Entry: PS51000

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] HTH_DEOR_2
Accession [info] PS51000
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00696
Associated ProRule [info] PRU00349

Name and characterization of the entry

Description [info] DeoR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0322731; R2=0.0153820; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2043.59855; R2=20.54250; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=557; N_SCORE=10.6; H_SCORE=12007; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8001; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-24,-11, -2,-17,-17,-11,-15,  8,-11, -1, -7, -3, -1, 10, -5,  1,-11,-24,-12, -3;
/M: SY='P'; M=  1, -1,-24, -3,  4,-19,-13, -9,-16, -1,-18,-13,  3,  5, -1, -5,  1, -4,-17,-28,-17,  0;
/M: SY='E'; M= -5,  4,-26,  9, 19,-25,-17, -5,-20,  3,-18,-11, -2, -2, 10, -2,  0, -5,-18,-27,-14, 14;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Q'; M=-12,-13,-27,-15, -6,-14,-26, -3,  2, -6,  4,  5, -9,-19,  7,  2,-12, -8, -5,-22, -4, -2;
/M: SY='Q'; M= -5,  0,-25,  0, 11,-22,-14,  0,-18,  3,-16, -7,  1,-13, 17,  0, -1, -7,-18,-24,-11, 14;
/M: SY='Q'; M=  1,-10,-22,-13,  0,-17,-20,-12, -4, -4, -2,  0, -9,-14,  7, -6, -3,  0, -6,-23,-10,  3;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-36,-26,  3,-35,-24, 38,-28, 29, 24,-23,-23,-18,-25,-23,-10, 22,-20,  0,-25;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-21,-25,-16,  1,-28,-19, 16,-20, 26, 14,-21,-24,-14,-14,-18, -6, 11,-23, -4,-16;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-27, 13, 25,-31,-15,  7,-25,  7,-22,-11,  5, -8, 22,  2,  3, -7,-25,-29,-14, 23;
/M: SY='M'; M=-10,-18,-25,-19, -8, -2,-23, -5,  0, -6, 11, 13,-17,-22, -2,  0,-18,-10, -5, -8,  8, -6;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-19,-31,-24,  6,-31,-24, 27,-27, 35, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='A'; M=  5, -5,-21, -9, -5,-17,-12,-11,-12, -1,-12, -8, -2,-16,  0,  0,  0, -4, -9,-15,-11, -3;
/M: SY='Q'; M= -4,  6,-25,  6, 17,-29,-16, -2,-21,  8,-20,-10,  5,-10, 21,  4,  2, -4,-21,-26,-14, 19;
/M: SY='Q'; M=-12, -1,-28,  2,  9,-25,-14, 13,-24,  4,-19, -9,  1, -9, 17, 10, -3, -9,-24,-24, -6, 11;
/M: SY='G'; M= -6, -3,-28, -3, -6,-27, 28,-11,-34, -2,-26,-17,  4,-17, -5,  5,  0,-11,-26,-23,-22, -7;
/M: SY='T'; M= -8, -9,-21,-12, -4, -2,-23, -5, -8, -3, -8, -4, -7,-17, -4, -5, -2,  4, -5,-18,  2, -4;
/M: SY='V'; M= -1,-28,-12,-31,-26,  1,-28,-26, 21,-23, 18, 11,-27,-27,-23,-21,-16, -6, 26,-17, -6,-25;
/M: SY='S'; M=  4, -2,-15, -5, -3,-18,-10, -3,-17, -8,-19,-13,  4, -7, -1, -7, 20, 17,-10,-33,-13, -3;
/M: SY='V'; M= -4,-26,-18,-29,-25,  0,-26,-26, 25,-23, 17, 11,-23,-25,-23,-21,-13,  0, 28,-25, -7,-25;
/M: SY='E'; M= -7,  8,-26, 10, 17,-28, -9, -5,-25,  9,-22,-15,  6,-10,  9,  4,  1, -5,-22,-28,-17, 13;
/M: SY='E'; M= -8, 13,-27, 18, 28,-26,-16, -1,-27,  9,-21,-17,  6, -8, 13,  2, -1, -9,-25,-28,-15, 21;
/M: SY='L'; M= -1,-27,-18,-29,-20,  4,-26,-20, 17,-25, 36, 17,-26,-26,-18,-20,-22, -8, 12,-21, -4,-19;
/M: SY='A'; M= 24,-13, -5,-19,-14,-14,-10,-20, -2,-13, -8, -4,-11,-15,-12,-18,  9,  6,  7,-27,-16,-13;
/M: SY='E'; M=  1,  7,-25,  7, 13,-28, -5, -6,-22,  2,-20,-14,  4,-10,  9, -5,  2, -6,-20,-26,-18, 11;
/M: SY='L'; M=-10,-17,-24,-18, -6, -5,-25, -3,  0, -6,  5,  5,-14,-21, -2,  4,-14, -9, -1,-20, -1, -6;
/M: SY='F'; M=-14,-28,-16,-33,-24, 39,-29,-18,  8,-28, 26, 10,-24,-29,-27,-19,-23, -8,  4, -7, 15,-24;
/M: SY='G'; M= -3,  8,-27,  9, -2,-31, 21, -9,-32, -2,-27,-18,  8,-15, -1, -7,  2,-11,-26,-26,-22, -1;
/M: SY='V'; M= -1,-24,-14,-27,-25, -1,-29,-25, 23,-19,  7,  7,-22,-25,-23,-19, -6,  6, 33,-25, -3,-25;
/M: SY='S'; M= 11, -1,-10, -3, -2,-18, -3,-12,-18,-10,-26,-18,  7,-10, -2,-11, 35, 24, -8,-37,-18, -2;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-27,  5, 16,-24,-17, -3,-21,  3,-18,-13, -4,  2,  2, -2, -2, -3,-16,-29,-15,  8;
/M: SY='M'; M=  1, -8,-20,-12,  0,-16,-16, -7, -6,  0, -6,  6, -6,-15,  3,  2, -2, -3, -4,-25,-12,  1;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='I'; M=  1,-28,-19,-33,-27, -2,-31,-28, 34,-24, 14, 13,-23,-23,-23,-24,-13, -5, 33,-24, -6,-27;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R'; M=-15, -6,-29, -7,  2,-22,-19, -2,-29, 30,-22,-10,  2,-18, 11, 56, -8, -9,-20,-21,-11,  3;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-34,-25, 14,-33,-23, 27,-30, 35, 17,-26,-27,-23,-23,-25,-10, 17,-17,  3,-25;
/M: SY='B'; M= -4, 17,-23, 14,  8,-26,-10, -1,-22,  3,-22,-15, 17,-14,  8,  4,  4, -3,-20,-31,-17,  8;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-26, -2,  9,-14,-19, -6,-17, 11,-15, -7, -2,-12,  4,  5, -5, -4,-15,-19, -4,  6;
/M: SY='L'; M=-11,-24,-22,-27,-18,  5,-28,-14, 17,-24, 36, 17,-21,-27,-16,-15,-25,-10,  7,-21, -1,-18;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-24,  5, 21,-23,-16, -3,-19,  0,-15,-13, -1, -5,  6, -3,  2, -3,-17,-29,-16, 13;
/M: SY='E'; M= -4, 10,-24, 10, 17,-26, -6,  1,-24,  3,-21,-13,  9,-10,  8, -3,  4, -5,-23,-30,-16, 12;
/M: SY='Q'; M= -7, -2,-19,  0,  6,-22,-19, -2,-16,  0, -9, -6, -5,-12, 11, -3, -6, -8,-17,-24, -8,  8;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -2,-10,-27, -9,-14,-25, 44,-17,-31,-12,-23,-15, -2,-11,-14,-14, -2,-15,-24,-20,-24,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -1,-13,-20,-14,-11, -4,-15,-13, -2, -7,  4,  0,-13,-19,-11, -9,-11, -5,  0,-15,  0,-12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -6,-22,-19,-23,-18,  0,-26,-19, 18,-22, 23, 14,-22,-18,-17,-19,-18, -7, 14,-21, -5,-18; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='V'; M= -9,-14,-21,-17, -9, -5,-26,-10,  2, -9,  2,  1,-11,-19,-10, -4, -7,  3,  5,-24, -4,-11;
/M: SY='R'; M=-15,-11,-28,-12, -3,-17,-17, -4,-20, 18,-15, -7, -4,-20,  6, 41, -9, -9,-14,-19, -6, -2;
/M: SY='T'; M=  0,-13,-18,-18,-15, -3,-16,-10, -1,-12, -4, -2,-10,-20,-11,-11, -2,  6,  4,-17,  3,-14;
/M: SY='H'; M=-14, -8,-25, -9, -8, -2,-21, 45,-16,-11,-10, -2, -2,-22, -1, -3, -6, -8,-17,-16, 23, -8;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -8,-18,-30, 63,-18,-39,-16,-30,-20,  3,-20,-18,-17,  0,-19,-30,-21,-29,-18;
/M: SY='G'; M= -4, -9,-20,-11,-19,-22, 49,-16,-35,-18,-26,-18,  0,-22,-19,-16, -2,-17,-26,-19,-21,-19;
/M: SY='A'; M= 25,-13, -7,-19,-11,-14,-11,-13, -5,-13, -5, -6,-13,-17,-12,-18,  2, -2,  4,-23,-12,-12;
/M:         M= -4, -7,-23, -6, -4,-18,-15, -9, -4, -8, -7, -3, -8,-17, -3, -9, -5, -6,  0,-26,-11, -4;
/M: SY='Y'; M= -4,-14,-21,-14, -8, -4,-15,-10, -6, -9, -5, -4,-10,-15, -7, -8, -2, -3, -4,-18,  1, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 84 in 84 different sequences
Number of true positive hits 84 in 84 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.67 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH deoR-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
84 sequences

ACCR_AGRT5  (P32104), AGAR_ECO57  (P0ACK4), AGAR_ECOL6  (P0ACK3), 
AGAR_ECOLI  (P0ACK2), DEOR_ECO57  (P0ACK7), DEOR_ECOL6  (P0ACK6), 
DEOR_ECOLI  (P0ACK5), FRUR_BACSU  (O31713), FUCR_ECOLI  (P0ACK8), 
FUCR_HAEIN  (P44780), FUCR_SHIFL  (P0ACK9), GATR_ECOLI  (P36930), 
GLCR_BACSU  (P94591), GLPR_ECOLI  (P0ACL0), GLPR_HAEIN  (P44784), 
GLPR_HALVD  (D4GYE7), GLPR_PSEAE  (Q51391), GLPR_SHIFL  (P0ACL1), 
IOLR_BACSU  (P46337), LACR_LACLL  (P18816), LACR_STAA8  (P0A0Q0), 
LACR_STAAC  (Q5HE08), LACR_STAAM  (P67743), LACR_STAAN  (P67744), 
LACR_STAAR  (Q6GEN3), LACR_STAAS  (Q6G7B8), LACR_STAAW  (P0A0P9), 
LACR_STAEQ  (Q5HM34), LACR_STAES  (Q8CRJ1), LACR_STRMU  (P26422), 
SGCR_ECOLI  (P39361), SRLR_ECOLI  (P15082), ULAR_ECO24  (A7ZV62), 
ULAR_ECO27  (B7UQK0), ULAR_ECO45  (B7MLJ6), ULAR_ECO55  (B7LC45), 
ULAR_ECO57  (P0A9W2), ULAR_ECO5E  (B5Z2J7), ULAR_ECO7I  (B7NTP7), 
ULAR_ECO81  (B7MSL0), ULAR_ECO8A  (B7M8V1), ULAR_ECOBW  (C4ZR68), 
ULAR_ECODH  (B1XDU2), ULAR_ECOHS  (A8A7T7), ULAR_ECOK1  (A1AJ96), 
ULAR_ECOL5  (Q0T9K2), ULAR_ECOL6  (P0A9W1), ULAR_ECOLC  (B1IT15), 
ULAR_ECOLI  (P0A9W0), ULAR_ECOLU  (B7NGC5), ULAR_ECOSE  (B6I296), 
ULAR_ECOSM  (B1LQL1), ULAR_ECOUT  (Q1R369), ULAR_SALA4  (B5F3A7), 
ULAR_SALAR  (A9MFM3), ULAR_SALCH  (Q57GK1), ULAR_SALDC  (B5FS93), 
ULAR_SALEP  (B5R0Q8), ULAR_SALHS  (B4TFC5), ULAR_SALNS  (B4T3E2), 
ULAR_SALPA  (Q5PJ50), ULAR_SALPB  (A9N507), ULAR_SALPC  (C0Q6E8), 
ULAR_SALPK  (B5BKJ9), ULAR_SALSV  (B4TSH1), ULAR_SALTI  (Q8XG96), 
ULAR_SALTY  (Q7CP93), ULAR_SHIB3  (B2TY64), ULAR_SHIBS  (Q31TC2), 
ULAR_SHIDS  (Q328K6), ULAR_SHIF8  (Q0SX94), ULAR_SHIFL  (Q83P30), 
ULAR_SHISS  (Q3YUF6), Y1009_HAEIN (P44978), Y1102_STAES (Q8CSL5), 
YCIT_ECOLI  (P76034), YCNK_BACSU  (P94433), YDJF_ECOLI  (P77721), 
YFJR_ECOLI  (P52133), YGBI_ECOLI  (P52598), YIHW_ECOLI  (P32144), 
YOBV_BACSU  (O34920), YTZE_BACSU  (O32067), YULB_BACSU  (O05261)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

CCPN_BACSU  (O34994), SP3D_BACSU  (P15281)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission