Entry: PS50869

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] BRICHOS
Accession [info] PS50869
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); FEB-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50869
Associated ProRule [info] PRU00255

Name and characterization of the entry

Description [info] BRICHOS domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5309291; R2=0.0163571; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2890.29612; R2=28.97984; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=365; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9034; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9034; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M=-15, -8,-24,-14,-17, 27, -7, -6,-16,-20, -9, -9, -1,-20,-23,-15,-10,-11,-15,-10,  6,-18;
/M: SY='S'; M=  7,  3,-17, -1, -1,-23,  3, -8,-21, -4,-27,-17, 12,-10,  2, -7, 22,  7,-16,-33,-20,  0;
/M: SY='G'; M= -3, -3,-25, -1,-11,-20, 12,-17,-14,-17,-14,-11, -2,-17,-14,-18,  0, -9,-10,-27,-18,-13;
/M: SY='G'; M=  3, -1,-22, -5, -6,-21, 15,-12,-25,-11,-26,-18,  7,-16, -5,-12, 11, -1,-20,-14,-17, -5;
/M: SY='D'; M= -9, 16,-14, 21,  9,-28, -8,  2,-30, -2,-27,-21, 11,-13,  1, -2,  9, -2,-22,-36,-17,  4;
/M: SY='P'; M= -4, -3,-23, -1, 11,-23,-15,-11,-20, -3,-22,-16, -3, 16,  3, -6, 11, 10,-18,-31,-19,  5;
/M: SY='A'; M= 13,-17,-24,-21,-18,-14,  8,-22,-15,-16,-16,-13,-14,-17,-15,-19, -2, -8,-10, 12,-10,-16;
/M: SY='I'; M= -3, -3,-22, -8,-12,-13,-18,-15,  3,-11, -3, -2, -1,-18,-11, -9, -5, -1,  3,-27,-11,-13;
/M: SY='V'; M= -3,-15,-19,-18, -7, -3,-22,-20,  7,-15, -1, -1,-13,-17,-14,-16, -3,  1, 11,-24, -8,-11;
/M: SY='V'; M= -5,-27,-17,-30,-24,  0,-31,-24, 27,-22, 20, 15,-25,-26,-19,-20,-16, -4, 30,-25, -5,-23;
/M: SY='H'; M=-18,-10,-25,-14,-12,  6,-22, 36,-14,-13,-10,  1, -3,-24, -4, -7,-15,-15,-19,  2, 25, -9;
/M: SY='D'; M=-19, 48,-30, 67, 22,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 19, -9,  1, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 12;
/M: SY='F'; M=-18,-25,-25,-30,-25, 50,-23, -5, -2,-22,  5,  0,-19,-29,-26,-16,-19,-11, -5, 14, 44,-25;
/M: SY='Q'; M=-10,  4,-29,  4, 17,-32,-16,  4,-26, 20,-24, -8,  4,-10, 28, 14, -3, -9,-26,-23,-11, 22;
/M: SY='R'; M=-10,  6,-25,  1,  5,-21,-14,  6,-21, 10,-20,-10, 15,-16,  9, 19,  0, -5,-20,-28,-12,  5;
/M: SY='G'; M= -6, -3,-26, -3,-11,-21, 25,-14,-24,-12,-13,-12,  1,-20,-13,-11, -5,-13,-20,-24,-20,-12;
/M: SY='L'; M=-12,-27,-18,-30,-22, 14,-31,-15, 17,-24, 26, 14,-24,-28,-17,-19,-23, -9,  9,-11, 13,-20;
/M: SY='T'; M=  1,-11,-17,-20,-15, -9,-24,-22,  8,-14, -1,  0, -8,-14,-12,-15,  4, 21,  8,-26, -8,-15;
/M: SY='A'; M= 33,-12, -5,-20,-15,-20,  6,-22,-12,-14,-12,-10,-10,-15,-14,-21,  5, -4, -2,-22,-21,-15;
/M: SY='Y'; M=-10,-19,-25,-23,-20, 12,-28, -2, 11,-16,  2,  3,-16,-23,-13,-16,-11, -2,  4,  3, 37,-20;
/M: SY='R'; M=-14,-14,-27,-14, -5,-12,-24, -6,-12, 15, -4, -1, -9,-20, -1, 25,-15,-10, -8,-18, -1, -5;
/M: SY='P'; M=-15,  0,-28,  7, -4, -4,-21,-14,-14,-14, -9,-12, -8,  8,-15,-17,-11, -9,-13,-24, -9,-10;
/M: SY='A'; M= 10,-16,-17,-21,-10,  1,-18,-19,  0,-17,  6, -1,-15,-14,-15,-18, -6,  0,  2,-19, -7,-12;
/M: SY='P'; M= -3, -3,-25, -3,  0,-23,  4,-11,-21, -8,-22,-15,  2,  5, -3,-10,  5, -2,-19,-30,-22, -3;
/M: SY='G'; M= -8,-13,-27,-13,-12,-15,  9, -7,-19, -5, -7, -5, -8,-21,-10, -3,-10,-12,-16,-19, -8,-12;
/M: SY='E'; M=-10,  9,-26, 10, 16,-27,-10, -3,-25,  7,-21,-12,  7,-11, 12,  5,  1, -2,-23,-28,-16, 13;
/M: SY='K'; M= -1, -6,-11, -9, -3,-21,-16,-12,-22, 18,-21,-11, -3,-16, -1, 14, -3, -4,-12,-22,-11, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-21,112,-31,-30,-19,-31,-30,-26,-30,-18,-18,-20,-39,-29,-30,-11,-10, -8,-48,-28,-30;
/M: SY='Y'; M=-18,-21,-26,-26,-23, 38,-29,  0,  5,-18,  4,  1,-16,-28,-20,-15,-18, -9, -2, 13, 48,-23;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-28,  2,-34,-28, 37,-26, 22, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 34,-24, -4,-28;
/M: SY='M'; M= -9,-14,-27,-18, -9,-13,-24, -2,  0,  4, -3, 13,-10,-11, -2,  2,-14,-11, -3,-21, -4, -7;
/M: SY='K'; M= -1, -6,-25, -4,  4,-22,-17,-14,-17, 10,-17,-10, -7,  4, -2,  2, -3, -3,-12,-25,-15,  0;
/M: SY='M'; M=-10,-19,-23,-22,-10, -7,-24, -7,  9,-12, 17, 28,-19,-15,  5,-10,-17, -9,  0,-21, -4, -3;
/M: SY='B'; M=  0, 16,-22, 13,  4,-24,-10, -5,-16, -2,-19,-14, 15,-12, -1, -8,  2, -5,-14,-32,-17,  1;
/M: SY='K'; M= -9, -5,-26, -6, -1,-18,-19, -5,-22, 11,-21,-11, -3,  4, -1, 10, -3,  2,-17,-24,-10, -3;
/M: SY='S'; M=  6,  3,-19,  3,  7,-24, -7,-10,-19, -3,-19,-14,  1,-10,  4, -8, 12,  6,-12,-29,-17,  6;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='A'; M=  1, -4,-20, -7, -6,-17,-11,-11, -7, -5,-12, -7, -1,-15, -6, -4,  1, -1, -3,-26,-13, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -8,-26,-23,-32,-26,  1,-26,-24, 25,-21, 11, 14,-21,-23,-20,-19,-15, -6, 22,-16, -3,-25;
/M: SY='P'; M=-10,-13,-32, -8,  0,-21,-19,-12,-12, -7,-14, -2,-15, 39, -5,-11,-10, -9,-18,-28,-20, -5;
/M: SY='P'; M= -1, -2,-24,  1, 11,-25,-13,-12,-21, -6,-25,-19, -2, 24, -1,-11, 11,  5,-20,-33,-22,  3;
/M: SY='L'; M= -6,-23,-25,-20,-14, -4,-25,-21,  5,-20, 11,  2,-23,  9,-18,-20,-17, -8,  1,-24,-11,-17;
/M: SY='E'; M=-11,  9,-27, 13, 16,-29,-10, -2,-29, 12,-24,-16,  6,-11, 13, 14,  1, -6,-24,-28,-16, 13;
/M: SY='N'; M=  6,  7,-18,  1, -2,-18,-10, -9,-11, -6,-12, -8,  9,-14, -4,-10,  5,  2,-10,-30,-15, -3;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-30,-22, 14,-24,-21, 15,-27, 28, 13,-25,-22,-23,-21,-23,-10,  9,-17,  1,-22;
/M: SY='T'; M= -5, -7,-20, -8, -7,-12,-21, -9, -4,-11, -2, -1, -9,-18, -5,-11, -4,  5,  0,-19, -7, -6;
/M: SY='E'; M= -9,  8,-28, 13, 21,-27,-16, -4,-28, 14,-22,-16,  3,-10, 11, 13, -3, -8,-24,-21,-14, 16;
/M: SY='L'; M= -4,-15,-21,-18, -6,  1,-22,-12, -2, -7,  9,  6,-15,-19, -5, -8,-13, -4, -4,-16,  0, -5;
/M: SY='L'; M= -6,-21,-19,-23,-15,  5,-23,-18, 10,-21, 13,  6,-17,-23,-14,-17, -9, -3,  9,-22, -3,-14;
/M: SY='R'; M=-11,-12,-27,-12, -8,-14,-18, -9, -5,  4, -8,  0, -9,-17, -2,  5,-12,-10, -4,-19, -3, -7;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='N'; M= -3, 12,-21,  7, 13,-22,-10, -2,-21,  8,-23,-16, 18,-12,  5,  5,  7, -2,-19,-31,-17,  8; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='M'; M= -8,-12,-20,-15, -5, -2,-21,-10,  2, -3, -1,  4, -9,-15,  0, -5, -7, -6, -1,-15, -2, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-11;
/M: SY='K'; M= -2,  3,-22,  5, 13,-24,-13, -4,-20, 14,-17, -9,  0, -8, 13,  6, -1, -6,-17,-20,-11, 13; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='A'; M=  9, -4,-14, -4,  5,-15, -9,-10,-11, -4, -9, -9, -4, -3, -2, -6,  5,  1, -8,-21,-13,  1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='G'; M= -5,  0,-26,  0, -3,-24, 24, -6,-29, -4,-24,-14,  4,-14, -3, -6, -2,-13,-25,-14,-16, -3; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='T'; M= -5, -8,-21, -8, -2,-15,-10, -8,-12, -2,-14, -7, -7, -2, -6, -6,  0,  3, -7,-22, -9, -5; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='Y'; M= -2,-14,-25,-16, -9,  0,-21, -5, -3, -5, -7, -4,-13, -8, -7,-10, -8, -5, -6, -4, 18,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-21,-20,-15, -4,-11,-13,  5,-18, 11, 11,-14,-18,-13,-15,-13, -7,  1,-20, -4,-15; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='P'; M= -6,-12,-33, -7, -1,-26,-18,-16,-16, -8,-24,-16,-12, 54, -6,-14, -5, -5,-22,-28,-24, -7; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='Q'; M= -3,  2,-22,  2,  1,-25, -7, -4,-17, -4,-17, -9,  1,-10, 10, -6,  4,  2,-14,-26,-14,  5; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='T'; M=  0, -2,-15, -8, -7,-14, -6,-14,-13, -5,-15, -9,  2,-11, -6, -5, 14, 22, -6,-27,-12, -7; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='Y'; M=-14,-10,-26,-10, -6,  7,-22, 11,-13, -2,-10, -5, -9,-12, -4, -1,-12,-10,-15, -1, 26, -7; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='L'; M= -9,-14,-22,-13, -6, -4,-22, -8,  1,-12,  5,  2,-13, -8, -9, -8,-11, -7, -2,-20, -3, -9; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='V'; M= -3,-13,-23,-12, -3,-15,-12,-18,  0,-12, -8, -5,-12, -1,-10,-16, -4, -5,  1,-25,-15, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='Q'; M=-13,  3,-28,  1, 12,-28,-17, 12,-24, 17,-22, -7,  7,-13, 27, 23, -3, -9,-25,-23, -9, 18; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-11;
/M: SY='E'; M= -4,  4,-24,  9, 25,-23, -8, -4,-25,  1,-21,-18,  1, -8,  7, -3,  8, -3,-21,-27,-13, 15;
/M: SY='L'; M= -9, -8,-23, -6,  5,-12,-24, -7, -5,-10,  9,  1,-11,-17,  1, -9,-10, -2, -7,-25, -8,  3;
/M: SY='M'; M= -9,-22,-25,-27,-22, -1,-14,-14, 10,-17, 10, 20,-19,-23,-12,-14,-17,-10,  5, -6,  1,-18;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='W'; M= -7,-17,-23,-18,-13,  1,-15, -3, -7, -6, -8, -5,-15,-15, -8, -3,-14,-10, -7, 28, 15,-11; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V'; M= -2,-12,-15,-13,-17, -9,-22,-20, 10,-11, -3,  1,-11,-22,-17,-12, -1,  2, 21,-31,-12,-17;
/M: SY='V'; M= 11,-19,-15,-23,-18, -7,-20,-20,  9,-15,  1,  1,-19,-16,-16,-18, -3,  2, 18,-22, -7,-18;
/M: SY='G'; M=  3, -3,-19, -9,-14,-17, 13,-14,-14,-13,-15, -9,  4,-18,-13,-14,  5,  3, -9,-27,-19,-13;
/M: SY='P'; M= -9,  7,-30, 17, 19,-31,-10, -9,-28, -1,-27,-22,  0, 21,  1, -9,  2, -6,-27,-33,-23,  9;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-24, -2,  9,-21,-17,  6,-18,  4,-12, -7,  1,-14,  8,  6, -3, -6,-16,-26, -9,  7;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='P'; M= -7, -8,-20, -5,  3,-13,-13, -9,-13,  1,-13, -9, -7, 16, -2,  2, -3, -3,-13,-18,-12, -1; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='V'; M= -5,-21,-20,-24,-20, -5,-20,-22, 19,-14,  6,  7,-17,-19,-17,-15,-11, -6, 20,-21, -7,-20; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='K'; M= -5,  2,-24,  4,  8,-25, -8,-10,-23, 10,-21,-13, -1,-13,  1,  6,  0, -5,-14,-27,-16,  4;
/M: SY='D'; M=-18, 45,-28, 55, 16,-35, -9,  6,-35,  0,-29,-26, 28,-12,  1, -7,  2, -8,-30,-39,-18,  8;
/M: SY='L'; M= -7,-17,-22,-19,-14, -7,-23,-18,  5,-12,  6,  2,-13,-13,-13,-10,-11, -4,  4,-20, -8,-15;
/M: SY='S'; M=  7,  9,-17, 11,  5,-22, -4, -9,-23, -6,-23,-19,  7,-11, -2,-10, 17,  5,-14,-32,-18,  2;
/M: SY='F'; M= -9,-12,-23,-17, -9, 14,-21, -9,-10,-10, -4, -4, -8,-20, -6, -8, -9, -5,-11, -6,  5, -5;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-32,-23, 25,-29,-19, 15,-28, 34, 13,-26,-29,-24,-20,-25, -9,  9,-12,  9,-23;
/M: SY='G'; M=  1, -5,-25, -7,-13,-26, 43,-16,-32,-14,-27,-18,  4,-18,-13,-14,  8, -9,-24,-25,-25,-13;
/M: SY='S'; M=  0,-11,-21,-13, -6, -9,-16,-13, -6, -8,-11, -6, -7, -3, -8, -9,  2,  0, -5,-24, -9, -8;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='F'; M= -6,-13,-24,-16, -7,  5,-20,-14,-11, -2,-10, -7, -8, -6,-11, -2, -6, -4,-10,-16, -2, -9;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-37,-29,  1,-37,-29, 43,-27, 19, 17,-23,-23,-23,-27,-18, -7, 34,-23, -3,-29;
/M: SY='Y'; M= -3,-11,-21,-13, -6, -5,-18, -2, -6, -7, -2, -2, -9,-20, -1, -6, -3, -3, -7,-14,  9, -5;
/M: SY='R'; M=-10,  5,-26,  4, 11,-24,-13,  9,-26,  7,-21,-12,  8,-13, 10, 14,  0, -2,-22,-27,-11,  9;
/M: SY='L'; M=-11,-25,-22,-27,-16,  8,-28, -9, 14,-25, 35, 19,-24,-26,-15,-17,-25,-11,  6,-19,  2,-16;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -2, -1,-25, -5, -7,-16,  6, -5,-24,  2,-20,-11,  5,-18, -6,  4, -3,-10,-19,-21,-12, -7;
/M: SY='D'; M= -9, 16,-27, 21,  8,-25,  5,  2,-32, -4,-24,-20, 11,-14, -3, -6, -1,-11,-26,-29,-16,  2;
/M: SY='M'; M= -9,-19,-22,-22,-14, -7,-27,-17,  8, -2,  7, 10,-16,-21,-10,  1,-14, -4, 10,-23, -6,-14;
/M: SY='P'; M=-11, -4,-35,  5, 10,-31,-19,-13,-24, -1,-28,-19, -9, 50, -1,-11, -6, -7,-28,-30,-24,  2;
/M: SY='T'; M= -5,-16,-17,-23,-18, -3,-27,-22, 14,-19, 11,  7,-13,-18,-15,-17, -2, 17, 12,-25, -5,-17;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-24,-22, 37,-30, 13,  1,-14,  2,  1,-20,-30,-15,-12,-20,-10, -7, 25, 69,-22;
/M: SY='W'; M=-16,-20,-34,-22,-12,  1,-22,-10,-14,  4,-12, -3,-18,-23, -6,  8,-21,-16,-15, 37, 16, -9;
/M: SY='L'; M=  2,-21,-20,-26,-18, -3,-17,-16, 11,-23, 21, 11,-19,-22,-15,-20,-15, -5,  6,-21, -6,-18;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_03 which contains 542'782 sequence entries.


Total number of hits 47 in 47 different sequences
Number of true positive hits 47 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.92 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] BRICHOS
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
47 sequences

ANN1_AREMA  (Q5SC60), ANN2_AREMA  (Q5SC59), BRID5_HUMAN (Q6PL45), 
GKN1_HUMAN  (Q9NS71), GKN1_MOUSE  (Q9CR36), GKN1_PIG    (Q8HYA9), 
GKN2_HUMAN  (Q86XP6), GKN2_MOUSE  (Q9CQS6), GKN2_RAT    (Q29TV8), 
GKN3_HUMAN  (P0CG01), GKN3_MOUSE  (Q9D0T7), GKN3_PIG    (D2XPP7), 
ITM2A_HUMAN (O43736), ITM2A_MOUSE (Q61500), ITM2B_BOVIN (Q3T0P7), 
ITM2B_CHICK (O42204), ITM2B_HUMAN (Q9Y287), ITM2B_MACFA (Q60HC1), 
ITM2B_MOUSE (O89051), ITM2B_PANTR (A5A6H8), ITM2B_PIG   (Q52N47), 
ITM2B_PONAB (Q5R876), ITM2B_RAT   (Q5XIE8), ITM2C_BOVIN (A2VDN0), 
ITM2C_HUMAN (Q9NQX7), ITM2C_MACFA (Q4R540), ITM2C_MOUSE (Q91VK4), 
ITM2C_PIG   (Q06AV4), ITM2C_PONAB (Q5NVC3), ITM2C_RAT   (Q5PQL7), 
LECT1_BOVIN (P17404), LECT1_CHICK (Q9PUU8), LECT1_DANRE (P58239), 
LECT1_HUMAN (O75829), LECT1_MOUSE (Q9Z1F6), LECT1_RABIT (O77770), 
LECT1_RAT   (O70367), PSPC_BOVIN  (P15783), PSPC_HUMAN  (P11686), 
PSPC_MACMU  (P55152), PSPC_MOUSE  (P21841), PSPC_NEOVI  (P35245), 
PSPC_RABIT  (P22398), PSPC_RAT    (P11685), TNMD_HUMAN  (Q9H2S6), 
TNMD_MOUSE  (Q9EP64), TNMD_RAT    (Q9ESC2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

YQ21_CAEEL  (Q09231)

		
PDB
[Detailed view]
1 PDB

2YAD

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission