Entry: PS51152

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] NFYA_HAP2_2
Accession [info] PS51152
Entry type [info] MATRIX
Date [info] OCT-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00578

Name and characterization of the entry

Description [info] NF-YA/HAP2 family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6634736; R2=0.0076225; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3441.11859; R2=21.47970; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=766; N_SCORE=8.5; H_SCORE=17081; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=504; N_SCORE=6.5; H_SCORE=14245; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-27; D=-80; I=-80; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='E'; M= 22,-53,-28, 60,-52,-24, 44,-38,-33,-44,-40,-10, 46,-28,-39,-33,-35, 24,-60,-45;
/M: SY='E'; M=-40,-56, 29, 59, 24,-51,-34,-42, 20,-42,-40,-33,-43, 45,-29,-35,-14,  6,-48, 10;
/M: SY='E'; M=-12,-54, -3, 63,-60,-44,-32,-57, 41,-53,-45,-28,-39, 55,-22, 30,-32,-51,-55,-46;
/M: SY='P'; M=-42,-65,-44,-36,-47,-10,-42,-49,-41,-56,-45,-47,109,-43,-51,-38,  9,-52,-47, 35;
/M: SY='I'; M=-41,-50,-63,-58, -4,-65,-55, 68,-55, 42, 28,-56,-56,-51,-56,-51,-37, 32,-51,-32;
/M: SY='Y'; M=-48,-55,-54,-53, 51,-57,-23,-27,-47,  8, 42,-52,-60,-43,-44,-47,-43,-33,-13,105;
/M: SY='V'; M=-30,-44,-61,-55,-32,-62,-63,  3,-53,-17,-20,-56,-57,-55,-54,-44,-28, 93,-66,-40;
/M: SY='N'; M=-40,-45,-13,-35,-55,-28,-20,-54,-26,-62,-48,115,-51,-28,-34,-22,-24,-56,-74,-50;
/M: SY='A'; M= 69,-46, 25,-32,-57,-32,-44,-47,-39,-50,-43,-36, 54,-37,-46,  9,-30,-38,-57,-51;
/M: SY='K'; M=-41,-56,-34,-20,-56,-49,-35,-58, 93,-55,-43,-27,-42,-17, 41,-35,-36,-53,-51,-43;
/M: SY='Q'; M=-37,-63,-32,-12,-67,-45,-25,-53,-17,-49,-35,-28,-44,120,-18,-26,-40,-55,-50,-39;
/M: SY='Y'; M=-49,-57,-50,-52, 35,-57, 12,-31,-45,  7,-25,-50,-61,-41,-42,-46,-43,-36,-10,113;
/M: SY='H'; M=-43,-54,-22, 16,-51,-41,106,-59, 16,-52,-39, 68,-46,  8,-27,-31,-36,-59,-71,-29;
/M: SY='R'; M=  5,-58,-45,-38,-50, 41,-39,-59,-17,-54,-45,-36,-51,-28, 82,-35,-45,-54, 77,-39;
/M: SY='I'; M=-43,-56,-64,-63,-27,-69,-64, 98,-57,-10,-13,-54,-52,-53,-61,-52,-36,  3,-51,-34;
/M: SY='M'; M=-42,-49,-58,-49,-26,-60,-44, 36, 12, 53, 76,-51,-54,-42,-42,-50,-38,  3,-51,-32;
/M: SY='R'; M=-42,-58,-36,-23,-55,-51,-33,-59, 77,-55,-43,-29,-46,-18, 77,-37,-39,-53,-52,-42;
/M: SY='R'; M=-45,-61,-41,-29,-54,-55,-30,-61, -1,-53,-42,-34,-53,-18,107,-39,-44,-54,-54,-40;
/M: SY='R'; M=-44,-61,-40,-28,-54,-54,-31,-60, 28,-53,-42,-33,-52,-18,103,-39,-43,-54,-53,-41;
/M: SY='Q'; M= 17,-54,-26, 49,-56,-43,-31,-24,  4,-46,  1, 30,-43, 72,  0,-29,-35,-16,-56,-44;
/M: SY='M'; M= 50,-46,-39, 20,-47,-38,-37,-38,-31,-21, 67,-37,-44, -2, 21, 29,-31,-34,-54,-42;
/M: SY='R'; M=-45,-61,-41,-29,-54,-55,-30,-61, -1,-53,-42,-34,-53,-18,107,-39,-44,-54,-54,-40;
/M: SY='A'; M= 64,-48, 23,-25,-58,-35,-37,-49,-27,-48,-40,-33,-45, 63, 24,-24,-34,-40,-55,-45;
/M: SY='K'; M=  9,-53,-37,-24,-53,-46,-35,-48, 80,-45, 43,-30,-43, 16, 31,-34,-36,-45,-51,-41;
/M: SY='L'; M= 36,-45,-57,-49,-26,-50,-45,-17,-50, 66, 45,-54,-55,-44,-49,-42,-38,-21,-50,-35;
/M: SY='E'; M= -1,-58, 30, 86,-62,-49,-31,-59,-21,-53,-48,-31,-37, 49,-29,-32,-38,-53,-58,-49;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-61; IM=0; DM=-61;
/M: SY='D'; M= 26,-60, 39, 14,-61,-50,-48,-56,-40, -7,-51,-41,-56,-40, 14, 16,-42,-51,-70,-56; D=-19;
/I:         I=-19; DM=-61;
/M: SY='E'; M=-33,-51,-27, 53, 26,-43,-34,-46,-29, -7,-39, -8,-43, 53,-33, 51,-30,-44,-50,-35;
/M: SY='N'; M=-38,-52,-34,-38,-47, 40,-34,-46, 21, 15,-36, 58,-51,-30, 47,-33,-37,-47,-56,-44;
/M: SY='K'; M=-38,-54,-38,-28,-52,-10,-34,-50, 66,-46, 42,-30,-45,-21, 62, 16,-35,-48,-52,-41;
/M: SY='L'; M=-13,-48,-62,-56,-24,-62,-53, 53,-55, 59,-11,-57,-57,-50,-55,-50,-37, 28,-52,-34;
/M: SY='P'; M=-18,-51,-42,-38,-47,-44,-45, 27,-39,-39,-35,  3, 68,  8,-46, 34, 32, 11,-59,-46;
/M: SY='K'; M=-36,-49,-35,-32,-44,-43,-35,-41, 49, 20,-34, 40,-47,-27, 33, 33,  2,-41,-56,-41;
/I:         I=-22; MD=-71;
/M: SY='S'; M=  2,-53,  4, 26,-57,-14,-43,-14, -7,-54,-49,-33,-46,-32,  9, 50, 22,-45,-64,-50; D=-22;
/I:         I=-22; MI=0; MD=-71; IM=0; DM=-71;
/M: SY='R'; M=-44,-60,-40,-27,-54,-54,-31,-60, 39,-53,-42,-33,-51,-18,100,-38,-42,-54,-53,-41;
/M: SY='K'; M=-40,-58,-34,-18,-59,-48,-31,-56, 75,-53,-41,-27,-44, 74, 40,-32,-38,-54,-50,-41;
/M: SY='P'; M=-19,-59,-36,-28,-59,-44,-39,-54, 58,-59,-46, 27, 88,-30,  1,-35,-35,-54,-56,-52;
/M: SY='Y'; M=-50,-59,-50,-52, 40,-56,-17,-33,-45,-29,-28,-50,-62,-41,-42,-45,-44,-39, -6,119;
/M: SY='L'; M=-43,-48,-56,-46,-24,-59,-41,-15, 15, 68, 65,-52,-56, -3,-40,-50,-40,-22,-50,-32;
/M: SY='H'; M=-48,-59,-33,-33,-36,-50,134,-59,-37,-44,-31,-23,-49,-26,-31,-37,-45,-60,-62, 42;
/M: SY='E'; M=-38,-59,-10, 99,-60,-54, 36,-63,-20,-54,-49,-33,-34,-12,-29,-35,-39,-55,-59,-47;
/M: SY='S'; M=-19,-42,-33,-35,-52,-27,-37,-52,-35,-55,-49,-22,-41,-26,-39, 98,-13,-44,-60,-44;
/M: SY='R'; M=-45,-61,-41,-29,-54,-55,-30,-61, -1,-53,-42,-34,-53,-18,107,-39,-44,-54,-54,-40;
/M: SY='H'; M=-47,-59,-32,-31,-46,-49,135,-64,-31,-47,-32,-22,-48,-24, 21,-37,-46,-62,-78,-16;
/M: SY='Q'; M=-41,-54,-41,-29,-40,-52,-35,-33, 44, 39,-26,  0,-51, 56, 38,-39,-38,-19,-51,-38;
/M: SY='H'; M=-47,-59,-31,-31,-46,-49,139,-64,-36,-46,-32,-20,-48,-25,-30,-37,-46,-63,-81,-15;
/M: SY='A'; M= 89,-39,-46,-38,-54,-27,-47,-43,-40,-45,-39,-40,-44,-37,-45,-19,-30,-30,-53,-49;
/M: SY='M'; M=-41,  7,-62,-53,-25,-58,-39, 14,-49, 47,109,-53,-53,-41,-47,-51,-39,-18,-51,-30;
/M: SY='R'; M=-15,-54,-32,-26,-55,-44,-31,-57, 61,-55,-43, 43,-47,-20, 72,-14,-35,-52,-55,-43;
/M: SY='R'; M=-45,-61,-41,-29,-54,-55,-30,-61, -1,-53,-42,-34,-53,-18,107,-39,-44,-54,-54,-40;
/M: SY='P'; M= 22,-56,-42,-29,-53,-44,-40,-45, 27, -1,-37,-40, 74, 44, 20,-34,-37,-44,-53,-47;
/M: SY='R'; M=-45,-61,-41,-29,-54,-55,-30,-61, -1,-53,-42,-34,-53,-18,107,-39,-44,-54,-54,-40;
/I:         I=-24; MD=-77;
/M: SY='G'; M= 22,-56,-47,-55,-64, 84,-53,-67,-51,-64,-55,-34,-50,-48,-57,-30,-47,-59,-56,-59; D=-24;
/I:         I=-24; MI=-77; IM=-77; DM=-77;
/M: SY='P'; M=-33, 38,-34, 30,-50,-44,-42,-10,-14,-17,-40,-34, 55, -5,-41, 43, 36,-39,-59,-47;
/M: SY='G'; M=-27,-53, 22,-44,-60, 87,-45,-66,-44,-63,-53,-26,-45,-41,-51, 17,-40,-60,-55,-54;
/M: SY='G'; M=-27,-55,-42,-54,-61, 96,-49,-69,-48,-64,-53,-28,-46,-45,-55,-27,-46,-62,-52,-56;
/M: SY='R'; M=-45,-61,-41,-29,-54,-55,-30,-61, -1,-53,-42,-34,-53,-18,107,-39,-44,-54,-54,-40;
/M: SY='F'; M=-54,-49,-66,-61,113,-61,-46,-27,-57,-18,-29,-55,-64,-67,-54,-52,-45,-32,-18,  4;
/M: SY='L'; M=  3, 56, 44,-40,  3,-53,-44,-24,-49, 59,-20,-43,-57,-45,-50,-44,-39,-28,-55,-36;
/M: SY='N'; M=  8,-43,-26,-34,-51,-34,-33,-47, 14,-52,-43, 73,-43,-30,-34, 31, 56,-42,-65,-46;
/M: SY='K'; M= 38,-46,-34,-30,-53,-38,-39,-48, 57,-50,-42, 26,  3,-28,-24,  1, 41,-40,-57,-46;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 18 in 18 different sequences
Number of true positive hits 18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

HAP2_KLULA  (P53768), HAP2_SCHPO  (P24488), HAP2_YEAST  (P06774), 
NFYA1_ARATH (Q9LXV5), NFYA2_ARATH (Q9M9X4), NFYA3_ARATH (Q93ZH2), 
NFYA4_ARATH (Q8VY64), NFYA5_ARATH (Q9SYH4), NFYA6_ARATH (Q9LVJ7), 
NFYA7_ARATH (Q84JP1), NFYA8_ARATH (Q9LNP6), NFYA9_ARATH (Q945M9), 
NFYAA_ARATH (Q8LFU0), NFYA_BOVIN  (Q5E9S2), NFYA_DICDI  (Q54S29), 
NFYA_HUMAN  (P23511), NFYA_MOUSE  (P23708), NFYA_RAT    (P18576)
» More

PDB
[Detailed view]
1 PDB

4AWL

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission