ID HTH_RPIR; MATRIX. AC PS51071; DT 01-JAN-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE RpiR-type HTH domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=77; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2726376; R2=0.0145922; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5058.8837891; R2=3.9102941; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=468; H_SCORE=6889; N_SCORE=9.1; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=290; H_SCORE=6193; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='M'; M=-7,-16,-20,-23,-18,-3,-15,-7,9,-13,6,27,-13,-19,-6,-13,-7,1,4,-19,2,-13; MA /M: SY='G'; M=-7,9,-25,7,-5,-24,16,-8,-25,-10,-19,-15,13,-18,-5,-11,1,-6,-23,-28,-20,-5; MA /M: SY='L'; M=-6,-23,-20,-24,-21,0,-13,-16,10,-21,13,9,-20,-25,-18,-18,-13,-7,11,-19,0,-20; MA /M: SY='L'; M=-3,-21,-20,-23,-11,0,-26,-19,12,-22,29,10,-22,-22,-14,-18,-17,-3,6,-22,-5,-13; MA /M: SY='E'; M=1,-3,-23,-4,10,-20,-16,-11,-11,-6,-11,-10,-3,0,3,-10,3,1,-12,-28,-16,5; MA /M: SY='R'; M=-13,-11,-28,-12,-3,-14,-24,-6,-12,18,-10,-2,-8,-18,4,21,-13,-9,-9,-15,1,-1; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-27,-37,-27,3,-37,-27,41,-30,29,20,-23,-23,-20,-27,-23,-10,24,-20,0,-27; MA /M: SY='R'; M=-10,2,-27,2,14,-27,-10,-2,-27,17,-24,-13,6,-12,15,22,1,-7,-24,-26,-15,13; MA /M: SY='E'; M=-4,8,-21,5,15,-23,-10,0,-18,0,-21,-8,12,-11,15,-2,12,1,-20,-32,-16,15; MA /M: SY='M'; M=-5,-14,-26,-16,-6,-15,-21,-2,-4,0,-1,8,-11,-9,1,0,-13,-10,-7,-22,-6,-4; MA /M: SY='Y'; M=-11,-15,-27,-16,-11,-2,-16,-3,-5,-5,-2,0,-12,-21,-2,-6,-12,-9,-9,-6,18,-8; MA /M: SY='N'; M=-7,10,-22,9,13,-18,-11,6,-22,-3,-23,-15,14,-12,10,-4,10,-1,-22,-30,-12,11; MA /M: SY='E'; M=-8,3,-27,7,11,-28,0,0,-31,11,-27,-16,4,-12,4,8,1,-8,-24,-27,-16,7; MA /M: SY='L'; M=-7,-25,-20,-30,-22,20,-17,-18,7,-25,24,13,-22,-26,-22,-19,-20,-10,3,-13,3,-21; MA /M: SY='T'; M=1,5,-16,-4,-5,-17,-13,-13,-15,-2,-18,-13,9,-5,-6,-6,14,25,-10,-31,-15,-6; MA /M: SY='E'; M=-10,4,-32,9,16,-31,-9,-7,-28,10,-27,-17,2,13,7,0,-4,-10,-28,-28,-20,11; MA /M: SY='S'; M=6,11,-13,4,-2,-19,-2,-6,-18,-7,-27,-18,23,-13,-2,-8,27,15,-14,-38,-19,-2; MA /M: SY='E'; M=-12,17,-30,28,53,-32,-18,0,-32,8,-22,-22,3,-2,17,-2,0,-10,-30,-32,-20,35; MA /M: SY='R'; M=-7,-6,-26,-7,4,-18,-17,-5,-23,19,-21,-8,-1,-14,13,23,-2,-6,-18,-19,-8,8; MA /M: SY='K'; M=-12,-2,-28,-3,5,-25,-20,1,-28,35,-25,-9,1,-13,8,32,-7,-6,-19,-22,-7,5; MA /M: SY='I'; M=-9,-30,-25,-36,-27,3,-36,-27,39,-29,29,19,-24,-24,-21,-26,-23,-9,25,-21,-1,-27; MA /M: SY='A'; M=34,-16,-13,-24,-15,-13,-9,-22,2,-15,0,-3,-15,-15,-14,-21,2,-2,9,-21,-15,-15; MA /M: SY='D'; M=-15,22,-30,33,31,-33,-16,-2,-34,14,-26,-21,8,-7,10,8,-3,-10,-27,-31,-17,20; MA /M: SY='Y'; M=-16,-22,-26,-25,-22,30,-27,-3,-1,-16,-1,-3,-20,-27,-19,-14,-16,-3,-4,26,45,-21; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-36,-26,4,-36,-26,38,-30,32,20,-24,-24,-20,-26,-24,-10,22,-20,0,-26; MA /M: SY='L'; M=-10,-24,-22,-24,-13,1,-28,-16,12,-19,36,15,-24,-26,-9,-13,-25,-10,3,-20,-2,-11; MA /M: SY='N'; M=6,7,-19,4,3,-21,-8,-7,-19,2,-18,-14,9,-13,-1,-1,6,-1,-15,-29,-17,1; MA /M: SY='N'; M=-8,16,-24,15,5,-26,-8,15,-25,-4,-28,-17,21,-3,5,-5,9,-2,-25,-36,-14,4; MA /M: SY='P'; M=-7,-16,-30,-12,-6,-22,-10,-17,-16,-5,-18,-12,-13,27,-9,-6,-6,-7,-15,-27,-21,-10; MA /M: SY='D'; M=-13,24,-25,29,9,-29,-12,13,-30,5,-27,-18,17,-13,2,-1,3,-3,-24,-34,-11,5; MA /M: SY='N'; M=-2,2,-19,-4,-3,-14,-9,-10,-10,-6,-7,-8,7,-17,-7,-8,0,3,-9,-28,-14,-5; MA /M: SY='V'; M=6,-21,-5,-28,-21,0,-23,-24,11,-22,5,2,-17,-22,-20,-22,-6,-3,13,-23,-8,-21; MA /M: SY='I'; M=-7,-17,-7,-21,-16,-9,-26,-15,6,-14,-4,0,-11,-21,-7,-11,-3,0,6,-24,-3,-13; MA /M: SY='H'; M=0,3,-24,5,12,-21,-14,21,-23,-3,-18,-11,1,-12,8,-6,2,-7,-20,-24,-1,8; MA /M: SY='L'; M=-5,-18,-10,-19,-13,-8,-21,-17,0,-14,6,5,-16,-11,-12,-13,-7,-3,2,-28,-11,-13; MA /M: SY='S'; M=11,2,-13,-2,-4,-20,5,-11,-20,-10,-26,-18,11,-12,-4,-11,29,14,-12,-35,-20,-4; MA /M: SY='I'; M=-4,-25,-21,-30,-24,-3,-30,-26,31,-24,11,10,-18,-21,-19,-23,-8,-2,26,-26,-6,-24; MA /M: SY='N'; M=3,7,-21,5,4,-25,-8,-5,-23,10,-25,-15,11,-12,6,7,9,0,-17,-29,-16,4; MA /M: SY='E'; M=-2,9,-27,14,27,-29,-17,-4,-20,2,-17,-13,0,-7,15,-6,0,-8,-20,-28,-17,21; MA /M: SY='L'; M=-9,-28,-21,-32,-23,5,-30,-20,28,-25,34,26,-26,-26,-18,-20,-24,-9,19,-21,-1,-22; MA /M: SY='A'; M=44,-9,-10,-17,-9,-20,0,-19,-11,-10,-13,-11,-7,-10,-9,-19,14,3,-1,-23,-20,-9; MA /M: SY='K'; M=-5,4,-26,2,12,-26,-9,-6,-23,15,-20,-11,6,-12,9,7,-3,-9,-22,-25,-15,11; MA /M: SY='E'; M=11,-3,-22,-5,13,-24,-13,-2,-18,5,-13,-9,-5,-10,8,-3,-1,-7,-15,-23,-13,10; MA /M: SY='A'; M=17,-16,8,-21,-14,-12,-13,-20,-7,-19,2,-5,-14,-20,-14,-20,1,-1,-1,-28,-16,-14; MA /M: SY='G'; M=3,3,-25,0,-9,-28,34,-11,-31,-12,-27,-18,10,-17,-7,-13,6,-10,-25,-26,-25,-8; MA /M: SY='V'; M=1,-23,-12,-25,-24,-4,-26,-26,21,-19,3,5,-21,-24,-23,-19,-1,6,35,-31,-11,-24; MA /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; MA /M: SY='S'; M=8,-2,-13,-2,-3,-22,11,-12,-23,-12,-30,-20,8,-12,-3,-12,34,14,-13,-37,-22,-3; MA /M: SY='E'; M=-10,7,-28,13,35,-31,-17,0,-28,13,-23,-15,2,-6,22,9,2,-7,-26,-28,-16,28; MA /M: SY='A'; M=31,-7,-12,-12,-6,-21,-1,-16,-14,-10,-19,-14,-4,-3,-6,-16,19,6,-6,-28,-21,-6; MA /M: SY='S'; M=12,-4,-11,-9,-6,-16,-7,-13,-12,-10,-17,-8,1,-11,-4,-12,24,20,-4,-32,-16,-5; MA /M: SY='I'; M=-5,-30,-20,-35,-29,1,-35,-29,38,-25,17,15,-25,-25,-25,-25,-16,-5,38,-25,-5,-29; MA /M: SY='V'; M=-4,-22,-16,-27,-25,-1,-29,-25,27,-21,11,9,-19,-25,-23,-20,-10,1,32,-27,-7,-25; MA /M: SY='R'; M=-16,-6,-30,-6,4,-24,-20,-4,-30,37,-24,-10,0,-16,10,56,-10,-10,-20,-20,-10,4; MA /M: SY='F'; M=-15,-30,-19,-36,-28,54,-30,-21,8,-29,20,6,-24,-30,-34,-20,-21,-9,8,-2,18,-28; MA /M: SY='C'; M=9,-12,36,-20,-17,-15,-17,-20,-18,-17,-15,-14,-10,-23,-16,-20,5,7,-6,-31,-15,-17; MA /M: SY='R'; M=-13,-3,-30,-3,10,-30,-20,-2,-27,33,-24,-7,0,-13,24,37,-7,-10,-23,-20,-10,15; MA /M: SY='K'; M=-6,-6,-23,-8,0,-20,-20,-12,-12,14,-13,-5,-4,-13,5,6,-1,3,-9,-24,-9,2; MA /M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-21,7,-30,-18,24,-27,41,27,-27,-27,-17,-20,-27,-10,13,-20,0,-20; MA /M: SY='G'; M=-2,-1,-29,-2,-15,-30,58,-16,-38,-17,-30,-21,7,-19,-17,-18,1,-18,-30,-23,-28,-16; MA /M: SY='F'; M=-9,-23,-21,-28,-22,35,-26,-10,3,-21,12,3,-20,-26,-23,-17,-16,-5,0,3,28,-22; MA /M: SY='K'; M=-8,5,-24,1,6,-26,-13,-3,-25,23,-27,-13,11,-13,12,22,4,-2,-21,-27,-14,8; MA /M: SY='G'; M=1,-9,-29,-9,-19,-29,65,-19,-39,-19,-30,-20,1,-19,-19,-19,3,-17,-29,-21,-29,-19; MA /M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-35,-27,66,-30,-9,0,-25,7,0,-20,-30,-32,-17,-20,-10,-3,15,44,-27; MA /M: SY='Q'; M=-5,-4,-24,-4,6,-27,-15,-6,-21,6,-24,-11,0,4,17,7,9,4,-20,-28,-16,10; MA /M: SY='D'; M=-9,24,-27,32,32,-32,-13,0,-30,4,-24,-21,12,-7,12,-4,2,-8,-28,-33,-19,22; MA /M: SY='F'; M=-16,-30,-20,-36,-26,50,-30,-20,9,-30,27,9,-24,-30,-31,-20,-24,-10,4,-3,17,-26; MA /M: SY='R'; M=-14,-4,-30,-4,6,-26,-20,-6,-30,42,-26,-10,0,-14,10,46,-10,-10,-20,-20,-10,6; MA /M: SY='V'; M=-4,-25,-17,-28,-23,0,-27,-20,24,-21,18,19,-22,-25,-18,-19,-12,-3,25,-26,-6,-21; MA /M: SY='A'; M=10,-4,-19,-7,-2,-11,-13,-6,-15,-4,-9,-9,-5,-14,-6,-6,-1,-2,-9,-21,-9,-4; MA /M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-31,-22,10,-32,-18,24,-27,38,17,-27,-28,-20,-21,-26,-9,14,-16,7,-22; MA /M: SY='A'; M=20,-9,-17,-14,-2,-17,-11,-17,-6,-6,-7,-7,-8,-12,-5,-13,5,-1,-2,-24,-15,-4; MA /M: SY='Q'; M=-8,-3,-28,-1,1,-24,-4,-12,-20,1,-21,-12,-4,-15,3,-4,-4,-10,-17,-10,-12,2; MA /M: SY='E'; M=-5,13,-24,21,23,-23,-13,-2,-26,-1,-22,-20,4,-9,5,-7,7,-3,-21,-27,-9,13; MA /M: SY='L'; M=-12,-15,-24,-16,-11,8,-28,-14,8,-20,17,5,-16,-22,-15,-17,-16,-5,2,-15,7,-13; MA /M: SY='A'; M=20,-6,-14,-10,-3,-21,-6,-14,-13,-3,-18,-11,-3,-12,0,-9,16,6,-4,-28,-17,-2; MA /M: SY='N'; M=-2,6,-23,0,4,-26,-12,-3,-20,8,-24,-12,13,-4,12,6,5,0,-21,-28,-16,7; MA /M: SY='Q'; M=-1,-6,-23,-6,3,-20,-10,-7,-17,2,-20,-10,-5,-7,6,-3,4,-3,-13,-22,-8,4; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=47(47); /POSITIVE=47(47); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=window20; CC /AUTHOR=PS_Langendijk_Genevaux; CC /TAXO-RANGE=???P?; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH rpiR-type; CC /VERSION=5; DR Q39IQ1 , GLK_BURL3 , T; Q62HW8 , GLK_BURMA , T; DR Q1BYA7 , GLK_BURO1 , T; Q3JPP0 , GLK_BURP1 , T; DR Q63RQ7 , GLK_BURPS , T; Q2SYA5 , GLK_BURTA , T; DR Q143F8 , GLK_PARXL , T; P54717 , GLVR_BACSU , T; DR P46118 , HEXR_ECOLI , T; O68281 , HEXR_PSEAE , T; DR Q88P32 , HEXR_PSEPK , T; A8ADG3 , MURR_CITK8 , T; DR A7ZPM7 , MURR_ECO24 , T; B7LCH1 , MURR_ECO55 , T; DR Q8XBJ3 , MURR_ECO57 , T; B5YZX2 , MURR_ECO5E , T; DR C6UQ16 , MURR_ECO5T , T; B7NPW3 , MURR_ECO7I , T; DR B7M6T6 , MURR_ECO8A , T; C5W7D8 , MURR_ECOBD , T; DR C6UMS6 , MURR_ECOBR , T; C4ZVV8 , MURR_ECOBW , T; DR B1XA98 , MURR_ECODH , T; A8A2S4 , MURR_ECOHS , T; DR B1IX45 , MURR_ECOLC , T; P77245 , MURR_ECOLI , T; DR B7N617 , MURR_ECOLU , T; B6I503 , MURR_ECOSE , T; DR B1LMM1 , MURR_ECOSM , T; B7LKK8 , MURR_ESCF3 , T; DR A9MIE1 , MURR_SALAR , T; B2TX16 , MURR_SHIB3 , T; DR Q31Y52 , MURR_SHIBS , T; Q32DC7 , MURR_SHIDS , T; DR Q0T281 , MURR_SHIF8 , T; Q83K75 , MURR_SHIFL , T; DR Q3YZB5 , MURR_SHISS , T; P0ACS8 , RPIR_ECOL6 , T; DR P0ACS7 , RPIR_ECOLI , T; P44540 , Y143_HAEIN , T; DR P26833 , Y189_CLOPE , T; Q97MK5 , Y191_CLOAB , T; DR Q8RD36 , Y211_CALS4 , T; Q9WYG1 , Y326_THEMA , T; DR P46117 , YARA_PROST , T; Q45581 , YBBH_BACSU , T; DR P37767 , YFHH_ECOLI , T; 3D 2O3F; PR PRU00390; DO PDOC51071; //