ID   LINK_2; MATRIX.
AC   PS50963;
DT   01-MAR-2004 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   Link domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=94;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=94;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2035897; R2=0.0126611; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7040.6733398; R2=7.4948978; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=498; H_SCORE=10773; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=340; H_SCORE=9589; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-12,-27,-12,-12,-22,32,-20,-19,-17,-17,-11,-6,-19,-16,-19,-4,-15,-12,-23,-22,-14;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-27,-16,-29,-26,-3,-30,-26,26,-15,8,9,-24,-27,-23,-10,-12,-3,38,-27,-8,-26;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-23,-20,-32,-25,57,-28,-14,-2,-23,5,-2,-17,-27,-30,-17,-13,0,-2,6,31,-25;
MA   /M: SY='H'; M=-17,-13,-30,-12,-9,-3,-24,43,-12,-13,-4,1,-9,-10,-3,-9,-16,-14,-18,-13,26,-10;
MA   /M: SY='Y'; M=-4,-21,-21,-22,-19,6,-24,-5,4,-7,-1,1,-19,-26,-14,-3,-11,-5,10,-4,23,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-6,-21,-5,11,-5,-19,-10,-15,-4,-8,-10,-5,-13,-1,0,2,3,-12,-24,-9,5;
MA   /I: I=-15; MD=-32;
MA   /M: SY='A'; M=11,-9,-12,-12,-7,-9,-8,-12,1,-8,-4,-3,-8,6,-7,-12,-1,-3,0,-12,-9,-8; D=-15;
MA   /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-6,-27,-8,0,-21,-20,4,-19,19,-20,-6,0,-15,5,24,-5,-7,-14,-24,-6,0;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-3,-24,-3,-1,-21,-13,-11,-17,0,-20,-13,3,12,-3,-5,4,0,-18,-31,-18,-3;
MA   /M: SY='G'; M=7,-5,-21,-8,-5,-23,23,-17,-26,-12,-20,-16,-2,-13,-10,-15,7,2,-17,-24,-22,-8;
MA   /M: SY='R'; M=-14,3,-28,-1,4,-24,-17,-2,-28,33,-26,-12,10,-16,8,41,-7,-8,-22,-23,-12,4;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-19,-27,-20,-14,22,-28,8,-1,-12,4,3,-18,-27,-3,-9,-18,-10,-10,12,47,-11;
MA   /I: I=-14; MD=-29;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,5,-15,1,4,-19,-9,-3,-15,6,-18,-9,9,-9,11,3,9,6,-14,-22,-10,7; D=-14;
MA   /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-22,-16,-24,-16,6,-24,-16,20,-22,32,15,-21,-21,-15,-16,-21,-7,11,-15,0,-16; D=-14;
MA   /I: I=-14; DM=-29;
MA   /M: SY='T'; M=-4,18,-15,11,-2,-18,-9,-7,-18,-6,-22,-17,22,-13,-4,-7,18,23,-14,-36,-16,-3;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-24,-24,-30,-22,50,-28,-6,-5,-15,2,-2,-17,-28,-23,-3,-18,-10,-6,11,37,-22;
MA   /M: SY='B'; M=-1,11,-20,11,3,-24,-14,4,-21,-5,-18,-12,5,-11,4,-8,7,10,-15,-30,-10,3;
MA   /M: SY='E'; M=-11,8,-30,16,53,-29,-20,0,-30,12,-20,-19,0,-2,19,9,-1,-10,-29,-29,-19,35;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='K'; M=9,-7,-22,-10,1,-26,-15,-11,-14,13,-16,-5,-7,-13,11,4,-2,-6,-8,-21,-13,6;
MA   /M: SY='Q'; M=-4,12,-26,13,17,-30,-13,1,-25,6,-21,-14,10,-11,19,7,2,-7,-24,-28,-16,17;
MA   /M: SY='A'; M=25,-14,-14,-18,-5,-13,-12,-19,-2,-12,1,-3,-15,-15,-11,-17,-1,-3,5,-23,-15,-8;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-13,-26,-11,3,-12,-24,-9,-11,8,5,0,-11,-19,0,19,-16,-10,-10,-22,-8,0;
MA   /M: M=-4,-1,-22,-4,-5,-5,-16,-7,-12,-6,-4,-6,0,-19,-2,0,-7,-7,-12,-21,-6,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-1,-24,-1,3,-1,-21,-7,-9,-11,4,-3,-2,-19,-2,-9,-11,-9,-13,-22,-4,1;
MA   /M: SY='G'; M=-3,7,-26,6,-9,-28,40,-11,-34,-13,-30,-21,14,-17,-12,-14,7,-11,-28,-28,-26,-10;
MA   /M: SY='A'; M=26,-12,-15,-17,-12,-16,5,-18,-11,-15,-6,-8,-9,-15,-12,-18,6,-2,-4,-23,-18,-12;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-9,-21,-12,-7,-16,-20,4,-6,-6,-11,-3,-3,-17,3,1,4,5,-3,-28,-6,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24,6,-34,-24,31,-30,39,20,-26,-26,-20,-24,-26,-10,18,-20,0,-24;
MA   /M: SY='A'; M=40,-12,-15,-18,-8,-22,-3,-20,-12,-10,-13,-12,-12,6,-10,-20,7,-2,-5,-22,-22,-10;
MA   /M: SY='T'; M=0,-2,-16,-7,-8,-17,-2,-17,-19,-4,-19,-13,1,-12,-8,-7,15,26,-9,-28,-15,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-10,-16,-23,-19,-14,4,-24,-10,-2,-3,-4,5,-15,-7,-11,-7,-10,-1,-1,-13,8,-13;
MA   /M: SY='D'; M=-1,12,-27,18,8,-31,10,-10,-32,2,-26,-20,4,-11,-3,-7,0,-11,-24,-27,-21,3;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,0,-30,0,17,-37,-20,22,-21,7,-20,0,1,-11,53,9,-1,-11,-30,-21,-6,35;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-18,-31,-24,4,-30,-21,27,-24,29,23,-27,-27,-20,-20,-21,-7,25,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-16,3,-29,8,16,-3,-22,4,-19,-2,-13,-11,-4,-15,6,-6,-8,-10,-21,-10,14,10;
MA   /M: SY='A'; M=15,-2,-17,-5,-4,-18,-12,-16,-13,-2,-8,-9,-6,-13,-7,-9,2,4,-6,-24,-14,-6;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='W'; M=-17,-30,-34,-30,-21,8,-25,-16,-6,-15,6,-3,-28,-28,-14,-5,-30,-18,-13,52,20,-17;
MA   /M: SY='K'; M=-8,0,-27,1,15,-28,-17,-5,-27,27,-26,-12,2,-10,16,22,1,-5,-21,-24,-13,15;
MA   /M: SY='A'; M=9,-11,-24,-16,-16,-15,-10,-22,9,-19,-2,0,-9,-16,-14,-23,-6,-8,6,-22,-12,-18;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-27,-8,-17,-28,58,-18,-37,-18,-30,-20,2,-18,-17,-18,7,-13,-27,-23,-28,-17;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-27,-21,-35,-26,54,-29,-12,5,-25,15,11,-21,-29,-28,-17,-21,-10,1,5,29,-25;
MA   /M: SY='D'; M=-17,23,-30,34,28,-31,-16,27,-34,1,-24,-18,11,-9,9,-4,-3,-13,-30,-34,-9,17;
MA   /M: SY='T'; M=-8,-14,-21,-18,-12,-10,-22,-14,-5,-5,-7,2,-12,-18,-2,0,-4,9,-1,-3,-4,-7;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='D'; M=1,15,-20,16,4,-25,-6,-5,-25,0,-25,-19,14,-13,0,3,13,2,-18,-34,-18,1;
MA   /M: SY='A'; M=26,-13,-17,-20,-13,-3,-10,-7,-7,-10,-7,-7,-13,-17,-10,-17,0,-3,-3,-3,14,-13;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-38,-45,-40,-30,21,-22,-28,-17,-22,-15,-17,-37,-30,-23,-20,-37,-27,-25,127,30,-22;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-28,-20,-32,-23,5,-30,-20,27,-25,34,24,-27,-27,-19,-20,-23,-8,20,-22,-2,-22;
MA   /I: I=-15; MD=-32;
MA   /M: SY='A'; M=28,-7,-12,-12,-9,-18,12,-15,-15,-10,-14,-11,-4,-10,-9,-15,10,-1,-6,-19,-18,-9; D=-15;
MA   /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='D'; M=-17,36,-30,51,25,-37,-13,-2,-37,9,-28,-25,14,-8,5,-2,-2,-10,-28,-35,-18,15;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-9,-30,-9,-12,-30,47,-14,-36,-10,-27,-16,0,-19,-6,-4,-1,-17,-29,-20,-25,-10;
MA   /M: SY='S'; M=-6,-7,-18,-10,-6,-1,-14,6,-18,-7,-17,-11,2,-17,-5,2,11,7,-12,-25,-2,-6;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-15,-23,-15,-11,-17,-10,-12,-10,3,-11,-4,-10,-22,-2,19,-7,-8,1,-23,-13,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-23,-30,-27,-23,20,-33,3,17,-17,7,7,-20,-27,-13,-17,-20,-10,3,13,53,-23;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-17,-35,-8,0,-28,-17,-18,-20,-10,-30,-20,-15,73,-8,-18,-1,-5,-27,-32,-28,-8;
MA   /M: SY='I'; M=-13,-23,-30,-30,-20,-7,-33,-20,23,-10,7,10,-13,-20,-10,4,-17,-10,13,-20,-3,-20;
MA   /M: SY='I'; M=-3,-15,-19,-19,-16,-9,-23,-7,11,-18,-3,2,-7,-18,-11,-17,4,6,11,-29,-6,-16;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-1,-24,-3,3,-23,-17,8,-26,20,-25,-10,3,-13,6,18,2,1,-17,-26,-7,3;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-19,-36,-11,-1,-29,-17,-20,-19,-10,-27,-19,-19,77,-10,-20,-7,-9,-26,-29,-29,-10;
MA   /M: SY='R'; M=-14,7,-27,0,-3,-22,0,0,-28,12,-25,-15,20,-20,2,33,-2,-8,-25,-27,-16,-3;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-8,-31,-1,15,-27,-17,-11,-24,0,-26,-19,-8,37,2,-2,1,-5,-25,-30,-23,5;
MA   /M: SY='N'; M=-10,1,-28,-5,-6,-21,-6,-9,-14,4,-21,-10,11,-4,-4,4,-5,-8,-17,-27,-16,-7;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='G'; M=7,-10,-24,-12,-16,-20,37,-14,-28,-16,-23,-16,-3,-18,-15,-17,4,-10,-20,-16,-13,-16;
MA   /M: SY='G'; M=2,-13,-27,-14,-12,-12,16,-18,-25,-6,-21,-14,-7,-4,-15,-11,-4,-12,-19,-17,-16,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-8,23,-23,15,1,-25,4,0,-24,-3,-26,-17,31,-16,3,-4,7,1,-26,-33,-19,2;
MA   /M: SY='N'; M=-8,7,-26,3,4,-22,0,-6,-22,8,-18,-12,13,-16,-1,2,-4,-9,-22,-27,-16,2;
MA   /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='T'; M=3,-16,-19,-17,-12,-12,-21,-22,-2,-14,-4,-5,-16,9,-15,-17,-1,12,3,-27,-15,-15;
MA   /M: SY='G'; M=6,-10,-27,-11,-19,-29,61,-20,-36,-19,-27,-19,-1,-19,-19,-20,1,-17,-26,-20,-29,-19;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-30,-13,-32,-30,0,-32,-30,33,-22,12,12,-28,-28,-28,-22,-12,-2,47,-28,-8,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-18,-28,-20,-11,-4,-26,-5,-4,4,1,1,-11,-23,-3,26,-17,-10,-6,-12,8,-11;
MA   /I: I=-8; MD=-17;
MA   /M: SY='T'; M=-9,4,-17,-2,-9,-1,-17,-12,-2,-12,-6,-6,5,-14,-11,-12,0,8,-3,-21,-4,-10; D=-8;
MA   /I: I=-8; MD=-17;
MA   /M: SY='Y'; M=-12,-23,-23,-23,-21,14,-23,-5,4,-13,-1,-1,-23,-25,-15,-13,-18,-9,4,30,35,-19; D=-8;
MA   /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='G'; M=0,-7,-20,-7,-13,-20,46,-13,-27,-13,-20,-13,0,-13,-13,-13,0,-13,-20,-13,-20,-13; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-23,-22,-30,-23,24,-29,-16,22,-22,11,9,-17,-20,-20,-20,-17,-8,12,-2,18,-23; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-23,-30,-21,-12,-10,-23,-18,-8,-5,-6,-6,-20,4,-11,5,-17,-11,-7,-3,-9,-14;
MA   /M: SY='D'; M=-13,18,-27,28,6,-26,-16,-10,-23,-8,-15,-17,2,4,-6,-13,-3,0,-19,-34,-17,-1;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-2,-21,-5,-4,-19,-15,-13,-13,5,-21,-11,3,-2,-5,-1,5,6,-7,-31,-16,-5;
MA   /I: I=-15; MD=-32;
MA   /M: SY='R'; M=-8,11,-15,11,4,-15,-7,0,-17,11,-16,-10,12,-9,3,13,-1,-4,-14,-17,-9,3; D=-15;
MA   /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=0,5,-16,1,0,-20,-8,5,-21,-1,-25,-15,13,-13,1,-2,20,13,-15,-35,-12,0;
MA   /M: SY='E'; M=-3,1,-22,4,18,-24,-12,-6,-26,10,-26,-17,4,-9,9,12,14,3,-19,-31,-17,12;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-8,-26,-9,3,-22,-21,-2,-18,11,-10,-3,-4,-17,21,28,-5,-3,-17,-21,-9,10;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-25,-31,-27,-23,36,-28,5,-3,-15,-1,-3,-23,-30,-17,-13,-23,-13,-11,45,64,-22;
MA   /M: SY='D'; M=-14,32,-30,46,8,-37,14,-6,-40,-6,-30,-27,14,-13,-6,-13,0,-13,-30,-34,-23,1;
MA   /M: SY='A'; M=23,-16,-10,-22,-18,-11,-15,-24,5,-14,-2,-2,-16,-18,-18,-18,4,8,19,-25,-15,-18;
MA   /M: SY='Y'; M=-19,-23,-29,-25,-23,32,-31,8,7,-15,4,3,-20,-29,-15,-14,-20,-10,-3,21,63,-23;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-25,-25,-31,-25,57,-30,-2,0,-21,5,0,-20,-30,-26,-15,-20,-10,-5,19,53,-25;
MA   /M: SY='N'; M=-1,17,-17,3,-4,-17,-8,-3,-17,0,-21,-15,28,-16,-3,4,10,12,-17,-32,-16,-4;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=107(58); /POSITIVE=107(58); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=4;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=Link;
CC   /VERSION=6;
DR   Q29423    , CD44_BOVIN , T; Q28284    , CD44_CANLF , T;
DR   P20944    , CD44_CRIGR , T; Q05078    , CD44_HORSE , T;
DR   P16070    , CD44_HUMAN , T; Q60522    , CD44_MESAU , T;
DR   P15379    , CD44_MOUSE , T; P14745    , CD44_PAPHA , T;
DR   P26051    , CD44_RAT   , T; P81282    , CSPG2_BOVIN, T;
DR   Q90953    , CSPG2_CHICK, T; P13611    , CSPG2_HUMAN, T;
DR   Q28858    , CSPG2_MACNE, T; Q62059    , CSPG2_MOUSE, T;
DR   Q9ERB4    , CSPG2_RAT  , T; P55252    , HPLN1_BOVIN, T;
DR   P07354    , HPLN1_CHICK, T; Q28381    , HPLN1_HORSE, T;
DR   P10915    , HPLN1_HUMAN, T; Q9QUP5    , HPLN1_MOUSE, T;
DR   P10859    , HPLN1_PIG  , T; P03994    , HPLN1_RAT  , T;
DR   Q9GZV7    , HPLN2_HUMAN, T; Q9ESM3    , HPLN2_MOUSE, T;
DR   Q9ESM2    , HPLN2_RAT  , T; Q96S86    , HPLN3_HUMAN, T;
DR   Q80WM5    , HPLN3_MOUSE, T; Q86UW8    , HPLN4_HUMAN, T;
DR   Q80WM4    , HPLN4_MOUSE, T; Q6UC88    , LYVE1_BOVIN, T;
DR   Q9Y5Y7    , LYVE1_HUMAN, T; Q8BHC0    , LYVE1_MOUSE, T;
DR   O14594    , NCAN_HUMAN , T; P55066    , NCAN_MOUSE , T;
DR   Q5IS41    , NCAN_PANTR , T; P55067    , NCAN_RAT   , T;
DR   P13608    , PGCA_BOVIN , T; Q28343    , PGCA_CANLF , T;
DR   P07898    , PGCA_CHICK , T; P16112    , PGCA_HUMAN , T;
DR   Q61282    , PGCA_MOUSE , T; Q29011    , PGCA_PIG   , T;
DR   Q28670    , PGCA_RABIT , T; P07897    , PGCA_RAT   , T;
DR   Q28062    , PGCB_BOVIN , T; P41725    , PGCB_FELCA , T;
DR   Q96GW7    , PGCB_HUMAN , T; Q61361    , PGCB_MOUSE , T;
DR   P55068    , PGCB_RAT   , T; Q9NY15    , STAB1_HUMAN, T;
DR   Q8R4Y4    , STAB1_MOUSE, T; Q8WWQ8    , STAB2_HUMAN, T;
DR   Q8R4U0    , STAB2_MOUSE, T; Q8CFM6    , STAB2_RAT  , T;
DR   O60279    , SUSD5_HUMAN, T; P98066    , TSG6_HUMAN , T;
DR   O08859    , TSG6_MOUSE , T; P98065    , TSG6_RABIT , T;
3D   1O7B; 1O7C; 1POZ; 1UUH; 2I83; 2JCP; 2JCQ; 2JCR; 2N40; 2PF5; 4MRD; 4MRE;
3D   4MRF; 4MRG; 4MRH; 4NP2; 4NP3; 4PZ3; 4PZ4; 5BZC; 5BZE; 5BZF; 5BZG; 5BZH;
3D   5BZI; 5BZJ; 5BZK; 5BZL; 5BZM; 5BZN; 5BZO; 5BZP; 5BZQ; 5BZR; 5BZS; 5BZT;
3D   5SBK; 5SBL; 5SBM; 5SBN; 5SBO; 5SBP; 5SBQ; 5SBR; 5SBS; 5SBT; 5SBU; 5SBV;
3D   5SBW; 5SBX; 5SBY; 5SBZ; 5SC0; 5SC1; 5SC2; 5SC3; 5SC4; 5SC5; 5SC6; 5SC7;
PR   PRU00323;
DO   PDOC00955;
//