Entry: PS50963

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] LINK_2
Accession [info] PS50963
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00955
Associated ProRule [info] PRU00323

Name and characterization of the entry

Description [info] Link domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=94;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=94;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2035897; R2=0.0126611; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2063.83949; R2=28.01393; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=498; N_SCORE=8.5; H_SCORE=13774; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=340; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11561; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M= -3,-12,-27,-12,-12,-22, 32,-20,-19,-17,-17,-11, -6,-19,-16,-19, -4,-15,-12,-23,-22,-14;
/M: SY='V'; M= -4,-27,-16,-29,-26, -3,-30,-26, 26,-15,  8,  9,-24,-27,-23,-10,-12, -3, 38,-27, -8,-26;
/M: SY='F'; M=-17,-23,-20,-32,-25, 57,-28,-14, -2,-23,  5, -2,-17,-27,-30,-17,-13,  0, -2,  6, 31,-25;
/M: SY='H'; M=-17,-13,-30,-12, -9, -3,-24, 43,-12,-13, -4,  1, -9,-10, -3, -9,-16,-14,-18,-13, 26,-10;
/M: SY='Y'; M= -4,-21,-21,-22,-19,  6,-24, -5,  4, -7, -1,  1,-19,-26,-14, -3,-11, -5, 10, -4, 23,-19;
/M: SY='E'; M= -8, -6,-21, -5, 11, -5,-19,-10,-15, -4, -8,-10, -5,-13, -1,  0,  2,  3,-12,-24, -9,  5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='A'; M= 11, -9,-12,-12, -7, -9, -8,-12,  1, -8, -4, -3, -8,  6, -7,-12, -1, -3,  0,-12, -9, -8; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-27, -8,  0,-21,-20,  4,-19, 19,-20, -6,  0,-15,  5, 24, -5, -7,-14,-24, -6,  0;
/M: SY='P'; M= -5, -3,-24, -3, -1,-21,-13,-11,-17,  0,-20,-13,  3, 12, -3, -5,  4,  0,-18,-31,-18, -3;
/M: SY='G'; M=  7, -5,-21, -8, -5,-23, 23,-17,-26,-12,-20,-16, -2,-13,-10,-15,  7,  2,-17,-24,-22, -8;
/M: SY='R'; M=-14,  3,-28, -1,  4,-24,-17, -2,-28, 33,-26,-12, 10,-16,  8, 41, -7, -8,-22,-23,-12,  4;
/M: SY='Y'; M=-17,-19,-27,-20,-14, 22,-28,  8, -1,-12,  4,  3,-18,-27, -3, -9,-18,-10,-10, 12, 47,-11;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='Q'; M= -3,  5,-15,  1,  4,-19, -9, -3,-15,  6,-18, -9,  9, -9, 11,  3,  9,  6,-14,-22,-10,  7; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='L'; M= -7,-22,-16,-24,-16,  6,-24,-16, 20,-22, 32, 15,-21,-21,-15,-16,-21, -7, 11,-15,  0,-16; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='T'; M= -4, 18,-15, 11, -2,-18, -9, -7,-18, -6,-22,-17, 22,-13, -4, -7, 18, 23,-14,-36,-16, -3;
/M: SY='F'; M=-20,-24,-24,-30,-22, 50,-28, -6, -5,-15,  2, -2,-17,-28,-23, -3,-18,-10, -6, 11, 37,-22;
/M: SY='B'; M= -1, 11,-20, 11,  3,-24,-14,  4,-21, -5,-18,-12,  5,-11,  4, -8,  7, 10,-15,-30,-10,  3;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-30, 16, 53,-29,-20,  0,-30, 12,-20,-19,  0, -2, 19,  9, -1,-10,-29,-29,-19, 35;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K'; M=  9, -7,-22,-10,  1,-26,-15,-11,-14, 13,-16, -5, -7,-13, 11,  4, -2, -6, -8,-21,-13,  6;
/M: SY='Q'; M= -4, 12,-26, 13, 17,-30,-13,  1,-25,  6,-21,-14, 10,-11, 19,  7,  2, -7,-24,-28,-16, 17;
/M: SY='A'; M= 25,-14,-14,-18, -5,-13,-12,-19, -2,-12,  1, -3,-15,-15,-11,-17, -1, -3,  5,-23,-15, -8;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M=-13,-13,-26,-11,  3,-12,-24, -9,-11,  8,  5,  0,-11,-19,  0, 19,-16,-10,-10,-22, -8,  0;
/M:         M= -4, -1,-22, -4, -5, -5,-16, -7,-12, -6, -4, -6,  0,-19, -2,  0, -7, -7,-12,-21, -6, -3;
/M: SY='L'; M=-13, -1,-24, -1,  3, -1,-21, -7, -9,-11,  4, -3, -2,-19, -2, -9,-11, -9,-13,-22, -4,  1;
/M: SY='G'; M= -3,  7,-26,  6, -9,-28, 40,-11,-34,-13,-30,-21, 14,-17,-12,-14,  7,-11,-28,-28,-26,-10;
/M: SY='A'; M= 26,-12,-15,-17,-12,-16,  5,-18,-11,-15, -6, -8, -9,-15,-12,-18,  6, -2, -4,-23,-18,-12;
/M: SY='T'; M= -6, -9,-21,-12, -7,-16,-20,  4, -6, -6,-11, -3, -3,-17,  3,  1,  4,  5, -3,-28, -6, -4;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24,  6,-34,-24, 31,-30, 39, 20,-26,-26,-20,-24,-26,-10, 18,-20,  0,-24;
/M: SY='A'; M= 40,-12,-15,-18, -8,-22, -3,-20,-12,-10,-13,-12,-12,  6,-10,-20,  7, -2, -5,-22,-22,-10;
/M: SY='T'; M=  0, -2,-16, -7, -8,-17, -2,-17,-19, -4,-19,-13,  1,-12, -8, -7, 15, 26, -9,-28,-15, -8;
/M: SY='Y'; M=-10,-16,-23,-19,-14,  4,-24,-10, -2, -3, -4,  5,-15, -7,-11, -7,-10, -1, -1,-13,  8,-13;
/M: SY='D'; M= -1, 12,-27, 18,  8,-31, 10,-10,-32,  2,-26,-20,  4,-11, -3, -7,  0,-11,-24,-27,-21,  3;
/M: SY='Q'; M=-11,  0,-30,  0, 17,-37,-20, 22,-21,  7,-20,  0,  1,-11, 53,  9, -1,-11,-30,-21, -6, 35;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-18,-31,-24,  4,-30,-21, 27,-24, 29, 23,-27,-27,-20,-20,-21, -7, 25,-23, -3,-23;
/M: SY='E'; M=-16,  3,-29,  8, 16, -3,-22,  4,-19, -2,-13,-11, -4,-15,  6, -6, -8,-10,-21,-10, 14, 10;
/M: SY='A'; M= 15, -2,-17, -5, -4,-18,-12,-16,-13, -2, -8, -9, -6,-13, -7, -9,  2,  4, -6,-24,-14, -6;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='W'; M=-17,-30,-34,-30,-21,  8,-25,-16, -6,-15,  6, -3,-28,-28,-14, -5,-30,-18,-13, 52, 20,-17;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-27,  1, 15,-28,-17, -5,-27, 27,-26,-12,  2,-10, 16, 22,  1, -5,-21,-24,-13, 15;
/M: SY='A'; M=  9,-11,-24,-16,-16,-15,-10,-22,  9,-19, -2,  0, -9,-16,-14,-23, -6, -8,  6,-22,-12,-18;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M=  2, -8,-27, -8,-17,-28, 58,-18,-37,-18,-30,-20,  2,-18,-17,-18,  7,-13,-27,-23,-28,-17;
/M: SY='F'; M=-17,-27,-21,-35,-26, 54,-29,-12,  5,-25, 15, 11,-21,-29,-28,-17,-21,-10,  1,  5, 29,-25;
/M: SY='D'; M=-17, 23,-30, 34, 28,-31,-16, 27,-34,  1,-24,-18, 11, -9,  9, -4, -3,-13,-30,-34, -9, 17;
/M: SY='T'; M= -8,-14,-21,-18,-12,-10,-22,-14, -5, -5, -7,  2,-12,-18, -2,  0, -4,  9, -1, -3, -4, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='D'; M=  1, 15,-20, 16,  4,-25, -6, -5,-25,  0,-25,-19, 14,-13,  0,  3, 13,  2,-18,-34,-18,  1;
/M: SY='A'; M= 26,-13,-17,-20,-13, -3,-10, -7, -7,-10, -7, -7,-13,-17,-10,-17,  0, -3, -3, -3, 14,-13;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W'; M=-20,-38,-45,-40,-30, 21,-22,-28,-17,-22,-15,-17,-37,-30,-23,-20,-37,-27,-25,127, 30,-22;
/M: SY='L'; M= -8,-28,-20,-32,-23,  5,-30,-20, 27,-25, 34, 24,-27,-27,-19,-20,-23, -8, 20,-22, -2,-22;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='A'; M= 28, -7,-12,-12, -9,-18, 12,-15,-15,-10,-14,-11, -4,-10, -9,-15, 10, -1, -6,-19,-18, -9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M=-17, 36,-30, 51, 25,-37,-13, -2,-37,  9,-28,-25, 14, -8,  5, -2, -2,-10,-28,-35,-18, 15;
/M: SY='G'; M= -4, -9,-30, -9,-12,-30, 47,-14,-36,-10,-27,-16,  0,-19, -6, -4, -1,-17,-29,-20,-25,-10;
/M: SY='S'; M= -6, -7,-18,-10, -6, -1,-14,  6,-18, -7,-17,-11,  2,-17, -5,  2, 11,  7,-12,-25, -2, -6;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='R'; M= -9,-15,-23,-15,-11,-17,-10,-12,-10,  3,-11, -4,-10,-22, -2, 19, -7, -8,  1,-23,-13, -8;
/M: SY='Y'; M=-17,-23,-30,-27,-23, 20,-33,  3, 17,-17,  7,  7,-20,-27,-13,-17,-20,-10,  3, 13, 53,-23;
/M: SY='P'; M= -7,-17,-35, -8,  0,-28,-17,-18,-20,-10,-30,-20,-15, 73, -8,-18, -1, -5,-27,-32,-28, -8;
/M: SY='I'; M=-13,-23,-30,-30,-20, -7,-33,-20, 23,-10,  7, 10,-13,-20,-10,  4,-17,-10, 13,-20, -3,-20;
/M: SY='I'; M= -3,-15,-19,-19,-16, -9,-23, -7, 11,-18, -3,  2, -7,-18,-11,-17,  4,  6, 11,-29, -6,-16;
/M: SY='K'; M= -8, -1,-24, -3,  3,-23,-17,  8,-26, 20,-25,-10,  3,-13,  6, 18,  2,  1,-17,-26, -7,  3;
/M: SY='P'; M= -2,-19,-36,-11, -1,-29,-17,-20,-19,-10,-27,-19,-19, 77,-10,-20, -7, -9,-26,-29,-29,-10;
/M: SY='R'; M=-14,  7,-27,  0, -3,-22,  0,  0,-28, 12,-25,-15, 20,-20,  2, 33, -2, -8,-25,-27,-16, -3;
/M: SY='P'; M= -8, -8,-31, -1, 15,-27,-17,-11,-24,  0,-26,-19, -8, 37,  2, -2,  1, -5,-25,-30,-23,  5;
/M: SY='N'; M=-10,  1,-28, -5, -6,-21, -6, -9,-14,  4,-21,-10, 11, -4, -4,  4, -5, -8,-17,-27,-16, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  7,-10,-24,-12,-16,-20, 37,-14,-28,-16,-23,-16, -3,-18,-15,-17,  4,-10,-20,-16,-13,-16;
/M: SY='G'; M=  2,-13,-27,-14,-12,-12, 16,-18,-25, -6,-21,-14, -7, -4,-15,-11, -4,-12,-19,-17,-16,-13;
/M: SY='N'; M= -8, 23,-23, 15,  1,-25,  4,  0,-24, -3,-26,-17, 31,-16,  3, -4,  7,  1,-26,-33,-19,  2;
/M: SY='N'; M= -8,  7,-26,  3,  4,-22,  0, -6,-22,  8,-18,-12, 13,-16, -1,  2, -4, -9,-22,-27,-16,  2;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='T'; M=  3,-16,-19,-17,-12,-12,-21,-22, -2,-14, -4, -5,-16,  9,-15,-17, -1, 12,  3,-27,-15,-15;
/M: SY='G'; M=  6,-10,-27,-11,-19,-29, 61,-20,-36,-19,-27,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-17,-26,-20,-29,-19;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-13,-32,-30,  0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30;
/M: SY='R'; M=-17,-18,-28,-20,-11, -4,-26, -5, -4,  4,  1,  1,-11,-23, -3, 26,-17,-10, -6,-12,  8,-11;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='T'; M= -9,  4,-17, -2, -9, -1,-17,-12, -2,-12, -6, -6,  5,-14,-11,-12,  0,  8, -3,-21, -4,-10; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='Y'; M=-12,-23,-23,-23,-21, 14,-23, -5,  4,-13, -1, -1,-23,-25,-15,-13,-18, -9,  4, 30, 35,-19; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-20, -7,-13,-20, 46,-13,-27,-13,-20,-13,  0,-13,-13,-13,  0,-13,-20,-13,-20,-13; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='F'; M=-12,-23,-22,-30,-23, 24,-29,-16, 22,-22, 11,  9,-17,-20,-20,-20,-17, -8, 12, -2, 18,-23; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='R'; M=-12,-23,-30,-21,-12,-10,-23,-18, -8, -5, -6, -6,-20,  4,-11,  5,-17,-11, -7, -3, -9,-14;
/M: SY='D'; M=-13, 18,-27, 28,  6,-26,-16,-10,-23, -8,-15,-17,  2,  4, -6,-13, -3,  0,-19,-34,-17, -1;
/M: SY='T'; M= -4, -2,-21, -5, -4,-19,-15,-13,-13,  5,-21,-11,  3, -2, -5, -1,  5,  6, -7,-31,-16, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='R'; M= -8, 11,-15, 11,  4,-15, -7,  0,-17, 11,-16,-10, 12, -9,  3, 13, -1, -4,-14,-17, -9,  3; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S'; M=  0,  5,-16,  1,  0,-20, -8,  5,-21, -1,-25,-15, 13,-13,  1, -2, 20, 13,-15,-35,-12,  0;
/M: SY='E'; M= -3,  1,-22,  4, 18,-24,-12, -6,-26, 10,-26,-17,  4, -9,  9, 12, 14,  3,-19,-31,-17, 12;
/M: SY='R'; M=-13, -8,-26, -9,  3,-22,-21, -2,-18, 11,-10, -3, -4,-17, 21, 28, -5, -3,-17,-21, -9, 10;
/M: SY='Y'; M=-20,-25,-31,-27,-23, 36,-28,  5, -3,-15, -1, -3,-23,-30,-17,-13,-23,-13,-11, 45, 64,-22;
/M: SY='D'; M=-14, 32,-30, 46,  8,-37, 14, -6,-40, -6,-30,-27, 14,-13, -6,-13,  0,-13,-30,-34,-23,  1;
/M: SY='A'; M= 23,-16,-10,-22,-18,-11,-15,-24,  5,-14, -2, -2,-16,-18,-18,-18,  4,  8, 19,-25,-15,-18;
/M: SY='Y'; M=-19,-23,-29,-25,-23, 32,-31,  8,  7,-15,  4,  3,-20,-29,-15,-14,-20,-10, -3, 21, 63,-23;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-20,-25,-25,-31,-25, 57,-30, -2,  0,-21,  5,  0,-20,-30,-26,-15,-20,-10, -5, 19, 53,-25;
/M: SY='N'; M= -1, 17,-17,  3, -4,-17, -8, -3,-17,  0,-21,-15, 28,-16, -3,  4, 10, 12,-17,-32,-16, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 107 in 58 different sequences
Number of true positive hits 107 in 58 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Link
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
58 sequences

CD44_BOVIN  (Q29423), CD44_CANFA  (Q28284), CD44_CRIGR  (P20944), 
CD44_HORSE  (Q05078), CD44_HUMAN  (P16070), CD44_MESAU  (Q60522), 
CD44_MOUSE  (P15379), CD44_PAPHA  (P14745), CD44_RAT    (P26051), 
CSPG2_BOVIN (P81282), CSPG2_CHICK (Q90953), CSPG2_HUMAN (P13611), 
CSPG2_MACNE (Q28858), CSPG2_MOUSE (Q62059), CSPG2_RAT   (Q9ERB4), 
HPLN1_BOVIN (P55252), HPLN1_CHICK (P07354), HPLN1_HORSE (Q28381), 
HPLN1_HUMAN (P10915), HPLN1_MOUSE (Q9QUP5), HPLN1_PIG   (P10859), 
HPLN1_RAT   (P03994), HPLN2_HUMAN (Q9GZV7), HPLN2_MOUSE (Q9ESM3), 
HPLN2_RAT   (Q9ESM2), HPLN3_HUMAN (Q96S86), HPLN3_MOUSE (Q80WM5), 
HPLN4_HUMAN (Q86UW8), HPLN4_MOUSE (Q80WM4), LYVE1_BOVIN (Q6UC88), 
LYVE1_HUMAN (Q9Y5Y7), LYVE1_MOUSE (Q8BHC0), NCAN_HUMAN  (O14594), 
NCAN_MOUSE  (P55066), NCAN_PANTR  (Q5IS41), NCAN_RAT    (P55067), 
PGCA_BOVIN  (P13608), PGCA_CANFA  (Q28343), PGCA_CHICK  (P07898), 
PGCA_HUMAN  (P16112), PGCA_MOUSE  (Q61282), PGCA_PIG    (Q29011), 
PGCA_RABIT  (Q28670), PGCA_RAT    (P07897), PGCB_BOVIN  (Q28062), 
PGCB_FELCA  (P41725), PGCB_HUMAN  (Q96GW7), PGCB_MOUSE  (Q61361), 
PGCB_RAT    (P55068), STAB1_HUMAN (Q9NY15), STAB1_MOUSE (Q8R4Y4), 
STAB2_HUMAN (Q8WWQ8), STAB2_MOUSE (Q8R4U0), STAB2_RAT   (Q8CFM6), 
SUSD5_HUMAN (O60279), TSG6_HUMAN  (P98066), TSG6_MOUSE  (O08859), 
TSG6_RABIT  (P98065)
» More

PDB
[Detailed view]
9 PDB

1O7B; 1O7C; 1POZ; 1UUH; 2I83; 2JCP; 2JCQ; 2JCR; 2PF5

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission