Due to maintenance work, this service will be unavailable from
Mon Nov 11 17:30 until
Tue Nov 12 09:00
CET.
Apologies for the inconvenience.
PROSITE entry PS51253
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | HTH_CENPB |
| Accession [info] | PS51253 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-SEP-2006 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51253 |
| Associated ProRule [info] | PRU00583 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | CENPB-type HTH domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8599651; R2=0.0159268; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3748.7595215; R2=2.4916286; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=355; H_SCORE=4633; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=229; H_SCORE=4319; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -4, -2,-22, -2, 5,-21,-16, -8,-13, 1,-14, -7, -1,-10, 4, 0, 0, -3,-11,-27,-13, 4; /M: SY='R'; M= 0,-12,-16,-15, -5,-15,-16,-12, -8, -4, -8, -4, -9,-15, -4, 2, -3, -4, -3,-25,-13, -6; /M: SY='R'; M= -8, -6,-26, -9, -3,-15,-16, -3,-15, 10,-16, -6, -1,-15, 0, 12, -5, -5,-12,-20, -5, -3; /M: SY='R'; M= -8, -3,-26, -5, 2,-23,-11, -6,-22, 11,-19,-10, 2, -9, 5, 19, -2, -4,-18,-24,-14, 1; /M: SY='R'; M= -8, -4,-25, -7, -2,-17,-14, -2,-15, 4,-15, -5, 1, -9, 0, 5, -3, -3,-14,-25, -9, -2; /M: SY='R'; M=-10, -5,-25, -8, -2,-19,-11, -4,-23, 12,-18,-10, 1,-18, 3, 25, -5, -5,-18,-18,-10, -1; /M: SY='K'; M= -6, -4,-26, -5, 3,-23,-15, -1,-19, 10,-18, -7, -1, -7, 9, 8, -2, -5,-17,-24,-10, 5; /M: SY='R'; M= -1,-11,-21,-13, -6,-15, -9,-11,-15, 0,-13, -8, -7,-11, -5, 2, -3, -5,-10,-22,-11, -7; /M: SY='L'; M=-10,-12,-24,-14, -5, -6,-22,-11, -6, 1, 3, 0, -9,-17, -5, 3,-13, -7, -7,-21, -5, -5; /M: SY='Y'; M= -8, -9,-20,-13,-13, 2,-16, -4, -7,-13, -9, -6, -5,-20,-10,-11, -1, 2, -8, -6, 12,-12; /M: SY='P'; M= -3, -5,-27, -2, 5,-21,-15,-12,-16, -5,-18,-13, -6, 16, -2, -9, -1, -4,-16,-28,-18, 0; /M: SY='D'; M= -8, 5,-24, 7, 5,-18,-16, -4,-14, -4,-10, -8, 0,-15, 1, -6, -3, -4,-13,-24, -9, 2; /M: SY='M'; M= -7,-17,-22,-18, -7,-10,-26,-12, 9,-12, 11, 12,-17,-20, 3,-11,-13, -8, 6,-23, -6, -2; /M: SY='E'; M=-12, 18,-29, 27, 43,-30,-15, 0,-31, 7,-22,-21, 7, -5, 13, -1, 1, -8,-29,-31,-18, 28; /M: SY='E'; M= -8, 7,-25, 9, 18,-26,-16, -4,-27, 15,-21,-14, 4,-11, 8, 12, -3, -7,-21,-27,-14, 12; /M: SY='A'; M= 9,-13,-15,-16, -7,-12,-17,-15, -3, -8, -1, -1,-12,-17, -8, -8, -4, -3, 2,-23,-11, -8; /M: SY='L'; M= -7,-29,-16,-31,-23, 6,-30,-23, 24,-26, 35, 19,-29,-29,-22,-20,-23, -7, 22,-23, -3,-23; /M: SY='Y'; M= -2,-17,-20,-19,-14, 1,-23,-10, 5,-14, 4, 2,-15,-21,-13,-15, -9, -4, 5,-13, 8,-14; /M: SY='E'; M= -8, 7,-24, 9, 20,-24,-17, -3,-20, 5,-16,-11, 3,-10, 9, 1, -1, -6,-19,-28,-14, 14; /M: SY='W'; M=-19,-33,-44,-33,-24, 13,-22,-18,-16,-16,-15,-15,-33,-29,-17,-16,-34,-25,-25,112, 35,-18; /M: SY='I'; M=-10,-27,-20,-34,-26, 12,-33,-22, 27,-26, 17, 13,-21,-24,-21,-23,-18, -8, 19,-16, 5,-25; /M: SY='L'; M= -9, -9,-22,-10, -1,-13,-23, -6, -4, -6, 2, 0, -7,-18, 1, -1, -9, -6, -6,-25, -7, -2; /M: SY='Q'; M= -9, 2,-26, 4, 8,-23,-16, -3,-19, 5,-15, -9, 1,-14, 12, 9, -2, -5,-17,-24,-10, 9; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='Q'; M= -5,-12,-19,-14, -3,-15,-21, -6, -5, -3, 0, 4,-11,-18, 9, -1, -8, -7, -7,-21, -5, 2; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='R'; M=-11, 2,-26, 3, 9,-22,-17, -2,-19, 7,-16, -9, 1,-14, 12, 13, -2, -5,-17,-25,-11, 9; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='E'; M= 2, 0,-19, -1, 5,-21,-12, -9,-18, 2,-17,-12, -1,-13, 2, -1, 2, -3,-13,-21,-13, 3; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='R'; M= -8, -4,-26, -4, 8,-21,-18, -1,-18, 10,-11, -4, -2,-13, 10, 14, -7, -8,-16,-24,-10, 8; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='G'; M= -5, 1,-27, 0, -8,-26, 34, -7,-32, -8,-27,-17, 9,-18, -7, -7, 0,-14,-27,-23,-21, -8; D=-11; /I: I=-11; MI=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='I'; M= -4,-16,-23,-19,-13, -2,-16,-15, 5,-16, 4, 4,-13,-20,-12,-15,-10, -6, 3,-18, -4,-13; /M: SY='P'; M= -1,-12,-26, -9, -1,-23,-15,-14,-17, -7,-22,-13,-11, 35, -5,-11, -1, -4,-18,-27,-20, -6; /M: SY='I'; M= -6,-27,-24,-28,-20, -6,-29,-25, 20,-21, 11, 8,-24, -1,-19,-20,-16, -7, 16,-25,-10,-22; /M: SY='T'; M= 1, 3,-12, -2, -3,-17,-11,-10,-18, -5,-21,-15, 8,-12, -3, -2, 23, 25,-10,-34,-15, -3; /M: SY='G'; M= -6, -3,-25, -2, -2,-23, 4, -1,-24, -4,-18,-12, 0,-10, -3, -2, -4,-11,-21,-26,-16, -4; /M: SY='E'; M= -3, 1,-26, 2, 11,-26,-10, -6,-20, 2,-20,-13, 1, 2, 6, -3, 1, -6,-20,-28,-18, 8; /M: SY='M'; M= -6, -8,-23,-10, -4,-13,-22,-10, 2, -8, 1, 8, -9,-16, 1,-10, -8, -3, -2,-21, -6, -2; /M: SY='I'; M= -9,-30,-21,-35,-27, 3,-35,-26, 36,-28, 27, 18,-25,-25,-21,-25,-21, -9, 26,-22, -2,-27; /M: SY='R'; M=-11, -9,-26,-11, 1,-20,-21, -6,-15, 15,-12, -2, -6,-17, 12, 24, -9, -9,-12,-21, -9, 5; /M: SY='E'; M= -7, 8,-27, 13, 24,-27,-14, 0,-25, 7,-19,-14, 3, -9, 14, 2, -1, -7,-24,-27,-14, 18; /M: SY='K'; M= -7,-11,-20,-15, -6, -5,-21, -7,-10, 7, -9, 2, -9,-17, 0, 3, -8, -4, -8,-16, 1, -3; /M: SY='A'; M= 45,-11,-11,-20,-11,-19, -1,-20, -9,-11,-10,-10,-11,-11,-11,-20, 8, -1, 1,-16,-18,-11; /M: SY='K'; M= -9, 1,-24, -1, 6,-21,-18, -5,-16, 8,-12, -6, 2,-15, 7, 7, -5, -6,-15,-26,-12, 6; /M: SY='E'; M= -6, -3,-23, -4, 4,-14,-17, -8,-13, -1,-10, -8, -1,-15, 2, 4, -1, -2,-12,-25,-11, 2; /M: SY='L'; M=-10,-26,-23,-32,-24, 18,-31,-20, 22,-26, 23, 13,-22,-25,-22,-22,-20, -7, 13,-13, 8,-24; /M: SY='A'; M= 5,-17,-19,-21,-15, -2,-16,-12, -4,-15, 3, -1,-15,-21,-13,-13, -9, -6, -4, -4, 0,-14; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='R'; M= -4, 4,-22, 2, 4,-21,-12, 3,-19, 5,-19,-10, 7,-14, 7, 8, 2, -4,-17,-25,-10, 4; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='E'; M= -4, -3,-19, -2, 8,-21,-17, -6,-15, 4,-12, -7, -4,-11, 7, 3, -2, -5,-12,-25,-13, 7; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='L'; M= -7,-16,-19,-20,-12, -2,-19,-10, 5,-13, 11, 10,-12,-18, -7, -8,-13, -7, 0,-19, -4,-11; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='G'; M= -5, -4,-23, -4, -7,-19, 19, -5,-23, -7,-20,-12, 2, -6, -8, -9, -2,-10,-20,-18,-14, -9; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: M= -5, -3,-18, -3, -1,-12,-11, -5, -7, -4, -6, -3, -2,-10, -1, -3, -2, -4, -7,-19, -7, -2; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='D'; M= -6, 3,-21, 4, 0,-16,-10, -6,-14, -5,-12, -9, 1, -7, -3, -6, 0, -2,-12,-23,-11, -2; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='F'; M=-11,-18,-21,-21,-12, 19,-19,-16,-11,-11, -6, -6,-13, -6,-17, -9,-12, -9,-10,-11, 1,-13; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='K'; M= -7, -3,-20, -5, 2,-15,-17, -7,-17, 5,-18,-10, -1, -7, -1, 0, -1, -1,-13,-25,-10, 0; /M: SY='A'; M= 7,-20,-17,-24,-19, 6,-16,-21, 2,-19, 2, -2,-18,-12,-21,-20, -8, -4, 6,-17, -5,-20; /M: SY='S'; M= 3, 3,-18, 3, -4,-24, 17, -9,-27,-10,-29,-20, 10,-14, -5,-10, 23, 5,-18,-34,-22, -5; /M: SY='N'; M= -4, 2,-23, -3, -1,-18,-12, -2,-16, 4,-17, -9, 7,-14, 3, 2, 1, -1,-15,-24, -8, 0; /M: SY='G'; M= -3, 1,-25, -3, -8,-25, 29,-10,-30, -6,-26,-16, 10,-18, -9, -5, 3, -9,-24,-26,-22, -9; /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20; /M: SY='L'; M= -8,-28,-14,-31,-23, 12,-30,-23, 17,-27, 27, 11,-26,-27,-23,-21,-21, -8, 15,-17, 0,-23; /M: SY='D'; M=-10, 5,-24, 7, 7,-17,-15, 6,-19, -3,-17,-11, 3,-14, 4, -3, 1, -3,-17,-22, -3, 4; /M: SY='R'; M=-14, 0,-28, -2, 3,-23,-13, 1,-28, 23,-23,-12, 7,-17, 9, 40, -5, -8,-21,-24,-12, 3; /M: SY='F'; M=-20,-30,-21,-40,-30, 73,-30,-20, 1,-29, 9, 1,-21,-30,-38,-20,-21,-11, -1, 14, 29,-29; /M: SY='K'; M=-11,-11,-26,-14, -4,-14,-24,-11, -9, 17, -8, 3, -9,-17, 1, 17,-13, -8, -6,-20, -6, -2; /M: SY='K'; M= -7, 2,-25, 1, 10,-24,-17, -5,-22, 18,-19,-10, 3,-12, 9, 16, -2, -4,-18,-25,-12, 8; /M: SY='R'; M=-18, -9,-27, -9, 0,-20,-20, -1,-29, 28,-20, -9, 0,-19, 9, 59, -9, -8,-19,-21,-10, 0; /M: SY='H'; M=-17, -3,-26, -5, -5,-11,-21, 55,-20, -7,-14, -2, 4,-21, 5, 1, -9,-12,-22,-18, 20, -3; /M: SY='N'; M= -7, 1,-26, 0, -2,-24, 4, -5,-24, -5,-25,-16, 6, 6, -5, -8, -1, -9,-25,-28,-18, -5; /M: SY='I'; M= -8,-17,-22,-19, -8, -3,-28,-15, 12,-17, 11, 6,-16,-20,-11,-16,-14, -8, 7,-22, -4,-11; /M: M= -7, -7,-23, -8, -5,-15,-11, -5,-10, -4, -8, -4, -3,-16, -4, -3, -4, -5, -8,-26, -9, -6; /M: M= -9,-12,-20,-16, -8, -2,-19, -7, -9, -4, -6, -3, -7,-17, -6, -3, -9, -7, -9,-15, -2, -7; /M: SY='T'; M= -5, -6,-19,-10, -8,-11,-17,-12,-10, -1,-10, -4, -3,-13, -6, 0, 0, 6, -5,-25, -9, -8; /M: SY='R'; M= -6, -5,-19, -6, -1,-19,-16, -8,-18, 10,-16, -9, -2,-15, 2, 12, -4, -6,-12,-24,-12, -1; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 31 in 31 different sequences |
| Number of true positive hits | 31 in 31 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | window20 |
| Author [info] | PS_Langendijk_Genevaux |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | HTH CENPB-type |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
31 sequences
ABP1_SCHPO (P49777), CBH1_SCHPO (O14423), CBH2_SCHPO (O60108), CENP1_HUMAN (B2RD01), CENPB_CRIGR (P48988), CENPB_HUMAN (P07199), CENPB_MOUSE (P27790), CHEC_CHAGB (Q2HEW6), JERKL_HUMAN (Q9Y4A0), JERKL_MOUSE (B2RRL2), JERKY_HUMAN (O75564), JERKY_MOUSE (Q60976), PDC2_CANAX (O60035), PDC2_YEAST (P32896), POGK_HUMAN (Q9P215), POGK_MOUSE (Q80TC5), POGZ_HUMAN (Q7Z3K3), POGZ_MOUSE (Q8BZH4), TIGD1_HUMAN (Q96MW7), TIGD2_HUMAN (Q4W5G0), TIGD2_MOUSE (Q0VBL1), TIGD3_HUMAN (Q6B0B8), TIGD3_MOUSE (Q7TM95), TIGD4_HUMAN (Q8IY51), TIGD4_MOUSE (Q8BUZ3), TIGD5_BOVIN (G3MY25), TIGD5_HUMAN (Q53EQ6), TIGD5_MOUSE (Q499M4), TIGD5_RAT (B1WC39), TIGD6_HUMAN (Q17RP2), TIGD7_HUMAN (Q6NT04)» more
|
| PDB [Detailed view] |
2 PDB
1HLV; 1IUF |