Entry: PS50891

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] LOB
Accession [info] PS50891
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50891
Associated ProRule [info] PRU00291

Name and characterization of the entry

Description [info] LOB domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=102;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=97;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8090; R2=0.00944321; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4786.48441; R2=39.93092; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=602; N_SCORE=8.5; H_SCORE=24632; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=390; N_SCORE=6.5; H_SCORE=20399; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M= -7,  5,-21, -3, -4,-19, -5, -3,-16, -1,-17, -4, 13,-16,  4,  5,  5,  5,-16,-28,-14, -1;
/M: SY='P'; M= 10,-13,-26,-12, -3,-24,-11,-16,-18, -5,-23,-16,-10, 33, -6, -8,  3, -3,-17,-27,-23, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A'; M= 29,  1,-14, -7,  2,-21, -3,-12,-15, -6,-17,-14,  4,-10, -3,-13, 13,  1, -9,-27,-20, -1;
/M: SY='A'; M= 19,-17,-13,-20,-18,-14, -2,-23,  0,-15, -7, -5,-14,-19,-18,-19,  4,  0, 14,-26,-18,-18;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M=-13, -7,-30, -8,  2,-23,-23,-10,-19, 34,-21, -6, -3,-14,  6, 32,-11,-10,-13,-20, -9,  2;
/M: SY='H'; M=-13,-16,-22,-20,-17, 12,-27, 18, -1,-18, -2,  2, -9,-23,-14,-13,-10, -4,  0,-15, 17,-17;
/M: SY='Q'; M=-10,-13,-26,-13,  2,-17,-24, -6, -4, -2,  9,  7,-13,-19, 19,  0,-14,-10,-12,-20, -6, 10;
/M: SY='R'; M=-16,  9,-26,  1,  0,-20,-12,  4,-26, 19,-24,-14, 23,-20,  6, 43, -2, -6,-24,-28,-14,  0;
/M: SY='R'; M=-14, -3,-30, -2, 12,-26,-20, -5,-30, 37,-25,-11,  0,-13, 11, 43, -9,-10,-21,-21,-11,  9;
/M: SY='K'; M= -8,  3,-26, -1,  3,-27, -5, -6,-26, 20,-25,-11,  8,-14,  9, 16, -1, -3,-22,-24,-14,  5;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A'; M=  8, -6,-18,-11, -8,-17,-12,-14, -8, -4,-15, -6, -2, -1, -7,-10,  5,  4, -4,-29,-17, -8;
/M: SY='E'; M= -6,  6,-28,  4, 14,-25,-13, -4,-24,  8,-24,-17, 10,  8,  4,  7, -1, -7,-25,-29,-20,  7;
/M: SY='N'; M=-12, 18,-24, 13,  3,-10, -5, -1,-19, -6,-18,-10, 20,-17, -5, -7, -1, -7,-21,-28,-12,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='I'; M= -9,-22,-28,-27,-14, -7,-32,-21, 27,-19,  9, 15,-18, -8,-12,-21,-15, -9, 15,-23, -7,-16;
/M: SY='F'; M=-16,-27,-23,-30,-23, 36,-30,-10,  9,-25, 25,  9,-24,-30,-24,-17,-24,-10,  2,  2, 29,-23;
/M: SY='A'; M= 36, -9,-13,-16, -7,-20, -3,-16,-14, -5,-14,-11, -6,-11, -6, -7, 11,  1, -4,-22,-19, -7;
/M: SY='P'; M=-11,-16,-35, -9,  6,-24,-21,-15,-17, -6,-17,-14,-17, 52, -5, -9,-11,-10,-24,-28,-23, -4;
/M: SY='Y'; M=-17,-19, -8,-20,-19, 15,-29, 17, -5,-15,  1,  0,-18,-30,-12,-13,-19,-11,-10,  6, 48,-19;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-21,-40,-30, 69,-31,-21,  7,-30, 11,  3,-20,-29,-37,-21,-20,-10,  4,  6, 26,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-17,-39, -9,  3,-31,-20,-16,-20, -7,-29,-17,-17, 76,  0,-16, -9,-10,-30,-29,-27, -3;
/M: SY='A'; M=  7,-12,-22,-13, -7,-12,-10,-10,-15, -9,-19,-13, -8, -7, -1,-12,  7,  0,-14,  2,  1, -5;
/M: SY='E'; M= -9,  7,-24,  8, 16,-21,-17, -6,-16,  0,-17,-13,  8,-11,  4,  1,  4,  1,-15,-31,-15,  8;
/M: SY='D'; M=-12,  9,-29, 17, 17,-28,-10, -6,-26,  8,-16,-13,  1,-12,  8,  0, -6,-11,-22,-27,-15, 12;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='T'; M= -5,-10,-19,-12, -5,-12,-20,-14, -5,-11,  0, -3,-10,  4, -2,-10, -2, 12, -7,-23,-10, -4; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='H'; M= -3,  9,-24,  9, 11,-25,-12, 17,-26,  7,-24,-13, 10,-12,  6,  2,  3, -6,-22,-30, -9,  7;
/M: SY='K'; M=  1,  1,-23, -1,  9,-24,-14, -7,-19, 12,-17, -9,  3,-12, 10,  5,  1, -4,-17,-25,-14, 10;
/M: SY='F'; M=-17,-24,-21,-31,-25, 56,-29,-11, -1,-23,  5, -1,-17,-27,-29,-16,-15, -2, -2,  9, 36,-25;
/M: SY='E'; M= -5,  1,-25,  5, 15,-25,-19, -7,-15,  4,-11, -7, -5,-12, 12, -2, -5, -8,-12,-26,-13, 13;
/M: SY='A'; M=  6, -3,-14,-12,-14, -1,-11,-13, -3,-12,-11, -8,  5,-20,-15,-13,  5,  1,  3,-27,-11,-14;
/M: SY='V'; M= 10,-25,-12,-29,-25, -5,-24,-28, 23,-19,  7,  7,-24,-24,-24,-21, -7, -1, 36,-27,-11,-25;
/M: SY='H'; M= -7,  6,-25, -2, -5,-18,-14, 45,-15,-10,-17, -4, 17,-19,  1, -6, -3,-11,-19,-30,  2, -5;
/M: SY='K'; M=-12, -1,-30,  0, 16,-29,-20, -4,-29, 35,-25,-10,  0,-11, 17, 33, -7,-10,-23,-21,-11, 15;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-21,-35,-27, 14,-33,-25, 29,-28, 26, 15,-25,-27,-25,-23,-21, -8, 24,-18,  2,-27;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V'; M= 11,-17,-14,-22,-16, -9,-19,-20,  3,-10,  3,  0,-16,-20,-15, -6, -3,  4, 14,-24,-12,-16;
/M: SY='S'; M=  6, -7,-19, -6,  3,-20,-11,-13,-15, -5,-20,-14, -4,  2, -3, -5, 13,  4, -8,-32,-19, -1;
/M: SY='N'; M= -6, 20,-20,  8, -4,-20,  5,  9,-22, -6,-26,-17, 35,-18, -3, -5, 11,  4,-24,-35,-16, -4;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-19,-33,-27,  3,-33,-27, 34,-26, 24, 16,-27,-27,-24,-23,-19, -6, 33,-24, -4,-27;
/M: SY='T'; M=  0,-13, -1,-21,-15,-12,-23,-17,  3,-14, -2,  6,-12,-18, -6,-15, -1, 10,  6,-28,-11,-11;
/M: SY='K'; M= -6,  1,-20, -5, -2, -9,-16,-11,-19, 12,-20,-11,  6,-14, -4,  5,  5,  9,-13,-24, -7, -2;
/M: SY='M'; M=-13,-25,-23,-32,-24, 16,-29,-10, 21,-20, 21, 29,-22,-24,-14,-17,-22,-10, 10, -9, 14,-20;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-21,-32,-23,  5,-31,-21, 28,-26, 34, 24,-26,-26,-18,-21,-24, -9, 19,-21, -1,-22;
/M: SY='K'; M=-10, 13,-26, 13, 13,-28,-13, -1,-27, 16,-27,-15, 14,-12, 13, 14,  4, -4,-24,-30,-15, 13;
/M: SY='N'; M= -2, 10,-22,  8,  6,-23,-12,  8,-24,  4,-22,-14, 11,-13,  2,  4,  5,  1,-19,-30,-11,  3;
/M: SY='L'; M=  1,-27,-17,-30,-22,  2,-27,-23, 21,-25, 29, 13,-26,-26,-21,-21,-19, -6, 21,-23, -5,-22;
/M: SY='P'; M=-10, -2,-29,  5, 13,-24,-17,  1,-23, -2,-19,-15, -4, 16,  2, -1, -2, -7,-23,-30,-16,  5;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P'; M=-11,  3,-34, 14, 29,-31,-19, -8,-27,  0,-26,-21, -6, 36,  5,-10, -4,-10,-30,-31,-24, 15;
/M: SY='E'; M= -5, -1, -8,  0, 16,-20,-16,  1,-19, -5,-16, -7, -1,-11,  4, -7,  7,  2,-15,-33,-14, 10;
/M: SY='Q'; M=-11,  7,-30, 11, 24,-37,-19,  5,-25, 14,-23, -7,  2, -9, 41,  9, -1,-10,-29,-24,-12, 32;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 35,-22,-10,  0,-18, 10, 61,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='E'; M=-10, -1,-30,  4, 17,-26,-22, -9,-15, -3,-17,-12, -5, 15,  8, -9, -3, -3,-19,-28,-17, 11;
/M: SY='M'; M= -5, -2,-25, -3, -2,-10,-20,-12, -3, -5, -5,  2, -6,-14, -6,-11, -9, -9, -4,-22, -7, -5;
/M: SY='A'; M= 20,-16,-14,-23,-14, -7,-14,-20,  2,-18, 13,  2,-16,-18,-14,-19, -4,  3,  4,-21,-11,-14;
/M: SY='M'; M=  8,-15,-14,-23,-16,  2,-15,-14,  2,-14,  1, 12,-12,-17,-12,-15,  0,  5,  6,-20, -5,-13;
/M: SY='B'; M=-12, 18,-25, 18, 12,-27,-14,  0,-26, 10,-24,-16, 16,-12, 11, 10,  2,  0,-24,-30,-15, 11;
/M: SY='S'; M=  3,  1,  4, -4, -6,-18, -8,-13,-19,-11,-24,-18,  9,-14, -6,-11, 27, 21,-10,-39,-19, -6;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='I'; M= -1,-19,-23,-26,-18, -2,-26,-16, 13,-15,  8,  5,-15,-20,-12,-10,-10, -1,  8,-15,  5,-18;
/M: SY='Y'; M=-19,-25,-32,-27,-23, 27,-27,  3, -1,-14,  0,  4,-24,-29,-14,-13,-24,-14,-10, 46, 54,-20;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-28, 11, 42,-29,-18,  8,-27,  6,-19,-15,  0, -4, 19, -1,  0,-10,-26,-28,-15, 30;
/M: SY='A'; M= 39, -9,-13,-17,-10,-21, 10,-19,-15,-11,-15,-12, -7,-11,-10,-19, 12, -1, -5,-22,-21,-10;
/M: SY='E'; M=-11,  3, -6, -1,  7,-17,-19, -2,-18,  1,-14,-10,  6,-19,  4, -3, -6, -8,-19,-26, -7,  5;
/M: SY='A'; M= 18,-19,-21,-22,-16,-15, -1,-23, -9,-14,-13,-10,-17, -5,-16,-20, -4, -7, -2, -4,-15,-16;
/M: SY='R'; M=-18,-14,-13,-16, -6,-18,-21, -7,-28, 14,-20,-12, -8,-23,  5, 39,-13,-13,-21, -1, -7, -3;
/M: SY='T'; M=  3, -7,-18,-12,-10, -5,-20,-17, -3,-12, -5, -4, -7,-15, -8,-14,  2,  9,  1,-22, -7, -9;
/M: SY='R'; M=-12, -9,-24, -9,  1,-13,-22, -9,-10,  6, -2, -3, -5,-20, -2, 17,-11, -8, -6,-25,-10, -2;
/M: SY='D'; M=-13, 41,-24, 44, 10,-30, -5,  3,-30, -1,-30,-25, 34,-14,  0, -6,  8, -3,-28,-40,-20,  5;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='V'; M= -4,-29,-19,-30,-26, -4,-31,-29, 29,-21,  7,  9,-26,-12,-25,-23,-13, -4, 35,-27,-10,-27;
/M: SY='N'; M= -6,  3,-21, -1, -5,-15, -4,  6,-18, -3,-17,-11, 12,-18, -3, -4,  5, -2,-17,-27, -6, -5;
/M: SY='G'; M= -1, -4,-29, -6,-17,-29, 61,-16,-37,-17,-30,-20,  8,-20,-17,-17,  1,-17,-30,-23,-29,-17;
/M: SY='C'; M=  3,-16, 34,-20,-19,-21, -8,-24,-20,-20,-20,-16,-13,-12,-20,-23,  0, -6, -8,-36,-26,-20;
/M: SY='Y'; M=-11,-20,-23,-23,-19, 14,-26,  2,  7,-20,  8,  5,-15,-25,-15,-16,-12, -7,  3,-10, 20,-19;
/M: SY='G'; M= -6, -2,-30,  1,-10,-30, 40,-14,-38, -4,-29,-19,  2,-18,-11, -4, -2,-17,-28,-22,-24,-11;
/M: SY='M'; M= -5,-17,-19,-24,-12,  4,-23,-12, 10,-13,  8, 22,-16,-18, -9,-14,-11, -2,  8,-19, -2,-11;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-25,-32,-24,  5,-34,-21, 30,-26, 23, 15,-21,-23,-18,-23,-19, -4, 17,-15,  8,-24;
/M: SY='Q'; M=-12,-13,-16,-12,  1,-14,-21, -6,-17, -4,-11, -8,-12,-20,  9,  1,-10,-10,-19,  2,  1,  5;
/M: SY='Q'; M= -4,  5,-24,  2,  3,-22,-15, -2,-20,  9,-19,-10,  5,-14, 12,  9,  1,  0,-18,-21, -6,  7;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-24,-27,-21,  6,-18,-16, 13,-26, 30, 12,-24,-27,-19,-20,-24,-11,  5,-14,  5,-21;
/M: SY='M'; M=-10, -6, -8,-12, -5,-16,-21, -7, -9,  1, -2,  5, -4,-21,  5, -1,-11, -9,-11,-26,-10,  0;
/M: SY='W'; M=-13, -5,-17, -9, -6, -8,-15, -8,-21, -7,-21,-17,  1,-22, -6, -5, -8,-10,-23, 20,  3, -6;
/M: SY='Q'; M=-11, -1,-28, -5,  5,-16,-21,  0, -9,  9,-13,  1,  1,-15, 11,  3, -8, -9,-14,-17,  1,  7;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-27,-33,-24, -2,-34,-26, 32,-27, 20, 14,-23, -9,-20,-26,-20, -9, 19,-22, -5,-25;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Y'; M=-12, -6, -6,-10, -6, -8,-18,  4,-14, -4,-12, -2, -4,-20, -4, -6,-11,-10,-15, -3,  6, -5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Q'; M=-14, -1,-26, -4,  0, -5,-20, -4,-15,  1, -8, -4,  1,-19,  7,  4, -9, -9,-17,-18, -3,  4;
/M: SY='L'; M=  5,-17,-18,-20,-13, -8,-20, -5,  2,-10,  8,  4,-16,-21,-12,-11,-11, -7,  7,-23, -5,-13;
/M: SY='E'; M=  5, -2,-25, -1, 18,-22,-16, -3,-20,  8,-16,-10, -5, -9, 14, -1, -1, -7,-18,-17, -5, 16;
/M: SY='E'; M=  0, -2,-23, -1, 17,-24,-19, -9,-16,  9,-16, -9, -5,-10,  9,  1,  0, -2,-10,-26,-15, 13;
/M: SY='E'; M=-10,  9,-28, 16, 34,-23,-18,  3,-25,  4,-20,-17,  1, -7, 15, -3,  2, -7,-25,-23, -5, 24;
/M: SY='L'; M= -7,-26,-19,-28,-21,  5,-30,-22, 21,-26, 33, 15,-25,-26,-20,-20,-19, -1, 16,-23, -3,-21;
/M: SY='K'; M= -1, -1,-20, -1,  1,-19,-15,-11,-12,  3,-16,-10,  0,-16, -4,  3,  2, -2, -2,-30,-15, -2;
/M: SY='A'; M=  2,-10,-22,-12,  0,-14,-18, -2, -6, -6, -1, -2, -8,-15, -3, -8, -5, -6, -6,-25, -8, -3;
/M: SY='T'; M=  5, -9,-15,-15,-13,-10,-17,-16, -2, -8, -2, -3, -5,-19,-11, -3,  0,  9,  5,-26,-12,-13;
/M: SY='Q'; M= -8,  1,-26, -2,  1,-26, -5, -4,-20, 11,-22, -8,  7,-16, 12, 11, -3, -8,-17,-25,-14,  6;
/M: SY='N'; M= -2,  5,-26,  3,  8,-27,  0, -6,-25,  3,-26,-16, 11, -1,  5, -3,  4, -6,-24,-29,-20,  6;
/M: SY='E'; M= -8, -1,-25,  2, 15,-22,-19, -6,-15,  2, -6, -6, -4,-13, 12, -1, -3, -6,-16,-26,-12, 13;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 30,-30, 40, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 17,-20,  0,-23;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 47 in 47 different sequences
Number of true positive hits 47 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] LOB
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
47 sequences

IAL1_MAIZE  (A1YKY7), LBD10_ARATH (O64836), LBD11_ARATH (Q9SK08), 
LBD12_ARATH (Q8LBW3), LBD13_ARATH (Q9AT61), LBD14_ARATH (Q9SJW5), 
LBD15_ARATH (Q8L5T5), LBD16_ARATH (Q9SLB7), LBD17_ARATH (Q9SLB6), 
LBD18_ARATH (O22131), LBD19_ARATH (O22132), LBD1_ARATH  (Q9LQR0), 
LBD20_ARATH (Q9SRV3), LBD21_ARATH (Q9SRL8), LBD22_ARATH (Q9LRW1), 
LBD23_ARATH (P59467), LBD24_ARATH (P59468), LBD25_ARATH (Q8L8Q3), 
LBD26_ARATH (Q9LIJ0), LBD27_ARATH (Q9STS6), LBD28_ARATH (Q9SCS4), 
LBD29_ARATH (Q9M2J7), LBD2_ARATH  (Q9LNB9), LBD30_ARATH (O81323), 
LBD31_ARATH (O81322), LBD32_ARATH (O49651), LBD33_ARATH (Q9LHS8), 
LBD34_ARATH (P59469), LBD35_ARATH (Q9FFL3), LBD36_ARATH (Q9FKZ3), 
LBD37_ARATH (Q9FN11), LBD38_ARATH (Q9SN23), LBD39_ARATH (Q9SZE8), 
LBD3_ARATH  (Q9SA51), LBD40_ARATH (Q9ZW96), LBD41_ARATH (Q9M886), 
LBD42_ARATH (Q9CA30), LBD4_ARATH  (Q9SHE9), LBD5_ARATH  (Q9C8V8), 
LBD6_ARATH  (O04479), LBD6_MAIZE  (Q32SG3), LBD6_ORYSI  (A2WXT0), 
LBD6_ORYSJ  (Q8LQH4), LBD7_ARATH  (Q9SSM9), LBD8_ARATH  (Q9ZUP0), 
LBD9_ARATH  (O82198), LOB_ARATH   (Q9FML4)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission