Entry: PS51000

General information about the entry

Entry name [info] HTH_DEOR_2
Accession [info] PS51000
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00696
Associated ProRule [info] PRU00349

Name and characterization of the entry

Description [info] DeoR-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=56;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=51;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0322731; R2=0.0153820; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2043.59855; R2=20.54250; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=557; N_SCORE=10.6; H_SCORE=12007; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8001; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-24,-11, -2,-17,-17,-11,-15,  8,-11, -1, -7, -3, -1, 10, -5,  1,-11,-24,-12, -3;
/M: SY='P'; M=  1, -1,-24, -3,  4,-19,-13, -9,-16, -1,-18,-13,  3,  5, -1, -5,  1, -4,-17,-28,-17,  0;
/M: SY='E'; M= -5,  4,-26,  9, 19,-25,-17, -5,-20,  3,-18,-11, -2, -2, 10, -2,  0, -5,-18,-27,-14, 14;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Q'; M=-12,-13,-27,-15, -6,-14,-26, -3,  2, -6,  4,  5, -9,-19,  7,  2,-12, -8, -5,-22, -4, -2;
/M: SY='Q'; M= -5,  0,-25,  0, 11,-22,-14,  0,-18,  3,-16, -7,  1,-13, 17,  0, -1, -7,-18,-24,-11, 14;
/M: SY='Q'; M=  1,-10,-22,-13,  0,-17,-20,-12, -4, -4, -2,  0, -9,-14,  7, -6, -3,  0, -6,-23,-10,  3;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-36,-26,  3,-35,-24, 38,-28, 29, 24,-23,-23,-18,-25,-23,-10, 22,-20,  0,-25;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-21,-25,-16,  1,-28,-19, 16,-20, 26, 14,-21,-24,-14,-14,-18, -6, 11,-23, -4,-16;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-27, 13, 25,-31,-15,  7,-25,  7,-22,-11,  5, -8, 22,  2,  3, -7,-25,-29,-14, 23;
/M: SY='M'; M=-10,-18,-25,-19, -8, -2,-23, -5,  0, -6, 11, 13,-17,-22, -2,  0,-18,-10, -5, -8,  8, -6;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-19,-31,-24,  6,-31,-24, 27,-27, 35, 17,-29,-29,-23,-21,-23, -7, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='A'; M=  5, -5,-21, -9, -5,-17,-12,-11,-12, -1,-12, -8, -2,-16,  0,  0,  0, -4, -9,-15,-11, -3;
/M: SY='Q'; M= -4,  6,-25,  6, 17,-29,-16, -2,-21,  8,-20,-10,  5,-10, 21,  4,  2, -4,-21,-26,-14, 19;
/M: SY='Q'; M=-12, -1,-28,  2,  9,-25,-14, 13,-24,  4,-19, -9,  1, -9, 17, 10, -3, -9,-24,-24, -6, 11;
/M: SY='G'; M= -6, -3,-28, -3, -6,-27, 28,-11,-34, -2,-26,-17,  4,-17, -5,  5,  0,-11,-26,-23,-22, -7;
/M: SY='T'; M= -8, -9,-21,-12, -4, -2,-23, -5, -8, -3, -8, -4, -7,-17, -4, -5, -2,  4, -5,-18,  2, -4;
/M: SY='V'; M= -1,-28,-12,-31,-26,  1,-28,-26, 21,-23, 18, 11,-27,-27,-23,-21,-16, -6, 26,-17, -6,-25;
/M: SY='S'; M=  4, -2,-15, -5, -3,-18,-10, -3,-17, -8,-19,-13,  4, -7, -1, -7, 20, 17,-10,-33,-13, -3;
/M: SY='V'; M= -4,-26,-18,-29,-25,  0,-26,-26, 25,-23, 17, 11,-23,-25,-23,-21,-13,  0, 28,-25, -7,-25;
/M: SY='E'; M= -7,  8,-26, 10, 17,-28, -9, -5,-25,  9,-22,-15,  6,-10,  9,  4,  1, -5,-22,-28,-17, 13;
/M: SY='E'; M= -8, 13,-27, 18, 28,-26,-16, -1,-27,  9,-21,-17,  6, -8, 13,  2, -1, -9,-25,-28,-15, 21;
/M: SY='L'; M= -1,-27,-18,-29,-20,  4,-26,-20, 17,-25, 36, 17,-26,-26,-18,-20,-22, -8, 12,-21, -4,-19;
/M: SY='A'; M= 24,-13, -5,-19,-14,-14,-10,-20, -2,-13, -8, -4,-11,-15,-12,-18,  9,  6,  7,-27,-16,-13;
/M: SY='E'; M=  1,  7,-25,  7, 13,-28, -5, -6,-22,  2,-20,-14,  4,-10,  9, -5,  2, -6,-20,-26,-18, 11;
/M: SY='L'; M=-10,-17,-24,-18, -6, -5,-25, -3,  0, -6,  5,  5,-14,-21, -2,  4,-14, -9, -1,-20, -1, -6;
/M: SY='F'; M=-14,-28,-16,-33,-24, 39,-29,-18,  8,-28, 26, 10,-24,-29,-27,-19,-23, -8,  4, -7, 15,-24;
/M: SY='G'; M= -3,  8,-27,  9, -2,-31, 21, -9,-32, -2,-27,-18,  8,-15, -1, -7,  2,-11,-26,-26,-22, -1;
/M: SY='V'; M= -1,-24,-14,-27,-25, -1,-29,-25, 23,-19,  7,  7,-22,-25,-23,-19, -6,  6, 33,-25, -3,-25;
/M: SY='S'; M= 11, -1,-10, -3, -2,-18, -3,-12,-18,-10,-26,-18,  7,-10, -2,-11, 35, 24, -8,-37,-18, -2;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-27,  5, 16,-24,-17, -3,-21,  3,-18,-13, -4,  2,  2, -2, -2, -3,-16,-29,-15,  8;
/M: SY='M'; M=  1, -8,-20,-12,  0,-16,-16, -7, -6,  0, -6,  6, -6,-15,  3,  2, -2, -3, -4,-25,-12,  1;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='I'; M=  1,-28,-19,-33,-27, -2,-31,-28, 34,-24, 14, 13,-23,-23,-23,-24,-13, -5, 33,-24, -6,-27;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R'; M=-15, -6,-29, -7,  2,-22,-19, -2,-29, 30,-22,-10,  2,-18, 11, 56, -8, -9,-20,-21,-11,  3;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-34,-25, 14,-33,-23, 27,-30, 35, 17,-26,-27,-23,-23,-25,-10, 17,-17,  3,-25;
/M: SY='B'; M= -4, 17,-23, 14,  8,-26,-10, -1,-22,  3,-22,-15, 17,-14,  8,  4,  4, -3,-20,-31,-17,  8;
/M: SY='K'; M= -7, -1,-26, -2,  9,-14,-19, -6,-17, 11,-15, -7, -2,-12,  4,  5, -5, -4,-15,-19, -4,  6;
/M: SY='L'; M=-11,-24,-22,-27,-18,  5,-28,-14, 17,-24, 36, 17,-21,-27,-16,-15,-25,-10,  7,-21, -1,-18;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-24,  5, 21,-23,-16, -3,-19,  0,-15,-13, -1, -5,  6, -3,  2, -3,-17,-29,-16, 13;
/M: SY='E'; M= -4, 10,-24, 10, 17,-26, -6,  1,-24,  3,-21,-13,  9,-10,  8, -3,  4, -5,-23,-30,-16, 12;
/M: SY='Q'; M= -7, -2,-19,  0,  6,-22,-19, -2,-16,  0, -9, -6, -5,-12, 11, -3, -6, -8,-17,-24, -8,  8;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -2,-10,-27, -9,-14,-25, 44,-17,-31,-12,-23,-15, -2,-11,-14,-14, -2,-15,-24,-20,-24,-14; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -1,-13,-20,-14,-11, -4,-15,-13, -2, -7,  4,  0,-13,-19,-11, -9,-11, -5,  0,-15,  0,-12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -6,-22,-19,-23,-18,  0,-26,-19, 18,-22, 23, 14,-22,-18,-17,-19,-18, -7, 14,-21, -5,-18; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='V'; M= -9,-14,-21,-17, -9, -5,-26,-10,  2, -9,  2,  1,-11,-19,-10, -4, -7,  3,  5,-24, -4,-11;
/M: SY='R'; M=-15,-11,-28,-12, -3,-17,-17, -4,-20, 18,-15, -7, -4,-20,  6, 41, -9, -9,-14,-19, -6, -2;
/M: SY='T'; M=  0,-13,-18,-18,-15, -3,-16,-10, -1,-12, -4, -2,-10,-20,-11,-11, -2,  6,  4,-17,  3,-14;
/M: SY='H'; M=-14, -8,-25, -9, -8, -2,-21, 45,-16,-11,-10, -2, -2,-22, -1, -3, -6, -8,-17,-16, 23, -8;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -8,-18,-30, 63,-18,-39,-16,-30,-20,  3,-20,-18,-17,  0,-19,-30,-21,-29,-18;
/M: SY='G'; M= -4, -9,-20,-11,-19,-22, 49,-16,-35,-18,-26,-18,  0,-22,-19,-16, -2,-17,-26,-19,-21,-19;
/M: SY='A'; M= 25,-13, -7,-19,-11,-14,-11,-13, -5,-13, -5, -6,-13,-17,-12,-18,  2, -2,  4,-23,-12,-12;
/M:         M= -4, -7,-23, -6, -4,-18,-15, -9, -4, -8, -7, -3, -8,-17, -3, -9, -5, -6,  0,-26,-11, -4;
/M: SY='Y'; M= -4,-14,-21,-14, -8, -4,-15,-10, -6, -9, -5, -4,-10,-15, -7, -8, -2, -3, -4,-18,  1, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 84 in 84 different sequences
Number of true positive hits 84 in 84 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.67 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Archaea, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH deoR-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
84 sequences

ACCR_AGRFC  (P32104), AGAR_ECO57  (P0ACK4), AGAR_ECOL6  (P0ACK3), 
AGAR_ECOLI  (P0ACK2), DEOR_ECO57  (P0ACK7), DEOR_ECOL6  (P0ACK6), 
DEOR_ECOLI  (P0ACK5), FRUR_BACSU  (O31713), FUCR_ECOLI  (P0ACK8), 
FUCR_HAEIN  (P44780), FUCR_SHIFL  (P0ACK9), GATR_ECOLI  (P36930), 
GLCR_BACSU  (P94591), GLPR_ECOLI  (P0ACL0), GLPR_HAEIN  (P44784), 
GLPR_HALVD  (D4GYE7), GLPR_PSEAE  (Q51391), GLPR_SHIFL  (P0ACL1), 
IOLR_BACSU  (P46337), LACR_LACLL  (P18816), LACR_STAA8  (P0A0Q0), 
LACR_STAAC  (Q5HE08), LACR_STAAM  (P67743), LACR_STAAN  (P67744), 
LACR_STAAR  (Q6GEN3), LACR_STAAS  (Q6G7B8), LACR_STAAW  (P0A0P9), 
LACR_STAEQ  (Q5HM34), LACR_STAES  (Q8CRJ1), LACR_STRMU  (P26422), 
SGCR_ECOLI  (P39361), SRLR_ECOLI  (P15082), ULAR_ECO24  (A7ZV62), 
ULAR_ECO27  (B7UQK0), ULAR_ECO45  (B7MLJ6), ULAR_ECO55  (B7LC45), 
ULAR_ECO57  (P0A9W2), ULAR_ECO5E  (B5Z2J7), ULAR_ECO7I  (B7NTP7), 
ULAR_ECO81  (B7MSL0), ULAR_ECO8A  (B7M8V1), ULAR_ECOBW  (C4ZR68), 
ULAR_ECODH  (B1XDU2), ULAR_ECOHS  (A8A7T7), ULAR_ECOK1  (A1AJ96), 
ULAR_ECOL5  (Q0T9K2), ULAR_ECOL6  (P0A9W1), ULAR_ECOLC  (B1IT15), 
ULAR_ECOLI  (P0A9W0), ULAR_ECOLU  (B7NGC5), ULAR_ECOSE  (B6I296), 
ULAR_ECOSM  (B1LQL1), ULAR_ECOUT  (Q1R369), ULAR_SALA4  (B5F3A7), 
ULAR_SALAR  (A9MFM3), ULAR_SALCH  (Q57GK1), ULAR_SALDC  (B5FS93), 
ULAR_SALEP  (B5R0Q8), ULAR_SALHS  (B4TFC5), ULAR_SALNS  (B4T3E2), 
ULAR_SALPA  (Q5PJ50), ULAR_SALPB  (A9N507), ULAR_SALPC  (C0Q6E8), 
ULAR_SALPK  (B5BKJ9), ULAR_SALSV  (B4TSH1), ULAR_SALTI  (Q8XG96), 
ULAR_SALTY  (Q7CP93), ULAR_SHIB3  (B2TY64), ULAR_SHIBS  (Q31TC2), 
ULAR_SHIDS  (Q328K6), ULAR_SHIF8  (Q0SX94), ULAR_SHIFL  (Q83P30), 
ULAR_SHISS  (Q3YUF6), Y1009_HAEIN (P44978), Y1102_STAES (Q8CSL5), 
YCIT_ECOLI  (P76034), YCNK_BACSU  (P94433), YDJF_ECOLI  (P77721), 
YFJR_ECOLI  (P52133), YGBI_ECOLI  (P52598), YIHW_ECOLI  (P32144), 
YOBV_BACSU  (O34920), YTZE_BACSU  (O32067), YULB_BACSU  (O05261)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

CCPN_BACSU  (O34994), SP3D_BACSU  (P15281)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission