Due to maintenance work, this service will not be available Thursday August 21st between 7am and 8am CEST.
Entry: PS51141

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_SBP
Accession [info] PS51141
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51141
Associated ProRule [info] PRU00470

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger SBP-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=73;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1681914; R2=0.0085479; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-514.22477; R2=27.63073; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=741; N_SCORE=8.5; H_SCORE=16727; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=507; N_SCORE=6.5; H_SCORE=13495; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-400; E1=-400; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='A'; M=  3,-10,-15,-11, -4,-17, -9,-15,-10, -9,-12, -7, -9, -7, -7,-12,  2,  0, -4,-27,-15, -6;
/M: SY='P'; M=  0,-17,-27,-17, -8,-19,-15,-15, -8, -7,-13, -1,-15, 27, -7, -9, -7, -7,-10,-25,-19,-10;
/M: SY='R'; M= -9,-14, -3,-17,-11,-13,-23, -9,-12,  2, -9, -5,-10,-23, -7, 13, -8, -6, -4,-25, -8,-11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q'; M= -8, -2,-29, -3, 16,-36,-20,  7,-17,  7,-15,  1, -2,-11, 52,  7, -2,-10,-26,-20,-10, 34;
/M: SY='V'; M=  3,-29,-11,-30,-29, -1,-28,-29, 28,-20,  9,  9,-28,-28,-28,-20, -9,  0, 46,-29,-10,-29;
/M: SY='E'; M=-14, 15,-33, 28, 30,-32,-17, -5,-30,  1,-25,-23,  1, 19,  5, -9, -3,-10,-30,-32,-20, 16;
/M: SY='G'; M= -4,  2,-28,  1,-11,-29, 44,-13,-36,-10,-29,-20,  9,-19,-12, -9,  1,-15,-29,-25,-26,-12;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M= -5,  8,-24,  7,  9,-25,  2, -9,-27,  3,-23,-17,  8,-11,  0, -2,  5,  2,-21,-28,-18,  4;
/M: SY='A'; M= 17,-14,-15,-18, -9,-14,-15,-19,  0, -6, -2, -1,-14,-16,-11,-12, -2, -2,  9,-24,-14,-10;
/M: SY='D'; M=-18, 45,-28, 60, 19,-37,-10,  0,-37,  0,-29,-28, 22,-10,  1, -8,  2, -7,-29,-39,-20, 10;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-32,-22, 11,-31,-20, 24,-29, 42, 22,-27,-28,-20,-21,-27,-10, 13,-19,  1,-21;
/M: SY='S'; M=  3, -2,-13, -5, -3,-18, -9,-12,-17, -4,-22,-15,  5,-12,  0, -1, 26, 22, -7,-34,-16, -2;
/M: SY='N'; M= -6, 14,-24, 14, 13,-26,  0, -2,-26,  1,-26,-19, 17,-12,  2, -4,  8, -3,-23,-33,-19,  7;
/M: SY='A'; M= 17,-20,  0,-25,-19, -9,-15,-23,  2,-19,  7,  0,-19,-22,-19,-21, -6, -4, 10,-26,-14,-19;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -7, 13,-28, 20, 15,-31,  2,  0,-31, -2,-23,-18,  5, -9,  5, -7, -1,-12,-26,-29,-18,  9;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='H'; M=-19,  0,-29, -2, -3,-13,-20, 83,-25, -9,-18, -1,  9,-21,  7, -1,-10,-17,-27,-22, 26, -3;
/M: SY='R'; M=-15, -7,-24, -7,  4,-24,-20, -3,-28, 28,-22, -9, -1,-17, 14, 45, -8, -9,-20,-22,-11,  6;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10,  0,-18, 10, 64,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='H'; M=-20, -2,-30, -2, -2,-15,-21, 92,-27,-10,-18,  0,  7,-21,  8, -1,-11,-19,-28,-24, 26, -2;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4,  6,-26,-20, -6,-30, 42,-26,-10,  0,-14, 10, 47,-10,-10,-20,-20,-10,  6;
/M: SY='V'; M= -1,-30,-13,-31,-30,  0,-31,-30, 33,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 47,-29, -9,-30;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-24, 16, 36,-25,-20, -4,-23,  2,-11,-14, -2, -8, 10, -4, -5, -9,-23,-30,-17, 23;
/M: SY='V'; M= -1,-18,-18,-22,-17, -3,-22,-13,  6, -7, -1,  6,-14,-22,-13, -2, -8, -4, 14,-22, -5,-16;
/M: SY='H'; M=-18, -3, -7, -5, -5,-20,-22, 80,-30,-13,-20, -3,  5,-23,  4, -5,-10,-18,-27,-33, 12, -5;
/M: SY='A'; M= 25, -7,-12,-13, -8,-17, -5,-17, -8,-12,-15,-11, -2,-11, -7,-16, 20, 10, -1,-29,-17, -8;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-28, -1,  8,-28,-20, -3,-28, 41,-28, -9,  1,-11,  8, 25, -8, -6,-19,-22, -8,  8;
/M: SY='A'; M= 25,-11, -7,-18,-10, -9, -9,-19, -9,-14, -6, -8,-10,-14,-12,-18,  7,  5, -2,-22,-14,-10;
/M: SY='P'; M=  1,-10,-26, -7,  0,-26, -8,-14,-20, -8,-25,-16, -7, 31,  0,-13,  8,  3,-20,-30,-23, -2;
/M: SY='R'; M= -2,-13,-20,-16, -9, -8,-21,-13, -5,  2, -7, -2,-11,-18, -4,  3, -5, -1,  2,-21, -6, -7;
/M: SY='V'; M=  7,-27,-10,-29,-27, -3,-26,-29, 25,-19,  7,  7,-27,-27,-27,-20, -7,  0, 43,-29,-11,-27;
/M: SY='V'; M= -5,-23,-18,-26,-20,  1,-26,-19, 16,-17, 14, 11,-20,-24,-17,-11,-11,  0, 18,-23, -4,-20;
/M: SY='V'; M= -3,-25,-17,-27,-23, -2,-29,-23, 22,-16, 13, 10,-24,-26,-22,-16,-14, -3, 30,-26, -7,-23;
/M: SY='D'; M=  2, 14,-21, 16,  3,-27,  5, -5,-28, -4,-27,-20, 12,-13, -3, -9, 11, -2,-20,-32,-20,  0;
/M: SY='G'; M= -1, -5,-29, -7,-17,-29, 61,-17,-38,-16,-30,-20,  6,-20,-17,-17,  1,-18,-30,-22,-28,-17;
/M: SY='L'; M= -9,-18,-21,-18, -9, -8,-24,-11,  4,-10,  9,  6,-16,-22, -7, -2,-13, -4,  6,-24, -6, -9;
/M: SY='E'; M=-10,  1,-26,  2, 20,-21,-19,  4,-16,  4,-10, -4,  1,-12, 14,  4, -5, -8,-18,-27,-12, 16;
/M: SY='Q'; M=-12, -2,-30, -3, 13,-33,-20, 10,-22, 18,-20, -1,  0,-12, 38, 21, -5,-11,-25,-21, -8, 24;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-37,-28, 72,-30,-14,  0,-27,  8,  0,-20,-30,-35,-18,-20,-10, -2, 13, 38,-28;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-15, -3, -5,-23, 18,-13,-25,-13,-30,-20,  7,-13, -5,-13, 30, 10,-15,-35,-23, -5;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 33,-22,-10,  0,-18, 10, 64,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M:         M= -3, -6,-18, -5, -3,-10,-17,-14, -6,-13, -1, -5,-10,-14, -8,-15, -8, -8, -5,-24,-10, -6;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 48, 20,-30,-30,-20,-20,-29,-10, 12,-20,  0,-20;
/M: SY='S'; M=  2, -6,-21, -5,  4,-22,-12,-10,-16, -7,-19,-12, -3,  7,  6, -9, 13,  7,-15,-31,-18,  4;
/M: SY='E'; M= -6, 14,-28, 24, 47,-31,-17, -2,-30,  7,-21,-21,  2, -3, 14, -3,  1, -9,-27,-31,-20, 31;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='E'; M=-10,  8,-30, 16, 41,-31,-11, -1,-28,  5,-20,-16,  2, -5, 20, -1, -1,-11,-29,-28,-19, 30;
/M: SY='G'; M=  4,  0,-24, -2, -6,-24, 16,-13,-25, -3,-21,-14,  3,-16, -9, -8,  1, -7,-18,-23,-18, -8;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -3,-30, 36,-23,-10,  0,-17, 10, 59,-10,-10,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R'; M=-16, -1,-29,  0,  4,-24,-18, -3,-30, 29,-24,-13,  3,-16,  8, 49, -6, -8,-20,-23,-12,  3;
/M: SY='R'; M=-17, -7,-30, -7,  3,-23,-20, -1,-29, 31,-22, -9,  0,-17, 15, 58, -9,-10,-21,-20,-10,  5;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A'; M= 22,  1,-16,  0,  6,-22, -5,-11,-18, -6,-18,-15, -1, -9, -2,-13, 13,  1,-10,-26,-16,  2;
/M: SY='G'; M= -9,  0,-26,  3, -4,-30, 23, -7,-35,  0,-27,-17,  3,-17, -3,  3, -3,-15,-27,-24,-20, -5;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='E'; M=  2,  2,-24,  1, 18,-24,-13, -5,-24, 13,-19,-14,  2,-10,  7, 15,  0, -7,-19,-25,-17, 11;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 32,-21,-10,  0,-19, 10, 67,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3,  8,-27,-20, -7,-30, 43,-27,-10,  0,-13, 10, 42,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-24, -9, -3,-23,-17,-15,-16,  2,-23,-13, -7, 22, -5, -1,  0,  0,-14,-29,-19, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 45 in 45 different sequences
Number of true positive hits 45 in 45 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] SBP-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
45 sequences

LG1_MAIZE   (O04003), SBP1_ANTMA  (Q38741), SBP2_ANTMA  (Q38740), 
SP13A_ARATH (B9DI20), SP13B_ARATH (P0DI11), SPL10_ARATH (Q8S9L0), 
SPL10_ORYSI (A2YFT9), SPL10_ORYSJ (Q0DAE8), SPL11_ARATH (Q9FZK0), 
SPL11_ORYSJ (Q653Z5), SPL12_ARATH (Q9S7P5), SPL12_ORYSI (A2YGR5), 
SPL12_ORYSJ (Q5Z818), SPL13_ORYSJ (Q6Z461), SPL14_ARATH (Q8RY95), 
SPL14_ORYSJ (Q7EXZ2), SPL15_ARATH (Q9M2Q6), SPL15_ORYSI (A2YX04), 
SPL15_ORYSJ (Q6Z8M8), SPL16_ARATH (Q700C2), SPL16_ORYSJ (Q6YZE8), 
SPL17_ORYSJ (A3C057), SPL18_ORYSJ (Q0J0K1), SPL19_ORYSJ (Q2R3Y1), 
SPL1_ARATH  (Q9SMX9), SPL1_ORYSJ  (Q9LGU7), SPL2_ARATH  (Q9S840), 
SPL2_ORYSJ  (Q0JGI1), SPL3_ARATH  (P93015), SPL3_ORYSI  (A2X0Q6), 
SPL3_ORYSJ  (A3A2Z8), SPL4_ARATH  (Q9S7A9), SPL4_ORYSJ  (Q6H509), 
SPL5_ARATH  (Q9S758), SPL5_ORYSJ  (Q0E3F8), SPL6_ARATH  (Q94JW8), 
SPL6_ORYSJ  (Q75LH6), SPL7_ARATH  (Q8S9G8), SPL7_ORYSI  (Q01JD1), 
SPL7_ORYSJ  (Q7XT42), SPL8_ARATH  (Q8GXL3), SPL8_ORYSI  (Q01KM7), 
SPL8_ORYSJ  (Q7XPY1), SPL9_ARATH  (Q700W2), SPL9_ORYSJ  (Q6I576)
» More

PDB
[Detailed view]
3 PDB

1UL4; 1UL5; 1WJ0

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission