Entry: PS51031

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] BESS
Accession [info] PS51031
Entry type [info] MATRIX
Date [info] OCT-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51031
Associated ProRule [info] PRU00371

Name and characterization of the entry

Description [info] BESS domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0466623; R2=0.0221417; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1352.58571; R2=19.18571; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=337; N_SCORE=9.5; H_SCORE=6936; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=202; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5209; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-25,  0,  5,-19,-11, -7,-18,  2,-13, -9,  5, -8,  0,  4, -3, -4,-17,-28,-15,  2;
/M: SY='D'; M=-13, 33,-26, 44, 14,-29,-12,  0,-30, -3,-24,-23, 14,-11, -2,-10,  1, -4,-22,-35,-16,  6;
/M: SY='E'; M=  5, -1,-22,  1, 10,-22, -8,-12,-21, -3,-22,-17, -3,  5, -2,-10,  8, -1,-16,-29,-19,  4;
/M: SY='D'; M=-17, 28,-21, 37,  8,-23,-15, -3,-25, -6,-19,-18, 12,-15, -4,-11, -4, -9,-21,-32,-11,  2;
/M: SY='Q'; M=-10,  2,-24,  3,  3,-14,-19,  2,-16, -1,-11, -6, -1,-16,  6,  0, -2,  0,-15,-19,  3,  3;
/M: SY='L'; M= -3,-11,-21,-14, -7, -2,-14,  0, -4,-14,  5,  2, -7,-21, -8,-12, -7, -6, -7,-19,  3, -8;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-36,-28, 71,-30,-13,  0,-26,  8,  0,-20,-30,-34,-18,-20,-10, -2, 14, 39,-28;
/M: SY='F'; M= -8,-24, -2,-28,-22, 17,-17,-20, -2,-27, 15,  2,-19,-28,-24,-20,-15, -8, -1,-18, -1,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-11,-24,-11, -4,-10,-24,-11,  1, -7, 12,  9,-13,-19, -3, -4,-16,-10, -3,-23, -6, -4;
/M: SY='S'; M=  7, -4,-12, -5, -5,-17, -3,-13,-13,-12,-23,-13,  5,-12, -4,-12, 30, 18, -5,-36,-17, -5;
/M: SY='L'; M= -7,-27,-22,-32,-22,  5,-30,-21, 25,-25, 28, 19,-24,-25,-16,-21,-21, -9, 17,-19, -1,-20;
/M: SY='V'; M=  0,-17, -9,-21,-16, -8,-18,-10,  1,-13,  3,  4,-15,-22,-13,-12, -9, -4,  6,-24, -6,-16;
/M: SY='P'; M= -4,-11,-32, -4,  0,-26,-17,-17,-17, -8,-21,-16,-13, 47, -8,-14, -6, -8,-21,-29,-24, -7;
/M: SY='Y'; M=-10, -2,-24, -2,  0, -6,-20,  5,-13, -5, -8, -2, -4,-17,  3, -6, -5, -2,-13,-16,  8,  1;
/M: SY='M'; M= -8,-27,-20,-32,-24,  3,-29,-19, 28,-23, 28, 29,-25,-25,-17,-19,-21, -8, 22,-22, -2,-21;
/M: SY='R'; M=-11, -2,-29, -3,  7,-27,-18, -3,-27, 32,-24, -9,  2,-14, 17, 37, -7, -9,-21,-21,-11, 10;
/M: SY='Q'; M= -3,  2,-21, -1,  5,-24, -9,  1,-22,  4,-22,-12,  7,-12, 11,  6, 10,  5,-18,-28,-13,  7;
/M: SY='M'; M= -9,-25,-19,-30,-21,  5,-25,-12, 21,-20, 33, 38,-25,-25,-12,-15,-24, -9, 13,-21, -1,-16;
/M: SY='P'; M= -3,  1,-19,  1, -3,-24, -6,-12,-22, -7,-25,-18,  4, 15, -7,-10,  7,  4,-20,-32,-22, -7;
/M: SY='P'; M= -3,-13,-27,-11, -3,-16,-13,-13,-11, -8, -9, -4,-13, 12, -5, -8, -8, -8,-12,-24,-16, -6;
/M: SY='R'; M= -4,  0,-24,  1,  6,-20,-16, -5,-21, 11,-19,-11, -1,-13,  3, 12, -2, -6,-14,-24,-11,  4;
/M: SY='Q'; M= -8, -5,-25, -5,  8,-19,-19,  0,-16,  3,-11, -5, -3,-14, 17,  9, -2, -6,-17,-23, -8, 12;
/M: SY='R'; M= -4,  0,-26, -4,  3,-24,-15, -5,-25, 26,-23,-11,  6,-15,  8, 32, -4, -7,-19,-22,-13,  4;
/M: SY='L'; M= -2,-16,-21,-18, -7, -9,-18,-13,  0, -7,  7,  7,-13,-19, -6, -2,-10, -5,  0,-23, -9, -8;
/M: SY='R'; M=-14, -3,-28, -1, 10,-14,-22,  3,-19, 12,-12, -7, -4,-15,  3, 13,-11,-11,-17,-19, -1,  5;
/M: SY='F'; M=  2,-24,-17,-30,-23, 18,-17,-21,  8,-21,  8,  7,-19,-24,-24,-20,-11, -7, 12,-13,  1,-23;
/M: SY='R'; M=-14, -3,-30, -2, 10,-27,-20,  0,-29, 36,-25, -9,  0,-13, 15, 38, -9,-10,-22,-21, -9, 10;
/M: SY='I'; M= -2,-14,-20,-18,-12, -9,-20,-10,  5,-11, -5,  4, -8,-17, -3,-10,  1,  0,  5,-25, -6, -9;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-29, -1, 15,-27,-13, -2,-28, 20,-23,-12, -2,-11, 12, 18, -6,-11,-23,-16,-11, 13;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-14,-34,-27,  6,-32,-25, 29,-24, 15, 17,-23,-25,-22,-23,-16, -5, 26,-22, -2,-26;
/M: SY='M'; M= -5,-17,-22,-21,-11, -6,-17, -7,  3,-11,  8, 16,-15,-20,  2, -8,-11, -8, -2,-17,  0, -5;
/M: SY='Q'; M= -8,  7,-26,  5,  9,-25,-12,  1,-21, 10,-21,-11,  9,-14, 16, 10,  0, -7,-22,-24,-10, 11;
/M: SY='L'; M= -7,-28,-16,-32,-24,  4,-32,-22, 26,-26, 28, 17,-25,-26,-20,-23,-22, -9, 18,-20,  1,-24;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-22,-33,-24,  6,-33,-24, 30,-29, 38, 19,-27,-27,-21,-23,-25, -9, 19,-21, -1,-24;
/M:         M= -8, -2,-18, -1, -1,-13,-13,-11,-15, -4,-11, -8, -3,-16, -5, -3,  0, -1,-10,-27,-11, -3;
/M: SY='E'; M=-10, 16,-27, 23, 26,-30,-12, -2,-28,  8,-24,-16,  7, -8, 11,  0,  3, -6,-24,-31,-17, 18;
/M: SY='L'; M= -5,-15,-21,-19, -6,  5,-24,-11,  3,-14,  6,  5,-14,-18, -8,-13, -9, -1,  0,-15,  5, -8;
/M: SY='E'; M=-11, -9,-19, -8,  6,-11,-23,-10,-10, -1, -1, -1,-10,-17,  1,  0,-11, -9, -9,-23, -8,  3;
/M: SY='Q'; M=-13, -5,-28, -3,  1,-12,-23, -2, -9, -5, -3, -4, -7,-10,  2, -2,-11, -8,-13,-19,  1,  0;
/M: SY='R'; M= -8,  0,-25,  0,  6,-20,-17, -7,-20,  8,-17,-11,  2, -7,  6,  9, -1, -2,-18,-25,-13,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 2 in 2 different sequences
Number of true positive hits 2 in 2 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] BESS
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
2 sequences

ADF1_DROME  (P05552), SUV37_DROME (P20193)

			
		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission