Entry: PS51218

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SF3_HELICASE_2
Accession [info] PS51218
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51206
Associated ProRule [info] PRU00551

Name and characterization of the entry

Description [info] Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=165;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=160;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9249181; R2=0.0090433; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=17774.15299; R2=35.49192; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=728; N_SCORE=15.0; H_SCORE=65156; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=506; N_SCORE=6.5; H_SCORE=35733; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-15; D=-150; I=-150; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='E'; M= -9,  4, 11, 34,-29,-38,  2, -5, -4, 27, -3, 10,-17, 18,-18, -1,-36,-12,-56,-24;
/M: SY='K'; M= -3,-52,-26,  6,-50,-20,  4,-12, 53,-26,-39,  6,-32, 11, 16, 16,  9,-13,-55,-19;
/M: SY='R'; M=-15,-53, 13,-16,-46,-25, -1, -7, 35,  1,-34,-15,-30, -2, 46, -3, -8, 12,-57,-28;
/M: SY='M'; M=  5,-14,-37,-48,-21,-43, -9, 37,  0, 40, 48,-48,-53,-42, -4,-44,-10, 11,-54,-36;
/M: SY='N'; M= 16,-49, -6,-20,-30,-28, 26,  6,-20,  7, 31, 34, -3,-28,-22, 10, 13, -6,-13,-22;
/M: SY='E'; M=  0,  1, 40, 41,-35,-23,-10,-18,  1,-23,-26, 32,-25,-28, 18,  3, -2,-37,-62,-46;
/M: SY='C'; M= 27, 31,-34,-16, 17,-39,-42, -3,  0, 25,-16,  2,-31,-24,-23,-12,-19,  4,-47, 21;
/M: SY='H'; M=  8, -8,-17, 13,-32, -8, 38, 10,-13,  0, 19, -8,-33, 19, 10,  5,-10, -8,-56,-12;
/M: SY='Q'; M= -2,-25,-17,-12,-32,-33,-21,-32, 34,-12, -3,  4,-33, 54, -6, 32,  1,-12,-53, -1;
/M: SY='R'; M=  2, 18,-49,-25, 32,-38,-22,  3,-25, 15,  9,-30,-37,-18, 45,  3, -8,  4,-48, -9;
/M: SY='K'; M=-11,-52,-29,  0,-32, 12, 15,  8, 36, -7, -3, 13,-21,-13,  1,-26,  2,  7,-53,  6;
/I:         I=-25; MD=-42;
/M: SY='A'; M= 31, 29, -7,-46,-36,  5,-23,-21,-16,-21,-45,  6,-12,-21,-25, -1, -3, -7,-66,-53; D=-25;
/I:         I=-25; MD=-42;
/M: SY='M'; M=-27, -4,-33,-49,-36,-20,-66,-46,-35,-27,  9,-33,-38,  3,-13,-16,-22,-31,-80,-35; D=-25;
/I:         I=-25; MI=0; MD=-42; IM=0; DM=-42;
/M: SY='M'; M= -7,-56,-24,  0, 13,-21,  2,-17, -7, -8, 28,  2, -1,-31,-27, 12,  2,-12,-58,-12; D=-25;
/I:         I=-25; DM=-42;
/M: SY='D'; M=  8,-54, 37, -7,-57,  5,-41,-31, -1,-42,  8, 10, -1,  8,-10, 22,  9,-24,-64,-50; D=-25;
/I:         I=-25; DM=-42;
/M: SY='G'; M=-26,-52,-39,-19,-51, 44, -9,-49, 33,-27,-17,-17, 14, 12, -2,  9, 30,-25,-54,-11;
/M: SY='P'; M=-24,-35,-41,-26,-21,-46,  5, -8, -4,-13,-13, -6, 32, 28, 17, 31, 28,  1, 27,-16;
/M: SY='R'; M=-45,-61,-42,-30,-54,-42,-32,-59,  7,-53,-43,-35,-38,-20,105,-30,-43,-39,-55,-42;
/M: SY='P'; M=-25, 19,-44,-12,-17,-51,-25, 13, 21,-22, 29, -5, 54, 11, -2,-30,  6, 16,-55,-16;
/M: SY='E'; M=  1,  1,  7, 62,-32,-50,-39,-22,-10,-45, 11,-38, 38, 11,  9,-29,-11,  1,-58,-47;
/M: SY='P'; M=-34,-17,-46,-35,-64,-47,-49,-52,-42,-62,-49,-51,119,-45,-54,-41,-19,-56,-59,-62;
/M: SY='F'; M=-11,-48,-61,-56, 71,-60,-55, 17,-37,-11,-25,-54,-58,-56,-29,-45,-18, 62,-42,-20;
/M: SY='W'; M=  3, 74,-56,-52,-36, -1, -8, -1,-49,-23, 20,-47,-54,-49,-53,-27, 16, 40, 89,-11;
/M: SY='V'; M=-35,  2,-63,-58, -8,-64,-58, 59,-54, 22,  7,-56,-57,-53,-42,-49,-35, 60,-54, -7;
/M: SY='W'; M=-44, 60,-59,-54, 21,-58,  2,  5,-50, 13, 28,-53,-59,-31,-50,-36,-24, 14, 89, 65;
/M: SY='L'; M=-26,-20,-64,-58, 42,-63,-51, 46,-56, 52, 31,-57,-59,-52,-55,-52,-40, 14,-45,-26;
/M: SY='H'; M=-32, 41,-44,-29, 31,-37, 63,-41,-18,-25, -6,-36,-52, 18,  9, 10, 16,-20,  0, 56;
/M: SY='G'; M=-27,-55,-43,-54,-61, 95,-49,-69,-48,-65,-54,-29,-47,-45,-55, -2,-45,-62,-53,-56;
/M: SY='P'; M= 20,-55, 10, 34,-58,-14,-10,-53, 13,-54,-10,-10, 64,-17,-10, 10, -4,-48,-59,-50;
/M: SY='P'; M= 11,-53,-40,-34,-58,-38,-42,-51, -9,-57,-47, -9, 84,-35, -6, 54,  1,-48,-59,-52;
/M: SY='G'; M=-30,-57,-42,-48,-60, 88, 33,-68,-41,-62,-50,-29,-47,  5,  3,-29,-47,-62,-54,-50;
/I:         I=-45; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='C'; M=-29, 72,-50,-45,-41,-36,-20, 42,-43,-29,-10,-28,-52, 31,-23,-13, 34, 36,-62,-42;
/M: SY='G'; M= -3, -6, -4, -5, -6, 10, -5, -7, -5, -6, -5, -3, -5, -5, -6, -3, -4, -6, -5, -6;
/M: SY='K'; M= -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -6, 10, -6, -4, -3, -4, -2,  0, -4, -4, -5, -5, -4;
/M: SY='S'; M= -2, -2, -4, -4, -5, -2, -4, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -3, -4,  8,  6, -4, -6, -5;
/M: SY='T'; M=-38,-18,-42,-12,  8,-17,  3,-12,-10, 22, 11, 13,-49,-22, -7,  0, 46,  7,-52,  5;
/M: SY='L'; M= 26, 10,-57,-51, 20,-52,-49, 11,-51, 49, 32,-51,-55,-47,-51,-22, -4, 13,-50,-33;
/M: SY='M'; M= 38, 25,-48,-45,-42,-34,-47, -2,-43,-23, 55,-39,-47,-41,-47, 25, 40, 25,-60,-43;
/M: SY='H'; M=-20,-54, 19, 20,-17,-17, 43,-40,-11,-46, 20, 40,-47, 38,-12, 17,-14,-48, 10, 32;
/M: SY='P'; M= -1,-54,-30,-18,-27,-23, 25, 12,  2,-11, 17,  3, 40, -7,  7, -7, -5,  2,-50, 29;
/M: SY='L'; M=-44,-49,-63,-56, 21,-64,-50, 37,-55, 63, 26,-59,-60,-25,-54,-53,-40, 20,-49,-29;
/M: SY='A'; M= 54, 35,-33,-43,-47, 14,-47,  8,-43,-17, 27,-38,-48,-19,-33, 23, -6,-10,-57,-46;
/M: SY='R'; M= -8,-53,  4,-15,-50,-45,  3,  4, 33,-31, 14, 23,-24, 30, 37, 11, 11,-33,-58,-42;
/M: SY='D'; M= 25,-21, 47, 19,-21,-24, 15,-29,  7,-36, 13, -1,-24, -2, 11,-13, -8,-36,-56,  0;
/M: SY='L'; M=-11,-50,-63,-57, 21,-61,-53, 44,-55, 54, 17,-58,-58,-51,-55,-51,-40, 21, 43,-29;
/M: SY='C'; M= 29, 41,-48,-45,-39, 13,-45,-22,-45, 39, 12, -9,-52,  0,-37, 21,-17,-21,-56,-42;
/M: SY='E'; M= -6,-14, 35, 35,-54,-46, -2,-42, 34,-27,-43, 12,-24, 31, 22,-10,  4,-42,-58,-20;
/M: SY='H'; M=  9,-51,-35, 23,-14,-34, 45,-32, 25,-26,-22,-13,-23, 20,-10, 11, 15,  7,-53, 10;
/M: SY='M'; M=-31,  5,-20, 11, 30,-41,  6, 23, -5, 23, 46,-19,-52,-39,-30,  6,-25,-11,-46, 15;
/I:         I=-15; MD=-26;
/M: SY='G'; M=-13,-23, 13,  0, -6, 46,  3,-51,-23,-43, -7, 25, 11, 10, -4,-12,  3,-29,-54, -4; D=-15;
/I:         I=-15; MD=-26;
/M: SY='W'; M=-40,-56,  2, 14,-16, 24,-20,-11,-33, 11,-18, -4, 10,-39, -8, 11, 10,-42, 34, -8; D=-15;
/I:         I=-15; MD=-26;
/M: SY='P'; M=-16,-65, -4, 10,-64,  9,-11,-31, -3,-47,-52,  4, 51, -6, -6, -8,-21,-25,-68,-58; D=-15;
/I:         I=-15; MD=-26;
/M: SY='P'; M=-26,-66,-47, 16,-29, -3,-29,-36,  9,-59,-30,-31, 24, 14,-13, -4,  2,-21,-65,-16; D=-15;
/I:         I=-15; MD=-26;
/M: SY='D'; M=-32,-70, 40,-20,-73,-21, -2,-64,  0,-69,-64, -1, -6,-51,-37,-21, 16,-19,-84,-64; D=-15;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='S'; M=-13,-29, -1,-21,-55,-20, -7,-31,-37,-30,-16, 12,-11,-10, 28, 31,  8,  1,-67,-28; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-26;
/M: SY='V'; M=-33,  4,-64,-61, -3,-16,-63, 48,-38,-21,-29,-56,-22,-58,-60,-43, -5, 52,-59, -3; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-26;
/M: SY='Y'; M=-33, 23,-58,-58, -1,-61,-30,-23,-52, -9,-34,-57,-66,-48,-50,-34,-32,-23, 55,103; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-26;
/M: SY='S'; M=  7,-49,-42,-25,-14,-16, -6,-11,-41,-44,-11, -3,  5,-39,-32, 48, 42,  4,-59, -6; D=-15;
/I:         I=-15; DM=-26;
/M: SY='R'; M=-45,  3,-47,-38, 14,-56,-39, 11, 18, 11,-32, -3,  6,-31, 72,-36,-31,-21,  1,-35;
/M: SY='N'; M=-25,  8,-16,-25,-56,-28,-33,-51,-19,-56,-22, 75, 56, 17,  1, 18,  9,-39,-65,-50;
/M: SY='P'; M= 15, 32,-44, -3,-29,-15,-47,-29,-29,-10,-16,-28, 72,-18,-48,  9, -2, 15,-58,-48;
/M: SY='D'; M= 19, -2, 48, 27,-33, 12,-39,-49,-17,-21, -6, -7,-45,-14, -3,  6, 21,-37,-61,-46;
/M: SY='D'; M=-36,-12, 51, 11,-52,-31,-39,-27,-36,-23,-42, 12, 37, 20,-42, 29,  7, 15,-65,-47;
/M: SY='D'; M=-31,-57, 65, 49,-39,-22,-34,-60, 27,-57,-51, -9, -5,  6,  2, 11,-16,-55,-63,-47;
/M: SY='H'; M=-51,-57,-49,-48, 75,-56, 89,-39,-46,-31,-31,-42,-36,-43,-42,-46,-46,-43, 14, 78;
/M: SY='W'; M=-52,-65,-34,-53, 54,-54, 49,-43,-50,-19,  0,-56,-58,-49,-50,-53,-39,-51,146, 16;
/M: SY='D'; M=-35,-52, 86, -7,-61,-28,-34,-59,-34,-60,-56, 16,-18,-31,-41, 52, -6,-54,-72,-48;
/M: SY='G'; M=-11,-13, -7,-33,-57, 83,-45,-62,-44,-47,-50,  7,-17,-20,-36,-13,-15,-57,-54,-25;
/M: SY='Y'; M=-50,-14,-50,-53,  7,-57,-17,-20,-45,-31,-28,-51,-62,-41,-42,-45,-44,-27, -8,122;
/M: SY='T'; M=-16,-50, -3, -6,-47,-47, 28,-18, 36, -9,-17, 14,-45, 15, 22, -4, 47,-32,-58,-19;
/M: SY='G'; M=-26,-57,-13,-30,-33, 62, 20,-61,-29,-57,-46, 21,-18, 55, 33,-15,-41,-58,-55,-45;
/M: SY='Q'; M=-19,-60,-27, 32,-64,-45, 26,-56,-21,-51,-39, 19,-44,105,-23,-18,-39,-55,-55,-41;
/M: SY='P'; M= 18,-53, 14, 26,-27,-26,-12,-19,  2,-14,-41, -5, 56,-33,-18, -2, 23,-34,-58,-47;
/M: SY='V'; M= -5, 47,-57,-28,  7,-59,-56, 41,-19, -7,-24,-52,-56,-51,-51,-36,-34, 64,-55, -3;
/M: SY='V'; M=  7, 42,-43,-51, -3,-19, 13, 17,-49, -4, 16,-47,-21,-49,-52,-30, 11, 58,-60,-38;
/I:         I=-42; MD=-71;
/M: SY='I'; M=-35, 27,-57,-38,-16,-62,-25, 57,-16, 25,-21,-51,-56,  3,-50,-31,-11, 31,-54, -1; D=-42;
/I:         I=-42; MI=0; MD=-71; IM=0; DM=-71;
/M: SY='W'; M=-33,-21,-62,-56, 14,-59,-43, 46,-51,  1, 68,-55,-56,-47,-51,-50,-42, 12, 86, 59;
/M: SY='D'; M=-46,-59,106, -6,-63,-44, -1,-43,-34,-40,-34, -1,-46,-14,-42,-35,-36,-58,-79,-47;
/M: SY='D'; M=-38,-60,101, 42,-63,-45,-32,-64,-31,-61,-59,-18,-44,-29,-40,-35,-37,-60,-73,-17;
/M: SY='F'; M= -4, -6,-27,-37, 74,-57,-45,  0,-53, 41, -2,-53,-41,-52,-52,-29,-41,-18,  4, 22;
/M: SY='G'; M=  6,-15, 25,-23, 13, 60,-30,-40,-43,-32,  3, 11,-48,-41,-49, 14,-25,-48, 20,-20;
/M: SY='Q'; M= 39,-18,-39,-26,-57,-39,-35,-44,-18,-44, 20,-20, -5, 85,-31, 19, -3,-20,-55,-43;
/M: SY='N'; M= -9,  5, 29,-36,-46,-19,-18, 23, -7,-25,-19, 53,-50, -6, -5,  1, -4, 24,-64,-44;
/M: SY='P'; M=-18,-54,-19, 11,-54,-32,-42,-31, 34,-41,-42, -4, 66,-19,  2, 18,  9,  8,-59,-49;
/M: SY='D'; M=-39, -7, 68, 13,-56,-19,-37,-23, 21,-30,-47, -7,  8,  2,-24, 13, 22,-37,-65,-47;
/M: SY='G'; M=-18, -2, 20, 13,-38, 49,-40,-38,-16,-46,-27, 17,-15, 11,-12, 20, -1,-13,-59,-48;
/M: SY='P'; M= 12,-55, 27, 21,-57, -8,-15,-41, 35,-43,-29,-13, 37, 18,  7,  2,-15,-25,-58,-47;
/M: SY='D'; M= -9,-52, 62,-29,  7,-23, -9,-31,-38,-31, -4, -9, -5, -7,-30, 36, 12,-32, 25, 21;
/M: SY='M'; M=  2, 30,-28,-20, 27,-50, -8, 11, -3, 13, 45, 16,-53,-42,-44,-12,-10, 15, 31,-12;
/M: SY='P'; M=  5,-54,  9, 46,-53,-39,-37,-49,  5,-16,-20,  5, 47,  4, -4, 20, -6,-40,-58,-28;
/I:         I=-26; MD=-45;
/M: SY='N'; M= -7,-74, -1,-16,-37,-48,-61,-45,-12,-55,-66, 30,-72,-34,-41, -7,-40,-25,-85,-69; D=-26;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-45; IM=0; DM=-45;
/M: SY='E'; M=-26,-54,  8, 62,-11,-50,-34,-42, -9,  7, 27, 17,-44, 32,-14,-24,  7,-35,-54, -7;
/M: SY='F'; M=-29,-49,-64,-57, 62,-61,-49, 28,-54, 42, 54,-56,-59,-53,-53,-51,-27, 14, 14,-20;
/M: SY='C'; M=-28, 79,-57,-53, -4,-59,-53, 67,-31, -1, 27,-21,-27,  6,-52,-31,-38, -1,-55,-20;
/M: SY='Q'; M= -2,-56, -1,-10,-60, 12,-32,-56,-22,-54,-22, 43,  9, 71, 41, -7,-20,-53,-57,-46;
/M: SY='M'; M=-14,  6,-60,-54,  3,-58,-46, 31,-51, 47, 78,-53,-55,-46,-51,-27,-13, 13,-52,-32;
/M: SY='V'; M= 14, 35,-54,-50,-38,-15,-17, 37, -1,-26,-26,-26,-53,-48,-48,-21,-32, 64,-61,-42;
/M: SY='S'; M=-14,-45, 16,-20,-55,-23,-33,-53,-33,-57,-49, 64,-45,-29,-39, 74,  7,-48,-66,-47;
/M: SY='T'; M=-23, 42,-36,-40,-49,-32,-41,-13,-37,-46, -7, 35, 19,-37,-26, 46, 64,-30,-65,-47;
/M: SY='T'; M= 30, 18,  4,-15, 15,-42,-41,-22,-13,-39,-10, 26,-48,  5,-21, -1, 32, 17,-55,-11;
/M: SY='P'; M= -5,-24, -4, 15,-58,-30,-16,-31,-38,-53,-23,-22, 99,-39,-28,-37, -5,-11,-60,-55;
/M: SY='Y'; M=-47, 20,-43,-52, 69,-59, -7,-20,-33, 10, 25,-51,-61,-15,-22,-48,-42,  7,-25, 75;
/M: SY='P'; M=-22,-53,-44,-41,-45,-19, 10, 25,-41,-15, 23, 13, 67,-10,-27,  6, 26,  0,-59,-44;
/M: SY='P'; M=-26, 25,-57,-49,-11,-58,-51,-17,-52, 56,-19,-56, 56,-50,-54,-47,-15, 29,-55,-39;
/M: SY='N'; M=-42,-55, -7,  6,-55,-40, 58,-29,-24,-54,-27, 75, 70,-32,-40,-22,-21,-26,-67,-46;
/M: SY='M'; M=-29, 70,-58,-50,-18,-23,-37,-23,-18,-16,118,-46,-52,-16,-43,-26,-38,-22,-54,-16;
/M: SY='A'; M= 80,-44, 40,-32,-57,-31,-45,-47,-40,-49,-43,-35, -7,-37,-45,-13,-32,-36,-58,-50;
/M: SY='D'; M= 26,-51, 46,  5,-53, -1, 25,-39,-19,-34,-27, 10,-47,-30, 31, 28,-33,-34,-61,-22;
/M: SY='L'; M=-13,-49,-62,-55,-25,-62,-54, 44,-55, 59,-13,-58,-17,-51,-55,-50,-38, 35,-54,-36;
/M: SY='E'; M= -2,-56, 20, 82,-60,-24,  4,-59, -5,-46,-49, -6, -4, -8,-33,  7,-26,-52,-60,-49;
/M: SY='D'; M=-17,-56, 61, 59,-60, -8,  7,-59,-11,-39,-50, 45,-43,  2,-25,-17,-35,-55,-66,-48;
/M: SY='K'; M=-41,-56,-33,-20,-58,-48,-37,-58,100,-57,-45,-17,-42,-18, -3,-36,-36,-54,-51,-44;
/M: SY='G'; M=-13,-54,-38,-30,-59, 80, -8,-60,-18,-60,-50, 31,-16,-23,-14,-20,-17,-36,-56,-52;
/M: SY='M'; M=-27,-50,-42,-37,-42,-49,-39, 26, 39,-10, 63, 22,-47,-11, 23, -6, 28,-23,-56,-39;
/M: SY='H'; M=-38,  1,-46,-42, -2,-51, 41, -7,-41,  9, 31,-39, 36,  2,-17,  6, 40,  9,-52, 20;
/M: SY='F'; M=-23, 36,-59,-55, 97,-42,-42,-32,-32,-25,  5,-35,-61,-20,-50,-25,-31,-28, 10, 37;
/M: SY='T'; M= -5,-11, 44,-32, 11,-45,-40,-10,-14,-23,-40, 20,-19,  6, -1,  0, 55,-24,-59,-39;
/M: SY='S'; M=  0, -2,-36,-27,-26,-32,-39,-50,-18,-37,-46,-14, -9, -8,-26, 86,  4,-43,-59,-44;
/M: SY='K'; M=-26,-57, 12, 14,-57,-45, -9,-54, 58,-45,-45, -6, 48, 22,  8, 15,-34,-37,  4,-46;
/M: SY='Y'; M= -6,-52,-31,-27, 51,-56,-40, 26,  9, 11, -3,-48,-55,-44,-30,-21,-38, 16,-34, 56;
/M: SY='V'; M=-38,-16,-63,-58,  6,-65,-60, 57,-56, 24, -6,-57,-57,-55,-57,-49,-35, 64,-56,-34;
/M: SY='I'; M=-42,-31,-64,-60, 36,-44,-56, 67,-56, 26,  2,-56,-57,-55,-57,-51,-38, 38,-47,-10;
/M: SY='C'; M= 45, 52,-50,-47, -9,-26,-47, 18,-46, -8, 24,-42,-50,-43,-49, 18, 10,  9,-53,  4;
/I:         I=-45; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='T'; M=  0, 38,-17,-39,-49,-40,-44,-29,-29,-37,-42, -1,-42,-37,-44, 48, 78,-34,-65,-46;
/M: SY='T'; M= -3, 11,-37,-38,-49,-38,-44,-43,-37,-47,-43,-26,-41,-36,-43, 59, 82,-35,-64,-45;
/M: SY='N'; M=-29,-46,-15,-36,-55,-30,-23,-54,-27,-61,-48,111,-51,-29,-36, -7,  1,-55,-74,-50;
/M: SY='N'; M= -5, -6,-27,-21, 29,-34, 26,-34, 10, 12, -5, 31,-52, 17,  1,  2,-14,  5,-11,  1;
/M: SY='P'; M= -6,-53,-25,  8,  6,-15,  7,-31,-15,  2,-20,  5, 51,  0, -8,  7,  1,-10,-49, 19;
/M: SY='T'; M=-10,  5, 16, 14, -4, -9, 18,-28, -7,-21,-15, 23, -7, -5, -4, 13, 43,-30,-60,-41;
/M: SY='P'; M= 16,  9,-25,-14,  7,-20,-48,  5,-45,  8, -4,-33, 69,-19,-50,-11,-36, 13,-54,-42;
/I:         I=-33; MI=0; MD=-57; IM=0; DM=-57;
/M: SY='P'; M=  4,-26,  9,-25,-47,-47, -4,  4, 17, -9,-35,  3, 34,  2,  1, -5, 31, 14,-60,-44;
/M: SY='P'; M=-27,-25,  0, 14,-28,-25,-41,-25,  7,-20,-17, 23, 61, -8,-39, 17, 20,  0,-60,-47;
/M: SY='P'; M= 20, 15,-15, 15,-50,-15, -2,-15,  0,-23, 20,-16, 52,-35, -6,  1, -7,  6,-59,-47;
/M: SY='T'; M=-12,-48, 31, -8,-49, 10,-41,-40,  9, -5,-18,  3,-27,-17,-22, 22, 50, -6,-62,-45;
/M: SY='V'; M=-27,-50,-31,-50,-12,-29, 32, 43,-31, 18, 26,-11,-54,-45,-49, -6,-35, 46,-54,  9;
/M: SY='H'; M= 15,-50,-38, -2,-44,-44, 32,-24,-13,-15, -9, 21, 27,-33, 22, 16, 19,  7,-57,  3;
/M: SY='D'; M=-20, 37, 63, -6,  0,-43, 37,-54,-30,-51,-16, 41,-49,-32, 25,  8,-11,-42,-63,-10;
/M: SY='P'; M= 21,-19, -7,-10,-17,-38,-41,-11,  1, -1,-11, -5, 64,-24,-27, 16,-26,-27,-51, 13;
/M: SY='D'; M= 10,-54, 46, 44,-57, 23,-39,-51, 10,-51, 17,-20, 19,-29,-24, -8,-17,-22,-60,-49;
/M: SY='A'; M= 80,-43,-24,-38,-54,-14,-48,-21,-42,-35,-40,-40, 20,-38,-47,  1,-31,-32,-55,-50;
/M: SY='F'; M=-14,-18,-60,-56, 72,-59, -8, 11,-53, 27, 10,-54,-60,-53,-52,-48,-41, 21,-32, 46;
/M: SY='Y'; M=-14, 18, -9,  8, -4,-37,  4,-44, -1,-12,  0, 12,-52, -1, 42,  5,-22,-39,  3, 59;
/M: SY='R'; M=-30,-58,-38,-33,-52,-49,-31,-31, -3,-40,-10, 40,-53,-22, 94,-20,-40,-50, 15,-41;
/M: SY='R'; M=-46,-61, -7,-30,-54,-55,-31,-59, -4,-36,-42,-15,-54,-20,104,-40,-44,-54,-56,-41;
/M: SY='R'; M=-30,-54,-53,-45, 49,-59,-43, 33,-13, -6, 11,-25,-56,-38, 63,-45,-40, 16,-11,-15;
/M: SY='H'; M=  1,-53, 40,-32, 10,-30, 71,-21,-12,-12,-19, 19,  2,-24, 11,-34,  9,-30,-13, -5;
/I:         I=-31; MD=-53;
/M: SY='F'; M=-43,-68,-32,-67, 36,-75,  4, 27,-52, -1,-11,-64,-71,-41,-66,-61,-12,  2, 29, -5; D=-31;
/I:         I=-31; MI=0; MD=-53; IM=0; DM=-53;
/M: SY='V'; M=  0, 23,-54, -9, 30,-58,-21, 29,-37,  9, -9,-51,-56,-48,-25,-27,-13, 47,-51,  0; D=-31;
/I:         I=-31; DM=-53;
/M: SY='D'; M=-13, 27, 52,  2,-29,-49,  9, -3,-13, -6,-36, 14,-50, -5, -5,-26, 14, 11,-58, 16;
/M: SY='V'; M=-30, 39,-56,-35,-33,-48,-53, 37,-18,  2, 34,-22,  5,-49,-50,-44,-17, 60,-57, -1;
/M: SY='E'; M=-19,-53, 19, 47,-49,-48,  4,-43, 12, -9,-40, -5,-23,-14, 28, 18, 11, -2,-59,-24;
/M: SY='V'; M= 12, 31,-54,-51,-11,-30,-53, 33,-46, -1,  2,-14,-54,-47, -7, -7, -7, 56,-59,-40;
/M: SY='R'; M= -6,-16, 16, 18,-53,-30,-11,-43, 26,-42,-32, -9, 25, 17, 39, 18, -4,-22,-56, -9;
/M: SY='P'; M=  9,-56, 30,  1,-54, -7,-19,-26, -8,-21,-16, 12, 54, -1, 35,-30,-19,-12,-60,-47;
/M: SY='K'; M=  4,-52,  7, 24,-50,  4,-15,-14, 45,-26,  3, 10,-28,-14,-11, -8,-17,  8,  2,-44;
/M: SY='P'; M= -6, -4, -4, 31,  7,-40,-38,-21,  5,-35,-39,-12, 49, -5,  8,-18,-18,  7,-46, 35;
/M: SY='E'; M= -8,-54,  6, 44,-38, 17,  9,-34, 24,-29, -4,-11, -1, 13,  2, -2,  4,-38,-56,-21;
/M: SY='Y'; M=-28,  1,  6,-22, 31,-53,  4,-23,  5,-34, 18,-19,-53,-39, -5,-27, 16, 14, 52, 68;
/M: SY='D'; M= -8,-53, 28, 10,  1,-35,-14,-11, 11,-10,-15,  2, 21, -8,  8, 16,  3, -8,-54, -5;
/M: SY='R'; M=-21,-56, -5, -8,  8, -6, 17,-11, 26,-35,-39, -2, 33,  6, 35, -9,-11,-19,-48, 22;
/M: SY='G'; M=  0,-52, 26, 17,-33, 28,-21,-50,  2,-50,  1, 28, -7, -6,  4,  2, 16,-22, -3,-21;
/M: SY='N'; M= -7, 22, 25, -9, -7, 23, 17,-45, -6,-45,-27, 40, 28, -1,  1,  3,-15,-22,-60,-44;
/M: SY='P'; M=  2,-54,-12, -4,  7,-19,-14,-22, 22,  5,  5,-15, 48,  3, 18, -9,-19,-18,-10,-39;
/M: SY='D'; M=-22,-26, 36, -5,-47, 24,-10,-18, -3,  7, -2, 30,-11,-36,-15, -4, 26,-33, -6,-44;
/M: SY='D'; M= 13,  5, 37,-25,-27, -3,  7,-21,  5, -7,  1, 15, 25,-22,-10,-13,-36,  3,-56,  7;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 122 in 122 different sequences
Number of true positive hits 122 in 122 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 8
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 93.85 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SF3 helicase
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
122 sequences

POL1_ARMVN  (Q6W8W5), POL1_BBWVS  (Q76L40), POL1_BPMV   (Q9YJU5), 
POL1_BRAV   (Q8V5E0), POL1_BRSV   (P18522), POL1_CNSV   (Q8QVV0), 
POL1_CPMVS  (P03600), POL1_CPSMV  (P36312), POL1_CRLVP  (Q6EWG9), 
POL1_GCMV   (P13025), POL1_GFLV   (P29149), POL1_RCMV   (P35930), 
POL1_RRVC   (Q6W8W4), POL1_SDVS5  (Q9WAL8), POL1_TBRVM  (Q8B8X3), 
POL1_TORVR  (P29150), POL1_TOTV   (A1XIP9), POL1_TRSVB  (Q88893), 
POLG_AEVCA  (Q9YLS4), POLG_AEVL2  (Q6WQ42), POLG_AEVVR  (Q6R325), 
POLG_BECN1  (Q288N7), POLG_BECNB  (Q8JN60), POLG_BOVEV  (P12915), 
POLG_CACV4  (Q8V736), POLG_CX16G  (Q65900), POLG_CX16T  (Q9QF31), 
POLG_CXA21  (P22055), POLG_CXA24  (P36290), POLG_CXA9   (P21404), 
POLG_CXB1J  (P08291), POLG_CXB2O  (Q9YLG5), POLG_CXB3N  (P03313), 
POLG_CXB3W  (Q66282), POLG_CXB4E  (Q86887), POLG_CXB4J  (P08292), 
POLG_CXB5P  (Q03053), POLG_CXB6S  (Q9QL88), POLG_EBHSG  (Q96725), 
POLG_EC01F  (O91734), POLG_EC05N  (Q9YLJ1), POLG_EC06C  (Q66474), 
POLG_EC09B  (Q66577), POLG_EC09H  (Q66849), POLG_EC11G  (P29813), 
POLG_EC12T  (Q66575), POLG_EC30B  (Q9WN78), POLG_EMCV   (P03304), 
POLG_EMCVB  (P17593), POLG_EMCVD  (P17594), POLG_EMCVR  (Q66765), 
POLG_ENMGO  (P12296), POLG_FCVC6  (P27407), POLG_FCVF4  (P27408), 
POLG_FCVF9  (P27409), POLG_FCVUR  (Q66914), POLG_FMDV1  (P03306), 
POLG_FMDV5  (P03307), POLG_FMDVA  (P03308), POLG_FMDVC  (P03309), 
POLG_FMDVI  (P03310), POLG_FMDVO  (P03305), POLG_FMDVS  (P03311), 
POLG_FMDVT  (P15072), POLG_FMDVZ  (P49303), POLG_HAV88  (Q8V0N6), 
POLG_HAVCF  (Q5Y944), POLG_HAVGB  (Q67825), POLG_HAVH2  (A3FMB2), 
POLG_HAVHM  (P08617), POLG_HAVJ8  (A5LGW7), POLG_HAVLA  (P06441), 
POLG_HAVMB  (P13901), POLG_HAVNO  (Q9DWR1), POLG_HAVS2  (P14553), 
POLG_HE701  (P32537), POLG_HE71B  (Q66478), POLG_HE71M  (Q66479), 
POLG_HPE1H  (Q66578), POLG_HPE23  (Q9YID8), POLG_HPE2W  (O73556), 
POLG_HRV14  (P03303), POLG_HRV16  (Q82122), POLG_HRV1A  (P23008), 
POLG_HRV1B  (P12916), POLG_HRV2   (P04936), POLG_HRV3   (Q82081), 
POLG_HRV8A  (P07210), POLG_LORDV  (P54634), POLG_NVN68  (Q83883), 
POLG_PESV   (Q9QEJ5), POLG_PEV9U  (O41174), POLG_POL1M  (P03300), 
POLG_POL1S  (P03301), POLG_POL2L  (P06210), POLG_POL2W  (P23069), 
POLG_POL32  (P06209), POLG_POL3L  (P03302), POLG_PYFV1  (Q05057), 
POLG_RHDV3  (P27411), POLG_RHDVA  (Q86119), POLG_RHDVB  (Q89273), 
POLG_RHDVF  (P27410), POLG_RHDVS  (Q86117), POLG_RTSVA  (Q83034), 
POLG_RTSVT  (Q91PP5), POLG_SMSV1  (P36286), POLG_SMSV4  (P36287), 
POLG_SOUV3  (Q04544), POLG_SVDVH  (P16604), POLG_SVDVU  (P13900), 
POLG_SVM10  (Q6XDK8), POLG_SVM93  (Q69014), POLG_SVSAP  (Q672I1), 
POLG_TMEVB  (P08544), POLG_TMEVD  (P13899), POLG_TMEVG  (P08545), 
POLG_VESVA  (Q9DUN3), POLN_ABPVR  (Q9DSN9), POLN_CRPVC  (Q9IJX4), 
POLN_DCVEB  (O36966), POLR_NORAV  (Q27YG9)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
8 sequences

H962R_ASFB7 (Q65162), H962R_ASFK5 (P0C9X2), H962R_ASFM2 (Q8V9U4), 
H962R_ASFP4 (P0C9X3), H962R_ASFWA (P0C9X1), LT_POVKI    (A3R4N4), 
LT_POVWU    (A5HBG1), YL207_MIMIV (Q5UQ22)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission