Entry: PS51272

General information about the entry

Entry name [info] SLH
Accession [info] PS51272
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00823
Associated ProRule [info] PRU00777

Name and characterization of the entry

Description [info] S-layer homology (SLH) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=64;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.0779995; R2=0.0092227; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3640.34440; R2=18.57054; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1039; N_SCORE=9.02; H_SCORE=21914; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=822; N_SCORE=5.5; H_SCORE=16881; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-14; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-250; MD=-250; IM=-250; DM=-250;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-250; BD=-250;
/M: SY='P'; M=  7,-53, -2, 10,  9,-10,-34,-10,  2,  6,-18,  8, 12,  5,-19,  7,  3, -4,-16,  0;
/I:         I=-22; MD=-56;
/M: SY='A'; M= 21,-43,  0,-10, -8,-15,-14,-22,  4,-12,-23, 18, -5,-15,-25, 17, 12,-11,-57,  5; D=-22;
/I:         I=-22; MD=-56;
/M: SY='P'; M=  2,-35,-13, -8,-16,-22,-15,-11,  3,-24,-31,  8, 29,  0,-26, 13, 12, -5,-26, -3; D=-22;
/I:         I=-22; MD=-56;
/M: SY='F'; M= -6,-39,-26,-25, 42,-27,-34,-22, -9,-20,-20, -5, 18, -9,-20, -9, 12,-13,-49, 25; D=-22;
/I:         I=-22; MD=-56;
/M: SY='F'; M=-21,-59,-16,-28, 57,-28,-37,-25, -5,-24,-44,-14,  8,-12,-13,  7, 10,-28,-49,  7; D=-22;
/I:         I=-22; MD=-56;
/M: SY='D'; M=-19,-55, 61,-18, 44,-33,-31,-26, 13,-19,-37,-10, -7,-23,-24,  8,  9,-23,-53,-13; D=-22;
/I:         I=-22; MI=-56; IM=-56; DM=-56;
/M: SY='D'; M= 11,-55, 72, -6, -9,-23,-33,-31,  7,-34,-48,  4,-24,-15,-20,  7,  3,-26,  4,-21;
/M: SY='D'; M= -6,-45, 61,-11,-40,-17,-37,  2,-13,-18,-24, -2,-20,-25,-38, -8,-11, 43,-66,-26;
/M: SY='P'; M= -5,-55, 19, -1,-47,-30,-43, 17, 11,-20,-12,  8, 46, 13,-34, 18,  9, -5,-61,-47;
/M: SY='I'; M=  4,-44, -5,  5,-24,-27,-35, 35, 18,-25,-25, -6, 21,  9,-20,  4,  6, 12,-58,-30;
/M: SY='N'; M= -4,-54, 18,-18,-43, 36,-36,-48,-10,-43,-49, 42, 38, -9,-33, 31,  0,-38,-25,-29;
/M: SY='H'; M=  7,-47, 33,-10,-25,-19, 82,-31,-14,-43,-34,  2,  9, -6,-20, 23,  3,-46,-35,  2;
/M: SY='W'; M=-28,-69,-36,-18, -2,-40,-50,-36,-23,-32,-18,-30, 14,-11,-26,-15,-32,-42,148, 24;
/M: SY='A'; M= 62,-44,-16,-38, 14, -5,-26,-35,-39,-16,-26,-21,-43,-37,-47,  4,-28,-23, -4, 49;
/M: SY='Y'; M= 14,-44,-25, 13, -6,-37,-24,-25, 37,-24,-20,-25,-39, 18, 28, -9,-19,-15,-33, 51;
/M: SY='P'; M=  0,-57, 30, 32,-56, 17,-30,-45, 16,-48,-41, 19, 35, 17, -5, -1,-10,-42,-48,-40;
/M: SY='Y'; M= 40,-29, 14, 16,  5,-25, -8,-37,-26,-37,-36,-19, -5, -1,-40, 19,-20,-26,-13, 54;
/M: SY='I'; M=-17,-53,-56,-51,-22,-53,-54, 73,-56,  1, 17,-56,-45,-54,-54,-42,-36, 55,-57,-21;
/I:         I=-45; MI=-3; MD=-42; IM=0; DM=-42;
/M: SY='Q'; M= 27,-38,  5, 27,-52,-14,-28,-28, 11,-18, 13, 22,-47, 39,-10,  6, -9,-27,-45,-14;
/M: SY='A'; M= 35,-51,-17, -5, -6,-31,-16,  3,  6,-15,-19,-13,-31,  5,  6, -1, 13, -6, 33, 14;
/M: SY='L'; M= 45,  9,-57,-51,-20,-22,-50, -3,-51, 46, 40,-45,-56,-47,-52,-31,-27, 11,-25,-35;
/M: SY='Y'; M= 33,-29,-43,-20,-22,-33,-11,  3, -5,-14,-23,-23,-52,  3,-30,  5,  9, 31, -5, 42;
/M: SY='E'; M= 23,-54, 19, 34,-49,-10, -2,-44, 25,-47,-30,  5,-41, 23,  6, 21,-12,-42,-22,-12;
/M: SY='N'; M= 22,-39,-30,  2,-24,-36, -3,-20, 26, 15,  0, 27,-51,  5, 18,-12, -8,-29,-36, 10;
/I:         I=-22; MI=0; MD=-56; IM=0; DM=-56;
/M: SY='G'; M=-21,-57, -6, -5,-52, 80,-22,-60, -6,-49,-48, 18,-43, -3,-29,-16,-44,-60,-56,-36;
/M: SY='I'; M=-36,-14,-64,-60,  8,-66,-56, 70,-54, 32,-10,-49,-58,-54,-58,-46,-25, 33,-39, 12;
/M: SY='M'; M=-16,-51,-55,-51, 10,-55,-53, 55,-52, 12, 58,-35,-43,-50,-50,-22, 10, 40,-55,-24;
/I:         I=-20; MI=0; MD=-49; IM=0; DM=-49;
/M: SY='S'; M=  3,-39, -4,  2,-42,-17,-12,-16, 34,-33,-29, 21,-36, 11,  2, 37, 15, -4,-60,-42;
/M: SY='G'; M=-20,-57,-16,-41,-61, 88,-49,-44,-38,-46,-52,  0,-10,-41,-42,-23,-27,-53,-56,-49;
/M: SY='Y'; M=-40,-56, 14,-21, 25,-42,-19,-10,  6,-26,  9, -8,-44,-40, -6,-25,  8, -2,  1, 85;
/M: SY='P'; M=-10,-58,  3, 20,-56, 31,-33,-50,-22,-42,-44,-12, 74,-17,-41, 10, 13,-40,-36,-41;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='D'; M=-15,-59, 82, -4,-49, -1,-37,-57,-13,-54,-51, 45,-28, -5,-39,-20,-19,-57,-74,-46; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='G'; M=-30,-56, -3,-27,-52, 73,-43,-64,  0,-53,-46, 39,-19, -9,-17, -6, -8,-59,-59,-48; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-21;
/M: SY='T'; M=-30,-36,-30,-12,-37,-28,-23,-27, 20,-12,  8, 14,-41,  0, -1, 16, 62,-20,-47,  4; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='F'; M=-52,-48,-66,-62,103,-63,-46, -6,-58, 14,-18,-58,-50,-64,-55,-54,-43,-28,  3, 33;
/M: SY='R'; M=  1,-43,  5,  0,-39, 11, -2,-55, 32,-40, -5, 25,-50, 16, 55,-11,-34,-38,-56, -8;
/M: SY='P'; M=-11,-67,-48,-38,-46,-17,-51,-50,-44,-34,-48,-51,113,-47,-52,-28,-27,-38,-34,-59;
/M: SY='N'; M=-22,-47, 52, 20,-43,  4,-15,-48, 15,-29,-41, 54,-48, 22,-18, -1, -8,-51,-20,-21;
/M: SY='Q'; M=  4,-55, 31, 27,-52,  7,-18,-45, 25,-39, -9, 26,-47, 31, 23, -5,-14,-40,-61,-43;
/M: SY='P'; M= -5,-55,-10, -6,-24,-31,-12,-22,  0,-21,-31, 40, 58,  1,-22, 16, 11,-20,-56, 10;
/M: SY='I'; M=  9,-43,-61,-57,-29,-52,-58, 61,-54, 25, 25,-54,-56,-52,-56,-37, -8, 46,-58,-39;
/M: SY='T'; M=-33,-44,-16,-38,-49,-45,-45,-37, -2,-34,-42,  6,-31,-27,-35, 30, 91,-32,-67,-42;
/M: SY='R'; M=-44,-47,-44,-33,-45,-47,-29,-55,  7,-49,-44,-34,-56, -8,104,-38,-43,-46,-25, -9;
/M: SY='A'; M= 61,-49,-22, 30,-44, 19,-44,-35,-34,-17,-22,-30,-47,  6,-41, -3,-33,-29,-35, -6;
/M: SY='E'; M=-25,-61, 24, 83,-63,-52,-11,-60,-24,-55,-28,-29,-40, 64,-28,-21,-34,-49,-24,-42;
/M: SY='M'; M= 45,-43,-57,-51, 51,-40,-47,  0,-48,  6, 58,-50,-55,-44,-51,-21,-18, 13,-45,  3;
/M: SY='A'; M= 70,-13,-52,-42,-22,-36,-51,  7,-46, -4,  6,-46,-50,-44,-50, -8, -4, 17,-56,-33;
/M: SY='A'; M= 40,-30,-38,-24,-42,-41,-34, -1,  5,-29,-16,-29,-49, 17, -7,  0, 32, 36,-59,-27;
/M: SY='M'; M= -7,-43,-57,-56, 35,-57,-40, 39,-53, 29, 72,-55,-57,-45,-53,-29,-29, 20, 24,  0;
/M: SY='I'; M=-25,-28,-64,-58,  1,-65,-54, 53,-45, 53, 35,-58,-59,-52,-56,-52,-18, 20,-53,-31;
/M: SY='Y'; M= 21,-17,-20,-30,-10,-28, -4, -7,-18,-13,  6, 11,-53,-14,-26,  4, -2, 37,-38, 47;
/M: SY='R'; M=-24,-58,-22,-25,-56,-39,-26,-46, 46,-39,-34, 35,-41, 16, 78,-23,-25,-45,-58,-45;
/M: SY='A'; M= 51, -3,-52,-40, -2,-11,-43,  6,-47, 14, 27,-40,-52,-33,-50, -3,  7,  7,-30,  2;
/M: SY='L'; M= -5,-51,-21,-27, 23,-52,-26, 12,-29, 54, 31,-29,-58,-34,-31,-27,-25, -3,-24, 12;
/M: SY='G'; M=-12,-37, 25, 14,-50, 41,-28,-38, 21,-38,-23, 36,-29, 19, -6, -7,-24,-25,-40,-36;
/M: SY='L'; M=  0,-35,-23,-12, -8,-39,-19,  9, 10, 33,-17, -1,-21, -1,  3,-17,-20,  2, -9, 26;
/I:         I=-20; MD=-49;
/M: SY='E'; M= -6,-43,  6, 23,-16,-17,-29, -1, 20, -4, -7,  3, 19, 11,-11, -1, -6, -5,-43, -8; D=-20;
/I:         I=-20; MD=-49;
/M: SY='P'; M=  7,-39,  5, 19,-32, 22, -8,-18,  7,-20,-15, -1, 23, 13,-19, -5,-11,-16, -5,-15; D=-20;
/I:         I=-20; MD=-49;
/M: SY='E'; M= -2,-58, 10, 21,-36,-14,-38,-25, 10,-18,-31, 14,  1, 10, -6,  5,  4,-21,-29,-16; D=-20;
/I:         I=-20; MD=-49;
/M: SY='N'; M=  9,-58, 14, 15,-26, -8,-15,-15, -4,-19,-15, 22,  0,-11,-18,  2, -9,-15,-39,-26; D=-20;
/I:         I=-20; MI=-49; MD=-49; IM=-49; DM=-49;
/M: SY='P'; M= -3,-56,  5,  5,-36, -4,-30,-13, 13,-11,-28, 17, 25, 12,-21, -6, 14, -3,-26,-14; D=-20;
/I:         I=-20; DM=-49;
/M: SY='P'; M=  7,-44, 19, -7,-22,  3,-45,-12,  3,-10,-14,  1, 29, -3,-24,  6,  6,  0,-20,-15; D=-20;
/I:         I=-20; DM=-49;
/M: SY='D'; M=  8,-37, 20,  8,-25,-12,-42, -6, 11, -9, -2, 10,  5,  1,-21,  3, 12,  0,-29, -7; D=-20;
/I:         I=-20; DM=-49;
/M: SY='P'; M=  3,-54,  1, 12,-11,  4,-11,-24,  9,-25,  1,  7, 23, 12, -8, 17, -2, -4,-11,-10;
/I:         I=-20; E1=0; IE=-250; DE=-49;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_08 which contains 320'201 sequence entries.


Total number of hits 53 in 23 different sequences
Number of true positive hits 53 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 2
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] S_Ohji
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SLH
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
23 sequences

ANCA_CLOTH  (Q06848), APU_THETU   (P38536), GUN_BACS6   (P19424), 
OMPA_THEMA  (Q01969), SLAP1_BACAN (P49051), SLAP1_CLOTH (Q06852), 
SLAP1_THET8 (Q5SH37), SLAP2_BACAN (P94217), SLAP2_CLOTH (Q06853), 
SLAP2_THET8 (P35830), SLAPH_BRECH (P38538), SLAPM_BREBN (P06546), 
SLAP_BACCI  (P35824), SLAP_BACLI  (P49052), SLAP_BACTF  (Q9ZES5), 
SLAP_LYSSH  (P38537), SLAP_THEKI  (P22258), XYNA1_PAESJ (C6CRV0), 
XYNA_THESA  (P36917), XYNX_CLOTM  (P38535), Y4550_NOSS1 (Q8YNL5), 
Y6545_BACAN (Q9RMZ0), Y772_SYNY3  (P15730)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
2 sequences

SLAP1_BACHU (P85122), SLAP2_BACHU (P85110)

		
PDB
[Detailed view]
1 PDB

3PYW

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission