PROSITE entry PS51309

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	PABC
Accession [info]	PS51309
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51309
Associated ProRule [info]	PRU00641

Name and characterization of the entry

Description [info]

Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=80;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2303166; R2=0.0056120; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1118; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=619; N_SCORE=5.7; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-17; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='Q';  M=-11,-48, 10, -4, -7,-15,-29, -5,-26, -1,  7,-29, 22, 60, -2, -5,  3,-11,-42, 13;
/M: SY='T';  M=  1,-43,-10, -4, -2, 17,-37, 13,-35, -3, 10, -5, -4, -3,-40,-26, 32, 16,-44, 11;
/M: SY='D';  M=-32,-48, 37,-20,-46, -5,-30, -9, 34,-11,-34, 11, 29, 27,  8,  7,  1,-38,-52,-38;
/M: SY='N';  M= 14,-43, -2, 26,-14,-35,-30,  8, -7,-22,-32, 32,  8,-24, -6, 24,  0,-13,-46,  9;
/M: SY='Q';  M=  7,-44, -7,-26,  9,-13,-30,-12,  0, -2,-29, 27,  2, 45,  6, 19,  2,-33,-46,-32;
/M: SY='M';  M= 33,-39,-41,-39,  0,-36,-37, 25,-37,  0, 51, 11,  1,-34,-41, 15,  0,  7,-47,-31;
/M: SY='E';  M= -3,-45,-18, 50, -6, -5,-29,-19,-24,-44,-39, 36, 22,  6,-31, 35, -4,-39,-51,-38;
/M: SY='D';  M= -4,-47, 65, 19,-43,-39,-29,-13,-26,-21,  0,-21,-39, 41,-32, -7,  8,  4,-54, -3;
/M: SY='F';  M= -9,-42,-11,-38, 52,-47,-36, -2,-37, 46,-14, -6,-50, 15,-10,-10, -9,-21,-36,-17;
/M: SY='A';  M= 44,-40, 25, -3,-40,-33,-34,-29,  4, 16,-27,  0,-41, 19,-31,  9,-26, -5,-51,-37;
/M: SY='K';  M= 19,-42,  6,-21,-48,-31,-28,-43, 40,-44,  4, 38, -2, 22,  7, 25,  8,-39,-52,-39;
/M: SY='A';  M= 29,-43, -2, 18, -3,-41,-35,  2, 19, 25, 28,-34,-41, 18,-28,-30,-30,-12,-45,-31;
/M: SY='P';  M=-30,-47,-30,-27,-44,-36, 17,-41, -9,-46,-37, 15, 78,  5,-35, 19, 47,-39,-51,  0;
/M: SY='P';  M=-15,-50, 20, 21,-45,-42,-36,-12,-29, -6,-31,-32, 72, 31,-36,-28, 19, -1,-53,-41;
/M: SY='E';  M=-31,-52, 53, 53,-51,-15,-25,-52,  0,-49,-42,-20,  0, 53,-24, 12,-29,-49,-50, -2;
/M: SY='Q';  M=  6,-46, 25, 41,-50,-34,-26,-41, -2,-42,  5, 28,-36, 57,-24, 21,-25,-15,-53,-39;
/M: SY='Q';  M= -7,-51,-27,  3,  7,-39, 52,-46, 17,-40,-30,-23,-39, 91, -2, -6,-32,-45,-44,-26;
/M: SY='R';  M=-37,-49, 10,-20,-41,-46,-28,-39, 60,  3, 27,-26,-42,-16, 62,-33,-33,-38,-47,-34;
/M: SY='Q';  M=-14,-50,  2,  8,-52,-14,-22,-46,-13,-42, 14, 26,-39, 82, 35, -2,-13,-44,-49,-35;
/M: SY='I';  M= 19,-43,-48,-39, 15,-46,-39, 40,-39, 23, 37,-42,-46, 31,-40,-34,-30, 20,-41,  2;
/M: SY='L';  M=-37,-42,-57,-50,-15,-59,-45, 44,-50, 65, -3,-53,-53,-44,-49,-47,-32, 20,-45,-27;
/M: SY='G';  M= -8,-48,-35,-39,-55, 85,-39,-59,  2,-55,-44,-22,-39, 16,-38,-21,-38,-53,-45,-47;
/M: SY='E';  M=-33,-51, 20, 74,-55,-40,-22,-53,  7,-49,-41, 37,-33, 52,-20,-25,-30,-49,-53,-42;
/M: SY='R';  M=-15,-46,-38,-10,-28,-46,-30, -4,  1, 23, 42,-12,  6,  4, 43,-31, 16,-26,-42, 20;
/M: SY='L';  M=-36,-40,-52,-46,-15,-55,-40,  8,-47, 73, -3,-49,-52,-41,-46,-18,  6,-12,-44,-26;
/M: SY='Y';  M=-43,-50,-45,-43, 62,-50, 17,-27,  1,-21, 20,-41,-53,-36,-32,-39,-37,-31, -8, 97;
/M: SY='P';  M=-34,-53,-31,  0, -2,-38,-30,-17, -8,-43,-36, 17, 85, 13,-35, 12,-28,-41,-39, 34;
/M: SY='K';  M=-37,-48,-37,-26,-27,-48,-29, -1, 62, 23, 16,-31,-43,-21, 34,-36,-32,-29,-37, 33;
/M: SY='V';  M=-29,-43,-56,-52,-24,-59,-58, 64,-48, -8,-11,-49,-49,-48,-51,-41,-25, 70,-53,-31;
/M: SY='Q';  M=-31,-48,-24, 45, 15, -9, 36,-36,  8, -7,-30,-28,-39, 48,  4,  7,-31, -5,-46,-28;
/M: SY='E';  M= 29,-46, 31, 35,-52,-35,-29,-46, 14,-45,-38,-24, -4, 35, 27,  9,-27,-25,-51,-40;
/M: SY='H';  M=-33,-45,-35, -6,-31,-46, 40, -2, 28, 29, 27, -4,-43, 11, 19, -5, -8, -1,-49,-29;
/I:         I=-9; MD=-23;
/M: SY='L';  M=-60,-71,-16,-63,-56,-33,-69,-40,-26, 14,-44,-65,  1,-65,-66,-62,-20,  4,-78,-62; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='Q';  M=-59,-76,  5,-12,-80,-25, 17,-80, 12,-77,-66,  9,-65, 18,-45,-21,-55,-77,-82,-63; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-23;
/M: SY='N';  M=-16,-46, 40, 38, 25,-39, 29,-40,-24,-39,-35, 40,-39, 26,-30,-25,  7,-19,-46, 12;
/M: SY='P';  M=  5,-52,-28, 25,-50,-39,-35, -3, 36,-45,-36, -4, 76,  8,-25,-11,-28,-38,-49,-44;
/M: SY='Q';  M=  9,-48, 36, 41,-54, -8,-29,-48, 15,-47,-40,-22,  9, 49,-24,  5,  9,-43,-52,-41;
/M: SY='H';  M= -2,-43,-38,-36, 39,-43, 59,-24,-13, 26,-19,  7,-47,  3,-34, -1,  2, -6,-38, 24;
/M: SY='A';  M= 73,-35,-40,-34,-42,-25,-43,-33,-35,-37,-33,-34,-38,-32,-40, -4, 22, -6, 59,-37;
/M: SY='P';  M= 17,-46,-32,-32,  9, 36, 21,-46, 20,-45,-37, 20, 46,-30,-31,  5,-29,-42,-43,  0;
/M: SY='K';  M=-35,-50,-27,-14,-50,-42, 46,-52, 84,-48,-35,-20,-36, 24, 24,-28,-31,-48,-47,-32;
/M: SY='I';  M=-35,-47,-57,-54,-20,-61,-55, 82,-50, 18, -7,-49,-48,-47,-53,-45,-29, 34,-47,-29;
/M: SY='T';  M=  3,-34,-32,-34,-38,-38,-41,-25,-31,-33,-30,-22,-33,-34,-38, 13, 88, 14,-59,-37;
/M: SY='G';  M=-23,-49,-27, 22,-54, 84,-38,-61,-35,-56,-46,  9,-38,-31,-43,-22,-37,-54,-47,-49;
/M: SY='M';  M=-34,-42,-56,-46,-22,-49,-29, 27,-40, 11,120,-43,-43,-32,-38,-43,-32,-10,-46,-22;
/M: SY='L';  M=-38,-42,-57,-49,  6,-57,-41, 33,-49, 67, 43,-53,-53,-42,-47,-48,-34, -8,-42,-23;
/M: SY='L';  M=-35,-41,-51,-46,-17,-53,-42, 31,-46, 66, -5,-46,-50,-40,-46, -2,  7, -9,-45,-27;
/M: SY='E';  M=-34,-53, 69, 72,-57, -9,-25,-57,-19,-51,-48,-18,-32, 18,-28,-27,-32,-51,-58,-44;
/M: SY='M';  M=-37,-46,-46,-38,  7,-49, 23, 10,  0, 34, 70,-41, 48,-34,-37,-39, -5,-20,-45,-26;
/M: SY='D';  M=-30,-48, 70, 26,-54,-14,-29,-51,-26,-52,-47,  5, 42,-24,-35, 30, 10,-47,-61,-43;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='N';  M=-34,-47,-21, -2,-47,-34,-26,  5,  8,-43,-34, 69, 45, 37, -6,-22, 16,-37,-55,-41;
/I:         I=-26; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='E';  M= 16,-45, 27, 37,-51, -1,-32,-48,  8,-48,-41,-22, 27,  6,-29, 35,  6,-41,-53,-42;
/M: SY='E';  M=-33,-53, 50, 82,-57,-44,-25,-56,  3,-49,-45,-22,-31, 28,-23,-27,-32,-50,-55,-43;
/M: SY='I';  M=-15,-45,-56,-52,-21,-58,-54, 72,-49, 25, -8,-49,-48,-46,-51,-43,-29, 42,-48,-29;
/M: SY='L';  M=-38,-43,-57,-51, 33,-59,-45, 46,-50, 58, -5,-52,-53,-46,-49,-47,-33, 15,-39,-20;
/M: SY='H';  M= -1,-45, 23, 44,-44,-35, 59,-43,-25,-10,  4, 34,  0,-19,-30, 25,-26,-41,-58,-34;
/M: SY='M';  M=-35,-42,-54,-47, 10,-53,-39, 16,-44, 46, 76,-47,-48,-39,-44,-42,  6, 13, 51,-21;
/M: SY='L';  M=-37,-41,-57,-50, 46,-57,-44, 20,-50, 59, -6,-53,-55,-47,-48,-46,-33, 26,-37,-17;
/M: SY='E';  M= -1,-46, 34, 57,-46,-38,-29,-44, 28,-44,-40,-22,-33,-16,-23, 22,  9,-15,-50, -4;
/M: SY='D';  M=-26,-42, 60, 11,-51,-28,-24,-49,-24,-52,-45, 56,-38,-21,-32, 51,  3,-45,-63,-41;
/M: SY='E';  M= -9,-52, 45, 55,-52,-41, 29,-45,  0,-47,-41,-25, 54,-20,-30,-11,-29,-11,-57,-41;
/M: SY='E';  M=-33,-49, 43, 56,-16,-39,-25,-51, 36,-48,-42, 25,-35, 34,-18,  1,-28,-48,-52,-38;
/M: SY='E';  M= 13,-43, 18, 42,-38,-14,-32,-31,-27, 20,  7,-28,-37, 19,-33, -6, 31,-30,-51,-37;
/M: SY='L';  M=-40,-42,-57,-50, 48,-57,-40, 15,-50, 66, 20,-53,-55,-45,-47,-48,-35,-12,-35,-16;
/M: SY='N';  M=-14,-46, -2, -2,-45,-37, 13,-11, 23,-24,-31, 54,-42, 44, 33, -8,-27, -3,-53,-36;
/M: SY='E';  M= 16,-44, 37, 46,-50,-35,-30,-42,  3,-44,-39,-21,-34, 26,-27, 22, 25,-17,-55,-40;
/M: SY='R';  M=-37,-51,-31,-23,-29,-44, 36,-44, 53,-39, 12,  8,-43,  9, 55,-31,-33,-43,-34, 52;
/M: SY='I';  M=-31, 20,-56,-52,  2,-58,-52, 62,-48,  4,-12,-49,-50,-48,-50,-42,-28, 59,-46,  5;
/M: SY='D';  M= -5,-47, 51, 25,-54, -4,-24,-50, 12,-50,-41, 46,-37, 48,-24, -2, -6,-47,-56,-41;
/M: SY='E';  M=-33,-52, 46, 84,-55,-44,-25,-54,-16,-49,-45,-23,-30, 20,-25,-26,  0,-48,-55,-43;
/M: SY='A';  M= 76, 14,-39,-35,-48, 28,-42,-41,-36,-42,-35,-32,-39,-33,-41,-15,-26,-28,-48,-45;
/M: SY='M';  M=-32,-42,-50,-47,  2,-50,-41, 48,-44, 36, 54,-12,-48,-39,-45,  7,-27, 25,-46,-26;
/M: SY='E';  M=  6, 12, 35, 66,-53,-22,-28,-50,  8,-47,-42,  8,-33, 19,-25,-23,  9,-43,-55,-43;
/M: SY='V';  M= 22,-40,-50,-41,-25,-47,-44, 10,-42, 42,-11,-46,-49, 14,-42,-34,-28, 50,-49,-31;
/M: SY='I';  M=-39,-46,-55,-51,  8,-58,-39, 57,-48, 52, -6,-51,-52,-43,-47,-46,-34, -5,-33, 43;
/M: SY='Q';  M=-12,-49,-27, 21,-44,-42,-28,  2, 37, -9,-29, 16,-39, 48, 43,-27, -4,-34,-48,-35;
/M: SY='E';  M= -2,-47,-18, 64, -5, -8, 17,-43,  9,-24,-36,-27,-34,  6, -4, 23,-28,-19,-48,-35;
/M: SY='H';  M= -2,-45,-26, 14,  9,-35, 63,-39, -4,-38,-33, 38,-41,  7,-28, 25,-27, -9, 51, 24;
/M: SY='Q';  M= 21,-43,-34,-23, -4,-14,-32,-13, 33,  0,-27,-27,-39, 58,-21,  6, 13,-17,-45,-32;
/M: SY='Q';  M=  2, 37,-10,  5,-48, -1,-31,-44, 39,-22,-35,  3, -4, 42,  0, 11,  9,-40,-50,-39;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	54 in 54 different sequences
Number of true positive hits	54 in 54 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	1
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	98.18 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	PABC
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

54 sequences

EPABA_XENLA (Q98SP8), EPABB_XENLA (Q6GR16), EPAB_XENTR  (Q6DEY7),

HYD_DROME   (P51592), MPC_ARATH   (Q9LT82), PABP1_BOVIN (P61286), 
PABP1_HUMAN (P11940), PABP1_MOUSE (P29341), PABP1_PONAB (Q5R8F7), 
PABP1_RAT   (Q9EPH8), PABP2_ARATH (P42731), PABP3_ARATH (O64380), 
PABP3_HUMAN (Q9H361), PABP4_ARATH (O22173), PABP4_HUMAN (Q13310), 
PABP5_ARATH (Q05196), PABP7_ARATH (Q9ZQA8), PABP8_ARATH (Q9FXA2), 
PABPA_DANRE (F1QB54), PABPA_XENLA (P20965), PABPB_XENLA (Q6IP09), 
PABP_ASPCL  (A1CRM1), PABP_ASPFU  (Q4WK03), PABP_ASPNC  (A2Q848), 
PABP_ASPOR  (Q2UK72), PABP_ASPTN  (Q0CR95), PABP_CANAL  (Q5AI15), 
PABP_CANGA  (Q6FKG4), PABP_CHAGB  (Q2GSX8), PABP_COCIM  (Q1DXH0), 
PABP_CRYNB  (P0CP47), PABP_CRYNJ  (P0CP46), PABP_DEBHA  (Q6BI95), 
PABP_DROME  (P21187), PABP_EMENI  (Q5B630), PABP_EREGS  (Q74ZS6), 
PABP_KLULA  (Q6CSV3), PABP_LODEL  (A5DW14), PABP_NEOFI  (A1D4K4), 
PABP_NEUCR  (Q7S6N6), PABP_PHANO  (Q0U1G2), PABP_PICGU  (A5DM21), 
PABP_PICST  (A3LXL0), PABP_PYRO7  (A4QUF0), PABP_SCHPO  (P31209), 
PABP_USTMA  (Q4P8R9), PABP_YARLI  (Q6CDH3), PABP_YEAST  (P04147), 
PAP1A_DICDI (Q54BM2), PAP1B_DICDI (Q1ZXC2), PAP1L_HUMAN (Q4VXU2), 
UBR5_HUMAN  (O95071), UBR5_MOUSE  (Q80TP3), UBR5_RAT(Q62671)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

1 sequence

RRM4_USTMA  (A0A0D1DWZ5)

PDB
[Detailed view]

31 PDB

1G9L; 1I2T; 1IFW; 1JGN; 1JH4; 2RQG; 2RQH; 2X04; 3KTP; 3KTR; 3KUI; 3KUJ; 3KUR; 3KUS; 3KUT; 3NTW; 3PKN; 3PTH; 4IVE; 6R5K; 7BN3; 7PZE; 8BJA; 8C06; 8C07; 8D4X; 8E0Q; 8EWI; 8P82; 8P83; 8SMO
» more