Entry: PS51223

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] MAP
Accession [info] PS51223
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51223
Associated ProRule [info] PRU00567

Name and characterization of the entry

Description [info] MAP repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=110;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=110;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8892710; R2=0.0119589; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1768.43396; R2=40.04717; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=553; N_SCORE=10.0; H_SCORE=25597; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=386; N_SCORE=6.5; H_SCORE=17227; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='B'; M=  7, 27,-20, 23,  3,-26, -3, -3,-23, -3,-23,-20, 24,-14, -3,-10,  7, -3,-20,-33,-20,  0;
/M: SY='K'; M=-14, -7,-30, -7, -1, -9,-24,  1,-19, 29,-19, -6, -7,-17,  3, 16,-14,-10,-16, -2, 22, -1;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='A'; M= 16,-13, -6,-16,-13, -6,-10,-16,  7,-10,  0,  0,-13,-13,-13,-13,  0,  0, 16,-16,-10,-13; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='Y'; M=-10,  6,-16,  0, -7,  3,-10, 10, -6, -3,-10, -6, 13,-16, -3, -3, -3, -3,-13, -3, 20, -7; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='Y'; M= -3, -6,-13, -6, -6,  3,-10,  3, -7, -6,-10, -7, -3,-13, -3, -6,  7,  3, -6, -4, 19, -6; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='Q'; M=-13, -7,-30, -7,  7,-17,-23, 13,-13,  3,-13,  0, -7,-17, 37,  3, -7,-10,-23, -4, 20, 20;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='T'; M=  4,  0,-10, -6, -6,-14,-13,-16,-14,-10,-17,-14,  4,-10, -6,-10, 27, 39, -4,-34,-14, -6;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='N'; M= 13, 11,-14, -3, -6,-17, -6, -9,-14, -6,-17,-14, 18,-14, -6,-10, 13, 16,-11,-30,-17, -6;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-14,-30,-26,  4,-30,-26, 26,-24, 24, 14,-30,-30,-26,-20,-17, -4, 36,-26, -6,-26;
/M: SY='N'; M= -4, 27,-17, 14,  0,-20,  0,  4,-20, -3,-30,-20, 44,-17,  0, -3, 20,  6,-24,-40,-20,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='S'; M=  7,  0,-10, -3, -3,-17, -7,-13,-17,-10,-23,-17,  7,-10, -3,-10, 33, 30, -7,-37,-17, -3;
/M: SY='T'; M= -3,  0,-16, -7,  0,-20,-20,-10,-13, -4,-13, -7,  0,-10, 12, -4, 14, 31,-10,-27,-10,  6;
/M: SY='N'; M=-10, 20,-27, 10,  0,-23, -7,  0,-20, -3,-30,-20, 34, 16, -3, -7,  3, -3,-30,-37,-23, -3;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='L'; M= 10,-23,-17,-27,-17,  0,-20,-20, 10,-23, 30, 10,-23,-23,-17,-20,-17, -7,  7,-20, -7,-17;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='N'; M=-10, 27,-23, 13,  3,-23, -7,  3,-23, 16,-30,-17, 40,-17,  3, 10,  3, -3,-27,-33,-17,  3;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-17, -3,  0,-20,-13,-13,-20, 10,-24,-14,  4,-10,  0,  3, 17, 20,-10,-30,-14,  0;
/M: SY='F'; M=-17,-30,-20,-37,-27, 57,-30,-20,  7,-30, 23,  7,-23,-30,-33,-20,-23,-10,  3,  0, 20,-27;
/M: SY='S'; M=  4, 13,-13,  6,  0,-20,  0, -4,-20, -7,-30,-20, 26,-13,  0, -7, 30, 14,-16,-40,-20,  0;
/M: SY='N'; M=-10, 27,-23, 14,  3,-23, -6,  4,-23, 16,-30,-17, 41,-17,  3, 10,  4, -3,-27,-34,-17,  3;
/M: SY='K'; M=-10, 13,-27,  6,  7,-27,-14, -4,-27, 34,-30,-13, 19,-13,  7, 20, -4, -7,-23,-26,-13,  7;
/M: SY='Q'; M=-10, -7,-34, -4, 13,-36,-20, -1,-20,  3,-24, -7, -7, 25, 35, -1, -4,-10,-30,-24,-17, 22;
/M: SY='W'; M=-14,-11,-31,-18,-17,  0,-17,-14, -7,-17,  0, -7, -5,-27,-14,-14,-21,-14,-17, 33,  4,-14;
/M: SY='I'; M= -6,-19,-23,-29,-23, -4,-33,-26, 29,-23,  9,  9,-13,-16,-16,-23, -6, 11, 19,-24, -4,-23;
/M: SY='N'; M=  0, 11,-20,  4, -7,-23, 23, -6,-27,-10,-30,-20, 24,-17, -7,-10, 16,  0,-24,-33,-23, -7;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 13,-33,-20, -3,-27, 37,-27, -7,  0,-10, 26, 23, -7,-10,-23,-20,-10, 20;
/M: SY='D'; M=-16, 46,-26, 52, 13,-33, -6,  4,-33,  0,-30,-26, 34,-14,  0, -6,  4, -6,-30,-40,-20,  6;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='N'; M= -6, 16,-20,  9, 16,-20,-13, -4,-20,  0,-20,-16, 20,-10,  3, -4, 10, 14,-19,-33,-16,  9;
/M: SY='D'; M= -6, 16,-23, 22, 10,-30,-10, -7,-30, 13,-30,-20, 10,-10,  3,  3, 11,  1,-20,-33,-17,  6;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 14,-34,-20, -3,-26, 36,-26, -6,  0,-10, 28, 23, -6,-10,-24,-20,-10, 21;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-17,-34,-30,  0,-34,-30, 37,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 43,-26, -6,-30;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='K'; M=-10,  3,-30,  6, 26,-30,-20, -7,-30, 37,-27,-13,  0, -7, 13, 20, -7,-10,-23,-23,-13, 20;
/M: SY='H'; M=-10,  0,-24,  0,  0,-20,-14, 65,-27,-10,-23, -6, 10,-17,  7, -3,  6, -7,-24,-33,  7,  0;
/M: SY='D'; M=-17, 47,-27, 54, 14,-34, -7,  3,-34,  0,-30,-27, 33,-13,  0, -7,  3, -7,-30,-40,-20,  7;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='S'; M=  0, 13,-13,  3, -3,-17, -6, -7,-17, -7,-24,-17, 23,-13, -3, -7, 24, 23,-13,-37,-17, -3;
/M: SY='D'; M=-16, 36,-30, 52, 34,-36,-14,  0,-36,  4,-26,-26, 13, -6,  7, -6,  0,-10,-30,-36,-20, 21;
/M: SY='I'; M= -7,-19,-24,-23,-12,-14,-30,-16, 19,-13,  3, 10,-16,-20,  5,-13,-10, -7, 15,-23, -7, -5;
/M: SY='D'; M=-17, 37,-30, 54, 33,-37,-13,  0,-37,  3,-27,-27, 13, -7,  7, -7,  0,-10,-30,-37,-20, 20;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 44,-27,-10,  0,-13, 10, 43,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='F'; M=-17,-26,-24,-30,-23, 40,-30, -6,  6,-23, 19,  6,-23,-30,-23,-16,-23,-10,  0,  7, 38,-23;
/M: SY='A'; M= 37, -7,-10,-14, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-16,-13, -4,-10, -7,-17, 20,  6, -3,-26,-20, -7;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 16,-36,-20,  3,-24, 24,-24, -4,  0,-10, 42, 17, -4,-10,-26,-20,-10, 29;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K'; M=-14, -7,-30, -7, -1, -9,-24,  1,-19, 29,-19, -6, -7,-17,  3, 16,-14,-10,-16, -2, 22, -1;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-17,-33,-30,  0,-33,-30, 37,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 43,-27, -7,-30;
/M: SY='H'; M=-17,  6,-27, -1, -7, -2,-17, 43,-16, -7,-16, -6, 15,-24,  0, -4, -7,-10,-23,-12, 28, -7;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='G'; M= -3, -4,-24, -7, -7,-24, 12,-17,-27,  6,-24,-14,  0,-14, -7,  0,  3,  6,-17,-23,-17, -7;
/M: SY='K'; M= -7,  0,-23, -3,  3,-23,-20,-13,-23, 30,-23,-10,  0,-10,  3, 17,  0, 10,-13,-23,-10,  3;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-30, -4, 10,-30,-20,  0,-27, 30,-23, -7,  0,-14, 26, 38, -7,-10,-23,-20,-10, 16;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-17,-34,-30,  0,-34,-30, 37,-24, 14, 14,-26,-26,-26,-24,-14, -4, 43,-26, -6,-30;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-26,  4,-33,-26, 33,-27, 27, 17,-27,-27,-23,-23,-20, -7, 30,-23, -3,-26;
/M: SY='D'; M=-16, 32,-30, 45, 20,-40,-14,  4,-33,  4,-26,-19, 13,-10, 21, -3,  0,-10,-30,-33,-16, 21;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='K'; M=-10, 14,-26,  7,  6,-26,-13, -3,-26, 32,-30,-14, 21,-14,  6, 19, -3, -6,-24,-27,-14,  6;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='D'; M=-10, 13,-30, 20,  4,-33, 12,-10,-36, 11,-30,-20,  7,-13, -3,  1, -4,-13,-26,-27,-20,  0;
/M: SY='I'; M=-10, -5,-26,-19,-19, -7,-26,-16, 25,-19,  2,  6,  8,-20,-13,-19, -9, -6,  9,-27, -7,-19;
/M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-27,-23, 46,-30,  7,  0,-17,  3,  0,-20,-30,-20,-13,-20,-10, -7, 23, 64,-23;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='A'; M= 27,-10,-17,-17, -7,-20, -7,-13,-17,  3,-13,-10, -7,-13, -3, 10,  3, -3, -7,-20,-17, -7;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-20,-36,-30, 26,-33,-27, 27,-26, 13, 10,-24,-27,-30,-23,-16, -6, 27,-14,  6,-30;
/M: SY='H'; M= -7, 13,-20,  6,  0,-20, -7, 35,-24, -7,-26,-13, 26,-17,  4, -3, 13,  0,-23,-36, -6,  0;
/M: SY='A'; M= 21,-13,-10,-17,-13,-13,-10,-20,  0,-13,-10, -7,-10,-17,-13,-17, 13,  6, 13,-30,-17,-13;
/M: SY='K'; M= -4,  0,-24,  0,  7,-27,-14,-10,-27, 31,-30,-13,  3,-10,  7, 17,  6,  0,-17,-26,-13,  7;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-23,-36,-30,  0,-36,-30, 43,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 37,-24, -4,-30;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='R'; M= -7, -4,-24, -4,  3,-23,-14, -6,-27, 24,-26,-13,  3,-14,  7, 31,  6,  0,-17,-26,-13,  3;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='D'; M=-13, 33,-27, 36, 28,-30,-10,  3,-30,  4,-26,-23, 26,-10,  7, -3,  3, -7,-30,-36,-20, 17;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='N'; M= -6, 26,-16,  9, -4,-16, -7, -1,-16, -4,-23,-16, 39,-16, -4, -4, 14, 18,-19,-36,-16, -4;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='K'; M=-13, 16,-30, 22, 13,-33,-17, -7,-33, 34,-30,-16,  6,-10,  7, 17, -7,-10,-23,-26,-13, 10;
/M: SY='T'; M= -3,  0,-17, -7,  0,-20,-20,-10,-13, -3,-13, -7,  0,-10, 13, -3, 13, 30,-10,-27,-10,  6;
/I:         I=-4; MD=-23;
/M: SY='Q'; M= -6,  0,-19,  0, 10,-23,-13,  0,-16, 19,-16, -3,  0, -6, 23, 13, -3, -6,-16,-13, -6, 16; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='K'; M=  0,  0,-13,  0,  3,-16, -6, -6,-16, 13,-19,-10,  3, -6,  3,  6, 10,  3,-10,-20,-10,  3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='H'; M=-10,  0,-19,  0,  3,-16,-13, 29,-19, 13,-16, -3,  3,-10,  6, 10, -6,-10,-16,-16,  3,  3; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='I'; M=  0,-10,-13,-13,-10, -7,-13,-13,  9,-13, -3,  0, -3,-10, -6,-13,  7,  3,  6,-20, -7,-10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='N'; M= -6, 16,-16, 13, 19,-16, -6,  3,-16,  3,-16,-13, 20, -7,  6,  0,  3, -3,-19,-23,-13, 13; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-23;
/M: SY='N'; M= -6,  9,-27,  3, -4,-27, 18, -7,-30,  9,-30,-17, 19,-17, -4,  3,  0,-10,-27,-26,-20, -4;
/M: SY='T'; M= 13, -3,-16,-10, -4,-20,-13,-17,-16,  9,-16,-10, -3,-10, -4, -1,  7, 14, -6,-24,-13, -4;
/M: SY='A'; M=  9,-13,-20,-16, -6,-14,-17,-16, -7,  5,  3,  0,-13,-17, -6, -2,-10, -7, -4,-20,-10, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 31 in 6 different sequences
Number of true positive hits 31 in 6 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] S_Ohji
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 6
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] MAP
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
6 sequences

MAP_STAAM   (Q99QS1), MAP_STAAN   (P69775), MAP_STAAR   (Q6GFB8), 
MAP_STAAU   (Q53599), OMP7_STAAC  (Q5HEI2), OMP7_STAAE  (A6QIG2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

OMP7_STAAU  (P0C6P4)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission