Entry: PS51074

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_DPH
Accession [info] PS51074
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51074
Associated ProRule [info] PRU00456

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger DPH-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=57;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=52;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5419047; R2=0.0187807; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=539.03896; R2=21.33766; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=451; N_SCORE=11.0; H_SCORE=7303; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=211; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5041; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M= -7,-19,-17,-21,-20,  2,-10,-16, -3,-20, -9, -6,-14,-25,-19,-22, -9, -7, -1,-11, -1,-20;
/M: SY='Y'; M= -8,-18,-17,-17,-13,  0,-24, -2, -5,-15, -1, -4,-14,-23,-11,-16,-11,-12, -6,-14,  9,-14;
/M: SY='D'; M= -8, 16,-25, 27, 15,-26,-13,-11,-23, -5,-26,-19,  1,-12,  1,-11,  2, -6,-21,-34,-24,  8;
/M: SY='E'; M= -8, -5,-27,  0, 18,-20,-24, -8,-10, -3,-13, -8, -8,-15,  6, -9, -4, -6, -5,-28,-15, 14;
/M: SY='I'; M= -6,-26,-13,-27,-21, -1,-31,-21, 21,-21,  8,  6,-24,-24,-18,-25,-15, -5, 21,-23, -4,-20;
/M: SY='E'; M= -7,  6,-23,  8, 16,-25,-15, -2,-25,  4,-25,-16,  5,-13,  6, -1,  7, -2,-21,-29,-17, 12;
/M: SY='L'; M= -9,-31,-13,-31,-23, -4,-36,-26, 18,-17, 24, 12,-25,-27,-18,-18,-16, -9, 11,-25,-12,-23;
/M: SY='E'; M=-11, 17,-32, 26, 28,-29,-15, -5,-27,  4,-30,-21,  4,-11,  9, -5,  1, -8,-22,-34,-23, 20;
/M: SY='D'; M=-14, 23,-31, 38, 22,-29,-14,-10,-28, -6,-33,-24,  3, -4,  3,-15, -1,-10,-24,-37,-27, 13;
/M: SY='F'; M=-14,-28,-15,-29,-24, 21,-30,-16,  4,-18, 10, 18,-21,-29,-15,-17,-14,-11, -1, -6,  5,-20;
/M: SY='E'; M= -8,  3,-29,  8, 23,-24,-18, -7,-21,  5,-22,-13,  0,-12, 10, -4,  3, -2,-14,-28,-18, 19;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='Y'; M=-15,-25,-19,-25,-21, 17,-19, -8, -7,-21, -8, -4,-22,-29,-17,-21,-17,-15, -8, 13, 20,-21; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='D'; M= -9, 11,-26, 15, 12,-26,-13, -6,-21, -4,-25,-18,  9,-11,  1, -8,  3, -3,-18,-34,-21,  7;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-29,  3, 18,-24,-13, -5,-25,  2,-23,-15, -3, -8,  9, -4, -2,-10,-17,-26,-14, 14;
/M: SY='D'; M= -8, 10,-31, 18, 15,-28,  4, -8,-30, -5,-32,-23,  2,-13,  3,-11,  1, -9,-23,-29,-24, 10;
/M: SY='E'; M= -8, -4,-24, -2,  7,-21,-18,-12,-14,  2,-11, -5, -4,-15,  2, -6,  0, -2,-10,-27,-18,  5;
/M: SY='E'; M=-12,  1,-25,  3,  8,-21,-13, -7,-23, -2,-22,-14, -2,-17,  4, -6, -5,-11,-19,-22,-16,  6;
/M: SY='T'; M=  0, -8,-13, -6, -5,-19,-11,-17,-11, -8,-13, -8, -5,-14, -7,-14,  7,  8, -6,-26,-19, -6;
/M: SY='Y'; M=-19,-32,-18,-32,-26, 34,-30, -5, -3,-25,  0, -2,-28,-35,-21,-26,-21,-18, -8, 19, 35,-26;
/M: SY='F'; M=-10,-21,-16,-20,-18, 12,-25, -7, -2,-18, -2, -2,-17,-25,-15,-19, -8, -5, -4, -8, 12,-18;
/M: SY='Y'; M=-14,-25,-18,-26,-14, 10,-29,  1, -6,-10, -3,  1,-18,-25, -7,-11,-16,-14, -5, -1, 27,-14;
/M: SY='P'; M= -9, -6,-24,  1, -5,-23,-16,-13,-24,-10,-25,-17, -7, 21, -7,-17, -2, -3,-18,-30,-18, -6;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-15,-30,-15, -5,-35,-20,-10,-30,  4,-25,-15,-10, 27,  0, 14,-10,-10,-25,-35,-25, -5;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='G'; M=  0, -9,-29, -9,-14,-29, 47,-17,-37,-16,-36,-25,  0,-18,-11,-16,  1,-17,-28,-21,-27,-13;
/M: SY='D'; M=-11, 11,-26, 19,  2,-18,  0, -7,-24,-13,-29,-22,  3,-16, -7,-18, -1,-11,-22,-28,-17, -3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M:         M= -9,-11,-24,-13, -8,-12, -5,-10,-19, -4,-17,-12, -6,-20, -7, -5, -5, -8,-16,-18, -8, -9;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-19,-30,-28, 51,-31, -6,  0,-28,  0, -1,-28,-38,-26,-28,-20,-19, -8, 10, 35,-28;
/M: SY='E'; M= -5, -5,-19, -4,  6,-21,-20,-10,-10, -2,-13, -7, -5,-15,  3, -8, -1, -4, -6,-29,-16,  5;
/M: SY='I'; M= -9,-32,-12,-32,-27,  4,-32,-27, 21,-24, 19, 10,-28,-28,-24,-26,-19, -8, 17,-20, -6,-27;
/M: SY='T'; M=  0, -4,-16, -4, -4,-23,-12,-14,-18, -4,-17,-12,  3, -2, -5,-10, 14, 17,-13,-29,-21, -4;
/M: SY='E'; M= -6, -5,-28, -2, 18,-24,-22,-10,-18,  8,-14, -9, -7,-10,  7, -2, -2, -8,-12,-29,-18, 14;
/M: SY='D'; M=-11, 19,-31, 28, 27,-29,-12, -4,-28,  1,-31,-21,  8,-11,  9, -6,  4, -7,-24,-34,-23, 20;
/M: SY='D'; M=-11, 13,-27, 23, 16,-24,-17, -8,-20, -5,-22,-16,  0,-13,  2,-12, -3, -9,-17,-32,-21, 10;
/M: SY='L'; M= -7,-27, -9,-27,-19, -5,-31,-22,  7,-16, 17, 10,-22,-25,-10,-16,-13, -8,  3,-20, -8,-18;
/M: SY='E'; M=-10, -1,-29,  3, 11,-22,-10, -7,-24, -3,-23,-15, -4,-13,  5, -5, -5,-12,-19,-25,-15,  8;
/M: SY='E'; M=-10,  8,-31, 10, 22,-27,-13, -3,-26,  4,-24,-15,  7,-13, 13, -1,  2, -6,-21,-29,-19, 18;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='G'; M= -5,-10,-25, -8, -6,-14,  7, -6,-23,-13,-24,-17, -6,-16, -9,-16, -4,-13,-17,-18, -6, -8;
/M: SY='E'; M= -7, -1,-27,  3, 18,-19,-19, -5,-19,  0,-20,-12, -3,-14,  9, -5,  2, -2,-13,-23,-10, 15;
/M: SY='V'; M= -6,-10,-19, -6, -3,-16,-20,-20,  3,-13, -5, -4,-13,-18,-10,-20, -9, -4,  7,-30,-17, -6;
/M: SY='I'; M= -7,-31, -2,-31,-27, -3,-36,-28, 28,-25, 16,  9,-30,-27,-25,-28,-19, -8, 25,-26, -7,-27;
/M: SY='V'; M=  6,-24,-10,-24,-16, -9,-20,-20,  4,-15,  0, -1,-21,-11,-14,-20, -6, -1, 10,-24, -8,-16;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Q'; M= -6, -6,-21, -5,  8,-24,-17, -9,-16,  1,-16, -6, -6, -8, 13, -2, -2, -5, -9,-25,-15, 10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='C'; M=  0,-30, 90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
/M: SY='P'; M= -4, -3,-25,  3, -2,-30,  0,-14,-27, -8,-28,-17, -3, 10, -3,-14,  2, -7,-21,-31,-25, -3;
/M: SY='S'; M=  8, -4,-14, -3, -1,-15, -3,-12,-18, -5,-19,-12,  0,-13, -4,-12, 22,  4,-16,-26,-17, -2;
/M: SY='C'; M= -1,-28, 80,-29,-37,-21,-29,-28,-12,-26,-11,-10,-28,-29,-27,-23,-10,-10,-12,-21,-20,-28;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-11, -3, -3,-13, -3,-10,-18, -3,-18, -9,  6,-12, -3,-12, 34,  9,-18,-26,-16, -3;
/M: SY='L'; M= -8,-36,-10,-36,-27, -2,-36,-28, 19,-19, 32, 16,-27,-28,-19,-20,-15, -8, 11,-22,-11,-27;
/M: SY='W'; M=-11,-25,-11,-25,-20, -7,-25,-21, -4,-16, -4,  1,-22,-18,-15,-20,-10, -5, -3,  5, -6,-19;
/M: SY='I'; M= -7,-26,-11,-24,-22, -6,-34,-28, 24,-23, 16,  8,-25,-25,-22,-26,-16, -6, 21,-28,-12,-23;
/M: SY='K'; M=-12, -8,-25,-11,  6,-20,-22, -6,-24, 14,-19,-10, -7,-17,  7,  9, -6, -8,-18,-13, -9,  5;
/M: SY='V'; M= -2,-29,-10,-29,-21, -8,-30,-28, 24,-19, 13, 10,-26,-22,-19,-26,-14, -1, 28,-28,-11,-21;
/M: SY='I'; M=-11,-14,-13,-17,-14,-14,-27,-19,  3, -9,  0, -1,-11,-23,-12,-13,-11, -6,  2,-24,-14,-14;
/M: SY='Y'; M=-16,-22,-22,-23,-15, 15,-27,  7,-13,-14,-12, -8,-17,-19, -8,-14,-15,-14,-12,  0, 30,-14;
/M: SY='D'; M= -9,  9,-26, 14,  8,-19, -8, -6,-23, -7,-26,-18,  5,-15,  1,-13,  1, -7,-19,-27,-14,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 40 in 40 different sequences
Number of true positive hits 40 in 40 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] DPH-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
40 sequences

DJC24_BOVIN (Q0VBY7), DJC24_HUMAN (Q6P3W2), DJC24_MOUSE (Q91ZF0), 
DPH3B_HUMAN (Q9H4G8), DPH3_ASHGO  (Q74Z32), DPH3_ASPFU  (Q4WPU8), 
DPH3_BOVIN  (Q1LZC9), DPH3_CAEEL  (Q21102), DPH3_CANGA  (Q6FXS6), 
DPH3_CRIGR  (Q6VUC1), DPH3_CRYNB  (P0CN23), DPH3_CRYNJ  (P0CN22), 
DPH3_DEBHA  (Q6BTW5), DPH3_DROME  (Q9VGQ9), DPH3_EMENI  (P0C0V4), 
DPH3_ENCCU  (Q8STR6), DPH3_GIBZE  (Q4I9U7), DPH3_HUMAN  (Q96FX2), 
DPH3_KLULA  (Q6CMG4), DPH3_MACFA  (Q4R312), DPH3_MOUSE  (Q8K0W9), 
DPH3_NEUCR  (Q7SC15), DPH3_PONAB  (Q5R7N8), DPH3_SCHPO  (Q9UT33), 
DPH3_USTMA  (Q4P8G2), DPH3_YARLI  (Q6C0G3), DPH3_YEAST  (Q3E840), 
DPH4_ASHGO  (Q752D7), DPH4_ASPFU  (Q4WPF7), DPH4_CANAL  (Q5AD49), 
DPH4_CANGA  (Q6FWM1), DPH4_DEBHA  (Q6BPC1), DPH4_DICDI  (Q54CI5), 
DPH4_EMENI  (P0C0V5), DPH4_GIBZE  (Q4I7G0), DPH4_KLULA  (Q6CUQ9), 
DPH4_NEUCR  (Q7SEK8), DPH4_SCHPO  (Q9UUG3), DPH4_YARLI  (Q6C6T1), 
DPH4_YEAST  (P47138)
» More

PDB
[Detailed view]
5 PDB

1WGE; 1YOP; 1YWS; 2JR7; 2L6L

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission