Entry: PS51253

General information about the entry

Entry name [info] HTH_CENPB
Accession [info] PS51253
Entry type [info] MATRIX
Date [info] SEP-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51253
Associated ProRule [info] PRU00583

Name and characterization of the entry

Description [info] CENPB-type HTH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8599651; R2=0.0159268; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3271.52313; R2=17.45907; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=355; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8352; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=229; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7270; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M= -4, -2,-22, -2,  5,-21,-16, -8,-13,  1,-14, -7, -1,-10,  4,  0,  0, -3,-11,-27,-13,  4;
/M: SY='R'; M=  0,-12,-16,-15, -5,-15,-16,-12, -8, -4, -8, -4, -9,-15, -4,  2, -3, -4, -3,-25,-13, -6;
/M: SY='R'; M= -8, -6,-26, -9, -3,-15,-16, -3,-15, 10,-16, -6, -1,-15,  0, 12, -5, -5,-12,-20, -5, -3;
/M: SY='R'; M= -8, -3,-26, -5,  2,-23,-11, -6,-22, 11,-19,-10,  2, -9,  5, 19, -2, -4,-18,-24,-14,  1;
/M: SY='R'; M= -8, -4,-25, -7, -2,-17,-14, -2,-15,  4,-15, -5,  1, -9,  0,  5, -3, -3,-14,-25, -9, -2;
/M: SY='R'; M=-10, -5,-25, -8, -2,-19,-11, -4,-23, 12,-18,-10,  1,-18,  3, 25, -5, -5,-18,-18,-10, -1;
/M: SY='K'; M= -6, -4,-26, -5,  3,-23,-15, -1,-19, 10,-18, -7, -1, -7,  9,  8, -2, -5,-17,-24,-10,  5;
/M: SY='R'; M= -1,-11,-21,-13, -6,-15, -9,-11,-15,  0,-13, -8, -7,-11, -5,  2, -3, -5,-10,-22,-11, -7;
/M: SY='L'; M=-10,-12,-24,-14, -5, -6,-22,-11, -6,  1,  3,  0, -9,-17, -5,  3,-13, -7, -7,-21, -5, -5;
/M: SY='Y'; M= -8, -9,-20,-13,-13,  2,-16, -4, -7,-13, -9, -6, -5,-20,-10,-11, -1,  2, -8, -6, 12,-12;
/M: SY='P'; M= -3, -5,-27, -2,  5,-21,-15,-12,-16, -5,-18,-13, -6, 16, -2, -9, -1, -4,-16,-28,-18,  0;
/M: SY='D'; M= -8,  5,-24,  7,  5,-18,-16, -4,-14, -4,-10, -8,  0,-15,  1, -6, -3, -4,-13,-24, -9,  2;
/M: SY='M'; M= -7,-17,-22,-18, -7,-10,-26,-12,  9,-12, 11, 12,-17,-20,  3,-11,-13, -8,  6,-23, -6, -2;
/M: SY='E'; M=-12, 18,-29, 27, 43,-30,-15,  0,-31,  7,-22,-21,  7, -5, 13, -1,  1, -8,-29,-31,-18, 28;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-25,  9, 18,-26,-16, -4,-27, 15,-21,-14,  4,-11,  8, 12, -3, -7,-21,-27,-14, 12;
/M: SY='A'; M=  9,-13,-15,-16, -7,-12,-17,-15, -3, -8, -1, -1,-12,-17, -8, -8, -4, -3,  2,-23,-11, -8;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-16,-31,-23,  6,-30,-23, 24,-26, 35, 19,-29,-29,-22,-20,-23, -7, 22,-23, -3,-23;
/M: SY='Y'; M= -2,-17,-20,-19,-14,  1,-23,-10,  5,-14,  4,  2,-15,-21,-13,-15, -9, -4,  5,-13,  8,-14;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-24,  9, 20,-24,-17, -3,-20,  5,-16,-11,  3,-10,  9,  1, -1, -6,-19,-28,-14, 14;
/M: SY='W'; M=-19,-33,-44,-33,-24, 13,-22,-18,-16,-16,-15,-15,-33,-29,-17,-16,-34,-25,-25,112, 35,-18;
/M: SY='I'; M=-10,-27,-20,-34,-26, 12,-33,-22, 27,-26, 17, 13,-21,-24,-21,-23,-18, -8, 19,-16,  5,-25;
/M: SY='L'; M= -9, -9,-22,-10, -1,-13,-23, -6, -4, -6,  2,  0, -7,-18,  1, -1, -9, -6, -6,-25, -7, -2;
/M: SY='Q'; M= -9,  2,-26,  4,  8,-23,-16, -3,-19,  5,-15, -9,  1,-14, 12,  9, -2, -5,-17,-24,-10,  9;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Q'; M= -5,-12,-19,-14, -3,-15,-21, -6, -5, -3,  0,  4,-11,-18,  9, -1, -8, -7, -7,-21, -5,  2; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='R'; M=-11,  2,-26,  3,  9,-22,-17, -2,-19,  7,-16, -9,  1,-14, 12, 13, -2, -5,-17,-25,-11,  9; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='E'; M=  2,  0,-19, -1,  5,-21,-12, -9,-18,  2,-17,-12, -1,-13,  2, -1,  2, -3,-13,-21,-13,  3; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='R'; M= -8, -4,-26, -4,  8,-21,-18, -1,-18, 10,-11, -4, -2,-13, 10, 14, -7, -8,-16,-24,-10,  8; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G'; M= -5,  1,-27,  0, -8,-26, 34, -7,-32, -8,-27,-17,  9,-18, -7, -7,  0,-14,-27,-23,-21, -8; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='I'; M= -4,-16,-23,-19,-13, -2,-16,-15,  5,-16,  4,  4,-13,-20,-12,-15,-10, -6,  3,-18, -4,-13;
/M: SY='P'; M= -1,-12,-26, -9, -1,-23,-15,-14,-17, -7,-22,-13,-11, 35, -5,-11, -1, -4,-18,-27,-20, -6;
/M: SY='I'; M= -6,-27,-24,-28,-20, -6,-29,-25, 20,-21, 11,  8,-24, -1,-19,-20,-16, -7, 16,-25,-10,-22;
/M: SY='T'; M=  1,  3,-12, -2, -3,-17,-11,-10,-18, -5,-21,-15,  8,-12, -3, -2, 23, 25,-10,-34,-15, -3;
/M: SY='G'; M= -6, -3,-25, -2, -2,-23,  4, -1,-24, -4,-18,-12,  0,-10, -3, -2, -4,-11,-21,-26,-16, -4;
/M: SY='E'; M= -3,  1,-26,  2, 11,-26,-10, -6,-20,  2,-20,-13,  1,  2,  6, -3,  1, -6,-20,-28,-18,  8;
/M: SY='M'; M= -6, -8,-23,-10, -4,-13,-22,-10,  2, -8,  1,  8, -9,-16,  1,-10, -8, -3, -2,-21, -6, -2;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-21,-35,-27,  3,-35,-26, 36,-28, 27, 18,-25,-25,-21,-25,-21, -9, 26,-22, -2,-27;
/M: SY='R'; M=-11, -9,-26,-11,  1,-20,-21, -6,-15, 15,-12, -2, -6,-17, 12, 24, -9, -9,-12,-21, -9,  5;
/M: SY='E'; M= -7,  8,-27, 13, 24,-27,-14,  0,-25,  7,-19,-14,  3, -9, 14,  2, -1, -7,-24,-27,-14, 18;
/M: SY='K'; M= -7,-11,-20,-15, -6, -5,-21, -7,-10,  7, -9,  2, -9,-17,  0,  3, -8, -4, -8,-16,  1, -3;
/M: SY='A'; M= 45,-11,-11,-20,-11,-19, -1,-20, -9,-11,-10,-10,-11,-11,-11,-20,  8, -1,  1,-16,-18,-11;
/M: SY='K'; M= -9,  1,-24, -1,  6,-21,-18, -5,-16,  8,-12, -6,  2,-15,  7,  7, -5, -6,-15,-26,-12,  6;
/M: SY='E'; M= -6, -3,-23, -4,  4,-14,-17, -8,-13, -1,-10, -8, -1,-15,  2,  4, -1, -2,-12,-25,-11,  2;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-23,-32,-24, 18,-31,-20, 22,-26, 23, 13,-22,-25,-22,-22,-20, -7, 13,-13,  8,-24;
/M: SY='A'; M=  5,-17,-19,-21,-15, -2,-16,-12, -4,-15,  3, -1,-15,-21,-13,-13, -9, -6, -4, -4,  0,-14;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='R'; M= -4,  4,-22,  2,  4,-21,-12,  3,-19,  5,-19,-10,  7,-14,  7,  8,  2, -4,-17,-25,-10,  4; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='E'; M= -4, -3,-19, -2,  8,-21,-17, -6,-15,  4,-12, -7, -4,-11,  7,  3, -2, -5,-12,-25,-13,  7; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='L'; M= -7,-16,-19,-20,-12, -2,-19,-10,  5,-13, 11, 10,-12,-18, -7, -8,-13, -7,  0,-19, -4,-11; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='G'; M= -5, -4,-23, -4, -7,-19, 19, -5,-23, -7,-20,-12,  2, -6, -8, -9, -2,-10,-20,-18,-14, -9; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M:         M= -5, -3,-18, -3, -1,-12,-11, -5, -7, -4, -6, -3, -2,-10, -1, -3, -2, -4, -7,-19, -7, -2; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D'; M= -6,  3,-21,  4,  0,-16,-10, -6,-14, -5,-12, -9,  1, -7, -3, -6,  0, -2,-12,-23,-11, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='F'; M=-11,-18,-21,-21,-12, 19,-19,-16,-11,-11, -6, -6,-13, -6,-17, -9,-12, -9,-10,-11,  1,-13; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='K'; M= -7, -3,-20, -5,  2,-15,-17, -7,-17,  5,-18,-10, -1, -7, -1,  0, -1, -1,-13,-25,-10,  0;
/M: SY='A'; M=  7,-20,-17,-24,-19,  6,-16,-21,  2,-19,  2, -2,-18,-12,-21,-20, -8, -4,  6,-17, -5,-20;
/M: SY='S'; M=  3,  3,-18,  3, -4,-24, 17, -9,-27,-10,-29,-20, 10,-14, -5,-10, 23,  5,-18,-34,-22, -5;
/M: SY='N'; M= -4,  2,-23, -3, -1,-18,-12, -2,-16,  4,-17, -9,  7,-14,  3,  2,  1, -1,-15,-24, -8,  0;
/M: SY='G'; M= -3,  1,-25, -3, -8,-25, 29,-10,-30, -6,-26,-16, 10,-18, -9, -5,  3, -9,-24,-26,-22, -9;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='L'; M= -8,-28,-14,-31,-23, 12,-30,-23, 17,-27, 27, 11,-26,-27,-23,-21,-21, -8, 15,-17,  0,-23;
/M: SY='D'; M=-10,  5,-24,  7,  7,-17,-15,  6,-19, -3,-17,-11,  3,-14,  4, -3,  1, -3,-17,-22, -3,  4;
/M: SY='R'; M=-14,  0,-28, -2,  3,-23,-13,  1,-28, 23,-23,-12,  7,-17,  9, 40, -5, -8,-21,-24,-12,  3;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-21,-40,-30, 73,-30,-20,  1,-29,  9,  1,-21,-30,-38,-20,-21,-11, -1, 14, 29,-29;
/M: SY='K'; M=-11,-11,-26,-14, -4,-14,-24,-11, -9, 17, -8,  3, -9,-17,  1, 17,-13, -8, -6,-20, -6, -2;
/M: SY='K'; M= -7,  2,-25,  1, 10,-24,-17, -5,-22, 18,-19,-10,  3,-12,  9, 16, -2, -4,-18,-25,-12,  8;
/M: SY='R'; M=-18, -9,-27, -9,  0,-20,-20, -1,-29, 28,-20, -9,  0,-19,  9, 59, -9, -8,-19,-21,-10,  0;
/M: SY='H'; M=-17, -3,-26, -5, -5,-11,-21, 55,-20, -7,-14, -2,  4,-21,  5,  1, -9,-12,-22,-18, 20, -3;
/M: SY='N'; M= -7,  1,-26,  0, -2,-24,  4, -5,-24, -5,-25,-16,  6,  6, -5, -8, -1, -9,-25,-28,-18, -5;
/M: SY='I'; M= -8,-17,-22,-19, -8, -3,-28,-15, 12,-17, 11,  6,-16,-20,-11,-16,-14, -8,  7,-22, -4,-11;
/M:         M= -7, -7,-23, -8, -5,-15,-11, -5,-10, -4, -8, -4, -3,-16, -4, -3, -4, -5, -8,-26, -9, -6;
/M:         M= -9,-12,-20,-16, -8, -2,-19, -7, -9, -4, -6, -3, -7,-17, -6, -3, -9, -7, -9,-15, -2, -7;
/M: SY='T'; M= -5, -6,-19,-10, -8,-11,-17,-12,-10, -1,-10, -4, -3,-13, -6,  0,  0,  6, -5,-25, -9, -8;
/M: SY='R'; M= -6, -5,-19, -6, -1,-19,-16, -8,-18, 10,-16, -9, -2,-15,  2, 12, -4, -6,-12,-24,-12, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 30 in 30 different sequences
Number of true positive hits 30 in 30 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] window20
Author [info] PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HTH CENPB-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
30 sequences

ABP1_SCHPO  (P49777), CBH1_SCHPO  (O14423), CBH2_SCHPO  (O60108), 
CENP1_HUMAN (B2RD01), CENPB_CRIGR (P48988), CENPB_HUMAN (P07199), 
CENPB_MOUSE (P27790), JERKL_HUMAN (Q9Y4A0), JERKL_MOUSE (B2RRL2), 
JERKY_HUMAN (O75564), JERKY_MOUSE (Q60976), PDC2_CANAX  (O60035), 
PDC2_YEAST  (P32896), POGK_HUMAN  (Q9P215), POGK_MOUSE  (Q80TC5), 
POGZ_HUMAN  (Q7Z3K3), POGZ_MOUSE  (Q8BZH4), TIGD1_HUMAN (Q96MW7), 
TIGD2_HUMAN (Q4W5G0), TIGD2_MOUSE (Q0VBL1), TIGD3_HUMAN (Q6B0B8), 
TIGD3_MOUSE (Q7TM95), TIGD4_HUMAN (Q8IY51), TIGD4_MOUSE (Q8BUZ3), 
TIGD5_BOVIN (G3MY25), TIGD5_HUMAN (Q53EQ6), TIGD5_MOUSE (Q499M4), 
TIGD5_RAT   (B1WC39), TIGD6_HUMAN (Q17RP2), TIGD7_HUMAN (Q6NT04)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1HLV; 1IUF

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission