Entry: PS51027

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] INTEGRASE_DBD
Accession [info] PS51027
Entry type [info] MATRIX
Date [info] OCT-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51027
Associated ProRule [info] PRU00506

Name and characterization of the entry

Description [info] Integrase DNA binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8148787; R2=0.0159785; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2401.66735; R2=15.10816; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=419; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7780; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=294; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6828; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K'; M= -7, -7,-29, -7,  8,-15,-20, -4,-21, 11,-19,-10, -6,  3,  7,  6, -7,-10,-20,-19, -8,  7;
/M: SY='W'; M=-14,-25,-28,-28,-18, 13,-24,-15, -2,-14,  5,  9,-22,-17,-13, -9,-21,-11, -7, 17,  8,-15;
/M: SY='V'; M= -6,-27, 18,-32,-30,  4,-31,-27, 13,-24,  3,  2,-25,-31,-29,-23,-13, -5, 25,-27, -6,-30;
/M: SY='Y'; M=-16,-17,-29,-19,-14, 12,-26,  3, -6,  2, -4,  3,-17,-24, -7,  0,-19,-11,-11, 16, 38,-12;
/M: SY='W'; M=-18,-29,-35,-31,-26, 23,-27, -7, -2,-17, -5, -5,-28,-29,-18,-16,-27,-17,-11, 65, 48,-22;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 41,-26,-10,  0,-14, 10, 48,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='D'; M=-13, 14,-26, 17,  3,-19,-19, -9, -7,-10, -6, -9,  7,-15, -6,-13, -6, -5,-10,-32,-12, -2;
/M: SY='P'; M= -9,-11,-29, -8, -1,-22,-11,-12,-16, -2,-18,-11, -7, 15, -3,  2, -6, -8,-16,-27,-19, -5;
/M: SY='R'; M= -9,-13,-26,-13, -8,-15, -5,-14,-16,  5, -3, -3, -9,-20, -6, 10,-12, -8,-12,-21,-11, -8;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='D'; M=-12, 12,-22, 15,  6,-20,-15,  1,-20,  1,-13,-12,  7,-13,  3,  4, -1,  2,-16,-27,-10,  3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='N'; M= -9,  5,-28,  4,  6,-28,  0,  1,-28,  8,-27,-14, 10, -7,  7,  7, -1, -9,-27,-27,-17,  6;
/M: SY='E'; M= -7, -4,-22, -2,  7,-17,-19,-10,-13,  2, -7, -7, -5,-14,  2,  3, -1,  1, -9,-27,-12,  4;
/M: SY='W'; M=-18,-37,-48,-37,-29,  7,-12,-29,-22,-20,-21,-20,-37,-29,-20,-20,-37,-29,-30,135, 25,-20;
/M: SY='K'; M=-12, -3,-29, -1, 12,-21,-22,  0,-23, 29,-20, -8, -4,-13, 10, 16,-10,-10,-20,-16,  1, 10;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='G'; M= -2, -3,-28, -2,-13,-29, 52,-16,-37,-12,-28,-19,  2,-17,-15,-14, -1,-17,-27,-20,-26,-14; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P'; M=-10,-17,-37,-11, -2,-28,-15,-13,-17,-10,-25,-15,-16, 62, -4,-17, -9,-11,-26,-28,-24, -7;
/M: SY='D'; M= -7,  3,-27,  8, -4,-19, -5,-10,-20,-10,-14,-11, -4, -7, -6,-14, -5, -5,-18,-14, -9, -5;
/M: SY='P'; M=-12, -7,-31, -5,  6,-26,-20, -8,-20, 11,-22,-11, -4, 16,  6, 14, -7, -9,-20,-26,-17,  3;
/M: SY='V'; M=  0,-26,-16,-28,-24,  2,-27,-22, 22,-21, 14,  9,-24,-26,-22,-20,-12, -3, 28,-21, -1,-24;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-10,-29,-18,  4,-31,-21, 18,-28, 36, 14,-26,-28,-19,-21,-25,-10,  9,-23, -4,-19;
/M: SY='W'; M=-10,-25,-31,-28,-22, -3,-19,-22,  3,-18, -6, -3,-21,-23,-12,-18,-17, -9, -2, 31,  7,-17;
/M: SY='W'; M=-11,-11,-35, -9,  1,-17,-13,-14,-27, 11,-23,-16,-12,-16, -1,  8,-16,-16,-24, 29, -1,  1;
/M: SY='G'; M=  8, -9,-25,-10,-16,-27, 52,-19,-33,-17,-27,-19,  0,-17,-16,-19,  6,-12,-23,-22,-27,-16;
/M: SY='R'; M=-10,  4,-27,  8, 12,-26,-16, -3,-29, 18,-22,-15,  3,-13, 10, 29, -2, -8,-21,-26,-14,  9;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-30, -7,-13,-30, 62,-18,-39,-17,-29,-20,  0,-18,-17,-18,  0,-19,-30,-21,-29,-15;
/M: SY='A'; M= 21,-12,-17,-17,-10, -9, -5, -9,-13,-12,-13,-10, -9, -6,-10,-17,  5, -2, -8,-16, -5,-11;
/M: SY='V'; M= 19,-22,-14,-28,-22, -8,-19,-26, 17,-18,  3,  3,-20,-20,-20,-22, -3, -2, 26,-24,-12,-22;
/M: SY='C'; M= -2,-25, 34,-30,-27, -7,-28,-27,  5,-25,  6,  0,-25,-32,-26,-24,-13, -6, 17,-34,-16,-27;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-16,-32,-28,  2,-32,-28, 31,-24, 20, 14,-28,-28,-26,-22,-16, -4, 38,-26, -6,-28;
/M: SY='K'; M= -8, -7,-25, -9, -1,  0,-19, -8,-18, 10,-17, -9, -3,-11, -3,  3, -4, -6,-15,-14,  2, -2;
/M: SY='D'; M=-12, 11,-28, 19,  7,-25,-17, -3,-20, -6,-21,-17,  3, 10, -4,-12, -2, -5,-18,-32,-15,  0;
/I:         I=-4; MD=-18;
/M: SY='Q'; M= -9,  0,-27,  1, 11,-27, -7, -2,-20,  4,-18, -9,  2,-12, 17,  9, -1, -9,-21,-23,-14, 13; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-18;
/M: SY='E'; M= -5,  9,-19, 13, 14,-20, -1, -4,-20,  1,-15,-11,  4, -7,  2, -4,  0, -5,-17,-21,-14,  8; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-18;
/M: SY='S'; M=  2,  3,-10,  1,  5,-12, -7, -1,-11,  0,-11, -8,  4, -6,  1, -2,  7,  5, -8,-17, -8,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='E'; M= -9, 16,-27, 22, 23,-32, -6, -3,-30,  6,-25,-19,  9, -9, 11, -1,  3, -6,-26,-31,-18, 17;
/M: SY='K'; M= -3,  1,-25,  1,  2,-24, -2,-11,-24,  7,-21,-14,  3, -8, -2,  3,  0, -4,-19,-26,-17,  0;
/M: SY='P'; M= -6,-17,-29,-16,-12, -9,-24,-14,  0,-14, -8, -6,-17, 19,-13,-19,-10, -5, -6,-16,  1,-16;
/M: SY='V'; M= -7,-19,-23,-22,-13, -2,-25,-16,  4, -4,  4,  4,-14,-21, -9,  2,-12, -7,  5,-20, -4,-12;
/M: SY='W'; M= -9,-34,-34,-34,-26,  4,-23,-28, -1,-20, -4, -7,-33,-23,-21,-20,-27,-17, -3, 65, 10,-22;
/M: SY='I'; M= -7,-28,-21,-31,-24,  1,-34,-25, 33,-23, 16, 13,-24,-24,-22,-23,-16, -6, 31,-22, -1,-25;
/M: SY='P'; M= -7,-18,-38,-10,  0,-29,-19,-20,-20, -7,-29,-19,-18, 80, -9,-18, -9, -9,-28,-29,-28, -9;
/M: SY='R'; M=-12, -4,-28, -3,  5,-12,-17,  0,-21,  0,-16,-13, -3,-17,  1,  6, -5, -5,-20,  0,  1,  2;
/M: SY='R'; M=-17, -8,-29, -9,  1,-21,-20, -3,-29, 31,-21,-10,  0,-18,  9, 60, -8, -7,-19,-21,-10,  1;
/M: SY='H'; M=-15, -6,-26, -4, -5, -5,-23,  6,-12, -3,  3,  0, -7,-21, -6,  0,-16,-12,-11,-22,  1, -6;
/M: SY='V'; M=  6,-20,-10,-26,-20, -4,-23,-23, 13,-19, 11,  7,-19,-22,-18,-19, -7,  5, 18,-25, -9,-20;
/M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 44,-27,-10,  0,-13, 10, 42,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='F'; M= -9,-19,-26,-22,-13,  7,-20,-12, -6, -9, -4, -3,-12, -8,-12, -4,-12,-10, -7,-14, -1,-14;
/M: SY='I'; M= -2,-21,-23,-27,-22,  5,-28,-21, 22,-22, 10,  7,-17,-21,-19,-23,-13, -7, 16,-16,  3,-23;
/M: SY='P'; M= -4, -7,-29, -8, -1,-23,-18,-13,-12,  0,-20,-11, -3, 20, -2, -4, -3, -4,-16,-27,-18, -4;
/M: SY='D'; M=-10,  8, -8, 11, 11,-27,-17,-10,-27, -3,-25,-20,  2,  7, -2,-10,  0, -2,-23,-35,-22,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 106 in 106 different sequences
Number of true positive hits 106 in 106 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 99.07 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DNA_BIND
Feature description [info] Integrase-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
106 sequences

PO113_HUMAN (P63132), POK10_HUMAN (P10266), POK11_HUMAN (Q9UQG0), 
POK19_HUMAN (Q9WJR5), POK25_HUMAN (P63136), POK6_HUMAN  (Q9BXR3), 
POK7_HUMAN  (P63135), POK8_HUMAN  (P63133), POL_ALV     (Q7SQ98), 
POL_BIV29   (P19560), POL_BLVAU   (P25059), POL_BLVJ    (P03361), 
POL_CAEVC   (P33459), POL_EIAV9   (P11204), POL_EIAVC   (P32542), 
POL_EIAVY   (P03371), POL_FIVPE   (P16088), POL_FIVSD   (P19028), 
POL_FIVT2   (P31822), POL_HTL1A   (P03362), POL_HTL1C   (P14078), 
POL_HTL1L   (P0C211), POL_HTL32   (Q0R5R2), POL_HTL3P   (Q4U0X6), 
POL_HTLV2   (P03363), POL_HV190   (O93215), POL_HV192   (O12158), 
POL_HV193   (O89290), POL_HV196   (Q9QBY3), POL_HV197   (Q9QBZ9), 
POL_HV19N   (O41798), POL_HV1A2   (P03369), POL_HV1AN   (Q77373), 
POL_HV1B1   (P03366), POL_HV1B5   (P04587), POL_HV1B9   (Q73368), 
POL_HV1BR   (P03367), POL_HV1EL   (P04589), POL_HV1ET   (Q75002), 
POL_HV1H2   (P04585), POL_HV1JR   (P20875), POL_HV1LW   (P0C6F2), 
POL_HV1M2   (Q9QBZ1), POL_HV1MA   (P04588), POL_HV1MN   (P05961), 
POL_HV1MP   (Q9QBZ5), POL_HV1MV   (Q79666), POL_HV1N5   (P12497), 
POL_HV1ND   (P18802), POL_HV1OY   (P20892), POL_HV1RH   (P05959), 
POL_HV1S2   (Q9WC54), POL_HV1S9   (Q9WC63), POL_HV1SE   (O89940), 
POL_HV1U4   (P24740), POL_HV1V9   (Q9Q720), POL_HV1VI   (Q9QSR3), 
POL_HV1Y2   (P35963), POL_HV1YB   (Q9IDV9), POL_HV1YF   (O91080), 
POL_HV1Z2   (P12499), POL_HV1Z6   (P04586), POL_HV2BE   (P18096), 
POL_HV2CA   (P24107), POL_HV2D1   (P17757), POL_HV2D2   (P15833), 
POL_HV2EH   (Q89928), POL_HV2G1   (P18042), POL_HV2KR   (Q74120), 
POL_HV2NZ   (P05962), POL_HV2RO   (P04584), POL_HV2SB   (P12451), 
POL_HV2ST   (P20876), POL_HV2UC   (Q76634), POL_IPHA    (P04026), 
POL_IPMA    (P11368), POL_IPMAI   (P12894), POL_JEMBR   (Q82851), 
POL_JSRV    (P31623), POL_MMTVB   (P03365), POL_MMTVC   (P11283), 
POL_MPMV    (P07572), POL_OMVVS   (P16901), POL_RSVP    (P03354), 
POL_RSVSA   (Q04095), POL_RSVSB   (O92956), POL_SIVCZ   (P17283), 
POL_SIVEK   (Q1A249), POL_SIVG1   (Q02836), POL_SIVGB   (P22382), 
POL_SIVM1   (P05896), POL_SIVMB   (Q1A267), POL_SIVMK   (P05897), 
POL_SIVS4   (P12502), POL_SIVSP   (P19505), POL_SIVTN   (Q8AII1), 
POL_SIVV1   (P27973), POL_SIVVG   (P27980), POL_SIVVT   (P05895), 
POL_SMRVH   (P03364), POL_SRV1    (P04025), POL_SRV2    (P51517), 
POL_VILV    (P03370), POL_VILV1   (P23426), POL_VILV2   (P23427), 
POL_VILVK   (P35956)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

POL1_CHICK  (P10399)

		
PDB
[Detailed view]
9 PDB

1C0M; 1C1A; 1C6V; 1EX4; 1IHV; 1IHW; 1QMC; 4FW1; 4FW2

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission