Due to maintenance work, this service will not be available Thursday August 21st between 7am and 8am CEST.
Entry: PS51309

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PABC
Accession [info] PS51309
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51309
Associated ProRule [info] PRU00641

Name and characterization of the entry

Description [info] Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=80;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2303166; R2=0.0056120; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5458.79569; R2=21.33144; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1118; N_SCORE=8.5; H_SCORE=25489; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=613; N_SCORE=5.7; H_SCORE=17895; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-17; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='Q'; M=-11,-48, 10, -4, -7,-15,-29, -5,-26, -1,  7,-29, 22, 60, -2, -5,  3,-11,-42, 13;
/M: SY='T'; M=  1,-43,-10, -4, -2, 17,-37, 13,-35, -3, 10, -5, -4, -3,-40,-26, 32, 16,-44, 11;
/M: SY='D'; M=-32,-48, 37,-20,-46, -5,-30, -9, 34,-11,-34, 11, 29, 27,  8,  7,  1,-38,-52,-38;
/M: SY='N'; M= 14,-43, -2, 26,-14,-35,-30,  8, -7,-22,-32, 32,  8,-24, -6, 24,  0,-13,-46,  9;
/M: SY='Q'; M=  7,-44, -7,-26,  9,-13,-30,-12,  0, -2,-29, 27,  2, 45,  6, 19,  2,-33,-46,-32;
/M: SY='M'; M= 33,-39,-41,-39,  0,-36,-37, 25,-37,  0, 51, 11,  1,-34,-41, 15,  0,  7,-47,-31;
/M: SY='E'; M= -3,-45,-18, 50, -6, -5,-29,-19,-24,-44,-39, 36, 22,  6,-31, 35, -4,-39,-51,-38;
/M: SY='D'; M= -4,-47, 65, 19,-43,-39,-29,-13,-26,-21,  0,-21,-39, 41,-32, -7,  8,  4,-54, -3;
/M: SY='F'; M= -9,-42,-11,-38, 52,-47,-36, -2,-37, 46,-14, -6,-50, 15,-10,-10, -9,-21,-36,-17;
/M: SY='A'; M= 44,-40, 25, -3,-40,-33,-34,-29,  4, 16,-27,  0,-41, 19,-31,  9,-26, -5,-51,-37;
/M: SY='K'; M= 19,-42,  6,-21,-48,-31,-28,-43, 40,-44,  4, 38, -2, 22,  7, 25,  8,-39,-52,-39;
/M: SY='A'; M= 29,-43, -2, 18, -3,-41,-35,  2, 19, 25, 28,-34,-41, 18,-28,-30,-30,-12,-45,-31;
/M: SY='P'; M=-30,-47,-30,-27,-44,-36, 17,-41, -9,-46,-37, 15, 78,  5,-35, 19, 47,-39,-51,  0;
/M: SY='P'; M=-15,-50, 20, 21,-45,-42,-36,-12,-29, -6,-31,-32, 72, 31,-36,-28, 19, -1,-53,-41;
/M: SY='E'; M=-31,-52, 53, 53,-51,-15,-25,-52,  0,-49,-42,-20,  0, 53,-24, 12,-29,-49,-50, -2;
/M: SY='Q'; M=  6,-46, 25, 41,-50,-34,-26,-41, -2,-42,  5, 28,-36, 57,-24, 21,-25,-15,-53,-39;
/M: SY='Q'; M= -7,-51,-27,  3,  7,-39, 52,-46, 17,-40,-30,-23,-39, 91, -2, -6,-32,-45,-44,-26;
/M: SY='R'; M=-37,-49, 10,-20,-41,-46,-28,-39, 60,  3, 27,-26,-42,-16, 62,-33,-33,-38,-47,-34;
/M: SY='Q'; M=-14,-50,  2,  8,-52,-14,-22,-46,-13,-42, 14, 26,-39, 82, 35, -2,-13,-44,-49,-35;
/M: SY='I'; M= 19,-43,-48,-39, 15,-46,-39, 40,-39, 23, 37,-42,-46, 31,-40,-34,-30, 20,-41,  2;
/M: SY='L'; M=-37,-42,-57,-50,-15,-59,-45, 44,-50, 65, -3,-53,-53,-44,-49,-47,-32, 20,-45,-27;
/M: SY='G'; M= -8,-48,-35,-39,-55, 85,-39,-59,  2,-55,-44,-22,-39, 16,-38,-21,-38,-53,-45,-47;
/M: SY='E'; M=-33,-51, 20, 74,-55,-40,-22,-53,  7,-49,-41, 37,-33, 52,-20,-25,-30,-49,-53,-42;
/M: SY='R'; M=-15,-46,-38,-10,-28,-46,-30, -4,  1, 23, 42,-12,  6,  4, 43,-31, 16,-26,-42, 20;
/M: SY='L'; M=-36,-40,-52,-46,-15,-55,-40,  8,-47, 73, -3,-49,-52,-41,-46,-18,  6,-12,-44,-26;
/M: SY='Y'; M=-43,-50,-45,-43, 62,-50, 17,-27,  1,-21, 20,-41,-53,-36,-32,-39,-37,-31, -8, 97;
/M: SY='P'; M=-34,-53,-31,  0, -2,-38,-30,-17, -8,-43,-36, 17, 85, 13,-35, 12,-28,-41,-39, 34;
/M: SY='K'; M=-37,-48,-37,-26,-27,-48,-29, -1, 62, 23, 16,-31,-43,-21, 34,-36,-32,-29,-37, 33;
/M: SY='V'; M=-29,-43,-56,-52,-24,-59,-58, 64,-48, -8,-11,-49,-49,-48,-51,-41,-25, 70,-53,-31;
/M: SY='Q'; M=-31,-48,-24, 45, 15, -9, 36,-36,  8, -7,-30,-28,-39, 48,  4,  7,-31, -5,-46,-28;
/M: SY='E'; M= 29,-46, 31, 35,-52,-35,-29,-46, 14,-45,-38,-24, -4, 35, 27,  9,-27,-25,-51,-40;
/M: SY='H'; M=-33,-45,-35, -6,-31,-46, 40, -2, 28, 29, 27, -4,-43, 11, 19, -5, -8, -1,-49,-29;
/I:         I=-9; MD=-23;
/M: SY='L'; M=-60,-71,-16,-63,-56,-33,-69,-40,-26, 14,-44,-65,  1,-65,-66,-62,-20,  4,-78,-62; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='Q'; M=-59,-76,  5,-12,-80,-25, 17,-80, 12,-77,-66,  9,-65, 18,-45,-21,-55,-77,-82,-63; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-23;
/M: SY='N'; M=-16,-46, 40, 38, 25,-39, 29,-40,-24,-39,-35, 40,-39, 26,-30,-25,  7,-19,-46, 12;
/M: SY='P'; M=  5,-52,-28, 25,-50,-39,-35, -3, 36,-45,-36, -4, 76,  8,-25,-11,-28,-38,-49,-44;
/M: SY='Q'; M=  9,-48, 36, 41,-54, -8,-29,-48, 15,-47,-40,-22,  9, 49,-24,  5,  9,-43,-52,-41;
/M: SY='H'; M= -2,-43,-38,-36, 39,-43, 59,-24,-13, 26,-19,  7,-47,  3,-34, -1,  2, -6,-38, 24;
/M: SY='A'; M= 73,-35,-40,-34,-42,-25,-43,-33,-35,-37,-33,-34,-38,-32,-40, -4, 22, -6, 59,-37;
/M: SY='P'; M= 17,-46,-32,-32,  9, 36, 21,-46, 20,-45,-37, 20, 46,-30,-31,  5,-29,-42,-43,  0;
/M: SY='K'; M=-35,-50,-27,-14,-50,-42, 46,-52, 84,-48,-35,-20,-36, 24, 24,-28,-31,-48,-47,-32;
/M: SY='I'; M=-35,-47,-57,-54,-20,-61,-55, 82,-50, 18, -7,-49,-48,-47,-53,-45,-29, 34,-47,-29;
/M: SY='T'; M=  3,-34,-32,-34,-38,-38,-41,-25,-31,-33,-30,-22,-33,-34,-38, 13, 88, 14,-59,-37;
/M: SY='G'; M=-23,-49,-27, 22,-54, 84,-38,-61,-35,-56,-46,  9,-38,-31,-43,-22,-37,-54,-47,-49;
/M: SY='M'; M=-34,-42,-56,-46,-22,-49,-29, 27,-40, 11,120,-43,-43,-32,-38,-43,-32,-10,-46,-22;
/M: SY='L'; M=-38,-42,-57,-49,  6,-57,-41, 33,-49, 67, 43,-53,-53,-42,-47,-48,-34, -8,-42,-23;
/M: SY='L'; M=-35,-41,-51,-46,-17,-53,-42, 31,-46, 66, -5,-46,-50,-40,-46, -2,  7, -9,-45,-27;
/M: SY='E'; M=-34,-53, 69, 72,-57, -9,-25,-57,-19,-51,-48,-18,-32, 18,-28,-27,-32,-51,-58,-44;
/M: SY='M'; M=-37,-46,-46,-38,  7,-49, 23, 10,  0, 34, 70,-41, 48,-34,-37,-39, -5,-20,-45,-26;
/M: SY='D'; M=-30,-48, 70, 26,-54,-14,-29,-51,-26,-52,-47,  5, 42,-24,-35, 30, 10,-47,-61,-43;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='N'; M=-34,-47,-21, -2,-47,-34,-26,  5,  8,-43,-34, 69, 45, 37, -6,-22, 16,-37,-55,-41;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='E'; M= 16,-45, 27, 37,-51, -1,-32,-48,  8,-48,-41,-22, 27,  6,-29, 35,  6,-41,-53,-42;
/M: SY='E'; M=-33,-53, 50, 82,-57,-44,-25,-56,  3,-49,-45,-22,-31, 28,-23,-27,-32,-50,-55,-43;
/M: SY='I'; M=-15,-45,-56,-52,-21,-58,-54, 72,-49, 25, -8,-49,-48,-46,-51,-43,-29, 42,-48,-29;
/M: SY='L'; M=-38,-43,-57,-51, 33,-59,-45, 46,-50, 58, -5,-52,-53,-46,-49,-47,-33, 15,-39,-20;
/M: SY='H'; M= -1,-45, 23, 44,-44,-35, 59,-43,-25,-10,  4, 34,  0,-19,-30, 25,-26,-41,-58,-34;
/M: SY='M'; M=-35,-42,-54,-47, 10,-53,-39, 16,-44, 46, 76,-47,-48,-39,-44,-42,  6, 13, 51,-21;
/M: SY='L'; M=-37,-41,-57,-50, 46,-57,-44, 20,-50, 59, -6,-53,-55,-47,-48,-46,-33, 26,-37,-17;
/M: SY='E'; M= -1,-46, 34, 57,-46,-38,-29,-44, 28,-44,-40,-22,-33,-16,-23, 22,  9,-15,-50, -4;
/M: SY='D'; M=-26,-42, 60, 11,-51,-28,-24,-49,-24,-52,-45, 56,-38,-21,-32, 51,  3,-45,-63,-41;
/M: SY='E'; M= -9,-52, 45, 55,-52,-41, 29,-45,  0,-47,-41,-25, 54,-20,-30,-11,-29,-11,-57,-41;
/M: SY='E'; M=-33,-49, 43, 56,-16,-39,-25,-51, 36,-48,-42, 25,-35, 34,-18,  1,-28,-48,-52,-38;
/M: SY='E'; M= 13,-43, 18, 42,-38,-14,-32,-31,-27, 20,  7,-28,-37, 19,-33, -6, 31,-30,-51,-37;
/M: SY='L'; M=-40,-42,-57,-50, 48,-57,-40, 15,-50, 66, 20,-53,-55,-45,-47,-48,-35,-12,-35,-16;
/M: SY='N'; M=-14,-46, -2, -2,-45,-37, 13,-11, 23,-24,-31, 54,-42, 44, 33, -8,-27, -3,-53,-36;
/M: SY='E'; M= 16,-44, 37, 46,-50,-35,-30,-42,  3,-44,-39,-21,-34, 26,-27, 22, 25,-17,-55,-40;
/M: SY='R'; M=-37,-51,-31,-23,-29,-44, 36,-44, 53,-39, 12,  8,-43,  9, 55,-31,-33,-43,-34, 52;
/M: SY='I'; M=-31, 20,-56,-52,  2,-58,-52, 62,-48,  4,-12,-49,-50,-48,-50,-42,-28, 59,-46,  5;
/M: SY='D'; M= -5,-47, 51, 25,-54, -4,-24,-50, 12,-50,-41, 46,-37, 48,-24, -2, -6,-47,-56,-41;
/M: SY='E'; M=-33,-52, 46, 84,-55,-44,-25,-54,-16,-49,-45,-23,-30, 20,-25,-26,  0,-48,-55,-43;
/M: SY='A'; M= 76, 14,-39,-35,-48, 28,-42,-41,-36,-42,-35,-32,-39,-33,-41,-15,-26,-28,-48,-45;
/M: SY='M'; M=-32,-42,-50,-47,  2,-50,-41, 48,-44, 36, 54,-12,-48,-39,-45,  7,-27, 25,-46,-26;
/M: SY='E'; M=  6, 12, 35, 66,-53,-22,-28,-50,  8,-47,-42,  8,-33, 19,-25,-23,  9,-43,-55,-43;
/M: SY='V'; M= 22,-40,-50,-41,-25,-47,-44, 10,-42, 42,-11,-46,-49, 14,-42,-34,-28, 50,-49,-31;
/M: SY='I'; M=-39,-46,-55,-51,  8,-58,-39, 57,-48, 52, -6,-51,-52,-43,-47,-46,-34, -5,-33, 43;
/M: SY='Q'; M=-12,-49,-27, 21,-44,-42,-28,  2, 37, -9,-29, 16,-39, 48, 43,-27, -4,-34,-48,-35;
/M: SY='E'; M= -2,-47,-18, 64, -5, -8, 17,-43,  9,-24,-36,-27,-34,  6, -4, 23,-28,-19,-48,-35;
/M: SY='H'; M= -2,-45,-26, 14,  9,-35, 63,-39, -4,-38,-33, 38,-41,  7,-28, 25,-27, -9, 51, 24;
/M: SY='Q'; M= 21,-43,-34,-23, -4,-14,-32,-13, 33,  0,-27,-27,-39, 58,-21,  6, 13,-17,-45,-32;
/M: SY='Q'; M=  2, 37,-10,  5,-48, -1,-31,-44, 39,-22,-35,  3, -4, 42,  0, 11,  9,-40,-50,-39;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 53 in 53 different sequences
Number of true positive hits 53 in 53 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PABC
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
53 sequences

EPABA_XENLA (Q98SP8), EPABB_XENLA (Q6GR16), EPAB_XENTR  (Q6DEY7), 
HYD_DROME   (P51592), MPC_ARATH   (Q9LT82), PABP1_BOVIN (P61286), 
PABP1_HUMAN (P11940), PABP1_MOUSE (P29341), PABP1_PONAB (Q5R8F7), 
PABP1_RAT   (Q9EPH8), PABP2_ARATH (P42731), PABP3_ARATH (O64380), 
PABP3_HUMAN (Q9H361), PABP4_ARATH (O22173), PABP4_HUMAN (Q13310), 
PABP5_ARATH (Q05196), PABP7_ARATH (Q9ZQA8), PABP8_ARATH (Q9FXA2), 
PABPA_XENLA (P20965), PABPB_XENLA (Q6IP09), PABP_ASHGO  (Q74ZS6), 
PABP_ASPCL  (A1CRM1), PABP_ASPFU  (Q4WK03), PABP_ASPNC  (A2Q848), 
PABP_ASPOR  (Q2UK72), PABP_ASPTN  (Q0CR95), PABP_CANAL  (Q5AI15), 
PABP_CANGA  (Q6FKG4), PABP_CHAGB  (Q2GSX8), PABP_COCIM  (Q1DXH0), 
PABP_CRYNB  (P0CP47), PABP_CRYNJ  (P0CP46), PABP_DEBHA  (Q6BI95), 
PABP_DROME  (P21187), PABP_EMENI  (Q5B630), PABP_KLULA  (Q6CSV3), 
PABP_LODEL  (A5DW14), PABP_MAGO7  (A4QUF0), PABP_NEOFI  (A1D4K4), 
PABP_NEUCR  (Q7S6N6), PABP_PHANO  (Q0U1G2), PABP_PICGU  (A5DM21), 
PABP_PICST  (A3LXL0), PABP_SCHPO  (P31209), PABP_USTMA  (Q4P8R9), 
PABP_YARLI  (Q6CDH3), PABP_YEAST  (P04147), PAP1A_DICDI (Q54BM2), 
PAP1B_DICDI (Q1ZXC2), PAP1L_HUMAN (Q4VXU2), UBR5_HUMAN  (O95071), 
UBR5_MOUSE  (Q80TP3), UBR5_RAT    (Q62671)
» More

PDB
[Detailed view]
19 PDB

1G9L; 1I2T; 1IFW; 1JGN; 1JH4; 2RQG; 2RQH; 2X04; 3KTP; 3KTR; 3KUI; 3KUJ; 3KUR; 3KUS; 3KUT; 3NTW; 3PKN; 3PTH; 4IVE
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission