To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50858

General information about the entry

Entry name [info] BSD
Accession [info] PS50858
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-MAY-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50858
Associated ProRule [info] PRU00036

Name and characterization of the entry

Description [info] BSD domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7419000; R2=0.0212828; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2313.5722656; R2=2.2196531; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=365; H_SCORE=3124; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=271; H_SCORE=2915; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='W'; M=-11,-13,-24,-14,-12, -6,-16,-15,-14,-12,-10,-10,-13,-23, -8, -8,-16,-13,-15, 25,  0, -9;
/M: SY='E'; M= -7,  0,-17,  1,  5,-14,-20,-11,-12, -3, -9, -9, -2,-15, -3, -5, -2,  0, -8,-28,-12,  1;
/M: SY='N'; M= -9, 10,-24, 10,  7,-18,-11, -6,-18, -4,-14,-14, 11, -7, -3, -7,  0, -4,-20,-31,-16,  2;
/M: SY='E'; M=  1, -2,-23, -3,  4,-17, -8, -6,-19,  0,-19,-12,  0, -9,  1, -2,  4, -4,-16,-24,-13,  2;
/M: SY='F'; M=-12,-13,-22,-15, -7, 13,-25,-14, -1,-12,  5,  1,-13,-21,-15,-11,-13, -6, -1,-15,  4,-10;
/M: SY='N'; M= -7,  2,-18,  0, -2,-18,-15, -8,-14,  3,-13, -5,  4,-16,  1,  2,  2,  1,-11,-29,-12, -1;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-18,-25,-20, 11,-26,-18, 10,-18, 13,  6,-19,-25,-19,-13,-12, -2, 13,-17,  4,-20;
/M: SY='D'; M=-12, 26,-26, 33, 26,-31,-12, -1,-31,  6,-26,-22, 15, -8,  7, -2,  4, -4,-26,-35,-19, 17;
/M: SY='A'; M=  1,-12,-24,-15, -1,-12,-15,-14, -4, -6, -3, -1,-11,-15, -2,-10, -7, -8, -6,-16, -9, -2;
/M: SY='Q'; M= -8,  7,-25,  6,  6,-25,-16, -1,-20,  9,-18, -7,  7,-13, 16,  6,  0, -2,-19,-25,-10, 11;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-17, -6, -1,-16,-16, -5,-16,  3,-15, -9, -2,-17,  0,  7,  0,  0,-11,-24, -7, -3;
/M: SY='E'; M= -6, 10,-27, 15, 28,-25,-12, -5,-27,  5,-21,-18,  3, -4,  8, -3,  0, -7,-24,-28,-17, 18;
/M: SY='E'; M= -9, -6,-26, -6,  9,-15,-23,  9, -7, -5, -2,  1, -6,-16,  7, -6, -9,-10,-11,-23, -3,  7;
/M: SY='I'; M=  1,-20,-23,-25,-14, -9,-26,-18, 17,-15, 10, 11,-16,-18, -5,-15,-12, -7, 11,-21, -7,-11;
/M: SY='E'; M= -6, -3,-18, -3, 13,-17,-19, -5,-16,  1,-11, -9, -4,-13,  5, -1,  0, -2,-13,-27,-12,  9;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='A'; M=  3, -7,-21, -8, -3,-17,-10,-13, -9, -5, -8, -6, -4,-15, -4, -6,  1, -3, -6,-26,-14, -4;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-23,-30,-23,  3,-32,-21, 29,-26, 31, 22,-24,-25,-18,-22,-23, -9, 19,-22, -2,-22;
/M: SY='L'; M=-11,-22,-22,-23,-10, 12,-27,-15,  8,-22, 26, 11,-21,-24,-13,-16,-20, -9,  2,-17,  1,-11;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-19,  5, 13,-27,-16, -5,-24, 13,-21,-13,  3,-12, 11, 10,  0, -5,-19,-27,-15, 12;
/M: SY='E'; M= -8,  5,-26,  6, 14,-24, -4, -3,-23,  1,-17,-13,  5,-12,  5, -3,  0, -6,-22,-28,-16, 10;
/M: SY='N'; M= -7, 14,-23, 12,  1,-17,-12,  7,-19, -1,-20,-14, 15,-17, -2, -2,  2, -4,-17,-26, -3, -2;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P'; M= -8, -6,-31, -3,  4,-27,-13,-13,-23,  6,-29,-17, -4, 39, -3, -4, -3, -7,-25,-28,-22, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -2,  0,-22,  3,  3,-17, -7,-11,-13,-10, -8,-10, -3,-15, -6,-13, -2, -6, -9,-26,-12, -2;
/M: SY='L'; M= -8,-28,-20,-28,-19,  5,-30,-21, 23,-25, 34, 17,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 18,-23, -3,-20;
/M: SY='R'; M= -1, -8,-23,-10,  0,-17,-16, -9,-17, 14,-15, -5, -5,-15,  5, 17, -3, -5,-11,-21,-10,  2;
/M: SY='K'; M=  1, -3,-24, -5,  5,-25,-12, -2,-20, 14,-18, -6, -1,-12, 12,  8, -2, -7,-17,-23,-11,  8;
/M: SY='L'; M= -5,-21,-20,-25,-18,  1,-27,-14, 13,-16, 15, 11,-20,-23,-14,-14,-15, -4, 12,-19,  1,-17;
/M: SY='Y'; M=-17,-15,-27,-18,-13, 13,-24,  8, -8, -1, -5,  3,-10,-24, -4,  8,-15,-10,-10,  0, 29,-11;
/M: SY='N'; M= -6,  6,-23,  1,  3,-11,-16, -6,-14,  1,-14,-10,  8,-15, -1, -3, -2, -3,-15,-23, -7,  1;
/M: SY='E'; M=-11,  9,-28, 13, 20,-26,-17, -1,-25, 11,-19,-13,  4,-11, 13, 10, -3, -8,-23,-25,-11, 16;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='L'; M= -7,-19,-18,-22,-19,  1,-25,-13, 17,-21, 18, 11,-15,-25,-17,-17,-14, -5, 15,-23, -2,-19; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='V'; M= -1,-24,  0,-26,-21, -5,-28,-25, 17,-19,  6,  6,-25,-27,-23,-19,-10, -3, 30,-30,-12,-22;
/M: SY='P'; M= -6,-10,-31, -5,  0,-26,-15,-15,-20, -7,-29,-19, -6, 54, -7,-14,  2, -1,-25,-32,-26, -7;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='K'; M=  1,  2,-21,  1,  1,-23, -5,  3,-22,  6,-22,-11,  4,-13,  2,  2,  4, -4,-15,-26,-12,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M:         M= -5,-10,-24,-11, -3,-12,-17, -4, -6, -3, -7, -2, -7,-15, -2, -5, -7, -7, -5,-19, -1, -4;
/M: SY='I'; M= -7,-26,-18,-30,-23,  5,-28,-19, 24,-22, 23, 23,-24,-26,-18,-19,-17, -6, 22,-23, -3,-21;
/M: SY='S'; M= -2,  7,-20,  8,  1,-19,-12,-11,-22,  1,-24,-17,  5, -4, -3, -5, 13, 11,-15,-31,-15, -1;
/M: SY='E'; M= -8,  5,-29,  9, 22,-20,-18,  7,-21, -1,-18,-14,  2, -1,  5, -7, -3, -9,-23,-23, -4, 12;
/M: SY='E'; M= -6, 10,-25, 16, 19,-26,-11, -2,-26,  3,-24,-18,  5, -6,  4, -4,  6, -4,-21,-30,-15, 11;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-20, 14, 19,-27,-18,  0,-22,  2,-18,-12,  3,-11, 11, -3,  1, -2,-18,-31,-14, 15;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='S'; M=  2, -7,-15,-10, -4,-13,-13, -5,-19,  3,-17,-10, -2,-15, -1,  5,  6,  2,-11,-25, -9, -3;
/M: SY='R'; M=-13, -2,-25, -7, -7,-12,-21, -9,-10,  6,-13, -7,  5,-17, -3, 18, -4,  2, -9,-24, -8, -7;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-28,-22,-18, 28,-28,  6, -6, -6,  0, -1,-16,-28,-12,  5,-18,-10, -9, 13, 48,-18;
/M: SY='F'; M=-18,-28,-23,-35,-26, 56,-30,-16,  5,-24, 11,  3,-20,-28,-31,-18,-20,-10,  2,  6, 29,-26;
/M: SY='Y'; M=-11,-11,-26,-14, -9, -2,-21,  0, -7, -7, -7, -3, -7,-16,  0, -5, -8, -6,-12, -3, 12, -5;
/M: SY='L'; M= -2,-12,-20,-14, -7,-11,-18,-10, -6, -3,  3,  0, -8,-19, -4,  0, -5, -3, -4,-25, -9, -6;
/M: SY='V'; M= -9,-15,-22,-16, -8, -8,-25, -8,  3, -5,  6,  4,-13,-22, -9, -1,-14, -8,  7,-25, -6,-10;
/M: SY='H'; M=-11, -6,-27, -6, -3,-10, -8, 12,-17, -4,-10, -5, -2,-20, -2,  3, -8,-11,-17,-16,  7, -5;
/M: SY='A'; M=  1,-14,-10,-17,-10, -7,-16,-18,-10, -4, -9, -7,-11,-11,-11, -8, -3, -2, -4,-23,-11,-10;
/M: SY='H'; M=-11,-10,-25,-12,-11, -5,-24,  5,  0,-10, -1,  1, -6,-21, -8, -6,-11, -9, -2,-20,  5,-12;
/M: SY='E'; M= -1, -8,-23, -8,  6,-15,-14,-10,-16,  5, -9, -7, -6,-14,  1,  6, -3, -5,-11,-23,-12,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 31 in 22 different sequences
Number of true positive hits 31 in 22 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20_shuffled
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] BSD
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
22 sequences

BSC1A_XENLA (Q6INU2    ), BSC1B_XENLA (Q6NTW1    ), BSDC1_BOVIN (Q3SX22    ), 
BSDC1_CHICK (Q5ZIK6    ), BSDC1_DANRE (A2BIJ3    ), BSDC1_HUMAN (Q9NW68    ), 
BSDC1_MOUSE (Q80Y55    ), BSDC1_XENTR (Q5BJ78    ), DOS2_YEAST  (P54858    ), 
SAP47_DROME (Q960T2    ), SYAP1_HUMAN (Q96A49    ), SYAP1_MOUSE (Q9D5V6    ), 
TF2H1_DICDI (Q55FP1    ), TF2H1_DROME (Q960E8    ), TF2H1_HUMAN (P32780    ), 
TF2H1_MOUSE (Q9DBA9    ), TFB1A_ARATH (Q3ECP0    ), TFB1C_ARATH (Q9M322    ), 
TFB1_NEUCR  (Q9P5N7    ), TFB1_SCHPO  (O13745    ), TFB1_YEAST  (P32776    ), 
YF3E_SCHPO  (O13905    )
» more

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1X3A; 2DII

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission