF9), BAZ2A_MOUSE (Q91YE5), BAZ2A_XENLA (B7ZS37), 
BAZ2B_CHICK (Q9DE13), BAZ2B_HUMAN (Q9UIF8), BPTF_HUMAN  (Q12830), 
ITC1_YEAST  (P53125), NU301_CAEEL (Q6BER5), NU301_DROME (Q9W0T1), 
Y2237_DICDI (Q54ST3), YP216_YEAST (Q08964)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

RSF1_HUMAN  (Q96T23)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission