Entry: PS51079

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] MBT
Accession [info] PS51079
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51079
Associated ProRule [info] PRU00459

Name and characterization of the entry

Description [info] MBT repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=99;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8430536; R2=0.0167141; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4388.48171; R2=22.33841; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=608; N_SCORE=12.0; H_SCORE=16630; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=279; N_SCORE=6.5; H_SCORE=10621; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-40; I=-40; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M=-10,-20,-19,-27,-20, 36,-23,-15, -4,-18,  1, -1,-14,-23,-23,-14, -8, -1, -3,  0, 16,-19;
/M: SY='D'; M= -7, 22,-24, 28, 13,-29, -9,  5,-30,  1,-27,-20, 14,-11,  4, -3,  9, -3,-23,-35,-16,  8;
/M: SY='W'; M=-19,-36,-48,-36,-28,  6,-16,-22,-22,-19,-20,-19,-35,-29,-18,-19,-36,-29,-30,132, 27,-19;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-26,  3,  8,-25, -6, -4,-25,  5,-19,-12,  0, -9,  4,  2,  0, -4,-20,-26,-14,  6;
/M: SY='E'; M= -9,  4,-22,  8, 19,-28,-12, -5,-26,  3,-23,-15,  2,  1,  9,  0,  1, -7,-24,-30,-19, 13;
/M: SY='Y'; M=-14,-20,-25,-24,-20, 30,-27,  2, -1,-13,  0, -1,-16,-26,-16, -9,-14, -4, -5, 12, 46,-20;
/M: SY='L'; M=-11,-28,-21,-30,-21, 11,-30,-15, 19,-28, 41, 20,-26,-28,-19,-20,-27,-10, 10,-19,  2,-20;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-25, -8,  6,-19,-21,-10,-11,  9,-11, -3, -6,-14,  4, 10, -4, -4, -7,-24,-11,  4;
/M: SY='K'; M= -9,  2,-28,  4, 19,-25,-15, -5,-26, 20,-23,-11,  0,-10, 13, 12, -3, -8,-22,-24,-13, 16;
/M: SY='T'; M= -7, -1,-21, -3,  0,-17,-20, -3,-12,  0,-14, -8,  0,-14, -1,  2,  3,  9, -6,-29, -9, -1;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M= -2,  1,-24, -2, -5,-22, 16, -3,-26, -5,-25,-15,  9,-17, -3, -6,  6, -7,-21,-25,-14, -5;
/M: SY='A'; M= 17, -8, -9,-12, -2,-12, -8,-15,-14, -8,-14,-12, -7,-14, -8,-13,  8,  1, -6,-23,-12, -5;
/M: SY='R'; M=-12,  0,-21,  1,  5,-18,-20, -8,-15,  3,-15, -8,  0,-11,  2,  6, -5, -8,-13,-27,-12,  2;
/M: SY='A'; M= 15, -5,-18, -8, -3,-21,-11,-17,-14, -6,-17,-13, -6,  5, -7,-13,  9, 10, -7,-28,-19, -6;
/M: SY='A'; M= 23,-18,-16,-22,-14,-12,-13,-21,  2,-16,  4, -2,-17, -8,-14,-20, -2, -3,  5,-22,-15,-14;
/M: SY='P'; M= -7,-16,-37, -8,  4,-29,-19,-18,-20, -8,-27,-19,-17, 74, -7,-18, -7, -7,-27,-30,-28, -6;
/M: SY='V'; M=  1,-12,-19,-13,-11,-12,-19,-10,  0, -7, -6, -1,-11,-14, -8, -9, -2, -1,  6,-24, -6,-10;
/M: SY='E'; M= -5,  3,-22,  3,  8,-13,-16, -2,-17, -5,-12,-12,  3, -9, -2, -6,  2,  2,-16,-26, -8,  3;
/M: SY='L'; M=-11,-26, 11,-31,-24, 14,-28,-22,  2,-27, 17,  5,-24,-31,-24,-21,-20, -9,  3,-15, -1,-23;
/M: SY='F'; M=-18,-25,-22,-32,-23, 53,-29,-12, -1,-21, 10,  2,-18,-28,-29,-14,-20,-10, -2,  2, 24,-23;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='K'; M=-12,  2,-28,  1,  3,-24,-15,  1,-25, 21,-22, -9,  6,-10,  6, 21, -6, -9,-21,-25,-11,  3;
/I:         I=-10; MD=-27;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-22,  5,  7,-21,-14, -1,-15,  1,-14, -9, -1,  0,  6, -1, -3, -5,-15,-23,-12,  6; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-27;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-19, -9, -5,-10,-15, -2, -6, -1, -6, -1, -5, -4, -1,  2, -5, -4, -7,-17, -3, -5; D=-10;
/I:         I=-10; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='H'; M= -1, -6,-24, -7, -2,-20, -1,  5,-16, -7,-16, -5, -3, -2,  3, -9, -3, -9,-17,-19, -8, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-27;
/M: SY='T'; M= -2, -6,-10, -7, -9,-14,-18,-16, -7, -5,-11, -6, -6,-18,-10, -5,  2,  3,  3,-29,-13,-10;
/M: SY='P'; M= -8, -5,-23, -2,  2,-20,-14,-10,-15, -5,-17,-12, -5,  6, -3, -8, -2, -5,-14,-27,-14, -3;
/M: SY='P'; M= -7,-17,-26,-15, -7,-12,-14,-18, -6,-12, -8, -5,-15, 12,-12,-13, -6, -3, -6,-26,-15,-11;
/M:         M= -9,-12,-27,-13, -6,-14,-13, -7,-10, -5,-10, -3, -8,-11, -1, -1, -7, -8,-12,-12, -5, -5;
/M: SY='N'; M=-11, 14,-24, 14,  2,-22, -8,  8,-23, -1,-20,-14, 16,-17, -1,  1,  2, -4,-19,-33,-12, -1;
/M: SY='N'; M= -7,  3,-18, -2, -8,-15,  4, -2,-21, -9,-16,-12,  9,-20, -7, -7, -3, -7,-20,-24,-11, -8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='F'; M=-16,-26,-20,-35,-25, 58,-30,-20,  4,-26,  8,  1,-18,-26,-33,-19,-16, -6,  4,  1, 21,-25;
/M: SY='K'; M= -4,  0,-23,  0,  8,-23,-13, -9,-21, 11,-18, -9, -1,-12,  6,  9,  1,  0,-14,-25,-14,  6;
/M: SY='V'; M= -5,-20,-12,-20,-11, -7,-26,-21,  5,-11,  1,  1,-20,-13,-14,-13,-11, -6, 12,-26,-11,-13;
/M: SY='G'; M= -3, -2,-29, -2,-15,-29, 55,-15,-38,-15,-30,-20,  7,-19,-16,-13,  0,-17,-30,-23,-28,-15;
/M: SY='M'; M= -8,-17,-20,-23,-15, -4,-19,  0, 10,-11, 11, 36,-14,-19, -2, -7,-10, -6,  5,-24, -3, -9;
/M: SY='K'; M= -9, -5,-27, -6,  3,-22,-20, -7,-18, 25,-17, -6, -2,-15,  4, 22, -9, -9,-12,-22, -9,  2;
/M: SY='L'; M= -9,-28,-20,-27,-17,  6,-30,-20, 20,-26, 39, 16,-28,-28,-19,-19,-25, -9, 13,-22, -2,-18;
/M: SY='E'; M= -9,  6,-29, 15, 52,-28,-21, -3,-26,  7,-19,-18, -3,  2, 15, -2, -1, -9,-25,-30,-20, 33;
/M: SY='A'; M= 23,-14, -1,-22,-17,-14,-11,-22, -1,-16, -4, -5,-12,-19,-16,-20,  1,  0,  8,-26,-17,-17;
/M: SY='V'; M= -1,-17,-19,-18,-13,-11,-26,-19, 13,-13,  2,  4,-17,-21, -7,-12, -7, -2, 18,-26,-10,-11;
/M: SY='D'; M=-14, 38,-28, 48, 12,-35, -4, -1,-34, -2,-29,-26, 22, -6, -2,-10,  2, -8,-29,-37,-21,  5;
/M: SY='P'; M= -8,-13,-28,-11, -4,-17,-13,-12,-15,  0,-15, -5,-10, 13, -3, -2, -5, -6,-16,-24,-15, -5;
/M: SY='Q'; M=-12,  3,-15,  0,  1,-21,-18, -4,-18,  3,-14, -6,  4,-18,  8,  4, -6, -7,-19,-21,-11,  4;
/M: SY='N'; M= -7, 18,-23, 12, 11,-23,-11,  4,-21,  3,-21,-15, 22,-14,  8,  2,  4, -1,-23,-32,-15,  9;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='P'; M= -4,-14,-24,-12, -6,-19,-19,-18,-10,-11,-15,-11,-12, 31,-10,-16, -2,  0,-13,-30,-20,-11;
/M: SY='S'; M= -6, -8,-21,-10,-10, -3, -2,-10,-18, -9,-14,-11, -3,-18, -9, -5,  5,  3,-13,-18, -2, -9;
/M:         M= -6,-11,-22,-12, -4,-10,-14,-10,-11, -3, -8, -4, -8,-17,  0, -3, -1, -1, -9,-14, -4, -2;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-23,-32,-26, 12,-33,-19, 27,-23, 12, 10,-21,-24,-21,-22,-15, -3, 21,-12, 13,-26;
/M: SY='C'; M=-12,-22, 30,-26,-22, -5,-22,-22,-24,-17,-19,-17,-18,-30,-19,-11,-11,-11,-15,  9, -7,-19;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -6,-27,-25,-26,-20, -9,-29,-25, 19,-19,  3,  6,-24,  9,-20,-22,-14, -6, 17,-27,-13,-23;
/M: SY='A'; M= 40,-12, -7,-21,-12,-17, -5,-21, -6,-12, -7, -8,-12,-13,-12,-20,  8,  0,  4,-23,-19,-12;
/M: SY='T'; M=  2, -2,-11, -9, -9,-13,-12,-18,-12,-11,-14,-12,  1,-11, -9,-11, 22, 38, -1,-32,-13, -9;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-15,-32,-30,  0,-32,-30, 35,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 45,-28, -8,-30;
/M: SY='V'; M= -2,-15,-11,-18,-15,-10,-22,-21,  7,-13,  1,  3,-15,-20,-15,-15, -6,  2, 13,-27,-11,-16;
/M: SY='E'; M= -3,  8,-25, 12, 19,-28,-12, -7,-27, 12,-23,-16,  3, -8,  8,  4,  3, -2,-20,-28,-16, 14;
/M: SY='V'; M= -2,-20,-17,-25,-23, -4,-27,-24, 23,-17,  7,  7,-16,-24,-21,-18, -9, -1, 29,-27, -9,-23;
/M: SY='V'; M= -5,-15,-11,-19,-15, -3,-24, -9,  0, -9,  1,  3,-14,-22,-13, -9,-12, -7,  4,-23, -4,-15;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M= -5,  2,-30,  5,-11,-31, 47,-11,-38,-12,-30,-20,  6,-18,-14,-15,  0,-17,-30,-24,-26,-12;
/M: SY='Y'; M=-11, -4,-28, -3, -3, -8, -3,  0,-22,  0,-17,-12, -2,-19, -3,  4, -6,-10,-20,-10,  8, -5;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='R'; M=-15, -8,-27, -8,  1,-14,-21,  1,-19, 14, -9, -6, -2,-19,  4, 32,-10, -7,-16,-20, -4,  0;
/M: SY='L'; M= -3,-27,-20,-31,-23,  9,-28,-20, 21,-25, 26, 15,-24,-26,-20,-21,-20, -8, 16,-17,  2,-22;
/M: SY='L'; M=-14,-14,-25,-16,-11,  3,-23, -8, -7, -4,  6,  3,-11,-23, -9,  6,-17,-10, -8,-11,  1,-10;
/M: SY='L'; M= -8,-27,-20,-29,-20,  3,-29,-20, 23,-25, 31, 18,-24,-26,-16,-19,-20, -7, 16,-22, -3,-19;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='H'; M=-15, -4,-12, -5, -2,-16,-20, 18,-23,  0,-14, -8,  0,-21,  1, 15, -6, -8,-18,-27, -2, -4;
/M: SY='Y'; M=-17,-24,-24,-27,-21, 38,-29, -3,  2,-17,  8,  2,-20,-29,-19,-11,-19, -9, -2,  9, 39,-20;
/I:         I=-9; MD=-23;
/M: SY='D'; M=-13, 18,-22, 29, 23,-31,-16, -4,-28,  1,-22,-20,  4,  0,  5, -5, -2, -9,-23,-32,-19, 14; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-23;
/M: SY='G'; M= -3, -2,-29,  0,-10,-29, 50,-16,-36,-15,-28,-20,  3,-12,-14,-17,  0,-17,-29,-22,-27,-13; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='W'; M=-11,-21,-30,-25,-17, 15,-17,-15,-11,-17, -6, -8,-18,-24,-15,-15,-17,-11,-15, 39, 17,-14;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D'; M=-11, 26,-26, 38, 16,-32,-11,  0,-32, -3,-27,-24, 11, -1,  1,-10,  6, -3,-25,-37,-19,  8;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -4, 14,-23, 18,  6,-27,  3, -6,-29, -3,-27,-21, 12, -8, -2, -4, 10, -1,-22,-33,-21,  1;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='S'; M= -3,  3,-11,  4,  7,-23,-12, -8,-23,  2,-23,-17,  5,-13,  1,  5, 12,  3,-14,-34,-18,  3;
/M: SY='Y'; M=-15, -3,-27, -1, -8,  6,-22, 14,-13,-10, -6, -6, -5,-18, -9, -8,-13,-11,-15, -8, 23,-10;
/M: SY='D'; M=-13, 26,-28, 38, 13,-30, -7, -6,-33, -4,-28,-26,  9,-12, -1,-11,  3, -7,-26,-19,-15,  6;
/M: SY='F'; M=-17,-21,-23,-26,-15, 42,-27, -6, -3,-19,  4,  2,-16,-25,-18,-13,-16,-10, -5,  1, 23,-15;
/M: SY='W'; M=-16,-36,-26,-37,-29,  6,-24,-29,-11,-23, -8,-12,-35,-31,-21,-21,-33,-23,-17, 92, 17,-22;
/M: SY='C'; M=-10,-24, 32,-28,-26, -1,-30,-19,  0,-22,  0, -2,-23,-33,-24,-19,-14, -7,  9,-24,  1,-26;
/M: SY='H'; M=-15, 17,-26, 17,  4,-17,-14, 32,-25, -4,-21,-13, 18,-17,  1, -4, -3,-10,-25,-29,  0,  1;
/M: SY='I'; M=  2,-16,-17,-18,-11, -5,-22,-13,  7,-14,  5,  5,-17,-17,-12,-17,-10, -6,  7,-18,  1,-13;
/M: SY='D'; M=-11,  9, -9, 14,  1,-18,-13,-11,-23, -8,-16,-17,  1,-18, -8,-12, -2, -6,-16,-25,-14, -3;
/M: SY='S'; M=  4,  6,-14,  5, -1,-21,  0,-10,-19,-10,-27,-19, 12,-12, -2,-11, 29, 14,-12,-38,-19, -2;
/M: SY='P'; M= -6,-14,-30,-12, -6,-19,-19,  1,-12,-10,-16, -7,-11, 31, -7,-12, -9, -9,-17,-25,-11,-10;
/M: SY='D'; M=-12, 15,-21, 23,  4,-19,-10, -5,-24, -7,-17,-17,  3,-16, -7, -9, -6,-10,-19,-25, -7, -2;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-28,  2,-37,-28, 41,-29, 26, 19,-23,-23,-21,-27,-21, -9, 27,-21, -1,-28;
/M: SY='H'; M=-18,-13,-26,-15,-10, 10,-24, 44,-15,-15, -3,  2, -5,-24, -6, -4,-15,-15,-16,-16, 19,-10;
/M: SY='P'; M= -9,-18,-38, -9,  0,-29,-19,-14,-20,-10,-30,-19,-17, 79, -8,-18, -7, -9,-29,-31,-27, -9;
/M: SY='V'; M=  9,-25, -9,-29,-25, -6,-24,-28, 21,-19,  5,  5,-24,-22,-24,-22, -7, -2, 33,-27,-12,-25;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-28, -7,-14,-29, 51,-15,-35,-15,-28,-18,  5,-19,-11,-15,  2,-14,-28,-22,-26,-12;
/M: SY='W'; M=-19,-38,-46,-39,-29, 17,-21,-29,-18,-21,-17,-18,-37,-29,-22,-20,-36,-25,-26,130, 29,-21;
/M: SY='C'; M= -4,-16, 81,-24,-23,-17,-24,-17,-26,-25,-19,-17,-14,-33,-23,-25, -4, -7,-10,-43,-23,-23;
/M: SY='E'; M=  5, -3,-22, -4, 14,-23,-15, -8,-17,  2,-11, -9, -5,-10, 11,  1,  2, -1,-14,-24,-15, 12;
/M: SY='K'; M= -4, -7,-23,-10,  2,-16,-18,-12,-13,  8,-11, -5, -6,-14,  3,  6, -4,  0, -9,-21, -9,  2;
/M: SY='N'; M= -8, 12,-19,  2, -3,-13,-12,  1,-14, -2,-19,-12, 22,-18,  0,  2,  6,  6,-14,-31,-12, -2;
/M: SY='G'; M= -3,  6,-25,  3, -7,-28, 31,-10,-32, -6,-30,-19, 15,-17, -7, -8,  6, -9,-27,-28,-24, -7;
/M: SY='Y'; M=-15, -6,-28, -5, -6, -6,-24, 12,-10,  2, -9, -2, -6,-20, -2,  0,-13,-11,-10,-13, 16, -6;
/M: SY='P'; M= -6,-10,-26, -8,  0,-20,-15, -9,-12, -4,-15, -9, -7,  7, -4, -6, -3, -4,-10,-28,-16, -4;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-32,-22,  7,-31,-21, 25,-28, 42, 22,-28,-28,-19,-21,-27,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-20, -7, -1,-20,-20,-10, -7, -2,-11, -2, -5,-14,  8, -2,  3,  9, -4,-26,-11,  3;
/M: SY='P'; M= -3,-18,-35,-12, -2,-27,-17,-13,-17,-10,-25,-14,-17, 66, -9,-19, -8, -9,-24,-28,-25,-10;
/M: SY='P'; M= -9,-19,-39,-10,  0,-30,-19,-20,-20,-10,-30,-20,-19, 85,-10,-20, -8, -9,-29,-30,-30,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 104 in 30 different sequences
Number of true positive hits 104 in 30 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] MBT
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
30 sequences

LIN61_CAEEL (B2D6M2), LMBL1_CHICK (E1C2V1), LMBL1_HUMAN (Q9Y468), 
LMBL1_MOUSE (A2A5N8), LMBL1_RAT   (D3ZWK4), LMBL2_BOVIN (Q1JQD9), 
LMBL2_HUMAN (Q969R5), LMBL2_MOUSE (P59178), LMBL2_PONAB (Q5R737), 
LMBL2_RAT   (Q3MIF2), LMBL3_HUMAN (Q96JM7), LMBL3_MOUSE (Q8BLB7), 
LMBL4_HUMAN (Q8NA19), LMBL4_MOUSE (B1B1A0), MBTD1_HUMAN (Q05BQ5), 
MBTD1_MOUSE (Q6P5G3), MBTD1_XENLA (Q32N90), MBTD1_XENTR (Q6DIN3), 
MBTR1_CAEEL (A0SQM0), SCMH1_HUMAN (Q96GD3), SCMH1_MOUSE (Q8K214), 
SCML2_HUMAN (Q9UQR0), SCM_DROME   (Q9VHA0), SMBT1_HUMAN (Q9UHJ3), 
SMBT1_MOUSE (Q9JMD1), SMBT1_RAT   (Q9JMD2), SMBT2_HUMAN (Q5VUG0), 
SMBT2_MOUSE (Q5DTW2), SMBT_DROME  (Q9VK33), SMBT_DROPS  (Q29L50)
» More

PDB
[Detailed view]
42 PDB

1OI1; 1OYX; 1OZ2; 1OZ3; 1WJQ; 1WJR; 1WJS; 2BIV; 2P0K; 2PQW; 2R57; 2R58; 2R5A; 2R5M; 2RHI; 2RHU; 2RHX; 2RHY; 2RHZ; 2RI2; 2RI3; 2RI5; 2RJC; 2RJD; 2RJE; 2RJF; 2VYT; 3CEY; 3F70; 3FEO; 3H6Z; 3OQ5; 3P8H; 3UT1; 3UWN; 4C5E; 4C5G; 4C5H; 4C5I; 4EDU; 4FL6; 4L59
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission