Entry: PS50941

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CHIT_BIND_I_2
Accession [info] PS50941
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2003 (CREATED); NOV-2003 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00025
Associated ProRule [info] PRU00261

Name and characterization of the entry

Description [info] Chitin-binding type-1 domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=42;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=42;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2388287; R2=0.0049724; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1260; N_SCORE=7.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=857; N_SCORE=6.9; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-10; D=-30; I=-30; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A'; M= 12,  1,-19, -1, -4,-19, -7, -9,-16, -5,-15,-12,  0,-13, -6, -9,  5, -1, -9,-24,-12, -5;
/M: SY='Q'; M= -4, -3,-29, -3, 10,-27, -7,  2,-22,  1,-21,-10, -1, -9, 18, -2, -2,-10,-24,-13,-11, 14;
/M: SY='Q'; M=-10,  6,-27,  4, 15,-27,-15,  3,-24, 12,-21,-11, 10,-11, 21, 19,  0, -6,-24,-26,-14, 17;
/M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30, -9,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -8,-17,-29, 56,-18,-35,-17,-27,-17, -1,-18,-17,-17, -1,-18,-26,-21,-27,-17;
/I:         I=-5; MD=-16;
/M: SY='R'; M= -6, -7,-22, -6,  0,-19,-13, -3,-19,  9,-19,-10, -2,  3,  2, 15,  0, -2,-14,-22,-12, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='Q'; M= -6,  6,-20,  7, 10,-22,-11,  3,-16,  2,-14, -7,  3, -8, 21,  1,  0, -6,-18,-13, -8, 16; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='A'; M= 13, -9,-13,-14, -9, -4, -4,-12, -8, -5, -7, -6, -7,-10, -9, -8,  0, -3, -3,-12, -7, -9; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='G'; M= -1, -4,-22, -5,-10,-19, 31,-10,-25,-11,-21,-14,  1,-12, -9,-12,  2, -9,-20,-16,-15,-10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='G'; M= -4,  2,-22,  0, -9,-18, 29, -9,-26, -9,-22,-15,  9,-16,-10, -6,  1,-10,-21,-20,-18,-10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='A'; M=  8, -6,-18, -9, -3,-20, -3,-11,-16,  2,-15, -9, -4, -6,  0,  2,  2, -1,-10,-20,-15, -3; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='T'; M= -4,-13,-16,-14, -8, -6,-16,-15, -2,-10,  3, -2,-11,-11,-10, -7, -2,  6,  1,-23, -9,-10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-16;
/M: SY='C'; M=-10,-20,116,-30,-30,-17,-30,-30,-29,-30,-19,-19,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-28,-30;
/M: SY='P'; M=  6,-12,-28,-10, -3,-25,-11,-14,-17, -9,-22,-15,-10, 38, -6,-16,  0, -4,-19,-28,-23, -7;
/M: SY='N'; M= -3, 10,-23,  6, -2,-22,  5, -5,-22, -7,-22,-16, 17, -9, -4, -9,  6, -2,-22,-31,-20, -3;
/M: SY='N'; M= -7, 13,-21,  8, -4,-25, 19, -7,-28, -7,-25,-18, 20,-18, -8, -8,  3, -8,-26,-31,-22, -6;
/M: SY='L'; M= -8,-21,-22,-23,-13,  1,-26,-12,  8,-14, 21, 14,-20,-24,-10, -6,-19, -8,  4,-18,  1,-12;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-30,-28,-20,-20,-19,-39,-29,-27,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-40,-29,-28,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-19,-10,-29,-20, 10,-10,  0,-10, 39, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='Q'; M= -6, -4,-26, -4, 11,-27,-20, -4,-15, 10,-17, -5, -3,-10, 23,  7, -2, -7,-15,-23,-12, 16;
/M: SY='W'; M=-11,-22,-29,-25,-21, 26,-19, -3,-10,-18, -6, -7,-19,-26,-19,-16,-19,-14,-13, 35, 33,-19;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W'; M=-20,-30,-36,-32,-26, 30,-25, -8, -9,-18, -7, -9,-27,-30,-20,-16,-27,-18,-17, 74, 46,-21;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 69,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T'; M= -4,  5,-17,  0, -6,-13,-10,-11,-12, -9,-12,-10,  9,-16, -8, -9,  9, 15, -9,-31,-13, -7;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-16, -6,-10,-17,  3,-17,-19,-11,-18,-14,  3,-12,-10,-11, 17, 27,-10,-29,-16,-10;
/M: SY='D'; M= -3, 11,-25, 16, 13,-27,-10, -6,-24, -1,-23,-19,  5,  0,  2, -7,  5, -3,-20,-31,-18,  7;
/M: SY='D'; M= -1, 13,-27, 20, 19,-30, -9, -7,-27,  1,-23,-20,  3,  3,  3, -8,  1, -7,-23,-30,-21, 11;
/M: SY='Y'; M=-20,-19,-29,-20,-19, 30,-29, 24, -3,-12, -1,  0,-17,-29,-11,-10,-19,-11,-11, 21, 67,-19;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -1, -3,-22, -4,-11,-28, 41,-16,-34,-12,-29,-19,  4,-17,-13,-14,  5,-11,-25,-26,-26,-12;
/M: SY='E'; M= -4,  4,-25,  6,  7,-24, -8, -8,-23,  0,-23,-16,  3,  1,  1, -3,  4, -2,-20,-29,-18,  3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='G'; M= -2,  1,-26, -2,-13,-25, 44,-13,-34,-14,-29,-20, 10,-19,-14,-14,  4,-12,-27,-25,-25,-13;
/M: SY='C'; M=-10,-18,112,-27,-28,-20,-28,-29,-30,-29,-21,-20,-18,-38,-28,-29, -8, -9,-10,-49,-29,-28;
/M: SY='Q'; M=-10, -3,-29, -2, 15,-31,-20,  5,-19,  8,-17, -2, -3, -8, 42,  9, -3,-10,-25,-19, -8, 28;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='S'; M=  4, -5,-16, -6, -9,-18, 17,-12,-24,-14,-26,-18,  3,-13, -9,-14, 20,  5,-16,-28,-16, -9;
/M: SY='Q'; M= -6,  0,-29, -1,  7,-31, -8, -2,-22,  2,-24,-11,  5,  6, 21,  1,  1, -7,-27,-26,-18, 13;
/M: SY='C'; M=-10,-19,115,-29,-29,-20,-30,-30,-29,-29,-20,-20,-19,-39,-29,-29, -9, -8,-10,-49,-29,-29;
/M: SY='B'; M= -9,  4,-22,  4, -2,-18, -7, -8,-23, -3,-22,-17,  4,-13, -5, -1,  2, -2,-19,-15,-10, -4;
/M: SY='G'; M=  1, -7,-22, -8, -8,-17,  3,-10,-17,-10,-18,-12, -3, -7, -7,-12,  3, -3,-14,-21, -9, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 99 in 67 different sequences
Number of true positive hits 99 in 67 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 6
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 99.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 7
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Chitin-binding type-1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
67 sequences

AGI1_WHEAT  (P10968), AGI2_WHEAT  (P02876), AGI3_WHEAT  (P10969), 
AGI_HORVU   (P15312), AGI_ORYSI   (Q01MB6), AGI_ORYSJ   (Q0JF21), 
AGI_URTDI   (P11218), AMP1A_LYMAR (P86521), AMP_AMARE   (Q5I2B2), 
AMP_IPONI   (P81591), AMP_TRIKH   (P85966), CBLE_VISAL  (P81859), 
CHAL_BRARR  (P81729), CHI12_ORYSJ (P25765), CHI1_GOSHI  (Q39799), 
CHI1_HORVU  (P11955), CHI1_ORYSJ  (Q42993), CHI1_SOLTU  (P52403), 
CHI1_THECC  (Q41596), CHI1_TOBAC  (P08252), CHI2_BRANA  (Q09023), 
CHI2_GOSHI  (Q39785), CHI2_ORYSJ  (Q7DNA1), CHI2_PEA    (P21226), 
CHI2_SOLTU  (P52404), CHI2_TOBAC  (P24091), CHI3_ORYSJ  (P24626), 
CHI3_SOLTU  (P52405), CHI3_TOBAC  (P29059), CHI4_BRANA  (Q06209), 
CHI4_ORYSJ  (O04138), CHI4_PHAVU  (P27054), CHI4_SOLTU  (P52406), 
CHI5_ORYSJ  (Q7Y1Z0), CHI5_PHAVU  (P36361), CHI6_ORYSJ  (Q6K8R2), 
CHI6_POPTR  (P16579), CHI7_ORYSI  (Q9SAY3), CHI7_ORYSJ  (Q7Y1Z1), 
CHI8_POPTR  (P16061), CHI9_ORYSJ  (Q688M5), CHIA_MAIZE  (P29022), 
CHIA_SECCE  (Q9FRV1), CHIB_ARATH  (P19171), CHIB_MAIZE  (P29023), 
CHIB_POPTR  (P29031), CHIB_VITVI  (P51613), CHIC_POPTR  (P29032), 
CHIC_SOLLC  (Q05538), CHIP_BETVU  (P42820), CHIT_DIOJA  (P80052), 
CHIT_PHAVU  (P06215), CHIT_SOLTU  (P05315), CHIX_PEA    (P36907), 
EAP1_EUCUL  (P83596), EAP2_EUCUL  (P83597), HEVE_HEVBR  (P02877), 
HEVL_ARATH  (P43082), HEVP_HEVBR  (P80359), KTXA_KLULA  (P09805), 
LECB_PHYAM  (Q9AVB0), LECC_PHYAM  (Q9AYP9), LECT_SOLTU  (Q9S8M0), 
LED2_PHYAM  (P83790), MLX56_MORAL (A7XQ02), WIN1_SOLTU  (P09761), 
WIN2_SOLTU  (P09762)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

AMP_AMACA   (P27275)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
6 sequences

CHIB_PEA    (P21227), CHIT_ACTCH  (P86473), IAMY_COILA  (P15326), 
IPLAA_MORAL (P86799), IPLAB_MORAL (P86800), LECA_PHYAM  (P84282)
» More

PDB
[Detailed view]
30 PDB

1EN2; 1ENM; 1HEV; 1IQB; 1K7T; 1K7U; 1K7V; 1MMC; 1P9G; 1P9Z; 1Q9B; 1T0W; 1UHA; 1ULK; 1ULM; 1ULN; 1WGC; 1WGT; 1WKX; 1ZUV; 2CWG; 2DKV; 2LB7; 2UVO; 2WGC; 2X3T; 2X52; 4AML; 7WGA; 9WGA
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission