To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50982

General information about the entry

Entry name [info] MBD
Accession [info] PS50982
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-APR-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50982
Associated ProRule [info] PRU00338

Name and characterization of the entry

Description [info] Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0709381; R2=0.0165134; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=360; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=148; N_SCORE=5.5; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -9,-11,-26,-11,-12, -7,-18,-14, -3,-10, -2,  0,-12,-21,-11,-10,-13, -9, -2, -4, -2,-12;
/M: SY='A'; M=  2, -3,-18, -5,  1,-19,-15, -7,-14, -1,-13, -9, -3,-13, -3, -1,  0, -2, -8,-26,-12, -2;
/M: SY='N'; M= -7,  2,-24,  0,  2,-16,-13, -8,-12, -3,-12, -9,  5,-15, -3, -1, -1, -2,-11,-27,-12, -1;
/M:         M= -4, -5,-24, -3, -4,-16,-12,-13, -9, -5, -7, -6, -8,-11, -9, -9, -7, -6, -5,-24,-10, -7;
/M: SY='K'; M= -5, -3,-22, -4,  3,-20,-13, -7,-19,  4,-18,-10, -2,-12,  1,  3, -1, -3,-15,-17,-11,  1;
/M: SY='P'; M= -8, -8,-26, -4,  7,-14,-17,-10,-16, -5,-15,-10, -9,  9, -3, -6, -2, -3,-15,-23,-13,  1;
/M: SY='N'; M= -8,  2,-21,  0, -5,-13,-13, -8,-11, -7, -7, -7,  3,-16, -7, -6, -5, -4,-11,-25, -9, -6;
/M:         M= -7, -7,-11, -6, -4,-21,-15, -2,-18, -9,-15,-11, -6, -3, -7, -7, -8,-11,-16,-26,-14, -8;
/M:         M= -5, -9,-25, -9, -5,-15, -8,-13,-13, -9,-11, -7, -8, -2, -8,-10, -5, -5,-11,-20,-14, -7;
/M: SY='P'; M= -5,-16,-29,-15, -8,-18, -8,-16,-20, -5,-21,-14,-13,  9, -6, -4, -8,-10,-20,  1,-11, -9;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-20,-28,-19,  4,-27,-21, 15,-26, 34, 14,-26,-19,-19,-20,-23, -7,  9,-21, -4,-19;
/M: SY='P'; M= -8,-16,-36, -9,  2,-26,-16,-17,-17,-10,-21,-14,-17, 59, -7,-17, -9,-10,-25,-28,-25, -6;
/M: SY='E'; M= -8, -1,-21,  3,  4,-23,-16, -4,-21,  2,-19,-13, -4,  0,  1, -2, -4, -7,-18,-25,-10,  1;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-29, -5,-15,-30, 58,-18,-39,-16,-30,-20,  1,-17,-17,-17,  1,-18,-29,-22,-28,-16;
/M: SY='W'; M=-19,-38,-44,-39,-29, 12,-21,-29,-19,-20,-18,-19,-38,-28,-21,-20,-37,-27,-27,133, 27,-20;
/M: SY='R'; M= -9, -9,-26,-11,  2,-19,-23, -8, -8,  7,-10, -3, -6,-14,  7, 11, -6, -4, -7,-23, -9,  2;
/M: SY='R'; M=-14,-12,-26,-13, -4,-15,-22, -8,-15, 21,-13, -1, -6,-19,  2, 37,-11, -8, -7,-21, -8, -4;
/M: SY='E'; M=-10, -2,-25,  2, 23,-20,-21, -1,-16,  4, -8, -5, -6,-11,  9,  1, -6, -9,-15,-27,-12, 16;
/M: SY='V'; M= -8,-15,-20,-17, -8,  0,-26,-16,  8,-14,  7,  4,-15,-20,-13,-13, -9,  0, 10,-22, -3,-11;
/M: SY='R'; M=-10,-14,-21,-15,-10, -6,-23, -7, -5,  4, -8, -2,-11,-22, -7, 13, -9, -5,  2,-16,  4,-11;
/M: SY='I'; M= -7,-18,-24,-22,-12, -5,-24,-14,  5,-13, -1,  2,-13, -5, -6,-11,-10, -7,  0,-20, -6,-11;
/M: SY='R'; M=-12, -7,-25, -9, -3,-22, -7, -5,-28, 17,-21,-10,  1,-17,  4, 37, -6, -8,-20,-22,-14, -3;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-21, -3,  0,-19, -4, -7,-21, 16,-19, -9,  3, -9,  1, 16, -2, -5,-15,-18,-11,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='G'; M= -2, -5,-15, -7, -6,-14, 12,-10,-17, -6,-16,-10,  1,-14, -8, -7,  1, -7,-12,-19,-14, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-17, -3, -5,-16,  6, -9,-17, -4,-13,-10,  5,-13, -5, -4,  4,  1,-13,-22,-14, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='N'; M= -5,  7,-20,  5, -4,-19,  7, -2,-23, -6,-22,-14, 11,-15, -4, -4,  8,  0,-18,-28,-15, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='A'; M=  2, -5,-15, -9, -6,-15, -6, -8,-15, -3,-13, -7, -2,-14, -4, -3,  0, -1,-10,-21, -9, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G'; M= -6,-10,-25,-12,-14,-15,  9,-13,-13, -9,-12, -5, -5,-19,-11, -8, -5, -8,-10,-15,-11,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-26, -8,  0,-15,-17, -4,-21, 20,-18, -6, -3,-13,  6, 21, -7, -6,-15,-18, -5,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='M'; M= -1,-15,-20,-18,-14, -5, -8,-15, -4, -9, -6,  1,-10,-16,-11, -8, -4, -4, -1,-17, -6,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D'; M=-15, 27,-23, 38, 19,-28,-14,  4,-32, -1,-24,-22, 10,-12,  2, -8, -2,-10,-26,-31,-10,  9;
/M: SY='V'; M= -3,-20,-18,-22,-18, -7,-26,-22, 10, -8, -1,  3,-18,-15,-16, -6, -7,  2, 20,-26,-10,-18;
/M: SY='Y'; M=-11,-21,-25,-23,-18, 19,-27,  0,  3,-15,  3,  1,-18,-26,-15,-13,-14, -7, -1,  8, 36,-18;
/M: SY='Y'; M=-19,-22,-27,-24,-21, 33,-30,  9,  2,-13,  4,  1,-20,-30,-15,-11,-20,-10, -5, 20, 62,-21;
/M: SY='Y'; M=-10,-20,-20,-25,-20,  8,-30,-12, 12,-13,  3,  4,-16,-23,-16,-13,-12, -2, 12,-11, 15,-20;
/M: SY='S'; M=  5,  2,-14,  2,  1,-19, -5,-10,-19, -8,-19,-15,  3,-10, -3,-10, 14,  6,-13,-31,-15, -2;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-39,-11, -1,-27,-20,-19,-20, -9,-29,-19,-19, 83,-10,-17,-10,-10,-29,-29,-28,-10;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  5, -9,-10,-19,-13,-17,-14,-11,-17,-12, -2,-14, -9,-12,  7,  8, -6,-34,-18,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -9,-16,-27, 54,-16,-35,-16,-27,-16,  1,-19,-16,-14,  0,-16,-26,-21,-26,-16;
/M: SY='K'; M=-10, -4,-26, -4,  4,-17,-20, -4,-18, 19,-15, -6, -2,-15,  4, 17, -8, -6,-14,-19, -2,  3;
/M: SY='K'; M= -6, -5,-21, -6,  4,-22,-19,-10,-20, 17,-19, -9, -2,-12,  4, 17, -2, -2,-12,-25,-13,  3;
/M: SY='F'; M=-12,-27,-21,-33,-24, 36,-29,-20, 13,-28, 24, 11,-22,-27,-27,-21,-22,-10,  7, -8, 12,-24;
/M: SY='R'; M=-13, -7,-26, -7,  2,-17,-18, -1,-25, 18,-19,-10,  0,-16,  7, 38, -2, -2,-17,-23, -8,  2;
/M: SY='S'; M=  3,  1,-10, -3, -2,-20, -5, -9,-18, -8,-24,-14,  8,-12,  2, -7, 25, 17,-12,-35,-17,  0;
/M: SY='K'; M=-10,-11,-20,-14, -5,-10,-23,-10,-11, 12, -7,  1, -8,-18, -1, 12,-12, -7, -8,-19, -4, -4;
/M: SY='P'; M= -5, -5,-26, -4,  3,-21,-14, -9,-16,  2,-19,-10, -3,  4,  0, -1, -1, -5,-13,-27,-16,  0;
/M: SY='E'; M= -7, 11,-27, 18, 33,-32,-15,  1,-27,  5,-23,-16,  4, -4, 23, -1,  5, -6,-27,-30,-18, 28;
/M: SY='V'; M= -2,-26,-17,-28,-24,  0,-28,-25, 22,-22, 18, 11,-26,-24,-23,-20,-15, -4, 27,-21, -6,-24;
/M: SY='A'; M=  3,-11,-20,-13, -4,-11,-19,-10, -2, -9,  0,  0,-10,-16, -5,-11, -4, -3, -1,-24, -8, -5;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-23, -8, -1,-18,-18, -2,-18,  9,-12, -7, -3,-15,  5, 20, -6, -6,-15,-22, -8,  0;
/M: SY='Y'; M=-18,-20,-29,-21,-19, 27,-27, 14, -1,-11, -1,  0,-18,-28,-11,-11,-18,-11, -9, 20, 62,-19;
/M: SY='L'; M= -9,-28,-20,-29,-21,  7,-28,-21, 20,-28, 37, 16,-27,-26,-20,-20,-24, -8, 13,-21, -2,-21;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-26, -1,  7,-17, -4, -5,-22,  0,-15,-11,  0,-14,  2, -1, -3, -9,-19,-23,-12,  4;
/M: SY='S'; M=  0,  0,-21, -2,  6,-19,-10, -6,-19,  0,-19,-13,  2,-10,  1, -3,  7,  3,-14,-24,-13,  3;
/M: SY='N'; M= -2,  1,-17, -4, -4,-19, -1, -2,-17,-10,-17, -9,  7,-16, -3,-10,  5,  1,-14,-29,-14, -4;
/M:         M= -8,-10,-23,-11, -6,-16, -6,-14,-13, -5,-12, -4, -8, -1, -7, -7, -7, -8,-11,-25,-15, -8;
/M: SY='D'; M= -9,  6,-18,  9,  2,-21,-12,-12,-13, -9,-14,-12,  2,-12, -7,-13, -1, -5,-10,-32,-17, -3;
/M:         M= -8, -5,-16, -7, -5,-12,-13, -5,-12, -8, -8, -6, -3,-16, -5, -8, -2,  0,-11,-25, -6, -6;
/M:         M= -8, -9,-23,-10, -5,-11,-15, -9,-13, -2,-13, -8, -4, -6, -6,  0, -2, -2,-11,-23, -7, -7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6,-10, -7,-13,-10, -2,-18,-10, -7,-11, -3, -5, -8,-19,-12, -8, -6, -3, -4,-21, -3,-12; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M=  0, -3,-18, -3, -3,-12,-10,-11,-10, -4, -9, -7, -4,-10, -5, -5,  0, -1, -6,-21,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6, -5,-16, -5, -2,-11,-12, -9, -9, -5, -7, -6, -4, -8, -5, -3, -2, -1, -6,-21, -9, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-13,  0,  2,-13,-14, -8, -6, -1, -7, -4, -2, -9, -2, -3, -3, -4, -4,-21, -9,  0; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N'; M= -4,  9,-19,  8,  6,-19,-10,  6,-15, -4,-14, -8, 10,-12,  4, -5,  3, -4,-14,-28,-11,  5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='F'; M=-15,-24, -7,-31,-24, 46,-24,-16, -6,-24,  2, -2,-17,-26,-30,-18,-15, -9, -4, -2, 18,-24;
/M: SY='D'; M= -8, 25,-19, 33,  9,-28,-10, -4,-27, -4,-24,-22, 14,-13, -1,-10,  7, -3,-20,-35,-16,  4;
/M: SY='F'; M=-13,-22,-22,-30,-23, 39,-22,-17, -2,-23,  4, -2,-14,-26,-26,-16,-14, -7, -3,  5, 14,-22;
/M: SY='R'; M= -6,  3,-19,  1,  2,-22, -8, -4,-25,  4,-22,-14,  6,-13,  3, 10,  5,  2,-19,-28,-14,  1;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-18,-10, -7,-16,-18,-16, -7, -8,-12, -8, -5,  0, -6, -9,  6, 12, -4,-29,-15, -8;
/M: SY='D'; M= -7,  2,-28,  5,  1,-25,  4, -4,-27, -4,-22,-15,  1, -4, -2, -5, -1, -9,-23,-25,-14, -2;
/M: SY='K'; M= -5, -4,-23, -5, -3,-18,-15, -7,-12,  4,-10, -4, -4,-16, -3,  3, -6, -6, -6,-26,-11, -4;
/M: SY='P'; M= -6, -9,-24,-12, -8,-14,-19,-10, -6, -4,-10, -1, -5,  1, -5, -4, -3,  0, -6,-26,-11, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 45 in 43 different sequences
Number of true positive hits 45 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 91.84 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] MBD
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
43 sequences

BAZ2A_HUMAN (Q9UIF9    ), BAZ2A_MOUSE (Q91YE5    ), BAZ2A_XENLA (B7ZS37    ), 
BAZ2B_CHICK (Q9DE13    ), BAZ2B_HUMAN (Q9UIF8    ), MBD10_ARATH (Q9XI36    ), 
MBD11_ARATH (Q9LW00    ), MBD12_ARATH (Q9FZP6    ), MBD13_ARATH (Q9LTJ8    ), 
MBD1_ARATH  (Q5XEN5    ), MBD1_HUMAN  (Q9UIS9    ), MBD1_MOUSE  (Q9Z2E2    ), 
MBD2_ARATH  (Q8LA53    ), MBD2_HUMAN  (Q9UBB5    ), MBD2_MOUSE  (Q9Z2E1    ), 
MBD3_ARATH  (Q4PSK1    ), MBD3_HUMAN  (O95983    ), MBD3_MOUSE  (Q9Z2D8    ), 
MBD4_ARATH  (Q9LYB9    ), MBD4_HUMAN  (O95243    ), MBD4_MOUSE  (Q9Z2D7    ), 
MBD5_ARATH  (Q9SNC0    ), MBD5_HUMAN  (Q9P267    ), MBD5_MOUSE  (B1AYB6    ), 
MBD6_ARATH  (Q9LTJ1    ), MBD6_HUMAN  (Q96DN6    ), MBD6_MOUSE  (Q3TY92    ), 
MBD7_ARATH  (Q9FJF4    ), MBD8_ARATH  (Q9LME6    ), MBD9_ARATH  (Q9SGH2    ), 
MECP2_HUMAN (P51608    ), MECP2_MACFA (Q95LG8    ), MECP2_MOUSE (Q9Z2D6    ), 
MECP2_RAT   (Q00566    ), MET2_CAEEL  (P34544    ), SETB1_DROME (Q32KD2    ), 
SETB1_DROPS (Q28Z18    ), SETB1_HUMAN (Q15047    ), SETB1_MOUSE (O88974    ), 
SETB1_XENLA (Q6INA9    ), SETB2_HUMAN (Q96T68    ), SETB2_MOUSE (Q8C267    ), 
SETB2_XENTR (A4IGY9    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
4 sequences

SETB2_DANRE (Q06ZW3    ), SETB2_XENLA (Q6YI93    ), STB1A_DANRE (Q1L8U8    ), 
STB1B_DANRE (Q08BR4    )
» more

PDB
[Detailed view]
13 PDB

1D9N; 1IG4; 1QK9; 2MB7; 2MOE; 3C2I; 3VXV; 3VXX; 3VYB; 3VYQ; 4LG7; 5AGQ; 5BT2
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission