Entry: PS51164

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CBM1_2
Accession [info] PS51164
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00486
Associated ProRule [info] PRU00597

Name and characterization of the entry

Description [info] CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=37;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=34;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5836288; R2=0.0081856; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-2186.82989; R2=17.01458; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=845; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10115; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=601; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8039; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M=  8, -8,-10,-12,-10,-20, 11,-14,-21,-13,-19,-14, -3,-12,-11,-15,  5, -4,-13,-26,-20,-11;
/M: SY='C'; M=  0, -9, 14,-13, -8,-19,-17,-17,-15,-12,-14,-10, -8,-17, -5,-14,  4,  6, -7,-32,-17, -7;
/M: SY='A'; M= 10,-15,-16,-18,-13,-15,-10,-18,  1,-12, -6, -2,-12,-18, -8,-14,  2, -1, 10,-26,-15,-11;
/M: SY='P'; M=  5, -5,-24, -5, -1,-25, -3,-14,-20, -2,-23,-14, -3,  9, -2, -9,  5,  0,-16,-27,-20, -3;
/M: SY='Q'; M= -4,-12,-24,-13, -3,-16,-19, -1, -8, -4, -4,  0,-10, -9,  2, -2, -9, -7, -7,-23, -8, -2;
/M: SY='W'; M=-19,-30,-40,-30,-25, 19,-24, -6,-11,-15,-10,-10,-29,-30,-15,-15,-29,-20,-20, 88, 52,-20;
/M: SY='G'; M=  7, -8,-26,-10,-11,-25, 37,-14,-30,-12,-23,-15, -2,-17,-11,-15,  1,-13,-22,-19,-20,-11;
/M: SY='Q'; M= -8, -1,-29, -1, 18,-38,-19,  8,-20,  9,-20, -1, -1,-10, 55,  9,  0, -9,-29,-18,-10, 37;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0, -9,-30,-10,-20,-30, 69,-20,-40,-20,-30,-20,  1,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='I'; M= -6, -6,-24,-11, -4,-16,-21,-11,  3, -7, -6,  1, -1,-13,  2, -8, -3, -2, -3,-26,-10, -3;
/M: SY='G'; M= -1,  2,-26, -3,-11,-25, 39,-11,-30,-13,-26,-16, 11,-18,-12,-14,  3,-11,-26,-25,-24,-11;
/M: SY='W'; M=-20,-29,-36,-31,-26, 32,-26, -6, -8,-18, -6, -8,-27,-30,-20,-16,-27,-18,-16, 71, 50,-22;
/M: SY='T'; M=  0,  3,-15, -2, -4,-16,-12, -8,-15, -6,-18,-11,  7, -9, -2, -7, 18, 24, -9,-32,-12, -3;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-30, -8,-19,-30, 67,-19,-39,-19,-30,-20,  1,-20,-19,-19,  1,-19,-30,-21,-30,-19;
/M: SY='P'; M=  3,-12,-18, -9, -3,-25,-10,-18,-19,-10,-23,-17,-11, 32, -9,-17,  1, -4,-18,-30,-25, -8;
/M: SY='T'; M= -1, -1,-14, -9, -7,-13,-16,-17,-13, -4,-13, -9,  0,-10, -6, -6, 15, 36, -5,-28,-11, -6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C'; M=  2, -7, 12,-13, -8,-19,-16,-16,-15,-11,-15,-10, -6,-18, -5,-12,  7, 10, -6,-32,-17, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,117,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-39,-30,-30, -9, -9,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='A'; M= 10,-10,-16,-11, -3,-19,-14,-16, -7, -5,-11, -7,-10, -9, -3,-10,  2,  0,  1,-26,-16, -3;
/M: SY='S'; M= 12, -3,-15, -4,  1,-19, -5,-13,-18, -7,-22,-16,  1, -3, -3,-11, 20, 10,-11,-31,-18, -1;
/M: SY='G'; M= -1,-13,-31,-11,-14,-29, 41,-20,-32,-16,-29,-19, -6,  8,-17,-19, -2,-16,-27,-23,-29,-17;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='Y'; M= -2,-13,-18,-16,-13,  8,-16, -4, -6,-13, -5, -6, -9,-20,-11,-13, -1,  2, -7,  0, 18,-13; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='T'; M= -1, -4,-14, -9, -6,-14,-19,-16,-11,  1,-14, -8, -3,-13, -5, -3, 11, 25, -1,-28,-10, -6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T'; M= -4, -9,-19,-11, -6,-15,-21, -9, -4,  2,-10, -2, -7,-16, -2, -3, -1,  4,  4,-26, -7, -4;
/M: SY='K'; M= -1, -8,-22, -9,  0,-12,-18,-10,-12,  7,-13, -6, -8,-14, -2,  0, -3, -3, -5,-19, -3, -2;
/M: SY='I'; M= -8,-17,-23,-20,-13, -2,-25,-10,  8,-15,  6,  8,-15,-21, -5,-13,-10, -4,  4,-14,  4, -9;
/M: SY='N'; M= -6, 29,-20, 14, -1,-21,  4,  5,-22, -3,-30,-20, 46,-17, -1, -3, 13,  1,-27,-38,-20, -1;
/M: SY='D'; M=-11, 16,-31, 27, 17,-33,-12, -5,-29, -2,-26,-22,  3, 16,  2,-10, -1, -9,-27,-33,-21,  8;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='W'; M=-19,-28,-35,-29,-24, 27,-26, -3, -7,-16, -6, -6,-26,-29,-17,-15,-26,-16,-15, 66, 52,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-21,-31,-21,-20, 28,-29, 16, -2,-10, -1, -1,-20,-29, -9,-10,-20,-11,-11, 34, 73,-18;
/M: SY='S'; M=  6, -4,-15, -4, -3,-14, -4, -2,-19,-10,-25,-16,  5,-13, -2,-10, 26, 11,-11,-27, -7, -3;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-29,  0, 19,-39,-19, 11,-20,  9,-20, -1,  1,-10, 57,  9,  1, -9,-29,-21,-10, 38;
/M: SY='C'; M=-10,-20,117,-30,-30,-19,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-47,-28,-30;
/M: SY='L'; M= -7,-20,-22,-23,-15, -4,-27,-15, 14,-16, 15,  9,-18,-23, -7,-11,-15, -7, 10,-20, -1,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 86 in 82 different sequences
Number of true positive hits 86 in 82 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CBM1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
82 sequences

AXE1_ASPFU  (Q4WBW4), AXE1_HYPJE  (Q99034), AXE1_NEOFI  (A1DBP9), 
AXE1_PENPU  (Q8NJP6), CBHB_ASPAC  (O59843), CBHB_ASPCL  (A1CU44), 
CBHB_ASPFC  (B0Y8K2), CBHB_ASPFU  (Q4WM08), CBHB_ASPNC  (A2QAI7), 
CBHB_ASPNG  (Q9UVS8), CBHB_ASPTN  (Q0CMT2), CBHB_EMENI  (Q8NK02), 
CBHB_NEOFI  (A1DNL0), CBHC_ASPCL  (A1CCN4), CBHC_ASPFC  (B0XWL3), 
CBHC_ASPFU  (Q4WFK4), CBHC_ASPNC  (A2QYR9), CBHC_ASPTN  (Q0CFP1), 
CBHC_EMENI  (Q5B2E8), CBHC_NEOFI  (A1DJQ7), CEL1_AGABI  (Q00023), 
CEL61_THIHA (G2Q9T3), CHI2_METAN  (Q4U4T0), CIP2_HYPJQ  (G0RV93), 
EGLD_ASPCL  (A1C4H2), EGLD_ASPFC  (B0Y9G4), EGLD_ASPFN  (B8MXJ7), 
EGLD_ASPFU  (Q4WBU0), EGLD_ASPKW  (Q96WQ9), EGLD_ASPNC  (A2R5N0), 
EGLD_ASPOR  (Q2US83), EGLD_ASPTN  (Q0CEU4), EGLD_EMENI  (Q5BCX8), 
EGLD_NEOFI  (A1DBS6), FAEB_PENFN  (Q9HE18), GUN1_HYPJE  (P07981), 
GUN1_TRILO  (Q12714), GUN2_HYPJE  (P07982), GUN3_HUMIN  (Q12624), 
GUN4_HYPJE  (O14405), GUN5_HYPJE  (P43317), GUNB_FUSOX  (P46236), 
GUNF_FUSOX  (P46239), GUNK_FUSOX  (P45699), GUX1A_NEUCR (Q7SA23), 
GUX1B_NEUCR (P38676), GUX1_HUMGT  (P15828), GUX1_HYPJE  (P62694), 
GUX1_HYPRU  (P19355), GUX1_PENJA  (Q06886), GUX1_PHACH  (P13860), 
GUX1_TRIHA  (Q9P8P3), GUX1_TRIKO  (P62695), GUX2_AGABI  (Q92400), 
GUX2_HYPJE  (P07987), GUX3_AGABI  (P49075), GUX6_HUMIN  (Q9C1S9), 
GUXC_FUSOX  (P46238), MANF_ASPCL  (A1C8U0), MANF_ASPFC  (B0Y9E7), 
MANF_ASPFN  (B8NIV9), MANF_ASPFU  (Q4WBS1), MANF_ASPOR  (Q2U2I3), 
MANF_EMENI  (Q5AR04), MANF_NEOFI  (A1DBV1), PSBP_PORPU  (P50272), 
XG74_HYPJQ  (Q7Z9M8), XYN1_HUMGT  (P79046), XYN6_MAGGR  (Q8NJ73), 
XYN6_MAGO7  (G4MPQ7), XYNA_PENFN  (Q8WZJ4), XYNA_PHACH  (Q9HEZ1), 
XYNB_NEOPA  (Q02290), XYNB_PENFN  (Q8J0K5), XYNB_PENOX  (E7EF85), 
XYNB_PHACH  (B7SIW1), XYNC_NEOPA  (Q9UV68), XYNC_PHACH  (B7SIW2), 
XYND_GIBZE  (I1S3C6), XYND_PENFN  (Q5ZNB1), XYS20_NEOPA (A8TGA1), 
YKK5_SCHPO  (Q9P7F1)
» More

PDB
[Detailed view]
7 PDB

1AZ6; 1AZH; 1AZJ; 1AZK; 1CBH; 2CBH; 4BMF

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission