PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS50914

General information about the entry

Entry name [info]

BON

Accession [info]

PS50914

Entry type [info]

MATRIX

Date [info]

01-AUG-2003 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 05-JUL-2017 INFO UPDATE.

PROSITE Doc. [info]

PDOC50914

Associated ProRule [info]

PRU00229

Name and characterization of the entry

Description [info]

BON domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3639259; R2=0.0226507; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=316; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=174; N_SCORE=6.3; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D'; M=-10, 16,-24, 18,  3,-20,-11, -5,-18, -6,-13,-11, 10,-13, -2, -9, -2, -4,-17,-31,-14,  0;
/M: SY='D'; M= -7, 21,-26, 31,  8,-30, -9, -1,-27, -2,-22,-19,  7,-10, -2, -6,  0, -8,-19,-33,-16,  2;
/M: SY='A'; M=  5, -4,-19, -5,  2,-18,-13,-11, -9, -7,-11, -9, -4,-11, -4,-11,  4,  2, -5,-28,-15, -2;
/M:         M= -5, -8,-22, -9, -7,-12,-19, -8, -5, -4, -5, -2, -8,-19, -5,  0, -7, -4, -1,-18, -6, -7;
/M: SY='I'; M= -3,-23,-21,-28,-20, -3,-29,-23, 22,-21, 17, 11,-20,-22,-14,-18,-13, -2, 18,-23, -5,-19;
/M: SY='E'; M=  0, -2,-22, -3, 12,-19,-17,-10,-17,  4,-13, -9, -3,-10,  3,  5,  2,  5,-11,-26,-14,  6;
/M: SY='E'; M=  0,  2,-23,  2,  7,-24, -3, -3,-24, -1,-20,-14,  1,-12,  4, -2,  4,  0,-19,-25,-13,  5;
/M: SY='K'; M= -6,  4,-24,  5,  7,-25,-14, -8,-22,  8,-21,-13,  2, -6,  5,  8,  1,  0,-16,-27,-15,  5;
/M: SY='V'; M= -1,-22,-16,-26,-21, -3,-25,-24, 21,-21,  9,  8,-19,-22,-20,-22,-10, -5, 22,-25, -8,-22;
/M: SY='R'; M= -3, -6,-24, -9,  2,-17,-17, -9,-15,  9,-10, -5, -3,-15,  3, 10, -6, -5,-12,-22,-10,  2;
/M: SY='S'; M=  5,  4,-20,  5,  4,-21, -7, -5,-21, -3,-17,-14,  1,-12, -3, -5,  6,  0,-14,-28,-15,  0;
/M: SY='A'; M=  6, -9,-17,-10,  4,-12,-18,-12, -9, -6,  0, -4,-11,-15, -2,-10, -6, -4, -7,-22, -9,  1;
/M: SY='L'; M=-10,-22,-23,-24,-14,  3,-28,-13, 13,-19, 22, 11,-19,-24,-12,-12,-19, -8,  7,-20,  1,-15;
/M: SY='A'; M=  5, -4,-21, -7, -6,-18,-11,-13,-10, -2, -9, -7, -3,-16, -5, -1, -1, -4, -5,-25,-14, -6;
/M: SY='R'; M= -1,-12,-25,-16,-10,-11,-12,-11, -9, -2,-10, -4, -7,-19, -3,  1, -7, -8, -8, -8, -4, -7;
/M: SY='N'; M= -4,  6,-23,  2,  1,-20,-12, -4,-17,  3,-15,-10, 10,-16,  5,  4,  0, -3,-16,-26,-11,  2;
/M: SY='R'; M= -3, -3,-24, -3,  1,-21,-15,-10,-18,  4,-17,-11, -1,  0,  0,  6,  1,  0,-14,-28,-16, -1;
/M: SY='G'; M= -3, -7,-26, -7, -4,-16,  3,-12,-19, -8,-16,-11, -5,-17, -5, -7, -4,-10,-15,-10,-12, -4;
/M: SY='L'; M= -2,-19,-20,-22,-13, -3,-24,-18,  6,-16, 11,  4,-17,-15,-11,-12,-10, -1,  5,-22, -7,-13;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='D'; M= -5,  6,-24,  9,  5,-24, -6, -7,-20,  0,-19,-14,  3, -5, -3, -6, -1, -6,-16,-27,-16,  0; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='A'; M=  4,  3,-21,  2, -3,-17, -5,-12,-18, -9,-16,-13,  1, -4, -7,-13,  4,  1,-14,-22,-15, -5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='A'; M=  3, -7,-21,-11, -8, -8,-10,-12, -9,-11, -9, -8, -3,-11, -7,-12,  0, -1, -8,-20, -7, -8;
/M: SY='N'; M= -3,  8,-25,  8,  2,-26, -1, -1,-25,  0,-23,-15,  9, -8,  1, -2,  3, -6,-21,-29,-17,  1;
/M: SY='I'; M= -8,-28,-24,-34,-27,  1,-34,-25, 37,-26, 19, 18,-22,-23,-19,-25,-17, -6, 27,-21,  0,-26;
/M: SY='N'; M= -9,  8,-24,  7,  7,-24,-12,  5,-24,  9,-23,-13, 12,-13,  8, 10,  4,  0,-20,-30,-12,  7;
/M: SY='V'; M=  1,-29,-12,-30,-29, -1,-30,-29, 29,-20, 10, 10,-28,-28,-28,-21,-10,  0, 46,-29,-10,-29;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-22,  4, 10,-22,-14, -9,-15, -3,-15,-10, -1,-11,  5, -6,  5,  2,-11,-29,-15,  7;
/M: SY='V'; M=  3,-17,-15,-20,-17, -4,-17,-20,  7,-16, -1, -1,-14,-21,-18,-17,  0,  4, 17,-24, -6,-18;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-23,  3,  6,-15,-18, -2,-14, -4,-12, -9, -2,-14,  2, -5,  1,  0,-11,-24, -4,  3;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N'; M= -7, 12,-26, 10,  5,-27,  4, -1,-28,  2,-27,-18, 17, -8,  2,  0,  4, -6,-26,-30,-19,  3;
/M: SY='G'; M= -7,  3,-28,  4, -6,-29, 28, -7,-34, -5,-28,-18,  8,-17, -5,  0,  2,-12,-27,-26,-22, -6;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-23,-11, -5,-17,-17, -4, -6, -2,-10, -3, -5,-18, -1,  3, -5, -4, -1,-26, -9, -5;
/M: SY='V'; M=  7,-27,-12,-29,-27, -3,-26,-28, 25,-19,  9,  8,-26,-26,-26,-21, -8, -1, 40,-27,-11,-27;
/M: SY='V'; M= -7,-15,-19,-19,-16, -4,-27,-15,  9,-12,  6,  3,-13,-20,-14,-11, -7,  9, 10,-22,  0,-16;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-19,-30,-21,  7,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-29,-29,-21,-21,-26, -8, 16,-21, -2,-21;
/M: SY='T'; M= -2, -6,-17,-10, -6, -7,-11, -9,-13,-10,-13, -9, -1,-14, -8,-10, 10, 14, -7,-22, -8, -7;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T'; M= -6, -6,-22, -8,  0,-12,-21, -9, -8, -3, -9, -6, -6,-15, -1, -2, -2,  4, -6,-18, -4, -1;
/M: SY='V'; M= 19,-21,-12,-26,-21, -9,-19,-25, 15,-16,  2,  3,-21,-21,-19,-20, -3, -1, 27,-25,-13,-21;
/M: SY='E'; M= -1,  2,-25,  3,  4,-24,-11, -8,-21,  0,-21,-14,  2,  3,  3, -1,  2, -3,-18,-27,-18,  2;
/M: SY='N'; M= -6, 16,-20, 13,  1,-21,-10, -6,-20, -3,-23,-18, 18,-11, -2, -4, 13, 11,-17,-31,-16, -1;
/M: SY='E'; M=  1, -3,-25,  0, 14,-24,-15, -7,-16, -3,-13,-10, -7,  0, 10, -8, -1, -6,-16,-25,-15, 11;
/M: SY='E'; M=  2, -1,-21,  0,  8,-20,-12, -5,-14, -3,-11, -8, -3,-13,  5, -5,  1, -5,-11,-26,-13,  6;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-21,  2, 13,-20,-16, -8,-11, -4, -7, -5, -7, -8,  3, -9, -2, -4, -8,-25,-14,  8; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M=  2,-14,-23,-17, -9,-15,-15,-15, -7,  5, -7, -3,-10,-18, -6,  9, -7, -7, -1,-21,-11, -9;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-27,  9, 24,-28,-13, -5,-25,  6,-20,-15,  1, -3, 12,  3,  1, -5,-23,-28,-17, 17;
/M: SY='R'; M= -2,-13,-23,-16, -6,-13,-19,-10, -9,  8, -4,  1,-10,-18, -2, 11, -9, -7, -4,-21, -8, -5;
/M: SY='A'; M= 27,-17,-16,-26,-17,-10,-14,-23,  8,-17,  2,  0,-14,-15,-14,-22, -1, -2,  9,-20,-12,-17;
/M: SY='E'; M= -5, -5,-24, -6,  5,-17,-11, -8,-10, -3,-11, -6, -3,-14, -1, -3, -2, -5, -9,-25,-12,  1;
/M: SY='E'; M= -4, -2,-24,  1, 10,-23,-15, -8,-19,  7,-15,-10, -3,-11,  6,  9, -1, -6,-13,-26,-15,  7;
/M: SY='V'; M=  7,-22,-12,-26,-21, -4,-23,-23, 15,-21, 14,  6,-21,-23,-19,-21,-11, -5, 18,-23, -7,-21;
/M: SY='A'; M= 28,-15, -2,-23,-16,-14,-12,-23, -1,-14, -4, -5,-15,-17,-16,-20,  4,  3, 11,-25,-17,-16;
/M: SY='R'; M= -5, -5,-26, -5,  6,-21, -8, -9,-23,  6,-19,-13, -2,-14,  4,  9, -1, -4,-19,-13,-12,  4;
/M: SY='N'; M=  1,  6,-21,  2,  3,-23, -1, -6,-21,  2,-23,-15, 13,-13,  3,  1,  9,  0,-18,-29,-18,  2;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V'; M= -2,-23,-16,-27,-21,  1,-28,-24, 20,-20, 12,  8,-21,-24,-20,-19, -9,  1, 26,-24, -6,-21;
/M: SY='E'; M= -2, -2,-26,  0,  4,-25, -8,-12,-20,  4,-22,-14, -2,  4, -1, -2,  1, -4,-17,-27,-18,  0;
/M: SY='G'; M=  0, -3,-28, -3,-14,-28, 50,-16,-36,-15,-28,-19,  3,-18,-15,-17,  1,-16,-27,-21,-24,-15;
/M: SY='V'; M=  2,-25,-15,-26,-26, -6,-13,-27, 16,-18,  2,  4,-22,-26,-25,-18, -7, -3, 31,-27,-13,-26;
/M: SY='K'; M=  3, -4,-23, -5,  6,-22,-10,-11,-20, 10,-18,-11, -3,-12,  3,  7,  0, -4,-13,-20,-14,  4;
/M: SY='E'; M=  1,  1,-23,  1, 10,-25, -7, -9,-22,  3,-21,-14,  2, -4,  5, -2,  7,  1,-19,-28,-18,  7;
/M: SY='V'; M= -2,-28,-13,-30,-28,  0,-31,-29, 30,-21, 12, 11,-27,-28,-27,-21,-11,  1, 43,-28, -8,-28;
/M: SY='D'; M= -9,  2,-22,  3, -1,-15,-20, -7, -8, -2,-11, -8, -2,-17, -6, -4, -4, -1, -2,-26, -6, -4;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='N'; M= -9, 25,-15, 19,  0,-23, -5, -1,-22, -2,-24,-18, 31,-19, -4, -3,  5, -3,-21,-37,-19, -2;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-25,  0,  5,-18,-10,  5,-20,  2,-16,-10,  5,-16,  4,  4, -4, -9,-18,-23, -7,  4;
/M: SY='I'; M= -5,-27,-21,-32,-24,  6,-30,-21, 26,-25, 26, 19,-24,-25,-19,-22,-20, -8, 19,-18,  1,-23;
/M: SY='T'; M= -6, -3,-16, -6, -2,-16,-19,-11,-15,  3,-14, -9, -1,-15,  1,  5,  5, 11, -8,-27,-11, -2;
/M: SY='V'; M=  0,-23,-15,-26,-21, -4,-20,-23, 16,-20,  9,  6,-21,-24,-19,-20,-11, -4, 22,-23, -6,-21;
/M: SY='A'; M=  8, -7,-18,-11, -4,-16,-10,-12, -9, -7, -8, -6, -4,-11, -4, -6,  2,  0, -6,-26,-15, -4;
/M: SY='S'; M=  3,  1,-24,  3,  5,-27, -2,-10,-24, -2,-24,-16,  1,  4,  2, -7,  7, -1,-20,-28,-20,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_07 which contains 555'100 sequence entries.

Total number of hits

21 in 12 different sequences

Number of true positive hits

21 in 12 different sequences

Number of 'unknown' hits

Number of false positive hits

Number of false negative sequences

Number of 'partial' sequences

Precision (true positives / (true positives + false positives))

100.00 %

Recall (true positives / (true positives + false negatives))

84.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]

protein_domain

Scaling database [info]

reversed

Author [info]

CJA_Sigrist

Taxonomic range [info]

Prokaryotes (Bacteria)

Maximum number of repetitions [info]

Feature key [info]

DOMAIN

Feature description [info]

BON

Version [info]

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

12 sequences

HLY2_ACTPL  (P46028    ), OSMY_ECOL6  (P0AFH9    ), OSMY_ECOLI  (P0AFH8    ),

Y1658_HAEIN (P45301    ), Y4XJ_SINFN  (P55702    ), Y888_DEIRA  (Q9RVY3    ), 
YGAU_ECOL6  (P0ADE7    ), YGAU_ECOLI  (P0ADE6    ), YGS2_ANACE  (P35664    ), 
YRAP_ECO57  (P64598    ), YRAP_ECOL6  (P64597    ), YRAP_ECOLI  (P64596    )

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

4 sequences

ARFA_MYCBO  (P65594    ), ARFA_MYCBP  (A1KH31    ), ARFA_MYCTO  (P9WIU4    ),

ARFA_MYCTU  (P9WIU5    )

» more

PDB
[Detailed view]

1 PDB

5FIM

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Disclaimer

Back to the Top