PROSITE entry PS51048

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	SGS
Accession [info]	PS51048
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51048
Associated ProRule [info]	PRU00386

Name and characterization of the entry

Description [info]

SGS domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=92;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=87;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2372000; R2=0.0142448; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=510; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=300; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A';  M=  6,-14,-18,-16,-12,-12,-12,-17,  0,-14, -1, -1,-12,-15, -8,-15, -1, -3,  3,-25,-12,-10;
/M: SY='Y';  M= -8,-18,-24,-23,-19,  5,-26, -8, 14,-16,  4,  4,-12,-23,-13,-14,-11, -5,  7, -9, 19,-19;
/M: SY='P';  M= -4,-17,-29,-15, -7,-14,-18,-12,-11, -9,-14, -7,-16, 33, -9,-15, -8, -4,-16,-19, -7,-11;
/M: SY='S';  M=  0,-11,  0,-15,-10, -8,-16,-14, -7,-17, -5, -5, -7,-15,-11,-16,  4,  3, -5,-29,-11,-11;
/M: SY='S';  M=  5, -6,-18, -7, -3,-17,-12,-11,-12, -4,-17,-11, -3,-10, -1, -3, 12,  5, -5,-27,-12, -3;
/M: SY='K';  M= -1,  0,-24, -1,  4,-26,-10,-11,-26, 25,-28,-13,  3, -7,  4, 12,  4, -1,-17,-26,-15,  4;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='K';  M= -3, -5,-24, -5,  2,-23,-15, -5,-18, 13,-21, -9, -3,  5,  5,  6, -2, -5,-15,-23,-13,  2; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='K';  M= -3, -2,-24, -1,  4,-21, -8, -9,-22,  8,-23,-14, -1, -6,  0,  2,  5, -1,-15,-25,-11,  1;
/M: SY='K';  M=  2,  1,-23, -1,  2,-24,-10,-10,-20,  8,-21,-12,  2, -5,  0,  2,  1, -1,-14,-26,-16,  0;
/M: SY='K';  M= -8, -4,-28, -5,  1,-23,-13, -7,-18, 17,-19, -7, -1,-14,  2, 11, -7, -8,-13,-23,-11,  0;
/M: SY='B';  M=-15, 29,-26, 29, 10,-28,-10, 12,-30,  9,-28,-19, 28,-15,  4,  5,  0, -7,-28,-35,-14,  6;
/M: SY='W';  M=-19,-37,-48,-37,-29,  7,-17,-25,-21,-20,-20,-19,-37,-29,-19,-19,-37,-29,-30,137, 27,-19;
/M: SY='D';  M=-10, 28,-25, 39, 13,-30,-10, -4,-28, -2,-21,-21, 12,-12, -1, -9,  4, -4,-21,-36,-18,  6;
/M: SY='K';  M= -2,  1,-20,  1,  4,-18,-16, -4,-20, 11,-20,-11,  0,-14,  2,  2, -2, -6,-14,-23, -7,  3;
/M: SY='L';  M= -7,-28,-21,-32,-22,  7,-31,-23, 25,-28, 36, 17,-25,-26,-20,-22,-23, -7, 15,-20, -1,-22;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-22,  1,  8,-19,-20,  3,-15, -2,-14, -7, -2, -8,  1, -5,  2,  7,-10,-29, -9,  3;
/M: SY='M';  M= -1,-14,-22,-18, -9, -8,-18,-10, -2, -4, -3,  1,-11,-18, -4, -7, -8, -7, -1,-20, -5, -7;
/M: SY='E';  M=-10,  4,-26,  9, 15,-21,-21, -7,-14,  4,-12, -9, -2,-12,  4, -3, -5, -6,-11,-26,-10,  9;
/M: SY='E';  M= -4,  5,-26, 10, 19,-24,-19, -8,-13, -2,-13,-12, -2,-10,  5, -7, -2, -7,-11,-29,-16, 11;
/M: SY='D';  M= -9, 14,-26, 20, 14,-29,-15, -8,-27, 19,-25,-17,  5,-10,  4,  6,  0, -4,-18,-29,-15,  9;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='K';  M= -8,  1,-25,  4, 13,-25,-12, -5,-23, 18,-21, -9,  0, -4, 10, 13, -4, -8,-19,-21,-13, 11; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-18,  7, 11,-18,-17, -8,-16, -5, -9, -8, -3,-14,  2, -8, -3, -4,-14,-28,-12,  6;
/M: SY='E';  M=-11, 13,-28, 21, 26,-29,-17, -5,-27, 14,-21,-16,  3, -8,  9,  3, -3, -8,-22,-29,-16, 18;
/M: SY='E';  M= -9, 11,-29, 18, 29,-31,-17, -4,-29, 15,-25,-17,  3,  1, 13,  4, -1, -9,-26,-29,-18, 20;
/M: SY='D';  M= -8,  9,-26, 10,  8,-25,-10, -7,-22, 10,-19,-13,  7,-13,  2,  3, -3, -6,-19,-28,-15,  5;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-29, 12, 31,-29,-13, -2,-27, 13,-22,-13,  3, -3, 15,  4, -3,-10,-26,-27,-17, 23;
/M: SY='D';  M= -2, 10,-24, 14,  8,-29,-11, -9,-27, 13,-28,-18,  6, -3,  3,  2,  7, -2,-19,-30,-17,  5;
/M: SY='P';  M= -5, -7,-25, -3,  1,-18,-20,-14, -9, -6, -6, -7,-10,  2, -5,-10, -6, -4, -8,-28,-14, -3;
/M: SY='E';  M= -2,  9,-25, 12, 14,-26, -6, -6,-24,  1,-22,-16,  6, -4,  2, -4,  3, -6,-20,-30,-19,  7;
/M: SY='G';  M= -5,-10,-26, -9, -6,-14,  1,-11,-12,-11, -6, -1, -9,-11, -8,-13, -8,-10,-12,-20, -8, -8;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='D';  M= -6, 19,-13, 25,  6,-17, -1, -1,-18, -2,-15,-14, 11, -6, -1, -5,  4, -2,-13,-20,-10,  3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='A';  M= 24, -4, -8, -8,  0,-14, -1,-11, -9, -5,-10, -9, -3, -6, -3,-11, 10,  2, -4,-17,-13, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='G';  M= 15, -5,-13, -8, -9,-16, 17,-12,-14, -9,-11, -7, -3,-10, -8,-13,  2, -6, -8,-14,-15, -9; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='L';  M= -6,-20,-14,-21,-15,  5,-21,-14, 17,-19, 28, 14,-19,-19,-13,-14,-18, -6, 11,-14, -1,-15; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='M';  M= -5,  2,-14, -6, -8, -7,-10, -1,  2, -5, -1, 15,  6,-14, -2, -6, -4, -1, -2,-21, -7, -5; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='N';  M= -3, 16,-19, 13,  3,-21, -2, -2,-21,  7,-21,-14, 18,-11,  1,  2,  3, -4,-18,-25,-14,  2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='F';  M=-12,-28,-19,-34,-26, 28,-29,-20, 18,-25, 24, 18,-24,-28,-25,-19,-21, -8, 15,-12,  8,-24;
/M: SY='F';  M=-16,-28,-20,-36,-26, 50,-28,-16,  9,-25, 18, 17,-21,-27,-27,-18,-21,-10,  5, -2, 18,-24;
/M: SY='K';  M= -8, -1,-28, -2, 11,-31,-18, -3,-26, 31,-25, -8,  0,-11, 24, 25, -3, -8,-22,-21,-11, 17;
/M: SY='K';  M= -8,  9,-27,  6, 11,-30,-15, -2,-25, 23,-26,-11, 10,-11, 19, 13, -1, -5,-23,-25,-13, 15;
/M: SY='I';  M=-10,-29,-25,-35,-25,  3,-34,-22, 36,-27, 30, 26,-23,-23,-17,-24,-23,-10, 20,-20,  0,-24;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='E';  M=  2,  7,-22,  6, 14,-27, -8, -4,-23,  6,-23,-14,  8,-10, 12,  0,  7, -2,-20,-28,-17, 13;
/M: SY='D';  M=-12, 29,-26, 36, 17,-31, -2, -1,-32,  0,-28,-24, 20,-11,  2, -5,  6, -6,-27,-36,-21,  9;
/M: SY='G';  M= 17, -9,-21,-12,-14,-25, 37,-19,-27,-15,-23,-17, -2,-15,-14,-19,  9, -7,-17,-23,-25,-14;
/M: SY='D';  M=-11, 33,-24, 45, 11,-33, -6, -5,-33, -4,-28,-26, 16,-11, -2,-10, 10,  2,-23,-38,-19,  5;
/M: SY='D';  M=-13, 22,-30, 36, 23,-34,-13, -5,-32, -1,-28,-25,  7, 12,  3,-10,  2, -7,-28,-36,-22, 12;
/M: SY='D';  M=-16, 34,-30, 50, 32,-36,-14, -1,-36,  6,-27,-26, 12, -7,  7, -5, -1,-10,-29,-36,-19, 20;
/M: SY='M';  M= -4,-13,-15,-20,-15, -7,-22,-13,  7,-11,  3, 17,-13,-17, -6,-11,  0, 16, 11,-26, -7,-10;
/M: SY='R';  M=-14, -4,-30, -4,  7,-27,-20, -5,-29, 39,-25, -9,  0,-14, 14, 43, -9,-10,-21,-20,-10,  9;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  3,-23,-20, -1,-29, 31,-21, -9,  0,-18, 14, 61, -9,-10,-21,-20,-10,  4;
/M: SY='A';  M= 31, -8,-11,-18,-11,-15, -7,-18, -7,-10, -7, -3, -8,-11, -9,-16, 10, 12,  1,-23,-15,-10;
/M: SY='M';  M=-10,-24,-23,-33,-23,  1,-27,-10, 29,-17, 22, 46,-21,-21, -7,-17,-21,-10, 16,-20,  0,-17;
/M: SY='M';  M=  2,  1,-19,-11, -9,-11,-11, -3,  0, -7, -3, 14,  7,-18, -3, -9, -4, -5, -5,-27,-11, -6;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='S';  M= 24, -4,-10, -7, -4,-20,  0,-14,-16,-10,-23,-16,  3,-10, -4,-14, 29, 13, -6,-33,-20, -4;
/M: SY='W';  M=-20,-32,-32,-37,-28, 46,-26,-17, -7,-23, -2, -7,-27,-30,-28,-18,-27,-17,-12, 64, 39,-25;
/M: SY='V';  M= -3,-15,-11,-19,-15, -8,-20,-11,  4,-15, -2,  3,-12,-21, -9,-14,  0,  5,  9,-25, -4,-13;
/M: SY='E';  M=-11, 13,-29, 24, 54,-30,-19, -1,-30,  8,-21,-21,  2, -1, 17, -1,  1, -8,-29,-31,-20, 35;
/M: SY='S';  M= 16, -1,-10, -3, -1,-20,  0,-11,-19,-10,-27,-19,  7,-10, -1,-11, 36, 17, -9,-37,-20, -1;
/M: SY='N';  M=-10, 10,-21,  3, -1,-25,  9, -1,-27,  1,-26,-16, 22,-19,  4,  9,  1, -9,-27,-29,-20,  1;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-27,  0, -2,-29, 40,-15,-35,-12,-27,-20,  2,-15,-10,-15,  5,-11,-27,-25,-26, -6;
/M: SY='T';  M= -3, -1,-18, -7, -5,-18,-12,-17,-19,  7,-18,-11,  0,-11, -5,  1,  9, 25, -9,-26,-12, -5;
/M: SY='V';  M=  4,-15,-16,-17,-11,-15,-21,-18,  3, -2, -7,  0,-14,-19, -6, -6, -1,  1, 15,-26,-12, -8;
/M: SY='L';  M= -2,-20,-19,-23,-15,  0,-23,-17,  8,-17, 27, 12,-19,-24,-14,-13,-19, -6,  4,-21, -5,-14;
/M: SY='S';  M=  7,  1,-15, -1, -1,-19, -6,-10,-17, -3,-21,-13,  6,-12, -1, -5, 21, 10,-10,-34,-17, -1;
/M: SY='T';  M= -4,  1,-17, -3, -7,-13, -8,-18,-17,-11,-15,-14,  0, -5,-11,-12, 11, 27, -9,-28,-13, -9;
/M: SY='N';  M=-11, 31,-23, 25,  4,-25, -7,  1,-23,  0,-27,-20, 34,-11, -2, -4,  6, -1,-24,-38,-19,  1;
/M: SY='W';  M=-16,-29,-42,-27,-18,  0,-21,-24,-16,-17,-13,-15,-30,-14,-14,-18,-29,-20,-24, 87, 14,-13;
/M: SY='E';  M= -3,  7,-24,  8, 14,-22,-15, -7,-21,  6,-19,-14,  5, -6,  3, -2,  2, -2,-18,-28,-15,  9;
/M: SY='E';  M= -9, 10,-28, 17, 22,-20, -8, -5,-27,  0,-19,-15,  1,-10,  4, -7, -3,-11,-23,-26,-14, 14;
/M: SY='V';  M= -2,-26,-15,-27,-24,  3,-23,-26, 19,-20,  8,  6,-25,-27,-26,-20,-11, -4, 32,-24, -7,-25;
/M: SY='G';  M= -1, -4,-26, -4, -4,-28, 28,-14,-33,  0,-29,-17,  2,-14, -4, -5,  6, -9,-24,-24,-22, -4;
/M: SY='K';  M= -2,  6,-22,  2,  3,-23,-13, -8,-20, 15,-20,-11,  8,-13,  3,  7,  2,  0,-16,-27,-13,  3;
/M: SY='K';  M= -8,  1,-29,  3,  6,-29,  0,-10,-32, 24,-28,-14,  1,-13,  3, 18, -6,-12,-23,-22,-16,  4;
/M: SY='K';  M= -8, -3,-24, -4,  5,-24,-19, -4,-21, 19,-22, -9, -1, -9,  9, 16,  0,  2,-14,-25,-10,  6;
/M: SY='V';  M= -6,-25,-16,-28,-26, 10,-30,-17, 20,-20,  7,  7,-23,-27,-25,-19,-11,  0, 29,-19,  5,-26;
/M: SY='E';  M= -5,  8,-25, 13, 33,-26,-17, -6,-25,  4,-20,-18,  0,  1,  9, -4,  5,  2,-22,-30,-18, 21;
/M: SY='T';  M= -5, -7,-14, -8, -9,-18,-15,-17,-10,-10,-14, -8, -7, -3, -8,-10,  3, 10, -3,-30,-16,-10;
/M: SY='Q';  M= -2, -1,-20, -3,  5,-20,-15, -8,-13,  2,-14, -8,  2,-14,  6, -1,  6,  3, -9,-29,-14,  5;
/M: SY='P';  M=-10,-17,-35, -9, -3,-23,-21,-18,-14,-10,-15,-13,-18, 53,-10,-14,-13,-10,-22,-28,-23,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-19,-39, -9,  1,-30,-20,-19,-21, -6,-30,-19,-19, 83, -9,-17,-10,-10,-29,-29,-29, -9;
/M: SY='D';  M= -7, 23,-26, 30, 25,-31,-13, -3,-29,  5,-23,-20, 11, -8,  8, -4,  2, -5,-25,-32,-18, 16;
/M: SY='G';  M= -4, -3,-15, -2,-14,-30, 44,-18,-38,-14,-29,-20,  0,-20,-16,-16, -2,-17,-27,-26,-27,-15;
/M: SY='M';  M= -7,-15,-10,-24,-19, -5,-21, -8, 12,-12,  8, 32,-14,-22, -6,-12,-11, -2, 11,-26, -6,-12;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-29, 16, 52,-29,-20, -2,-27, 11,-19,-18, -1, -2, 17,  1, -1,-10,-25,-29,-19, 34;
/M: SY='Y';  M=-14,-22,-30,-22, -9,  9,-24,-11, -4,-15,  3,  3,-22, -4,-12,-15,-20,-13,-11,  9, 10,-11;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='K';  M=-11,  1,-31,  4, 21,-29,-20, -1,-29, 30,-26,-12, -1, -1, 12, 19, -7,-11,-24,-24,-12, 16;
/M: SY='W';  M=-20,-33,-39,-34,-27, 25,-25,-14,-10,-19, -7,-10,-31,-30,-20,-17,-31,-21,-18, 90, 42,-21;
/M: SY='E';  M=-10, 17,-28, 20, 46,-28,-15,  2,-28,  8,-22,-20, 14, -5, 15,  0,  2, -8,-30,-32,-20, 31;
/M: SY='K';  M=-10,-10,-30,-11, -9,-16, -1, -1,-17,  6,-17, -6, -5,-18, -5,  0,-10,-13,-15,-14,  2, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	17 in 17 different sequences
Number of true positive hits	17 in 17 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	SGS
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

17 sequences

CYBP_BOVIN  (Q3T168), CYBP_HUMAN  (Q9HB71), CYBP_MACFA  (Q4R4P3),

CYBP_MOUSE  (Q9CXW3), CYBP_PONAB  (Q5R6Z8), CYBP_RAT(Q6AYK6), 
GIT7_SCHPO  (O59709), SGT1A_ARATH (Q9SUR9), SGT1B_ARATH (Q9SUT5), 
SGT1_BOVIN  (Q2KIK0), SGT1_DICDI  (Q55ED0), SGT1_HUMAN  (Q9Y2Z0), 
SGT1_MAIZE  (A0A3L6DPG1), SGT1_MOUSE  (Q9CX34), SGT1_ORYSJ  (Q0JL44), 
SGT1_RAT(B0BN85), SGT1_YEAST  (Q08446)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

1 PDB

2JTT