Entry: PS51060

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PARP_ALPHA_HD
Accession [info] PS51060
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51059
Associated ProRule [info] PRU00398

Name and characterization of the entry

Description [info] PARP alpha-helical domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=121;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=116;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2376807; R2=0.0193562; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2086.46979; R2=31.81191; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=350; N_SCORE=9.0; H_SCORE=14016; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=221; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9085; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K'; M= -3, -5,-27, -6,  4,-24,-19, -4,-16, 14,-20, -8, -4, -3,  4,  4, -4, -6,-14,-24,-11,  3;
/M: SY='S'; M= -1,  2,  8,  1,  9,-22,-12,-10,-24, -8,-25,-20,  6,-14, -1,-10, 17,  6,-17,-39,-21,  4;
/M: SY='K'; M= -6,  2,-23,  2,  8,-25,-13, -8,-22, 12,-21,-11,  1,-11, 10,  5,  5,  5,-17,-26,-13,  9;
/M: SY='L'; M= -9,-21,-20,-22,-12,  4,-27,-17, 13,-24, 35, 13,-20,-27,-16,-17,-23, -9,  6,-23, -4,-14;
/M: SY='P'; M= -7,  5,-29, 13,  6,-28,-17, -7,-21, -2,-20,-15, -4, 14, -1, -9, -5, -9,-18,-30,-18,  1;
/M: SY='P'; M= -3, -3,-28,  1,  9,-27,-16,-10,-19,  1,-20,-12, -5, 15,  7, -6, -1, -5,-20,-27,-18,  7;
/M: SY='P'; M= -2, -8,-24, -7,  2,-22,-15,-11,-19,  5,-19,-12, -5,  6,  2,  6,  3,  2,-15,-27,-16,  0;
/M: SY='V'; M= -3,-29,-14,-30,-27,  2,-30,-27, 28,-23, 20, 13,-28,-28,-26,-20,-15, -1, 36,-27, -7,-27;
/M: SY='Q'; M= -6, -9,-25,-11,  1,-19,-21, -3,-10,  4, -4,  5, -8,-16, 19,  6, -7, -5,-13,-18, -4,  9;
/M: SY='D'; M=-13, 19,-28, 26, 24,-23,-15, -3,-29, 10,-24,-19,  9, -9,  5,  1, -1, -8,-25,-29,-14, 15;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-21,-28,-18,  5,-29,-18, 22,-23, 29, 22,-24,-25,-16,-19,-22, -9, 15,-21, -2,-17;
/M: SY='I'; M= -7,-27,-21,-34,-27,  1,-31,-21, 34,-22, 19, 28,-24,-24,-17,-21,-18, -7, 29,-23, -3,-24;
/M: SY='K'; M= -1, -4,-22, -8, -1,-16,-16, -7,-16, 14,-16, -3, -2,-14,  2, 10, -1,  1,-11,-20, -5, -1;
/M: SY='M'; M=-10, -2,-14, -4, -1,-12,-19, -7, -9, -6, -1,  2, -2,-19,  1, -6, -8, -5,-11,-27, -9,  0;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-25,-29,-18,  3,-31,-22, 26,-25, 22, 15,-19,-21,-16,-22,-17, -8, 14,-21, -2,-19;
/M: SY='F'; M= -6,-19, 20,-27,-22, 24,-22,-21,-12,-24, -7,-10,-13,-27,-27,-20, -3,  0, -4,-19,  0,-22;
/M: SY='D'; M=-10, 34,-22, 35,  8,-28, -6,  0,-28, -3,-29,-23, 29,-13, -1, -7, 12,  3,-24,-39,-19,  3;
/M: SY='V'; M= -1,-16,-21,-17, -7,-15,-23,-17,  5, -5, -3,  1,-15,-13, -2, -9, -6, -5,  9,-25,-11, -5;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-16, 15, 27,-31,-17, -3,-29, 10,-24,-17,  2, -9, 15,  1,  2, -7,-25,-31,-18, 21;
/M: SY='M'; M= -2,-14,-18,-20,-14,  0,-20,-12,  6,-15,  6, 10,-11,-19, -8,-14, -4,  3,  4,-21, -2,-11;
/M: SY='M'; M=-13,-21,-24,-27,-19,  8,-26,  0, 13,-13, 15, 27,-18,-23, -9,-11,-20,-11,  4,-12, 13,-15;
/M: SY='K'; M= -8, -1,-25, -2,  5,-21,-18, -9,-19, 21,-16, -8,  0,-15,  3, 17, -6, -7,-13,-25,-12,  3;
/M: SY='N'; M= -2,  3,-24, -1,  4,-21, -7,  3,-22,  7,-22,-12,  8,-14,  8,  6,  3, -5,-20,-23, -7,  5;
/M: SY='T'; M=  3, -9,-17,-12,-10, -4,-18, -8, -5,-11, -4, -2, -9,-18, -6,-12,  0,  5, -1,-19,  0, -8;
/M: SY='M'; M=  1,-21,-18,-26,-17,  0,-20,-12, 12,-19, 24, 26,-20,-22,-10,-16,-15, -6,  7,-22, -5,-14;
/M: SY='M'; M= -1,-11,-19,-16, -8,-15,-19,-11, -3,  3, -6,  8,-10,-16,  2,  3, -4,  2,  2,-23, -9, -4;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-26,  9, 32,-28,-16, -1,-24,  7,-19,-14,  3, -6, 21,  1,  4, -5,-24,-28,-17, 26;
/M: SY='M'; M= -7,-24,-18,-29,-22, 14,-24,-14, 15,-20, 17, 23,-21,-24,-17,-16,-15, -6, 13,-17,  3,-19;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-26,  1,  9,-25, -9, -5,-21,  7,-20,-11,  3,-11,  9,  1,  1, -1,-18,-26,-13,  8;
/M: SY='Y'; M=-14,-22,-27,-25,-16, 13,-28, -2,  9,-18, 10, 11,-19,-24,-13,-15,-20,-12,  1,  2, 19,-16;
/M: SY='D'; M=-12, 31,-25, 36,  6,-24,-10,  2,-25, -4,-20,-20, 21,-16, -3, -9, -1, -7,-23,-31,-10,  1;
/M:         M= -2, -8,-20, -9, -6,-15, -6,-15, -7,-10, -5,  0,-10,-17,-10,-11, -3, -1,  0,-26,-14, -8;
/M: SY='N'; M=  1,  3,-22,  1,  3,-23,-14, -9,-13,  0,-18,-11,  5, -5,  1, -6,  3, -3,-11,-30,-17,  1;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-26,  3, 10,-21,-18, -8,-20, 18,-19,-10, -1,-12,  4,  8, -3, -5,-15,-23, -7,  6;
/M: SY='M'; M= -6,-18,-22,-24,-16, -7,-10,-10,  7,-15, 12, 26,-16,-20, -4,-13,-13, -6,  1,-21, -6,-10;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='P'; M=-10,-18,-39, -9,  2,-31,-20,-18,-20, -8,-29,-18,-18, 82, -5,-18, -9,-10,-30,-29,-28, -6;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-33,-24, 19,-31,-22, 22,-29, 37, 16,-27,-29,-24,-21,-26, -9, 14,-16,  4,-24;
/M: SY='G'; M= -2, -3,-29, -3,-16,-30, 60,-17,-39,-17,-30,-21,  5,-19,-17,-18,  1,-18,-30,-23,-29,-17;
/M: SY='R'; M= -9, -7,-18, -9,  0,-23,-19, -8,-25, 29,-21, -5, -4,-16,  5, 32, -9, -9,-15,-22,-11,  1;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-23, 14,-32,-22, 24,-30, 41, 18,-27,-28,-22,-22,-27,-10, 13,-17,  3,-23;
/M: SY='S'; M=  7,  0,-11, -2, -2,-18, -5,-12,-18, -7,-26,-18,  8,-10, -2, -8, 34, 25, -8,-37,-18, -2;
/M: SY='K'; M= -9, -3,-26, -3,  2,-22,-20, -6,-17, 22,-12, -1, -5,-15,  5, 11,-12,-10,-12,-22, -8,  3;
/M: SY='N'; M=  2,  9,-21,  7,  8,-22,-10, -1,-20, -1,-16,-13, 10,-14,  3,  0,  4, -4,-18,-29,-16,  5;
/M: SY='Q'; M=-10, 10,-25,  7,  9,-29,-16, 12,-19,  2,-18, -6, 13,-14, 28,  2,  2, -2,-25,-27,-10, 18;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-25,-36,-27,  3,-36,-27, 38,-29, 30, 19,-24,-24,-21,-26,-23, -9, 25,-21, -1,-27;
/M: SY='Q'; M= -5,  0,-24, -1, 13,-23,-17, -3,-13,  4,-12, -3,  1,-11, 15,  0,  0, -4,-16,-26,-13, 14;
/M: SY='K'; M=  1, -3,-23, -4,  8,-23,-15,-10,-23, 20,-19,-11, -2,-11,  5, 16,  0, -2,-15,-23,-13,  5;
/M: SY='G'; M= 27,-10,-19,-15,-15,-25, 32,-20,-24,-15,-19,-15, -5,-15,-15,-20,  5, -9,-14,-20,-25,-15;
/M: SY='Y'; M=-15,-15,-28,-17, -6, 15,-28, -1, -3, -3, -3,  0,-14,-21, -8, -6,-15,-10, -7,  1, 29, -9;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-26,  7, 23,-24,-12, -6,-23,  4,-14,-13, -1, -9,  9,  0,  0, -5,-20,-28,-16, 16;
/M: SY='V'; M=  4,-21,-16,-26,-21, -7,-26,-25, 19,-15,  3,  5,-18,-21,-19,-17, -4,  4, 26,-26, -9,-21;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 49, 20,-30,-30,-20,-20,-29,-10, 11,-20,  0,-20;
/M: SY='N'; M= -4,  4,-22,  1, -1,-13,-10, -9,-17,  1,-13,-10,  6,-16, -5, -3,  0, -2,-14,-26,-11, -3;
/M: SY='E'; M= -9,  8,-27, 12, 26,-26,-18, -5,-25, 12,-17,-14,  2, -9, 10,  7, -3, -5,-22,-28,-15, 17;
/M: SY='I'; M= -6,-29,-26,-35,-26,  2,-32,-27, 31,-27, 21, 14,-24,-24,-20,-25,-21,-10, 20, -8,  0,-25;
/M: SY='E'; M= -4,  5,-24,  5, 20,-26,-14, -2,-24, 13,-24,-13,  6, -9, 17,  5,  6, -3,-22,-26,-13, 18;
/M: SY='D'; M= -7, 20,-25, 22, 20,-29,-13, -2,-26,  6,-23,-18, 14, -9, 10, -1,  4, -1,-24,-31,-17, 15;
/M: SY='V'; M=  3,-12,-13,-15,-15, -8,-20,-19,  7,-18,  7,  1,-10,-22,-16,-18, -7, -4,  9,-28,-11,-16;
/M: SY='L'; M=  3,-26,-18,-30,-22,  3,-26,-23, 20,-24, 24, 13,-24,-24,-20,-21,-17, -7, 17,-20, -4,-21;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-25,  3,  9,-23, -4, -8,-23,  9,-19,-13,  5,-13,  1,  3, -2, -6,-18,-27,-16,  5;
/M: SY='K'; M= -1,  3,-18,  1, -1,-25, -1, -9,-26,  5,-24,-15,  5,-14,  1,  5,  5,  0,-18,-28,-17,  0;
/M:         M= -1,-11,-27,-13,-12,-17, -4,-19, -5,-11,-10, -6, -9, -5,-12,-16, -7, -8, -6,-21,-12,-14;
/M: SY='K'; M= -1,  0,-26,  1,  7,-27, -4,-10,-26,  8,-25,-16,  2,  1,  2,  2,  3, -4,-21,-27,-19,  4;
/M: SY='E'; M= -5,  0,-25,  1, 10,-21,-16, -6,-13, -1,-13, -8, -1, -7,  1, -5, -1, -3,-13,-28,-13,  4;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='A'; M=  5,  1,-19, -2, -5,-20, -5,-10, -9, -9,-12, -4,  0,-13, -1,-12,  4, -2, -8,-25,-14, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='R'; M=  1, -1,-15, -3, -1,-15,  3, -5,-17,  1,-16, -9,  5,-11,  0,  7,  6, -2,-12,-20,-13, -2; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='E'; M= -3,  2,-13,  2,  9,-13, -7, -1,-10, -1, -9, -6,  3, -1,  8, -2,  3, -1,-12,-16, -9,  8; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='E'; M= -2, -2,-25, -1, 14,-24,-10, -9,-17, -3,-19,-14,  0,  2,  6, -6,  5, -3,-18,-29,-19,  9;
/M: SY='A'; M=  8, -2,-19, -6,  4,-21,-12, -8,-15, -1,-12, -8,  0,-13,  8, -1,  6,  2,-12,-26,-14,  5;
/M: SY='L'; M=  1,-22,-18,-27,-19,  2,-24,-21, 15,-23, 21, 11,-19,-22,-17,-20,-12, -1, 11,-21, -4,-18;
/M: SY='E'; M= -7, -5,-23, -5,  5,-15,-21, -9, -1, -9, -1,  5, -8,-14,  2,-10, -3, -2, -4,-27,-10,  3;
/M: SY='E'; M=  1,  8,-23,  9, 13,-25,-13,  5,-21,  4,-18, -9,  4,-11,  6, -3,  0, -6,-18,-28,-13,  9;
/M: SY='L'; M= -1,-19,-12,-21,-14,  5,-23,-18,  5,-21, 19,  8,-20,-24,-17,-18,-16, -8,  5,-20, -4,-15;
/M: SY='S'; M=  6, -6, -9, -9, -7,-15, -7,-14,-15,-12,-21,-12,  0,-13, -5,-12, 23, 17, -8,-21,-13, -6;
/M: SY='N'; M=  0, 12,-16,  1, -6,-11, -2, -3,-15, -8,-21,-11, 24,-17, -5, -8, 14,  6,-16,-32,-15, -5;
/M: SY='R'; M=-14,  1,-29,  5, 27,-25,-20,  2,-29, 21,-21,-14,  0,-10, 14, 28, -5, -8,-24,-25,-13, 18;
/M: SY='F'; M=-19,-28,-23,-35,-27, 59,-31,-12,  5,-25, 10,  3,-20,-29,-31,-19,-20,-10,  1, 11, 38,-27;
/M: SY='Y'; M=-17,-18,-28,-19,-16, 25,-27, 13, -3,-10, -3, -2,-16,-27, -7, -9,-14, -8,-11, 19, 61,-15;
/M: SY='T'; M= -4,  6,-17, -1,  1,-18,-14, -8,-18,  1,-20,-13, 11,-12,  3,  2, 14, 21,-13,-31,-14,  1;
/M: SY='L'; M=-10,-24,-21,-25,-17,  3,-29,-13, 13,-18, 27, 12,-22,-26,-15,-12,-21, -7,  9,-20,  2,-17;
/M: SY='I'; M=-10,-31,-30,-39,-30,  1,-38,-30, 43,-28, 16, 16,-22,-22,-21,-28,-21,-11, 27, -7,  2,-29;
/M: SY='P'; M=-11,-21,-38,-12, -2,-21,-21,-20,-18,-12,-27,-18,-20, 81,-12,-20,-11,-10,-28,-27,-25,-12;
/M: SY='H'; M=-11,  0,-24, -1,  1,-21,-16, 61,-26, -9,-21, -5,  8,-16, 10, -2,  4, -5,-23,-31,  7,  2;
/M: SY='N'; M= -4,  4,-24,  2, -3,-21, -6, -9,-16,  0,-18,-12,  9, -9, -5, -3,  1, -4,-15,-29,-17, -5;
/M: SY='F'; M=-16,-15,-24,-21,-21, 38,-13,-12, -8,-24, -2, -5, -8,-25,-28,-18,-14,-11, -7, -5, 12,-22;
/M: SY='G'; M= -4,-12,-28,-12,-11,-13, 23,-18,-27,-16,-23,-17, -6,  3,-17,-18,  0, -8,-22,-21,-19,-14;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='T'; M= -7, -9,-18,-13, -7, -1,-16, -8, -6,-10, -1,  1, -6,-17, -9, -5, -2,  6, -3,-22, -5, -8; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='Q'; M= -7, -5,-23, -6,  1,-17,-13, -5,-17,  4,-15, -8, -2, -7,  6,  4,  1,  1,-16,-20, -5,  3; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='R'; M= -7, -4,-21, -3,  1,-18,-18,-10,-14,  9,-12, -7, -4,-15,  0, 10, -1,  1, -6,-26,-11,  0; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='P'; M= -7, -6,-29, -5,  1,-22,-15, -9,-15, -2,-20,-10, -2, 29, -3, -3, -5, -7,-19,-28,-20, -4; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='I'; M= -4,-10,-11,-11, -9,  0,-12, -5,  4, -6,  3,  4, -8,-12, -5, -2, -5, -2,  4, -9,  3, -8; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='P'; M= -7,-11,-27, -9, -3,-19,-13,-11,-18, -6,-21,-14, -8, 24, -7, -7,  1,  4,-16,-28,-17, -8;
/M: SY='I'; M= -8,-24,-23,-25,-18, -5,-28,-20, 15,-13, 11, 11,-22,-10,-15,-10,-17, -7, 14,-24, -8,-19;
/M: SY='I'; M=-10,-28,-27,-34,-24,  1,-35,-25, 34,-24, 25, 18,-22,-22,-18,-22,-22,-10, 20,-20, -1,-24;
/M: SY='D'; M= -6, 25,-25, 28,  8,-30, -2, -3,-30,  2,-27,-22, 18,-13, -1, -1,  4, -6,-24,-33,-19,  3;
/M: SY='T'; M= -2,  9,-17,  5, -3,-15,-13, -8,-17, -3,-19,-15,  9,-13, -4, -6, 15, 20,-11,-29, -8, -4;
/M:         M= -7,-11,-25,-12, -1, -6,-23,-10, -4, -6, -2, -2,-10, -9, -4, -9,-11, -9, -6,-21, -6, -3;
/M: SY='E'; M= -2, 11,-27, 17, 26,-32,-15,  1,-27,  7,-21,-15,  3, -7, 17, -1,  0, -9,-24,-28,-16, 21;
/M: SY='E'; M=-10,  0,-26,  3, 11,-21,-20, -5,-13,  2, -9, -4, -4,-13, 11, -2, -4, -7,-14,-24, -8, 11;
/M: SY='I'; M= -4,-28,-22,-33,-24,  3,-31,-25, 30,-27, 29, 16,-25,-25,-21,-24,-21, -8, 22,-21, -3,-24;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-14,  4,  9,-24,-17, -8,-19,  8,-20,-10,  3,-13,  5,  1,  1, -2,-15,-30,-15,  7;
/M: SY='Q'; M=  2,  4,-24,  1, 11,-26,-13, -3,-18,  6,-18,-10,  6,-12, 15,  6,  1, -6,-19,-25,-15, 12;
/M: SY='K'; M=-10, -9,-19, -9,  3,-16,-24, -4,-13, 10, -4, -2,-10,-18, -1,  4,-14,-10, -9,-24, -7,  1;
/M: SY='I'; M= -2,-14,-23,-21,-13,-12,-22,-15,  7, -6, -2,  5, -7,-17, -4, -1, -5, -3,  4,-23, -8,-11;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-24,  6, 20,-27,-15, -2,-23,  8,-21,-13,  5, -9, 17,  8,  5, -1,-21,-27,-16, 18;
/M: SY='L'; M=-11,-18,-22,-20,-15, -2,-17,-11,  7,-16, 23, 23,-19,-24,-10, -8,-21,-11,  1,-21, -5,-13;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-18,-29,-21,  6,-28,-18, 19,-24, 36, 22,-26,-27,-18,-18,-22, -4, 14,-22, -2,-19;
/M: SY='E'; M=-12, 16,-26, 19, 24,-26,-15,  0,-23,  4,-19,-16, 12,-11, 10,  2, -1, -7,-22,-32,-17, 17;
/M: SY='A'; M= 10,  1,-16, -8, -9,-17, -3,-10,-13, -6,-15, -7,  8,-15, -6, -5,  8,  7, -8,-28,-16, -8;
/M: SY='L'; M= -3,-27,-18,-29,-21,  5,-27,-20, 19,-25, 37, 19,-27,-27,-19,-19,-23, -8, 15,-21, -3,-20;
/M: SY='Q'; M= -2, -8,-13,-10, -5,-20,-12,-11,-13, -1, -9, -3, -7,-17,  2, -1, -4, -5,-10,-25,-13, -2;
/M: SY='D'; M=-14, 28,-30, 42, 31,-35, -9, -2,-36,  6,-26,-24, 10, -7,  7, -4, -1,-11,-29,-34,-20, 19;
/M: SY='I'; M= -7,-26,-22,-31,-24,  0,-32,-25, 30,-25, 20, 16,-20,-22,-19,-23,-14, -3, 23,-23, -3,-24;
/M: SY='E'; M=-10, 12,-27, 15, 34,-25,-18, -3,-22,  7,-19,-16,  9, -6, 10, -1,  1, -4,-23,-31,-17, 22;
/M: SY='I'; M= -8,-17,-20,-22,-14,  8,-27,-20, 13,-19,  9,  4,-12,-21,-18,-17,-10,  1, 11,-21, -2,-16;
/M: SY='A'; M= 38,-10,-10,-18,-10,-18, -4,-19, -8,-11,-11,-10, -9,-12,-10,-18, 13,  5,  3,-24,-19,-10;
/M: SY='S'; M= -2,  0,-18, -7, -7, -4,-13, -5,-12, -6,-16,-11,  7,-16, -4, -7, 10, 10,-10,-21,  1, -6;
/M: SY='R'; M= -7,  5,-25,  2,  3,-24,-12, -2,-21, 11,-23, -9, 11, -7,  9, 13,  3, -3,-20,-28,-15,  5;
/M: SY='L'; M= -7,-22,-22,-24,-13, -1,-27,-18, 17,-23, 24, 11,-19,-22,-11,-18,-14, -6,  8,-24, -5,-13;
/M: SY='I'; M= -8,-20,-23,-23,-16, -5,-27,-18, 15,-15, 15, 10,-16,-16,-13,-14,-17, -8,  9,-24, -6,-16;
/M: SY='K'; M= -6, -7,-14, -9, -5,-23, -8,-14,-21, 10,-20,-10, -3,-10, -4,  5, -5, -8,-15,-26,-16, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 28 in 28 different sequences
Number of true positive hits 28 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 90.32 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PARP alpha-helical
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
28 sequences

PARP1_ARATH (Q9ZP54), PARP1_BOVIN (P18493), PARP1_CHICK (P26446), 
PARP1_CRIGR (Q9R152), PARP1_HUMAN (P09874), PARP1_MAIZE (Q9ZSV1), 
PARP1_MOUSE (P11103), PARP1_ONCMA (Q08824), PARP1_ORYSJ (Q7EYV7), 
PARP1_RAT   (P27008), PARP1_XENLA (P31669), PARP2_ARATH (Q11207), 
PARP2_HUMAN (Q9UGN5), PARP2_MAIZE (O50017), PARP2_MOUSE (O88554), 
PARP3_ARATH (Q9FK91), PARP3_HUMAN (Q9Y6F1), PARP3_MEDTR (Q1SGF1), 
PARP3_ORYSJ (Q0E0Q3), PARP3_SOYBN (Q9SWB4), PARP4_HUMAN (Q9UKK3), 
PARP_DROME  (P35875), PARP_SARPE  (Q11208), PME1_CAEEL  (Q9N4H4), 
PME2_CAEEL  (Q09525), PME5_CAEEL  (Q9TXQ1), PRP2A_ORYSJ (Q5Z8Q9), 
PRP2B_ORYSJ (Q0JMY1)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

PAR16_HUMAN (Q8N5Y8), PAR16_MOUSE (Q7TMM8), PAR16_RAT   (Q5U2Q4)

		
PDB
[Detailed view]
39 PDB

1A26; 1EFY; 1GS0; 1PAX; 1UK0; 1UK1; 1WOK; 2PAW; 2PAX; 2RCW; 2RD6; 3C49; 3C4H; 3CE0; 3FHB; 3GJW; 3GN7; 3KCZ; 3KJD; 3L3L; 3L3M; 3PAX; 4DQY; 4GV0; 4GV2; 4GV4; 4GV7; 4HHY; 4HHZ; 4L6S; 4L6Z; 4L70; 4L7L; 4L7N; 4L7O; 4L7P; 4L7R; 4L7U; 4PAX
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission