PROSITE entry PS51272
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | SLH |
| Accession [info] | PS51272 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-2006 CREATED;
01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00823 |
| Associated ProRule [info] | PRU00777 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | S-layer homology (SLH) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=64; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=64; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.0779995; R2=0.0092227; TEXT='NScore'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1095; N_SCORE=9.02; MODE=1; TEXT='R'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=714; N_SCORE=5.5; MODE=1; TEXT='R?'; /DEFAULT: M0=-14; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-250; MD=-250; IM=-250; DM=-250; ... A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y /I: B1=0; BI=-250; BD=-250; /M: SY='P'; M= 7,-53, -2, 10, 9,-10,-34,-10, 2, 6,-18, 8, 12, 5,-19, 7, 3, -4,-16, 0; /I: I=-22; MD=-56; /M: SY='A'; M= 21,-43, 0,-10, -8,-15,-14,-22, 4,-12,-23, 18, -5,-15,-25, 17, 12,-11,-57, 5; D=-22; /I: I=-22; MD=-56; /M: SY='P'; M= 2,-35,-13, -8,-16,-22,-15,-11, 3,-24,-31, 8, 29, 0,-26, 13, 12, -5,-26, -3; D=-22; /I: I=-22; MD=-56; /M: SY='F'; M= -6,-39,-26,-25, 42,-27,-34,-22, -9,-20,-20, -5, 18, -9,-20, -9, 12,-13,-49, 25; D=-22; /I: I=-22; MD=-56; /M: SY='F'; M=-21,-59,-16,-28, 57,-28,-37,-25, -5,-24,-44,-14, 8,-12,-13, 7, 10,-28,-49, 7; D=-22; /I: I=-22; MD=-56; /M: SY='D'; M=-19,-55, 61,-18, 44,-33,-31,-26, 13,-19,-37,-10, -7,-23,-24, 8, 9,-23,-53,-13; D=-22; /I: I=-22; MI=-56; IM=-56; DM=-56; /M: SY='D'; M= 11,-55, 72, -6, -9,-23,-33,-31, 7,-34,-48, 4,-24,-15,-20, 7, 3,-26, 4,-21; /M: SY='D'; M= -6,-45, 61,-11,-40,-17,-37, 2,-13,-18,-24, -2,-20,-25,-38, -8,-11, 43,-66,-26; /M: SY='P'; M= -5,-55, 19, -1,-47,-30,-43, 17, 11,-20,-12, 8, 46, 13,-34, 18, 9, -5,-61,-47; /M: SY='I'; M= 4,-44, -5, 5,-24,-27,-35, 35, 18,-25,-25, -6, 21, 9,-20, 4, 6, 12,-58,-30; /M: SY='N'; M= -4,-54, 18,-18,-43, 36,-36,-48,-10,-43,-49, 42, 38, -9,-33, 31, 0,-38,-25,-29; /M: SY='H'; M= 7,-47, 33,-10,-25,-19, 82,-31,-14,-43,-34, 2, 9, -6,-20, 23, 3,-46,-35, 2; /M: SY='W'; M=-28,-69,-36,-18, -2,-40,-50,-36,-23,-32,-18,-30, 14,-11,-26,-15,-32,-42,148, 24; /M: SY='A'; M= 62,-44,-16,-38, 14, -5,-26,-35,-39,-16,-26,-21,-43,-37,-47, 4,-28,-23, -4, 49; /M: SY='Y'; M= 14,-44,-25, 13, -6,-37,-24,-25, 37,-24,-20,-25,-39, 18, 28, -9,-19,-15,-33, 51; /M: SY='P'; M= 0,-57, 30, 32,-56, 17,-30,-45, 16,-48,-41, 19, 35, 17, -5, -1,-10,-42,-48,-40; /M: SY='Y'; M= 40,-29, 14, 16, 5,-25, -8,-37,-26,-37,-36,-19, -5, -1,-40, 19,-20,-26,-13, 54; /M: SY='I'; M=-17,-53,-56,-51,-22,-53,-54, 73,-56, 1, 17,-56,-45,-54,-54,-42,-36, 55,-57,-21; /I: I=-45; MI=-3; MD=-42; IM=0; DM=-42; /M: SY='Q'; M= 27,-38, 5, 27,-52,-14,-28,-28, 11,-18, 13, 22,-47, 39,-10, 6, -9,-27,-45,-14; /M: SY='A'; M= 35,-51,-17, -5, -6,-31,-16, 3, 6,-15,-19,-13,-31, 5, 6, -1, 13, -6, 33, 14; /M: SY='L'; M= 45, 9,-57,-51,-20,-22,-50, -3,-51, 46, 40,-45,-56,-47,-52,-31,-27, 11,-25,-35; /M: SY='Y'; M= 33,-29,-43,-20,-22,-33,-11, 3, -5,-14,-23,-23,-52, 3,-30, 5, 9, 31, -5, 42; /M: SY='E'; M= 23,-54, 19, 34,-49,-10, -2,-44, 25,-47,-30, 5,-41, 23, 6, 21,-12,-42,-22,-12; /M: SY='N'; M= 22,-39,-30, 2,-24,-36, -3,-20, 26, 15, 0, 27,-51, 5, 18,-12, -8,-29,-36, 10; /I: I=-22; MI=0; MD=-56; IM=0; DM=-56; /M: SY='G'; M=-21,-57, -6, -5,-52, 80,-22,-60, -6,-49,-48, 18,-43, -3,-29,-16,-44,-60,-56,-36; /M: SY='I'; M=-36,-14,-64,-60, 8,-66,-56, 70,-54, 32,-10,-49,-58,-54,-58,-46,-25, 33,-39, 12; /M: SY='M'; M=-16,-51,-55,-51, 10,-55,-53, 55,-52, 12, 58,-35,-43,-50,-50,-22, 10, 40,-55,-24; /I: I=-20; MI=0; MD=-49; IM=0; DM=-49; /M: SY='S'; M= 3,-39, -4, 2,-42,-17,-12,-16, 34,-33,-29, 21,-36, 11, 2, 37, 15, -4,-60,-42; /M: SY='G'; M=-20,-57,-16,-41,-61, 88,-49,-44,-38,-46,-52, 0,-10,-41,-42,-23,-27,-53,-56,-49; /M: SY='Y'; M=-40,-56, 14,-21, 25,-42,-19,-10, 6,-26, 9, -8,-44,-40, -6,-25, 8, -2, 1, 85; /M: SY='P'; M=-10,-58, 3, 20,-56, 31,-33,-50,-22,-42,-44,-12, 74,-17,-41, 10, 13,-40,-36,-41; /I: I=-9; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='D'; M=-15,-59, 82, -4,-49, -1,-37,-57,-13,-54,-51, 45,-28, -5,-39,-20,-19,-57,-74,-46; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='G'; M=-30,-56, -3,-27,-52, 73,-43,-64, 0,-53,-46, 39,-19, -9,-17, -6, -8,-59,-59,-48; D=-9; /I: I=-9; DM=-21; /M: SY='T'; M=-30,-36,-30,-12,-37,-28,-23,-27, 20,-12, 8, 14,-41, 0, -1, 16, 62,-20,-47, 4; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: SY='F'; M=-52,-48,-66,-62,103,-63,-46, -6,-58, 14,-18,-58,-50,-64,-55,-54,-43,-28, 3, 33; /M: SY='R'; M= 1,-43, 5, 0,-39, 11, -2,-55, 32,-40, -5, 25,-50, 16, 55,-11,-34,-38,-56, -8; /M: SY='P'; M=-11,-67,-48,-38,-46,-17,-51,-50,-44,-34,-48,-51,113,-47,-52,-28,-27,-38,-34,-59; /M: SY='N'; M=-22,-47, 52, 20,-43, 4,-15,-48, 15,-29,-41, 54,-48, 22,-18, -1, -8,-51,-20,-21; /M: SY='Q'; M= 4,-55, 31, 27,-52, 7,-18,-45, 25,-39, -9, 26,-47, 31, 23, -5,-14,-40,-61,-43; /M: SY='P'; M= -5,-55,-10, -6,-24,-31,-12,-22, 0,-21,-31, 40, 58, 1,-22, 16, 11,-20,-56, 10; /M: SY='I'; M= 9,-43,-61,-57,-29,-52,-58, 61,-54, 25, 25,-54,-56,-52,-56,-37, -8, 46,-58,-39; /M: SY='T'; M=-33,-44,-16,-38,-49,-45,-45,-37, -2,-34,-42, 6,-31,-27,-35, 30, 91,-32,-67,-42; /M: SY='R'; M=-44,-47,-44,-33,-45,-47,-29,-55, 7,-49,-44,-34,-56, -8,104,-38,-43,-46,-25, -9; /M: SY='A'; M= 61,-49,-22, 30,-44, 19,-44,-35,-34,-17,-22,-30,-47, 6,-41, -3,-33,-29,-35, -6; /M: SY='E'; M=-25,-61, 24, 83,-63,-52,-11,-60,-24,-55,-28,-29,-40, 64,-28,-21,-34,-49,-24,-42; /M: SY='M'; M= 45,-43,-57,-51, 51,-40,-47, 0,-48, 6, 58,-50,-55,-44,-51,-21,-18, 13,-45, 3; /M: SY='A'; M= 70,-13,-52,-42,-22,-36,-51, 7,-46, -4, 6,-46,-50,-44,-50, -8, -4, 17,-56,-33; /M: SY='A'; M= 40,-30,-38,-24,-42,-41,-34, -1, 5,-29,-16,-29,-49, 17, -7, 0, 32, 36,-59,-27; /M: SY='M'; M= -7,-43,-57,-56, 35,-57,-40, 39,-53, 29, 72,-55,-57,-45,-53,-29,-29, 20, 24, 0; /M: SY='I'; M=-25,-28,-64,-58, 1,-65,-54, 53,-45, 53, 35,-58,-59,-52,-56,-52,-18, 20,-53,-31; /M: SY='Y'; M= 21,-17,-20,-30,-10,-28, -4, -7,-18,-13, 6, 11,-53,-14,-26, 4, -2, 37,-38, 47; /M: SY='R'; M=-24,-58,-22,-25,-56,-39,-26,-46, 46,-39,-34, 35,-41, 16, 78,-23,-25,-45,-58,-45; /M: SY='A'; M= 51, -3,-52,-40, -2,-11,-43, 6,-47, 14, 27,-40,-52,-33,-50, -3, 7, 7,-30, 2; /M: SY='L'; M= -5,-51,-21,-27, 23,-52,-26, 12,-29, 54, 31,-29,-58,-34,-31,-27,-25, -3,-24, 12; /M: SY='G'; M=-12,-37, 25, 14,-50, 41,-28,-38, 21,-38,-23, 36,-29, 19, -6, -7,-24,-25,-40,-36; /M: SY='L'; M= 0,-35,-23,-12, -8,-39,-19, 9, 10, 33,-17, -1,-21, -1, 3,-17,-20, 2, -9, 26; /I: I=-20; MD=-49; /M: SY='E'; M= -6,-43, 6, 23,-16,-17,-29, -1, 20, -4, -7, 3, 19, 11,-11, -1, -6, -5,-43, -8; D=-20; /I: I=-20; MD=-49; /M: SY='P'; M= 7,-39, 5, 19,-32, 22, -8,-18, 7,-20,-15, -1, 23, 13,-19, -5,-11,-16, -5,-15; D=-20; /I: I=-20; MD=-49; /M: SY='E'; M= -2,-58, 10, 21,-36,-14,-38,-25, 10,-18,-31, 14, 1, 10, -6, 5, 4,-21,-29,-16; D=-20; /I: I=-20; MD=-49; /M: SY='N'; M= 9,-58, 14, 15,-26, -8,-15,-15, -4,-19,-15, 22, 0,-11,-18, 2, -9,-15,-39,-26; D=-20; /I: I=-20; MI=-49; MD=-49; IM=-49; DM=-49; /M: SY='P'; M= -3,-56, 5, 5,-36, -4,-30,-13, 13,-11,-28, 17, 25, 12,-21, -6, 14, -3,-26,-14; D=-20; /I: I=-20; DM=-49; /M: SY='P'; M= 7,-44, 19, -7,-22, 3,-45,-12, 3,-10,-14, 1, 29, -3,-24, 6, 6, 0,-20,-15; D=-20; /I: I=-20; DM=-49; /M: SY='D'; M= 8,-37, 20, 8,-25,-12,-42, -6, 11, -9, -2, 10, 5, 1,-21, 3, 12, 0,-29, -7; D=-20; /I: I=-20; DM=-49; /M: SY='P'; M= 3,-54, 1, 12,-11, 4,-11,-24, 9,-25, 1, 7, 23, 12, -8, 17, -2, -4,-11,-10; /I: I=-20; E1=0; IE=-250; DE=-49;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 54 in 24 different sequences |
| Number of true positive hits | 54 in 24 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 2 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | S_Ohji |
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | SLH |
| Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
24 sequences
ANCA_ACET2 (Q06848), APU_THETU (P38536), GUN_BACS6 (P19424), OMPA_THEMA (Q01969), SLAP1_ACET2 (Q06852), SLAP1_BACAN (P49051), SLAP1_THET8 (Q5SH37), SLAP2_ACET2 (Q06853), SLAP2_BACAN (P94217), SLAP2_THET8 (P35830), SLAPH_BRECH (P38538), SLAPM_BREBN (P06546), SLAP_BACLI (P49052), SLAP_BACTF (Q9ZES5), SLAP_LYSSH (P38537), SLAP_NIACI (P35824), SLAP_THEKI (P22258), SLPA_DEIRA (Q9RRB6), XYNA1_PAESJ (C6CRV0), XYNA_THESA (P36917), XYNX_ACETH (P38535), Y4550_NOSS1 (Q8YNL5), Y6545_BACAN (Q9RMZ0), Y772_SYNY3 (P15730)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
2 sequences
SLAP1_BACHU (P85122), SLAP2_BACHU (P85110) |
| PDB [Detailed view] |
7 PDB
3PYW; 6BT4; 7ZGX; 7ZGY; 8ACQ; 8AE1; 8AGD |