Entry: PS50867

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PRE_SET
Accession [info] PS50867
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50280
Associated ProRule [info] PRU00157

Name and characterization of the entry

Description [info] Pre-SET domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1058; R2=0.00593076; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3063.56995; R2=13.01036; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1078; N_SCORE=8.5; H_SCORE=14903; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=740; N_SCORE=6.5; H_SCORE=12704; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -8, -9,-12,-12, -6, -8,-21,-13, -8, -6,-10, -6, -6,-13, -4, -7, -2, -1, -5,-25, -9, -5;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-16,-11,-15,-24, 33,-13,-28,-18,-25,-15, -2,-15,-14,-18,  5,-10,-21,-26,-22,-15;
/M: SY='C'; M= -8,-19, 98,-29,-28,-17,-28,-27,-24,-28,-14,-13,-19,-36,-27,-27,-10, -8, -7,-45,-26,-27;
/M: SY='N'; M= -8, 13,-17, 13,  5,-25, -6,  2,-24, -2,-24,-17, 14,-15,  1, -3,  7, -2,-20,-34,-16,  3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-2; MD=-9;
/M: SY='K'; M=  1, -6,-19, -8,  0,-17,-18,-13, -7,  2,-10, -5, -6,-13,  0, -2,  1,  2, -2,-24,-11, -1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-9;
/M: SY='D'; M= -3, 14,-23, 16,  7,-26, 11, -7,-28, -4,-24,-19, 11,-11, -3, -9,  5, -5,-23,-28,-20,  2; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='D'; M= -3,  5,-21,  8,  5,-22,  3, -7,-21, -4,-18,-14,  3, -4, -1, -6,  3, -5,-17,-24,-17,  1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='C'; M= -9,-19,114,-28,-28,-19,-28,-28,-28,-28,-19,-19,-19,-38,-28,-28, -9, -9, -9,-47,-28,-28; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='T'; M= -3, -6,-17, -8, -5,-10, -9,-11, -9, -9, -6, -3, -2,-15, -4, -7,  6,  7, -7,-26,-11, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='D'; M= -5,  4,-20,  7,  2,-19,-13, -5,-20, -7,-20,-16,  1,  5, -5,-11,  3, -2,-18,-27,-13, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='S'; M=  7, -1,-17, -2, -2,-20,  5,-10,-18, -1,-19,-12,  2,-10, -1, -4,  9, -1,-12,-22,-15, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='B'; M= -2,  6,-13,  6,  5,-13, -7, -4,-11,  1,-12, -9,  6, -4,  0, -3,  4,  2,-10,-19,-10,  2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='N'; M= -6, 10,-22,  6,  0,-22, -4, -6,-22,  9,-25,-15, 16,-11, -1,  5,  5,  0,-18,-29,-16, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='C'; M=-10,-17,105,-26,-24,-19,-28,-27,-28,-26,-19,-19,-18,-36,-26,-26, -9, -9,-10,-46,-28,-25; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='A'; M=  9, -4,-13, -7,  1,-13, -9, -6, -8, -6, -6, -5, -3,-10,  0, -8,  5,  3, -5,-21,-10,  0; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='C'; M= -9,-19,114,-28,-28,-19,-28,-28,-28,-28,-19,-19,-19,-38,-28,-28, -9, -9, -9,-47,-28,-28; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='A'; M=  6,-14,-21,-18,-12,-13, -7,-14, -2,-15, -2, -2,-11,-11,-10,-17, -5, -6, -2,-18,-12,-12; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='Q'; M= -8, -3,-25, -3,  5,-24,-12,  3,-18,  7,-16, -6, -1,-13, 15, 13, -3, -9,-16,-21,-10,  8; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='K'; M= -5, -7,-23, -8,  0,-14, -8,-10,-13,  1, -3, -2, -6,-16, -1,  1, -8, -9,-12,-20,-10, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='N'; M=  0,  7,-16, -1, -5,-16, -5, -7,-12, -5,-17,-10, 15,-10, -4, -7, 10,  7,-11,-30,-16, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-21, -7, -8,-16,  5,-11,-10,-10,-11, -6, -4,-11, -9,-12, -2, -7, -8,-20,-12, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='G'; M= -6,  1,-24,  0, -1,-22,  7, -2,-20, -4,-18,-10,  4,-14, -1, -2, -2, -9,-17,-22,-14, -2; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='N'; M= -6,  0,-18, -1, -1,-18, -5, -7,-20, -5,-14,-11,  2,-11, -4, -3, -5, -9,-18,-26,-15, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-9;
/M: SY='F'; M=-14,-26,-24,-31,-23, 39,-27,-13,  3,-22, 10,  3,-22,-27,-24,-17,-20, -9, -1, 15, 27,-22;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='P'; M= 11, -6,-20, -8, -1,-21, -7,-14,-16, -3,-18,-13, -4, 15, -5, -9,  2, -1,-14,-23,-19, -5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-18,-19,-23,-21,-18, 27,-29, 10, -3,-11, -1, -2,-18,-28,-13, -9,-17, -8, -8, 17, 59,-19;
/M: SY='D'; M= -9, 15,-17, 17,  1,-20,-12, -5,-20, -7,-16,-15,  8,-15, -6,-10,  5,  7,-14,-32,-12, -3;
/M: SY='G'; M= -1,  3,-26,  3, -1,-25,  6,-11,-25, -1,-23,-16,  4, -4, -6, -6,  0, -8,-20,-26,-19, -4;
/M: SY='B'; M= -6,  9,-25,  8,  5,-24, -8, -1,-22,  3,-18,-12,  9,-11,  4,  1,  0, -5,-20,-29,-15,  4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='G'; M= -2, -3,-21, -4, -8,-23, 26,-11,-24, -7,-22,-13,  4,-12, -4, -8,  4, -7,-19,-21,-19, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='R'; M= -7, -4,-14, -4,  2,-14,-13, -4,-14,  5, -8, -5, -3,-13,  6, 16, -3, -4,-11,-18, -8,  2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='I'; M= -5,-15,-19,-19,-14, -6,-18,-15, 11,-10,  6,  7,-11,-15, -9, -8,-11, -6,  8,-18, -6,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-23, -5,  0,-13,-19, -4, -8,  4, -5, -3, -1,-16,  0, 13, -9, -8, -8,-21, -8, -2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-23, 12,-30,-22, 20,-25, 28, 15,-25,-23,-22,-17,-22, -9, 15,-18,  1,-23;
/M: SY='N'; M= -6, -1,-17, -6, -4,-16,-14, -6, -8, -5,-11, -6,  6,-18, -2, -3, -1, -4, -7,-30,-13, -4;
/M: SY='E'; M= -4, -6,-20, -4,  8,-21,-12, -8,-21,  4,-21,-12, -4,  1,  2,  2,  2, -4,-18,-26,-13,  3;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-26, -7, -2,-24, 11, -9,-23, -4,-21,-12, -2,-15, -1, -5,  1,-10,-19,-18,-16, -2;
/M: SY='K'; M= -8, -2,-21, -2,  1,-18,-16, -9,-17,  5,-18,-11, -2, -5, -2,  1, -2, -1,-14,-23, -7, -2;
/M: SY='P'; M= -7,-11,-32, -5,  0,-26,-17,-13,-17, -7,-21,-12,-13, 45, -5,-15, -7, -7,-21,-29,-22, -6;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='I'; M= -1,-11,-11,-13,-10, -1,-14,-10,  5,-11,  5,  1,-11, -7, -9,-10, -4,  2,  5,-12,  0,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-23,-36,-29,  1,-36,-29, 41,-27, 20, 17,-24,-24,-23,-26,-18, -7, 34,-23, -3,-29;
/M: SY='Y'; M=-19,-20,-28,-23,-19, 29,-29,  9, -1,-10,  0,  0,-16,-27,-14, -7,-18,-10, -7, 14, 52,-19;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='N'; M= -7, 17,-24,  6, -7,-20, 15,  0,-25, -8,-29,-19, 32,-20, -6, -7,  6, -6,-28,-22,-18, -6;
/M: SY='D'; M= -8,  2,-27,  7,  7,-24,-12, -7,-24,  3,-23,-15,  0,  5,  2, -2,  2, -4,-20,-29,-16,  3;
/M: SY='R'; M= -3,-12,-22,-15, -8, -5,-16, -3,-12, -2, -6, -1, -8,-19, -2,  4, -5, -5, -8,-18, -2, -6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -1, -3,-22, -5, -2,-26,  3,-12,-26,  6,-27,-15,  2, -3, -1,  2,  5, -3,-20,-27,-19, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M= -4,  0,-20,  1, -5,-23,  0, -6,-24,-10,-25,-18,  2,  0, -7,-13,  5, -4,-20,-22,-17, -7;
/M: SY='R'; M= -9, -7,-28, -5,  0,-20,-18, -6,-19,  5,-17, -8, -6,  8,  1,  9, -4, -5,-17,-25,-12, -2;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='N'; M= -8, 12,-22, 10,  4,-21,-11,  4,-21,  1,-20,-14, 16,-15,  4,  0,  5,  0,-20,-26,-11,  4; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M= -9, -9,-24, -9, -3,-20,-10, -8,-21,  6,-20,-11, -5, -2,  1, 10, -4, -6,-17,-21, -9, -3;
/M: SY='N'; M= -9, 33,-19, 15, -2,-18, -2,  7,-17, -2,-25,-16, 51,-20, -1, -2,  9,  2,-26,-38,-18, -1;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 68,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='V'; M= -2,-29,-12,-30,-27,  1,-30,-27, 27,-21, 16, 12,-28,-29,-27,-20,-12,  0, 40,-28, -8,-27;
/M: SY='V'; M=  2,-23,-11,-25,-24, -3,-25,-26, 19,-18,  6,  5,-22,-25,-23,-18, -2,  7, 34,-30,-10,-24;
/M: SY='Q'; M=-10, -1,-30,  0, 19,-37,-20, 10,-19,  9,-19, -1, -1,-11, 56,  9, -1,-10,-29,-18, -6, 37;
/M: SY='R'; M=-10,  3,-19, -2, -1,-18,-13, 10,-23, 10,-22, -9, 10,-17,  2, 12,  0, -2,-19,-28, -7, -1;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-29, -9,-18,-29, 62,-18,-38,-17,-30,-20,  3,-20,-17,-15,  1,-18,-29,-21,-29,-18;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 51 in 51 different sequences
Number of true positive hits 51 in 51 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 5
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 91.07 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20_shuffled
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Pre-SET
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
51 sequences

CLR4_SCHPO  (O60016), DIM5_NEUCR  (Q8X225), EHMT1_HUMAN (Q9H9B1), 
EHMT1_MOUSE (Q5DW34), EHMT2_HUMAN (Q96KQ7), EHMT2_MOUSE (Q9Z148), 
MET2_CAEEL  (P34544), SET23_CAEBR (A8XI75), SET23_CAEEL (Q95Y12), 
SETB1_DROME (Q32KD2), SETB1_DROPS (Q28Z18), SETB1_HUMAN (Q15047), 
SETB1_MOUSE (O88974), SETB1_XENLA (Q6INA9), SETB2_DANRE (Q06ZW3), 
SETB2_HUMAN (Q96T68), SETB2_MOUSE (Q8C267), SETB2_XENLA (Q6YI93), 
SETB2_XENTR (A4IGY9), SETMR_BOVIN (Q0VD24), SETMR_HUMAN (Q53H47), 
SETMR_MOUSE (Q80UJ9), SETMR_RAT   (Q5I0M0), STB1A_DANRE (Q1L8U8), 
STB1B_DANRE (Q08BR4), SUV39_DROME (P45975), SUV39_DROPS (Q294B9), 
SUV91_BOVIN (Q2NL30), SUV91_HUMAN (O43463), SUV91_MOUSE (O54864), 
SUV91_PONAB (Q5RB81), SUV91_XENLA (Q6NRE8), SUV92_BOVIN (Q32PH7), 
SUV92_CHICK (Q5F3W5), SUV92_HUMAN (Q9H5I1), SUV92_MACFA (Q4R3E0), 
SUV92_MOUSE (Q9EQQ0), SUV92_XENTR (Q28CQ7), SUVH1_ARATH (Q9FF80), 
SUVH1_TOBAC (Q93YF5), SUVH2_ARATH (O22781), SUVH3_ARATH (Q9C5P4), 
SUVH4_ARATH (Q8GZB6), SUVH5_ARATH (O82175), SUVH6_ARATH (Q8VZ17), 
SUVH7_ARATH (Q9C5P1), SUVH9_ARATH (Q9T0G7), SUVR1_ARATH (Q946J2), 
SUVR4_ARATH (Q8W595), SUVR5_ARATH (O64827), SV91A_DANRE (Q6DGD3)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
5 sequences

SUVH3_CHLRE (Q5QD03), SUVH8_ARATH (Q9C5P0), SUVHA_ARATH (Q3EC60), 
SUVR2_ARATH (Q9FNC7), SUVR3_ARATH (Q9SRV2)
» More

PDB
[Detailed view]
24 PDB

1ML9; 1MVH; 1MVX; 1PEG; 2IGQ; 2O8J; 2R3A; 2RFI; 3BO5; 3FPD; 3HNA; 3K5K; 3MO0; 3MO2; 3MO5; 3RJW; 3SW9; 3SWC; 4I51; 4NJ5; 4NVQ; 4QEN; 4QEO; 4QEP
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission