Entry: PS50948

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PAN
Accession [info] PS50948
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00376
Associated ProRule [info] PRU00315

Name and characterization of the entry

Description [info] PAN/Apple domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=78;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8818192; R2=0.0101030; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2950.78439; R2=24.80669; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=428; N_SCORE=7.2000; H_SCORE=9376; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=260; N_SCORE=5.5000; H_SCORE=9376; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-10; B1=-300; E0=-10; E1=-300; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C'; M= -7,-18,102,-28,-27,-20,-26,-28,-28,-28,-19,-19,-18,-37,-27,-28, -7, -8, -9,-47,-28,-27;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-22, -1,  3,-18, -8, -4,-17, -2,-16,-10,  0, -4,  2, -3,  2, -1,-15,-23,-11,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='N'; M= -5,  1,-20,  2,  2,-18, -3, -6,-18,  0,-17,-11,  3, -8, -1,  1,  2, -3,-15,-23,-13,  0; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='D'; M= -4,  4,-14,  5,  0,-13,  1, -4,-15, -2,-14,-10,  5, -6, -2, -2,  2, -3,-12,-17, -9, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M:         M= -2, -5,-13, -7, -6,-12, -4, -4,-11, -6,-10, -5, -3,-14, -4, -5, -2, -5, -8,-18, -7, -6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='F'; M=-15,-23,-19,-29,-23, 50,-24,-12,  0,-21,  6,  1,-16,-24,-27,-15,-16, -8, -1,  7, 26,-23; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M:         M= -9, -8,-22, -7, -1, -9,-21, -8, -5, -5, -4, -3, -9,-15, -4, -6, -7, -5, -2,-19, -4, -3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='R'; M= -6,-11,-22,-13, -5,-12,-19, -9, -8,  1, -7, -3, -7,-12, -2,  7, -6, -2, -5,-21, -6, -5; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='M'; M= -8,-19,-20,-23,-18,  6,-23, -9,  8,-17,  7,  9,-16,-21,-14,-15,-10, -2,  7,-14,  7,-17; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='P'; M= -3, -3,-26, -2,  3,-23,-13, -9,-18,  2,-20,-12, -1,  7,  2,  0,  1, -2,-17,-27,-17,  1;
/M: SY='N'; M= -6,  8,-24,  5, -3,-24, 10, -1,-26, -4,-24,-15, 13,-16, -2, -4,  1, -9,-24,-27,-16, -3;
/M: SY='V'; M= -3,-13,-19,-17,-13, -6,-19,-10,  0, -6, -3,  4,-11,-19, -9, -4, -5,  1,  5,-21, -2,-12;
/M: SY='K'; M= -7, -3,-24, -3,  2,-18,-17, -9,-15,  9,-16, -8, -2,-13,  1,  8, -2, -3,-10,-24,-10,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-29,-21, 13,-28,-19, 16,-25, 29, 15,-25,-25,-20,-19,-22, -8, 10,-16,  3,-20;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-25, -7, -3,-17,-15,-11,-12, -6,-15, -9, -7, 10, -6, -7, -2, -3,-12,-26,-14, -6;
/M: SY='G'; M= -4,  5,-24,  6,  0,-25, 10, -9,-27, -5,-23,-17,  4,-10, -5, -8,  3, -5,-21,-26,-18, -3;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='N'; M= -4, -1,-18, -4, -2, -8,-12, -3,-11, -3,-12, -7,  2,-12, -4, -4,  1,  2, -9,-20, -4, -4; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='A'; M=  1, -1,-20, -3, -3,-13,-12,-10,-11, -6,-12, -9, -1, -9, -7, -8,  1,  0, -7,-24,-11, -5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='M'; M= -6,-11,-22,-13, -9, -5,-20,-10,  0, -9, -2,  1, -9,-15, -8, -8, -7, -3,  0,-19, -2, -9; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='K'; M= -1, -1,-22, -3,  2,-18,-13, -9,-16,  4,-17,-11,  1,-12,  1,  2,  1, -2,-13,-19,-11,  1; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-14;
/M: SY='T'; M= -3,-10,-20,-12, -6,-10,-20,-13, -2, -9, -7, -4, -9,-14, -7,-10,  0,  4,  1,-22, -7, -7;
/M: SY='V'; M= -3,-18,-20,-21,-14, -4,-23,-15, 10,-15,  6,  6,-16,-21,-12,-15, -9, -3, 11,-19, -3,-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N'; M= -3,  1,-22, -2,  0,-18, -9, -8,-17, -1,-17,-10,  3,-10, -1, -1,  3,  1,-13,-26,-13, -1;
/M: SY='V'; M=  7,-12,-14,-16,-14,-10,-12,-17,  0,-13, -4, -3, -9,-19,-14,-13,  1,  3,  8,-26,-12,-15;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M:         M=  0, -6,-22, -7, -5,-17,-11,-14, -9, -6,-11, -6, -5, -6, -6, -8,  0, -1, -5,-26,-14, -6; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S'; M=  0,  9,-17,  6, -1,-21, -2, -6,-21, -8,-24,-16, 13,-12, -2, -9, 19, 13,-15,-34,-17, -2;
/M: SY='L'; M= -1,-17,-21,-19, -9, -6,-22,-16,  4,-13,  8,  4,-16,-15, -9,-11,-10, -5,  3,-21, -8, -9;
/M: SY='E'; M= -7,  8,-25, 11, 17,-24,-12, -4,-23,  4,-20,-14,  5,-10,  9,  1,  3, -3,-20,-28,-14, 12;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-27, 15, 25,-26,-15, -2,-22,  2,-17,-14,  1, -9, 11, -4,  0, -7,-20,-28,-14, 18;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q'; M=  0,-10,-21,-12,  1,-16,-18, -9, -9,  0, -4,  0, -9,-15,  5,  1, -6, -6, -9,-20, -9,  3;
/M: SY='E'; M= -1,  0,-20,  0,  9,-22,-14, -7,-19,  5,-16, -9, -1,-12,  8,  3,  2, -3,-15,-26,-13,  8;
/M: SY='R'; M= -1,-10,-23,-12, -1,-12,-19, -9, -8,  1, -3,  0, -9,-17,  0,  3, -7, -6, -6,-20, -7, -2;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L'; M= -2,-15,-19,-18, -9, -4,-20,-15,  0,-13, 17,  1,-13,-20, -8,-10, -6,  0,  0,-20, -5, -9;
/M: SY='N'; M= -5,  2,-23,  0,  5,-20, -8, -2,-20,  2,-18,-11,  6,-14,  3,  3,  1, -4,-18,-26,-13,  3;
/M: SY='N'; M= -6, 17,-21, 14,  9,-22, -9,  2,-21, -1,-21,-15, 19,-13,  2, -3,  6, -1,-21,-34,-16,  5;
/M: SY='C'; M= -6,-10, 14,-13, -8,-19,-19,-15,-20, -7,-17,-13, -9, -8, -9, -7, -4, -4,-14,-32,-18,-10;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='S'; M= -3,  4,-19,  3,  3,-19, -6, -6,-20, -1,-21,-14,  7,-11,  1,  0, 10,  3,-16,-29,-14,  1; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-22, -9, -2,-17,-19, -7,-14,  7,-11, -5, -4,-16,  3, 13, -2,  4, -9,-23, -9, -1;
/M: SY='A'; M= 20, -9,-13,-14, -9,-12, -1,-14,-13,-12,-15,-12, -3,-13, -9,-14, 16,  6, -5,-25,-15, -9;
/M: SY='F'; M= -7,-25,-21,-30,-24, 57,-26,-12,  4,-20,  5,  0,-20,-27,-25,-18,-14, -7,  4, 15, 44,-24;
/M: SY='S'; M=  8,  2,-15, -4, -4,-17, -8, -8,-12, -8,-14, -8,  6,-14, -4,-10, 12, 10, -7,-30,-15, -4;
/M: SY='Y'; M=-17,-20,-26,-24,-21, 37,-27,  5, -3,-16,  0, -2,-15,-27,-18,-12,-17, -9, -8, 18, 49,-21;
/M: SY='N'; M= -5,  5,-21,  2, -2,-13,-11, -1,-15, -5,-14,-10,  6,-17, -4, -6,  1, -3,-14,-23, -4, -4;
/M: SY='N'; M= -6,  4,-24,  3,  0,-17,-11, -3,-18, -2,-18,-13,  6, -7, -3, -3,  1, -2,-16,-25, -8, -3;
/M: SY='N'; M= -2, -1,-22, -3, -4,-19, -6, -9,-14, -4,-15, -9,  3,-14, -4, -5,  3,  0,-10,-28,-14, -5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
/M: SY='S'; M= -2,  0,-18, -1,  2,-17, -1, -8,-18, -2,-16,-11,  2,-10,  1, -1,  7,  3,-13,-22,-13,  1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='K'; M= -6, -4,-21, -5, -2,-17, -5, -5,-17,  3,-16, -8,  0,-10,  1,  3, -1, -4,-15,-21,-10, -1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M:         M= -4, -4,-23, -6, -4,-17, -1,-11,-15, -3,-12, -8,  0,-17, -4, -2, -2, -4,-12,-24,-13, -4; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-10;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='L'; M= -8,-15,-22,-16, -8, -3,-23, -7,  2,-11,  3,  2,-12,-20, -6, -8, -8, -4,  1,-18,  2, -9;
/M: SY='L'; M= -9,-27,-20,-30,-22,  7,-29,-18, 21,-26, 33, 20,-26,-26,-19,-19,-23, -7, 14,-19,  0,-21;
/M: SY='W'; M=-10,-15,-27,-18,-13,  2,-17, -8,-15, -7,-14, -9,-10,-22, -9, -7,-10, -8,-16, 25, 10,-10;
/M: SY='N'; M= -5,  4,-22,  4, -1,-18, -9,  2,-20, -4,-19,-12,  5,-12, -3, -4,  5,  2,-15,-27, -8, -3;
/M: SY='E'; M= -3, -2,-23, -1,  1,-20,  0, -9,-20, -5,-17,-12, -2,-14, -3, -7,  1, -5,-15,-22,-14, -1;
/M: SY='D'; M= -7, 12,-24, 16, 10,-25, -9, -5,-23, -2,-21,-16,  7, -6,  0, -6,  4, -1,-18,-31,-16,  4;
/M: SY='L'; M= -3,-14,-22,-15,-10,-10,-12,-12, -5,-11,  1, -1,-10,-16, -6, -6, -6, -4, -5,-23, -9, -9;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M:         M= -4, -7,-20,-10, -8, -7,-11, -6, -7, -8, -5, -2, -4,-16, -7, -5, -4, -4, -5,-20, -5, -8; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-8;
/M: SY='D'; M= -5,  9,-16, 11,  3,-19, -9, -7,-17, -4,-17,-13,  6, -7, -2, -7,  6,  3,-13,-27,-14,  0; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-20;
/M:         M= -8, -5,-12, -6, -4, -7, -9, -5, -4, -4, -1,  0, -4, -5, -3, -4, -5, -2, -4,-13, -5, -4; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-20; IM=0; DM=-8;
/M:         M=  0, -6,-16, -7, -5, -8,-10, -9, -6, -6, -6, -4, -5, -9, -6, -6, -1, -2, -4,-17, -6, -6; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-20;
/M: SY='R'; M= -5, -2,-20, -3,  1,-15,-11, -4,-13,  3,-13, -6,  1,-10,  3,  4,  0, -2,-11,-20, -8,  1; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-20;
/M: SY='I'; M= -4,-13,-18,-16,-10, -2,-20,-14,  5,-11,  5,  3,-12,-13,-10,-11, -8, -1,  4,-18, -3,-11; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-20;
/M:         M= -5, -6,-21, -7, -2,-11,-15, -6, -8, -2, -9, -5, -4,-12, -1, -4, -3, -3, -7,-19, -4, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M:         M= -1, -6,-21, -6, -2,-14, -9, -8,-13, -5,-12, -8, -4, -2, -3, -5, -1, -4,-11,-21,-11, -3; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='D'; M= -5, 11,-20, 12,  4,-20, -6, -2,-19, -3,-19,-14, 11,-11, -1, -5,  6,  0,-16,-28,-13,  1; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M:         M= -8, -1,-22,  0,  0,-16, -5, -7,-15, -5,-14,-10,  0, -8, -3, -5, -1, -5,-13,-22,-11, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='G'; M= -2,  2,-22,  1, -2,-20,  9, -8,-23, -3,-20,-14,  5,-11, -4, -5,  4, -3,-18,-24,-16, -3; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='V'; M= -2,-11,-15,-14,-11, -7,-16,-12, -1,-11, -6, -2, -9,-17, -9,-11, -1,  1,  3,-21, -5,-11; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='D'; M= -9, 11,-22, 15,  2,-19,-14, -7,-15, -6,-14,-11,  4,-14, -5, -8,  1,  0,-10,-29,-13, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='Y'; M=-10,-19,-22,-21,-18, 14,-20, -4,  2,-17,  7,  3,-16,-24,-15,-13,-13, -5, -1, -3, 24,-18; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='Y'; M=-11,-20,-23,-24,-20, 21,-18, -3,  0,-17,  4,  2,-16,-26,-17,-14,-15, -9, -3,  1, 27,-20; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-8;
/M: SY='E'; M= -7,  0,-24,  3, 14,-22,-16, -7,-17,  0,-15,-11, -3, -6,  6, -2,  0, -3,-15,-27,-14,  9;
/M: SY='R'; M=-11, -3,-26, -6, -2,-15,-16, -6,-16, 10,-13, -6,  3,-16,  0, 16, -7, -7,-14,-22, -9, -2;
/I:         I=-20; MI=-10; MD=-10; IM=0; DM=-23;
/M: SY='T'; M= -5, -5,-20, -8, -7,-10,-13, -9, -8, -8, -7, -5, -1,-17, -6, -6,  1,  3, -7,-25, -8, -7;
/M: SY='C'; M= -1,-18, 49,-26,-24,-16,-23,-25,-18,-23,-13,-13,-17,-31,-23,-24, -6, -6, -3,-40,-23,-24;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 114 in 82 different sequences
Number of true positive hits 113 in 81 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 6
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.12 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 94.96 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 5
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PAN
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
81 sequences

B120_ARATH  (O81906), CE101_ARATH (Q9LW83), FA11_BOVIN  (Q5NTB3), 
FA11_HUMAN  (P03951), FA11_MOUSE  (Q91Y47), HGFL_BOVIN  (Q24K22), 
HGFL_HUMAN  (P26927), HGFL_MOUSE  (P26928), HGF_BOVIN   (Q76BS1), 
HGF_CANFA   (Q867B7), HGF_FELCA   (Q9BH09), HGF_HUMAN   (P14210), 
HGF_MOUSE   (Q08048), HGF_RAT     (P17945), KLKB1_BOVIN (Q2KJ63), 
KLKB1_HUMAN (P03952), KLKB1_MOUSE (P26262), KLKB1_RAT   (P14272), 
KPRO_MAIZE  (P17801), MIA1_SARMU  (Q26539), MIA2_SARMU  (P81860), 
MIAM_SARMU  (Q08668), MIC4_TOXGO  (Q9XZH7), MST1L_HUMAN (Q2TV78), 
PLGA_HUMAN  (Q15195), PLGB_HUMAN  (Q02325), PLMN_BOVIN  (P06868), 
PLMN_ERIEU  (Q29485), PLMN_HUMAN  (P00747), PLMN_MACEU  (O18783), 
PLMN_MACMU  (P12545), PLMN_MOUSE  (P20918), PLMN_PIG    (P06867), 
PLMN_PONAB  (Q5R8X6), PLMN_RAT    (Q01177), PSRK_ARATH  (P0DH87), 
RKS1_ARATH  (Q9ZT07), SD113_ARATH (Q9LPZ9), SD11_ARATH  (O81833), 
SD129_ARATH (O64782), SD16_ARATH  (Q9S972), SD17_ARATH  (Q39086), 
SD18_ARATH  (O81905), SD22_ARATH  (Q39203), SD31_ARATH  (P93756), 
SLSG0_BRAOA (P22551), SLSG1_BRAOA (P22552), SLSG2_BRAOA (P22553), 
SLSG3_BRAOL (P17840), SLSG4_BRAOL (P17841), SLSG6_BRAOL (P07761), 
SRK6_BRAOV  (Q09092), SRK_ARATH   (P0DH86), Y1112_ARATH (Q9SXB3), 
Y1130_ARATH (Q9SXB4), Y1133_ARATH (Q9SXB8), Y1135_ARATH (Q9SXB5), 
Y1136_ARATH (O64784), Y1137_ARATH (O64783), Y1141_ARATH (Q9LPZ3), 
Y1142_ARATH (O64778), Y1144_ARATH (O64776), Y1146_ARATH (O64774), 
Y1148_ARATH (O64771), Y1150_ARATH (Q9SYA0), Y1155_ARATH (Q9SY95), 
Y1614_ARATH (O64780), Y1639_ARATH (O64781), Y1643_ARATH (O64777), 
Y1649_ARATH (O64770), Y1661_ARATH (Q9SY89), Y2913_ARATH (O64477), 
Y4119_ARATH (Q9T058), Y4230_ARATH (Q9ZR08), Y4729_ARATH (O81832), 
Y5370_ARATH (Q9LZR8), YL775_MIMIV (Q5UPR5), YMP9_CAEEL  (Q10952), 
YQF7_CAEEL  (Q09271), YR486_MIMIV (Q5UQG0), YSM5_CAEEL  (Q10125)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
6 sequences

RLK1_ARATH  (Q39202), SD25_ARATH  (Q8RWZ5), Y1343_ARATH (Q9XID3), 
Y1675_ARATH (O64793), Y5248_ARATH (Q9FLV4), Y5537_ARATH (O65238)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

GPR98_DANRE (Q6JAN0)

		
PDB
[Detailed view]
27 PDB

1BHT; 1GMN; 1GMO; 1GP9; 1NK1; 2F83; 2HGF; 2J8J; 2J8L; 2LL3; 2LL4; 2QJ2; 2QJ4; 2YIL; 2YIO; 2YIP; 3HMR; 3HMS; 3HMT; 3HN4; 3MKP; 3SP8; 4A5T; 4A5V; 4DUR; 4DUU; 4IUA
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission