Entry: PS51049

General information about the entry

Entry name [info] KASH
Accession [info] PS51049
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2004 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51049
Associated ProRule [info] PRU00385

Name and characterization of the entry

Description [info] KASH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1219554; R2=0.0121448; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=793.44111; R2=19.29122; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=526; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9339; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=361; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7738; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=  3,-16,-19,-19,-12,-14,-18,-14, -7,  5, -8, -4,-12,-21, -7, 20, -5, -4,  6,-23,-12,-12;
/M: SY='P'; M= -6,-11,-28, -8, -4,-25,  4,-13,-27, -2,-28,-18, -4, 16, -5,  5,  4, -5,-23,-28,-23, -7;
/M: SY='W'; M=  1,-21,-26,-27,-17, 11,-16,-17,-14, -7,-10,-10,-16,-22,-15,  2,-13,-11,-11, 23,  5,-15;
/M: SY='W'; M=  0,-25,-31,-24,-14, -8,-18,-22, -8,-17, -4, -8,-25, 11,-15,-20,-18,-13,-14, 18, -6,-15;
/M: SY='W'; M=  6,-16,-28,-19,-14,-16,  8,-17,-24, -5,-19,-15,-11,-19,-10,  2, -8,-14,-18, 15,-10,-12;
/M: SY='R'; M=-11, -7,-24, -7,  0,-20,-14, -3,-27, 18,-23,-13,  3,-17,  7, 46,  5, -1,-17,-26,-13,  0;
/M: SY='V'; M= -5,-21,-20,-23,-18, -9,-29,-24, 16, -1,  0,  6,-19,-22,-16, -7,-12, -5, 25,-25, -8,-18;
/M: SY='A'; M= 14,-15,-18,-19, -9,-13,-13,-14, -9, -3,  2, -3,-12,-18, -6,  7, -6, -5, -4,-20,-12, -9;
/M: SY='R'; M=-17,-13,-33,-10,  0,-23,-20, -6,-27, 18,-23,-13, -6, 13,  4, 43,-10,-10,-23,-23,-16, -3;
/M: SY='A'; M= 20,-14,-13,-21,-13, -8,-14,-20, -1,-16,  8, -1,-14,-16,-13,-18,  0,  9,  3,-22,-12,-13;
/M: SY='A'; M= 25, -4,-10,-12, -8,-17, -6,-18,-12,-10,-15,-12, -2,-10, -8,-14, 20, 20, -2,-28,-17, -8;
/M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 42, 18,-30,-30,-22,-20,-26, -8, 18,-22, -2,-22;
/M: SY='P'; M=-13,-23,-34,-19, -9,  3,-23,-20,-14,-16,-18,-14,-20, 54,-19,-20,-13,-10,-21,-18,-12,-16;
/M: SY='F'; M=-13,-28,-22,-36,-26, 27,-30,-18, 21,-26, 24, 22,-22,-25,-22,-20,-22,-10, 12,-11,  9,-23;
/M: SY='Q'; M=-10, -9,-27, -9,  8,-25,-23,  1, -8, -2,  1,  6, -9,-16, 36,  1, -9,-10,-18,-20, -7, 22;
/M: SY='A'; M= 21,-20,-13,-25,-17, -7,-15,-22,  7,-18, 12,  3,-20,-20,-17,-20, -6, -3, 13,-22,-12,-17;
/M: SY='L'; M=  2,-23,-18,-28,-18,  1,-21,-15, 14,-21, 30, 23,-23,-23,-13,-18,-19, -8,  8,-20, -4,-16;
/M: SY='L'; M=-13,-28,-20,-33,-23, 29,-28,-15, 14,-25, 30, 24,-24,-28,-21,-18,-24,-10,  7,-11,  9,-21;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-18,-32,-24, 22,-30,-22, 18,-28, 32, 13,-28,-30,-27,-20,-23, -8, 18,-16,  4,-24;
/M: SY='L'; M= -8,-24,-18,-26,-18,  6,-28,-20, 14,-26, 38, 14,-24,-26,-18,-18,-20,  2,  8,-22, -2,-18;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-17,-32,-25, 21,-30,-23, 19,-27, 30, 13,-28,-30,-27,-20,-22, -7, 20,-17,  3,-25;
/M: SY='G'; M= -2,-12,  1,-14,-22,-28, 49,-22,-38,-22,-28,-20, -4,-24,-22,-22, -2,-18,-26,-26,-30,-22;
/M: SY='A'; M= 38,-15,-10,-22,-15,-15, -7,-22,  0,-12, -5, -5,-15,-15,-15,-20,  5,  0, 12,-22,-18,-15;
/M: SY='A'; M= 35, -7,-10,-17,-10,-17, -6,-20,-10,-10,-10,-10, -7,-10,-10,-17, 13, 15,  0,-23,-17,-10;
/M: SY='C'; M= -8,-18, 45,-25,-22, -8,-28,-24,-10,-25,  4, -5,-18,-30,-22,-22, -9,  5, -1,-36,-16,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V'; M= -5,-28,-15,-30,-25,  3,-28,-21, 25,-21, 24, 23,-28,-28,-21,-18,-18, -5, 30,-25, -5,-23;
/M: SY='P'; M=-10,-16,-38, -8,  4,-32,-20,-14,-20, -6,-28,-16,-16, 69,  5,-14, -8,-10,-30,-28,-26,  0;
/M: SY='H'; M=-15,-13,-29,-11, -6,-13,-23, 39,-13,-16, -1,  2, -8,  0, -3,-10,-16,-15,-18,-27,  4, -8;
/M: SY='C'; M= -1,  1, 14, -6,-12,-22, 10,-13,-27,-15,-28,-20, 11,-22,-12,-15, 12, -1,-19,-37,-25,-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D'; M= -7, 12,-24, 19, 13,-26, 14, -6,-29, -4,-21,-18,  5, -9, -1, -9,  0,-11,-24,-23,-19,  6; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='Y'; M=-10,-19,-18,-19,-19, 15,-24,  1,  9,-11,  3,  3,-19,-24,-14,-11,-13, -5, 10,  6, 36,-19; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='C'; M= -1, -9, 48,-16,-16,-18,-18,-21,-22,-19,-21,-18, -6,-23,-16,-19, 13, 14, -8,-42,-22,-16;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C'; M=-12, -1, 18, -2, -5,-24,-21, -7,-17, -9,-12,  3, -7,-22,  5,-11, -8,-10,-14,-33,-16,  0;
/M: SY='F'; M= -6, -6,-17,-13,-12, 12,-15,-11, -5,-18, -1, -5,  3,-22,-15,-13,  2,  1, -7,-23, -3,-12;
/M: SY='H'; M= -8,-13,-21,-13, -9, -7,-20, 19, -5,-19,  9,  4, -8,-22, -6,-11, -7, -6, -7,-28,  1, -9;
/M: SY='N'; M=  8, 25,-17,  8, -3,-20,  0,  1,-17, -3,-24,-17, 39,-17, -3, -6, 10,  0,-21,-34,-20, -3;
/M: SY='N'; M=-11, 15,-21,  3, -2,-18,-11,  0,-21,  7,-22,-14, 27,-18,  1, 19,  6,  9,-20,-31,-14, -2;
/M: SY='F'; M=-15,-30,-20,-35,-25, 44,-30,-20, 10,-30, 30, 10,-25,-30,-30,-20,-25,-10,  5, -5, 15,-25;
/M: SY='A'; M= 42, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='R'; M=-18,-12,-28,-14, -4,-16,-20,  0,-20, 22,-12,  5, -4,-20,  8, 53,-12,-10,-14,-20, -8, -2;
/M: SY='S'; M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -6,-13,-17,-10,-24,-17,  7,-10, -3,-10, 34, 29, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='F'; M=-14,-27,-26,-28,-18, 29,-27,-20, -1,-24,  8, -1,-22,  6,-26,-20,-19,-10, -7,-10,  4,-21;
/M: SY='D'; M=-13,  9,-26, 14, 12,-10,-21,  2,-19, -3,-14,-14, -1,-14,  0, -8, -2,  2,-18,-14, 12,  4;
/M: SY='P'; M=-10,-23,-34,-16, -6,-18,-23,-20, -8,-16, -6, -8,-23, 54,-13,-20,-16,-10,-18,-27,-21,-13;
/M: SY='M'; M= -2,-14,-17,-17,-10,-13,-18, -9,  5, -9, -3, 13,-12,-19,  3, -9,  2,  0,  9,-28,-10, -3;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 27,-30, 43, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='S'; M= -1, -2,-19, -2,  5,-25, -9, -3,-22,  3,-26,-13,  6,-12, 17, 11, 20,  7,-17,-31,-16, 10;
/M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-25,-22, 42,-30, 10,  0,-15,  2,  0,-20,-30,-17,-12,-20,-10, -8, 25, 68,-22;
/M: SY='V'; M= -5,-28,-22,-27,-23, -7,-30,-28, 22,-20,  2,  5,-25,  2,-23,-22,-12, -5, 26,-28,-13,-25;
/M: SY='N'; M=-15, 20,-25,  9,  0,-20, -9, 30,-25,  4,-25,-13, 35,-20,  5, 15,  1, -7,-28,-33, -8,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='P'; M=-10,-23,-34,-16, -6,-18,-23,-20, -8,-16, -6, -8,-23, 54,-13,-20,-16,-10,-18,-27,-21,-13;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I'; M=-10,-23,-23,-33,-25, 17,-33,-25, 23,-25, 10,  8,-15,-20,-22,-23,-10,  5, 15,-15,  5,-25;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] KASH
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

ANC1_CAEEL  (Q9N4M4), SYNE1_HUMAN (Q8NF91), SYNE1_MOUSE (Q6ZWR6), 
SYNE2_HUMAN (Q8WXH0), SYNE2_MOUSE (Q6ZWQ0), SYNE3_HUMAN (Q6ZMZ3), 
SYNE3_MOUSE (Q4FZC9), SYNE4_HUMAN (Q8N205), SYNE4_MOUSE (Q8CII8), 
SYNE4_RAT   (Q5M844)
» More

PDB
[Detailed view]
3 PDB

4DXR; 4DXS; 4FI9

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission