Entry: PS50845

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RETICULON
Accession [info] PS50845
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50845
Associated ProRule [info] PRU00170

Name and characterization of the entry

Description [info] Reticulon domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=193;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=188;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.5152; R2=0.01496322; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7459.73095; R2=52.27476; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=634; N_SCORE=10.0; H_SCORE=37100; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=399; N_SCORE=6.5; H_SCORE=28370; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -3,-21,-20,-20,-17,-12,-25,-25,  7,-15, -7, -3,-21, 12,-20,-18, -5,  6, 15,-30,-16,-20;
/M: SY='A'; M= 17,-10,-19,-15, -6,-17,-12,  3,-12, -2, -6, -3, -8,-15, -5, -8, -4, -7, -7,-22, -8, -6;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-13,-30,-27,  3,-30,-27, 27,-23, 23, 13,-30,-30,-27,-20,-17, -3, 37,-27, -7,-27;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-22,-35,-27, 15,-33,-25, 29,-28, 27, 15,-25,-27,-25,-23,-22, -8, 22,-17,  3,-27;
/M: SY='Y'; M=-13,-21,-21,-25,-20, 25,-28, -7,  5,-20, 16,  5,-20,-26,-18,-15,-16,  1,  0,  0, 29,-20;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10,  0,-18, 10, 64,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='D'; M=-18, 37,-28, 47, 13,-33,-10,  2,-35,  5,-28,-25, 24,-14,  2,  6,  0, -8,-28,-36,-18,  6;
/M: SY='K'; M=  3,-10,-22,-12, -5,-20,-18,-18,-11,  8,-17, -8,-10,  5, -7, -2, -2,  3, -3,-25,-15, -7;
/M: SY='K'; M=-10, -7,-26, -7,  1,-23,-22,-12,-19, 34,-21, -6, -5,-15,  3, 27,-10, -8, -7,-22,-10,  1;
/M: SY='K'; M=  2,-12,-22,-17, -8,-14,-21,-18, -2,  4, -3,  0,-10,-15, -7, -3, -6,  1,  0,-22, -9, -8;
/M: SY='S'; M=  8,  0,-10, -2, -2,-18, -3,-12,-18,-10,-27,-18,  8,-10, -2,-10, 37, 25, -8,-38,-18, -2;
/M: SY='G'; M= 10, -8,-23,-10,-15,-27, 46,-18,-32,-17,-27,-18,  0,-17,-15,-18,  9,-10,-22,-24,-27,-15;
/M: SY='V'; M=  2,-22,-17,-27,-20,  9,-22,-21, 12,-22,  9,  3,-17,-22,-20,-20, -5, -2, 13,-20, -3,-20;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-30,  0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30;
/M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-35,-25, 46,-30,-20, 10,-30, 29, 10,-25,-30,-30,-20,-25,-10,  5, -5, 15,-25;
/M: SY='G'; M= 12, -5,-16, -8,-10,-22, 19,-17,-23,-13,-23,-17,  2,-13,-10,-15, 19,  9,-13,-28,-22,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='T'; M= -2,-12,-17,-15,-13, -8, -5,-18, -6,-18,  4, -3, -8,-18,-13,-15,  3, 13, -3,-27,-12,-13;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 23,-10,-12,-18,-12,-12,-12,-20, -5,-13,  0, -5,-10,-13,-12,-16,  7, 16,  2,-24,-13,-12;
/M: SY='M'; M= -8,-21,-20,-28,-20,  2,-26,-15, 19,-20, 25, 28,-20,-22,-11,-16,-16,  1, 11,-22, -2,-16;
/M: SY='W'; M= -1,-30,-28,-33,-25,  1,-23,-27,  8,-22,  5,  0,-28,-25,-20,-22,-21,-13,  5, 34,  5,-22;
/M: SY='V'; M=  7,-20,-15,-25,-20, -7,-20,-20, 17,-17,  3, 12,-16,-20,-15,-18, -2,  0, 21,-26,-10,-18;
/M: SY='L'; M=-12,-32,-27,-34,-24,  8,-30,-24, 18,-28, 32, 13,-30,-28,-20,-22,-30,-14,  6, 10,  5,-22;
/M: SY='F'; M=-13,-30,-18,-35,-27, 42,-30,-22, 12,-28, 23,  8,-25,-30,-32,-20,-22, -8, 12, -7, 13,-27;
/M: SY='V'; M= -5,-17,  6,-19,-12,  3,-23,-20, -2,-17, -6, -6,-15,-24,-19,-17, -2, -1,  9,-28, -9,-15;
/M: SY='L'; M=-14,-30,-20,-34,-24, 35,-30,-20, 13,-30, 36, 13,-26,-30,-27,-20,-26,-10,  6, -9, 11,-24;
/M: SY='A'; M= 22,-13,-15,-16, -2,-14,-13,-18, -3,-11,  1, -4,-14,-14, -9,-16, -1, -3,  3,-23,-15, -6;
/M: SY='E'; M= -3, -6,-30, -4, 14,-19,-17,  6,-25,  4,-20,-13, -7,-12,  4, -2, -9,-13,-23,  6, -3,  9;
/M: SY='Y'; M=-18,-25,-25,-28,-23, 43,-30, -1,  4,-20, 12,  4,-22,-30,-22,-15,-22,-10, -3, 14, 49,-23;
/M: SY='S'; M= -5,  6,-21,  9,  2,-23,-12,  4,-23, -8,-25,-17,  5,  5, -2,-10, 14,  9,-18,-35,-14, -2;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-30,-23, 10,-32,-16, 23,-25, 29, 15,-27,-28,-20,-20,-23, -8, 17,-13, 13,-23;
/M: SY='L'; M= -8,-19,-20,-23,-18, -2,-28, -2, 12,-21, 15,  9,-16,-23,-14,-16,-12,  1, 11,-25,  0,-18;
/M: SY='T'; M=  1, -5,-12,-11, -9,  1,-12,-15,-13,-14,-16,-13,  1,-14,-11,-12, 22, 25, -5,-28, -8, -9;
/M: SY='V'; M= -7,-30,-15,-32,-27, 18,-30,-25, 21,-25, 23, 11,-28,-30,-29,-20,-18, -5, 28,-20,  0,-27;
/M: SY='V'; M=  7,-21,-11,-25,-22, -4,-23,-25, 15,-18,  9,  5,-21,-23,-22,-18, -4,  8, 27,-27,-10,-22;
/M: SY='S'; M=  8,-10,  5,-16,-13,-15,-15,-20, -6,-16,-13,-10, -5,-16,-11,-18, 14, 12,  0,-33,-16,-13;
/M: SY='H'; M=-16,-14,-26,-14,-12,  0,-25, 32, -9, -5, -8,  0, -9,-25, -4,  6,-13,-11, -7, -8, 29,-12;
/M: SY='I'; M= -3,-20,-20,-23,-16, -3,-23,-20, 16,-23, 13,  6,-13,-20,-13,-20, -3,  0, 10,-27, -7,-16;
/M: SY='V'; M=  3,-22,-17,-28,-21, 10,-23,-22, 13,-22,  9,  4,-17,-22,-21,-20, -6, -2, 14,-19, -3,-21;
/M: SY='L'; M=  4,-21,-18,-24,-16, -2,-21,-20, 12,-23, 20,  7,-18,-21,-15,-20, -9, -3,  7,-24, -7,-16;
/M: SY='L'; M=  0,-27,-20,-30,-20,  3,-27,-22, 20,-27, 34, 15,-25,-25,-18,-22,-21, -8, 12,-20, -3,-20;
/M: SY='L'; M= 10,-24,-15,-27,-19, -1,-21,-22, 13,-22, 24,  9,-24,-24,-19,-20,-14, -5, 14,-22, -8,-19;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='G'; M= -2,-13, -2,-17,-20,-21, 22,-22,-19,-22,-19,-13, -5,-22,-18,-22,  2,-10,-12,-28,-23,-20;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='A'; M= 15,-14,-14,-19,-15,-12,  3,-15, -1,-12, -3,  6,-12,-15,-12,-15, -2, -5,  6,-19,-13,-14; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='T'; M=  8, -9,-12,-14,-14,-12,  1,-19, -7,-12, -9, -7, -7,-14,-14,-14,  7, 13,  4,-22,-14,-14; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='I'; M= 14,-19,-15,-26,-19, -7,-19,-22, 19,-17,  5,  5,-15,-15,-15,-20, -5, -3, 19,-19, -9,-19; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='G'; M= 11, -5,-20, -7, -4,-27, 18,-11,-24, -9,-25,-15,  2,-13,  3,-11, 15, -1,-18,-27,-21, -1;
/M: SY='F'; M= -4,-26,-18,-33,-23, 41,-25,-20,  4,-26, 19,  4,-21,-26,-28,-20,-18, -8,  3, -5, 12,-23;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='R'; M= -4,-11,-20,-14, -6, -2,-14, -6,-17,  9,-10, -7, -5,-16, -3, 28, -6, -6,-10,-12, -4, -6; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-32,-29,  1,-32,-29, 32,-23, 17, 13,-28,-28,-27,-22,-15, -3, 41,-27, -7,-29;
/M: SY='W'; M=-16,-24,-31,-28,-23, 24,-25,-10, -8,-16, -7, -8,-23,-26,-18,-15,-19, -6,-13, 55, 40,-20;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-24, -2,  5,-25,-14, -8,-27, 27,-28,-13,  3,-12,  7, 24,  6,  0,-17,-26,-13,  5;
/M: SY='N'; M= -8, 11,-23,  5,  3,-23,-10, -2,-25, 20,-28,-15, 21,-15,  5, 21,  5, -2,-22,-30,-15,  3;
/M: SY='V'; M=  4,-22,-12,-27,-24, 10,-24,-25, 12,-19,  4,  2,-20,-24,-25,-18, -4,  7, 25,-21, -4,-24;
/M: SY='I'; M= -8,-14,-25,-16, -4,-10,-25, -1,  8,-17,  4,  3, -9,-17, -6,-16, -6, -6,  1,-27, -4, -7;
/M: SY='Q'; M=  7, -7,-17,-10, -2,-22,-15,-10, -8, -5,-13, -5, -5,-14, 12, -7, 10,  7, -3,-27,-13,  5;
/M: SY='A'; M= 23, -9,-15,-16, -7,-17,-11,-15, -7,-10, -3, -4, -9,-13,  0,-13,  4,  6, -3,-22,-14, -3;
/M: SY='V'; M= -3,-25,-18,-28,-23, -2,-28,-25, 25,-23, 13,  9,-20,-23,-20,-21, -8, -1, 26,-27, -7,-23;
/M: SY='H'; M= -8,  2,-27,  1,  5,-27,-14, 12,-23,  5,-27,-12,  8,  5, 12,  1,  4, -5,-25,-30,-12,  7;
/M: SY='K'; M=-10, -2,-30,  0, 12,-28, -4, -8,-32, 27,-27,-14,  0,-12,  6, 22, -6,-12,-24,-22,-15,  8;
/M: SY='S'; M=  0,  7,-17,  8, -3,-22,  3,-13,-24,-10,-24,-19,  7,-12, -6,-12, 20, 17,-14,-34,-19, -4;
/M: SY='D'; M= -9,  9,-25, 19, 11,-26,-16,-10,-19, -5,-21,-18, -1,  6, -4,-12,  2, -4,-13,-35,-20,  3;
/M: SY='S'; M=  0, -3,-21, -1,  5,-23,  1,-13,-23, -8,-25,-18,  1,  5, -3,-11, 16,  9,-18,-32,-21,  0;
/M: SY='A'; M= 12, -4,-23, -5,  7,-28,  2,-11,-23,  5,-20,-12, -3,-10,  7, -3,  2, -8,-18,-22,-18,  7;
/M: SY='H'; M= -8, -3,-21, -8,-10,-14,-18, 24, -4,-13,-12, -2,  7,-20, -5,-10,  1, -5, -3,-32, -2,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-36,-14, -4,-25,-20,-16,-13,-10,-21, -6,-20, 70, -8,-18,-12,-10,-23,-28,-25,-10;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='F'; M=-14, -6,-15, -7,-11, 32,-17,-10, -7,-15,  0, -5, -6,-17,-20,-12,-10, -7, -5, -2, 11,-13; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='R'; M= -5, -2,-17, -2,  5,-18,-10, -2,-17, 14,-17, -7,  2, -9, 13, 18,  3, -2,-14,-17, -8,  8; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='A'; M= 24, -4,-10, -7,  5,-15, -3,-10,-10, -4, -8, -8, -5, -5, -2,-10,  5, -2, -5,-15,-14,  1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-12;
/M: SY='Y'; M=-12,-15,-20,-17,-15, 15,-22,  5,  8,-10,  3,  3,-14,-19, -8,-10,-14, -7,  0, 12, 41,-15; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='D'; M=-15, 24,-25, 36, 19,-28,-11,  0,-30,  7,-21,-20, 10, -9,  5,  8, -2, -8,-23,-28,-15, 11; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='I'; M= -6,-25,-18,-28,-21,  3,-28,-21, 28,-23, 24, 15,-21,-21,-18,-20,-18, -6, 22,-18, -2,-21; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='T'; M= -5,  2,-15, -1,  6,-13,-16,  4,-15, -5,-11, -9,  1, -8,  0, -5,  8, 20,-10,-25, -6,  2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-15,-25,-18,  7,-25,-18, 18,-23, 35, 15,-25,-25,-18,-16,-22, -7, 14,-18, -1,-18; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='P'; M= -3,-10,-23, -6, -2,-20,-13,-15,-15, -8,-21,-15, -8, 40, -6,-13,  5,  7,-16,-26,-20, -6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-21,  5, 23,-23,-13,  0,-21,  8,-18,-12,  2, -7, 18, 11,  5, -3,-20,-23,-13, 19; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='E'; M= -8,  8,-25, 16, 49,-25,-16,  0,-25,  8,-16,-16,  0,  0, 16,  0,  0, -8,-25,-25,-16, 33; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='A'; M= 11, -9,-16,-12, -2,-16,-12,-10, -8,  1, -2, -1, -9,-12,  5, -3, -4, -5, -6,-16,-10,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='F'; M=-10,-20,-13,-26,-21, 38,-23,-18,  3,-20,  5,  0,-15,-21,-26,-15, -8,  3,  8, -5, 12,-21; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='H'; M=-10, -8,-20, -6,  1,-10,-20, 25, -7,-10, -1,  1, -6,-16, -2, -6, -9,-10, -4,-23,  2, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='N'; M=  1,  7,-15, -2, -6,-14, -8, -4, -9,  0,-14, -9, 15,-16, -4,  5,  2, -2, -7,-25,-13, -6; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='I'; M= -8,-18,-20,-20,-13,  0,-25, -8, 13,-13, 10,  8,-16,-20, -3,-12,-13, -7,  8, -9, 11,-10; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='A'; M= 24, -8,-10,-15, -8,-13, -3,-11, -5, -8, -6,  2, -7,-10, -5,-13,  8,  2,  0,-20,-13, -7; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-12;
/M: SY='D'; M= -9, 11,-22, 13,  9,-21,-14, 11,-18, -5,-19,-13, 11,-15,  0, -7,  4, -4,-13,-35,-12,  3;
/M: SY='A'; M= 19, -8,-13,-12, -5,-20, -8,-14, -8, -8,-15, -8, -5,-13,  1,-12, 15,  5,  0,-28,-17, -2;
/M: SY='V'; M=  2,-27,-16,-32,-25, 11,-26,-25, 20,-23, 14,  8,-23,-25,-25,-22,-13, -5, 24,-19, -2,-25;
/M: SY='R'; M= -8,-13,-22,-17,-14,-13, -5,-12,-10,  0, -8,  4, -8,-20, -7, 13, -5,  0, -2,-23,-12,-12;
/M: SY='T'; M= -3, -1,-20, -3,  3,-18,-16,-13,-11, -7,-18,-13,  1,  5, -6,-10,  8,  9, -8,-33,-18, -2;
/M: SY='H'; M=-15, -4, -3, -4,  7,-25,-22, 30,-28, -1,-20, -8,  0,-19, 13,  8, -7,-13,-25,-30, -5,  8;
/M: SY='V'; M=  5,-27,-15,-30,-25, -2,-27,-27, 26,-22, 14, 10,-25,-25,-24,-22,-11, -3, 33,-25, -8,-25;
/M: SY='N'; M= -5, 15,-15,  2, -8,-13,-12, -7, -9, -7,-17,-12, 25,-18, -8, -7, 10, 17, -7,-35,-15, -8;
/M: SY='K'; M= -8, -5, -3, -7,  2,-26,-18, -9,-27, 18,-25,-12, -2,-17,  9, 18,  0, -5,-18,-28,-15,  5;
/M: SY='F'; M= 15,-20,-17,-30,-20, 19,-17,-22,  3,-20,  2, -2,-15,-19,-22,-22, -6, -5,  5, -9,  1,-20;
/M: SY='L'; M= 10,-24,-15,-28,-20,  9,-20,-22,  9,-22, 18,  6,-22,-24,-21,-20,-12, -5, 13,-17, -4,-20;
/M: SY='B'; M= -5, 11,-19, 10, -1,-21,-13, -9,-17,  2,-21,-14, 11,-14, -4, -3,  9,  8, -8,-33,-15, -2;
/M: SY='L'; M=-12,-19,  1,-24,-14,  1,-28,-17, -3,-11,  2,  1,-15,-24, -8,-10,-15,-10, -4,-20, -3,-10;
/M: SY='L'; M= -8,-25,-20,-28,-20,  5,-30,-22, 20,-26, 34, 15,-23,-25,-18,-20,-19,  1, 12,-22, -2,-20;
/M: SY='R'; M=-13,-14,-30,-17, -5,-18,-27,-10,  0,  8, -7,  2, -7,-17,  8, 17,-12,-10, -4,-20, -6, -2;
/M: SY='R'; M= -9,  7,-24, 11,  5,-25,-12, 11,-29,  8,-27,-15,  8,-13,  5, 12,  8, -2,-20,-32,-10,  3;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-33,-25, 18,-31,-23, 23,-28, 32, 15,-27,-29,-25,-21,-23, -8, 18,-17,  3,-25;
/M: SY='F'; M=  1,-22,-15,-27,-20, 22,-20,-20,  3,-22,  7,  0,-17,-24,-23,-18, -5, -2,  8,-15,  2,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-23,  7,-28,-22, 12,-28,-22,  2,-26, 20,  4,-21,-28,-23,-20,-16,  1,  3,-22, -2,-22;
/M: SY='V'; M= -5,-22,-24,-20,-12, -8,-12,-23,  0,-15, -7, -5,-22,-23,-18,-16,-12,-10, 10,  4, -7,-14;
/M: SY='R'; M=-15,  0,-30,  5, 30,-25,-20,  0,-30, 20,-20,-15,  0,-10, 15, 35, -5,-10,-25,-25,-15, 20;
/M: SY='D'; M=-13, 40,-25, 50, 13,-33, -7,  0,-33, -2,-30,-27, 26,-12,  0, -8,  8, -3,-27,-40,-20,  7;
/M: SY='L'; M=-12,-27,-25,-25,-17,  7,-28,-13, 10,-23, 28, 10,-27,-11,-17,-18,-25,-10,  0,-13, 10,-18;
/M: SY='V'; M=  4,-17,-18,-18,-12,-12,-21,-20,  2,  3,  0,  2,-17,-20,-12, -4,-10, -5, 12,-23,-10,-12;
/M: SY='D'; M= -4, 17,-26, 23, 16,-30,-13, 13,-30,  5,-23,-17,  7,-10,  5, -3, -1,-10,-23,-30,-11,  9;
/M: SY='S'; M=  0,-10,-13,-13,-10, 12,-10,-13,-14,-16,-17,-14,  0,-16,-13,-13, 21, 10, -7,-24, -4,-10;
/M: SY='L'; M=  3,-26,-18,-30,-22,  1,-26,-23, 21,-25, 27, 13,-25,-25,-20,-22,-18, -6, 19,-22, -5,-22;
/M: SY='K'; M=-10, -8,-27,-10,  0,-18,-22,-10,-14, 27, -8,  5, -8,-15,  3, 15,-15,-10,-10,-20, -7,  2;
/M: SY='F'; M= -1,-26,-17,-32,-23, 27,-25,-21,  9,-25, 20,  6,-23,-26,-26,-20,-17, -7, 11,-11,  5,-23;
/M: SY='A'; M= 11,-20,-19,-27,-22,  3, -6,-23,  3,-20, -1, -2,-15,-20,-22,-22, -5, -7,  8,-16, -8,-22;
/M: SY='V'; M= -5,-28,-15,-30,-25,  3,-28,-21, 25,-21, 25, 22,-28,-28,-21,-18,-18, -5, 30,-25, -5,-23;
/M: SY='F'; M= -5,-18,-20,-22,-22,  4,  4,-22, -7,-22,  0, -3,-13,-23,-23,-18, -6, -1,  0,-18, -8,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-18,-28,-20, 16,-26,-17, 11,-23, 28, 18,-21,-25,-18,-16,-18,  1,  7,-17,  3,-18;
/M: SY='W'; M=-18,-35,-41,-35,-27, 13,-23,-20,-10,-20, -4,-10,-35,-30,-18,-18,-35,-23,-20,100, 33,-20;
/M: SY='I'; M=  6,-22,-18,-26,-20, -5,-23,-23, 19,-21, 10,  6,-17,-20,-17,-21, -5, -2, 18,-25, -9,-20;
/M: SY='M'; M=  1,-23,-20,-30,-20,  0,-23,-14, 19,-19, 24, 29,-21,-21,-11,-18,-18, -8, 11,-20, -4,-16;
/M: SY='T'; M= 19, -4,-10,-12, -9,-15,-10,-19,-11,-10,-13,-11, -2,-10, -9,-14, 19, 28, -1,-28,-15, -9;
/M: SY='F'; M=-14,-27,-20,-30,-27, 37,-30,-10, 10,-20,  7,  3,-23,-30,-27,-17,-17, -7, 13,  4, 34,-27;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-19,-33,-28,  2,-33,-28, 35,-25, 21, 15,-27,-27,-25,-23,-17, -5, 36,-25, -5,-28;
/M: SY='G'; M=  8,-10,-27,-12,-18,-28, 59,-20,-35,-18,-27,-18, -2,-18,-18,-20,  2,-17,-25,-20,-28,-18;
/M: SY='N'; M= 15,  8,-17, -2, -7,-22, 13, -9,-20, -9,-23,-17, 18,-15, -7,-12, 13,  0,-17,-30,-22, -7;
/M: SY='W'; M=-15,-37,-40,-38,-30,  7,-25,-30,  0,-22, -8, -8,-35,-28,-22,-22,-32,-22, -6, 91, 18,-23;
/M: SY='F'; M=-16,-26,  5,-36,-28, 48,-28,-18, -2,-26,  6,  7,-20,-30,-31,-20,-18,-10,  0, -6, 14,-26;
/M: SY='N'; M= -3, 26,-17, 13,  0,-20,  0,  3,-20, -3,-30,-20, 43,-17,  0, -3, 20,  7,-23,-40,-20,  0;
/M: SY='G'; M=-10, -6,-27, -5,-16,  4, 23,-16,-27,-20,-17,-15, -3,-21,-23,-18, -6,-15,-20,-14, -9,-18;
/M: SY='L'; M=-10,-25,-20,-30,-22, 16,-30,-22, 17,-26, 28, 11,-21,-25,-21,-20,-18,  1, 10,-17,  3,-22;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 43, 18,-30,-30,-22,-20,-26, -8, 17,-22, -2,-22;
/M: SY='L'; M=  1,-25,-19,-30,-22,  0,-25,-20, 22,-22, 24, 21,-23,-23,-16,-20,-17, -7, 18,-21, -5,-20;
/M: SY='I'; M=-13,-27,-28,-32,-25, 12,-35,-12, 28,-24, 19, 14,-22,-25,-17,-22,-22,-10, 13, -4, 26,-25;
/M: SY='L'; M= -8,-30,-21,-33,-25,  5,-33,-25, 32,-28, 33, 18,-27,-27,-22,-23,-23, -8, 24,-22, -2,-25;
/M: SY='G'; M=  5,-15, -5,-20,-22,-21, 24,-23,-17,-22,-16,-11, -8,-21,-20,-23, -3,-13,-11,-24,-23,-22;
/M: SY='F'; M=-12,-23,-20,-25,-11, 24,-28,-18,  6,-21, 18,  5,-22,-25,-21,-17,-18, -8,  6,-14,  5,-14;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-27,  3,-33,-27, 33,-27, 27, 17,-27,-27,-23,-23,-20, -7, 30,-23, -3,-27;
/M: SY='G'; M= -1,-18,-21,-20,-20,-12,  6,-21,  0,-21, -2, -2,-12,-22,-18,-20, -3, -6,  4,-25,-15,-20;
/M: SY='L'; M= 13,-23,-17,-28,-20, -4,-21,-23, 16,-21, 17,  8,-21,-21,-18,-22,-11, -5, 16,-22, -9,-20;
/M: SY='F'; M=-20,-20,-23,-27,-20, 48,-27, 19,-10,-24,  0,  0,-10,-27,-24,-14,-17,-13,-10, -3, 27,-20;
/M: SY='T'; M=  3,  0,-10, -7, -7,-13,-13,-17,-13,-10,-17,-13,  3,-10, -7,-10, 27, 40, -3,-33,-13, -7;
/M: SY='V'; M=  6,-26,-15,-30,-25, -2,-26,-26, 24,-22, 15, 10,-25,-25,-23,-22,-12, -3, 31,-25, -8,-25;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V'; M= -6,-24,-20,-27,-20, -3,-29,-21, 21,-11, 13, 17,-22,-24,-16,-12,-16, -6, 23,-24, -5,-19;
/M: SY='L'; M=  4,-26,-15,-28,-22,  1,-25,-23, 18,-23, 26, 11,-26,-26,-22,-20,-16, -5, 22,-23, -7,-22;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='E'; M=-12,  7,-30, 15, 50,-28,-20,  0,-30, 13,-20,-18,  0, -3, 18, 11, -2,-10,-28,-28,-18, 34;
/M: SY='K'; M= -7,  0,-27,  0, 10,-30,-17, -7,-27, 34,-28,-10,  2,-10, 16, 20,  0, -5,-20,-23,-12, 13;
/M: SY='H'; M=-17, -1,-28, -4, -5, -4,-20, 37,-18,  2,-16, -5,  6,-22,  1,  2,-10,-11,-21, -9, 29, -5;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-30,  6, 31,-35,-20,  3,-25, 17,-22, -8,  0, -7, 38, 10, -2,-10,-28,-23,-13, 35;
/M: SY='D'; M= -2, 23,-22, 25, 13,-26,-10, -5,-25, -2,-22,-20, 16,-10,  0, -8,  7,  4,-20,-33,-18,  6;
/M: SY='Q'; M=  0,  0,-27,  0, 21,-34,-17,  0,-22, 13,-20, -7, -2, -8, 34,  6,  0, -8,-24,-22,-13, 28;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-37,-30,  0,-37,-30, 44,-27, 17, 17,-23,-23,-23,-27,-17, -7, 36,-23, -3,-30;
/M: SY='D'; M=-18, 43,-30, 61, 27,-38,-12,  0,-38,  2,-28,-28, 16, -8,  4, -8,  0,-10,-30,-38,-20, 15;
/M: SY='H'; M=-15,  3,-33,  9,  7,-30,-18, 31,-27, -5,-25,-11,  1, 17, 10, -6, -7,-14,-30,-30, -7,  5;
/M: SY='Y'; M= -6,-18,-23,-22,-17, 19,-23, 13, -4,-16,  4,  1,-15,-25,-14,-13,-14,-10, -7,  1, 32,-17;
/M: SY='V'; M=  4,-27,-13,-29,-24,  1,-26,-25, 21,-22, 21, 11,-27,-27,-24,-20,-14, -3, 29,-25, -8,-24;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='G'; M=  5, -5,-27, -5,  0,-30, 29,-12,-30, -9,-24,-15, -2,-14,  2,-12,  2,-14,-25,-21,-23,  1;
/M: SY='L'; M= -8,-15,-23,-19, -9,-10,-27,-15,  6, -8, 11,  7,-14,-19,  0, -8,-12,  0,  0,-22, -5, -5;
/M: SY='V'; M= 12,-24,-15,-28,-22, -5,-22,-25, 19,-20, 12,  7,-22,-22,-20,-22, -9, -3, 24,-23,-10,-22;
/M: SY='R'; M=-10, -8,-22,-11, -4,-16,-17, -5,-18, 11,-14, -2, -1,-17,  4, 33,  1,  5,-11,-25,-10, -3;
/M: SY='D'; M= -1, 21,-25, 23,  3,-30,  5, -7,-30,  2,-26,-20, 15,-13, -4, -6,  2, -8,-23,-30,-20,  0;
/M: SY='Q'; M=-13, -2,-30, -1, 15,-23,-22, 25,-19,  3,-16, -3, -2,-14, 34,  3, -5,-12,-26,-14, 10, 23;
/M: SY='L'; M=  1,-19,-18,-23,-16,  5,-23,-13,  6,-19, 20,  6,-19,-23,-15,-16,-12,  2,  3,-13,  9,-16;
/M: SY='Q'; M= -9,  9,-27, 13, 13,-33,-15, -2,-27, 18,-27,-12,  5,-10, 23, 10,  3, -5,-23,-27,-13, 18;
/M: SY='K'; M= -8,  6,-25,  3,  5,-25,-13, 11,-27, 22,-28,-12, 13,-13,  7, 13,  2, -5,-22,-28, -8,  5;
/M: SY='I'; M=-10,-24,-25,-27,-19,  1,-32,-13, 22,-19, 14, 12,-21,-24, -8,-17,-17, -8, 14,-13, 11,-16;
/M: SY='Y'; M=-12, -5,-25, -1, -3,-12,-23, -6, -6, -1, -3, -2,-10,-20,  1, -4,-12, -8, -4,-18,  3, -2;
/M: SY='Q'; M=  3,  0,-22, -3,  4,-24,  1, -8,-17, -5,-17,-10,  4,-15,  5, -8,  2, -7,-14,-26,-19,  5;
/M: SY='M'; M= -7,-15,-25,-18,-13,-15, -9,-16, -1,  4, -7,  9,-11,-18, -8, -3,-12,-10,  2,-21,-10,-11;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-38,-30, 12,-37,-29, 39,-28, 17, 15,-22,-23,-25,-27,-18, -8, 29,-17,  3,-30;
/M: SY='D'; M=-15,  8,-28, 14,  8,-26,-19, -4,-22, 10,-12, -9,  1,-15, 10, 12, -9,-10,-19,-26,-11,  8;
/M: SY='A'; M= 15,  0,-16, -2, 13,-21,-10,-12,-18, -4,-17,-15, -2, -7,  1,-10, 14, 10,-11,-28,-18,  7;
/M: SY='K'; M=-12,  0,-30,  0,  8,-28,-20, 10,-30, 39,-28, -8,  2,-12, 10, 25,-10,-12,-22,-22, -5,  8;
/M: SY='I'; M=  2,-26,-20,-32,-23,  0,-28,-25, 26,-25, 23, 13,-23,-23,-20,-23,-16, -7, 21,-21, -5,-23;
/M: SY='P'; M=-10,-16,-35, -7,  8,-24,-21,-16,-16, -9,-17,-14,-18, 56, -6,-16,-11,-10,-24,-29,-24, -2;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-22,-10,-10, -9, 15,-15,-25, -6,-24,-15,  0,-17,-11, -8,  8, -4,-17,-22,-13,-10;
/M: SY='K'; M= -7,-12,-25,-15,-10,-15, -9,-18, -7,  1, -5, -2, -8,-17, -9, -4, -8, -2, -5,-22,-10,-10;
/I:         I=-3; MD=-16;
/M: SY='R'; M= -5, -3,-15, -3, -1,-13,  4, -5,-17, 11,-13, -7,  0, -8,  0, 13, -3, -7,-12,-10, -8, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='E'; M=  8,  0, -9,  0,  9,-12, -4, -5,-10, -1,-10, -8,  0, -3,  2, -5,  8,  1, -7,-15,-10,  6; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='A'; M= 13, -8,-13,-12, -4,-14, -9, -9,  0, -6, -4,  0, -6, -8,  5, -9,  0, -3, -1,-13, -8,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='P'; M=  3, -8,-19, -6,  2,-20,-10, -8,-11, -3,-14, -8, -8, 24,  6, -8, -1, -5,-15,-16,-14,  3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='V'; M= -3,-19,-11,-21,-18,  2,-21,-18, 21,-16, 15, 10,-18,-18,-16,-14,-12, -3, 22,-16, -3,-18; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='A'; M= 13,  4,-14, -3,  1,-20, -4, -4,-13, -3,-17,-10,  9,-10,  8, -6, 11,  1,-12,-23,-15,  4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='G'; M=  4,  2,-17,  2, -5,-18,  6, -8,-15, -8,-13, -2,  0,-12, -5,-12,  4, -4,-10,-23,-15, -5; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-16;
/M: SY='A'; M=  4, -8,-20,-10,  3,-15,-15,-10, -9,  1, -4,  4, -8,-13,  0, -4, -2, -3, -7,-25,-12,  2;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-28,  0, 20,-10,-22, -8,-25, 22,-19,-12, -4,-10,  4, 11, -8,-10,-20,-18, -6, 13;
/M: SY='K'; M=  7, -5,-24, -8,  2,-25,-14,-11,-24, 28,-22,-10, -3,-12,  4, 22, -4, -7,-14,-20,-13,  2;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='A'; M= 32,  1,-13, -2, -3,-23, -2,-15,-17, -8,-17,-15, -2,-10, -7,-17, 14,  2, -7,-27,-20, -5;
/M: SY='E'; M=-10,  5,-30, 10, 39,-33,-20,  2,-27, 16,-21,-12,  0, -5, 32,  8, -1,-10,-29,-25,-15, 36;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 46 in 46 different sequences
Number of true positive hits 46 in 46 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 95.83 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Reticulon
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
46 sequences

HSDD2_ARATH (Q67ZE1), HSDD3_ARATH (A9X4U2), RTN1A_XENLA (Q6IFY7), 
RTN1B_XENLA (Q5MY90), RTN1_HUMAN  (Q16799), RTN1_MOUSE  (Q8K0T0), 
RTN1_PANTR  (Q5IS59), RTN1_RAT    (Q64548), RTN1_SCHPO  (P53694), 
RTN1_XENTR  (A7MC64), RTN1_YEAST  (Q04947), RTN2_HUMAN  (O75298), 
RTN2_MOUSE  (O70622), RTN2_XENLA  (Q4FZ76), RTN2_XENTR  (Q4FZ58), 
RTN2_YEAST  (Q12443), RTN3A_XENLA (Q5J6M8), RTN3B_XENLA (Q68EW1), 
RTN3_BOVIN  (Q08D83), RTN3_HUMAN  (O95197), RTN3_MOUSE  (Q9ES97), 
RTN3_PONAB  (Q5RBL9), RTN3_RAT    (Q6RJR6), RTN3_XENTR  (Q28D16), 
RTN4_HUMAN  (Q9NQC3), RTN4_MOUSE  (Q99P72), RTN4_RAT    (Q9JK11), 
RTNLA_ARATH (Q9SUR3), RTNLB_ARATH (Q9SUT9), RTNLC_ARATH (Q9SH59), 
RTNLD_ARATH (Q9FFS0), RTNLE_ARATH (O82352), RTNLF_ARATH (Q6DBN4), 
RTNLG_ARATH (Q9M145), RTNLH_ARATH (Q9SS37), RTNLI_ARATH (Q9LJQ5), 
RTNLJ_ARATH (Q6NPD8), RTNLK_ARATH (Q9LT71), RTNLL_ARATH (Q9M392), 
RTNLM_ARATH (O64837), RTNLN_ARATH (A2RVT6), RTNLO_ARATH (Q9ZU43), 
RTNLP_ARATH (Q8GYH6), RTNLQ_ARATH (Q6DR04), RTNLR_ARATH (Q8LDS3), 
RTNLS_ARATH (Q56X72)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

RTNLT_ARATH (Q8GWH5), RTNLU_ARATH (P0C941)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

HSDD1_ARATH (Q9FX01)

		
PDB
[Detailed view]
3 PDB

2G31; 2JV5; 2KO2

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission