Entry: PS50982

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] MBD
Accession [info] PS50982
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50982
Associated ProRule [info] PRU00338

Name and characterization of the entry

Description [info] Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0709381; R2=0.0165134; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3685.74837; R2=20.53268; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=360; N_SCORE=9.0; H_SCORE=9804; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=149; N_SCORE=5.5; H_SCORE=6704; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -9,-11,-26,-11,-12, -7,-18,-14, -3,-10, -2,  0,-12,-21,-11,-10,-13, -9, -2, -4, -2,-12;
/M: SY='A'; M=  2, -3,-18, -5,  1,-19,-15, -7,-14, -1,-13, -9, -3,-13, -3, -1,  0, -2, -8,-26,-12, -2;
/M: SY='N'; M= -7,  2,-24,  0,  2,-16,-13, -8,-12, -3,-12, -9,  5,-15, -3, -1, -1, -2,-11,-27,-12, -1;
/M:         M= -4, -5,-24, -3, -4,-16,-12,-13, -9, -5, -7, -6, -8,-11, -9, -9, -7, -6, -5,-24,-10, -7;
/M: SY='K'; M= -5, -3,-22, -4,  3,-20,-13, -7,-19,  4,-18,-10, -2,-12,  1,  3, -1, -3,-15,-17,-11,  1;
/M: SY='P'; M= -8, -8,-26, -4,  7,-14,-17,-10,-16, -5,-15,-10, -9,  9, -3, -6, -2, -3,-15,-23,-13,  1;
/M: SY='N'; M= -8,  2,-21,  0, -5,-13,-13, -8,-11, -7, -7, -7,  3,-16, -7, -6, -5, -4,-11,-25, -9, -6;
/M:         M= -7, -7,-11, -6, -4,-21,-15, -2,-18, -9,-15,-11, -6, -3, -7, -7, -8,-11,-16,-26,-14, -8;
/M:         M= -5, -9,-25, -9, -5,-15, -8,-13,-13, -9,-11, -7, -8, -2, -8,-10, -5, -5,-11,-20,-14, -7;
/M: SY='P'; M= -5,-16,-29,-15, -8,-18, -8,-16,-20, -5,-21,-14,-13,  9, -6, -4, -8,-10,-20,  1,-11, -9;
/M: SY='L'; M= -5,-27,-20,-28,-19,  4,-27,-21, 15,-26, 34, 14,-26,-19,-19,-20,-23, -7,  9,-21, -4,-19;
/M: SY='P'; M= -8,-16,-36, -9,  2,-26,-16,-17,-17,-10,-21,-14,-17, 59, -7,-17, -9,-10,-25,-28,-25, -6;
/M: SY='E'; M= -8, -1,-21,  3,  4,-23,-16, -4,-21,  2,-19,-13, -4,  0,  1, -2, -4, -7,-18,-25,-10,  1;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-29, -5,-15,-30, 58,-18,-39,-16,-30,-20,  1,-17,-17,-17,  1,-18,-29,-22,-28,-16;
/M: SY='W'; M=-19,-38,-44,-39,-29, 12,-21,-29,-19,-20,-18,-19,-38,-28,-21,-20,-37,-27,-27,133, 27,-20;
/M: SY='R'; M= -9, -9,-26,-11,  2,-19,-23, -8, -8,  7,-10, -3, -6,-14,  7, 11, -6, -4, -7,-23, -9,  2;
/M: SY='R'; M=-14,-12,-26,-13, -4,-15,-22, -8,-15, 21,-13, -1, -6,-19,  2, 37,-11, -8, -7,-21, -8, -4;
/M: SY='E'; M=-10, -2,-25,  2, 23,-20,-21, -1,-16,  4, -8, -5, -6,-11,  9,  1, -6, -9,-15,-27,-12, 16;
/M: SY='V'; M= -8,-15,-20,-17, -8,  0,-26,-16,  8,-14,  7,  4,-15,-20,-13,-13, -9,  0, 10,-22, -3,-11;
/M: SY='R'; M=-10,-14,-21,-15,-10, -6,-23, -7, -5,  4, -8, -2,-11,-22, -7, 13, -9, -5,  2,-16,  4,-11;
/M: SY='I'; M= -7,-18,-24,-22,-12, -5,-24,-14,  5,-13, -1,  2,-13, -5, -6,-11,-10, -7,  0,-20, -6,-11;
/M: SY='R'; M=-12, -7,-25, -9, -3,-22, -7, -5,-28, 17,-21,-10,  1,-17,  4, 37, -6, -8,-20,-22,-14, -3;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-21, -3,  0,-19, -4, -7,-21, 16,-19, -9,  3, -9,  1, 16, -2, -5,-15,-18,-11,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='G'; M= -2, -5,-15, -7, -6,-14, 12,-10,-17, -6,-16,-10,  1,-14, -8, -7,  1, -7,-12,-19,-14, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-17, -3, -5,-16,  6, -9,-17, -4,-13,-10,  5,-13, -5, -4,  4,  1,-13,-22,-14, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='N'; M= -5,  7,-20,  5, -4,-19,  7, -2,-23, -6,-22,-14, 11,-15, -4, -4,  8,  0,-18,-28,-15, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='A'; M=  2, -5,-15, -9, -6,-15, -6, -8,-15, -3,-13, -7, -2,-14, -4, -3,  0, -1,-10,-21, -9, -6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='G'; M= -6,-10,-25,-12,-14,-15,  9,-13,-13, -9,-12, -5, -5,-19,-11, -8, -5, -8,-10,-15,-11,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-26, -8,  0,-15,-17, -4,-21, 20,-18, -6, -3,-13,  6, 21, -7, -6,-15,-18, -5,  2; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='M'; M= -1,-15,-20,-18,-14, -5, -8,-15, -4, -9, -6,  1,-10,-16,-11, -8, -4, -4, -1,-17, -6,-13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='D'; M=-15, 27,-23, 38, 19,-28,-14,  4,-32, -1,-24,-22, 10,-12,  2, -8, -2,-10,-26,-31,-10,  9;
/M: SY='V'; M= -3,-20,-18,-22,-18, -7,-26,-22, 10, -8, -1,  3,-18,-15,-16, -6, -7,  2, 20,-26,-10,-18;
/M: SY='Y'; M=-11,-21,-25,-23,-18, 19,-27,  0,  3,-15,  3,  1,-18,-26,-15,-13,-14, -7, -1,  8, 36,-18;
/M: SY='Y'; M=-19,-22,-27,-24,-21, 33,-30,  9,  2,-13,  4,  1,-20,-30,-15,-11,-20,-10, -5, 20, 62,-21;
/M: SY='Y'; M=-10,-20,-20,-25,-20,  8,-30,-12, 12,-13,  3,  4,-16,-23,-16,-13,-12, -2, 12,-11, 15,-20;
/M: SY='S'; M=  5,  2,-14,  2,  1,-19, -5,-10,-19, -8,-19,-15,  3,-10, -3,-10, 14,  6,-13,-31,-15, -2;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-39,-11, -1,-27,-20,-19,-20, -9,-29,-19,-19, 83,-10,-17,-10,-10,-29,-29,-28,-10;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  5, -9,-10,-19,-13,-17,-14,-11,-17,-12, -2,-14, -9,-12,  7,  8, -6,-34,-18,-10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -9,-16,-27, 54,-16,-35,-16,-27,-16,  1,-19,-16,-14,  0,-16,-26,-21,-26,-16;
/M: SY='K'; M=-10, -4,-26, -4,  4,-17,-20, -4,-18, 19,-15, -6, -2,-15,  4, 17, -8, -6,-14,-19, -2,  3;
/M: SY='K'; M= -6, -5,-21, -6,  4,-22,-19,-10,-20, 17,-19, -9, -2,-12,  4, 17, -2, -2,-12,-25,-13,  3;
/M: SY='F'; M=-12,-27,-21,-33,-24, 36,-29,-20, 13,-28, 24, 11,-22,-27,-27,-21,-22,-10,  7, -8, 12,-24;
/M: SY='R'; M=-13, -7,-26, -7,  2,-17,-18, -1,-25, 18,-19,-10,  0,-16,  7, 38, -2, -2,-17,-23, -8,  2;
/M: SY='S'; M=  3,  1,-10, -3, -2,-20, -5, -9,-18, -8,-24,-14,  8,-12,  2, -7, 25, 17,-12,-35,-17,  0;
/M: SY='K'; M=-10,-11,-20,-14, -5,-10,-23,-10,-11, 12, -7,  1, -8,-18, -1, 12,-12, -7, -8,-19, -4, -4;
/M: SY='P'; M= -5, -5,-26, -4,  3,-21,-14, -9,-16,  2,-19,-10, -3,  4,  0, -1, -1, -5,-13,-27,-16,  0;
/M: SY='E'; M= -7, 11,-27, 18, 33,-32,-15,  1,-27,  5,-23,-16,  4, -4, 23, -1,  5, -6,-27,-30,-18, 28;
/M: SY='V'; M= -2,-26,-17,-28,-24,  0,-28,-25, 22,-22, 18, 11,-26,-24,-23,-20,-15, -4, 27,-21, -6,-24;
/M: SY='A'; M=  3,-11,-20,-13, -4,-11,-19,-10, -2, -9,  0,  0,-10,-16, -5,-11, -4, -3, -1,-24, -8, -5;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-23, -8, -1,-18,-18, -2,-18,  9,-12, -7, -3,-15,  5, 20, -6, -6,-15,-22, -8,  0;
/M: SY='Y'; M=-18,-20,-29,-21,-19, 27,-27, 14, -1,-11, -1,  0,-18,-28,-11,-11,-18,-11, -9, 20, 62,-19;
/M: SY='L'; M= -9,-28,-20,-29,-21,  7,-28,-21, 20,-28, 37, 16,-27,-26,-20,-20,-24, -8, 13,-21, -2,-21;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-26, -1,  7,-17, -4, -5,-22,  0,-15,-11,  0,-14,  2, -1, -3, -9,-19,-23,-12,  4;
/M: SY='S'; M=  0,  0,-21, -2,  6,-19,-10, -6,-19,  0,-19,-13,  2,-10,  1, -3,  7,  3,-14,-24,-13,  3;
/M: SY='N'; M= -2,  1,-17, -4, -4,-19, -1, -2,-17,-10,-17, -9,  7,-16, -3,-10,  5,  1,-14,-29,-14, -4;
/M:         M= -8,-10,-23,-11, -6,-16, -6,-14,-13, -5,-12, -4, -8, -1, -7, -7, -7, -8,-11,-25,-15, -8;
/M: SY='D'; M= -9,  6,-18,  9,  2,-21,-12,-12,-13, -9,-14,-12,  2,-12, -7,-13, -1, -5,-10,-32,-17, -3;
/M:         M= -8, -5,-16, -7, -5,-12,-13, -5,-12, -8, -8, -6, -3,-16, -5, -8, -2,  0,-11,-25, -6, -6;
/M:         M= -8, -9,-23,-10, -5,-11,-15, -9,-13, -2,-13, -8, -4, -6, -6,  0, -2, -2,-11,-23, -7, -7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6,-10, -7,-13,-10, -2,-18,-10, -7,-11, -3, -5, -8,-19,-12, -8, -6, -3, -4,-21, -3,-12; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M=  0, -3,-18, -3, -3,-12,-10,-11,-10, -4, -9, -7, -4,-10, -5, -5,  0, -1, -6,-21,-10, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M:         M= -6, -5,-16, -5, -2,-11,-12, -9, -9, -5, -7, -6, -4, -8, -5, -3, -2, -1, -6,-21, -9, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-13,  0,  2,-13,-14, -8, -6, -1, -7, -4, -2, -9, -2, -3, -3, -4, -4,-21, -9,  0; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N'; M= -4,  9,-19,  8,  6,-19,-10,  6,-15, -4,-14, -8, 10,-12,  4, -5,  3, -4,-14,-28,-11,  5; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='F'; M=-15,-24, -7,-31,-24, 46,-24,-16, -6,-24,  2, -2,-17,-26,-30,-18,-15, -9, -4, -2, 18,-24;
/M: SY='D'; M= -8, 25,-19, 33,  9,-28,-10, -4,-27, -4,-24,-22, 14,-13, -1,-10,  7, -3,-20,-35,-16,  4;
/M: SY='F'; M=-13,-22,-22,-30,-23, 39,-22,-17, -2,-23,  4, -2,-14,-26,-26,-16,-14, -7, -3,  5, 14,-22;
/M: SY='R'; M= -6,  3,-19,  1,  2,-22, -8, -4,-25,  4,-22,-14,  6,-13,  3, 10,  5,  2,-19,-28,-14,  1;
/M: SY='T'; M=  0, -7,-18,-10, -7,-16,-18,-16, -7, -8,-12, -8, -5,  0, -6, -9,  6, 12, -4,-29,-15, -8;
/M: SY='D'; M= -7,  2,-28,  5,  1,-25,  4, -4,-27, -4,-22,-15,  1, -4, -2, -5, -1, -9,-23,-25,-14, -2;
/M: SY='K'; M= -5, -4,-23, -5, -3,-18,-15, -7,-12,  4,-10, -4, -4,-16, -3,  3, -6, -6, -6,-26,-11, -4;
/M: SY='P'; M= -6, -9,-24,-12, -8,-14,-19,-10, -6, -4,-10, -1, -5,  1, -5, -4, -3,  0, -6,-26,-11, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 45 in 43 different sequences
Number of true positive hits 45 in 43 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 91.84 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] MBD
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
43 sequences

BAZ2A_HUMAN (Q9UIF9), BAZ2A_MOUSE (Q91YE5), BAZ2A_XENLA (B7ZS37), 
BAZ2B_CHICK (Q9DE13), BAZ2B_HUMAN (Q9UIF8), MBD10_ARATH (Q9XI36), 
MBD11_ARATH (Q9LW00), MBD12_ARATH (Q9FZP6), MBD13_ARATH (Q9LTJ8), 
MBD1_ARATH  (Q5XEN5), MBD1_HUMAN  (Q9UIS9), MBD1_MOUSE  (Q9Z2E2), 
MBD2_ARATH  (Q8LA53), MBD2_HUMAN  (Q9UBB5), MBD2_MOUSE  (Q9Z2E1), 
MBD3_ARATH  (Q4PSK1), MBD3_HUMAN  (O95983), MBD3_MOUSE  (Q9Z2D8), 
MBD4_ARATH  (Q9LYB9), MBD4_HUMAN  (O95243), MBD4_MOUSE  (Q9Z2D7), 
MBD5_ARATH  (Q9SNC0), MBD5_HUMAN  (Q9P267), MBD5_MOUSE  (B1AYB6), 
MBD6_ARATH  (Q9LTJ1), MBD6_HUMAN  (Q96DN6), MBD6_MOUSE  (Q3TY92), 
MBD7_ARATH  (Q9FJF4), MBD8_ARATH  (Q9LME6), MBD9_ARATH  (Q9SGH2), 
MECP2_HUMAN (P51608), MECP2_MACFA (Q95LG8), MECP2_MOUSE (Q9Z2D6), 
MECP2_RAT   (Q00566), MET2_CAEEL  (P34544), SETB1_DROME (Q32KD2), 
SETB1_DROPS (Q28Z18), SETB1_HUMAN (Q15047), SETB1_MOUSE (O88974), 
SETB1_XENLA (Q6INA9), SETB2_HUMAN (Q96T68), SETB2_MOUSE (Q8C267), 
SETB2_XENTR (A4IGY9)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
4 sequences

SETB2_DANRE (Q06ZW3), SETB2_XENLA (Q6YI93), STB1A_DANRE (Q1L8U8), 
STB1B_DANRE (Q08BR4)
» More

PDB
[Detailed view]
10 PDB

1D9N; 1IG4; 1QK9; 2MB7; 3C2I; 3VXV; 3VXX; 3VYB; 3VYQ; 4LG7

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission