ID T_AG_OBD; MATRIX. AC PS51287; DT 01-JAN-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=116; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=111; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7107213; R2=0.0230438; TEXT='NScore'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=252; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=165; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='P'; M=-9,-21,-20,-22,-13,-38,-21,-21,-28,-12,-28,-29,-21,71,-12,-22,-10,-10,-19,-38,-29,-13; MA /M: SY='S'; M=8,-10,-14,-8,-5,-20,-12,-17,-9,-8,-17,-7,-8,-7,-5,-15,9,3,-4,-31,-19,-5; MA /M: SY='D'; M=-5,7,-21,14,13,-27,-15,-10,-18,-5,-25,-17,-2,-16,5,-13,4,-6,-16,-34,-22,9; MA /M: SY='L'; M=-14,-35,-10,-35,-28,-4,-36,-29,21,-26,28,15,-34,-26,-20,-22,-24,-3,16,-23,-11,-26; MA /M: SY='H'; M=-14,-11,-26,-11,3,-11,-25,6,-14,-5,-10,-6,-9,-20,0,-4,-11,-8,-15,-20,1,0; MA /M: SY='S'; M=12,-9,-15,-9,-2,-16,3,-12,-20,-7,-25,-16,-7,-14,-4,-11,13,-3,-16,-26,-17,-2; MA /M: SY='F'; M=-13,-27,4,-34,-27,29,-27,-6,-6,-25,-7,-9,-24,-33,-25,-28,-13,-15,-11,3,26,-27; MA /M: SY='L'; M=-17,-38,-10,-38,-30,-2,-38,-30,21,-28,34,18,-38,-27,-20,-22,-28,-8,14,-22,-10,-28; MA /M: SY='S'; M=-1,-8,-12,-10,-8,-16,-11,-14,-10,-8,-12,-9,1,-16,-5,-12,19,4,-13,-28,-17,-8; MA /M: SY='H'; M=-6,-3,-17,-8,2,-19,-17,25,-24,-6,-24,-14,3,-16,10,-3,-1,-4,-19,-25,-5,3; MA /M: SY='A'; M=29,-18,-7,-19,-8,-23,-4,-18,-14,-3,-21,-13,-17,-6,-7,-2,6,-2,-5,-31,-21,-8; MA /M: SY='V'; M=-7,-22,-18,-25,-17,-14,-30,-22,11,-3,2,0,-20,-21,-12,-6,-15,-7,13,-27,-14,-14; MA /M: SY='F'; M=-11,-20,-18,-25,-17,23,-22,-7,-8,-14,-10,-7,-16,-27,-17,-18,-3,-11,-12,-4,16,-17; MA /M: SY='S'; M=4,-9,-12,-9,-7,-17,-12,-14,-6,-6,-16,-10,-2,-14,-2,-14,19,7,-4,-28,-17,-5; MA /M: SY='N'; M=-16,19,-30,6,7,-30,-13,10,-30,4,-33,-13,38,-16,21,3,7,-3,-26,-33,-20,11; MA /M: SY='R'; M=-3,-4,-27,-10,3,-26,-13,-6,-26,21,-26,-20,4,-14,6,25,10,-3,-24,-30,-20,3; MA /M: SY='T'; M=0,-17,25,-21,-21,-20,-24,-24,-10,-17,-10,-14,-11,-17,-17,-21,3,29,-4,-26,-20,-21; MA /M: SY='P'; M=-13,-28,-20,-29,-19,-10,-29,-19,-4,-19,1,-1,-26,10,-12,-20,-18,-11,-2,-23,-9,-17; MA /M: SY='D'; M=3,6,-24,8,6,-30,-9,-10,-23,-5,-31,-20,3,-1,-2,-10,4,-5,-19,-37,-24,3; MA /M: SY='C'; M=10,-22,41,-27,-26,-20,-13,-24,-11,-20,-16,-16,-21,-21,-20,-27,2,-5,-7,-25,-20,-25; MA /M: SY='F'; M=-20,-19,-23,-29,-19,35,-27,22,-10,-23,-10,-7,-16,-33,-16,-19,-17,-20,-17,-1,26,-19; MA /M: SY='L'; M=1,-32,-7,-32,-23,-7,-27,-27,13,-23,18,9,-32,-23,-18,-18,-16,-7,9,-23,-13,-23; MA /M: SY='I'; M=-9,-32,-10,-32,-30,-3,-37,-30,33,-27,21,12,-32,-27,-25,-28,-22,-7,29,-23,-10,-27; MA /M: SY='Y'; M=-16,-30,-16,-31,-24,21,-33,1,8,-23,1,-2,-24,-30,-23,-24,-20,-16,5,5,39,-23; MA /M: SY='T'; M=1,-9,-10,-9,-9,-20,-17,-19,-11,-9,-13,-11,1,-10,-9,-10,14,44,-3,-30,-20,-9; MA /M: SY='T'; M=3,-8,-10,-8,-8,-20,-15,-18,-12,-8,-14,-12,2,-10,-8,-10,16,41,-4,-30,-20,-8; MA /M: SY='K'; M=-9,-10,-15,-18,-7,-20,-24,-10,-12,12,-13,-10,-7,-18,-4,0,-6,-9,-9,-27,-15,-7; MA /M: SY='E'; M=-8,7,-32,12,32,-28,-18,-2,-26,6,-27,-17,5,-11,16,-1,5,1,-24,-30,-20,27; MA /M: SY='K'; M=-10,0,-30,-10,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-20,0,-10,10,20,0,-10,-20,-30,-20,10; MA /M: SY='A'; M=9,-27,5,-28,-22,-13,-14,-24,-1,-20,0,5,-25,-21,-15,-20,-8,-6,2,-25,-17,-21; MA /M: SY='Q'; M=-1,-6,-26,-7,11,-29,-17,-5,-26,9,-23,-12,-7,2,22,5,-1,-8,-18,-28,-21,13; MA /M: SY='Q'; M=-12,-12,-23,-11,2,-17,-28,-10,-4,-8,-1,1,-12,-19,11,-8,-11,-9,-5,-24,-16,4; MA /M: SY='L'; M=-20,-40,-10,-40,-30,0,-40,-30,20,-30,40,20,-40,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,-10,-30; MA /M: SY='Y'; M=-16,-20,-24,-22,-9,9,-26,13,-17,-3,-15,-11,-13,-24,-3,-5,-14,-16,-14,4,38,-7; MA /M: SY='K'; M=-3,-1,-26,-4,5,-31,-14,-12,-26,15,-30,-21,-2,7,2,0,3,-7,-19,-34,-23,4; MA /M: SY='K'; M=-9,-6,-17,-12,0,-22,-21,2,-22,14,-20,-13,-3,-14,8,3,0,-2,-16,-26,-14,2; MA /M: SY='I'; M=-14,-35,-10,-35,-30,-1,-39,-30,30,-29,29,15,-35,-29,-25,-25,-25,-9,21,-21,-10,-29; MA /I: I=-15; MD=-32; MA /M: SY='M'; M=-10,-21,-17,-21,-11,0,-24,-9,1,-14,7,23,-16,-22,-1,-14,-13,-9,0,-13,1,-11; D=-15; MA /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='E'; M=-7,7,-33,11,27,-29,-11,-4,-28,5,-29,-19,3,-12,12,-2,2,-5,-25,-31,-21,21; MA /M: SY='K'; M=-9,1,-28,-7,7,-23,-17,17,-28,21,-30,-19,6,-14,8,8,1,-10,-23,-28,-9,6; MA /M: SY='Y'; M=-18,-28,-20,-34,-24,38,-29,1,-4,-21,-5,-5,-24,-33,-23,-23,-19,-18,-7,9,41,-23; MA /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; MA /M: SY='S'; M=-1,-7,-22,-10,-5,-24,-3,-13,-24,3,-25,-20,-1,-8,-4,2,10,7,-18,-30,-21,-5; MA /M: SY='V'; M=-1,-20,-10,-21,-18,-14,-24,-22,4,-12,-6,-6,-21,-12,-15,-16,-11,-6,7,-27,-14,-16; MA /M: SY='T'; M=-4,-5,-22,-7,-3,-22,-1,-12,-23,-1,-25,-18,1,-14,-6,-7,5,10,-16,-28,-17,-4; MA /M: SY='F'; M=-16,-19,-24,-26,-18,22,-13,5,-15,-17,-14,-9,-17,-29,-14,-18,-13,-19,-17,-4,16,-17; MA /M: SY='I'; M=-9,-20,-16,-23,-19,-9,-25,-9,12,-16,1,-1,-18,-24,-16,-18,-13,-10,9,-23,-8,-18; MA /M: SY='S'; M=0,-13,-5,-12,-11,-14,-18,-15,-5,-12,-11,-3,-9,-19,-5,-17,5,1,-3,-24,-12,-10; MA /M: SY='R'; M=-5,-22,-13,-27,-14,-12,-24,-10,-8,-9,-1,-4,-18,-23,-5,5,-13,-9,-8,-23,-11,-13; MA /M: SY='H'; M=-5,-10,-21,-13,-6,-14,-20,13,-11,-4,-17,-10,-8,-18,1,-7,-7,-10,-7,-24,-1,-4; MA /M: SY='H'; M=-17,-13,-26,-19,-10,-7,-15,12,-20,-15,-20,-6,-5,-26,-4,-14,-12,-17,-22,5,5,-11; MA /M: SY='Y'; M=-8,-15,-17,-16,-11,-3,-9,-9,-20,-13,-23,-18,-14,-24,-12,-18,-4,-14,-20,1,3,-12; MA /M: SY='S'; M=-4,-7,-23,-8,-4,-19,1,-6,-24,-7,-24,-17,-1,-16,-4,-6,3,3,-18,-24,-11,-4; MA /M: SY='G'; M=-5,3,-29,3,0,-29,18,-11,-32,-5,-35,-24,5,-16,-6,-10,6,-7,-26,-33,-25,-2; MA /M: SY='H'; M=-15,-12,-25,-13,-10,0,-14,17,-14,-17,-18,-14,-9,-25,-10,-16,-12,-17,-15,-13,14,-11; MA /M: SY='A'; M=13,-5,-7,-11,-10,-23,-1,-12,-17,-9,-26,-15,4,-16,-9,-11,8,-2,-11,-32,-20,-10; MA /M: SY='I'; M=-14,-32,-14,-34,-28,5,-35,-25,19,-27,19,14,-31,-23,-22,-25,-22,-11,13,-18,-5,-27; MA /M: SY='L'; M=-16,-36,-12,-37,-28,4,-37,-27,20,-28,29,23,-34,-30,-19,-23,-26,-10,13,-18,-7,-28; MA /M: SY='F'; M=-14,-32,-16,-36,-29,27,-32,-17,11,-26,9,9,-30,-32,-23,-27,-22,-13,7,-6,14,-26; MA /M: SY='F'; M=-16,-32,-14,-36,-30,23,-36,-22,20,-30,17,9,-32,-34,-28,-28,-22,-14,10,-9,5,-30; MA /M: SY='L'; M=-14,-29,-14,-29,-21,-5,-36,-23,18,-23,21,16,-28,-27,-9,-19,-21,-10,12,-20,-12,-19; MA /M: SY='T'; M=-7,-21,-11,-21,-17,-12,-27,-23,1,-17,9,5,-15,-18,-12,-14,-6,25,4,-26,-16,-17; MA /M: SY='P'; M=-4,-14,-25,-12,1,-25,-16,-16,-16,-9,-16,-9,-15,11,-4,-14,-7,-4,-11,-31,-21,-1; MA /M: SY='H'; M=-8,-3,-26,-9,-5,-23,-3,7,-27,1,-27,-19,5,-16,-1,2,0,1,-21,-29,-13,-5; MA /M: SY='K'; M=-8,-8,-31,-14,0,-32,-12,-11,-30,19,-29,-23,-5,9,2,13,-1,-9,-23,-32,-23,0; MA /M: SY='H'; M=-12,-4,-22,-10,-4,-14,-20,39,-22,-10,-22,-16,6,-16,2,-4,-2,9,-18,-24,4,-4; MA /M: SY='R'; M=-10,-10,-40,-20,0,-30,-20,0,-30,20,-20,-20,0,-20,10,60,-10,-10,-30,-30,-20,0; MA /M: SY='V'; M=-2,-30,-10,-30,-30,-8,-32,-30,32,-22,12,10,-30,-22,-22,-30,-20,-2,38,-28,-10,-22; MA /M: SY='S'; M=10,1,-11,-1,-1,-21,-1,-9,-20,-1,-30,-19,12,-11,-1,-9,36,9,-19,-31,-20,-1; MA /M: SY='A'; M=24,-16,-4,-16,-10,-20,-8,-20,-10,-10,-16,-10,-12,-10,-10,-10,10,20,0,-30,-20,-10; MA /M: SY='V'; M=-5,-31,-11,-31,-29,-6,-33,-29,30,-23,15,14,-30,-24,-21,-28,-21,-4,33,-26,-10,-23; MA /M: SY='N'; M=-15,-1,-27,-9,-2,-16,-15,6,-19,2,-21,-14,7,-20,-2,-3,-5,-11,-18,-26,-9,-3; MA /M: SY='N'; M=-18,26,-29,8,0,-28,-10,13,-29,0,-39,-20,53,-19,1,-1,11,-1,-29,-38,-17,0; MA /M: SY='F'; M=-20,-31,-19,-36,-26,44,-31,0,-2,-26,-1,-2,-27,-35,-25,-25,-21,-19,-9,12,43,-26; MA /M: SY='C'; M=1,-30,84,-39,-38,-19,-29,-29,-10,-29,-10,-19,-29,-29,-29,-38,-9,-10,-10,-20,-18,-38; MA /M: SY='Q'; M=-2,-7,-8,-11,2,-25,-18,-8,-21,12,-21,-11,-5,-13,16,0,4,-6,-14,-26,-19,5; MA /M: SY='K'; M=-8,-1,-28,-9,8,-29,-19,-11,-28,44,-29,-19,1,-10,8,17,3,-5,-19,-30,-20,8; MA /M: SY='Y'; M=-19,-24,-19,-27,-16,4,-31,9,-4,-16,4,0,-20,-26,-8,-12,-19,-15,-8,-11,14,-16; MA /M: SY='C'; M=0,-30,88,-40,-40,-19,-30,-29,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-19,-18,-40; MA /M: SY='T'; M=1,-9,-11,-9,-9,-20,-18,-18,-12,-8,-13,-11,1,-10,-8,-8,13,44,-3,-30,-20,-9; MA /I: I=-15; MD=-32; MA /M: SY='I'; M=-9,-29,-13,-33,-29,18,-31,-22,20,-25,8,6,-29,-28,-25,-29,-20,-9,19,-13,5,-25; D=-15; MA /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='S'; M=9,0,-11,0,0,-20,-1,-7,-20,0,-30,-20,10,-10,0,-10,38,9,-20,-30,-19,0; MA /M: SY='F'; M=-16,-29,-19,-35,-27,31,-31,-16,4,-27,2,-1,-29,-20,-26,-28,-19,-16,-2,-5,12,-27; MA /M: SY='L'; M=-14,-36,11,-38,-31,-2,-37,-26,14,-29,23,8,-35,-30,-23,-26,-24,-11,7,-17,-7,-31; MA /M: SY='I'; M=-6,-22,-6,-24,-20,-8,-29,-17,14,-20,5,6,-20,-24,-13,-22,-9,-6,11,-23,-11,-18; MA /M: SY='C'; M=3,-29,42,-34,-34,-16,-28,-29,7,-24,-2,-7,-29,-24,-24,-34,-13,-5,12,-25,-16,-30; MA /M: SY='K'; M=-10,-4,-34,-14,6,-30,-20,-6,-30,39,-26,-20,0,-14,10,34,-4,-10,-24,-30,-20,6; MA /M: SY='G'; M=8,-12,-24,-12,-18,-28,48,-20,-34,-18,-36,-26,-12,-18,-18,-18,2,-16,-24,-30,-28,-18; MA /M: SY='V'; M=-4,-31,-10,-31,-30,-7,-33,-30,32,-23,14,11,-31,-23,-22,-29,-21,-3,36,-27,-10,-23; MA /M: SY='N'; M=-12,2,-23,-8,-3,-24,-20,-9,-16,12,-20,-12,13,-16,-2,1,0,2,-12,-32,-18,-3; MA /M: SY='K'; M=-10,0,-30,-10,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-20,0,-10,10,20,0,-10,-20,-30,-20,10; MA /M: SY='E'; M=-14,5,-34,3,16,-30,-18,8,-30,0,-32,-23,9,10,6,-5,-2,-9,-27,-33,-17,12; MA /M: SY='Y'; M=-11,-28,12,-31,-24,1,-24,-7,-8,-22,-4,-4,-23,-28,-16,-24,-16,-14,-8,-6,15,-24; MA /M: SY='L'; M=-12,-23,-19,-21,-7,-13,-31,-21,6,-16,10,4,-26,-16,-9,-17,-19,-8,4,-26,-14,-8; MA /M: SY='M'; M=-10,-22,-10,-25,-16,-6,-21,-3,-7,-18,1,7,-19,-25,-2,-15,-14,-12,-7,-19,-6,-14; MA /M: SY='Y'; M=-5,-24,-17,-25,-14,11,-22,7,-13,-8,-15,-11,-17,-23,-14,-12,-11,-14,-9,2,37,-14; MA /M: SY='S'; M=-8,-12,-9,-16,-11,-15,-20,-14,-8,-9,-4,-4,-6,-20,-3,-11,2,-3,-10,-26,-16,-10; MA /M: SY='V'; M=6,-25,-2,-26,-21,-11,-23,-20,9,-19,2,0,-24,-20,-17,-20,-9,-1,12,-26,-12,-19; MA /M: SY='L'; M=-12,-21,-12,-21,-14,-14,-30,-22,2,-12,8,1,-23,-23,-11,-11,-17,-6,1,-26,-15,-14; MA /M: SY='T'; M=5,-18,14,-20,-19,-18,-20,-23,-4,-16,-9,-10,-13,-17,-16,-19,3,20,1,-27,-19,-18; MA /I: I=-12; MD=-25; MA /M: SY='R'; M=-7,-19,-22,-25,-12,-7,-23,-12,-8,0,-3,-2,-15,-22,-5,10,-12,-9,-8,-20,-9,-11; D=-12; MA /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; MA /M: SY='D'; M=-3,4,-23,10,6,-26,-13,-10,-16,-5,-22,-13,-3,-8,7,-12,3,-4,-11,-32,-20,6; D=-12; MA /I: I=-12; DM=-25; MA /M: SY='P'; M=-10,-14,-30,-12,-4,-38,-19,-18,-29,-9,-29,-28,-15,62,-7,-18,-7,-6,-20,-39,-29,-5; MA /M: SY='F'; M=-16,-18,-24,-24,-16,23,-14,4,-14,-20,-15,-11,-14,-30,-18,-20,-13,-18,-17,-2,22,-17; MA /M: SY='Q'; M=-3,-13,-18,-13,-3,-15,-19,-7,-12,-5,-12,-8,-10,-10,2,-9,2,-6,-10,-23,-10,-2; MA /M: SY='V'; M=-6,-18,-16,-14,-15,-14,-27,-24,12,-18,4,2,-22,-21,-14,-22,-15,-4,14,-30,-15,-13; MA /M: SY='I'; M=-11,-32,-11,-32,-29,-4,-37,-30,29,-27,21,11,-32,-23,-24,-27,-22,-8,24,-23,-11,-27; MA /M: SY='E'; M=-7,6,-30,12,27,-28,-18,-6,-25,6,-26,-17,1,-11,12,-3,5,5,-21,-31,-21,22; MA /M: SY='E'; M=-9,5,-35,14,33,-28,-19,-5,-22,4,-25,-15,-4,-12,15,-5,-3,-9,-19,-31,-19,27; MA /M: SY='N'; M=-3,6,-4,-1,-2,-24,-9,-6,-23,-4,-30,-20,20,-16,-3,-10,20,2,-23,-32,-20,-3; MA /M: M=-5,-16,-16,-18,-9,-15,-24,-17,0,-2,-3,-2,-15,-19,-2,-8,-4,-6,0,-24,-16,-8; MA /M: SY='P'; M=-8,-18,-23,-18,-6,-24,-24,-15,-11,-10,-10,-8,-19,16,3,-13,-10,-9,-8,-28,-21,-4; MA /M: SY='G'; M=-4,-2,-29,1,-9,-29,33,-17,-31,-16,-34,-26,-6,-19,-14,-19,1,-15,-25,-32,-27,-11; MA /M: SY='G'; M=-5,-22,-20,-23,-21,-11,5,-21,-11,-17,-7,0,-20,-24,-15,-18,-11,-13,-8,-24,-16,-20; MA /M: M=-17,-9,-22,-11,-8,-14,-24,-4,-9,-14,-5,-6,-3,-16,-7,-12,-10,-8,-12,-27,-9,-10; MA /M: SY='K'; M=-7,-5,-23,-8,-1,-24,-19,-8,-16,10,-20,-10,-4,-8,5,-3,1,-2,-9,-30,-17,1; MA /M: SY='E'; M=-10,-9,-18,-6,5,-6,-24,-12,-9,-10,-12,-9,-14,-21,-5,-17,-7,-9,-11,-22,-8,2; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=20(20); /POSITIVE=20(20); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=CJA_Sigrist; CC /TAXO-RANGE=????V; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=T-ag OBD; CC /VERSION=4; DR P13894 , LT_BFPYV , T; P14999 , LT_POVBA , T; DR P0DOJ4 , LT_POVBG , T; P03071 , LT_POVBK , T; DR P24851 , LT_POVBO , T; P03075 , LT_POVHA , T; DR P03072 , LT_POVJC , T; P0DOI7 , LT_POVK3 , T; DR P0DOI6 , LT_POVK6 , T; P0DOI5 , LT_POVKI , T; DR P04008 , LT_POVLY , T; P0DOJ6 , LT_POVM1 , T; DR P0DOJ5 , LT_POVM3 , T; P03073 , LT_POVMA , T; DR P12905 , LT_POVMC , T; P24597 , LT_POVMK , T; DR Q3L6L5 , LT_POVS1 , T; A8Y984 , LT_POVSM , T; DR A5HBG1 , LT_POVWU , T; P03070 , LT_SV40 , T; 3D 1TBD; 1Z1D; 2FUF; 2IF9; 2IPR; 2ITJ; 2ITL; 2NL8; 2NTC; 2TBD; 3QK2; 3QN2; 3D 4FB3; 4FGN; 4GDF; 4LIF; 4LMD; 4NBP; 5CYN; 5D9I; PR PRU00620; PRU50000; DO PDOC51287; //